2QCMA

Crystal structure of the orotidine-5'-monophosphate decarboxylase domain (asp312asn mutant) of human ump synthase bound to 6-hydroxymethyl-ump
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
257
structure length
256
Chain Sequence
MELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKHEFLIFENRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the human orotidine-5'-monophosphate decarboxylase support a covalent mechanism and provide a framework for drug design.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Uridine 5'-monophosphate synthase (UMP synthase)
total genus 100
structure length 256
sequence length 257
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2007-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2qcmA00
1YXYA 3BARA 1H7XA 4IOTA 1KM1A 4JX4A 3F1QA 2I1OA 3W7LA 2Z6IA 1AG1O 1R2RA 4XQ6A 2P0OA 1GG1A 4Z0SA 3RLVA 2ATSA 1ZJIA 3ZWTA 5CGQA 3M0ZA 2X16A 3NQCA 1R2SA 1RQEA 1VLWA 3QF0A 3WK0A 4ADSA 5A5WA 2G97A 1P1XA 3O6CA 4WY0F 2X1TA 3QEZA 1FXPA 4FX6M 3GR8A 3GYEA 2ZZ5A 3LRMA 1QCWA 5CG7A 3HO8A 1UB3A 5LNVA 3B05A 1KTNA 3R12A 4WXYA 1DBTA 3FKKA 3WJSA 1K7EA 3GDKA 1EWDA 2ZYFA 2X1RA 5DN1A 1EEPA 3BGJA 2Y61A 3KOFA 8TIMA 2TMDA 1TTQA 2EPHA 1NF7A 3T7VA 3M44A 5EBUA 2ZDRA 3CPRA 2VFEA 3STFA 3OVQA 5CPOA 3EWWA 3NL2A 1D3GA 4RX0A 3DBPA 4UTTA 1NSJA 2CW6A 4JX5A 3WK1A 1AMKA 2WNQA 3EKZA 4O1BA 4DXVA 1W5OA 3TDFA 2ZA3A 3MO7A 4S2CA 4Z0JA 1JRCA 4GUFA 4UR7A 3PSVA 3GKFA 4A2RA 5C54A 3PVFA 3MWAA 4HIBA 2DORA 3W2KA 5HWNA 3S6DA 3A23A 1AK5A 2WNNA 2NX3A 1L9WA 3GAKA 4Z1BA 4TU1A 3TSMA 3W1TA 1VHNA 2AQWA 4ZQMA 4E2BA 2FFCA 3OVRA 1SU5A 5AHFA 3TQVA 2QCNA 1B4KA 3NG3A 2H6RA 3PBUA 1RQBA 1TPH1 4UTWC 3LTYA 1FX6A 4B5NA 2E6DA 3PUDA 2V30A 4GXMA 5K3VA 1F05A 5K4ZA 2NXGA 3G1DA 4LVDA 1MEIA 1R2TA 1ML1A 4N4QA 3IGSA 1G69A 1TIMA 3T4CA 4XZ9A 2W0UA 3B0UX 2CZDA 2XN2A 4UFKA 3MYOA 1WXJA 4WJEA 2BXVA 2GJNA 2PURA 5IBXC 3SGUA 3WJZA 1ZENA 3MI2A 2NXIA 4GUGA 1UBSA 2B7NA 4CLMA 1XBZA 3IRDA 2TYSA 3TSBA 2V2CA 3QC3A 4LV9A 3ZWSA 3KRSA 5HINA 4UNKA 3E49A 1H7RA 2J9YA 1H7NA 4O11A 2ZRVA 2YW3A 1FDZA 2Q8LA 3STGA 3NXFA 1J5TA 3BPWA 4KFOA 3RFAA 4JTTA 4CNOA 1M6JA 1F5ZA 3BLFA 2IQTA 3GXTA 2WPBA 3HG4A 5AYXA 4LVGA 6ALDA 1TCDA 3TAKA 2NX9A 4JTJA 4P2VA 3CU2A 2YCEA 4K7YA 2VKZG 2PCQA 1QPOA 1LM1A 4PL2A 2QCFA 3GB6A 4O4VA 3G1XA 3S42A 1H61A 3EX6A 4I9AA 4O19A 2Y85A 5KZDA 1H7OA 3QYQA 1L6SA 3W6YA 4UTKA 2FB3A 1OJXA 4H4IA 3W84A 1Q3NA 3KX6A 3OEXA 2ABAA 2QCHA 2C16A 4NJGA 3L5LA 2ZTJA 5F4SA 3PS7A 2A7RA 1TSIA 1OK4A 1TPC1 3LHZA 2C6QA 4DPPA 1H51A 3KRUA 4JYFA 2CLFA 3WK2A 2A2IA 5J5RA 2Q8ZA 4Q4KA 2CZ5A 3I7RA 3NEVA 3LTPA 4DF1A 5DBTA 3TIMA 4JICA 4NX5A 3YPIA 3C52A 3PG8A 4YL2A 4JDBA 3QQ1A 1SZFA 3PBWA 4FNQA 4AB4A 4AHQA 2YGYA 4UNLA 4S2BA 5BW6A 4UR8A 1QFEA 1A5AA 3EWXA 1SFLA 4CCCA 4POCA 1TTJA 1GTHA 1I4NA 4M7TA 4PH6A 5CZSA 2DJXA 1EP3A 3LX9A 1K3UA 3VI2A 3GDMA 3IIXA 1WQ5A 4GNJA 3W7RA 1FCUA 4EWND 5AFDA 4MVAA 2G96A 4IPIA 1SSDA 4JDYA 5DXYA 3KXQA 3QFEA 4HKPA 5EMUA 5CPMA 3QZEA 1VRDA 3NQ2A 2ISWA 1KFBA 1TPB1 4NNBA 3ABSA 3W1QA 2ZZ7A 3LM7A 1LRQA 4DPQA 5HWJA 3BVJA 4TO8A 1OFOA 1SW3A 3BGGA 3PR2A 4IUOA 4N02A 3LLFA 3P84A 3LV6A 3P61A 2P1FA 2H3DA 2OT0A 1I2NA 4GUHA 1TB3A 3ANYA 3FLUA 1V7YA 3F03K 4JEQA 3TA6A 3W2MA 1XUUA 1TJRA 3PAJA 3QPYA 1W5PA 2NWSA 1OFDA 4NJIA 1SZEA 3MW7A 3LERA 2WKJA 2A21A 4JGDA 3DFOA 2X1UA 1L6WA 1SSGA 4LS1A 1TJPA 3PG9A 3HBLA 1LDCA 1F76A 5E93A 4N4PA 3C2FA 4DBDA 2YX0A 4WOZA 1ZAHA 4R7JA 4EIVA 1EA0A 5F2MA 4LUJA 2H8XA 3G0XA 1KFLA 3TW7A 1FCBA 5HR6A 3W7JA 1SR9A 3FEMA 4QAIA 3GDRA 2WJZA 5FEPA 3QPZA 3EEGA 3LXBA 3P80A 3CWNA 4LU0A 1VCGA 3L65A 3KVLA 5I3HA 5H2ZA 4AWUA 4S1FA 3LHYA 4M6QA 2HS8A 1ONRA 4KWVA 5FF0A 3MJYA 4O1DA 1Q6OA 3NQ7A 1TPEA 1R47A 4R33A 4J9JA 3NR0A 1JCLA 1QOQA 5D30A 4NJJA 3GDTA 2YW4A 5KITA 1OFQA 1FY6A 3IVUA 3ZS4A 4NVTA 4M5PA 1FXQA 1ICSA 1CW2A 3DGRA 3PM6A 1KA9F 3O07A 3Q37A 4AMAA 3LHWA 2V82A 1M7OA 1HTIA 3W1NA 1SPQA 3HG5A 2ZA1A 2O7SA 2QCCA 2V5BA 4UFJA 2R14A 1I45A 1VHCA 3MHGA 1OF8A 5LZLA 4UUIA 4AAJA 1DQXA 1ZAJA 3W7MA 4BWLA 2Y7DA 1EX5A 1SQ7A 3KAOA 4MOZA 3NPUA 3UWQA 3VKJA 1QDSA 1LRNA 1OG0A 2NXHA 3FJ6A 4OE7A 5D04C 2JBMA 2A6LA 4CCDA 3JRKA 3G1SA 1G6CA 3CQ0A 3R8RA 4D2JA 3TUUA 3M43A 4LOCA 2XN1A 3LCGA 1EUAA 4QSHA 2E5BA 5D38A 1O94A 4JTSA 2NV1A 4XUGA 4O4WA 3LHVA 3MBFA 1PCKA 2E1DA 1TO3A 3MYPA 3W87A 3EWUA 4RZ6A 1GYLA 2C18A 3LXCA 1TPDA 3W7GA 3W7DA 3G1VA 4DEFA 5HNRA 1LYXA 2V81A 3ABOA 4UFHA 4GRSA 4OWGA 4AH7A 3TCEA 4M19A 3I6RA 1O95A 3IIZA 3N2MA 1QPQA 4O0KA 2DZVA 3B06A 3B0VC 3P5ZA 1D3HA 2GVGA 3G0SA 1E51A 1EUNA 1J2WA 1T0OA 1TRDA 2PC4A 3L21A 4QIUA 4HN4A 2A0NA 3EKLA 4K8HA 4M7SA 2J6XA 3STEA 3IGUA 1Q6QA 1GVFA 5K7JA 1ZY9A 4NU7A 2CLLA 3N19B 3LV5A 1F2JA 2ATMA 1UJPA 3WJXA 2OJPA 1C8VA 3GXPA 2ZRWA 5U4NA 2NX1A 4O18A 4DF2A 3FFSA 1TPUA 2CFFA 5AC8A 3USBA 3L5MA 1KFEA 3HQ1A 1WDWA 2FPTA 1VLIA 2NUXA 3W72A 4ZMGA 3NZRA 1JCJA 3PC0A 5BMXA 1PS9A 4NQ1A 2AGKA 3A5FA 5F2LA 1QO2A 3H53A 4QM1A 2FQIA 1TQJA 3W73A 3C8FA 1TQXA 4ORIA 1Z48A 1GVOA 5CSSA 1F73A 4Y90A 3SJ3A 2VEMA 2DZSA 7TIMA 4WY0A 4AVFA 1WBJA 3BG3A 3EX4A 4UXDA 1MSSA 1XDLA 3INPA 1I2RA 3VFLA 1OX4B 1TV8A 3UZ5A 1AW5A 2ZZ3A 1LBMA 1B3OA 3GZ3A 1MZHA 5AHMA 1MEHA 1W0MA 2NWRA 2Y7GA 3SI9A 1ME9A 2DZXA 2YZRA 5HR7A 1RZMA 3PULA 3LDVA 3EWZA 4MZ8A 1XKYA 1WBHA 1IIHA 5L9FA 3OIXA 3M5VA 1OFAA 4O1AA 3G1HA 3W1UA 1DHPA 4ALDA 1BTMA 3U2OA 4TMCA 4C1KA 1PHWA 1XDMA 3CT7A 4BK9A 3M47A 4IX2A 2VC6A 2YSWA 3LRKA 3M41A 1V5XA 3P67A 4X3ZA 5D2WA 5FESA 5C2XA 3NDOA 4LW7A 4A2SA 1G4PA 3U8GA 3LGEA 4Y96A 3UQNA 1RV8A 2A5HA 1YXCA 4RXFA 3KVKA 4O54A 1XBYA 3GNNA 2WQPA 1XUZA 5LSMA 1W8SA 5E0KA 1QNVA 2GQ8A 3L5AA 4O15A 1QO5A 5EA9A 1VZWA 4EF9A 3SFKA 3CIXA 3W3OA 5IM51 5BRBA 2E6FA 1JCMP 5I3JA 5K4XA 3O63A 3QSTA 1O5XA 3K30A 3NPVA 3G18A 3NQMA 4MFEA 1ZCOA 1O60A 3DU0A 4MY8A 3NM1A 4FXSA 4QJ1A 5FEXA 3P5YA 1XCFA 2RDTA 1P4CA 2JKEA 5FI8A 1O4UA 2I14A 4ZQRA 3DAQA 4TX9A 4O0ZA 3CLMA 4WY0B 3T40A 2CZFA 2DZTA 5G1TA 5H91A 2Z1BA 2C3ZA 3ATZA 4UTWA 4FO4A 2QUUA 2C15A 2VEKA 3NYZA 3Q2DA 2C0AA 2QAFA 1MO0A 1YTDA 3DH7A 2DZUA 3W75A 4LWWA 1LLWA 5FF4A 3UNDA 4O28A 1H7WA 3HOJA 4Y9AA 4WXZA 2FLIA 2GQAA 3LRLA 4QNEA 4MPQA 3GVGA 1M7PA 4HHPA 3W1MA 2TSYA 3G24A 4RK8A 3TK7A 3LI0A 2OX1A 4UTMA 4PTNA 3OG3A 4JR5A 3UYCA 5D2YA 4CQAA 4QQ3A 1SUXA 3QJAA 3TROA 2ZZ4A 4ZQPA 3C6CA 5IBXA 4E0CA 2F84A 3W7CA 6TIMA 1FWWA 2P10A 4FNUA 1VS1A 5K9XA 4JY8A 1XFBA 2WO5A 3NL5A 3M5ZA 3O6YX 5D32A 2QCEA 5CZ0A 3VCRA 3W1LA 4Z1AA 2QJIA 3NZ1A 3B8DA 1G7UA 2ZTKA 3TW6A 1JRBA 4NZFA 4FIRA 4CQ8A 5F2IA 1OX5A 3G3MA 2VFDA 2D73A 1VH7A 3AJXA 3VNDA 4WZHA 3W71A 4BR1A 1KLZA 3EB2A 2ZRZA 4UMCA 3DI0A 3N9SA 4NNCA 1KBIA 3DENA 4MKNA 4DQWA 1RD5A 4L4LA 3L66A 1B4EA 1MXSA 3EWYA 3L2IA 4G1KA 5LNSA 1Q45A 2NLIA 1K7FA 1KTCA 2HMCA 3BG5A 4MZ1A 5HULA 1HG3A 3W1PA 5EKYA 4CNNA 2Y6ZA 5F2GA 1OX6A 3MHFA 1JQXA 3HGSA 2Y70A 1L6YA 4NZJA 4Z1CA 1W3IA 5KMYA 3UWZA 3FIGA 1NAL1 2TPSA 2RH9A 2VOMA 4Y8FA 3PF3A 2RDWA 3IVTA 3DI1A 4EVZA 4OHQA 4RXGA 5LNRA 2BSLA 4LUIA 2Y89A 3QMTA 2A7NA 2E6AA 1K8XA 5G4EA 2ZRUA 5AYZA 4IMDA 2Y62A 3PBVA 4JD4A 2QCDB 4FNSA 3IIVA 3QW4B 2BX7A 4U28A 3WK3A 2J9ZA 2ISSA 2WSQA 3ABRA 1TREA 3NOEA 3NQDA 1LROA 1W56A 1A5CA 5TIMA 1KM6A 3LBCA 3BO9A 1NVMA 3UPWA 3STCA 4HPXA 4AWTA 3UWYA 3O15A 4AXKA 4RZ5A 3FYPA 4YXGA 3TMLA 3LLDA 5AB3A 3HF3A 1BKSA 2WSRA 4FXRA 3CIWA 2A6NA 4PA8A 3FYOA 3THAA 2YYUA 4N6FA 5EPDA 3EX1A 2NV2A 4N6EA 1VJIA 1ALDA 1GOXA 3N9RA 4LRSA 1FQ0A 2CLOA 2X30A 1KV5A 1LOLA 4NT0A 3EWBX 3HPZA 4FNTA 4YLWA 3L0NA 3P8IA 5DLCA 2FB2A 1XI3A 5FF2A 1JUEA 4GWEA 2ZQ0A 2NUWA 4JTEA 1G4TA 1ZFJA 3TXZA 3W1AA 1TYGA 3GIYA 4I7UA 3NQGA 3F4WA 2X2GA 3W88A 2EHHA 1GG0A 4LT9A 4AHOA 3QW3A 1DQWA 3PY2A 4AF0A 1NF0A 5LGZA 3W7HA 3DZ1A 3LXAA 1J4EA 4FNRA 1T99A 3I7QA 1SFJA 1G67A 4JTHA 3G3DA 3N2XA 4FX7A 3QRHA 3M5XA 1EWEA 3TX9A 5FEWA 4DELA 1PIIA 1IXNA 5EYWA 1KFCA 4K37A 5I3FA 5AC6A 1CI1A 3OBKA 3TJXA 1AW1A 2VFIA 2FJKA 3IV3A 1K8YA 4JTUA 4JS3A 2VEIA 5C5YA 1WYIA 1S5VA 5F4XA 1DV7A 3LTSA 4MYAA 4PEKA 1GT8A 1YXDA 4OGZA 4OQVA 4O53A 3M9YA 1I2PA 2GQ9A 2EGZA 1UASA 4ZVJA 4OU1A 1PVNA 5I3GA 3E96A 3UXAA 4JIPA 3UZJA 3W85A 1OFPA 1W5NA 1YDVA 5AN7A 1XBXA 5AHLA 2GUUA 3HGOA 2OMAA 3BW2A 2TRSA 4UTJA 5D33A 3A21A 3P8JA 1H7PA 1S3HA 4RJEA 2UV8G 4HSOA 3KFTA 1B57A 4UTLA 1P0NA 2F7FA 5CZTA 3E12A 5HWMA 1R30A 5D09A 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 1GVR A;  3FS2 A;  1SO6 A;  4O1C A;  3WJW A;  2DP3 A;  1FUY A;  3GND A;  1BWK A;  4I7V A;  4RR4 A;  1ICP A;  1N7K A;  3C56 A;  3O8A A;  1M5W A;  4WUI A;  3SGZ A;  4YMZ A;  3TQK A;  4I7W A;  2CLH A;  1VYR A;  2GVL A;  3BLI A;  3BK0 A;  1FBA A;  3RMJ A;  3DFS A;  2FIQ A;  4R53 A;  5CZJ A;  1OFB A;  4LC6 A;  3DFT A;  2VXN A;  3G8R A;  2V2D A;  3BG9 A;  4XTI A;  1QPN A;  2B7O A;  3L0K A;  4LTS A;  3GK0 A;  4QIT A;  3UWV A;  4UMA A;  5LNW A;  1TTI A;  1FWN A;  2Y63 A;  3IEB A;  4JYE A;  3E9A A;  1PV8 A;  3R13 A;  1UUM A;  4UFL A;  3C4U A;  1TPW A;  1KTB A;  3BW3 A;  1S5T A;  5D2V A;  2J24 A;  1W3T A;  3N14 A;  2V8Z A;  2XFW A;  2JGQ A;  4AWS A;  3CWO X;  3A9I A;  3F4N A;  1A5S A;  1OFR A;  4OV4 A;  1DVJ A;  1W31 A;  1JCX A;  1UCW A;  2QJH A;  2O7Q A;  3E02 A;  1KBJ A;  4GE8 A;  2VEP A;  2G95 A;  1K03 A;  3GDL A;  4P61 A;  1SW7 A;  2B0M A;  1K8Z A;  2VFG A;  4QNW A;  4N9C A;  2QJG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1YXY A;  4W84 A;  1H7X A;  4IOT A;  4OOU A;  1YBQ B;  4JX4 A;  4XQ6 A;  2HEJ A;  4PCS A;  3ZWT A;  3D47 A;  3NQC A;  1R2S A;  1VLW A;  4ADS A;  7ENL A;  4PEE A;  5A5W A;  2Z25 A;  1J0I A;  3KS5 A;  3GG1 A;  5JMU A;  4MUP A;  1GEH A;  1QCW A;  5CG7 A;  1JZ4 A;  1PAM A;  4QTG A;  1BAG A;  1LL6 A;  1D7F A;  1LL4 A;  2W62 A;  3R58 A;  4ZOC A;  1DBT A;  2BGQ A;  3QOK A;  1E1C B;  1B3V A;  3OYZ A;  4ICM A;  3SUV A;  4GZI A;  4KRU A;  2I5I A;  2FTW A;  3O0K A;  4FS9 A;  2ZIC A;  3M44 A;  2ZDR A;  3OVQ A;  3PFR A;  3S6T A;  3WLO A;  2V69 A;  4D1I A;  2OVL A;  4JX5 A;  2EG7 A;  3H7V A;  4ATW A;  3UVA A;  4DXV A;  3II1 A;  2ZA3 A;  4X2P A;  2CEQ A;  4S2C A;  5BXR A;  2AOS A;  1J0J A;  3PSV A;  3CHF A;  4A2R A;  3PVF A;  2DOR A;  1ZRQ A;  3A23 A;  2NX3 A;  4QGC A;  3H4G A;  4QJ3 B;  3W01 A;  1XYM A;  3POC A;  1QBA A;  1C92 A;  4TU1 A;  2AQW A;  4RDZ A;  4QG9 A;  2CXE A;  3TQV A;  3E5P A;  3G1R A;  1UWU A;  3PBU A;  1UKQ A;  1TPH 1;  3RN6 A;  3LTY A;  4B5N A;  2PGE A;  3PUD A;  4XD5 A;  3E2V A;  3TYD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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