2RH9A

Tryptophan synthase complexed with igp, internal aldimine, ph 9.0
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
268
structure length
254
Chain Sequence
MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Tryptophan synthase complexed with IGP, internal aldimine, pH 9.0.
rcsb
molecule tags Lyase
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain
total genus 95
structure length 254
sequence length 268
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2007-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2rh9A00
3G1FA 3HG4A 1IXNA 1YXYA 5J5RA 5AFDA 4JN6A 5D2TA 3NM3A 2VEIA 3DI1A 2X1SA 4K39A 1LRQA 3TSBA 3LERA 2B7PA 3PR2A 3O07A 3W6YA 3G1YA 4BK9A 1XUZA 2A1YA 3TUUA 4O4VA 1K7EA 4PA8A 3M47A 5ABTA 3LTYA 3MHGA 2NWRA 2JBMA 2A6NA 3NYZA 1JUKA 1LRNA 3CC1A 3BG3A 2HS8A 1D3GA 3IVTA 1DOSA 3DENA 1QFEA 5E1QA 2ZBTA 1I2QA 2PURA 3O63A 3NQDA 4O16A 3HBLA 5C2XA 5K3VA 1W5PA 1YPIA 4Z1AA 3T44A 4ADUA 4DO6A 4YXGA 3NG3A 2NUWA 4S1FA 2NV1A 4UTKA 1G67A 3QSTA 1TV8A 2ZTJA 2P1FA 2NUXA 3B0VC 1QWGA 4O11A 3W87A 1MSSA 3W7DA 3W7IA 4H3DA 4YCOA 4O28A 3BLIA 4DO4A 3TFCA 3GXTA 4YWIA 4A3UA 1R2RA 1W54A 5AHIA 3TMQA 2CLIA 3QSRA 2YYUA 4YCPA 3W1MA 3JS3A 4JX6A 4I7VA 1YTKA 3LM7A 3W1LA 3SFKA 4XTDA 2CWNA 2FJKA 1W3NA 3NAVA 2OT0A 1NF7A 1ZAJA 2Q8ZA 4MLJA 1VYSX 3GAYA 4UCGA 3NXFA 3MJYA 3LI1A 1TV7A 4WJEA 4AWTA 5L9FA 5FEWA 4GC4A 4QSHA 2OMAA 1VH7A 5KINA 4Y9AA 2YYTA 5FI8A 3LBMA 4MFEA 3S9YA 3SW6A 5IBXC 3NL5A 1AW2A 4AB4A 3MYOA 3STCA 4ZL1A 1OG0A 2DZSA 2HTMA 1FXPA 2JKPA 2JK2A 2ZZ4A 2VEKA 4S2CA 1GTEA 4A21A 2HSAA 4UFIA 3A23A 5D2WA 4CQ8A 3L67A 3DFSA 1CW2A 4HPXA 1Q6OA 4LUJA 1TQXA 4GUJA 4K6AA 4NZFA 3USBA 1JCMP 4JTFA 4IQLA 1KM0A 3O05A 4Z1CA 3W2KA 3BLEA 3Q94A 1AK5A 1X6UA 2DZPA 5C55A 4M6QA 4C1KA 3M5VA 1CX9A 2C13A 1H63A 4UMBA 1TPVA 3W84A 4AVFA 2C16A 4HSNA 2VC6A 4RXFA 2A2IA 2YFNA 1L9WA 2ZZ1A 1B4EA 1UUMA 5HR7A 2QCEA 4LOCA 2BTMA 4N4QA 5LNWA 3NQAA 1W1ZA 2WV8A 1F6PA 1C9DA 1G4SA 3KRUA 3WK2A 2E5CA 3MP5A 2YGYA 4TR9A 1FDZA 3BG5A 3P82A 1UASA 2Q3RA 4JTKA 4RJEA 5BMXA 4FIQA 2NV2A 1TPFA 1MZHA 4NJGA 4W9TA 5C6MA 3W23A 1SO3A 3QEZA 4JIPA 3I7QA 3KRSA 5CPLA 3LCFA 1UB3A 1EP2A 3ZFHA 2AQWA 5IM51 4UXDA 5U4NA 2ISSA 5IBXA 3GDRA 4O54A 4KWVA 4MOZA 3MBFA 4JICA 4IXXA 3T4CA 4IJBA 1DVJA 1KA9F 1LBFA 3LCLA 2B7NA 1R2SA 2YPIA 2A0NA 2PRHA 4GE8A 3LCIA 1W37A 1K03A 5DY3A 2RKXA 3T78A 1FUYA 3IIZA 3U8GA 1W56A 3CLMA 3UWZA 2I14A 4ZZ9A 1TPB1 2A7PA 3TQVA 1N7KA 1EUAA 2EHHA 1ZCOA 5K9DA 4A29A 1OYCA 3MO7A 2JGQA 3UY8A 4WY0F 1FQ0A 2GJNA 3P5YA 2CZ5A 4KFNA 2V2CA 4JTHA 1TIMA 7TIMA 3I68A 5F1UA 1ZHAA 3IIXA 1GWJA 1A53A 4Y8FA 2WNZA 3FOKA 1JJKA 3CEUA 4PC8A 2YSWA 4GUHA 1KV8A 4ALDA 3DFNA 3OBKA 1JVNA 1GYLA 3HO8A 5BMWA 4AH7A 2AGKA 2FQIA 2J9ZA 2GUUA 2X1UA 1OX6A 5E93A 4AHOA 4Q4KA 3BW4A 1GJPA 1HO1A 2E1DA 1NF0A 2GVLA 2KZHA 3HPXA 4GRSA 3CWNA 3L0GA 4JTEA 1RD5A 1TPH1 2VFHA 3QPYA 1OHLA 5EMUA 5I3KA 5FEPA 1TPC1 2VXNA 4JY8A 5BW6A 4ZQMA 3W71A 2CLHA 4HNUA 4GNJA 1DV7A 4OU1A 1TYGA 3EX2A 3EB2A 3W1NA 3WJZA 1JULA 4XWUA 3LXCA 1FCBA 2J27A 2FDSA 3DGRA 3NQ8A 3P8IA 2B7QA 5DXYA 4DPQA 4N02A 3OA3A 3UNDA 3W7HA 1F6KA 4JR5A 2J88A 4WZHA 1FWWA 3W2LA 1XDLA 1EEPA 2HMCA 5H2ZA 3QQ0A 2C15A 4RZ4A 2VFFA 2Y6ZA 2V2DA 1VYRA 3LV6A 3UWQA 1IF2A 3IV3A 1DHPA 4MYAA 1TPDA 3GIYA 1FCUA 1OFDA 1MEWA 1LP6A 5G1TA 5G4EA 1VC4A 3FA5A 1L6WA 2RHGA 4R33A 3TE9A 2DZXA 1KM4A 1GVQA 4UTWA 2Y7GA 1FDYA 5E0KA 1P5BA 2X2GA 3VCRA 2GVGA 1L6SA 3SJ3A 2J24A 2H8ZA 3C6CA 6TIMA 4JEQA 3NGJA 5AHLA 1VHNA 3GNNA 5G2IA 4UTMA 3B4UA 3ZS4A 2ZZ6A 1R30A 3M44A 1XL9A 1XBZA 1OJXA 1W8SA 3PUOA 1P4CA 3FJ6A 2E68A 1SO4A 3CIXA 1EWDA 1P1XA 1SZGA 1RVGA 1PL9A 4MUZA 1VHCA 2I9EA 2ALDA 1W5NA 1ICSA 1Q6RA 2CW6A 3EX3A 4FNSA 5GVJA 2CLFA 3C2RA 3TV8A 3TXVA 4NNAA 2E6FA 5CKSA 5FF0A 3MWAA 1EP1A 3QYQA 4N4PA 1SQ7A 1YDOA 1DBTA 3C56A 3KVLA 3TSMA 3B0UX 2BSLA 2G96A 2QJGA 3WJYA 1DORA 3NA8A 2JGYA 3MBDA 5DBUA 3G0SA 3IVUA 1G7UA 3ATZA 3P60A 2WSYA 4O52A 1XFBA 3MP3A 3F4WA 3PAJA 1UCWA 3EWYA 2R14A 1YLVA 2ISVA 3IIPA 4UUIA 2CFFA 3L9CA 1LYXA 4PL2A 4KWWA 5D04C 3W7NA 1GG1A 1GTHA 5LHFA 3HG5A 2ZZ3A 5FF3A 3VI2A 4P61A 5HWNA 2PE4A 2ZRUA 3TNOA 1OFOA 4MZYA 2H6RA 1JRBA 3R12A 2V0TA 1MEHA 3W2NA 3HOJA 2NXIA 4XUGA 4RK8A 5KZMA 2ZFAA 4UFMA 1XDMA 2B4GA 1H50A 3UWVA 1PIIA 5F4WA 1WQ5A 5HNRA 1TQJA 3VE7A 3M6YA 3R13A 2E6DA 2QKFA 2F84A 1S3HA 2EGZA 3G1DA 3A21A 4TX9A 1KFCA 2YW4A 4RLIA 4D2JA 1F05A 1QCWA 4WX2A 1MO0A 4RZ5A 2EF9A 1H51A 3A5VA 4BF9A 1GZGA 3CIWA 2Y7EA 3OVPA 4Z1DA 1I2RA 4O1BA 3W75A 3PG9A 3AO0A 4K7YA 3QF0A 2TYSA 3VFLA 3C2EA 4I7WA 1ML1A 4O1CA 2C6QA 1T8XA 4UTUA 3W1UA 2Q3OA 4NJIA 3KXQA 3LLFA 3B05A 3LV5A 5L6UA 4N6EA 2A7NA 1H1ZA 3DHFA 4DO5A 3QRHA 1RR2A 3UZJA 3L0NA 1IXOA 4DPPA 3HPSA 3LCHA 5FF7A 2GOUA 3G18A 3TQ0A 1VJIA 1YPFA 3THQA 2QDHA 3BW3A 4PCFA 3UWYA 4GJ1A 3PULA 2IQTA 4JTIA 4QNWA 4LRTA 2ABBA 5KZEA 2FB3A 2E6YA 3MI3A 2QCDB 3TW6A 3Q58A 1OK4A 2YZRA 4K36A 4FEZA 4LNYA 3WK1A 3CU2A 4FNUA 4JTJA 3ZR4A 4MY1A 4ADTA 1IGSA 4BI7A 4JX4A 2V81A 5D2YA 6ALDA 5LNUA 1GEQA 2C3ZA 3W07A 3GKAA 3W3OA 3TQKA 3S0CA 1TTJA 4LVGA 1OFBA 3B0PA 4HIBA 4K8HA 2X1TA 3NQ6A 1U83A 5K7JA 2QUVA 3GDMA 2BXVA 2ZYFA 4WXZA 2VEMA 1JCYA 2DJXA 3MHFA 1AMKA 3W7CA 4PL1A 1KBIA 3LX9A 2Y70A 2QCFA 1FWNA 3QQ1A 2LLEA 1O95A 1HTIA 1XM3A 4JTLA 4XQ6A 3THAA 1KTBA 2TSYA 2WOQA 5KTLA 1BWLA 4CQ9A 1LOSA 5KZDA 1TTQA 3GX9A 2NX1A 4AWSA 5HQEA 1KM1A 3L66A 4OGZA 5D38A 5DCDA 3DFOA 3U6WA 3EWBX 3NQGA 3CT7A 3FS2A 4MZ1A 3B8DA 4FXRA 5DCBA 3A22A 4FNTA 3S5NA 3WJWA 4MIMA 2EPHA 3NL2A 1ZALA 4UC5A 4WQ6A 3NPVA 3UXDA 3W1RA 3BGJA 1QOQA 3FEMA 3P67A 2C0AA 1OX4B 4FNRA 4LWWA 2A21A 4R34A 3W72A 4ONVA 5D2VA 1ZJIA 4XKYB 1Y0EA 3IVSA 3MMTA 3GXPA 2GVJA 2Y61A 3RNDA 4O12A 4LY8A 4X9SA 2V5BA 2ZRZA 5EA9A 3HB9A 3HIJA 4C1LA 3ABRA 5I3JA 4MYXA 1M6JA 4NX5A 5K9CA 1AL8A 3QC3A 1OX4A 1M7PA 4IUOA 5CZJA 5EKYA 1FWSA 4XKYA 5DBTA 2BWGA 4QISA 3SGUA 4EIVA 3N19B 3TJLA 3P81A 3DI0A 4A2SA 5LGZA 5A5WA 1Q3NA 4DEFA 3W2UA 1W0MA 1K8XA 4MY9A 4GBUA 2YXGA 3BK0A 4ML9A 5F2GA 1XC4A 4RKAA 1YXCA 2QCHA 4UIOA 1I45A 2ZZ5A 1K3UA 5D37A 4OQVA 3HQ1A 4GFSA 5CPOA 1G7VA 1VPXA 5C5YA 5TBOA 3CEPA 1RQEA 1SSGA 1SZNA 1ME8A 5DY2A 4XTIA 4IMCA 4JYEA 3S5ZA 4BFAA 2PC4A 5TIMA 1W3TA 1XCFA 4NJKA 1QMLA 4IOTA 4K7VA 4LS1A 4ORMA 2OJPA 3TC6A 1OF8A 2ABAA 3BW2A 3LHWA 3NR0A 4RXGA 1OFEA 4QM1A 3NEVA 5LGXA 1I2OA 4BI5A 3O06A 2NX9A 1RQHA 2Q8LA 3BLFA 1J4EA 5G5IA 3OEXA 3NQEA 1RPXA 1WA3A 1PE1A 2E77A 3W7EA 1KLYA 1X1ZA 3NQ7A 3P8JA 3N2XA 2ISWA 4TO8A 2QCNA 3LRLA 4YLWA 1VQTA 1KFBA 1BTMA 3LGEA 3EKLA 2UV8G 4Z08A 3HF3A 3SGZA 2OX1A 1JCLA 3SIZA 4AAJA 1XI3A 3EWUA 2GJLA 5AN7A 3S1VA 1XXXA 4LVFA 3E12A 3I7RA 4OT7A 4JTUA 3BG9A 3NVTA 1V5XA 2V2HA 3OVQA 3R89A 2CLMA 4CNOA 1F2JA 3G0XA 1W3IA 1SW7A 3LHYA 1OYBA 1P0KA 3UD6A 2WSRA 3GDKA 3PF3A 5EPDA 1RV8A 1F73A 4NZJA 1A50A 1O60A 4UFJA 1MEIA 1A5CA 1TV5A 3VKJA 1VS1A 4HT3A 1EUNA 3IGXA 4HPJA 1TPWA 2WNQA 3F1QA 4O1AA 3FYOA 4DF0A 4UTWC 3LTSA 2ZQ0A 5LSMA 2Z0IA 2XFWA 1ICPA 5G4WA 3TKFA 3HG3A 2Y85A 2CU0A 3TXZA 5I3FA 1SFLA 3P7YA 4PH6A 2ZA2A 2W0UA 2QJHA 4UTJA 3CB8A 4KKXA 3TU9A 4CLMA 3HGOA 1H60A 3GK0A 4IPJA 4OV9A 2OZ0A 3FKRA 3A5FA 5D30A 4QQ3A 1B57A 5I3HA 3TK7A 4NT0A 3UZ5A 2Z2UA 1H7WA 1FCQA 1J5TA 3HGJA 2YW3A 1WOAA 4H4IA 2ZZ2A 4HSOA 4MKNA 3O8AA 1QNVA 3EX4A 1HL2A 1ZAHA 4M19A 3EEGA 3O6DA 3KVMA 3PVFA 4IGHA 2PRMA 3PSVA 1VGAA 4DQWA 1KM6A 4UTTC 1SUXA 5CSRA 2H90A 3ATYA 4UTLA 3QFEA 4Q33A 2GPTA 3NZ1A 2DU2A 4X3ZA 3WFAA 4L4MA 5H91A 3NQCA 2WJZA 3L0KA 4XZ9A 3L5MA 1O5XA 2FFCA 3DFPA 4LC6A 1HG3A 4NJJA 4Y90A 3W2JA 3P62A 1KFEA 2V9DA 3S42A 1QDSA 1XUUA 2P0OA 1PHWA 3BO9A 4TU1A 1FCVA 3W76A 3W7RA 3OVRA 3R5EA 3N73A 2DJLA 3O16A 3G1SA 5AC6A 1Z42A 3M5ZA 4QNEA 3UY7A 1SW3A 4LVAA 3EXRA 3H55A 3P5ZA 4A22A 3ELFA 1VCGA 3TAOA 1VCFA 1EWEA 3NQFA 4AXKA 2A4AA 5AHFA 3C0JA 3UXAA 1Z41A 3C2VA 4EVZA 3N14A 4JD4A 1QPOA 4O14A 2E09A 5BNKA 4N9BA 1KM3A 4IXHA 3LOTA 2WKJA 3G8EA 3OG3A 3EXTA 2DZTA 1ALDA 1O4UA 4GXMA 1KTCA 1GT8A 2NXGA 4FX6M 4MJZA 2QCMA 4FX7A 3NQMA 2DP3A 1SZFA 5CSSA 3LCGA 4GUFA 1JUEA 3SY5A 1JCJA 1JCNA 3C61A 1D9EA 2H8XA 1TMHA 5LNSA 3NPUA 1LTDA 4WY0B 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3G1F A;  4HOX A;  1IXN A;  1PKL A;  3QR3 A;  1YXY A;  5DFA A;  2E7F A;  5TD4 A;  4REQ B;  4JTC A;  4A3Q A;  1JDF A;  2I5G A;  4PSR A;  1OCB A;  3PJU A;  3DI1 A;  4M3P A;  3N6J A;  5AVN A;  4XD3 A;  2ADA A;  4K39 A;  5EMY A;  4XZL X;  1O1Z A;  4R7W A;  3W6Y A;  3G1Y A;  4O4V A;  3M47 A;  4ZE4 A;  3VX1 A;  1LRN A;  5IDZ A;  2WC7 A;  5I7G A;  2HS8 A;  5XIN A;  3N17 A;  4QP0 A;  4C6L A;  3NQD A;  3A3X A;  3HBL A;  5C2X A;  1W5P A;  4B91 A;  3QBU A;  4ADU A;  4DO6 A;  2CET A;  3NG3 A;  2J7G A;  2NV1 A;  3QST A;  2ZTJ A;  3MZN A;  4HD5 A;  1XIJ A;  5FAC A;  5FJT A;  3B0V C;  4H3D A;  4YCO A;  3E2Q A;  3TFC A;  1KKO A;  2OZ3 A;  5HBF A;  2WVV B;  2BVD A;  3NGF A;  4YWI A;  4W7W A;  1UKT A;  3QSR A;  4YCP A;  3ZMR A;  4I7V A;  2HVO A;  3LM7 A;  3W1L A;  4ZFM A;  1XYM A;  3IJ9 A;  2CCR A;  3FVD A;  1S2T A;  3LSC A;  1M04 A;  2Q6Z A;  1MQP A;  1ZAJ A;  3VTR A;  2Q8Z A;  3A13 A;  2POD A;  4D72 A;  3GAY A;  1G9H A;  3MJY A;  1C91 A;  3LI1 A;  4S3C A;  3BAX A;  3N18 A;  1VH7 A;  4Y9A A;  1UP0 A;  3A9B A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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