2VEI | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	238
structure length	238
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKSGSPDSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure-Based Protein Engineering Efforts with a Monomeric Tim Variant: The Importance of a Single Point Mutation for Generating an Active Site with Suitable Binding Properties. pubmed doi rcsb
molecule tags	Isomerase
source organism	Trypanosoma brucei brucei
molecule keywords	GLYCOSOMAL TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	90
structure length	238
sequence length	238
chains with identical sequence	B, C
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2007-10-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2veiA00

3KVKA 1QPRA 1UB3A 3UWZA 1OG0A 1O4UA 4WOZA 3S1WA 1I45A 5DXYA 1JCNA 3T7VA 3O06A 5CPNA 4WZHA 4UMBA 2JKEA 4IJBA 4L4MA 1N55A 2X1SA 3EKLA 3G1XA 1QO2A 6TIMA 1FY6A 3OVQA 4AH7A 2VELA 4GRSA 1K3UA 1OYBA 3LM7A 4MVAA 2NUYA 5AHNA 1Y0EA 1OX5A 3T40A 3LB0A 2RFGA 2Y61A 5T26A 3MBFA 4YXGA 4JXCA 1C9DA 5C6MA 1XDLA 3B04A 1KLYA 2JGQA 3WJSA 2ZYFA 1WAUA 4CNNA 4R34A 3KOFA 5HWJA 5CSRA 1AMKA 3UQNA 1TPVA 3SSJA 2ZTKA 1P0NA 3HPXA 4K37A 5K4XA 3BV4A 1PS9A 5CG7A 1D3GA 3VCRA 1MEWA 4PA8A 3W1UA 3L0NA 4M7SA 2J6XA 3R12A 4JS3A 1H7XA 3P5YA 1DVJA 3R13A 1YADA 1L9WA 2CFFA 3PUOA 4K39A 2RHGA 3NM3A 1MXSA 1W5MA 2WJZA 4O13A 3LX9A 1JRBA 3VFLA 3NQEA 3P8JA 4O1BA 4O17A 3VI2A 2QUTA 1L6SA 1UBSA 3M5XA 1J4EA 3LI0A 1LOSA 5AN7A 1FCVA 4LNYA 5C2XA 3EWYA 5KTLA 3G1HA 3LCXA 5BOOA 1QPNA 1TRDA 1EUAA 3M16A 4ADTA 3LERA 1QAPA 4QM1A 1ME7A 4A29A 3F4NA 4NU7A 3TX9A 2BXVA 5FF0A 4ADSA 4JX5A 3LHTA 3QH2A 3I7RA 1KM6A 5HWMA 1K7FA 2E1DA 3KRSA 3EX1A 1SZEA 1G4TA 1ICPA 1JCJA 3CTLA 1WV2A 3W2KA 3BG5A 4K6AA 3M5YA 1DQXA 1H62A 4WUIA 3VKJA 3NDOA 4BFAA 4K8EA 5FEWA 2RDUA 2W79A 4UIOA 3TDFA 2WO5A 2V2DA 4ZQCA 1ZY9A 3NPXA 1R2RA 4WY0F 3HB9A 3WJZA 3SFKA 1TTIA 3KXQA 2YW4A 3R5EA 3S6DA 4UFLA 2X1TA 1OFEA 1GTHA 3PSVA 1GYLA 3W7DA 4BI6A 4UXDA 4Z1CA 4IPJA 3A21A 2EF9A 2QCNA 3PWAA 3HG4A 4YCPA 2EGZA 1FX6A 3S8HA 4RKAA 1NVMA 3MP3A 3NPWA 3F1QA 4EIVA 3W07A 4JIPA 4XUGA 4N4PA 5EBUA 2OX1A 4WXYA 5KZEA 2V5BA 1MO0A 2YCEA 3UWYA 2NX3A 1DJNA 3Q94A 3KRZA 4LV4A 3TROA 1J5TA 2CWNA 3FKKA 1F5ZA 2H8XA 1FWSA 2YPIA 1J2WA 1NFBA 1M7PA 4QNEA 4LUJA 1XBVA 1TPH1 4PCFA 2NUWA 1JUBA 1TPDA 4WJEA 3M43A 3L0KA 3SJ3A 1TREA 5AHMA 3GIYA 5AYYA 3P7YA 3N3MA 3PM6A 3W7QA 4H4IA 5F1UA 3GDLA 3W7HA 2PE4A 5LHEA 3QEZA 3NO5A 3N34A 5F4SA 3BLIA 2Y70A 4Z1BA 1W31A 2DU2A 4AWTA 5F1VA 3IIZA 4HIBA 3GB6A 2E77A 2V8ZA 3L5LA 2Y7FA 3S5YA 1GYNA 4AWUA 2Y6ZA 3RLVA 4RV8A 3I7SA 2TYSA 1TRIA 4IPIA 3W7OA 4UNKA 3LCIA 1OYCA 3A5VA 3UZJA 2OCZA 3G1DA 1FCUA 1G7UA 4LS0A 3W1NA 3QC3A 3NQMA 1OF6A 3TV8A 4KWWA 3UXAA 1GJPA 1UJPA 1FBAA 1F2JA 1TPEA 3P74A 4S2CA 4LU0A 1RZMA 2H3BA 4UTUA 2QCEA 4NXSA 5A5WA 3IRDA 4DO6A 4NNCA 4A22A 1X7FA 2F84A 1XKYA 4E2BA 4HPJA 1H63A 3EWXA 2V5LA 2VFHA 1OJXA 4MY1A 2QDGA 1UUMA 1FWNA 5D09A 1WDWA 5I3IA 4N9BA 2YFOA 3CIWA 1TV5A 3L5AA 5G1TA 1EP1A 2VENA 4XKYB 1JR1A 1W8SA 5HMSA 4BI5A 3USBA 3W7EA 3D0CA 3NZRA 1GQNA 3W75A 3KX6A 3BGGA 4CNPA 2E6AA 3UWWA 3M0ZA 4Y6GA 5C54A 5H2ZA 2WNZA 3KAOA 3SZ8A 4UC5A 5BRBA 5TBOA 1G69A 5LNRA 2ZRWA 2HS8A 3W1XA 4FNSA 2CZ5A 4PEKA 1DQWA 4ZZ9A 3LXCA 3L67A 1OFQA 1IXOA 3GK0A 4UTWC 1VHCA 2R14A 3G0SA 2H90A 1H60A 4TIMA 4D2JA 5LNWA 1R30A 1BWKA 2E6DA 1GOXA 3N19B 4XBSA 1VQTA 3TKFA 1ZALA 3E02A 2OT0A 4GXMA 1M6JA 3G24A 2ZDRA 3CM4A 4IOTA 2YGYA 3T44A 4QIUA 2G95A 3SW6A 3GDTA 2X1RA 4WY0A 2H8ZA 1LBFA 4FNPA 1XC4A 3GVGA 2ZRVA 3GAKA 3BLEA 3EXRA 2GQ8A 3IVTA 3W2MA 2YFNA 1L6YA 1XCFA 3B06A 1F74A 3QRHA 2PRLA 2EPHA 4LC8A 5LKYA 2B4GA 3UY7A 1IIHA 3G3MA 3C6CA 1MSSA 2YR1A 3QZEA 1QPOA 3EWUA 3UYCA 4R7JA 1H51A 3U8GA 3EX3A 3QW4B 4O1CA 2R8WA 2Y7GA 5MHBA 4LS2A 4DBEA 4AF0B 4EF9A 2DZWA 4O18A 3KVLA 3GR8A 4RLIA 1I2QA 5DY3A 4OU1A 3PAJA 3CWOX 5FEXA 3K30A 2C16A 3HPZA 5DCBA 1K8XA 1VYPX 2A6NA 2CZEA 1VZWA 3BLFA 1LLZA 3NQ6A 4JY8A 4LUIA 3S5NA 4LW7A 3TC7A 4LRTA 3PBVA 4WQ6A 3MYPA 1FCBA 2FB3A 4TX9A 4CQAA 3TQKA 1SW3A 2OT1A 2Y63A 3MBDA 3TSDA 1GEQA 1LRNA 3LCHA 1LLWA 4HPXA 1K03A 3W1AA 5K7JA 3PBYA 2ZRYA 3W71A 4OT7A 1S5TA 4M5PA 3RFAA 4ICNA 3DZ1A 4UFKA 2QCCA 1T8XA 3DAQA 3DFSA 2B0MA 1LBMA 4K38A 4DPPA 1EP3A 4JTKA 2E6YA 4P61A 3PG9A 5J5DA 1H1YA 2X16A 3CQ0A 3UWQA 3V75A 8TIMA 5LGXA 2B7QA 2E09A 1QWGA 1MEHA 4JTFA 3NNTA 3DFTA 3OVRA 2ZRXA 3QM3A 2CLFA 4O14A 3DGRA 1EA0A 3NQCA 4RX0A 5AYZA 2FFCA 3GZ3A 3LHWA 2QEZA 3QPZA 1A53A 3PB2A 4NJGA 1Q6RA 4WX2A 1YXYA 3LCFA 5FF7A 5AYXA 1SO4A 1SO3A 2YZRA 5DN1A 3FJ6A 1TPUA 1ZFJA 5D2XA 4N9CA 1LOQA 2ZA2A 3C0JA 2GQAA 5CZJA 3B0UX 1TQXA 2CU0A 1TPFA 3BGJA 4AXKA 1H7WA 4PL2A 2J88A 2DZUA 2UV8G 2C6QA 4ML9A 5G2WA 4WOQA 5KSWA 3B0VC 4NXKA 3FOKA 2ZA1A 1KM5A 1VC4A 2A4AA 5FF2A 4JTHA 2FDSA 5EY5A 1Z44A 1PIIA 3P80A 1BKSA 1TB3A 3O63A 2YSWA 2PC4A 3G8RA 3TMQA 3STEA 4FX8A 5H91A 3IGUA 2HSAA 2A7RA 3C2FA 1KM4A 2QCDB 4FB7A 1N7KA 3MI3A 5AOUA 6ALDA 4UTIA 1L2UA 1B4EA 2ZZ6A 1TQJA 2P10A 4M6VA 4P2VA 1Z42A 4G1KA 4HT3A 2H3DA 3MI2A 2TSYA 1SZNA 1GPWA 3STGA 1AW1A 3LLDA 4ZQMA 4HHPA 4Y96A 5F2MA 3LBCA 1OHLA 4X3ZA 2QCDA 1R46A 4X9SA 1QR7A 5CPOA 4KWVA 4O19A 4FEZA 1EX5A 1YDNA 2OZ0A 4OHQA 2NUXA 4NUWA 2QCLA 5ABTA 3GXPA 1LM1A 5KMYA 1OX4A 1PL9A 1G4SA 4FHAA 4O28A 1JVNA 2C15A 1GZGA 1PV8A 2A2IA 1ZAHA 1S5WA 2ZZ7A 3ABQA 1I2NA 3DI0A 3W7JA 1X6UA 1KFCA 2VKZG 1AL7A 2DP3A 4AHOA 3P60A 1VLWA 1KM3A 3MP4A 2AGKA 4PC8A 2Z6IA 2FJKA 1KBJA 2X1UA 1P0KA 2V0TA 2NWSA 5AC8A 4JX6A 1HO4A 2PURA 2I14A 2NXIA 1LCOA 3L0GA 1YXCA 1RR2A 2NWRA 3G18A 5IBXA 5FEZA 4CQ9A 3Q37A 4I7VA 4X2RA 2AAMA 4GJ1A 3HMJG 4JDBA 2QF7A 3TJLA 1K8ZA 3GDRA 4MUZA 4UFIA 1YDOA 4FNRA 3ABOA 3BW2A 2JKPA 3OG3A 3LRKA 4I9AA 2WPBA 3A22A 3S9YA 3UWVA 4LS1A 5HR7A 1SFJA 3ZWTA 1HFBA 1TJPA 3LGEA 3I65A 3THAA 4OV4A 3EEGA 3NOEA 1IIGA 3CPRA 4LVGA 1LORA 2AQWA 2EKCA 2O7QA 5D30A 1KFEA 4DBDA 1PCWA 4NNBA 2E5BA 2GOUA 3PULA 4GUIA 3VNDA 3RNDA 5HJLA 1G4EA 1W5OA 2ZZ3A 1MZHA 3HF3A 3M6YA 1VYSX 2C0AA 4JTTA 3WJYA 1YDVA 3PY2A 5J5RA 1EWDA 3DI1A 4QISA 4BWLA 3C2OA 1MEIA 2LLEA 3QPYA 5KZDA 3DHFA 3W7GA 2J9ZA 4JTGA 1Q6LA 3L9CA 4R33A 1XFBA 4S1FA 3CLMA 4QJ1A 3NQDA 1F6KA 4ZL1A 2VEPA 1ZCOA 4O15A 4UCGA 2CLEA 1VPXA 1ZHAA 4GUHA 3W7NA 1IXQA 1R2TA 4E0CA 2ZTJA 4O4VA 3KHJA 1W5NA 1LZOA 3W7MA 1XL9A 4IMFA 4CCDA 3TW7A 5K9DA 3RF9A 2Q8ZA 1DHPA 4ONVA 3CHVA 5LNUA 4ZQPA 5DCEA 2ZZ1A 1JCYA 4JYFA 3LTSA 1I2OA 1UCWA 1F05A 3BVJA 1ONRA 3QFEA 3P61A 1TV8A 2EHHA 4RXFA 3CB8A 2ZCGA 3NL2A 1H1ZA 4M19A 3A23A 3S1VA 4M6QA 1F73A 4CLMA 3RLUA 2DZXA 3DFOA 1Q45A 1FUYA 3LOTA 4O12A 2EAWA 2ABBA 2WSRA 4DEFA 2ISVA 1XBXA 3Q2DA 4LT9A 4IMDA 4HNTA 4JGDA 5HR6A 3TAOA 1ADOA 3R8RA 4XQ6A 3G0XA 5D33A 3S1XA 1LYXA 2B7OA 1D9EA 3M1ZA 1VYRA 4JDYA 2ABAA 4DPQA 3NA8A 3SGUA 1VR6A 3IVUA 4XBKA 2FPTA 3ABRA 3FKRA 2VEIA 3PSWA 3L21A 5G4EA 3NAVA 2P1FA 4PTNA 3IEBA 4NJJA 4O0KA 4B5NA 2QJHA 2QUVA 4BF9A 4JTLA 3S1UA 3QYQA 3BW3A 2E5DA 3O16A 3G1SA 4N02A 5FESA 3NQVA 3P5ZA 1A5BA 1G6CA 1NEYA 5EMUA 1JCLA 2KZHA 5AHLA 4FIRA 1OFRA 3PBWA 4C1KA 2A7NA 4LVBA 5D37A 4GFSA 1CX9A 1TSIA 3EWZA 1HUVA 5LNSA 5L6UA 2GUUA 3GXNA 1KFJA 2NX1A 1SU5A 1EPXA 1KBIA 3LV5A 4E2DA 1DORA 1B9BA 4IMGA 4AWSA 4JTIA 4AAJA 1SSGA 4MZ1A 2WSYA 2C13A 1DV7A 3SGZA 2E5CA 2V2CA 5DLCA 4O4WA 3S5OA 4FF7A 1Z48A 4JEQA 3GAYA 1K7XA 2DZPA 3DENA 3MYOA 1UUOA 4N4QA 5FF3A 3MJYA 5LSMA 4CNOA 5L9FA 3MHFA 1F6PA 3W72A 3IIXA 2Q3OA 2TPSA 2CW6A 1O94A 1V7YA 1N8FA 1LP6A 2C19A 3NR0A 4KFPA 3HIJA 2A1YA 3T78A 4OE7A 1TPC1 1WBJA 4K36A 3TQ0A 3N73A 4PH6A 2I9EA 2FTPA 4JTJA 4IX2A 2GPTA 3W2UA 3EX2A 4NNAA 3EX6A 3OVPA 2G5WA 3ATYA 4WY0B 3M7WA 4CCCA 3NQGA 4C1LA 1CI1A 4MYXA 3G3DA 4UTHA 4DELA 3U2OA 3PB0A 1H7NA 2VEKA 4UTTC 4IGHA 4QITA 4IUOA 1TV7A 4UTMA 2H6RA 1YLVA 5E1QA 3UPBA 2BSLA 3EWBX 3NEVA 5A8GA 3LXBA 5KZMA 4QNWA 1YTEA 4OV9A 4KFOA 1K02A 4Y9AA 5BMWA 2OMAA 3TC6A 5SWUA 3STFA 1IXPA 2D73A 1M5WA 3FIGA 2FQIA 3VE9A 5G2HA 3DFNA 2G96A 3B05A 1W3IA 5D2VA 1I8JA 2CLOA 2NV2A 4N2YA 4YL2A 2Z0IA 4UTLA 1W1ZA 4QAIA 1NSJA 1A5SA 4ORIA 2VFGA 1Q6QA 4KKXA 1FXQA 5C5YA 4O54A 1OX6A 1SUXA 1VLIA 1H7OA 3HOJA 2VFEA 4UUIA 5TIMA 1QCWA 2J27A 3TSBA 5HINA 2RDTA 4TMBA 4HSOA 2Y89A 3LRMA 4ZQOA 5IBXC 4QSHA 1TO3A 4IX0A 3FEMA 2O7SA 5AHIA 3M44A 4MIMA 3CU2A 3P82A 4IMCA 5FF4A 3F4WA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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