2O9PA

Beta-glucosidase b from paenibacillus polymyxa
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
445
structure length
445
Chain Sequence
NTFIFPATFMWGTSTSSYQIEGGTDEGGRTPSIWDTFCQIPGKVIGGDCGDVACDHFHHFKEDVQLMKQLGFLHYRFSVAWPRIMPAAGIINEEGLLFYEHLLDEIELAGLIPMLTLYHWDLPQWIEDEGGWTQRETIQHFKTYASVIMDRFGERINWWNTINEPYCASILGYGTGEHAPGHENWREAFTAAHHILMCHGIASNLHKEKGLTGKIGITLNMEHVDAASERPEDVAAAIRRDGFINRWFAEPLFNGKYPEDMVEWYGTYLNGLDFVQPGDMELIQQPGDFLGINYYTRSIIRSTNDASLLQVEQVHMEEPVTDMGWEIHPESFYKLLTRIEKDFSKGLPILITENGAAMRDELVNGQIEDTGRQRYIEEHLKACHRFIEEGGQLKGYFVWSFLDNFEWAWGYSKRFGIVHINYETQERTPKQSALWFKQMMAKNGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase B
publication title Crystal Structures of Paenibacillus polymyxa beta-Glucosidase B Complexes Reveal the Molecular Basis of Substrate Specificity and Give New Insights into the Catalytic Machinery of Family I Glycosidases
pubmed doi rcsb
source organism Paenibacillus polymyxa
total genus 167
structure length 445
sequence length 445
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2o9pA00
1MFUA 3GH7A 4TX8A 2TAAA 3MUZ1 1W9XA 1Z32X 2YJQA 1KGUA 2JF7A 5JBEA 1J0YA 1UR4A 1WE5A 1J0ZA 1NH6A 3MV01 1KQYA 1UD5A 3BGAA 4JHOA 1HL8A 4FF5A 4TX6A 5DF0A 3CHEA 1B31A 3W38A 3WNOA 3VD5A 2WXDM 5A6LA 1TFVA 4W84A 5FCZA 4DUWA 1KCLA 3S6TA 3B9DA 3FHAA 1VFUA 2V5DA 5A6AA 4UQCA 4X0VA 4DM2A 4B15A 1C90A 1TMQA 4GI6A 3W37A 1V6UA 5JUVA 4WSJA 2VNCA 4CU8A 5JIPA 1NP0A 3WBAA 4KWUA 3GZAA 4AD4A 3NJ3A 1G0CA 1AMYA 3APGA 3WD4A 3VGHA 2IXVA 1E6ZA 3WUBA 3FAWA 1ZB5A 3G6MA 2OYLA 1QI3A 5CZKA 1VF8A 4B3LA 1OCQA 3AICA 2QV4A 4EKJA 2IXUA 3EDJA 3O2LA 3QHNA 1UR9A 4U2YA 1V6XA 2VZOA 1DEDA 1NWTA 2VVNA 5ABHA 5KZ6A 2WAGA 2YBUA 4LPCA 3OGSA 1GJUA 3PN8A 1M04A 3LPFA 1KQZA 1E73M 2J4GA 5CPTA 1MXDA 4YPJA 2OWXA 3WDRA 1EH9A 2E4TA 2XYLA 1HF6A 4PMNA 1TG7A 1W1VA 1N82A 3WNMA 2YDRA 2JFEX 1E1FA 1PAMA 2CESA 1UUQA 2WVVA 1V3MA 4H2CA 1XCXA 2VMFA 4IPLA 1V3KA 4AD2A 1W2PA 1CWYA 3POCA 1ITCA 2WHMA 2BFGA 4WLCA 3VIJA 3VIFA 5EB8A 3A4AA 3OLGA 1BGAA 2OWWA 3AFBA 4KGJA 5I2UA 2BVDA 4AZ7A 4MB5A 4FMVA 2WZEA 1UWUA 2PBGA 5BWFA 4CCEA 3WL0A 1EQCA 4CN4A 5GNYA 3WNLA 2NSXA 4AZCA 4BQ3A 2FHBA 1OGSA 2G3JA 3WNKA 2VT0A 1TCMA 5C8BB 1E9LA 4D6DA 2XPKA 1MYRA 3FW6A 1WZKA 2BY2A 4FLQA 4P7OA 3AXHA 5E9AA 4UZUA 4ATWA 1JNEA 3OGVA 2J7EA 3WMSA 1HJXA 1JYWA 4ZEPA 2GJRA 3OBAA 2E40A 4W7WA 1OGBA 1DWJM 1ODUA 4W8AA 4PUDA 5JBDA 1JAEA 4AZGA 4U5IA 3VPLA 3UR7A 6A3HA 2WMKA 1EDTA 4MNJA 3OGRA 1CGUA 1NOWA 1D2KA 2OSXA 2JF6A 1J0IA 1DWHM 3W24A 5BCAA 3ARUA 3BAYA 1C7SA 1SR0A 5I79A 3DYPA 1W3KA 2FGZA 1KB3A 1UQZA 4BS0A 2WLZA 2BVTA 4P7LA 5D4YA 5FIPA 3CUFA 1F4HA 1K9FA 2PBOA 1ZBWA 2JIEA 3SUTA 3AIWA 3SUWA 2NT1A 5A2CA 4W8BA 2G3IA 2VL4A 2YOCA 2PC8A 3SCRA 1FA2A 4JFTA 3DC0A 1FP8A 3CUGA 1WZLA 4U5KA 1RP9A 4AZBA 1UA7A 4NI3A 4UFHA 4RE2A 3TTQA 2E9MA 3MKKA 3QHMA 4ZFMA 1R85A 5E70A 2YA2A 2J79A 5A6KA 1L0PA 1UKTA 3SCUA 2WVSA 4D1JA 4PN2A 3GBDA 5BYWA 2XFYA 1QI4A 4MNKA 4D6FA 4KRTA 4MTVA 3EDEA 3OZOA 3OZPA 2ZICA 5DT5A 1ZL1A 1UWSA 2Z1SA 3AIEA 2JIWA 4J7RA 1VEOA 5D8ZA 1B2YA 5IFPA 1OIMA 3CLWA 2VCCA 4DWSB 1HKKA 1BYCA 1J9YA 4L4OA 1WDQA 2XIBA 5A8QA 2BXZA 1CBGA 1C8XA 1H5VA 3SUVA 2GK1A 3IJ7A 1AVAA 2YDSA 3LPGA 4A4AA 1UD6A 2VR5A 4OIFA 3PHAA 3ARYA 3F4VA 1UHVA 3BMVA 3W82A 1KGWA 4TTGA 2V5CA 3EMCA 5A6MA 2JALA 1E0WA 3WEMA 1HVXA 3AS3A 2DH3A 1V02A 4M82A 5HDRA 4R27A 2EPOA 3W0KA 1MXGA 1NM9A 5TD4A 3WUFA 2G4FA 4QCEA 3CZLA 2YL6A 2XGIA 2V3DA 3CO4A 4H8UA 2DSWA 1W9VA 2WVTA 3N12A 1OM0A 3T0DA 5I23A 1CGVA 1JZ4A 3G6LA 2WCSA 7CGTA 2EEXA 2Y5EA 3RM8A 2BHYA 1LQ0A 3CZ8A 1GPFA 1ESWA 5IFTA 5I5RA 4Z2IA 4CU6A 5CLWA 1UKSA 1VENA 3T2PA 1EXPA 3WNNA 2V3FA 5LA2A 4F79A 3BLPX 1QHPA 2BY1A 3L4VA 1BYAA 3NCOA 4F66A 5CXPA 1UD8A 4TTUA 3HU7A 3J7HA 5D9OA 4IUGA 5LYRA 1HJQA 3ARXA 1NQ6A 3CGTA 4YHGA 3AMCA 2WMFA 3B9EA 3RILA 1EIBA 2G8ZA 1YHTA 3WD1A 1KBBA 3MSDA 3K8KA 1BTCA 2OWCA 1CGXA 1LG1A 3II1A 4MJ4A 5A8NA 1WB0A 4N42A 3NSMA 1CIUA 4HU8A 1CLVA 4UTFA 2ZX5A 1BQCA 1R86A 2FH6A 1PIFA 4P7QA 2E9LA 1GOQA 3TA9A 1CZ1A 5ABEA 3W53A 4UCFA 1XRVA 1NP2A 2XG9A 1NWUA 1B3YA 3UG3A 3L2LA 2CKSA 3RDKA 4D71A 3WDIA 2XWEA 3KE0A 4W87A 4M1RA 1C91A 1J0HA 4PSRA 2D2OA 9CGTA 1Y7VA 2NW0A 3K4AA 3NDZA 2A3BA 1UZ4A 3CZJA 1BVNP 2J74A 1MVYA 1CDGA 1WDRA 5DMYA 5KEZA 2O9PA 4PCTA 3O6AA 3ZM8A 3ZIZA 4W8LA 3WQVA 4RE4A 4AY1A 1UKPA 3HMCA 5E0CA 4HA3A 1B90A 1NOUA 1U2YA 1W3HA 3CMJA 1B3WA 4TVDA 3DYOA 3VD4A 2DIJA 2G3NA 4PYSA 1BLIA 3AHYA 1XH2A 1E6XM 5CQ1A 1E56A 2WNWA 2A3HA 2JEQA 3AROA 3OA5A 1X6LA 4WK9A 3VIHA 2XM2A 1WZMA 2ZX7A 2CBIA 1V0KA 3PTMA 1V3IA 4UQDA 3AYRA 1HT6A 5D8WA 1W9PA 4DM1A 3EMZA 5BROA 4D6JA 3OB8A 3M46A 3QOKA 4XX6A 3N13A 4ZXLA 7A3HA 4MB3A 1HKIA 1MQPA 1GCYA 1PX8A 4W88A 1VBRA 3NIYA 5CG0A 4M8UA 2E8ZA 1QBAA 4CD8A 3LMYA 4MB1A 3ARSA 3TTYA 3M6DA 4AEFA 1UWRA 2CIPA 4Z2KA 1I1WA 2W92A 1V6WA 3D5HA 4PTWA 1EA9C 2E3ZA 3DECA 2XVNA 1QVBA 3CH9A 2UY3A 3GXMA 1QNSA 3IJ9A 4KMQA 2WMIA 5A3HA 2BV9A 1B3VA 1HNYA 1JDDA 1W9BM 4C7GA 5BRQA 2BHUA 2VRQA 4CCDA 5D9NA 1CTNA 1CENA 4CU7A 5A8OA 3WF1A 3AMLA 4AD5A 1BG9A 2CERA 4GZJA 3ZT7A 4XB3A 4QP0A 1F4AA 3AIUA 4QLKA 2ZUSA 2VZSA 3SCOA 3SCTA 4EANA 4Z2HA 2PWGA 3WL1A 1W9DM 1GVYA 3GH5A 3PZMA 2A3CA 2W66A 1WNOA 1FHLA 4HMEA 1HXJA 3TP4A 2ZUMA 3T0BA 1E40A 3ZJ6A 5FL1A 4AIOA 4MAZA 3WDQA 1E4IA 1UKOA 4HPGA 5CLTA 3VNZA 3VIPA 2ZX6A 5ABFB 5EMYA 4NSBA 3T2QA 4GO8A 2BY0A 3WKZA 3WMCA 4BQ4A 1JG9A 1OINA 4N0RA 4JFUA 2XJ7A 4URIA 3SUSA 1VFOA 2GVYA 4M81A 5CSUA 4D6EA 3BAJA 1JZ2A 1WDPA 2X05A 2EBNA 2EPKX 1DWAM 1CLXA 1MW3A 1ISZA 3BSGA 1CXIA 3TTOA 3EDFA 4V2XA 4FLRA 1CXHA 1QW9A 3BLKA 3CBWA 3FXYA 4BCEA 1BF2A 4U3CA 1E6QM 4B3KA 3L4ZA 1NOFA 1ZJBA 2BXYA 3U7VA 2VCAA 2GJXA 3WBEA 4UFKA 2EPLX 3ZSTA 1HL9A 1ISXA 4WKAA 1E6NA 1EHAA 2CKRA 3WDJA 1R8LA 1FH7A 5AYBA 3CUIA 4AZHA 4CCCA 1WAWA 1MWOA 2ZOXA 2WPGA 3RIKA 3VMOA 1UOKA 3AIVA 4W86A 1ZS2A 1R7OA 3B9AA 1UWTA 2Y8KA 4S3KA 3TOPA 4S3JA 3MUIA 3WD0A 1V08A 1KGXA 2WWCA 3PZTA 3VIMA 2GDUA 3I3EA 1E55A 1ITXA 5E6YA 3AIQA 1V3LA 4U33A 5EFFA 1M7XA 3RO8A 4JZ5A 1I75A 2ZUNA 1H0IA 3VX1A 1G1YA 1LL7A 1QI5A 4D6HA 4CD6A 2UY4A 3K4DA 3RJXA 1R7AA 2A3AA 3ARZA 1S46A 4PMYA 2W91A 3AZRA 2RGMA 3AZTA 3WH6A 1P6WA 1ZJAA 1QI0A 1AQ0A 2WHLA 1TA3A 3W6LA 1HP5A 4D6GA 2ZE0A 3WQ5A 4H04A 3AXIA 4F8XA 1Q6EA 3W27A 1TE1A 1G9HA 1W91A 1GVIA 3AISA 1CGTA 1IT0A 1EOMA 4TXEA 1D3CA 2ESCA 4PMZA 3ZJKA 2DSUA 2BVYA 3N1AA 1XYFA 2WK2A 1H11A 3ALGA 3GTNA 4A3HA 3RM9A 1C8YA 1US3A 5DT7A 2EXOA 1CXLA 1OD8A 2A3EA 3VOCA 3GDBA 3T09A 2VUYA 4PMRA 4AD1A 3CZGA 3UR8A 3VO0A 5CJ5A 2XUCA 3N15A 1AQHA 2BHZA 1XV8A 7TAAA 3U5YA 3PZNA 1LJYA 1QNRA 4GKLA 3VU2A 2QLYA 5I3DA 3VDBA 4HPHA 1K9EA 3CMGA 1J01A 5HOSA 4GQQA 3MMWA 1EDGA 2WZIA 3UG4A 1PZ3A 3AMGA 1E3ZA 5AYIA 2VX6A 2FDMA 1E0VA 2YL9A 1H41A 1FFQA 4QAWA 4A3YA 1BFNA 3LPOA 2J8FA 2J7DA 3GXFA 3VGDA 1W32A 3UCQA 1HN1A 4CUCA 1JZ7A 1SMAA 4JCMA 1B3ZA 3ARQA 1K9TA 4MPKA 4CKQA 3PTKA 3PZQA 1DHKA 4PTXA 5BXRA 1Q6FA 2WHJA 3KZSA 4ACZA 3VGGA 4MB4A 4MNMA 3FHQA 1OIFA 2VRJA 2W61A 1JYVA 1DP0A 2Y8VA 1HP4A 5A6SA 5GNZA 4W7UA 1PEZA 3IAPA 1PJ9A 1OT1A 2AAAA 4UFJA 2PWDA 3CUHA 3N9KA 3W29A 1YQ2A 2CCRA 2F61A 2JEPA 1JL8A 3A47A 4RL3A 3U57A 1PX3A 1NARA 4TUFA 4Y7EA 5A95A 1MW2A 1CEOA 1BHGA 5I0DA 1WP6A 3DHUA 2DDXA 1HX0A 2XVGA 2DT2A 3WNPA 3WN6A 1HJSA 4BQ2A 1IZJA 3THCA 4MJ2A 2GDVA 5IHRA 1SYTA 4AMCA 4JHZA 1OWQA 1TVNA 5A69A 2FGLA 5M5DA 1UD3A 4GO9A 4QLLA 4J3SA 2VX4A 1RD6A 3SCVA 1V02E 2CHOA 1J11A 2C0HA 1VB9A 4W85A 4AW7A 1UD4A 3L4YA 4PMOA 1CYGA 5A6JA 3GBEA 1UH2A 3CZEA 3WDHA 1VAHA 1C7TA 2WC3A 2J7FA 4F9JA 3L2MA 3DHPA 1JI2A 2XFRA 3OG2A 1O7AA 4HA4A 1DTUA 2VQUA 3ZMRA 4OBRA 2O92A 1UWIA 2CBVA 1GOMA 1G94A 2OLHA 2GSJA 4K68A 4OKDA 2XVLA 1K9DA 3PZGA 3VKKA 2QMJA 4HZ8A 3WH9A 4PBGA 4D72A 4KRUA 4UOJA 1GOKA 1EDQA 4ZENA 2J7HA 3WEZA 1E3XA 3WQ4A 4R5EA 4W93A 3PZVA 1EO7A 4AC1X 2XM1A 1V6VA 1M53A 2XSBA 4JKKA 2VZTA 4W5ZA 3DYMA 1CGWA 1QW8A 1XSKA 1CNVA 2WLYA 1CXFA 1GQJA 4IISA 4GZIA 1GQLA 1HKMA 5E09A 3MSGA 4M24A 3GNPA 2ZWYA 5GQBA 4AXNA 1CECA 1EHNA 4PEEA 3L4XA 1C8QA 4PTVA 4TVUA 2D0HA 3W26A 2J75A 2CXGA 3QGVA 2J25A 1E5JA 4J28A 3AJ7A 3OLEA 4QFUA 2WBGA 4XZWA 5I6SA 3VIIA 3N17A 2O9OA 3WD3A 4J27A 3GNOA 3WENA 1GOIA 1I1XA 3CHDA 4X0NA 2DIEA 2CETA 3SCQA 2WKGA 1KWGA 3WIJA 2PWEA 2VZVA 3EDKA 4AYSA 3E1F1 5M17A 5BRPA 3VILA 4GPNA 4XV0A 3S2CA 3IAQA 2DH2A 5CPSA 1DWIM 2WSPA 1NWSA 4WKHA 1WPCA 2XVPA 1XCWA 4JAWA 1ZU8A 3D3AA 3AMDA 3MANA 4W89A 3MMDA 3BMWA 5IHSA 3WMBA 3ARPA 1RH9A 8A3HA 3AOFA 1JFXA 2ZXQA 3VTRA 2XSAA 4PMVA 3VIGA 2EO7A 1GOWA 2HVMA 4U3AA 4EK7A 1KXQA 4GINA 2UY5A 3GXIA 4TOQA 4GI9A 1ECEA 2B31A 2V3GA 2VJXA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MFU A;  3GH7 A;  4TX8 A;  2TAA A;  3MUZ 1;  1W9X A;  1Z32 X;  2YJQ A;  1KGU A;  2JF7 A;  5JBE A;  1J0Y A;  1UR4 A;  1WE5 A;  1J0Z A;  1NH6 A;  3MV0 1;  1KQY A;  1UD5 A;  3BGA A;  4JHO A;  1HL8 A;  4FF5 A;  4TX6 A;  5DF0 A;  3CHE A;  1B31 A;  3W38 A;  3WNO A;  3VD5 A;  2WXD M;  5A6L A;  1TFV A;  4W84 A;  5FCZ A;  4DUW A;  1KCL A;  3S6T A;  3B9D A;  3FHA A;  1VFU A;  2V5D A;  5A6A A;  4UQC A;  4X0V A;  4DM2 A;  4B15 A;  1C90 A;  1TMQ A;  4GI6 A;  3W37 A;  1V6U A;  5JUV A;  4WSJ A;  2VNC A;  4CU8 A;  5JIP A;  1NP0 A;  3WBA A;  4KWU A;  3GZA A;  4AD4 A;  3NJ3 A;  1G0C A;  1AMY A;  3APG A;  3WD4 A;  3VGH A;  2IXV A;  1E6Z A;  3WUB A;  3FAW A;  1ZB5 A;  3G6M A;  2OYL A;  1QI3 A;  5CZK A;  1VF8 A;  4B3L A;  1OCQ A;  3AIC A;  2QV4 A;  4EKJ A;  2IXU A;  3EDJ A;  3O2L A;  3QHN A;  1UR9 A;  4U2Y A;  1V6X A;  2VZO A;  1DED A;  1NWT A;  2VVN A;  5ABH A;  5KZ6 A;  2WAG A;  2YBU A;  4LPC A;  3OGS A;  1GJU A;  3PN8 A;  1M04 A;  3LPF A;  1KQZ A;  1E73 M;  2J4G A;  5CPT A;  1MXD A;  4YPJ A;  2OWX A;  3WDR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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