2Q8XA

The high-resolution crystal structure of ixt6, a thermophilic, intracellular xylanase from g. stearothermophilus
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
NSSLPSLRDVFANDFRIGAAVNPVTIEMQKQLLIDHVNSITAENHMKFEHLQPEEGKFTFQEADRIVDFACSHRMAVRGHTLVWHNQTPDWVFQDGQGHFVSRDVLLERMKCHISTVVRRYKGKIYCWDVINEAVADEGNELLRPSKWRQIIGDDFMEQAFLYAYEADPDALLFYNDYNECFPEKREKIFALVKSLRDKGIPIHGIGMQAHWSLTRPSLDEIRAAIERYASLGVVLHITELDVSMFEFHDRRTDLAAPTSEMIERQAERYGQIFALFKEYRDVIQSVTFWGIADDHTWLDNFPVHGRKNWPLLFDEQHKPKPAFWRAVSV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure-specificity relationships of an intracellular xylanase from Geobacillus stearothermophilus
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Geobacillus stearothermophilus
molecule keywords intra-cellular xylanase
total genus 132
structure length 330
sequence length 330
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2007-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2q8xA00
4MNJA 4M29A 4WKFA 2E9MA 3AMCA 3UR7A 1Y7VA 2XM1A 2WMKA 2JF6A 2XSBA 1MFVA 3CBWA 5BWFA 2D2OA 3WUBA 1CXLA 5HXMA 2EPMX 2YDRA 5AY7A 1JZ7A 1F4AA 1SMDA 2EPOA 4A3HA 4BCEA 2XIBA 3WDIA 3MO4A 3WDJA 5CGMA 1KBBA 1UD5A 3CUJA 1MQQA 5EFFA 3BAYA 5FD0A 3K46A 1E4IA 3B8SA 4MB4A 2WBGA 1SMAA 5JBEA 5CG0A 1XSIA 3GXDA 1CGWA 2JFEX 4OIFA 2G3IA 4W89A 4IUGA 1TG7A 5E9AA 2Y5EA 2XVGA 1MW3A 4M82A 1BGGA 2D0FA 3UETA 1UR0A 5I78A 3RDKA 2WHLA 3VIIA 2WVUA 4GI6A 5A8PA 4D6JA 1PX8A 5CZKA 2QMKA 1UG6A 4XZWA 4PMRA 3AHXA 2WHKA 1G1YA 1VEMA 4E4PA 2XTKA 1NWRA 1B2YA 2VL4A 1WDPA 5LA1A 4W86A 2Q8XA 2G3NA 3CHCA 1HL9A 2J77A 2XM2A 3ZIZA 1E0VA 4XX6A 3OLGA 1PAMA 3MV01 1BSIA 4CVUA 2FHCA 4D6EA 1LG2A 3S2CA 2G4FA 1XD1A 1BVNP 4FLOA 3VIMA 4AEEA 3WNPA 4UQBA 1GCYA 2DDXA 1FHDA 1DHKA 2XG9A 2QHAA 5I6SA 3RJYA 6CGTA 1UKPA 1Z32X 5AYBA 3N17A 5BXTA 2CBJA 2ZICA 5ABFA 4DWSB 3CLWA 4W5UA 3AI0A 3PZOA 1N82A 4U3CA 3VINA 4WKAA 5F7UA 5D8ZA 3AQUA 2CKSA 4IPNB 1WKYA 3K1DA 3ZSSA 4NSBA 1HJWA 3SCNA 2TAAA 3PZMA 2O92A 3GNRA 1UD3A 1Q4NX 2PB1A 1OM0A 1F4HA 1CLVA 2DEPA 4UQ9A 5GPRA 1UH4A 2D20A 3VIOA 4ZFMA 2JE8A 5A6AA 3WEOA 1W1PA 3KEHA 2DPEA 3TP4A 2O9TA 1M03A 3N12A 3GH7A 4WKHA 1CLXA 4JHOA 1HNYA 1TA3A 4RE2A 1QI4A 3N18A 3WQVA 2XHYA 2O9PA 3CZJA 3U5YA 4GIAA 3K4AA 4PTWA 2WVVB 2X2YA 4UTFA 3ZT5A 2VX6A 4PMQA 3B9EA 1FFRA 3MUIA 1V03A 4AD3A 1B3YA 1GOMA 2J7BA 4DUVA 4JKKA 1LWJA 2G3JA 3WQ8A 1QBAA 1A3HA 4U31A 3A4WA 3VD5A 5D9MA 1LJYA 2CHOA 3GNOA 2YBUA 4UFJA 1GOIA 3MUY1 1UR2A 4YN5A 3U5UA 1QOXA 1JF5A 4LYRA 4AIEA 1GQJA 1UZ4A 2X09A 2D3LA 2GFTA 4BQ4A 1PZ2A 3FW6A 4PMYA 3VD3A 3G6LA 1LF1A 5M3WA 1J12A 1KXQA 2J7GA 1UQYA 2EBNA 3IJ9A 2BVDA 2C7FA 3QHOA 1CENA 4PMUA 3WKZA 3AOFA 1V6UA 4AD2A 3GH5A 4CGTA 3JUGA 1OT2A 4F66A 4F9DA 3MMDA 1EA9C 2VTFA 1PX4A 2CBIA 1NH6A 1CGTA 2DIEA 3EMQA 3AS3A 1VAHA 4RE3A 4F8XA 3AS2A 1UD4A 4DUWA 4C7FA 2A3EA 1UR4A 5AC5A 3W6LA 3CMGA 2F8QA 3B9AA 1NWTA 4R5EA 4E2OA 1QNSA 4WSKA 5JIPA 2YA0A 2DSWA 5D9OA 5KZ6A 2WLYA 4JFWA 2CHNA 4PTVA 3WBEA 4MAZA 4H8UA 4AIUA 4U5IA 1HT6A 2DSVA 3WMBA 1C93A 4RE4A 3VGBA 2CETA 3BC9A 1J11A 1QW9A 3VD4A 3IAPA 3MKKA 2EPKX 3E1F1 1B9ZA 2WSKA 3PZVA 1BG4A 4H7VA 1TVPA 1H5VA 3OLIA 3A47A 2F2HA 1DTUA 3QHMA 4HU8A 3MSGA 2D22A 5A3HA 3A4AA 5M03A 2OLHA 2V5CA 1EHNA 3PZQA 1E6PA 4AZGA 4HTYA 3A4XA 4HPGA 4AZ5A 2VZVA 4AXNA 4JCMA 3GH4A 3T2PA 4FMVA 1X6NA 1E6RA 1V3HA 1CXEA 1CIUA 1JF6A 1G01A 1CEOA 1I1XA 3W28A 2YA2A 1E0WA 2OSXA 3VDBA 2Y4SA 1LQ0A 1GUVA 1NWSA 1R87A 1GNXA 3HJEA 5CLTA 3THCA 3VMOA 1HKJA 1GJUA 5I3DA 3VMPA 4AZ7A 2WVSA 1JFHA 1KGXA 3EDJA 1E1EA 5CGTA 4PSRA 3VPLA 4H2CA 4UCFA 1L8NA 3UG3A 4JFSA 3VKKA 2BHUA 3EDEA 1M53A 2WYSA 2UY2A 5JBDA 3WL1A 2WAGA 1UWTA 3BGAA 2JIEA 3OGRA 1C7TA 4PSPA 4L4PA 4UOZA 1I1WA 1B3VA 1JDCA 4AZCB 4WLCA 1MW2A 1W32A 3ARVA 1W9PA 1TFVA 3CZKA 2GVYA 3OLEA 4TX8A 4XZBA 2PWEA 1U33A 3MANA 4JKLA 4PUDA 2WWDA 2VR5A 3SCPA 1EOKA 2PC8A 3WF1A 1C7SA 1B3XA 2A3BA 1OIFA 3SCWA 3WEZA 4TTUA 2YLAA 3OBAA 1OSEA 3ARXA 4D72A 1KFWA 3T09A 1ZJBA 1FFQA 1E4LA 1HJQA 2UY5A 3NSMA 4TVUA 1M04A 4UFKA 1UHVA 1JYVA 3WD2A 3GBEA 1JZ6A 2NT0A 3L4ZA 2NT1A 2WMHA 2A3CA 1UYQA 2EO7A 2VCBA 3TTOA 5BYWA 8A3HA 4PMVA 1R7OA 1H41A 2DT2A 2J7CA 4UQAA 3ARYA 1B3ZA 1GQIA 1E0XA 3KWXA 3SCSA 4CU8A 1AVAA 1E6QM 3OLDA 1EIBA 2XGIA 1R7AA 1WP6A 5I5RA 4KGJA 5BROA 2V5DA 2XWDA 1XGZA 1HKKA 3GBDA 3VGFA 1BAGA 2WB5A 4W8LA 5A8NA 4JL2A 3NJ3A 3RM9A 1J0YA 1TZ7A 4P7NA 2BY2A 5EMYA 4TTGA 4QCFA 4ZE4A 5ECUA 3W38A 4AW7A 3FN9A 2J7EA 4X0NA 3F5KA 1EH9A 5JIWA 1B3WA 2UWFA 1H4PA 2X0YA 4OBRA 3WQ6A 1GQLA 4NF7A 1OT1A 1OBAA 1UKTA 4MB5A 2E4TA 5A6BD 5HDRA 3AIUA 4J3UA 2VZOA 4W93A 2J8FA 2YL5A 2OYLA 4UQCA 1Q6EA 1VRXA 2XFRA 1AQ0A 3BAKA 2WSPA 2FHBA 3T0DA 4KH2A 3RILA 3WH9A 3WQ4A 3PZUA 5A8MA 4EKJA 4ATDA 1CYGA 3AIWA 2BNJA 3CIVA 4H41A 1HP4A 2WHMA 1WZAA 3CZ8A 1PIFA 3L2LA 4UFIA 3BMVA 2ZUTA 2YDQA 1ISWA 4D6FA 1JD7A 3M07A 3N11A 3NCOA 4Y7EA 3EBVA 1QI5A 2VCAA 3CPUA 4DWSD 1UKSA 3BXWA 1JYNA 2PBGA 2ZXAA 1NOFA 1HIZA 2CNCA 5E6YA 1KGWA 4PUEA 1C8XA 4JIEA 1EOMA 1PJ9A 3AXIA 1GHSA 3IJ7A 1B0IA 4J3SA 1CXIA 3AMLA 4XUYA 5FKYA 1GJWA 1W9XA 3CUIA 1GOOA 5HBFA 5GNZA 5IFTA 2J62A 3AICA 4HOWA 2E40A 1DEDA 3WEMA 1UA3A 3CH9A 1XCWA 2CPUA 2WKLA 4FK9A 1MXGA 2ZUNA 3POHA 5DFAA 1XD0A 3CUFA 5D9NA 3OG2A 1QNPA 4S3KA 2VURA 3EMCA 1R8LA 4AC1X 2WPGA 5A8QA 2DSZA 1GOKA 3ARTA 4P7QA 2A3HA 2CIPA 2GK1A 5I79A 3WBAA 4CCCA 2GJRA 4PTXA 1XH1A 2VX5A 3HMCA 1SR0A 5IXEA 1UH2A 3RJXA 2ZX6A 2WLZA 1E55A 1J18A 4CD4A 1HP5A 3HN3A 4AD1A 4UQDA 1HX0A 4PMXA 5E09A 4N0RA 2UY3A 4AZ6A 1CXFA 1GOWA 1KGUA 1WPCA 3U7VA 1MQRA 1TMQA 3WNLA 4CD7A 4J3VA 2WC7A 1CGUA 7A3HA 3MUAA 5E0FA 3VGDA 3D3AA 3MV11 3ZJ6A 4Z2IA 4BF7A 3OZPA 5E70A 3AZTA 1MQPA 4W7UA 1CNVA 3GXMA 3BLPX 1B30A 1JD9A 2J74A 1H3GA 4B9ZA 3VU2A 1OGBA 2QPUA 4GZEA 1QI0A 5BCAA 2E3ZA 3VIKA 5BXSA 2XVPA 4J28A 4UOQA 3AIEA 4LGXA 2GSJA 5TD4A 1P6WA 5C8BB 1UZ1A 2BV9A 2G3MA 3AFBA 4GI9A 3O2LA 4Z2HA 3LPOA 2OSYA 2Y8VA 3SCOA 3L2MA 4D6DA 1NP0A 1V6VA 4AEFA 3AHTA 2JEPA 5ABFB 3CGTA 3DC0A 2JALA 3THDA 1RD6A 4CD8A 4GPNA 1HKIA 4MPKA 1AMYA 1GPFA 1JZ5A 5ABHA 4KWUA 1ITXA 1D7FA 3W6MA 4Q22A 4EE9A 2D3NA 1V3IA 3EDDA 4WJXA 4MAVA 4D71A 3DYPA 3W25A 5AC4A 1W3LA 1KB3A 2J7DA 4XB3A 4TUFA 1JI1A 3KL3A 4CU6A 3VILA 3VM7A 3NSNA 4GXPA 2VR4A 2X1IA 1DWIM 1R86A 1J0ZA 4H8VA 3SCQA 1QNQA 2WCGA 4CKQA 3OGVA 2VT0A 1UKOA 2Z1SA 4JFVA 2VUYA 1TA3B 3WNNA 1QHPA 1V3MA 3WF2A 4UZSA 2OWWA 3WUFA 2D0GA 4HZ8A 2J79A 1CECA 1E9LA 3EMZA 2WBKA 4U5KA 2OYMA 4UOJA 3W27A 3AS0A 1JYWA 1ITCA 1FP8A 1RPKA 3GYCA 2GDVA 3PBGA 3WD4A 4DM2A 2X05A 3SCVA 3VUPA 1X1NA 2C0HA 3UERA 2W91A 1VIWA 4UQEA 4BQ2A 5EB8A 1UOKA 4FLQA 4AZIA 1GW1A 2J75A 3N13A 3O6AA 5HPCA 3A6OA 1EXPA 2DQXA 1WZMA 5BRQA 2CCRA 3GM8A 1D3CA 3SUVA 4B9YA 3UR8A 4D6CA 3RCNA 1VFOA 1HVXA 2GJPA 3K8MA 3LPPA 4P8UA 1VFUA 1A47A 4P7LA 1JI2A 1ISVA 4X9YA 4V28A 1ZBCA 2XUCA 3T0BA 2V38A 1CXKA 1YQ2A 3FY1A 2V3FA 3SCUA 4ACZA 2E8ZA 5DT7A 3ZMRA 3PZIA 1BTCA 3L4VA 4ATLA 3NDZA 3VIFA 2W66A 1QNOA 4GKLA 3ZJ8A 1E71M 1OGGA 3L4YA 1G5AA 4LPCA 1PBGA 5A69A 1CDGA 1JG9A 3M46A 1OD0A 1HKMA 3L4UA 3QOKA 1K9DA 1SFSA 3T08A 1JZ3A 2VRJA 2HVMA 3BSHA 3ZJKA 3VTRA 5A6KA 2WMFA 3RPMA 3OA5A 1JAKA 2PI6A 3RMEA 2X8RA 4NRSA 3GXIA 2CYGA 2JEQA 4GO8A 2WCAA 2WHJA 1V02A 2QMJA 1V0NA 4MB3A 3F4VA 1TR1A 3N04A 4QLJA 4QCEA 4ZXOA 3K8KA 4WSJA 4LX4A 3CMJA 2W62A 4PRWA 3VM5A 4H8HA 3T0AA 3AROA 2J7FA 4H04A 4PMOA 5A8OA 2ZWZA 3AZRA 2D24A 4ZXLA 1US2A 1J0IA 1V0MA 1ZU8A 2BXZA 3TTYA 1O6IA 5A2CA 1CZ1A 3W53A 3PTQA 4BQ3A 2O9OA 4CVWA 3PTKA 3LMYA 2VX7A 4NRRA 3PN8A 1W2VA 1UD6A 1BLIA 2VCCA 4PCSA 3FAXA 1UD2A 4D6HA 4ZEPA 1VB9A 1QHOA 1V6WA 1LL4A 4AISA 1LLOA 1LWHA 1DWFM 3OB8A 4U3AA 1OINA 1JXJA 2PWDA 3WUEA 1UWSA 4U2YA 2BVTA 2DIJA 1WO2A 3J7HA 1ODZA 2V3EA 3EYPA 1OCQA 5A95A 3FXYA 3CHDA 3FHQA 1ODUA 3GZAA 1IV8A 1PIGA 3WUGA 1U30A 4AD4A 2J47A 3CUGA 3WNKA 1TE1A 2G8ZA 3DYMA 1NOUA 1J01A 3BAJA 3W24A 3L4XA 2JF7A 1UR9A 1X6LA 3I3EA 3VIJA 1OGSA 1JZ4A 1QHZA 1MVYA 1XRVA 4MTVA 2XFYA 4GQQA 1XYFA 4D6IA 5CPTA 3LPGA 4RL3A 1DWJM 3SURA 4D6GA 3MU7A 3POCA 3BCFA 3ZT7A 1JFXA 1UWIA 1FOBA 4GZJA 3WNOA 4B15A 4W87A 3O9NA 3CHFA 2ZUMA 5EBAA 2XVKA 2VRKA 2XSAA 1JL8A 1ZBVA 1KR1A 2ESCA 1OD8A 3PTMA 3UESA 1ZJAA 1VENA 3LPFA 4LXFA 4OOZA 2A3AA 1TCMA 2YLLA 2C8NA 3WSUA 5I23A 1V02E 3VDCA 1UKQA 3G6MA 2VZSA 1CGYA 3AMGA 3QOMA 3SCRA 5A2AA 1LL6A 1H0IA 2VI0A 4ZE5A 3CZGA 2ZE0A 3NUKA 4AD0A 5LYRA 1ISZA 4C7DA 1K9TA 1RP8A 4HA3A 2W4XA 4GZIA 1E70M 4M24A 3VIPA 1ESWA 2CXGA 3DECA 4AZHA 3WNMA 4YPJA 3WIJA 3SUWA 1WE5A 3AYSA 1Q6GA 2GJXA 1LL7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4MNJ A;  4M29 A;  4WKF A;  2E9M A;  3AMC A;  3UR7 A;  1Y7V A;  2XM1 A;  2WMK A;  2JF6 A;  2XSB A;  1MFV A;  3CBW A;  5BWF A;  2D2O A;  3WUB A;  1CXL A;  5HXM A;  2EPM X;  2YDR A;  5AY7 A;  1JZ7 A;  1F4A A;  1SMD A;  2EPO A;  4A3H A;  4BCE A;  2XIB A;  3WDI A;  3MO4 A;  3WDJ A;  5CGM A;  1KBB A;  1UD5 A;  3CUJ A;  1MQQ A;  5EFF A;  3BAY A;  5FD0 A;  3K46 A;  1E4I A;  3B8S A;  4MB4 A;  2WBG A;  1SMA A;  5JBE A;  5CG0 A;  1XSI A;  3GXD A;  1CGW A;  2JFE X;  4OIF A;  2G3I A;  4W89 A;  4IUG A;  1TG7 A;  5E9A A;  2Y5E A;  2XVG A;  1MW3 A;  4M82 A;  1BGG A;  2D0F A;  3UET A;  1UR0 A;  5I78 A;  3RDK A;  2WHL A;  3VII A;  2WVU A;  4GI6 A;  5A8P A;  4D6J A;  1PX8 A;  5CZK A;  2QMK A;  1UG6 A;  4XZW A;  4PMR A;  3AHX A;  2WHK A;  1G1Y A;  1VEM A;  4E4P A;  2XTK A;  1NWR A;  1B2Y A;  2VL4 A;  1WDP A;  5LA1 A;  4W86 A;  2Q8X A;  2G3N A;  3CHC A;  1HL9 A;  2J77 A;  2XM2 A;  3ZIZ A;  1E0V A;  4XX6 A;  3OLG A;  1PAM A;  3MV0 1;  1BSI A;  4CVU A;  2FHC A;  4D6E A;  1LG2 A;  3S2C A;  2G4F A;  1XD1 A;  1BVN P;  4FLO A;  3VIM A;  4AEE A;  3WNP A;  4UQB A;  1GCY A;  2DDX A;  1FHD A;  1DHK A;  2XG9 A;  2QHA A;  5I6S A;  3RJY A;  6CGT A;  1UKP A;  1Z32 X;  5AYB A;  3N17 A;  5BXT A;  2CBJ A;  2ZIC A;  5ABF A;  4DWS B;  3CLW A;  4W5U A;  3AI0 A;  3PZO A;  1N82 A;  4U3C A;  3VIN A;  4WKA A;  5F7U A;  5D8Z A;  3AQU A;  2CKS A;  4IPN B;  1WKY A;  3K1D A;  3ZSS A;  4NSB A;  1HJW A;  3SCN A;  2TAA A;  3PZM A;  2O92 A;  3GNR A;  1UD3 A;  1Q4N X;  2PB1 A;  1OM0 A;  1F4H A;  1CLV A;  2DEP A;  4UQ9 A;  5GPR A;  1UH4 A;  2D20 A;  3VIO A;  4ZFM A;  2JE8 A;  5A6A A;  3WEO A;  1W1P A;  3KEH A;  2DPE A;  3TP4 A;  2O9T A;  1M03 A;  3N12 A;  3GH7 A;  4WKH A;  1CLX A;  4JHO A;  1HNY A;  1TA3 A;  4RE2 A;  1QI4 A;  3N18 A;  3WQV A;  2XHY A;  2O9P A;  3CZJ A;  3U5Y A;  4GIA A;  3K4A A;  4PTW A;  2WVV B;  2X2Y A;  4UTF A;  3ZT5 A;  2VX6 A;  4PMQ A;  3B9E A;  1FFR A;  3MUI A;  1V03 A;  4AD3 A;  1B3Y A;  1GOM A;  2J7B A;  4DUV A;  4JKK A;  1LWJ A;  2G3J A;  3WQ8 A;  1QBA A;  1A3H A;  4U31 A;  3A4W A;  3VD5 A;  5D9M A;  1LJY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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