2O9TA

Beta-glucosidase b from bacillus polymyxa complexed with glucose
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
445
structure length
445
Chain Sequence
NTFIFPATFMWGTSTSSYQIEGGTDEGGRTPSIWDTFCQIPGKVIGGDCGDVACDHFHHFKEDVQLMKQLGFLHYRFSVAWPRIMPAAGIINEEGLLFYEHLLDEIELAGLIPMLTLYHWDLPQWIEDEGGWTQRETIQHFKTYASVIMDRFGERINWWNTINEPYCASILGYGTGEHAPGHENWREAFTAAHHILMCHGIASNLHKEKGLTGKIGITLNMEHVDAASERPEDVAAAIRRDGFINRWFAEPLFNGKYPEDMVEWYGTYLNGLDFVQPGDMELIQQPGDFLGINYYTRSIIRSTNDASLLQVEQVHMEEPVTDMGWEIHPESFYKLLTRIEKDFSKGLPILITENGAAMRDELVNGQIEDTGRQRYIEEHLKACHRFIEEGGQLKGYFVWSFLDNFEWAWGYSKRFGIVHINYETQERTPKQSALWFKQMMAKNGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase B
publication title Crystal Structures of Paenibacillus polymyxa beta-Glucosidase B Complexes Reveal the Molecular Basis of Substrate Specificity and Give New Insights into the Catalytic Machinery of Family I Glycosidases
pubmed doi rcsb
source organism Paenibacillus polymyxa
total genus 163
structure length 445
sequence length 445
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2o9tA00
1KXVA 2V38A 4AY1A 1W32A 4W5UA 4BS0A 3L4TA 2D0HA 1KGWA 1J0IA 4JCMA 4UQEA 5A6KA 2XUCA 2DT2A 1JF6A 4AD5A 1BVNP 2NT0A 3WN6A 3B9EA 2X1IA 1BHGA 2X09A 5CLTA 1OB0A 4J7RA 1N82A 4D1JA 1QNQA 1JD9A 2O9OA 3QGVA 2A3HA 2ZE0A 1W9VA 3U7VA 1QI5A 2F2HA 3O6AA 1V6WA 1PX4A 2Y5EA 1WB0A 4CD6A 1V0NA 2VJXA 1VRXA 2XVKA 5LA0A 4TVDA 3VIKA 4UFMA 4IUGA 2OYKA 5D4YA 2X0HA 3GYCA 2V5DA 4BQ2A 1BF2A 2WM0A 1LLOA 1DP0A 3VGFA 4MJ2A 2ZOXA 3WDIA 4AZ7A 4P7LA 4NRRA 3ARPA 3VDBA 3FXYA 2XFYA 4F79A 2VZSA 1G1YA 2E4TA 3KZSA 4W7WA 1E0WA 2ZXQA 1W2VA 1JZ6A 4CU6A 3AIUA 2A3AA 1XH2A 1UR9A 3PZQA 1UHVA 4U2ZA 3POCA 4AIUA 4W7UA 2WMGA 2XSBA 1ESWA 4LPCA 2EO7A 1UG6A 3BMWA 5AC5A 1DEDA 4A3HA 5I2UA 2WZEA 1LL7A 6A3HA 1OSEA 4UZSA 5ABHA 1C93A 3L4XA 2Y8KA 1PIGA 4L4OA 1UD2A 1NOUA 3SUTA 1TE1A 3AIQA 1H1NA 1M7XA 4CN4A 2FDMA 1IZKA 2V3FA 2GSJA 2G8ZA 2FGZA 1IZJA 2AMGA 4PTWA 4LGXA 1GOIA 5HOSA 2W63A 4FLOA 2W67A 3VIGA 4P8VA 1M53A 2WSPA 4AD4A 2IXVA 3N15A 3GXFA 2YA2A 3W24A 1E3ZA 1G94A 1V6UA 4UZUA 1CGTA 1ISXA 2BY3A 3K46A 1ISVA 2J79A 4U31A 2J7HA 4BF7A 1KWKA 1E4NA 3RM9A 3WDRA 4U5KA 7A3HA 1HKJA 3IJ8A 3WNNA 2YL6A 2PBGA 4RE2A 3T2QA 4UTFA 3FY1A 5AY7A 3W38A 5A6MA 4M24A 1I1WA 1BYBA 2XM1A 3TTOA 1CXLA 2VCCA 4Z2IA 4YHGA 1UR8A 3ZJ8A 2GJXA 3EDJA 3L4WA 3WUBA 5FIPA 3DC0A 1JYNA 1UD4A 1XYZA 2WMKA 3CLWA 2G3IA 5GQBA 5EB8A 3ARXA 3SIMA 1UUQA 4D6GA 1TMQA 1K6AA 1V3JA 3AMLA 3ECQA 4TVUA 3WD0A 3FHAA 1V0KA 1GJUA 4MNJA 2D1ZA 3WH6A 3MO4A 3CZKA 1QHZA 1BG4A 2A3CA 2X2YA 4E8DA 5CJ5A 3VU2A 1ISYA 4EK7A 1HP5A 2Y4SA 4CCCA 1V0LA 4E2OA 4TX8A 4PCSA 3W37A 2BVTA 3DYMA 2QMKA 2CBJA 4FLSA 4WKFA 4J3XA 3UG3A 2ZUVA 1OIMA 3UCQA 5TD4A 2ZX7A 1VFMA 4LX4A 2CKRA 4MNMA 2G4FA 5BCAA 1B0IA 5LA2A 2BXYA 1VJSA 1H09A 4WLCA 4L4PA 5FL1A 3O9NA 2WMHA 1HJUA 3AS3A 4UCFA 1GZJA 2CHOA 4MDPA 4OUEA 1C3FA 3T0AA 3L2MA 3WF2A 8CGTA 2YLAA 3FAXA 4KRTA 1V02E 5E0CA 1E55A 1GHSA 1GHRA 2ZX9A 1UKPA 3TP4A 2EPMX 3T2PA 4M8UA 1J18A 1EIBA 1TFVA 4JCLA 3S2CA 4CD5A 4XB3A 3OLIA 4CU7A 1E0XA 4W88A 1V6YA 2CCRA 2YBTA 4QDMA 4XX6A 4BA0A 1BFNA 2WVSA 1MXGA 1B90A 3GTNA 1QHOA 2UY2A 2W66A 2WB5A 1CXFA 4DM1A 2WW5A 1E71M 1IT0A 1GOOA 3PTMA 1GOKA 1EO5A 3AHTA 1FH8A 2J7EA 3G6LA 3IK2A 2NT1A 4HP5A 1X6LA 3ARYA 3A47A 2XVNA 1WDRA 2WHMA 3CUHA 2D20A 1ZJAA 3AIRA 1LL4A 2W92A 1PZ2A 3NSMA 4RL3A 4A4AA 2ZUUA 4UOJA 5C8BB 4PMYA 7CGTA 3LPGA 4ML4A 3BAXA 5M17A 2XGIA 2DT3A 1UR2A 1E6SM 2A3BA 3N04A 1CGXA 3K8LA 4M1RA 1EDGA 1Q6FA 1HJVA 1EH9A 3GXMA 3GM8A 5EMYA 2YA1A 1M01A 1MVYA 4U33A 3IAPA 1W3LA 4M82A 1EDTA 1K9FA 4V2XA 2VNCA 5BRQA 1W9XA 4IPLA 2FH8A 4X0VA 1HKIA 3WH5A 1QVBA 3GZAA 5D9OA 4WKAA 1KXHA 4CD7A 1PX8A 2YL8A 3WDJA 1V3IA 1HXJA 2WCGA 1SFSA 2VURA 3I3BA 5BROA 3ALGA 4MTVA 3LPPA 3OZOA 4ACZB 1E9LA 4XZBA 2O9PA 2WWDA 3VX1A 5I3DA 4IISA 5IHSA 1WZMA 4HPHA 1A47A 1KBKA 1CXEA 2V3DA 1HP4A 3AISA 3F5JA 3VD7A 4WF7A 3VD4A 1WZLA 2GVYA 1CECA 1H0IA 2QV4A 2WANA 4OBRA 2WSKA 2ZUNA 3CGTA 3WL1A 3WF4A 3WKZA 3GDBA 2AAAA 2UWFA 1W3HA 2WK2A 4CN1A 3WQ6A 3ZT5A 1CGVA 1A3HA 3EDDA 2GJPA 1MQQA 3CUGA 4AZCA 1JNDA 1XSKA 1MW3A 3GNRA 3WSUA 3WQ8A 1QI4A 1U33A 2GUYA 1EQPA 1GQLA 3CMGA 1AMYA 3WNOA 1SR0A 3I3DA 2PI6A 2CBUA 1E43A 1QBBA 2XM2A 1HL9A 4LYPA 1KB3A 4J3TA 1W9DM 3RJXA 3CZLA 3OLDA 3WEZA 3SCSA 2O9RA 5CGTA 1O6IA 1B3VA 1F4AA 2XTKA 4TVCA 3PZTA 1RP8A 5E0FA 3B9DA 2D0GA 4FK9A 1K9DA 3T09A 2X8RA 4CKQA 1ZBWA 2V3EA 1M04A 1FP8A 3WD4A 3WD1A 3VIHA 1ODZA 1WE5A 3WEOA 1W3JA 3CMJA 3MV11 4TXEA 4H41A 4F8XA 1J0HA 3N13A 5EFDA 1LQ0A 1NWUA 3QR3A 2PWEA 2UY3A 3A3HA 4MDOA 1RP9A 3ZJKA 4CVUA 5BXSA 3ARWA 1HX0A 5A8QA 3T2OA 3NCOA 4S3JA 2HVMA 1H5VA 3OLEA 2E40A 4KGJA 3L4YA 4HU8A 2BHYA 1LG2A 3SCWA 3LPOA 3MMUA 5CLWA 4JFSA 3WH8A 4DWSC 4AC1X 4Q7NA 2VX6A 1MQPA 3VMOA 3AHXA 1UA7A 1KCLA 4B15A 2Q8XA 1B30A 3BCDA 2J7DA 1TUXA 4QAWA 4ZXLA 1CXHA 1CXIA 3ZQ9A 1B31A 5CSYA 3HJEA 1VENA 4AZ5A 1R7OA 3ZMRA 3OB8A 1KQZA 2OSXA 5A8NA 2EEXA 2HISA 2OLHA 2ZX6A 2VZOA 1W1YA 5A6BD 1XCWA 4J27A 2E9MA 3NIYA 1UWQA 1NQ6A 1QNSA 2OSYA 3QOKA 2XIIA 3ARRA 4XZWA 1CIUA 1PIFA 3AIBA 1XH1A 2PWDA 4DWSA 3IAQA 2WCSA 5JIWA 3RJYA 1UWUA 2ZUWA 3DHUA 3K1DA 5DFAA 3T08A 3EMCA 1UZ4A 4JL2A 2QHAA 2XVPA 3VKKA 1KGXA 2WVVB 2GJRA 1JFXA 1MW2A 3JUGA 4GI9A 3RMEA 3WQ4A 3AS2A 3FHQA 3PZVA 2WVVA 4S3KA 5DT5A 1HT6A 3PZGA 5IFTA 1GW1A 1NOWA 4BQ3A 4AD1A 1H41A 1UOKA 2ZUTA 3W6MA 1US2A 2BY1A 4MPKA 3TTSA 5A6AA 3RCNA 1JL8A 1BAGA 3WDPP 5GPRA 3CZGA 3SUSA 4PBGA 3WQWA 3HN3A 1EQCA 5JBEA 3VD3A 3CO4A 4LQ1A 4AWEA 5A6BA 4UFIA 3WDQA 2WMJA 3ZJ6A 4CD4A 1VEOA 4D6HA 4H8UA 2CEQA 4K68A 2A3EA 4MNKA 1EHAA 2AOSA 2VO5A 3VPLA 4JFVA 1BTCA 1E1FA 3AHZA 3OA5A 3D3AA 2OWXA 4V28A 3PZIA 1M03A 4P7QA 1XHGA 5JBDA 4HZ6A 5A6JA 4DUXA 1Q6GA 1CEOA 2FHBA 2ZX5A 2YIHA 3BCFA 4D6JA 5HXMA 1C8QA 5KZ6A 1NARA 3W26A 3OBAA 5DMYA 1B3YA 4FLRA 1WKYA 4AMCA 1OGGA 2VI0A 2D3LA 1GCYA 3UEQA 4W8LA 3WIJA 1WAWA 1R85A 4J3WA 4C7FA 1VFFA 2C8NA 4ZEPA 2FHCA 3L4VA 2JIWA 4CCDA 3VM5A 4GIAA 1B2YA 1W2PA 4MADA 4OOUA 4PMVA 2JF7A 1ZBVA 1C8XA 3W53A 3QHNA 2OYLA 1JFHA 2VZTA 5A95A 2ZWYA 3BC9A 4ZXOA 3IJ9A 4B16A 3SCQA 3THCA 5HPOA 1HVQA 1ITCA 1E72M 3HU7A 3KEHA 4JFTA 2GJXB 3WUGA 3EDKA 1WDPA 2QPSA 4EKJA 3MSDA 2CHNA 2EQDA 3NSXA 1V3KA 5E70A 1E0VA 2OYMA 2J7GA 1CYGA 4X0NA 5M5DA 3VNZA 2J8FA 1K9EA 1JDAA 4C7DA 4B9ZA 1DWGM 3MUZ1 1BYAA 1J0YA 3UG5A 5A2BA 5A3HA 2ZUSA 4GI6A 1J0ZA 2D23A 1OWQA 1HJWA 6CGTA 2XIBA 1W1TA 2UY5A 3AXXA 3CPUA 4Z2LA 1GVYA 1KGUA 4ATWA 4PN2A 1Q6DA 1WCGA 1WP6A 5A2AA 3UESA 4B9YA 5AYIA 6TAAA 3AIWA 3CUIA 1XRVA 2YDQA 2E9BA 3U57A 2VX7A 3EDEA 2J25A 1Y7VA 1WDQA 2BVDA 1FH7A 5LA1A 1K9TA 3ZT6A 3PBGA 1E4MM 1JXKA 1GOMA 1QPKA 3CHFA 1XH0A 4AD3A 3QHOA 1EGZA 3VGHA 4KWUA 3GNOA 3SURA 2DH2A 3WMCA 2VQTA 2XGBA 1OCQA 1E6QM 1FA2A 3ALFA 4J3SA 2EJ1A 5D9PA 2VZUA 1V0MA 3ARVA 2PWHA 4D6EA 1JF5A 1KBBA 4MB1A 1ISWA 1H11A 4MAZA 1B1YA 4UQBA 2VCAA 4GO9A 5CSUA 1V3HA 5FL0A 2J62A 2YDRA 5E09A 1OT1A 2F61A 2VVSA 2W62A 3EDFA 3N17A 3MV01 4BCEA 4HOWA 2WHJA 3W27A 4GZEA 3BLPX 3BMVA 1H0GA 1JAKA 4M56A 5A8MA 3DYPA 1QBAA 1LG1A 1KFWA 3W0KA 2VVNA 3W25A 4PEEA 4CD8A 5FCZA 4GQRA 2GDUA 2WCAA 1OIFA 4UQ9A 2VRJA 3T0DA 4HMEA 5I78A 1PZ3A 1J0JA 4PSPA 4KH2A 1GUVA 5CQ1A 5CGMA 2PBOA 4QP0A 3VGGA 5I24A 2XWDA 1UWRA 4WKHA 3BAKA 1UQYA 2V3GA 2O92A 1GNXA 1JYVA 1FP9A 4W84A 4GINA 3E1F1 1SMAA 1DWHM 2EBNA 1WZAA 2ZXBA 1QI2A 2J75A 4URIA 1OGBA 5EFFA 3CHEA 1GOWA 2O9TA 4TTUA 3VTRA 3WFLA 5A69A 1DTUA 3D5HA 1QI3A 3MMDA 3AXIA 3VIMA 1TG7A 2YL5A 2DGAA 1P6WA 1QNOA 2VZVA 3NYDA 1HJXA 2WKLA 5A8PA 2PWFA 1LL6A 4QFUA 1GOQA 4JFUA 3UR8A 3ZT7A 1QOXA 2J7BA 4PMNA 4HOZA 2WZIA 9CGTA 2V5CA 1VBUA 4P7NA 1VJZA 1XSIA 2WC3A 2DSWA 2FGLA 4Z2GA 1KQYA 4ZFMA 2VX4A 4H7VA 1GQKA 1C91A 3TONA 1J11A 1E73M 4UNIA 1C7TA 2W91A 4PMDA 1JD7A 1LWHA 4JKMA 4W93A 2JIEA 1XGZA 3OG2A 3UERA 1PEZA 4ZE4A 4MB5A 5FKYA 3ZIZA 1JZ7A 4BQ5A 1W9BM 1AQHA 1XD1A 1Q6CA 1NWSA 1RPKA 4F9JA 4IM4A 4WSJA 2CKSA 2VR4A 2ZWZA 3VDCA 2CNCA 3ARTA 3SCRA 5BXRA 2GK1A 3AMGA 3BAJA 4NI3A 1OBAA 1JZ3A 2DQXA 4JIEA 4W8AA 7TAAA 2D0FA 3ZR5A 1RD6A 3A6OA 2WKGA 5CG0A 2XVLA 4E4PA 3A4XA 1PPIA 2YLLA 3AQUA 1UR0A 2NW0A 1V6VA 4KRUA 2ZXAA 2EXOA 1CDGA 2JF6A 2WLYA 4XUYA 1B3XA 3G6MA 4NF7A 4AZCB 3RM4A 4PRWA 1QNPA 3AI0A 3WH9A 3CIVA 3GBDA 1XYFA 3AS0A 3APGA 4FMVA 1TVPA 3VD5A 1PX3A 2XPKA 1G9HA 1GJWA 1BYDA 4JKKA 1E6PA 3GH4A 3I3EA 1V6XA 4ZE5A 8A3HA 3CHCA 1UQZA 2Z1SA 3AROA 4Z2JA 5ABGA 4B3KA 4JHOA 1US3A 2RGLA 2CPUA 2PF0A 1XCXA 1JZ8A 4E8CA 4XV0A 1CGWA 5I0DA 1V08A 1U2YA 1Q6EA 2Y8VA 4WSKA 2WC4A 4PSRA 1SMDA 5I77A 1KCKA 3WELA 1E6ZA 2YDSA 1W9UA 3RILA 1UD5A 5I6SA 2CBIA 1ZU8A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1KXV A;  2V38 A;  4AY1 A;  1W32 A;  4W5U A;  4BS0 A;  3L4T A;  2D0H A;  1KGW A;  1J0I A;  4JCM A;  4UQE A;  5A6K A;  2XUC A;  2DT2 A;  1JF6 A;  4AD5 A;  1BVN P;  2NT0 A;  3WN6 A;  3B9E A;  2X1I A;  1BHG A;  2X09 A;  5CLT A;  1OB0 A;  4J7R A;  1N82 A;  4D1J A;  1QNQ A;  1JD9 A;  2O9O A;  3QGV A;  2A3H A;  2ZE0 A;  1W9V A;  3U7V A;  1QI5 A;  2F2H A;  3O6A A;  1V6W A;  1PX4 A;  2Y5E A;  1WB0 A;  4CD6 A;  1V0N A;  2VJX A;  1VRX A;  2XVK A;  5LA0 A;  4TVD A;  3VIK A;  4UFM A;  4IUG A;  2OYK A;  5D4Y A;  2X0H A;  3GYC A;  2V5D A;  4BQ2 A;  1BF2 A;  2WM0 A;  1LLO A;  1DP0 A;  3VGF A;  4MJ2 A;  2ZOX A;  3WDI A;  4AZ7 A;  4P7L A;  4NRR A;  3ARP A;  3VDB A;  3FXY A;  2XFY A;  4F79 A;  2VZS A;  1G1Y A;  2E4T A;  3KZS A;  4W7W A;  1E0W A;  2ZXQ A;  1W2V A;  1JZ6 A;  4CU6 A;  3AIU A;  2A3A A;  1XH2 A;  1UR9 A;  3PZQ A;  1UHV A;  4U2Z A;  3POC A;  4AIU A;  4W7U A;  2WMG A;  2XSB A;  1ESW A;  4LPC A;  2EO7 A;  1UG6 A;  3BMW A;  5AC5 A;  1DED A;  4A3H A;  5I2U A;  2WZE A;  1LL7 A;  6A3H A;  1OSE A;  4UZS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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