2O9RA

Beta-glucosidase b complexed with thiocellobiose
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
445
structure length
445
Chain Sequence
NTFIFPATFMWGTSTSSYQIEGGTDEGGRTPSIWDTFCQIPGKVIGGDCGDVACDHFHHFKEDVQLMKQLGFLHYRFSVAWPRIMPAAGIINEEGLLFYEHLLDEIELAGLIPMLTLYHWDLPQWIEDEGGWTQRETIQHFKTYASVIMDRFGERINWWNTINEPYCASILGYGTGEHAPGHENWREAFTAAHHILMCHGIASNLHKEKGLTGKIGITLNMEHVDAASERPEDVAAAIRRDGFINRWFAEPLFNGKYPEDMVEWYGTYLNGLDFVQPGDMELIQQPGDFLGINYYTRSIIRSTNDASLLQVEQVHMEEPVTDMGWEIHPESFYKLLTRIEKDFSKGLPILITENGAAMRDELVNGQIEDTGRQRYIEEHLKACHRFIEEGGQLKGYFVWSFLDNFEWAWGYSKRFGIVHINYETQERTPKQSALWFKQMMAKNGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase B
publication title Crystal Structures of Paenibacillus polymyxa beta-Glucosidase B Complexes Reveal the Molecular Basis of Substrate Specificity and Give New Insights into the Catalytic Machinery of Family I Glycosidases
pubmed doi rcsb
source organism Paenibacillus polymyxa
total genus 163
structure length 445
sequence length 445
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2o9rA00
1EO7A 3ARQA 4UOZA 4HPGA 4OIFA 1UKOA 3VMOA 1ZBKA 4GI9A 3T09A 5D9PA 4UTFA 3G6LA 3N1AA 1NM9A 1V02A 3ECQA 4DM2A 5A8OA 1OGSA 2G3IA 5D9MA 2J7HA 3DECA 3PZMA 5ABFB 4W5ZA 1HX0A 4J3SA 5I5RA 5BXTA 2J4GA 4J28A 3FY1A 4TX8A 1U2YA 1NOWA 2VC9A 1YHTA 3RM8A 1B2YA 1WB0A 2AAAA 3PZUA 5I78A 5A6BA 4AWEA 2MANA 2F61A 4R27A 2ZX9A 4CD7A 2BVYA 2EPNA 2ZOXA 5A2AA 2ZXAA 4NI3A 3ZT7A 3W28A 3ZJ8A 4B15A 5E0CA 2CXGA 2PC8A 4JKKA 3RILA 1XYZA 3GDBA 2F2HA 3CUHA 3ALGA 2A3EA 2YKKA 3UESA 4PBGA 3UCQA 1E6XM 1N82A 2PWGA 2XGBA 3AXXA 2D3NA 2X2YA 1AQMA 4P8XA 2F8QA 4GZJA 1WZKA 4WLCA 1XH2A 3A47A 1UR4A 4UNIA 4OBRA 1MQPA 1F4HA 2WSPA 5DEZA 3GBDA 1DWIM 1TUXA 2ZUNA 3MUAA 1M03A 4AD3A 1CXLA 3TP4A 3WQ4A 1V03A 2WVUA 4PMUA 2WZHA 1FA2A 2YBUA 4WK9A 4TVDA 1PBGA 3AIVA 4NRRA 3VU2A 1XH0A 2J77A 1CXHA 1CXFA 3KL0A 1FHDA 1VEOA 2WMFA 1UHVA 2WVSA 1YQ2A 4WF7A 3WL1A 3BAXA 1JZ5A 1BYDA 1QI0A 1UD8A 3QHOA 4GO8A 1WP6A 4S3JA 4M8UA 5GPRA 1H1NA 3OIHA 1TCMA 1E4LA 4JKLA 4BS0A 1WDRA 4GQRA 2X8RA 4MNJA 2VNCA 2A3CA 4PTXA 5FIPA 1C8YA 1PEZA 1CXIA 3A4WA 3O6AA 5FL0A 1V3KA 3WMBA 1OT1A 1UR2A 4AZHA 1W3LA 3ARSA 4PMDA 3VDAA 4HU0A 5IHSA 2BV9A 2EJ1A 1LL7A 1QI2A 4AD1A 4JHZA 4LYPA 1VAHA 1J0IA 3SUWA 5EMYA 3WNKA 1HJQA 4Z2LA 1W1PA 1DTUA 1E3ZA 4U31A 2CIPA 4F9DA 1E5NA 4C7GA 1Q6GA 5A6AA 2VMFA 3TOPA 4L4OA 5JUVA 4FF5A 3BSHA 3HJEA 4WKFA 2XUCA 4YHGA 1IZKA 1J10A 5E09A 3PZ9A 1BTCA 1XD0A 2V5CA 2XM2A 4AZIA 3MUIA 3VGFA 1E56A 1W9PA 2YDSA 2O9RA 3MANA 3UR8A 1XHGA 3F5LA 2XFYA 4RE2A 4HA1A 3WUEA 2ZE0A 2OWXA 3N04A 1KR0A 2JALA 5E0FA 3VIIA 1X6LA 2PI6A 4WKHA 3APGA 6A3HA 2X09A 2YA2A 6CGTA 1UH2A 1KQZA 2EPKX 2D23A 3M07A 1H5VA 3WF3A 3TTOA 2WKGA 4MTVA 2AOSA 3WEZA 3WMCA 8A3HA 5A6KA 1C92A 4RL3A 1ISVA 1ISZA 1BG4A 4AISA 3SCRA 2FDMA 5CZKA 3K46A 1WZLA 3VVGA 4GI8A 3U5UA 3AS3A 2WPGA 3QHMA 1KR1A 4JFWA 3AHTA 3RJYA 3AYSA 5DFAA 1K9EA 1E73M 2WVVB 2Z1KA 1EDTA 1D7FA 1DWHM 2G41A 2EXOA 3WSUA 1R7OA 1WCGA 4CN6A 1S46A 3CZEA 3K4DA 5LYRA 1J12A 1UD6A 4AIEA 3ZOAA 3U7BA 3AHZA 2C7FA 2ZUMA 1UKQA 3F5JA 3DYOA 1JFHA 2CHOA 2EPLX 2DGAA 3HN3A 1DWJM 4EANA 1VBUA 1UH4A 3VM7A 2YL8A 4D6DA 2WMJA 2E8YA 3DYMA 1HJSA 1UR8A 1NP2A 3UETA 3EYPA 1RH9A 4OKDA 1BGGA 2D0HA 2E40A 4IM4A 4F79A 4B3LA 3CH9A 4LX4A 2OSWA 1SFSA 4UOJA 4J3XA 2Y8VA 3RM4A 2W92A 1KXQA 4W8LA 4HPHA 5D4YA 1EDGA 4V28A 3N12A 2X0YA 3PZVA 3N9KA 3SCSA 3N15A 1IV8A 1HL9A 3CTTA 3DHUA 3MS8A 5CSUA 4J27A 3WDRA 4DUXA 1NWSA 4V27A 1W3JA 3AIRA 4DWSA 4AD4A 2GSJA 1QNRA 1HP5A 1KB3A 4B9ZA 3VD5A 2WBGA 5E70A 1XRVA 4BCEA 3WY1A 2VQTA 1XCWA 2DIEA 1XC6A 2CCRA 3WEOA 3W82A 4EK7A 1KCKA 2YDQA 4PN2A 5A95A 2V38A 2DSWA 5AY7A 2YIHA 3WDPP 3NCOA 5AC5A 3WUGA 2CBUA 1JF5A 1CEOA 3W81A 3SEPA 4DUWA 4J3UA 3WD4A 3CMGA 3TTSA 3VUPA 1MVYA 3GYCA 2ZUUA 2J7FA 4EKJA 3CZKA 4B3KA 1B90A 1LLOA 1G9HA 3KL3A 1WAWA 4HOZA 2WWCA 3GNOA 3W29A 3GXDA 4ACZA 3AZRA 2ZX6A 1XD1A 1BFNA 2OYLA 4AD0A 1QPKA 1G94A 2W61A 1JFXA 5IHRA 1CGVA 1JAEA 2WCAA 4P8UA 1I1XA 4X9YA 3RMEA 4GINA 3WQVA 1Q4NX 4W8AA 2ZX8A 2YDRA 1TZ7A 1TE1A 2VCAA 5I6SA 3VPLA 4W85A 2XVPA 4UQ9A 4BA0A 3I3DA 4TVUA 4JCMA 1BLIA 1NWTA 4KMQA 2WMIB 1US3A 2WCGA 4Z2IA 1K9TA 2VRQA 1M04A 1ITXA 4HA4A 3W6LA 4UZSA 1D2KA 1WZAA 2VX5A 3VM5A 1JXJA 2A3HA 1W91A 3L4YA 1JZ3A 1HKJA 4FMVA 3UG5A 3O2LA 3FW6A 4JFUA 3TTQA 1H3GA 2DSKA 2WANA 1GQKA 5AYBA 2GUYA 1J18A 2VR5A 4F66A 1OINA 4ZXOA 1MYRA 3PBGA 3QGVA 2J75A 1UKSA 7CGTA 1BAGA 4H8VA 2WHKA 2Y8KA 2WM0A 2O9TA 4CCCA 4GKLA 2J8GA 3M7SA 3ARRA 1E6SM 3ZMRA 3EDKA 4W8BA 1HIZA 4MAZA 1QHPA 3WUFA 2O9OA 4MNLA 4HA3A 2YOCA 2W67A 4LPCA 1ZL1A 1BG9A 1H09A 3WQWA 3GNPA 3VX1A 4AC1X 2VR4A 1BF2A 1EGZA 4D71A 3GZAA 3ZT5A 5BCAA 3NDZA 1CBGA 1UWTA 2WVTA 4HZ8A 2J7BA 4BQ3A 3ALFA 2EQDA 1H4PA 3QHNA 2OWCA 1UZ4A 2FHFA 3T08A 1KXVA 4A3HA 3WELA 2D3LA 8CGTA 1GHRA 5A8NA 2YL9A 2ZX5A 2D1ZA 1DWGM 4KGJA 1OD0A 3BAKA 2W4XA 2PB1A 3PN8A 2XVNA 3W37A 1OBAA 2WK2A 1UWUA 1E0XA 1E1FA 1LWHA 2DPEA 5GNZA 5BXRA 1BQCA 2XFFA 2Y24A 1BGAA 1JXKA 3SCNA 1NH6A 1K9FA 3WMSA 3ARVA 4XZBA 3VMPA 2DH3A 4QCEA 2IXVA 5JBFA 2PWDA 4WJXA 1ZJBA 5CSYA 2W63A 3ARYA 1E6NA 3D5HA 1X6NA 3BXWA 3VKKA 1ZBWA 1ISXA 5CGTA 4UFKA 3PTKA 3K4AA 2VX4A 1B30A 4Q22A 1Z32X 3KL5A 1CGTA 4PTWA 1B3ZA 3EMQA 3BAWA 3AZSA 1UH3A 3PZNA 5I79A 2GJRA 2Y5EA 1WZMA 4KRUA 4X0VA 1HJXA 3VTRA 1NQ6A 3VIMA 1P6WA 1E4NA 1LF1A 1MFUA 3TTYA 1MW1A 1LG1A 3ZSTA 3SCQA 2VZVA 2G3MA 4MNMA 1RPKA 1XSJA 1JL8A 3PTQA 3SIMA 2FH6A 1CLXA 3WF0A 2NT0A 1C7TA 1EDQA 4OZOA 1H49A 1KGXA 3B8SA 1E9LA 2W62A 3BCDA 3VD4A 4QP0A 2BNJA 2XM1A 1EQPA 3GXFA 5D8WA 1V6WA 2HISA 1SMAA 4LGXA 2QMKA 3VGGA 1GORA 2G3JA 4UOQA 3KWXA 3ZQ9A 3W38A 4D6CA 3VIHA 2DSUA 4FLQA 1VJSA 2WYSA 1VFUA 4H8HA 1R86A 1UWIA 3AQUA 3ARWA 2DT3A 1XYFA 3WNLA 4FLRA 4DWSB 4PUEA 2C8NA 1OGGA 1V3HA 4F8XA 5A6BD 1UWRA 3AMKA 3CZGA 4JFVA 1JDAA 3WIJA 4XB3A 4IPLA 4MNKA 2PWHA 1WDQA 4UQCA 2BFGA 4CGTA 2X05A 1EA9C 4NZCA 4WSKA 5A2CA 5HBFA 3ZJKA 5I23A 1DEDA 1WNOA 3VGHA 4CD5A 1ECEA 1R8LA 2VVSA 2CEQA 2JF7A 3NUKA 4M82A 4BZYA 4J3TA 4DWSC 2IXUA 3PZOA 5GNXA 1ZBVA 1V6XA 1PIFA 4ACZB 3FHAA 4JZ5A 2XSBA 4QAWA 2ZUWA 4EE9A 5A1AA 2XWDA 3L4WA 4A4AA 1B1YA 1NOFA 3IAQA 3AIQA 2CHNA 1CGXA 5LA1A 1TR1A 3CLWA 3SUSA 2WNWA 5FCZA 3ZJ6A 2CERA 2J25A 1I75A 3II1A 3AMDA 3IJ9A 3QOKA 1XSKA 2ZWZA 3WD2A 1E55A 2D0GA 9CGTA 1WKYA 2A3AA 5CG0A 2V5DA 4LYQA 2E8ZA 2DH2A 4D6FA 3QR3A 1GOKA 1VRXA 4K68A 2DIJA 4E2OA 1VIWA 1HJUA 5ECUA 3B9DA 2PBGA 2OSXA 1JI1A 2WMIA 4JIEA 5A6MA 1HNYA 3UG4A 1E40A 1EXPA 3OG2A 1AMYA 1JG9A 3BAYA 1EOMA 1KXHA 3ZO9A 1G5AA 2CNCA 1RD6A 3K8MA 1CYGA 1PX8A 1ZBCA 3PZQA 4MB5A 1B3YA 3GM8A 4CN4A 4JKMA 5DF0A 1FHLA 5CPSA 3RM9A 3WH6A 4IPNB 4AXNA 4QCFA 4W86A 3NYDA 5BROA 2YBTA 3LPPA 3OLDA 4W87A 3SCVA 4XUYA 4CD4A 1GOQA 4HZ6A 1PAMA 4LQ1A 3UG3A 5CGMA 3LMYA 5HPOA 3WH5A 5LA2A 1B31A 4CCDA 1JDCA 4E8CA 2XYLA 1UOKA 2VRJA 1E15A 2VCBA 3UERA 3ARTA 4HOXA 1JAKA 1UA7A 1E0WA 1GZJA 4W7VA 4W7WA 4Z2JA 3FHQA 4E8DA 1HKKA 2QF8A 4KWUA 4AMCA 2RGMA 2EO7A 3SUVA 1ESWA 1EO5A 4ATLA 1JF6A 2DT2A 4KH2A 3WBAA 1DWAM 1O6IA 1QBBA 5JIPA 1L0PA 3NSXA 1XSIA 4CN1A 2NT1A 2CKSA 2XTKA 1JZ8A 3CMJA 1Q6FA 1CTNA 3CUIA 1BYBA 3LPFA 3FNDA 4L4PA 1BVZA 1HT6A 1FH8A 1BHGA 1JZ4A 5E9AA 1JIBA 4U3CA 1JYVA 3THDA 1JDDA 4BQ5A 1W9BM 1U30A 3J7HA 4JL2A 1QW8A 4DM1A 3POCA 3VD9A 3T2QA 1PZ2A 3WDHA 3EMCA 4U5IA 4U2ZA 5AYIA 4WIWA 1DHKA 2BHZA 4M29A 5D8ZA 2VZSA 1JZ2A 3OZOA 4RE3A 1QBAA 2NSXA 1W1TA 1EH9A 1K9DA 4MB3A 4GIAA 2CBVA 1VENA 2VOTA 2E9MA 3AS0A 3VIFA 1JZ7A 1G01A 5CLTA 4D72A 2BVDA 2CKRA 5A6LA 4MDPA 3BCFA 2VI0A 3FN9A 1KXTA 3W53A 4PMVA 4MB4A 1BSIA 4PMQA 4JFSA 1QI4A 4GZIA 5FD0A 3VIPA 5HNNA 5IFPA 1KQYA 1UWQA 4AIUA 4HMEA 5EB8A 2FGZA 4U33A 3WQ6A 3CPUA 3OGSA 4FLOA 1OIFA 2VX7A 1ITCA 2CETA 2DT1A 2VVNA 4E4PA 4OBSA 1EHAA 5D9NA 2J7CA 4PEEA 5A8QA 3VIKA 2BXZA 2BHYA 2J7EA 2YA0A 3CZJA 1GQJA 2OYKA 1GQIA 3MMDA 4NSBA 4DWSD 4BF7A 3WH8A 2G3NA 4PTMA 4H2CA 3PZGA 3RO8A 3FAWA 3SURA 3NSMA 3ZSSA 5C8BB 1V0KA 2X0HA 3AIUA 4XV0A 5CJ5A 5FOOA 2FH8A 1H0IA 3DYPA 4Q7NA 1KGUA 2D0FA 3ARUA 2DEPA 5EFFA 3OLEA 1E6RA 5ABGA 2JE8A 1E3XA 3ZR6A 4TUFA 1RP8A 2XVGA 4ZE4A 5D9OA 1VF8A 3VGDA 5A2BA 1W2VA 4GXPA 4HP5A 3SUUA 5BXPA 1HKMA 2PWFA 2J79A 1PJ9A 1M53A 3CHDA 3L4XA 5A8MA 3WFLA 3O9NA 3WDQA 3RDKA 1MXGA 3L4UA 2YJQA 4PMYA 1CWYA 3BGAA 1H41A 1JYXA 3POHA 1G0CA 3SUTA 3AICA 1WO2A 1B3VA 3A4AA 1QVBA 1NOUA 1QHZA 3WD1A 5JBDA 4RE4A 3VD7A 5DT5A 4UQEA 3ZT6A 3UEQA 4AZBA 5C71A 4W88A 2D22A 1TMQA 3ZIZA 4AY1A 4H41A 2IUZA 4AIOA 4NF7A 2UY2A 3G6MA 5GQBA 1CGYA 4GI6A 3BAIA 1E43A 4HMDA 5CXPA 1FH7A 4D6EA 1V0NA 5I77A 3L2MA 1PZ3A 3VDBA 4QLJA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EO7 A;  3ARQ A;  4UOZ A;  4HPG A;  4OIF A;  1UKO A;  3VMO A;  1ZBK A;  4GI9 A;  3T09 A;  5D9P A;  4UTF A;  3G6L A;  3N1A A;  1NM9 A;  1V02 A;  3ECQ A;  4DM2 A;  5A8O A;  1OGS A;  2G3I A;  5D9M A;  2J7H A;  3DEC A;  3PZM A;  5ABF B;  4W5Z A;  1HX0 A;  4J3S A;  5I5R A;  5BXT A;  2J4G A;  4J28 A;  3FY1 A;  4TX8 A;  1U2Y A;  1NOW A;  2VC9 A;  1YHT A;  3RM8 A;  1B2Y A;  1WB0 A;  2AAA A;  3PZU A;  5I78 A;  5A6B A;  4AWE A;  2MAN A;  2F61 A;  4R27 A;  2ZX9 A;  4CD7 A;  2BVY A;  2EPN A;  2ZOX A;  5A2A A;  2ZXA A;  4NI3 A;  3ZT7 A;  3W28 A;  3ZJ8 A;  4B15 A;  5E0C A;  2CXG A;  2PC8 A;  4JKK A;  3RIL A;  1XYZ A;  3GDB A;  2F2H A;  3CUH A;  3ALG A;  2A3E A;  2YKK A;  3UES A;  4PBG A;  3UCQ A;  1E6X M;  1N82 A;  2PWG A;  2XGB A;  3AXX A;  2D3N A;  2X2Y A;  1AQM A;  4P8X A;  2F8Q A;  4GZJ A;  1WZK A;  4WLC A;  1XH2 A;  3A47 A;  1UR4 A;  4UNI A;  4OBR A;  1MQP A;  1F4H A;  2WSP A;  5DEZ A;  3GBD A;  1DWI M;  1TUX A;  2ZUN A;  3MUA A;  1M03 A;  4AD3 A;  1CXL A;  3TP4 A;  3WQ4 A;  1V03 A;  2WVU A;  4PMU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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