2OMA | Genus

Total Genus 80

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	80
sequence length	250
structure length	249
Chain Sequence	ASKPQPIAAANWKCNGSESLLVPLIETLNAATFDHDVQCVVAPTFLHIPMTKARLTNPKFQIAAQNAITRSGAFTGEVSLQILKDYGISWVVLGHSERRLYYGETNEIVAEKVAQAAAGFHVIVCVGETNEEREAGRTAAVVLTQLAAVAQKLSKEAWSRVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEVHELLRRWVRSKLGTDIAAQLRILYGGSVTAKNARTLYQMRDINGFLVGGASLKPEFVEIIEATK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Perturbation of the Dimer Interface of Triosephosphate Isomerase and its Effect on Trypanosoma cruzi. pubmed doi rcsb
molecule tags	Isomerase
source organism	Trypanosoma cruzi
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
total genus	80
structure length	249
sequence length	250
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2007-01-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2omaA00

4IMGA 2AQWA 1LBMA 4LS0A 4OV9A 1TIMA 4HN4A 4R33A 4UTWA 1SO3A 3UPWA 3N73A 3ZS4A 3OVQA 4NX5A 1FY6A 3UQNA 1UB3A 4DO4A 1UBSA 2ZTKA 4WUIA 3PC0A 3MHUA 1SR9A 3SJ3A 2V5LA 1XFBA 1SZEA 3THAA 3W2JA 3M5ZA 5AB3A 3TU9A 3LOTA 4MY1A 4IWWA 2ZYFA 1QOQA 4DPQA 4XZ9A 2Y62A 1LROA 1PHQA 2Y61A 2VXNA 3TQKA 3TR2A 3UNDA 1XI3A 2VELA 3HQ1A 3MYOA 1T0OA 1WOBA 3NGJA 7TIMA 4FIQA 4ZVJA 3TC6A 1XCFA 4JX6A 2QJGA 2JGQA 5AN7A 3B04A 2FTPA 4XUGA 3G1AA 3TAKA 1TPFA 4Y96A 2X1SA 1A5SA 2C14A 4H4IA 3B0UX 1IXPA 4RK8A 3GNNA 2DZVA 4TU1A 2V9DA 5C2XA 3NQEA 3TDFA 5TQLA 1OFQA 4YWIA 4MFDA 3SR7A 1G4PA 4RCXA 1J2WA 3BW2A 3TX9A 2QUUA 2ATMA 1DQWA 1VLWA 2E68A 4LWWA 1E51A 4MZ1A 5F2MA 3M6YA 4GBUA 3T55A 2C18A 4CCCA 2YX0A 3S0CA 1I2OA 1WBJA 1AMKA 2P10A 4YLWA 1KFKA 1QPOA 2OZ0A 3NQDA 3TFXA 2YXGA 1KTBA 1JCMP 1QCWA 1FCUA 2E6YA 1TJPA 3A22A 3ABQA 2ZRZA 3EX1A 2YW4A 2CW6A 1TRIA 2YFNA 1H63A 4JYDA 3C52A 4M19A 2ISWA 1VRDA 5LKYA 3PULA 1H7RA 4ONVA 3PBVA 1ICQA 2NX3A 1P4CA 2ZZ3A 4RLIA 4FEZA 5F1VA 3G1DA 3NQ7A 1U83A 2DP3A 3R89A 5AHLA 2WKJA 3I6RA 4KFOA 1K7FA 2H3DA 1TPH1 1Z44A 2ZRXA 1VCVA 4WY0A 5FF2A 1JUEA 5F2GA 3MHGA 4NJIA 3PBWA 4UR8A 4JTUA 4UFJA 3R5EA 4UFHA 5BW6A 1ME8A 2F84A 3NOEA 1YTDA 1GPWA 2AGKA 5HQEA 1GVRA 3A23A 4NZFA 2WPBA 2ZZ7A 3LRLA 1H60A 2I9EA 3R12A 1ZAJA 2R14A 1D3HA 1O60A 2ZA2A 4IGHA 4LVAA 3MI2A 2Y7FA 1JCNA 4O17A 4EOUA 3DKLA 1JRBA 1HFBA 1QNVA 4BI5A 3HPZA 4I9AA 2QCMA 1NF7A 1OX6A 2QAFA 1TRDA 3OVPA 2NXGA 4LUJA 3BLIA 3S42A 1LBFA 4OHQA 3KOFA 2J9YA 3BW4A 1W5NA 1PL9A 1LOQA 4NX0A 5AHEA 3M1ZA 3NA8A 2V2CA 2Y70A 1I8JA 4AH7A 1L6WA 2HS6A 1ICPA 4MY8A 4PODA 3O1NA 5HWJA 1W3TA 1AW2A 4HPXA 1GTEA 3PUEA 1FCQA 1VCGA 1PE1A 3NDOA 5I3JA 1VH7A 3PM6A 1XDLA 4XWUA 2G97A 5LNWA 4YCOA 1ZNNA 4UFMA 5BNKA 2VKZG 3STGA 1SSDA 4TMBA 4QIUA 1TPEA 3PUOA 2RKXA 2EAWA 3LDVA 3HG3A 1EIXA 4MYAA 1UCWA 4RX0A 5GVJA 4Z1AA 3ABRA 4AAJA 1SFLA 3GXTA 3N2MA 4CCDA 1W37A 3LTSA 4LV4A 3N9SA 3MI3A 3GXPA 5FI8A 3S5ZA 2HTMA 5LSMA 1TTJA 1UUOA 3G18A 1KM3A 5HNRA 4FIRA 2D73A 3G3DA 4UTWC 3C8FA 3NYZA 3GXNA 1ML1A 1SW3A 3NZ1A 4JICA 1UUMA 3C3NA 1OFBA 3HG4A 1OK6A 3PB0A 3TJXA 4UTHA 3P67A 4KFPA 1WDWA 4O0KA 1X6UA 1FCBA 4PEKA 4MLRA 2GUUA 4Z0JA 3EWWA 2ATSA 3LTYA 3LHUA 4NVTA 3G3MA 3TSBA 1J5TA 3OVRA 4TR9A 1P5BA 5LHFA 5EKYA 4G1KA 2FQIA 3GK0A 4NT0A 2A7NA 3AO0A 1TJRA 4K7VA 1OFEA 2JGYA 4Y90A 4JTKA 4BFAA 3SY5A 2TRSA 1GJPA 3NL5A 1A53A 3VKJA 3W7JA 2GQ8A 3L2IA 1BEUA 4C1LA 4ICNA 1A5BA 4M5PA 3TUUA 3D0CA 3V1PA 3QMRA 5G5IA 3NEVA 3BK0A 3FKKA 3O06A 3GB6A 1L6YA 3WK0A 4EF9A 5J5DA 3TMQA 3N2XA 3CWNA 2YFOA 4OWGA 4OE7A 3B0VC 1SQ7A 4DO5A 1KM4A 2FDSA 1XBZA 1VC4A 2GVJA 1DORA 4LT9A 5F2IA 2CZ5A 3GLCA 3L5AA 2UV8G 3DFOA 3C56A 2Y6ZA 2E77A 2GJLA 4N2YA 1R2SA 4OT7A 2VEMA 2ISSA 3CIXA 2NX9A 2X2GA 2C19A 1FXQA 4HNVA 1W54A 2A6LA 2FPVA 4O0ZA 3GYEA 2NLIA 2G95A 3CM4A 2PCQA 3G0UA 4L4LA 1H51A 1N55A 1DJQA 3O6DA 5E0KA 5TIMA 4AHOA 5DCBA 1AL7A 5EA9A 3TA6A 1DL3A 1Z42A 4BI7A 1OJXA 4CQ8A 2FLIA 3E0IA 4ORMA 3NM3A 4O10A 3P7YA 5HR6A 1XL9A 1M6JA 5AYXA 2DZUA 1F73A 1QPQA 4GJ1A 3FYPA 1V7YA 4X22A 1QOPA 1IIGA 2VOMA 3QC3A 3LLDA 4JTSA 4A21A 2VFHA 4EIVA 4XTDA 3DFPA 5LGXA 1LBLA 4A2SA 4Y6GA 1K03A 4AWSA 3T78A 4FXSA 2OT1A 3GNDA 4UR7A 4WOQA 1TB3A 1FWWA 4JN6A 5IBXC 2R91A 3GAKA 1ICSA 4MYXA 4LY8A 4PFMA 5FEZA 3VFLA 4O1BA 2GVGA 4QSHA 4I7UA 4NZJA 3QSRA 3LB0A 1WYIA 1KM6A 3RMJA 3DZ1A 1IXNA 1ZY9A 4IMEA 5BOOA 4O1DA 2OT0A 3PB2A 1NAL1 3G1SA 2PRMA 3S5NA 1P1XA 3W7NA 3W7CA 2JKEA 2LLEA 4I7VA 5DBUA 4UTTA 3EX6A 2E6DA 4BK9A 3L65A 2ABBA 2DJXA 3DBPA 1EUAA 2Y88A 3W71A 3OG3A 5D32A 1H50A 4MOZA 5ABTA 2O7SA 2JK2A 2J6XA 3PUDA 1W56A 2RFGA 3NG3A 3W07A 1YPIA 3BG9A 3W7OA 5DY2A 3G22A 1RV8A 4N6EA 5CZJA 1KV8A 3CT7A 5K4ZA 2OJPA 3PG8A 3M41A 2GVLA 4TIMA 4XTIA 3C0JA 4XKYB 2QR6A 5AOUA 4JTIA 3JS3A 3NQCA 4WXYA 5F2LA 2V81A 3W1MA 5K4XA 3ZWTA 1SO4A 5G2HA 4ZL1A 4M6QA 4NXKA 1EWDA 2TYSA 2E1DA 4RV8A 1FWNA 1SW0A 1YTEA 1LDCA 1O95A 1PVNA 5FEPA 5F4SA 1WA3A 4ZQCA 3OHIA 5CPOA 1ADOA 3GDKA 3I65A 5CSSA 1SW7A 4M7TA 4O13A 1JJKA 3DXIA 4RJEA 2Q8LA 1L6SA 1EWEA 4U28A 4O18A 4A29A 2QCLA 3A24A 4WQ6A 3LI1A 4PL1A 2YYTA 3SI9A 2QCNA 4AHQA 5L9FA 2ZZ1A 3BV4A 3CU2A 5CPMA 3KVLA 4OU1A 3C2RA 3Q2DA 2F7FA 2A5HA 3W1QA 1VYSX 3P80A 3VE9A 4K8EA 4MPQA 3TSMA 2Y7EA 3DHFA 1OG0A 3M9YA 1DBTA 2ZFAA 3SGUA 2DZPA 4S2BA 2JBMA 3E12A 3DFNA 2WJZA 4AXKA 4FF7A 1EP2A 3GAYA 1QPNA 3PR2A 3S8HA 5KINA 2NZLA 2FFCA 3C2FA 1CX9A 2PRHA 4JS3A 3ATZA 4GRSA 1F74A 1F6PA 3DHDA 1TPVA 4RZ5A 4N02A 1VQTA 5U4NA 3WK1A 4S1FA 1P0NA 4OGZA 3TKFA 4GUFA 1GEQA 1KV5A 3CQ0A 5CPNA 3O15A 1U5JA 2Q3OA 3SZ8A 2QAPA 3P8JA 3KRZA 4LOCA 1DJNA 5A8GA 2Y63A 3VE7A 2W79A 3UY8A 3TXZA 3S1UA 1OFRA 3NAVA 1IF2A 2Y89A 3QRHA 3CEUA 4FX8A 1VHCA 3VCRA 1W5QA 4IXHA 1G4TA 5T26A 1ZFJA 2QDGA 1K3UA 3W2KA 3MJYA 3ZFHA 3IVSA 1Q6RA 3PVFA 5U7SA 4LC6A 5G2IA 1YDVA 3W7IA 4RR4A 4L4MA 3HBLA 1KBIA 1UJPA 3L9CA 3G8EA 3TQVA 5I3FA 3HG5A 1OX4A 2RH9A 4O52A 4QNEA 1IIHA 1A5CA 4HNUA 3W3OA 3W73A 4ML9A 1MEWA 4MY9A 1KA9F 3W7EA 4X3ZA 1G4SA 1Y0EA 1T99A 4FHAA 4NQ1A 4S2CA 3KXQA 1FUYA 1B4EA 1TPWA 1QMLA 1OYBA 3O8AA 1MZHA 3S1WA 3W1XA 3GDLA 3LI0A 4UFIA 1MEHA 3GDRA 5HMSA 1K8ZA 1H7OA 2VEIA 1SUXA 2RDUA 1SZFA 1DVJA 3BO9A 1O5XA 2NWRA 2CLMA 3L21A 4NJKA 2AAMA 2R94A 4ZMGA 1W0MA 2DZXA 1YTKA 3B0PA 4RKAA 1CW2A 3O6CA 3MO7A 1ZENA 4A3UA 1I2QA 5C55A 4UNLA 1F6KA 1XC4A 5LNRA 2J88A 3WJZA 1GG1A 3OBKA 3P61A 1YPFA 1XKYA 2VC6A 4KKXA 3C2EA 3STFA 3UWQA 4AWTA 1GWJA 4WY0F 4JD4A 4O54A 2VFFA 1L9WA 2WNZA 4PL2A 2B7QA 2BSLA 5DCEA 4R53A 3PSVA 5FF7A 4JTFA 3I7SA 3P5ZA 3IEBA 3G1HA 1WX0A 2X1RA 3C4UA 4AEOA 4UTTC 4RZ6A 1PCWA 4LUIA 5D09A 1MEIA 2E09A 3O63A 4D2JA 3PBYA 3R13A 2NV2A 3NNTA 4KWVA 1RVGA 4E38A 3A21A 1T8XA 1K8XA 3QYQA 4Q4KA 2ZA3A 2YDAA 1LCOA 4IMCA 2B0MA 3L67A 3LBMA 4O28A 3LHZA 5BMXA 1RQBA 4UFKA 1NVMA 3IV3A 3A9IA 3UZ5A 3B03A 2NUXA 3W9ZA 4CNPA 4HIBA 5LHEA 4KFNA 3N14A 3WFAA 3HF3A 1PHWA 4NNCA 1AG1O 2V8ZA 2ZZ4A 4DXVA 3AJXA 1SZGA 4J9JA 2WQPA 2Z6JA 1KM5A 2P0OA 1GVQA 2QCGA 1R2RA 4DELA 1YXDA 2TMDA 3DI0A 3FOKA 4HSOA 3M47A 3C61A 3PY2A 5HUPA 4O19A 2DZWA 2OMAA 4ZQMA 4JYEA 2XFWA 4LNYA 3W6YA 3IIXA 1VCFA 3R8RA 2A7PA 2VFIA 3E02A 4IMDA 4U4MA 1TTPA 1QPRA 4LVFA 3FEMA 2CZFA 3QSTA 3ZWSA 3LCIA 2ISVA 1VPXA 5DXXA 4RZ4A 4TO8A 3UZJA 5I3HA 4JTEA 4JY8A 4GNJA 4EWND 1TO3A 5K2ZA 4YCPA 3BG3A 2BZNA 1H5YA 4HSNA 1GOXA 3PF3A 5D30A 3UWUA 1F5ZA 3P8IA 1M7PA 1M7OA 3LTPA 4IQLA 3MI6A 3NVTA 1FQ0A 5D05A 2YPIA 3W7LA 3G0XA 4CNOA 5AFDA 3H53A 3LRMA 1B57A 4IXXA 2HMCA 3G1XA 1KTNA 1YDOA 4AHPA 3FS2A 1T96A 4WZHA 2QCDA 4EVZA 2H8XA 3W70A 4P2VA 3CHVA 2HS8A 1Q3NA 1WXJA 1K7XA 4A22A 2TPSA 1TPDA 4JTLA 4Q32A 2GPTA 3EWXA 4GC4A 1K8YA 2Z1BA 1JULA 1H1ZA 5KZEA 2VEPA 3KRSA 4IUOA 4BWLA 3EXSA 4O4WA 2Q3RA 3R2GA 5K9XA 2QUTA 3G1FA 4WY0B 5FEWA 4O16A 4CNNA 4PA8A 5D2YA 4GFSA 4NJJA 3MP4A 3PAJA 1PS9A 1R47A 4FNRA 3I7RA 4JIPA 2KZHA 2BXVA 2QCFA 5AC8A 5EPDA 3YPIA 2C13A 1YDNA 3FA5A 1W5PA 4K8HA 1OF8A 2P1FA 3S5OA 4GWEA 1BTMA 1DOSA 2BLEA 5K7JA 3LXAA 3ABSA 4JTJA 2EF9A 2X16A 3USBA 1LRNA 2X30A 4QITA 3RLUA 1JUKA 2Y7DA 3OIXA 1EX5A 1QFEA 1PCKA 2FJKA 3G0SA 2E6AA 1G7VA 5G4EA 3LBCA 3B4UA 2C1HA 5LNSA 1F76A 5J5RA 3W2NA 4UXDA 3W22A 4ORIA 1KFLA 4GUGA 5KTLA 5KZMA 4GUHA 3QH2A 3GKAA 3IVUA 3BGJA 3DENA 1KLYA 3CEPA 4N4PA 5K9CA 1TYGA 1FX6A 2VFDA 3IGUA 4POCA 1OYCA 3CPRA 2BWGA 3FFSA 3P62A 2RHGA 6ALDA 1DKWA 5KMYA 1W5MA 2NXIA 1DQXA 3HIJA 4RXGA 3S1XA 3TW7A 2DORA 2QCDB 3TROA 4MFEA 5DN1A 6TIMA 5LZLA 2ZRYA 1Q6LA 2CZDA 2CWNA 5HWMA 2G96A 1RQHA 3MWAA 3RU6A 2W6RA 4A2RA 1GZGA 5DBTA 2ZCGA 1JQXA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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