2QCCA

Crystal structure of the orotidine-5'-monophosphate decarboxylase domain of human ump synthase, apo form
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
256
structure length
247
Chain Sequence
ELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the human orotidine-5'-monophosphate decarboxylase support a covalent mechanism and provide a framework for drug design.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Orotidine 5'- phosphate decarboxylase (OMPdecase)
total genus 94
structure length 247
sequence length 256
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2007-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2qccA00
3MHGA 2WOQA 3BLFA 4A2SA 1TPEA 3LTSA 1TMHA 3ABQA 4RZ5A 1OFBA 4N2YA 4H6KA 3CEUA 4AHQA 3LV5A 4M7SA 5MHBA 4WOZA 3S8HA 1RQHA 1D3HA 4JX6A 3NQ2A 3PM6A 3BW4A 3R2GA 1B9BA 2I1OA 3NPWA 3OBKA 1KM2A 3E12A 5D09A 1K7FA 3A21A 5AHMA 2R94A 5D02A 2JGQA 2E6DA 2QJGA 4MY9A 2NUYA 1I8JA 1ZY9A 2YCEA 4AVFA 3EEGA 1SSGA 5HMSA 3TQVA 2YDAA 3YPIA 4ZQRA 1EUAA 1O4UA 3LCGA 1GTHA 2E6FA 1XBXA 1ZENA 1OFAA 4Z1BA 2C1HA 4AF0B 3TMLA 1KFEA 1ZJIA 2NX3A 2CLEA 4X2RA 1DJNA 1EEPA 1H7OA 4A29A 1QNVA 4KFNA 1KLZA 2A7RA 1AL8A 4HNVA 3L0KA 4N6EA 1XBVA 2ZFAA 3TK7A 1TJPA 3F03K 1ZFJA 1TSIA 4RK8A 5FI8A 2QAPA 4RJEA 3SZ8A 2X1UA 1DJQA 4UUIA 3HMJG 3HF3A 3M47A 2ZA3A 2AGKA 3NL2A 5I3IA 1W1ZA 3LBCA 2FLIA 3EXSA 4ZQMA 1TPB1 2WNNA 5L9FA 3UWQA 1VCFA 2ZRVA 4HPJA 5LZLA 1I2QA 3IVSA 4DF0A 4LRTA 7TIMA 3UWUA 1H5YA 2Y63A 1F7BA 3L5LA 4MFEA 3LHVA 4KKXA 3NA8A 1ADOA 1AW5A 3TSBA 4L4MA 3HGRA 5IBXA 2J27A 2WSYA 4HN4A 5G4WA 1ZNNA 4XKYB 3B8DA 5AFDA 2FQIA 1SW7A 2E5DA 3WK0A 1G6CA 4N4QA 4CQ8A 2CLMA 3INPA 3BV4A 4UTTC 3QSRA 3W1PA 5G2WA 4MYXA 2RDWA 5F1VA 2E5BA 3NQGA 2Y7FA 4RR4A 2BX7A 4QJ1A 1CX9A 3TAKA 4DO5A 4WX2A 4O4WA 3PULA 3W75A 4MLJA 3NQEA 1A5CA 1HL2A 5C54A 3EX6A 5KINA 3PSVA 3RNDA 5IBXC 1N8FA 3GDTA 4QITA 3W86A 4FXRA 3W7IA 4BK9A 5EKYA 4WJEA 1M6JA 2J6XA 4O11A 1GYLA 3PAJA 3W7NA 1TJRA 2V5BA 3KHJA 4S2CA 2E5CA 3TQ0A 4UTJA 3W1LA 2AAMA 4YL2A 3MMTA 4AHPA 1W5NA 4GJ1A 2I14A 1JR1A 4LS2A 3A9IA 4XBSA 1LZOA 3UZ5A 1MEWA 3NM3A 5G5IA 1WX0A 2BZNA 5LNUA 1KM4A 4JIPA 4N9CA 2WKJA 2DZUA 4FX8A 4FO4A 4PFMA 3C61A 3GAKA 1FWRA 1JULA 1H7RA 2QCHA 3HJZA 1JRCA 5CPLA 1YTDA 4QNWA 5LKYA 4UIOA 3UWWA 2Z2UA 3JR2A 2KZHA 3DZ1A 3T7VA 1JVNA 1S3HA 1YXDA 3G3DA 4FX7A 5EPDA 1LROA 1TPFA 3EWYA 3N34A 2ZTJA 1QFEA 3ABOA 5KMYA 3H53A 1QO5A 3GB6A 3CEPA 4JTUA 4AF0A 3GKAA 1TV5A 2QF7A 3M0ZA 3VNDA 2CWNA 3KX6A 2QUVA 3QRHA 4HPXA 4UNKA 2EF9A 4UFIA 4JTHA 3EKZA 4GWEA 3DI1A 3L5MA 4GUIA 3W22A 3O6CA 1FQ0A 1XM3A 2D73A 5DBUA 4Z1AA 3KFTA 3MWAA 3PBYA 4JTLA 4BR1A 2ATMA 4UTWA 2ZZ2A 1KFJA 2A6NA 1U5JA 1K8ZA 1PVNA 4N9EA 3LGEA 2HS8A 3P5YA 3LI1A 1WOAA 1L6SA 4MVAA 1H50A 2ABAA 5CSRA 3PG8A 4K8EA 3PSWA 1JCYA 2RDUA 3I7SA 3THAA 3QC3A 5KZDA 1O5XA 4O28A 2V9DA 1EA0A 4XKYA 4Y9AA 1TPDA 1KW1A 4POCA 1OFOA 3I7QA 4IWWA 2QCDB 3EB2A 4IMCA 2ZYFA 5KITA 1GVQA 1OFQA 3LCHA 3HPSA 4UTWC 3W23A 1M5WA 5LGXA 3G18A 3G0UA 1I2RA 2E6YA 5AYXA 1ICSA 4XTDA 1BWKA 3UD6A 1YYAA 5C6MA 3W1NA 4IOTA 1A50A 1KM0A 5I3GA 4HKPA 1BEUA 3W7PA 2ZRYA 1OYCA 2X30A 2G97A 2JKAA 4NJIA 3OHIA 3MJYA 5CZTA 3O6DA 1LBLA 4I7UA 3EKLA 3E96A 2Y7DA 1I2OA 2A6LA 5AC8A 3QW3A 1TYGA 3FYOA 1DOSA 3OVQA 3NL3A 3EXTA 1QOPA 3A24A 3LRKA 4DPQA 2QCEA 1MZHA 4ORIA 1LLZA 2YFNA 4DPPA 1LP6A 3GZ3A 1KBJA 3VE7A 1I2NA 3DFSA 1HUVA 2A4AA 3MBDA 3L67A 4R53A 1A5SA 1PV8A 1L6WA 4CCEA 2FB3A 4OT7A 2CLOA 4DQWA 3FOKA 1LRTA 2VOMA 4MY8A 1QO2A 3C2FA 1LTDA 2ALDA 2TSYA 3VCRA 3GNDA 1W5QA 4A2RA 3WJXA 3C2RA 1Q6RA 2VKZG 2JBMA 3GDLA 4IX0A 3W70A 3LTYA 3NL6A 1Z41A 2NV1A 3OVRA 3Q58A 4GXMA 3DFOA 3HO8A 3EWUA 4PTNA 1KM1A 3SFKA 3ATYA 2E1DA 4O15A 1ME7A 2NUWA 4UTKA 2QCFA 2ZZ4A 1KFKA 1HFBA 3DI0A 1P4CA 4GE8A 3QQ1A 4C1KA 1ZALA 4JTEA 3PG9A 2Z6JA 4FNTA 4O0ZA 1LYXA 1LM1A 5CPNA 3SI9A 4JYFA 4NZJA 2NXIA 1OABA 4WUIA 3LOTA 1P5BA 3GKFA 4Z1CA 2VELA 3L66A 1DORA 4CNPA 2B7OA 5HR7A 1C29A 1IGSA 1H61A 1PS9A 2EKCA 3GDMA 3N19B 3W2UA 3C6CA 4Z0SA 3IV3A 2YX0A 3W1RA 4FIRA 2A0NA 3NQAA 2QJIA 1FWNA 1F73A 4MPQA 3CPRA 1K3UA 5D33A 2Z1BA 3CIWA 1ZAHA 1W3NA 2O7SA 3S5OA 1JUKA 1WOBA 3EWXA 1ME9A 2NWRA 4N4PA 1GG0A 1R2SA 4UTMA 4HSOA 3DBPA 2DZWA 4ADTA 2NXHA 3NQMA 1VRDA 1N55A 3A23A 5SWUA 2A21A 3QQ0A 4ZL1A 2HTMA 3ANYA 5EY5A 3BW3A 1Y0EA 3SSJA 3G1SA 4OE7A 5F4XA 3V75A 3W7EA 3RLVA 3N14A 4MUZA 4UTUA 5LHEA 5AHEA 4M5PA 1DV7A 3TW7A 4FHAA 1OX6A 2ABBA 3NVTA 4EOUA 4GUJA 4H3DA 3DFPA 3G24A 4NUWA 5G4EA 2RFGA 3CB8A 3NQDA 2DJLA 5FEXA 3WJZA 4WXZA 2OCZA 2I9EA 2V81A 3NQ7A 2VFIA 3HG4A 1ICQA 1SZNA 3TV8A 4J9JA 2RH9A 5LNRA 3PBVA 3B0UX 2CZEA 4O57A 4QQ3A 4IMDA 1VYSX 3O6YX 3LRMA 1VHNA 3I6RA 3LCWA 1H1YA 4Q32A 3UYCA 3PF3A 3UWZA 1X7FA 1SZEA 3LB0A 4LC8A 3GR8A 4B5NA 4CCCA 4IXXA 3P62A 5D2XA 5AN7A 1VJIA 1VPXA 1K7XA 3KVKA 2DU2A 3S1UA 1OFRA 2Y62A 4K39A 5CKSA 4JGDA 3TFXA 1GT8A 1QR7A 5HINA 1RV8A 2E6AA 4FNSA 1R47A 1Q45A 3LTPA 1W8SA 4YWIA 2CW6A 2V2CA 3PWAA 1K03A 3DKJA 5LNVA 2TPSA 2ZBTA 1FUYA 3MUXA 4P61A 5CPMA 3M7WA 4GRSA 4AXKA 3IGSA 4O1CA 5ABTA 3N9RA 3TR2A 2P1FA 1U83A 4BFAA 3KXQA 3GAYA 3P61A 2CZ5A 3O16A 3USBA 3GNNA 1QAPA 3UWYA 4X3ZA 3TKFA 4TO8A 2TYSA 3C3NA 1K8XA 3R12A 3O63A 4ZQPA 3W74A 3A22A 4BWLA 2RHGA 1F5ZA 3QW4B 4IX2A 1EWEA 1NAL1 2DORA 3EWBX 2CFFA 2Y61A 4BF9A 1KTBA 1IF2A 1QWGA 3VKJA 4ZQOA 4PODA 5E93A 2B4GA 3E0IA 5F2IA 2CLLA 5F2LA 1W5MA 1EP1A 4ALDA 1RR2A 3TDFA 3TX9A 3WK3A 2H3DA 4LC6A 3G0XA 3B0PA 3ZFHA 1JQXA 4HT3A 3N73A 3W2MA 1O60A 2A5HA 3BO9A 1YXYA 2PRLA 3MP4A 1TV8A 1FWTA 2WNZA 3W2JA 3HGOA 4BWLC 2A7PA 3DHDA 4EVZA 3ATZA 5DXYA 2QCGA 2OX1A 1W3IA 1JCXA 3HIJA 1PCWA 5D32A 3R89A 3W9ZA 3C4UA 3QF0A 5T26A 4K7YA 1PL9A 2H8ZA 1QOQA 6ALDA 1RZMA 4R7JA 5U7SA 3GVGA 3S1XA 5AC7A 3UXDA 5BMXA 1ALDA 3LRLA 4YCPA 5BW6A 4JICA 1TRIA 3SIZA 3BPWA 3G8RA 3ABSA 1SO3A 1KLYA 2C14A 3S9YA 3P8IA 2CLKA 3BGJA 4MKNA 5E0KA 4GUHA 3SR7A 1RVGA 3PC0A 5G2HA 1G4PA 3H55A 3EX1A 4XTIA 5D04C 4JN6A 4TMCA 1TV7A 1B57A 4NX0A 3C2VA 1YPIA 3M5VA 4AWSA 1TCDA 2E77A 3C2EA 3M44A 5DY2A 3NOEA 3BG9A 1IIGA 2BTMA 4WY0B 1GZGA 2C6QA 5LSMA 5L6UA 1DVJA 5J5RA 3L0NA 3NDOA 4NNAA 3M5ZA 1VYPX 5E1QA 2YW4A 4Z08A 4LUIA 4CLMA 1LOLA 4MZ1A 1VHCA 2B7QA 2GQ9A 4EF8A 4O16A 3QMRA 5FF0A 3WJYA 1AMKA 4C1LA 2YSWA 4UTHA 1KTNA 1SO6A 4ADUA 3SJ3A 3HPXA 1YDVA 2WNQA 1YDOA 1LLWA 2ZA2A 3N2MA 4YMZA 3U6WA 3G1FA 3TMQA 3P60A 4FF7A 5BMWA 1R46A 4MY1A 2VFHA 3WJSA 3R8RA 4NXKA 1TIMA 2J9XA 1R2TA 3CHVA 2DZSA 1K02A 4DO4A 3KOFA 2VFEA 3UQNA 4O0KA 2V5LA 1SO4A 2R14A 2QEZA 4LU0A 2YGYA 4M6PA 1EP3A 4RKAA 4ADSA 1H60A 4JX5A 4AWUA 1PHWA 1G4TA 3G1HA 4K8HA 4CNNA 4DF1A 5A5WA 4JDBA 1VR6A 1R2RA 1X8FA 4MZYA 2GUUA 4TMBA 3H54A 4IPIA 1H7WA 1JUEA 1Q6LA 4DBDA 3W7RA 4YLWA 1UCWA 1FWSA 3LCFA 3M6YA 3KVLA 3P84A 1W31A 5IM51 1W0MA 1F74A 1KFBA 3UNDA 3GYEA 3M9YA 8TIMA 4A22A 3EXRA 3B06A 2OZ0A 3Q2DA 4MOZA 4JY9A 1WA3A 3N3MA 4NJKA 3EX2A 2FDSA 1RQBA 5DLCA 1W3TA 1J4EA 1F6KA 2G95A 3AJXA 3L2IA 3PVFA 4XBKA 5FESA 2H90A 3DKLA 1HG3A 2OT0A 2XN1A 1AL7A 3G1AA 3TROA 5AHNA 5D2WA 3W72A 1H7XA 2BXVA 5EA9A 2A2IA 3MYOA 1Q6QA 1X1ZA 1TRDA 3NM1A 5F4SA 3GX9A 4TIMA 1LBFA 1ML1A 3BLIA 4JEQA 3S1VA 1EUNA 2NLIA 4LT9A 5I3JA 2VENA 3NPXA 2ISVA 4PL1A 2VEKA 5CPOA 3CWOX 3O15A 3W76A 2EHHA 3PUEA 5FF3A 1SZFA 3TNOA 3TJLA 4UR8A 3UXAA 3C52A 3C0JA 3UY8A 3GXTA 4FEZA 4CCDA 4CNOA 1UUMA 2P10A 1W54A 3WFAA 4OV4A 3MP3A 1TPH1 4YXGA 3S1WA 5CSSA 3DFNA 4LV9A 4OBTA 5HJLA 1IIHA 4HNNA 4KWVA 1F2JA 1TPC1 4FNRA 1Q3NA 1PE1A 5C55A 4NJJA 4RXFA 3OA3A 4UTIA 1H1ZA 2HSAA 3W7DA 4Y96A 2WJZA 3TUUA 4N6FA 3GXNA 4WY0A 4X9SA 1LOSA 3RMJA 3QMTA 4S1FA 3BGGA 3A5FA 3S42A 3IGXA 4O54A 3W2KA 4O1DA 2JKPA 5LGZA 4OU1A 4RZ4A 3W1UA 4AHOA 5HULA 4JYDA 4XZ9A 1IXPA 3PBUA 5KSWA 2ZZ5A 2GJNA 1YDNA 1G67A 5EMUA 3FLUA 2XFWA 4ML9A 3LBMA 3LDVA 1EP2A 3I65A 3MI2A 1ZAJA 3O8AA 4GBUA 1SU5A 3G8EA 1KV8A 5K4XA 4OQVA 5D2TA 1G4EA 2X16A 4EIVA 3NG3A 5K9CA 4LS1A 4FNUA 5LHFA 2Y6ZA 1ZCOA 1C9DA 1IXQA 2PCQA 4BI6A 4WZHA 4Z1DA 1LRQA 5KZEA 1GVSA 1EPXA 3QEZA 3TSMA 2CLHA 3IGUA 5D2YA 4DO6A 4PH6A 4O13A 4LTSA 4RZ6A 3NXFA 5C5YA 1PIIA 2YZRA 1TPVA 4D2JA 5EL1A 4E2DA 5CG7A 1KFLA 2NWSA 4NNCA 5U4NA 2ISSA 1OJXA 3M5YA 2VEIA 5FF7A 3KRZA 4QM1A 1AG1O 3ZR4A 1VZWA 2EAWA 1XBYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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