2O9PA

Beta-glucosidase b from paenibacillus polymyxa
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
445
structure length
445
Chain Sequence
NTFIFPATFMWGTSTSSYQIEGGTDEGGRTPSIWDTFCQIPGKVIGGDCGDVACDHFHHFKEDVQLMKQLGFLHYRFSVAWPRIMPAAGIINEEGLLFYEHLLDEIELAGLIPMLTLYHWDLPQWIEDEGGWTQRETIQHFKTYASVIMDRFGERINWWNTINEPYCASILGYGTGEHAPGHENWREAFTAAHHILMCHGIASNLHKEKGLTGKIGITLNMEHVDAASERPEDVAAAIRRDGFINRWFAEPLFNGKYPEDMVEWYGTYLNGLDFVQPGDMELIQQPGDFLGINYYTRSIIRSTNDASLLQVEQVHMEEPVTDMGWEIHPESFYKLLTRIEKDFSKGLPILITENGAAMRDELVNGQIEDTGRQRYIEEHLKACHRFIEEGGQLKGYFVWSFLDNFEWAWGYSKRFGIVHINYETQERTPKQSALWFKQMMAKNGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structures of Paenibacillus polymyxa beta-Glucosidase B Complexes Reveal the Molecular Basis of Substrate Specificity and Give New Insights into the Catalytic Machinery of Family I Glycosidases
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Paenibacillus polymyxa
molecule keywords Beta-glucosidase B
total genus 167
structure length 445
sequence length 445
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2o9pA00
3ECQA 1KWGA 1QHPA 3AI0A 4GQQA 1BAGA 3PZ9A 1KXQA 3HMCA 5IFTA 5CLTA 3LPFA 4UNIA 2D2OA 1EOMA 4AD4A 3AHTA 3MS8A 3MUIA 3VIHA 2UY3A 3D5HA 3FY1A 2ZXAA 1Z32X 4Z2LA 2D22A 3GZAA 3CBWA 4PBGA 3W6MA 3CHEA 3NCOA 3WQ8A 2J7BA 1WE5A 2XVNA 4TX6A 5I0DA 3WF2A 1G1YA 2ZUUA 4P8WA 3VIIA 1FA2A 3EMCA 2DSWA 5D8ZA 3NJ3A 1ZBVA 4BQ4A 2GDUA 4GQRA 4EAMA 1ESWA 1NWRA 1H3GA 5M03A 3CUHA 2JIWA 3HN3A 3LMYA 4W86A 3WD3A 9CGTA 2WCAA 4DWSD 5I23A 2O9RA 3OZPA 3A4WA 3U5UA 2QF8A 1WDQA 1NQ6A 1TE1A 3CUGA 4OOUA 4P7QA 5IDIA 1B9ZA 1H0IA 4JKLA 3NUKA 4B9ZA 4J27A 2BY0A 4QAWA 4IUGA 4NZCA 6TAAA 1QI4A 3I3EA 4OZOA 3SUTA 1BGGA 3SCVA 4A3YA 3MUY1 4HU8A 2PI6A 3VDBA 1TUXA 4JHZA 3QHNA 1CENA 5IHRA 1FFRA 3T09A 2IUZA 1OIMA 1E55A 1GHSA 1QBBA 1E1EA 1XD1A 3VILA 2WB5A 2WMFA 1CWYA 5CPTA 3CZLA 2BHYA 4E4PA 1JZ3A 1B90A 3BSHA 4CD5A 4CCCA 1BG4A 3CHFA 4P7RA 2ZX9A 4CUCA 4CCDA 1DWFM 2VX5A 5BROA 2HISA 1HKMA 3UR7A 1QHZA 1M04A 1G94A 2E9LA 4ACZB 5E70A 1EDTA 4QFUA 5IHSA 1CPUA 3WQ4A 4W87A 1MW2A 1JZ6A 4AZCA 3WENA 3WEMA 3WH5A 3AZSA 3ARRA 1TZ7A 5D4YA 5GPRA 4CD4A 2A3CA 3WF3A 4MTVA 3UR8A 3G6MA 1WZMA 5M17A 1E5JA 3D3AA 1KB3A 1UD3A 4D6HA 1EGZA 2A3HA 2CXGA 4GPNA 5HNNA 2X09A 1E4IA 4C7FA 1UYQA 5CSUA 3IJ9A 2VNCA 1HP4A 3CUJA 3AISA 2XVGA 4JCLA 3WBEA 1WCGA 1JDAA 1BYAA 1V6XA 2YL6A 3POCA 3SCTA 4V2XA 4W85A 1B0IA 4U5IA 1BYDA 1QI2A 4JZ5A 4TTGA 3HU7A 2O92A 1UZ4A 1B2YA 3WNNA 1W2VA 3NDYA 3ZT5A 1R7AA 4D6EA 1J0IA 1K6AA 3ZO9A 1US2A 3VD3A 2WLYA 3WQ5A 4JKMA 5ABFA 2C8NA 4CVUA 3N1AA 3M07A 1EHAA 4XB3A 1HJQA 2EBNA 1EDGA 2VURA 3QHMA 3A6OA 4LXFA 3T08A 1CECA 1X6NA 5EB8A 1A3HA 4UFJA 4TUFA 1HJUA 2WVSA 2D3NA 3WH8A 4TVCA 3ZT7A 4R27A 1MVYA 3SUSA 1V3KA 1HP5A 3W38A 1VBRA 1KXHA 4KH2A 2PWEA 1CXLA 3ARVA 5CXPA 1VFFA 3AFBA 1E70M 1Q4NX 1NWUA 3L4YA 1QNOA 3VIJA 2WVVB 1JD9A 1V3HA 2ZE0A 2VR4A 3W6LA 2Y5EA 1Y7VA 3AXHA 3QOMA 2GDVA 1V6YA 4OBSA 3ARWA 1E6SM 3RM4A 2OLHA 4F9DA 5CPQA 3MANA 4X9YA 4ACZA 2ZX6A 2ZUNA 4DUXA 2PWDA 1XGZA 3PZGA 1M53A 3N15A 2XG9A 4HPHA 1J01A 1CLVA 2X2YA 1UD6A 2CBUA 3GH7A 3ARQA 4GO8A 2GUYA 2VQTA 1HNYA 2DT2A 5EFDA 3FXYA 4IPLA 2BY3A 1GOIA 1OGGA 2JFEX 2WWDA 3AMDA 4YPJA 4PRWA 4GIAA 5E0CA 2V38A 5I3DA 2XGBA 1BYCA 1QNQA 2WMKA 2YLAA 3N04A 4DUVA 2UY4A 3U7VA 4PTXA 3KWXA 3B9AA 1Q6FA 3GXDA 1JDCA 4D6IA 2EPLX 1CLXA 1OT1A 1JAKA 5E6ZA 1ZBCA 4EKJA 3ALGA 4QP0A 3W26A 2XJ7A 2WAGA 1HJWA 3AQUA 4N42A 1QVBA 5BYWA 4ATWA 1PPIA 4Z2IA 5GNXA 4MJ2A 3VIKA 3ZM8A 2VCAA 5A6SA 1U33A 4UR9A 3B9DA 4MNLA 2ZXDA 5DT7A 4HZ6A 1KR0A 1TMQA 4HMEA 4Z2GA 3SCNA 3LPPA 3BGAA 3RILA 4WKAA 4JFUA 5HXMA 4MPKA 7CGTA 5D9OA 1NARA 4AXNA 3W24A 4HA3A 3VX0A 3F5JA 3ARSA 1FH8A 1CNVA 3EYPA 3K4AA 5BXSA 4UQEA 2VVNA 3CO4A 1TA3B 2ZICA 4PMRA 4GI6A 1OT2A 1ZBKA 4AEEA 3UEQA 2WVVA 3OG2A 1K9FA 4P8UA 3W81A 2V3DA 4HP5A 5AY7A 3WQWA 1CGXA 2E8ZA 3AHXA 2A3BA 1DWJM 1ZL1A 3PTMA 2FHBA 1B1YA 4HTYA 4JL1A 4LYQA 3SCRA 3U5YA 2BHUA 3WDIA 3I3DA 1UQYA 3VVGA 1GQLA 2V5DA 1NOFA 3FHQA 2J78A 4AZ7A 3SCSA 3PZQA 4GZEA 2OWWA 2E9MA 4S3JA 1WDSA 4PSRA 1GORA 1ZB5A 1OIFA 4XUYA 3OBAA 3WH6A 4AZ6A 1KBKA 2XIBA 4BZYA 1B3ZA 3JUGA 1RP9A 2NT0A 5CPSA 1OINA 1XCWA 1FH9A 5A6KA 4W93A 3EMQA 4UFKA 5A1AA 3A3HA 2GVYA 1X6LA 3SUWA 2WSKA 2ZUMA 4PN2A 4V27A 3W82A 3VIOA 4D6JA 3CH9A 4PMZA 4WKFA 1JYXA 1H09A 1JYWA 1O6IA 2XSAA 2ZOXA 3VGHA 1E0XA 4UFLA 3RCNA 4MAZA 1JI2A 2CCRA 3KE0A 4WSKA 4DWSC 1M01A 2VCCA 1VB9A 3MU7A 3TA9A 4U2YA 1B31A 1W32A 1AVAA 1R8LA 1VFOA 5A95A 4W8BA 2B31A 1HXJA 3PZIA 2D20A 1XH0A 2BXYA 3AS0A 4M56A 1GVIA 2YDQA 3AJ7A 3BH4A 3J7HA 1W1TA 1AMYA 4K68A 4JAWA 1CYGA 3MMUA 3F4VA 1EA9C 3FAXA 4M82A 5A8NA 1E4MM 5E0FA 3RJXA 1S46A 4PTMA 3W28A 4XX6A 5AYIA 1GJUA 2XFYA 5D9PA 5D9MA 3AYRA 5DF0A 4D6FA 4M8UA 2ZWYA 1DWGM 4AIEA 2QPSA 2DSKA 4J3TA 2WCSA 1JGIA 1UA7A 1TA3A 4JIEA 4A4AA 5BXRA 1W1PA 2VX7A 2AMGA 3U7BA 1G9HA 5JIPA 1NWSA 3VU2A 4DUWA 3CGTA 5EFFA 1UR2A 1PAMA 4WK9A 4W89A 1WPCA 3CHCA 5I78A 1M7XA 1E1FA 2A3EA 1W3LA 1W1YA 2GFTA 2J75A 2ZIDA 4P7OA 4AZ5A 3DECA 4U33A 2QPUA 1MQRA 5A2AA 1R86A 5FCZA 4BA0A 3K4DA 1D7FA 3WKZA 5JUVA 1EQPA 1OGSA 3KL3A 1GPFA 4B3KA 2DEPA 3VD4A 4MB5A 2W4XA 4AD1A 3ARYA 2XSBA 4CN6A 1UOKA 3OA5A 3ZT6A 1MW0A 2F8QA 3CMGA 4W8LA 2CBIA 3ZR5A 2WYSA 1UUQA 3AS1A 4PMXA 4H2CA 3AHVA 2CHNA 1JFHA 3TOPA 2XWDA 2JEPA 4C7GA 3PBGA 3MSGA 4J3WA 3WL1A 2O9OA 1UR9A 1C93A 1KR1A 1ITCA 3FW6A 4ATDA 1J0KA 4AD3A 2J7GA 4PMOA 3GH5A 1EO7A 3DC0A 1JZ7A 5ABEA 4RE4A 4AIUA 1QI0A 5CLWA 2CEQA 1BG9A 2XHYA 3WDHA 3EMZA 1WZAA 1WDRA 1WB0A 2W62A 1ISXA 3WUBA 1LQ0A 2DT3A 4UOZA 4HA1A 4ZFMA 2F2HA 4UFIA 5I5RA 5ABFB 3O2LA 1VBUA 4JFSA 1UKSA 3M7SA 2W63A 3II1A 4GO9A 4QLJA 1CGWA 1FH7A 3WNOA 2X8RA 4P8XA 4J7RA 1UH2A 2WM0A 3VX1A 1ZU8A 2BNJA 2WHJA 1E40A 4Q7NA 3N9KA 3TTQA 5AC4A 3DYMA 2Y8KA 3WD0A 4ZXOA 1EHNA 1IZJA 8A3HA 1V3LA 1CDGA 2WHMA 1MQPA 3G6LA 4CU6A 2YA1A 4FLQA 3VO0A 2W67A 3T0DA 2ZX7A 2CBJA 4J3UA 5CJ5A 1NP0A 1ISVA 4PCSA 5BWFA 1QI5A 2WXDM 3AZTA 4D6GA 4PSPA 4A3HA 1ITXA 1UR1A 4PTWA 4PMUA 2WBKA 4PMVA 1TVNA 3NSXA 2XFRA 4PUDA 4U5KA 4ACYA 2FGZA 4E2OA 5I6SA 1CGYA 4CN1A 3RO8A 3UESA 4M24A 3TONA 2PWHA 2VZUA 2O9PA 2J77A 4HOZA 2FGLA 4U31A 2CYGA 3EBVA 4ZEPA 4LYRA 3WSUA 3T0AA 5A6JA 1UD8A 1SMDA 4D6CA 4UQBA 1QW8A 4KGJA 3WF4A 4BQ3A 4BS0A 2VZTA 2YBTA 4QDMA 5BRQA 2ZWZA 4L4PA 2WANA 4JL2A 1U30A 4CD6A 3IK2A 2WBGA 4KRUA 3AMLA 3AYSA 1UWUA 5A94A 1UH3A 1KQZA 1H11A 1VJSA 4TOQA 3MV01 3GNPA 1JIBA 2VRQA 1TFVA 2FDMA 4OBRA 2J47A 2CKSA 1HL8A 1GQJA 1K9DA 3NDZA 4FK9A 1B3XA 3WFLA 5AYBA 3OLGA 5E09A 3L2LA 2BY1A 5LA2A 1I1XA 1CXIA 1I1WA 5A2BA 1K9EA 4DM2A 3DYPA 3A4XA 1XV8A 2AAAA 2ZUTA 4R5EA 5TD4A 4U3AA 4HA4A 4J3XA 5DEZA 1OB0A 2EXOA 4TX8A 3IAQA 3K8LA 2V3EA 1UWTA 5A6BD 1R87A 5D8WA 1I75A 3KL0A 2RGLA 5A8OA 1OD0A 2BVDA 1RPKA 5EBAA 4UOJA 1LWJA 3WH7A 1RH9A 3GTNA 2EQDA 2VCBA 1QPKA 4ATLA 2DIJA 2J7HA 4QCFA 1QNRA 3U57A 6CGTA 5I79A 4IM4A 2JF6A 3B8SA 4FMVA 1J10A 1E9LA 3CIVA 4RE3A 2OWXA 1JXKA 2WCGA 1E6PA 2VVSA 1QI3A 2CESA 1B3VA 2PWGA 1YQ2A 4W84A 1CXFA 3SCPA 3N18A 1MYRA 4AD2A 2EPMX 1BQCA 1LL7A 1HT6A 3RM9A 2XM2A 4M80A 1H0GA 3BCDA 3VD9A 1UR8A 4Z2KA 1QNPA 5CZKA 1XD0A 3M6DA 5EMYA 2D3LA 2YJQA 1BHGA 1XRVA 2GJXB 2BVTA 4GZJA 3BCFA 2CPUA 1W9XA 4W7UA 3BXWA 1X1NA 1UR4A 3S2CA 2UY2A 3AS3A 4M81A 2C0HA 1CXEA 1KXTA 2EEXA 4HZ7A 2EPNA 4JHOA 1CGTA 4KWUA 1QBAA 4JFVA 2DIEA 2VT0A 4UCFA 1VFMA 2J7CA 2VR5A 2X05A 3IJ8A 1JXJA 2TAAA 1ZJAA 3RM8A 1BFNA 1V3JA 1KCKA 3L4VA 1G5AA 1AQHA 3VIMA 3AIVA 1GOWA 1UKPA 4CCEA 3AHZA 4AC1X 3ZR6A 4D71A 1UA3A 4M1RA 1DWIM 4S3KA 1ECEA 1TVPA 1E5NA 7TAAA 3UG5A 1CGVA 3T0BA 2WVTA 2JALA 3TTSA 1UWIA 5CGMA 1MXDA 3UG3A 5I77A 3E1F1 3NSMA 1E0WA 1D3CA 1JF6A 1JG9A 1VEMA 4N0RA 3SCWA 4J28A 1Q6EA 3AMGA 3GBDA 1VJZA 2YDRA 3AIWA 4PTVA 2EPKX 3ZJKA 4W7VA 1GNXA 3W25A 2J79A 2G8ZA 5CSYA 4B16A 3WD4A 1GCYA 3BAKA 1PEZA 1MFVA 2XPKA 1EIBA 3GM8A 1V0LA 5DO8A 1DHKA 4UZUA 1OM0A 1MQQA 2NSXA 2CITA 1BVNP 4LYPA 4MNKA 1ZS2A 5FL1A 4UFHA 2Y4SA 1PX4A 4Y7EA 3VM7A 2XWEA 3BAYA 1CZ1A 4H41A 3T2QA 2VZOA 1UWSA 4J3VA 1TG7A 5JBFA 1N82A 2VRKA 3A47A 2DSZA 1EDQA 2D24A 2F61A 2GJXA 3UERA 1UHVA 1W3KA 1DEDA 4UFMA 2DQXA 3BMVA 1XSJA 1JYNA 1JD7A 5DMYA 3ARPA 3WH9A 1H49A 3CPUA 4Z2HA 3EDFA 1BPLB 4MB1A 3L4ZA 2W66A 5C71A 3EDJA 1JYVA 4UTFA 4OJYA 1KQYA 1OWQA 1UWRA 2WNWA 3CMJA 1C90A 1E15A 1E4LA 2PC8A 2GJPA 5BCAA 2OWCA 3L4XA 1O7AA 4AW7A 3IAPA 2OSXA 5FKYA 3WELA 4BCEA 4Z2JA 2WKGA 4JKKA 4PMNA 3ZIZA 3WF1A 1ISWA 5CQ1A 5AC5A 1BGAA 1HVXA 3AIEA 4TVDA 1V3MA 1E72M 4IPNB 1C3FA 2FHCA 2XGIA 1GQIA 3EDKA 3AOFA 1UD2A 1JZ8A 1WKYA 3PZVA 3THDA 3I3BA 3OLIA 1BLIA 2EO7A 3VIPA 1W3JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ECQ A;  1KWG A;  1QHP A;  3AI0 A;  4GQQ A;  1BAG A;  3PZ9 A;  1KXQ A;  3HMC A;  5IFT A;  5CLT A;  3LPF A;  4UNI A;  2D2O A;  1EOM A;  4AD4 A;  3AHT A;  3MS8 A;  3MUI A;  3VIH A;  2UY3 A;  3D5H A;  3FY1 A;  2ZXA A;  1Z32 X;  4Z2L A;  2D22 A;  3GZA A;  3CBW A;  4PBG A;  3W6M A;  3CHE A;  3NCO A;  3WQ8 A;  2J7B A;  1WE5 A;  2XVN A;  4TX6 A;  5I0D A;  3WF2 A;  1G1Y A;  2ZUU A;  4P8W A;  3VII A;  1FA2 A;  3EMC A;  2DSW A;  5D8Z A;  3NJ3 A;  1ZBV A;  4BQ4 A;  2GDU A;  4GQR A;  4EAM A;  1ESW A;  1NWR A;  1H3G A;  5M03 A;  3CUH A;  2JIW A;  3HN3 A;  3LMY A;  4W86 A;  3WD3 A;  9CGT A;  2WCA A;  4DWS D;  5I23 A;  2O9R A;  3OZP A;  3A4W A;  3U5U A;  2QF8 A;  1WDQ A;  1NQ6 A;  1TE1 A;  3CUG A;  4OOU A;  4P7Q A;  5IDI A;  1B9Z A;  1H0I A;  4JKL A;  3NUK A;  4B9Z A;  4J27 A;  2BY0 A;  4QAW A;  4IUG A;  4NZC A;  6TAA A;  1QI4 A;  3I3E A;  4OZO A;  3SUT A;  1BGG A;  3SCV A;  4A3Y A;  3MUY 1;  4HU8 A;  2PI6 A;  3VDB A;  1TUX A;  4JHZ A;  3QHN A;  1CEN A;  5IHR A;  1FFR A;  3T09 A;  2IUZ A;  1OIM A;  1E55 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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