2QCLA

Crystal structure of the orotidine-5'-monophosphate decarboxylase domain (asp312asn mutant) of human ump synthase bound to omp
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
ELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFENRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structures of the human orotidine-5'-monophosphate decarboxylase support a covalent mechanism and provide a framework for drug design.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Uridine 5'-monophosphate synthase (UMP synthase)
total genus 100
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2007-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2qclA00
1YTKA 5FF7A 4ZQOA 1PHWA 3LCWA 1JQXA 3NQDA 1TPVA 3B0PA 1K7FA 1SW3A 2WSQA 4HKPA 4IMDA 4UR7A 5D2VA 1LBFA 4K7VA 1QPOA 2BWGA 4JGDA 3QC3A 2ZDRA 1WA3A 4UTMA 1KM6A 1NEYA 1A5CA 4O28A 4B5NA 3EX4A 3OVQA 3JR2A 2WKJA 1ML1A 2VELA 3M9YA 2V9DA 1SR9A 1RPXA 1F74A 3TMQA 1W5OA 3W7HA 2A6LA 5KSWA 3GKFA 4UTUA 2H8XA 3HJZA 5C54A 5KZEA 1H7OA 2CLOA 4FNUA 5FEZA 1SZEA 2Y70A 5C5YA 2YYTA 2V2HA 2CLEA 3QQ1A 4RK8A 2QCLA 3WJSA 4HNUA 3THAA 2JKPA 5E0KA 3F4WA 3E12A 2OCZA 5LGXA 3A5FA 1HO4A 3K30A 3OIXA 3TA6A 2Y7EA 1KTCA 3M44A 1EX5A 2ISVA 4Z1BA 5LKYA 2NXHA 4MY8A 1X1ZA 2B7QA 5LNRA 1TYGA 4NJJA 3WK2A 2FTPA 2B7PA 2XN0A 2QR6A 1VH7A 2V30A 2PRHA 2E68A 3T55A 3G18A 1S5WA 4UCGA 2X30A 4BWLA 2A5HA 2R91A 2DP3A 2QJHA 4IMCA 2VEIA 4YLWA 3UWQA 1ZAJA 5FI8A 1O5KA 3W1NA 4Y8FA 5BMWA 1GYNA 1GVQA 1GTEA 4IPIA 3S9YA 1AL8A 4JY9A 4TO8A 4ONVA 3R13A 2VFHA 2F7FA 3MHGA 4M7SA 3I65A 1OG0A 3DFSA 4JY8A 4WD0A 1OK4A 1GWJA 1RR2A 2NZLA 1VPXA 4WXZA 4JXCA 1OFPA 2E1DA 5HNRA 2A2IA 5HR6A 4O19A 3HBLA 3MW7A 2G97A 3CEUA 3NQ6A 2C14A 1VYSX 4UR8A 3F03K 2X1RA 3CHVA 1PS9A 1X6UA 4FX8A 1QFEA 5C6MA 3JRKA 3STGA 1SZNA 2VOMA 3LXBA 4UFIA 3L66A 4UXDA 2J27A 3LHVA 4RXFA 1LZOA 4LOCA 4AWTA 1H1YA 3G1DA 1W5MA 4QM1A 1OHLA 4O14A 3OEXA 4R33A 4Z1CA 3W1PA 2BZNA 1I2PA 1ME8A 2GUUA 3WK3A 4FNSA 2Y63A 1DL3A 4PA8A 1K7XA 3FA5A 3EEGA 1FCVA 2BX7A 1N55A 5IBXC 4NZJA 2VFEA 4O4WA 1R2TA 4RJEA 3W7EA 3W7KA 4LVBA 3ZR4A 3MBFA 1TQXA 3P61A 1XI3A 1SQ7A 5AYZA 2R14A 3EXTA 2ZRZA 2QAFA 1VC4A 3FIGA 4RV8A 1OF8A 4BI7A 5FEPA 3DFQA 2DZVA 4Q33A 2O7SA 1O95A 4GE8A 1SFLA 2ISWA 2PRLA 4UTWC 5C55A 3L0NA 3DKJA 4A2RA 3U2OA 4TMBA 4ZQCA 1QAPA 4LW7A 4HN4A 1QOPA 2FB2A 1TPDA 1G4EA 2YR1A 3TW7A 4RZ6A 4CLMA 2EPHA 3O06A 1CI1A 1J2WA 1I2QA 3TAOA 1XDLA 3EWXA 5CPLA 2V5BA 3PG9A 3P8JA 5F4XA 4Y90A 3TQ0A 2DJXA 5D03A 1UBSA 2GPTA 4M6VA 5G1TA 4AEOA 5MHBA 5TIMA 5D38A 3N9SA 3W73A 4WJEA 3UNDA 4RZ4A 1BWLA 1KLYA 1YPFA 1ZJIA 4R7JA 3R89A 2YYUA 1MEWA 4AHOA 4DBEA 3ATZA 3PB2A 3P82A 1UJPA 3RMJA 1GEQA 4O53A 3LDVA 2CLMA 3P80A 4UTHA 1GOXA 3W2JA 2ZZ4A 1BKSA 1CX9A 1KV5A 5F2LA 1H1ZA 1TTQA 1W54A 3DH7A 3DFNA 2ZTJA 3C2OA 4LT9A 5EA9A 2OT0A 3HG3A 1NFBA 4I9AA 3MI6A 1SW7A 1VJIA 4LNYA 4DPPA 2H90A 3DBPA 4MY1A 3NQFA 3QM3A 4K38A 4JTHA 5AC6A 2NUXA 1YXYA 1EIXA 3B04A 3LGEA 3IVSA 2ZYFA 3W75A 1TJRA 3LRLA 4AF0A 1SU5A 3GR7A 1XUUA 2R8WA 1FCQA 3DHFA 2TSYA 3KOFA 3PBVA 1GQNA 2FB3A 3NQMA 3ZWTA 2W0UA 1AW1A 2WQPA 3IGSA 5F2GA 1C9DA 3SSJA 2Z0IA 2A85A 4EIVA 1RQBA 4N4PA 1FCUA 5F4SA 1WBHA 2J24A 5F2MA 1EP3A 3F1QA 2Q8LA 5AHIA 3UXDA 5F2IA 1GVRA 3SW6A 4RZ5A 1LOSA 2X2GA 1ME9A 3BG3A 3EX2A 3W9ZA 1KA9F 2XN1A 3PS7A 3NL2A 1V5XA 1GZGA 3S42A 2ABAA 2ALDA 5D33A 2HS6A 5KITA 3A9IA 2YDAA 4DF2A 1DQWA 3GX9A 1ME7A 3LRKA 2QCEA 4QQ3A 1RD5A 3BG5A 2ZCGA 4HSOA 3W7QA 3G1VA 3CEPA 1OABA 5CGQA 2H3BA 5U7SA 2GOUA 3NAVA 1H63A 2GQ8A 5EBUA 4QIUA 2YZRA 3S5NA 5HMSA 4NZFA 4O1AA 3TUUA 3EXRA 5BMXA 1KFBA 4GUIA 4E2DA 5CPNA 2VEKA 4N9BA 2PCQA 2DJLA 1X7FA 3W2UA 3SIZA 2J9ZA 2Y62A 1KM4A 3O15A 4O52A 2AGKA 4ALDA 2H6RA 4FIQA 1FWWA 3CTLA 2A0NA 3G1HA 3Q94A 4UFKA 1LTDA 4I7VA 3W7OA 4AHQA 3MP3A 1JQVA 5J5DA 3GXNA 4JEQA 4OV4A 1WDWA 3KRZA 5U4NA 4ADSA 2JGQA 3KAOA 4UTIA 1F6KA 3E0IA 5G5IA 5DXYA 1GG1A 1I2RA 3NO5A 4GFSA 3LHZA 3GDLA 1A50A 1F6PA 5LNSA 3LX9A 4WUIA 3E96A 4HNNA 1TPWA 1R30A 1W5PA 3BLFA 3TV8A 2ZRUA 4OU1A 5CPOA 4MYXA 1FWRA 4IUOA 4Q4KA 4O8RA 2EKCA 3G22A 1KFCA 3NQAA 3LM7A 4DF1A 1M6JA 2I9EA 2QCCA 3FKKA 3O07A 2G95A 2QUTA 2C6QA 1B4EA 4BF9A 1XBXA 3UY8A 3NL3A 4HSNA 3I7RA 2ATMA 4FXSA 4L4LA 2VC6A 2FQIA 4O50A 4OGZA 5LNUA 4LV9A 4LV4A 3EWUA 2HS8A 4JDBA 4NVTA 3L0GA 3FLUA 3BLIA 3D0CA 4LVFA 1QPNA 4LY8A 4NJIA 4JTUA 5E93A 3PBUA 4ML9A 4M7TA 4DQWA 1HO1A 1QOQA 3RLVA 3N9RA 3UPWA 3W7MA 2JGYA 3GYEA 3LBMA 1M7OA 2P1FA 1R46A 4X3ZA 5BNKA 4LTSA 1JCMP 3O1NA 5F1UA 4WOQA 3CIXA 1YYAA 2H8ZA 4OV9A 4Z08A 3LI0A 3WJZA 4CCDA 3TR2A 4N2YA 3CT7A 4LS0A 2WJZA 3P62A 4GJ1A 3LTSA 3RK8A 5K4ZA 5E1QA 5CZJA 5HR7A 3KVMA 1QR7A 4Y9AA 3C2EA 2NX9A 3LCLA 3G8EA 2YX0A 5FF4A 1K7EA 3NZ1A 4HNVA 4IMFA 1SO5A 2J9YA 3G1AA 1AMKA 4N6FA 1KTBA 5AB3A 3W1MA 1L6SA 3TJXA 1YXDA 3L0KA 3IGUA 3SY5A 3N2MA 3MO7A 5D09A 3BGGA 3HGSA 4CQAA 1JR1A 2CLFA 3M5XA 3W85A 2HTMA 2OT1A 5HWJA 1GVSA 1L6YA 2ISSA 2QCGA 2V81A 1VQTA 3NQGA 4IWWA 3KVJA 4O4VA 2Y7DA 2WNZA 3BW3A 5AC8A 1EPXA 1TSIA 3W1UA 1SO3A 3QQ0A 3LXCA 4NT0A 1KTNA 4DO5A 1A53A 1UCWA 1OFQA 1SW0A 1QMLA 1DKWA 4PEKA 3M1ZA 4GRSA 2CLIA 4NNBA 1RVGA 4MFDA 3PVFA 1XXXA 2QJIA 1LBMA 4I7WA 4M5PA 3STEA 3PSWA 1ZAHA 2QUUA 1IGSA 2YCEA 2RKXA 2VXNA 3MUXA 4IGHA 2VFGA 4UNLA 4JYFA 3NQCA 3PBYA 4BI5A 4LC6A 3N3MA 3DFPA 3S1UA 3G1XA 3QYQA 1B57A 3BGJA 2CLHA 5HUPA 2Y6ZA 3L5AA 2CZEA 2X1TA 2GQ9A 5IM51 3HMJG 2ATSA 4DELA 5G4WA 3YPIA 5AFDA 2YXGA 3TAKA 2CZFA 3LB0A 5CZ0A 2QUVA 1TTPA 1KM3A 3DHDA 3LCIA 4Y96A 1WAUA 2PURA 4PH6A 3HIJA 4JTSA 1AG1O 3TNOA 4S2CA 1A5BA 3LHTA 1W0MA 5G2HA 4ICNA 4HHPA 4IXHA 3OBKA 3FS2A 2HSAA 5KTLA 1G6CA 4JX5A 1JRCA 4O0ZA 5AHNA 1Q6QA 3O8AA 2VENA 3HPZA 3W7CA 5D2XA 2Z1BA 4LRTA 4BWLC 3ZWSA 3H55A 2CLLA 1ZAIA 3TDFA 2E6DA 4EVZA 3HPXA 3M5ZA 4EWND 4XTDA 1WXJA 3C2RA 3FJ6A 4YXGA 3PF3A 1LLZA 1KM2A 1DOSA 3USBA 1IXOA 3RU6A 5BOOA 4LWWA 4OE7A 4HPXA 2OZ0A 2ZRWA 2NX1A 3I7QA 4JTEA 1VLWA 3UXAA 2A4AA 5KINA 1VS1A 1OFDA 4JDYA 2YFOA 5DXXA 2RDTA 4PFMA 2Y89A 3LERA 2O7QA 1J5TA 3GXTA 1BWKA 3R8RA 1SUXA 1LLWA 3M0ZA 1W37A 3HG5A 3QSTA 1T8XA 2CU0A 1ICSA 3GAKA 5BW6A 8TIMA 3PULA 1YDOA 1MZHA 4JR5A 4A29A 1SFJA 2ZBTA 2B7OA 3RNDA 2JBMA 4LUJA 3S5YA 1OYBA 3IEBA 2E6YA 3DI1A 4Z0SA 3LCFA 4BI6A 1C8VA 2WNNA 5I3KA 2UV8G 1D3HA 3NL5A 3OHIA 1FXQA 1MSSA 3FFSA 5I3HA 3O16A 5D30A 1OVDA 3M16A 3NPWA 4HT3A 1AL7A 4NNCA 1M7PA 4O1DA 5BRBA 4E0CA 2QJGA 2ZQ0A 1THFD 2QCMA 3EX6A 4JTJA 4O1CA 3UZ5A 3DI0A 4UFLA 5FF0A 5EMUA 3LCHA 4X2RA 3UY7A 4LUIA 4MOZA 4MY9A 2NV1A 4FXRA 4FIRA 1SO4A 1JUEA 4UC5A 5J5RA 1E51A 3KVLA 4IPJA 3FKRA 4OBTA 1VCFA 3LRMA 3LHYA 2WV8A 1H7WA 1A5AA 1NVMA 1OYAA 1S5VA 2P10A 4RCXA 4DO6A 4ZQPA 3SI9A 2ZRVA 4K8EA 1EUNA 3EKZA 5EPDA 3I68A 2G5WA 3FYOA 5HWNA 1A5SA 5CZSA 1WOAA 2X1SA 3SR7A 3GK0A 3TH6A 3A23A 1FDZA 3CC1A 3NYZA 2A7NA 2DORA 3RFAA 4ORIA 2Q8ZA 1G7VA 1YDVA 1YLVA 3BK0A 3QW3A 4NQ1A 4S2BA 3L67A 3S5ZA 3BG9A 1G67A 1F76A 4IQLA 3NQVA 4Q32A 2V2DA 3U6WA 3W7NA 1VHNA 1DJQA 3QJAA 1XDMA 5HULA 3DZ1A 1BEUA 2P0OA 4IJBA 5A5WA 4X22A 3LV6A 3ABOA 1FWNA 3IIVA 2I14A 3W2KA 1TV8A 2DZPA 2VEPA 5I3IA 2VKZG 4FX6M 4QNEA 1XUZA 3BO9A 5LHFA 3A21A 3DU0A 2TRSA 3A5VA 3CWNA 1WV2A 1TO3A 2EHHA 2DZXA 3QRHA 1P0NA 3LOTA 2ZFAA 3N34A 4O1BA 3THQA 4G1KA 3W71A 1SPQA 3EWBX 3FEMA 1SSGA 3QSRA 3AJXA 4KWWA 4EF9A 3R12A 3EWYA 2CZDA 3TK7A 4OQVA 1FDYA 4DBDA 4O16A 3GDMA 4H6KA 4RXGA 4FHAA 3M47A 5DY3A 4JNMA 1FY6A 3W1XA 4JD4A 4IXXA 2VFFA 3LLDA 3UWVA 1IXPA 2FJKA 4ORMA 5EKYA 4JTLA 4NJGA 2B7NA 5TQLA 4NNAA 1TRDA 2RHGA 2Y7FA 1PCKA 3W83A 4P61A 2CZ5A 1H7PA 3HF3A 5K2ZA 4YWIA 1UB3A 3IIPA 4MIMA 2EAWA 4LC8A 4P2VA 2NXGA 3IRDA 2GVGA 3FJLA 5GVJA 3M43A 3W74A 1ICQA 4UTKA 3GZ3A 4GXMA 4C1LA 3I7SA 4K37A 4DF0A 2YW3A 2B4GA 4O12A 5FF2A 4MJMA 4ZZ9A 4NXKA 4L4MA 5CKSA 3L68A 2AQWA 3HB9A 1EWDA 3EX3A 3A22A 5CSSA 1AK5A 4O13A 5D2YA 1DJNA 1XKYA 3DXIA 1QNVA 3BPWA 3P5ZA 4O54A 3KRUA 3LTYA 6TIMA 4IMGA 3W1RA 1X1OA 2X16A 3T7VA 1H7NA 3BW4A 4QNWA 3TFXA 2FFCA 2NV2A 3TSDA 1OFEA 3PY2A 4N9EA 5D32A 3GNNA 4GUGA 4NJHA 3C2VA 3S8HA 4TU1A 4Z1DA 2OX1A 5C2XA 1PL9A 3LHUA 2R94A 4KWVA 3PG8A 4GBUA 2QCDB 5LGZA 1JCYA 3TMLA 1TPH1 3GKAA 1KLZA 3HGOA 4TX9A 1G4TA 3E02A 3B06A 3W2LA 1Q6OA 4CCCA 1EUAA 3LXAA 4QSHA 2NX3A 3C8FA 2VEMA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3MTW A;  4W5Z A;  2G3I A;  1M7X A;  4CGT A;  3O7U A;  3O0F A;  2PZ0 A;  3LBO A;  4UZS A;  2PWF A;  5D2V A;  1LBF A;  4GH1 A;  3OYX A;  3ZYZ A;  4CU6 A;  1QPO A;  3KL3 A;  4JGD A;  1C91 A;  2ACS A;  1NEY A;  1A5C A;  3TTY A;  2YJQ A;  4B5N A;  1CEO A;  1L8P A;  2PWH A;  4LX4 A;  4LFY A;  1EZ2 A;  1ML1 A;  2J74 A;  4LEQ A;  4LUY A;  1SR9 A;  3ZZ1 A;  3W7H A;  2A6L A;  4Q22 A;  1PZ1 A;  1BPL B;  5C54 A;  5M5D A;  5KZE A;  2RGL A;  2IQD A;  2AQV A;  3I3D A;  1H7O A;  3MCN A;  5FEZ A;  1SZE A;  3QQ1 A;  3LG3 A;  5E0K A;  3P14 A;  3F4W A;  1ONE A;  3E12 A;  2VDG A;  1SMD A;  4IFR A;  3UCD A;  1WXZ A;  3PAO A;  3SRK A;  5D9N A;  2NXH A;  5LNR A;  2YB4 A;  4NJJ A;  1XSK A;  2B7P A;  3VCC A;  2QR6 A;  4YVP A;  3UVI A;  4AG0 A;  3DOP A;  3QY7 A;  1T8Q A;  2E68 A;  3R6I A;  3ITY A;  5HPC A;  2Z29 A;  4BWL A;  1GKR A;  2QJH A;  2IQ0 A;  3W02 A;  4YLW A;  3CO4 A;  3W1N A;  1WZA A;  2VZS A;  1FRB A;  1IYX A;  2Y5J A;  1I6N A;  1AL8 A;  3ZR5 A;  1CLV A;  4TO8 A;  4FA3 A;  4AIO A;  2F7F A;  3AIR A;  1QHO A; 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