2QCD | Genus

Total Genus 96

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	96
sequence length	258
structure length	257
Chain Sequence	AMELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structures of the human orotidine-5'-monophosphate decarboxylase support a covalent mechanism and provide a framework for drug design. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
molecule keywords	Uridine 5'-monophosphate synthase (UMP synthase)
total genus	96
structure length	257
sequence length	258
ec nomenclature	ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date	2007-06-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2qcdA00

2RKXA 3D0CA 2GVJA 3G0XA 1AG1O 4I7VA 5CSRA 3SGUA 2CLLA 3NA8A 1H5YA 3PBWA 1F5ZA 1OX4A 3G18A 4E2DA 4QITA 4MFEA 4UC5A 5AC8A 2VOMA 4FX8A 2WO5A 1YTKA 3TXVA 4FHAA 3T55A 1OFEA 1YTEA 3OA3A 5K3VA 3ANYA 3BO9A 1P0NA 1XKYA 3ATZA 3N73A 3STCA 3FFSA 2C18A 1G4PA 1XC4A 3M41A 3W7GA 4O11A 3KXQA 4FNTA 5EA9A 5LZLA 4Z1AA 2NX3A 1LP6A 3QRHA 1G4EA 1H7RA 1I2RA 1TJPA 3NQ2A 3UZJA 3ABQA 5CZ0A 4MOZA 1FCUA 1FXPA 4O0KA 4XZ9A 2E1DA 4FNSA 3USBA 1B4EA 2TSYA 2H8ZA 1G7VA 3DGRA 3S8HA 1YYAA 3IGUA 3KRZA 4AMAA 2E5DA 2W79A 4PC8A 4MY8A 4NNCA 4PTNA 4BK9A 5D38A 4A2RA 2V82A 2NV2A 3PAJA 1UASA 3HG5A 2A7NA 4YL2A 4FNUA 1HUVA 2FPTA 1K7XA 3HF3A 1IIHA 3E9AA 3B05A 3BW2A 1TSIA 1VPXA 4IXHA 5CGQA 3GIYA 3PULA 4JGDA 5D37A 3C2OA 2DZXA 2V2DA 3P5YA 4GUIA 3M44A 4O53A 2V9DA 1QR7A 1DHPA 4LT9A 3Q58A 5G5IA 1SO3A 4N6EA 1JVNA 1Q6OA 3LCIA 3A24A 3DH7A 2IQTA 3HMJG 3S5NA 3FYPA 3NL6A 1A50A 5HR6A 4RCXA 3FEMA 1B9BA 3W7RA 5FF0A 6ALDA 3LCXA 5AN7A 4HNVA 1F05A 3G1YA 3M5XA 4EIVA 5HR7A 2V5LA 3W7NA 3FKKA 3LHVA 3QMRA 1OJXA 5D09A 1VJIA 3ZR4A 2R8WA 5AC7A 1I2PA 1MEIA 4H3DA 3UQNA 1YXYA 2QCDB 3O6YX 2WNNA 1PHQA 2ZQ0A 4GE8A 4RJEA 5G4WA 1SPQA 4HNNA 2YR1A 1LRTA 3G1VA 2J9ZA 3GZ3A 1NFBA 1FBAA 2JBMA 5J5DA 4XBSA 1C29A 2C0AA 3W72A 4CQ8A 4CNPA 2C3ZA 2ISSA 3P61A 3CT7A 1PVNA 3PG8A 3NEVA 1NAL1 1J5TA 3BV4A 3L67A 2HS8A 3EX4A 3G1HA 4LWWA 1KFJA 2GQAA 2ZBTA 3LBMA 3M5VA 2RDUA 2QUVA 4JTSA 4CNOA 2VELA 1FWNA 1R47A 3P81A 4M19A 2Y85A 2AQWA 3DAQA 3QF0A 5SWUA 4JTKA 5G1YA 1EA0A 1O60A 1K03A 1T8XA 2NXGA 4KWVA 3H54A 4CCCA 2FB3A 3HGRA 2RDTA 4O28A 3W22A 2NUXA 2RH9A 2RHGA 2W6RA 5F2MA 5K4XA 5CKSA 4K37A 4X9SA 1LDCA 1ICQA 2VXNA 3NPVA 1DV7A 5K9DA 3CU2A 5EPDA 1W3NA 5FF7A 3GYEA 1Z42A 1XBVA 1RR2A 1F6KA 2Z6JA 1F7BA 3TA6A 1XUUA 3HIJA 3DFNA 2BZNA 2GUUA 2GJLA 2QJIA 2ZCGA 4NJHA 2YSWA 1TREA 3W1MA 5CZSA 3UNDA 4NNAA 1JQVA 5C6MA 4AWTA 5E0KA 1LLZA 3NQMA 2AAMA 4ADSA 2I14A 4H4IA 1TO3A 4HHPA 3M5YA 5F4SA 1ZHAA 4IPIA 1O5XA 3PG9A 2YW3A 1GOXA 2FDSA 3FYOA 5EKYA 1TTJA 1XXXA 4AXKA 3RMJA 1QPOA 3TMLA 1LRQA 5H91A 3P84A 1P1XA 1OYBA 4N4PA 1KTCA 3O8AA 4NX5A 3W70A 3TDFA 1LTDA 4UTMA 1OHLA 2EKCA 3BPWA 1LOSA 3LB0A 8TIMA 1U83A 2FIQA 4CQ9A 2XFWA 1LLWA 2GVLA 1WBHA 2HS6A 4O10A 4IOTA 1WDWA 1NEYA 2E5BA 3HG2A 4ADUA 3KAOA 3MHGA 4ZQOA 1THFD 3EWUA 3GLCA 1SW7A 1IXQA 2ZRYA 3PBYA 3W1QA 2E09A 4RR4A 1ML1A 1PL9A 3W7LA 4Z1CA 1H7XA 1TPVA 1TQJA 3W2NA 1I2OA 3MJYA 3MP3A 1NSJA 5HUPA 2ALDA 4OV4A 2ZRUA 4TU1A 3TU9A 4IMFA 4U28A 2CU0A 3C2EA 3I7RA 1SO6A 3ABSA 4BI7A 2BLEA 2X1SA 2DZUA 3L0GA 5FEPA 1VLWA 2GQ9A 4JEQA 3W2JA 4NT0A 1UJPA 3DFTA 1KM1A 2X16A 1T96A 3IIXA 4AF0B 1RPXA 1SW0A 1M6JA 4ZMGA 1ZNNA 5E1QA 1O95A 4DELA 2HTMA 3QQ0A 1X8FA 5F2IA 2DZTA 4NJIA 4A22A 1KTBA 4O19A 1Z48A 2YZRA 2QF7A 1W8SA 1HO4A 2ISWA 5AHMA 5D2TA 3KOFA 3SY5A 1IXNA 2VFGA 5LGXA 2VEMA 5HNRA 4UXDA 4LUIA 1PV8A 5DN1A 1ZALA 5KINA 5EY5A 3FJ6A 5HQEA 2Y7GA 1FCQA 1JCJA 3N14A 3MYOA 2Y63A 3VFLA 3WFAA 4MY9A 4WUIA 1B57A 1O4UA 3NQCA 4UIOA 2X1TA 4JTTA 4IGHA 4BR1A 2WNZA 4HKPA 1JCXA 5C54A 2TMDA 1RQEA 2WNQA 2I9EA 2CLEA 1KLYA 1PCKA 2CLKA 3FLUA 2KZHA 1P5BA 4O15A 3SW6A 4HT3A 3M43A 4K39A 5KTLA 3EWZA 4OBTA 2QJGA 3QMTA 4C1KA 1WOAA 3LX9A 1JUBA 3WJZA 4GC4A 2C13A 1OYCA 4XKYB 2NX1A 3KVJA 2A85A 1H60A 4GWEA 2QDHA 3S1XA 5BW6A 3NQVA 5AHEA 3PBVA 4WZHA 4Y96A 5C2XA 3TUUA 5TQLA 2QCEA 1PHWA 1JR1A 1KV8A 2V30A 1H1ZA 3LLDA 3Q37A 2EF9A 2NV1A 1GEQA 4IUOA 1T0OA 1WX0A 3VI2A 5FEWA 1GQNA 3N9SA 5TBOA 5DY3A 1TPFA 1W3IA 4N9CA 3EX3A 3NQ8A 4QM1A 4UUIA 2G5WA 3QJAA 3NQEA 1JULA 3MW7A 3PSWA 3P7YA 3CIWA 4AHPA 4S2BA 5FESA 1KBJA 3T78A 3TX9A 4NZFA 1CW2A 1UB3A 1TRDA 3M6YA 4MIMA 4M7SA 1L6SA 4EOUA 2QCCA 1X1ZA 3C0JA 4LRSA 4OHQA 4ZQCA 3LRKA 4K8EA 4EWND 2ISVA 3R12A 2ATMA 4HPJA 2B7OA 3CHVA 4DF1A 2DJXA 2P1FA 3GAYA 1QOQA 1LRNA 3MP5A 1L2UA 4E38A 5G2IA 1QOPA 5CZTA 1PE1A 3N2MA 4MJMA 1FXQA 1ME9A 3LCLA 1EWEA 5F2LA 5KZEA 3M0ZA 2FB2A 1X7FA 1F2JA 4O1BA 4O1CA 1W0MA 4JTLA 4DO5A 2Y89A 1OFDA 3GDMA 4AWSA 3STFA 2FTPA 4FNQA 4M6VA 1BWKA 3RFAA 3ABOA 3DFQA 3STGA 1TPH1 1HFBA 1ZAJA 3M5ZA 3E0IA 1YADA 1K8XA 1AW5A 2NZLA 3W6YA 1I4NA 3HGOA 5L6UA 4K8HA 2JGQA 4PL1A 4DO6A 4RXGA 2ZZ4A 3C2VA 4ALDA 1ZFJA 5LNUA 4GFSA 4LW7A 4XBKA 2CZEA 3W7HA 3NQ7A 1GTEA 4MKNA 2CLIA 2E77A 5FI8A 4LRTA 1RV8A 1TYGA 1Y0EA 2DZVA 4NUWA 4JIQA 3V75A 1K3UA 4U4MA 5KZMA 4UR8A 1T99A 2VC6A 3RK8A 3L0KA 5FEZA 3PS7A 1TIMA 3GKAA 3KVKA 4M7TA 3TXZA 2R91A 1EX5A 1SO5A 3BARA 4OWGA 4WOZA 3M1ZA 3T40A 5BNKA 4IPJA 4W9TA 3M16A 2Y7FA 2ZA1A 1DORA 3OIXA 3BGJA 3DKLA 1JRCA 1TPUA 4R33A 3EX2A 1RZMA 3W76A 2QCLA 2FFCA 5BMXA 1YDNA 2B7PA 4UFKA 5LNVA 3FIGA 3PUOA 4N9BA 3R5EA 1P4CA 3QSTA 3W7MA 3G1SA 1EPXA 2CLFA 3UY8A 3BVJA 1VYRA 1FDYA 2QJHA 2BXVA 4HNUA 3GDRA 2QR6A 3NM1A 2NX9A 4IX2A 3LM7A 2NUYA 3IGXA 5G2HA 3TAKA 3WJXA 4QISA 4JNMA 5HULA 4BWLA 3S6DA 3CB8A 4I9AA 2C15A 1GVOA 2TRSA 3UY7A 2QCGA 3PB2A 1E51A 5DCBA 2Y6ZA 2ZTKA 1GJPA 2WSQA 4QSHA 3B03A 3TC7A 3BW3A 1F74A 4IX0A 2CZDA 5EL1A 1KLZA 5D03A 3VE9A 1MO0A 3F4WA 1EEPA 3QPYA 1UUMA 3TW7A 5DCDA 2A4AA 3T44A 4HNTA 4OT7A 3WK0A 4C1LA 3S42A 1DBTA 5G2WA 1R30A 2BSLA 2A6NA 3LOTA 1Q3NA 4O1AA 4ZQRA 1V7YA 5AC6A 3TFXA 3PBUA 3PC0A 4WY0F 2Q8ZA 4UTUA 3GAKA 3W9ZA 4AEOA 3LRMA 5CPOA 3SI9A 4JR5A 3N9RA 4O18A 5F1UA 1LZOA 4BI6A 5HUOA 5D2VA 1LBLA 3IIPA 1FCBA 1X6UA 1KFLA 4KFPA 2TYSA 3BG5A 4GUHA 3QW3A 1ADOA 4LVGA 1H1YA 4IMCA 4UMAA 3NOEA 5CG7A 1BKSA 2FJKA 2CLHA 5D2WA 3MWAA 4B5NA 3UWWA 3P62A 3W7JA 3NL3A 3G8RA 1IXOA 1H61A 3L21A 2NXHA 4PH6A 2I1OA 2A21A 1JCYA 3M7WA 5DXXA 2XN0A 3JR2A 5HWMA 3LCWA 5AOUA 2R14A 1FWRA 1DQXA 4FX7A 1AW1A 5K4ZA 3NZRA 4NQ1A 2B7QA 3TV8A 2J9XA 3FKRA 1DL3A 1OK4A 1VRDA 1IXPA 4JYDA 4K7VA 4Z0SA 1K7EA 3LV5A 2OT1A 4MZ8A 5CPNA 2E6AA 3G3DA 1D9EA 2PRHA 5DXYA 1XUZA 2EGZA 3LTYA 3W1RA 4P61A 2XN2A 5CZJA 3SGZA 3O07A 5LNSA 4DO4A 4YWIA 3IIZA 4ADTA 4O57A 1KBIA 2JK2A 2Z1BA 4O4WA 1MXSA 3DBPA 3G8EA 1N8FA 3L65A 2VFDA 3V1PA 1WQ5A 3UXAA 3I6RA 3HG4A 1PCWA 3DXIA 3W07A 3HGJA 3NQAA 2CZFA 3KVLA 4FIRA 1KV5A 1SW3A 5K2ZA 4LC8A 5CPMA 3WJWA 1FWSA 1SR9A 3P60A 1CX9A 3EWWA 1J4EA 3G1AA 4JYEA 5F4XA 4UTTC 3LXCA 1TPDA 1RD5A 3N19B 1SZEA 1FQ0A 3S5ZA 3VNDA 2ATSA 4Q32A 1TPWA 1KFCA 3MI6A 3PB0A 4H6KA 3RF9A 1WA3A 4POCA 4FIQA 3LXBA 3TK7A 4MUZA 3W1NA 1XCFA 3CPRA 2EPHA 3UWZA 1LCOA 3EKZA 4MYAA 1K8ZA 1TV8A 4I7WA 3DKJA 4R53A 3G1DA 1OFRA 3L0NA 3NPWA 3TNOA 2ZZ2A 2F7FA 2ZRZA 3W7PA 4LU0A 1AL7A 1EB3A 2J88A 5U7SA 3W7KA 3MMTA 2ZZ5A 3L5LA 1TB3A 2ZRXA 1AW2A 2J6XA 1LROA 1KW1A 1VGAA 3QQ1A 2ZZ3A 2PRLA 3CWOX 3TQKA 1JJKA 4QAIA 2VFFA 5I3GA 1JUKA 3HO8A 1XBZA 4DPQA 3TH6A 1W37A 1H51A 2BTMA 3FJLA 4ONVA 2GJNA 1A5AA 3IEBA 4WQ6A 5IBXA 1VR6A 1TPC1 3M9YA 4IQLA 3PVFA 4Z1DA 2QUTA 1ALDA 5AFDA 4WY0B 3DU0A 3LBCA 4PFMA 5K9XA 2ZRVA 4LVFA 3CEPA 2OZ0A 3SR7A 3YPIA 4MLJA 3L5MA 1XDLA 3WK3A 1G6CA 1KM2A 3L9CA 2E5CA 2A2IA 4JYFA 1H7PA 1H7OA 2O7SA 5C55A 4JTJA 1GT8A 1OK6A 1KFEA 3MO7A 2VENA 2YYUA 3KVMA 4NX0A 1VCFA 5I3JA 5L9FA 3LXAA 3NL2A 3SJ3A 2GQ8A 2P10A 1ICSA 3A5FA 1TPB1 3RLUA 4PA8A 1TPEA 2WOQA 1ME8A 4AF0A 4MPQA 3W73A 3MHUA 3QEZA 3ZWTA 2O7QA 3W1LA 3BG3A 4JTUA 1WOBA 3W23A 2AGKA 3SZ8A 3W7DA 3KRUA 3I68A 4O50A 1Z44A 5DBUA 3E02A 3TC6A 4BWLC 3TW6A 3S0CA 3W88A 5G1TA 3TSMA 5J5RA 3NQGA 4X3ZA 5AHIA 1EP1A 2Q3RA 1W5OA 1QO2A 3FS2A 3UPWA 3GXTA 1K8YA 3S1WA 5LHEA 3QSRA 3S9YA 3HG3A 1XDMA 2BX7A 3IRDA 2A6LA 1VCVA 1CI1A 2OMAA 3A5VA 3B04A 3PM6A 2NUWA 3B06A 3TAOA 3OVPA 4LV4A 1XM3A 1HTIA 4UTKA 5AYXA 1EUAA 4WOQA 4HIBA 3MUXA 4GJ1A 3TR2A 4RV8A 1B4KA 2PCQA 1PS9A 4JTGA 2A7PA 5I3IA 3GKFA 1KM6A 2B0MA 3P82A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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