2JGQ | Genus

Total Genus 82

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	233
structure length	231
Chain Sequence	TKIAMANFKSAMPIFKSHAYLKELEKTLKPQHFDRVFVFPDFFGLLPNSFLHFTLGVQNAYPRDCGAFTGEITSKHLEELKIHTLLIGHSERRTLLKESPSFLKEKFDFFKSKNFKIVYCIGEELTTREKGFKAVKEFLSEQLENIDLNYPNLVVAYEPIWAIGTSASLEDIYLTHGFLKQILNQKTPLLYGGSVNTQNAKEILGIDSVDGLLIGSASWELENFKTIISFL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Kinetics and Structural Properties of Triosephosphate Isomerase from Helicobacter Pylori pubmed doi rcsb
molecule tags	Isomerase
source organism	Helicobacter pylori
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	82
structure length	231
sequence length	233
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2007-02-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2jgqA00

3LCXA 4LY8A 4MLJA 3QZEA 3STGA 1ME8A 3M16A 2CZEA 5KMYA 5J5DA 3P81A 4LVDA 3PWAA 3PF3A 1KM3A 4BF9A 1N8FA 2P0OA 3NQ2A 2ZRUA 2YPIA 3MP4A 4IMCA 1TPWA 2AGKA 5K7JA 1AL8A 4O0KA 3M43A 5DXYA 1GVQA 1OK6A 2JK2A 1FWTA 3Q58A 3GNDA 2ZCGA 1G67A 3HF3A 1RR2A 4EF9A 4G1KA 2J9ZA 4UXDA 4UTTA 2ZRZA 4UMCA 4WUIA 4BR1A 1PL9A 2J24A 1AMKA 4IMDA 5C55A 3U2OA 3EKZA 3UPBA 5D04C 4K38A 5LGXA 3W23A 3DXIA 1SR9A 1N55A 2NXGA 3NQEA 1UCWA 4MYAA 4ADUA 1C29A 5LSMA 1YTDA 2JGYA 4O1BA 4QNWA 1LZOA 1QCWA 3IRDA 1TPB1 3NEVA 3W84A 1VGAA 3IGSA 4IJBA 4UR8A 3G8RA 4YWIA 3CPRA 2B7NA 2DP3A 1NF7A 2GVLA 3SY5A 4LUJA 1VQTA 3G1DA 1SO3A 4CCEA 3GKFA 4GJ1A 2YFNA 2A7NA 1ME7A 2PRMA 2RHGA 3O06A 2H3BA 3TW6A 5FEXA 3V75A 3L66A 3W2LA 4NNCA 2VC6A 4Q32A 4JXCA 3W76A 3QYQA 3LOTA 3E96A 3DFOA 1QO2A 3CU2A 2FJKA 3JS3A 3WJWA 4HNTA 1H61A 1VPXA 2A2IA 3S42A 2YR1A 3CTLA 5CPMA 5D2XA 3STCA 4ALDA 4FEZA 1W1ZA 5DCEA 1V5XA 4AHQA 2TYSA 2H6RA 3EB2A 2DZVA 2PRHA 3A5VA 4RZ6A 3BLFA 4IUOA 3IVSA 2QCNA 1DL3A 1TQJA 5I3HA 1X6UA 4CNNA 5LGZA 2C0AA 5EPDA 2HMCA 3MI3A 4X3ZA 1LM1A 3JR2A 1ZCOA 3MP3A 4Y96A 1LBFA 4MIMA 1H63A 2YYTA 3NAVA 1TTIA 3QW3A 4WXYA 4EOUA 1VYSX 4DPQA 3WK2A 5LHFA 3RF9A 4HT3A 5AYXA 3AO0A 4UFLA 1FWSA 3PM6A 1LCOA 2BXVA 3IIZA 2F7FA 2VFGA 1ZAHA 4EIVA 3NNTA 3YPIA 1IIGA 3NQFA 2GJNA 3TQVA 3UWWA 1DQXA 3MP5A 2X16A 2VOMA 2QUVA 1YTKA 3V1PA 1VR6A 2YFOA 2CU0A 4UIOA 2I14A 4RZ4A 1YPFA 2Y63A 1X8FA 2ZRYA 3IVUA 5CPLA 4OGZA 1OFOA 2V9DA 4ZQOA 5G2IA 3S1UA 5DLCA 3BGGA 3O05A 1SO5A 4LV4A 3KRUA 4JTSA 3P8IA 2E77A 4W9TA 1VS1A 2G5WA 5LZLA 3GB6A 4HSOA 3L5MA 5BRBA 2G97A 2WNQA 5BNKA 1PCKA 3TXVA 3HG4A 3CIXA 4LW7A 5IBXA 3BARA 4JTUA 4R53A 2TMDA 1DOSA 4GBUA 1Q6LA 1FDYA 4IMGA 4TX9A 3MHGA 4Y6GA 1SPQA 1KTBA 4S2CA 3PBVA 3QQ0A 2YSWA 1S5TA 4ZQMA 1AK5A 5DY3A 4O50A 4Y8FA 2Q8LA 3LLFA 4N4PA 2QCEA 1C8VA 4O8RA 3ELFA 2C13A 1MEWA 3NPVA 5KZEA 3A9IA 5A8GA 2WSYA 1W3TA 3EKLA 3W87A 1HO4A 3W1RA 3UZJA 4X9SA 3QQ1A 3W2MA 3BG3A 3QJAA 4JTJA 5K9CA 2A21A 4IMFA 1KM4A 1OX5A 1TTQA 1OJXA 4FF7A 1YPIA 2H3DA 4UTWA 2BX7A 3DU0A 3U6WA 3EWUA 4KWWA 3L0NA 2ABAA 1KFJA 4JX4A 2X1UA 3P80A 1EUNA 2NUWA 1RPXA 1SU5A 4UFHA 3G18A 3P82A 1IXQA 1TPEA 1YYAA 4CQ9A 2GQAA 3VFLA 3VI2A 1H51A 3G3MA 1F7BA 1BEUA 3W7OA 1PHWA 2QCGA 1FDZA 1WA3A 2H8ZA 3HG5A 4U28A 1KV8A 1XUZA 4JTKA 1MO0A 4JTGA 3KRZA 4LC6A 2J27A 2H8XA 3LHUA 1L6YA 2OMAA 3O8AA 3NL3A 4UTJA 1XFBA 3P7YA 4DO4A 1EX5A 2J6XA 5K2ZA 4NJJA 3IIOA 1HUVA 2F84A 1PS9A 5AFDA 2WOQA 3A22A 3W85A 1IXNA 1H7NA 2JKPA 1LP6A 2RDUA 3EX4A 4AB4A 2DZTA 1HO1A 1TB3A 1AW5A 2XN2A 3W1XA 4GUHA 2J9YA 2X2GA 1SO4A 1UJPA 5AYZA 4RJEA 5D2WA 5HUPA 4FX6M 1Z44A 4TO8A 1GZGA 1G4PA 1WAUA 3W7EA 1KFEA 1RQEA 1LBMA 1GVOA 2NWSA 1QPOA 1W31A 4O17A 4XUGA 1F2JA 2CLFA 1W5NA 3TSDA 3FYPA 3SECA 1U83A 2TRSA 3GVGA 2E6YA 3EEGA 3W7MA 5K9XA 5I3KA 1OFDA 3W88A 4HIBA 5FF0A 4IX0A 5HR6A 4AHOA 1NVMA 3MW7A 4YXGA 2PCQA 3G0XA 3LXAA 3QM3A 2WPBA 3QSTA 3DENA 1EWEA 3LCGA 3F1QA 3TMQA 5DCDA 3L0GA 4N02A 3TQKA 2WJZA 5F1VA 1IXPA 3L67A 4AF0A 3E12A 1KM1A 1AW2A 1VHCA 3LTSA 2CFFA 3AJXA 3OVQA 4O57A 1OF6A 2V2HA 1BKSA 1UBSA 3HJZA 2YW4A 3GX9A 1TPC1 1SFJA 3N3MA 3RMJA 3FA5A 4XKYA 4NJHA 5CGQA 2EPHA 4X22A 4JS3A 4UMAA 1O5KA 3NQDA 1H50A 4H6KA 1WOBA 5F2IA 5AC6A 3EX6A 3N34A 5D2YA 3TJLA 1IF2A 4LOCA 4D2JA 3E0IA 3O6YX 3QPYA 3M41A 4N9BA 1WXJA 3UWVA 3WJSA 2NWRA 1TIMA 3CWNA 3NYZA 4O15A 2V2DA 4MJMA 1J5TA 1NAL1 4WQ6A 2R14A 4OV9A 3HG3A 3IV3A 2ZRXA 2FB2A 3PAJA 2XN0A 5G4EA 1VLIA 1L9WA 3N9SA 1KM5A 1XUUA 4IPJA 3TW7A 4HNVA 2CLIA 1QFEA 1LTDA 3W73A 1TCDA 4JDYA 3C3NA 3LLDA 1W5QA 1LDCA 1DQWA 4FNTA 4P2VA 3LCIA 2CZDA 1KFLA 1SSGA 1JVNA 1FUYA 1Y0EA 3DFSA 3BG9A 3T7VA 4H3DA 4LVGA 2I9EA 4IXHA 2DZWA 1TO3A 4BWLA 4UR7A 4MY1A 1A50A 4WY0A 5MHBA 4HPXA 5HJLA 4GRSA 4KFOA 4RV8A 2ZRVA 3WK3A 1QPQA 3S1VA 3PG8A 3M0ZA 1FBAA 3G1FA 1A53A 1LBLA 2YW3A 3Q37A 4BK9A 3GXTA 1X1OA 3TNOA 2B7QA 3QEZA 5HQEA 3KVKA 3EWXA 3BLIA 2QEZA 4IX2A 3WFAA 4ZQCA 5TQLA 1QOPA 2O7QA 3M1ZA 2TSYA 5D37A 2GPTA 1H62A 2HS8A 5AHMA 2QCHA 1WOAA 4ML9A 3CWOX 4AF0B 5AHEA 1XBYA 3MJYA 5K9DA 1OYBA 1FCBA 3GKAA 3QMTA 3W72A 3GYEA 4JDBA 1WYIA 6TIMA 2BZNA 1KFKA 3TC6A 1W8SA 4XKYB 4M7SA 2YXGA 2A6NA 4O53A 3HPZA 3NL2A 3GNNA 3L5AA 3VE7A 4RZ5A 3USBA 1KLZA 3M5VA 4R7JA 1K8ZA 3I7RA 3LXBA 4AXKA 4FNUA 3UWZA 2DORA 5F4WA 2OCZA 4GXMA 5I3FA 5E0KA 4AWUA 1KM6A 4QITA 7TIMA 2X1SA 2XN1A 3W1QA 4GUIA 4NZFA 3PBYA 4GWEA 1K7XA 2QCMA 5LNRA 3HG2A 3C2RA 1KM0A 1TREA 4JYDA 4WX2A 3PUEA 1M7PA 2VFEA 3LCFA 3P60A 5G1YA 4UTHA 4A2RA 2A6LA 3QPZA 4JIPA 3IEBA 4RX0A 1XI3A 1JRBA 3E49A 1PVNA 4GNJA 2CLHA 1N7KA 3B8DA 3OG3A 4FX8A 1JCLA 3S5ZA 2ISVA 4DPPA 2ZA1A 3CM4A 1VCGA 1MXSA 2Y70A 2QDHA 2GVJA 3DAQA 4Y9AA 1ICSA 5BOOA 4UFKA 4O10A 1PV8A 1WDWA 1I2PA 3UY7A 4JEQA 1P0NA 1OYAA 2E68A 2YGYA 2DJXA 1R2SA 3G1XA 4TMCA 8TIMA 1R30A 3BK0A 4WY0B 1LLWA 4O1AA 3HGOA 3P84A 2ZQ0A 3IGUA 5EMUA 3DFNA 4JTHA 4JTIA 4K39A 2C14A 3I6RA 4OHQA 5C5YA 3KOFA 2ZZ7A 4I7UA 2W79A 3ZR4A 1A5CA 1YDNA 4FO4A 3FKRA 3EWYA 3LM7A 2P1FA 4Z1DA 3BG5A 2WSQA 1H7XA 2WNNA 1OFPA 2V82A 1LRTA 4N9EA 2ATSA 1VCFA 4CCDA 3R5EA 1K02A 2NX1A 2QAPA 2FPYA 5F4XA 1TPFA 5EBUA 1GOXA 4DXVA 1OF8A 2QJGA 1A5AA 3A21A 1KFCA 3GR8A 5CZJA 3I7SA 1L6SA 4N6FA 1GJPA 2FB3A 4RCXA 1TPH1 1M5WA 3B03A 2PE4A 1OX6A 3NQ7A 2EF9A 3QMRA 1TRDA 1EB3A 1XBZA 2Z1BA 3E02A 1YDVA 1FCVA 2X30A 4ZVJA 3W2JA 3A5FA 4M7TA 5D09A 3GDMA 3U8GA 2J88A 1T99A 5E1QA 1EP2A 2VXNA 3ZFHA 1YLVA 2BWGA 3DHDA 2WQPA 4NX0A 5ABTA 3O6CA 3OIXA 3RK8A 4GUGA 3LV5A 2Y62A 3FIGA 2DZXA 3O6DA 1TQXA 3NZ1A 1O94A 3NQAA 2E6FA 3HGSA 2H90A 4O16A 3NG3A 4O19A 5GVJA 2QCCA 3CB8A 3WK1A 3NQVA 2ZA2A 2D73A 4Q33A 3GIYA 4O18A 3UPWA 1KFBA 2VFDA 1F6KA 5BMWA 3UWUA 4POCA 5HUOA 2W6RA 3EX3A 2B7OA 3IVTA 1QOQA 1RD5A 2BLEA 4BI7A 2OJPA 5I3IA 1S5WA 3EX1A 3A23A 2PRLA 3KVMA 2QAFA 1RZMA 4MYXA 3W7JA 4DF2A 3MHFA 1IXOA 1YDOA 5EYWA 3W1UA 1H7RA 5KITA 5C6MA 3TUUA 2DJLA 2NV2A 2A85A 3W7KA 3PY2A 5G5IA 5FF2A 2Z2UA 4MZ1A 3LI0A 3SJ3A 4MVAA 4FNSA 2YCEA 1D3GA 3W7LA 4R33A 3P74A 3ANYA 5D32A 1VJIA 5U4NA 4MY8A 5CSRA 3LBCA 3DFTA 1FQ0A 3BO9A 3LHYA 2NZLA 3PB2A 2ZZ5A 1LROA 3HB9A 4CQ8A 4MKNA 1PE1A 3KRSA 3RLUA 3UXDA 3ZS4A 4AAJA 4OWGA 4PC8A 3RLVA 1OHLA 2V81A 3I68A 3UZ5A 1FWWA 1K8YA 3TJXA 3BW3A 1VYRA 2B0MA 3EXSA 4A2SA 1A5BA 2V2CA 5D02A 3T78A 5A5WA 3KHJA 3LGEA 1K7FA 1XDMA 3PS7A 3G1HA 1JCJA 2JBMA 5TIMA 3HOJA 1Z41A 5F2MA 1I8JA 1G4TA 4A21A 3L2IA 3VCRA 1JUEA 1I45A 4NJKA 1GTEA 4O1CA 3C2OA 1M6JA 4WD0A 3L0KA 1GEQA 4A3UA 3EWZA 4TMBA 5AB3A 3S1WA 1YXCA 3TK7A 4X2RA 3F4NA 5CKSA 2Y7FA 4TU1A 5D03A 1NFBA 2V30A 4EVZA 3MI6A 2EGZA 4O14A 3RU6A 3THAA 4HNUA 3TIMA 4XWUA 3LDVA 2VEIA 2VELA 1GT8A 3Q2DA 1OG0A 4GC4A 2GQ8A 3PVFA 4JTEA 1HL2A 3EX2A 4XQ6A 2DZSA 1LOQA 3MYOA 2FQIA 2DZUA 3KX6A 3G3DA 4B5NA 3NPXA 1FX6A 3NM1A 4GFSA 4MZ8A 4N9CA 3G1YA 1F5ZA 1LRNA 4AVFA 1RQHA 1JCYA 2NX3A 1VH7A 1L2UA 4NJGA 2Z6IA 3CEPA 3MO7A 1HG3A 2VKZG 2ZA3A 1XKYA 4DF1A 3LTYA 4UC5A 3FJ6A 3TROA 4YL2A 5F4SA 4JYFA 3UQNA 2HS6A 4PCFA 1H7PA 1AG1O 3W7DA 3PG9A 1TV5A 3QMSA 4K7YA 3QRHA 1FDJA 1SZFA 4O11A 3DH7A 3HIJA 1ALDA 2ZRWA 3PSWA 3ZWTA 5F1UA 3LCLA 3E9AA 1ADOA 3BW4A 3TFXA 4JN6A 1GG0A 2GVGA 4HKPA 4WJEA 2G96A 1QDSA 4R34A 1Z48A 1UB3A 2ABBA 1LLZA 1OFAA 1QWGA 3O1NA 2X1TA 3TH6A 3BVJA 1LYXA 5HINA 3DI0A 1XM3A 3CLMA 3NDOA 4O52A 1GVFA 4DQWA 2YZRA 2QUTA 4AHPA 2YYUA 3QC3A 4XZ9A 3LRMA 4J9JA 2BTMA 4A22A 1JUKA 3WJYA 1VYPX 1THFD 5SWUA 3UYCA 1V7YA 1PHQA 3FEMA 4PEKA 4HSNA 2OT1A 4DBDA 1XDLA 4E2DA 1E51A 3LCWA 4LVAA 3LXCA 3NQ8A 4HPJA 4XTIA 4ZQPA 3IIPA 3G8EA 1EWDA 1SQ7A 1BTMA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2JGQA

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