2JK2 | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	245
structure length	245
Chain Sequence	RKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural Basis of Human Triosephosphate Isomerase Deficiency: Mutation E104D is Related to Alterations of a Conserved Water Network at the Dimer Interface. pubmed doi rcsb
molecule tags	Isomerase
source organism	Homo sapiens
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	90
structure length	245
sequence length	245
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2008-06-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2jk2A00

3NYZA 4WQ6A 1IXOA 4WZHA 1ZAJA 4PTNA 3KFTA 1Y0EA 2ZYFA 1SW3A 3T78A 1D3GA 3N2MA 1SO5A 3P67A 1FXQA 3LHUA 3N19B 4E2BA 1I2NA 3TDFA 3MJYA 5FEZA 1W5QA 1KBJA 3W1AA 1Z41A 5HUPA 3QQ1A 1L6WA 4GXMA 4JTHA 3TQKA 2B0MA 3NPVA 4P61A 1G4SA 3PVFA 2CZ5A 2PRHA 1S5WA 3P81A 4HIBA 2QDHA 5G2IA 2RH9A 3UNDA 4OU1A 5AOUA 3GK0A 5D30A 3E9AA 3VCRA 2CLOA 3CB8A 3W07A 4Q4KA 4JR5A 4NJHA 1TPH1 3UY8A 1KFLA 2ZZ7A 1EP1A 3W7OA 3O8AA 4DF0A 3GNDA 2A4AA 2CFFA 1G7UA 2QCMA 3TUUA 1K02A 1ALDA 4A29A 3GR8A 3S5YA 1YYAA 4UTKA 3CT7A 3TMLA 3C2EA 1DV7A 4E0CA 3C61A 2R8WA 5LHEA 4JX4A 3TXZA 3W2UA 3MMTA 3KVLA 4FXRA 3WJXA 3OIXA 2WSQA 3M5VA 4MJMA 1ZAIA 4JDYA 3MI3A 2YGYA 3PB0A 2HSAA 4OHQA 4WOZA 3WK1A 4FNSA 1KTCA 5F1VA 3W7NA 3IVTA 1LBMA 2EAWA 3VNDA 3W7JA 1LDCA 5K9XA 3TW6A 2AQWA 4AXKA 3STEA 1K7EA 3UD6A 4DXVA 1XBVA 1B9BA 2ZZ3A 2QCEA 4JEQA 4MY8A 2WKJA 2NV2A 3M41A 1BEUA 3RMJA 3FFSA 3N3MA 1S3HA 5D2WA 2GVLA 3EWZA 3T7VA 2DJLA 4GRSA 2YPIA 1MZHA 3HG5A 2V2CA 3TC7A 5DCBA 4XBKA 4UFJA 1ZHAA 4UTMA 3JRKA 2GQ8A 5I3KA 1VYRA 2CLEA 3TAKA 2A7NA 5CPNA 1JQVA 2PRMA 1KLZA 1R2SA 3NOEA 4NQ1A 3VKJA 4RK8A 3HQ1A 6TIMA 4O0ZA 1QNVA 3OVQA 2QKFA 1KM3A 2QCLA 3NQ7A 3G22A 1S5VA 3SJ3A 3TR2A 4CNOA 4HHPA 2WQPA 4HSOA 2QJGA 3SECA 2ZZ6A 4NT0A 5KTLA 2TMDA 3TH6A 2I1OA 4ZMGA 2CLLA 3DKLA 3ATZA 2ZQ0A 4O50A 2VFIA 1K8YA 2DZUA 3HG4A 3NPUA 2J88A 3A5VA 2JK2A 2I14A 2E6FA 1TTPA 3NL2A 5EBUA 2HS6A 1UUMA 4UFMA 5CZ0A 3R8RA 2GJLA 3U2OA 3LM7A 3PS7A 2W79A 3L5AA 3WFAA 1G7VA 4N4QA 4UTIA 5K9DA 1OFQA 4DEFA 4ZQCA 1LCOA 4LOCA 3KHJA 1GVFA 4JD4A 1UCWA 4LT9A 3P7YA 4NJGA 1VGAA 2TSYA 3TAOA 3LLDA 2X16A 4XQ6A 3GDRA 2G95A 4ZQRA 2QCNA 2W6RA 4L4LA 3W2JA 4KKXA 3Q37A 4ZQNA 4MOZA 1OYAA 4UFIA 2CWNA 2GQ9A 3EX3A 4TIMA 3C2VA 4IMDA 1MXSA 1P1XA 1M5WA 3TFCA 3DAQA 1GYLA 1F6PA 4ADUA 5DBUA 4HNUA 1LORA 2FDSA 3A22A 1EUAA 2FB2A 2OJPA 1NFBA 2FQIA 3HPSA 3FKRA 4R33A 2CZEA 3RFAA 4O12A 1GTHA 1WA3A 1OHLA 3LTSA 2ABBA 3W1MA 1SFJA 1WXJA 1GVRA 2JKEA 3RF9A 3A24A 3LERA 5DY3A 2DZPA 5J5DA 1TPWA 3W87A 1I2RA 8TIMA 4AH7A 3L21A 4EVZA 3HOJA 4IGHA 3F03K 1FY6A 2TRSA 1SSGA 1Q3NA 2NLIA 1GVSA 2A5HA 2X30A 5IBXC 2Y85A 2A1YA 4O14A 2DP3A 1XL9A 1VCFA 2V5BA 3PULA 3FS2A 5AYXA 3LB0A 4O53A 4LWWA 2OCZA 4O10A 5K3VA 3S1UA 1KFBA 1JCXA 3W7EA 3LTYA 1GG1A 1Q6RA 4XTIA 1WV2A 3O16A 3P5YA 1XBYA 5KSWA 1AMKA 4X22A 1LRQA 5AFDA 5FF7A 3QJAA 2HTMA 3W76A 3NVTA 1AW1A 4YCOA 5E0KA 2QCDA 1H7OA 1VHNA 3NQ2A 5BNKA 5KMYA 3NZ1A 2VFDA 3KRUA 3FJLA 3R12A 1VHCA 1R30A 3MHGA 2B7PA 1F05A 1H50A 3V1PA 3QW4B 1LRNA 5F4XA 1OX4A 2VC6A 3GX9A 2OZ0A 4IXXA 1GZGA 2WNQA 1QFEA 1IXQA 1VZWA 2XN2A 3CTLA 2HMCA 2X1UA 3W70A 2J27A 1H7WA 4CQAA 4MJZA 3FLUA 3P60A 1L6SA 4QNWA 1FCUA 2ISSA 2YW4A 3EX1A 3MO7A 4Z1CA 3UYCA 2NUWA 1XDMA 3FYOA 3TU9A 1E51A 4A22A 1PIIA 1VCGA 3HF3A 3DFNA 3DHFA 1UASA 1OFAA 3BPWA 3W1UA 2E5BA 2ZCGA 2J9XA 4JXCA 3G18A 4IUOA 2CLIA 4BK9A 1B3OA 1YTEA 2Z6IA 4N9DA 4QISA 3M7WA 4FB7A 1SU5A 1VRDA 1SO6A 3G1SA 1NVMA 3AJXA 4FF7A 4Y6GA 4LS0A 3KVJA 1EA0A 2TYSA 1IIHA 2ZRYA 3I7RA 1KTNA 2QUVA 3CWNA 5DELA 3W86A 1THFD 1K3UA 1YDOA 1DQWA 3HGJA 3PSWA 2ABAA 5KZMA 2Y61A 2NX9A 3L0GA 1AL7A 2QCGA 1ICQA 3EXRA 1TV7A 4OV4A 4UTLA 4O54A 1W1ZA 4ML9A 3UWZA 3KVKA 3NQ6A 2ZRWA 4ORMA 1AW5A 2Y62A 5HWJA 3W85A 1VYSX 5G5IA 5HULA 1H62A 2ZZ1A 2Z1BA 4NZFA 1VQTA 4O1DA 1P4CA 2FFCA 2R91A 5TIMA 3GR7A 4ORIA 3OEXA 2A6LA 2EF9A 2R94A 2WPBA 4JIPA 4FNRA 1W37A 4GNJA 3W72A 1I2QA 2H8XA 2P10A 3B05A 4AEOA 4UMBA 3ABRA 4JYEA 2PRLA 3UWUA 1W5NA 1TQJA 3H54A 4JTIA 1A5SA 1X1ZA 3DENA 1TB3A 3CIWA 3QZEA 3UZ5A 3W2MA 1HO1A 5EL1A 1OF8A 5C54A 5LSMA 4B5NA 2CLMA 1FX6A 3K30A 1BTMA 4TX9A 3E96A 3GAKA 5AYYA 1RQBA 1Z42A 1U83A 2B7NA 1YDNA 5DXYA 3L5LA 4XWUA 3M44A 2QCFA 1YPFA 2AGKA 4LVGA 1ZENA 2GPTA 1W3NA 1ZALA 1TJRA 1WOAA 1P0KA 4NX0A 3NL3A 3OVRA 3EXTA 4LUIA 1OABA 4K6AA 4HNVA 1HFBA 1L9WA 3VFLA 3I7SA 3Q2DA 1OJXA 3ABSA 3RK8A 5AC8A 3RLVA 2PE4A 4X3ZA 2BZNA 3MHUA 3ZR4A 3CU2A 1OK6A 1Q45A 3GKFA 1QPNA 3TC6A 2HS8A 2BSLA 4RCXA 1TV5A 2V81A 4LVFA 2WO5A 4TMCA 1JRBA 3BLIA 4O13A 3SGUA 4BI7A 3GLCA 5J5RA 1ZAHA 4RJEA 4AVFA 1M6JA 1J5TA 1OF6A 4NNCA 1IF2A 3UZJA 4NX5A 4YWIA 4LY8A 2YW3A 1RZMA 1LBFA 4N9CA 1V5XA 1JUEA 3TFXA 4FNUA 5D09A 2BLEA 3P5ZA 1O95A 2EKCA 3ATYA 2R14A 5A5WA 3IIOA 3CEUA 1WDWA 3NPXA 4O0KA 3S5NA 3GDTA 3RNDA 1AL8A 4WD0A 1HG3A 1DKWA 4UXDA 3T40A 4JTSA 1JRCA 1GPWA 4JTTA 4K39A 3UWQA 1JJKA 3VI2A 2PC4A 7TIMA 3W9ZA 3CHVA 4FXSA 2VENA 1SW7A 4N2YA 1TPDA 4BI5A 1TV8A 1LBLA 2DU2A 4GJ1A 1LOQA 1YADA 3HG2A 3W88A 1I2OA 1MEWA 2GQAA 5DCEA 4PH6A 1KM0A 3UWVA 1N55A 2ISWA 3N34A 1PV8A 2GVGA 1O94A 2VOMA 3OBKA 1XI3A 2H8ZA 3NAVA 5CPOA 3OVPA 5D32A 4ALDA 5C55A 3S5OA 3C52A 1W3TA 4TMBA 3O1NA 1KM5A 3LXCA 1EP3A 5C5YA 1KM6A 4UNKA 2QCHA 4JTGA 1YXDA 2E09A 3EXSA 1KTBA 1FDZA 3E12A 1YLVA 1X6UA 3LGEA 5HUOA 4NZJA 5K2ZA 4O1AA 1D9EA 1EEPA 2GVJA 3PBUA 3S6DA 3DFQA 5AHIA 2H3BA 4AAJA 3N2XA 5G1TA 2QCDB 3GVGA 3HIJA 1I2PA 3DU0A 3WJWA 4E2DA 1OG0A 3TNOA 4CNNA 3BK0A 4NNBA 3KRZA 4EIVA 5LHFA 2CU0A 3EX2A 2GUUA 3USBA 1FQ0A 2OT1A 3ZS4A 3UY7A 2F84A 1VC4A 1B57A 1OFDA 5I3IA 4QITA 1OX4B 1GJPA 3MP5A 4HN4A 2ZZ5A 5HWNA 3O06A 3ANYA 1I4NA 2ISVA 1HTIA 1EWEA 1F73A 3A9IA 1TSIA 4WY0B 2V2HA 2J9YA 1HO4A 3SI9A 3I65A 1R46A 5DBTA 4RZ5A 2RHGA 5KZEA 4IMFA 1TJPA 3S1VA 3L0NA 1LOSA 4FNQA 2QUUA 4XTDA 3QPZA 4AHQA 1TPUA 3G1YA 4S1FA 1YTKA 1OFOA 5D2TA 4BR1A 3PWAA 4OE7A 4O4WA 3A23A 5EYWA 1G4EA 3L65A 4IMEA 4RLIA 1JUBA 2QF7A 3GIYA 1DBTA 3TJLA 2Q3OA 2E6YA 1EWDA 4Y90A 3L68A 4GUHA 1WX0A 1P0NA 4AHPA 2FIQA 1OFRA 4X2RA 4MZ1A 2V0TA 1C8VA 5CSRA 3BARA 3HPXA 3UWYA 2Y7FA 1LROA 1TCDA 5EMUA 4HNTA 3MP3A 3O6DA 1CI1A 1SZGA 3NR0A 5DXXA 5EA9A 3TE9A 3S5ZA 3W1RA 1TTIA 4WXZA 5I3GA 4Q33A 5KINA 3MYPA 5AHNA 2EPHA 1AG1O 3QSRA 2C19A 1GVQA 4LC6A 1WQ5A 2Q8ZA 3C6CA 3BG5A 4IQLA 3ZWTA 4JYDA 3MWAA 1DVJA 1DL3A 3TXVA 1QO5A 3C0JA 4POCA 1K8ZA 3KOFA 4NJJA 3PR2A 5DCDA 3UPBA 4MYAA 4PC8A 4OQVA 4LVDA 1VR6A 3BLEA 4Y9AA 1H63A 1TPEA 2OX1A 3SIZA 1TPB1 3LBMA 2VELA 3KVMA 1AW2A 4K8HA 2NXIA 2ATMA 3NQEA 3G1DA 2E5DA 1QDSA 4IOTA 5LNRA 4RXGA 1A5AA 2J6XA 2C1HA 3L66A 1NEYA 4M19A 4N6FA 3W23A 1FWRA 2C16A 2NWRA 4LRSA 3EWUA 1OYCA 2B4GA 3GDKA 3C8FA 2WJZA 4U28A 2Y7EA 3W7KA 1OX6A 3NQFA 3PF3A 4DO5A 1TQXA 1F7BA 5L6UA 1K7XA 4WX2A 4S2BA 2CZFA 4M6VA 1XFBA 3UPWA 5AHLA 4MFDA 2PURA 3IVSA 3O63A 4GUFA 3B0VC 5G1YA 1WYIA 2QUTA 3PC0A 5K4ZA 1XXXA 3GKAA 4Z08A 1GQNA 1O5XA 3STGA 4HKPA 4A3UA 1QOPA 4YL2A 2FPYA 1BWKA 1YXCA 2DJXA 3DGRA 3MUXA 5D02A 3P8IA 1GTEA 1QMLA 1S5TA 3G24A 1N8FA 3C2RA 4DPQA 3DH7A 4J9JA 3WK3A 3UWWA 2A7PA 3S0CA 3QM3A 1VLWA 3W2KA 3NO5A 3TMQA 4BI6A 3NQAA 3LCGA 3M1ZA 4DO6A 1TIMA 3GYEA 2A6NA 2WSRA 4GUIA 3M5ZA 2QJIA 2YXGA 3HGSA 1XKYA 3YPIA 1C29A 2NX1A 3BW2A 2Q3RA 1R47A 1VH7A 4M6QA 4RX0A 2J24A 1SR9A 2H3DA 3O05A 3M6YA 3NQCA 3G8EA 5I3JA 4IX2A 1TPFA 3DBPA 5ABTA 2CZDA 4GFSA 1H7RA 3THAA 3TSBA 3STCA 5F4SA 2RFGA 1LYXA 2ZA2A 5I3FA 1PCWA 4QSHA 2QDGA 4HT3A 4UR8A 5TBOA 1A50A 2Z0IA 3BW3A 4M7TA 3NNTA 4CCEA 4QIUA 3HB9A 1QPRA 3G1XA 2C15A 4UTTA 1NSJA 1ONRA 1Z48A 4LNYA 2VFEA 5K4XA 3LLFA 4H4IA 4JTLA 4O17A 1H1YA 2V9DA 2OT0A 1UBSA 3LCFA 1QOQA 4MY1A 3TSDA 3NPWA 4Z0SA 1AK5A 4TR9A 2QR6A 3PUEA 4MIMA 2C3ZA 3M47A 4GC4A 5I3HA 3C2FA 3KXQA 1SPQA 2QJHA 4WY0A 1XDLA 3E02A 3CEPA 4DBEA 1FDJA 4DBDA 1SSDA 1NF0A 1KFJA 5FESA 2QAFA 3T55A 4R7JA 1GEQA 2ZRXA 4JYFA 3QF0A 4UTJA 4OGZA 1I8JA 3W83A 4JTJA 3MW7A 1DJNA 2UV8G 3W1QA 3H53A 4EF9A 3ZWSA 3MP4A 3LI0A 1SZFA 1ME8A 5FEPA 3B06A 3NEVA 3WJYA 4ADSA 4Z1BA 4JS3A 1I45A 3TQ0A 5E1QA 5D2YA 5G2HA 4EOUA 5F2GA 1OFPA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2JK2A

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