2VENA

Structure-based enzyme engineering efforts with an inactive monomeric tim variant: the importance of a single point mutation for generating an active site with suitable binding properties
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
238
structure length
228
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Based Protein Engineering Efforts with a Monomeric Tim Variant: The Importance of a Single Point Mutation for Generating an Active Site with Suitable Binding Properties.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCOSOMAL TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 88
structure length 228
sequence length 238
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2007-10-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2venA00
3T55A 3HG4A 2NXGA 1K3UA 4IOTA 4Y6GA 4FEZA 4MPQA 3FA5A 1QPRA 3NQDA 3NA8A 3M5VA 3WK0A 3TUUA 3VI2A 2JKPA 1O4UA 2ZFAA 3GR8A 1D3GA 1TV8A 2FB3A 4BR1A 4DXVA 3WJWA 1GVOA 2I9EA 4LVBA 5IBXC 5FF7A 2ZTJA 3WK2A 4AXKA 2LLEA 3CQ0A 3DFTA 3ZFHA 1KM3A 1ICPA 1NVMA 1IXOA 1X6UA 1FCVA 4DF2A 1A5BA 1VCGA 3G1DA 1ZENA 4NJKA 5BMXA 5D2VA 2ATSA 5KTLA 2BTMA 2E09A 3DI1A 4H6KA 1WX0A 3DFPA 1QPNA 1P4CA 3QMTA 4N9CA 2EPHA 2WSRA 4E0CA 2A7PA 3HQ1A 3LV6A 2VEPA 2XN1A 2VC6A 1B4EA 2FFCA 4OHQA 4OU1A 3W22A 2W6RA 2HS8A 4PH6A 5G1TA 2ZA2A 4NXSA 3TAKA 4LWWA 4XBKA 1RPXA 1SO6A 4UFHA 4ICNA 2H8ZA 1SO5A 1I2PA 4RXFA 5G2WA 3V75A 1HO4A 4A29A 1ML1A 2VOMA 1W56A 4UNKA 1WYIA 2WPBA 1KTCA 1PE1A 4FXRA 4NNCA 1EWEA 1XM3A 4LVGA 4J9JA 4ZQMA 2AQWA 2Y7EA 1H1ZA 2ZYFA 3YPIA 3RK8A 1TTJA 4UR8A 3DAQA 2FB2A 4UFIA 5HINA 3L66A 4O12A 2NX1A 3BPWA 3NL2A 6ALDA 4N9EA 4UUIA 5AN7A 1O94A 5AFDA 4JIQA 1OK4A 1C8VA 4Y9AA 3BVJA 2Q8ZA 3O16A 1KBJA 2DZSA 4FX8A 1QDSA 2WO5A 1XBYA 1LTDA 2ZZ5A 3DH7A 3DZ1A 3R5EA 4TO8A 1HFBA 1YTEA 2CLKA 1OFRA 1KA9F 3G1XA 4NXKA 4JGDA 2PE4A 3W1PA 3W75A 2VFIA 4WX2A 3UWWA 2A5HA 2X1TA 1W3IA 1IXPA 8TIMA 2B7PA 1VYRA 4E2DA 5D2WA 2B7NA 4EIVA 1KM0A 1JCXA 3CWNA 3NQCA 2A7NA 4WXZA 1R2RA 3W1TA 5SWUA 1DORA 5J5DA 2YW4A 5HJLA 1ME7A 1PHQA 1KLYA 5HWMA 3HB9A 3WJSA 2KZHA 2ZA3A 2C0AA 1H1YA 4TU1A 3CEUA 4JN6A 3BG3A 3W2JA 4NT0A 1Q3NA 1LBLA 3A9IA 3CWOX 3GNDA 4PEKA 3TV8A 3NL5A 3QQ0A 3KRSA 3PSVA 3B0UX 4HNTA 4N02A 2V9DA 3C2OA 3S5YA 5D30A 3LCFA 3S5NA 5DXYA 3O1NA 3HIJA 4H4IA 3O6YX 4JD4A 4DELA 1PS9A 3FFSA 4CCCA 1G4EA 1VH7A 2ATMA 4LV9A 1J4EA 1SZEA 1LRQA 2AGKA 4HKPA 1U5JA 3TR2A 3W7LA 3IGSA 1L9WA 4AHPA 4IWWA 1YDVA 2ZZ1A 4MFDA 3RFAA 1MEWA 4DO6A 5K4XA 4GC4A 1P0KA 4NZFA 3W6YA 3SZ8A 4FX7A 3P8IA 5I3JA 2P0OA 3LXAA 2J6XA 3GZ3A 3EWBX 3VE9A 1VCFA 2XN2A 4HPJA 1JCMP 1AL7A 4O11A 3N9RA 4QITA 1VHNA 2GQ8A 3M1ZA 4X3ZA 4A22A 3IVTA 3T7VA 4PFMA 4ADTA 2V2DA 4HHPA 3C6CA 3PS7A 4E2BA 2A1YA 1GTEA 1Z44A 3QJAA 1IIHA 1KM4A 4LV4A 2ZBTA 4LUJA 3P80A 5K7JA 4MY8A 3B0VC 1SR9A 4TIMA 1RV8A 3R8RA 1NF0A 3TFXA 4PL2A 5CPLA 5D09A 3EXSA 3E02A 4RJEA 1H7PA 3MP3A 1OYCA 4BWLC 1ZAJA 1TTPA 4IMEA 2GPTA 2GQAA 4O17A 1S5VA 3NPVA 1QPOA 5D02A 3KX6A 2X1SA 3HOJA 4FNRA 4Z1DA 4MZ1A 4Q33A 3W7OA 2TMDA 2YFNA 1TJPA 4O28A 4JTUA 4NNBA 3PUEA 4K6AA 3F1QA 1MO0A 3ATYA 3VNDA 4BI5A 1QOPA 3SGZA 3ABRA 4TX9A 3W07A 1F6PA 3N34A 1QR7A 3EKZA 3W1AA 3IIPA 5LZLA 2IQTA 1H7WA 1KFJA 1R2SA 2G95A 3NOEA 3LI0A 1TPUA 2YSWA 3W1UA 3F03K 3NQAA 2GOUA 3M6YA 1OFOA 3ATZA 5H91A 1KFLA 4QAIA 5I3HA 1F7BA 2QCHA 1EWDA 2ZZ4A 2G96A 1LLZA 2FPTA 2C13A 3MI2A 3EX4A 3O6CA 3Q58A 5I3IA 1TYGA 2ISSA 4QISA 2NWRA 2YXGA 2QAPA 2ISVA 1VC4A 1XDLA 1F6KA 2PRHA 1EB3A 1YPFA 1F76A 3H55A 3DKJA 4A3UA 2BX7A 2ZCGA 1OJXA 3G3DA 4UTTA 3IIOA 4LS2A 3TMQA 3BLIA 1OFPA 3GNNA 5G2IA 3D0CA 3NVTA 5DELA 3SR7A 4JTJA 4DO5A 4UTMA 4Z1CA 4NNAA 3LHWA 3WK3A 3W1NA 2E6DA 2G5WA 3FEMA 3QF0A 4GBUA 4O8RA 2YGYA 4DF0A 1R30A 4NX0A 4Q4KA 3QPZA 3JR2A 2RDTA 2AAMA 2FLIA 2WSQA 3Q37A 1EP1A 4LC6A 3WJYA 1SW3A 3LTPA 4MJMA 4NJIA 1AW2A 2Q8LA 4H3DA 1DKWA 4GUGA 2YFOA 4HSOA 4I9AA 3GIYA 3LHZA 2W79A 3KXQA 4LRTA 5A8GA 1W5OA 1G7VA 1GJPA 3NM3A 1ZJIA 2YYUA 3CB8A 4UCGA 5DCDA 5T26A 3QYQA 4ORIA 3G24A 3B0PA 4X22A 2QAFA 3BLFA 3EWXA 5KZMA 3LB0A 2UV8G 3W76A 3S1UA 4AAJA 5FF0A 2ZRXA 5K9XA 3DBPA 1GG0A 1KTNA 3CEPA 1Q6LA 1TJRA 2WJZA 2ZZ2A 2V0TA 3OVRA 1UUMA 1W1ZA 1SZGA 3BG5A 3NQEA 1EP2A 3QC3A 3LLFA 3STFA 1A5CA 1A5SA 3NQFA 5CZTA 2GUUA 1KFEA 3EWYA 4X9SA 3LRKA 1KM5A 1WQ5A 4BK9A 3B4UA 1W5QA 1WOAA 4JTHA 3W23A 3M7WA 4UNLA 5F2LA 1ME8A 2P10A 3W7NA 5I3FA 5I3GA 2V8ZA 2ZQ0A 1LDCA 1KBIA 5LNSA 4JNMA 1EEPA 3EKLA 3DFOA 4MYXA 5F1UA 1AK5A 3EXTA 3PBUA 1LBFA 1FUYA 1O5XA 1P5BA 3LRLA 1FWNA 3LM7A 3W7CA 5HWNA 3LXCA 5C54A 4N6EA 1XC4A 5HMSA 2H3DA 2ZRZA 1YDNA 1H63A 4NJJA 1TQJA 4MLJA 3CTLA 3MWAA 3LTYA 2QCEA 1WBHA 2I14A 3LGEA 5LHEA 4HNUA 1S5WA 4AVFA 3GXNA 2E5CA 1QAPA 3W83A 1M6JA 5AYZA 1TPVA 2RDUA 3MP4A 1OF6A 3W7EA 2V82A 2VELA 1DJNA 2Z0IA 2VEIA 3LHTA 3CPRA 4GUFA 4BWLA 3IIZA 2X1UA 2GVLA 1SUXA 4AF0A 4A2SA 2Q3RA 4AF0B 5HNRA 5LGXA 1G69A 3M43A 1OYBA 3IRDA 3P5ZA 5D05A 1YYAA 3EB2A 1IXNA 3O6DA 1ICQA 5KMYA 1H5YA 1ADOA 3U8GA 4FX6M 5ABTA 2C3ZA 3MUXA 3DGRA 4UTJA 4FNTA 3TCEA 2WV8A 2QCGA 2ZDRA 5HUPA 4CCEA 3TIMA 2RHGA 4I7VA 2QUVA 4O50A 1FQ0A 1XBZA 1GZGA 1FCBA 1T0OA 3E49A 1VR6A 1F5ZA 3NGJA 4JIPA 3C4UA 5LGZA 2VFHA 1RQHA 3L9CA 5D37A 4EWND 2F7FA 1OFDA 3DU0A 4PCFA 4AMAA 4MLRA 4NJHA 4M6VA 1XUUA 3NZRA 3TQVA 4CQAA 2EF9A 4O54A 1ZAHA 4B5NA 3BK0A 3LDVA 5J5RA 3LBMA 3HG2A 1TREA 1UBSA 5AYXA 5CSRA 1JJKA 4JTIA 1CW2A 5DY2A 3UPWA 3UXDA 1TTQA 5LSMA 3FJLA 3W2MA 4WY0A 5G1YA 4WXYA 4WY0B 2DZWA 1Q6RA 1XCFA 4BF9A 1GVSA 3C52A 4MOZA 3VFLA 4MUZA 4LS0A 4AWSA 5HR7A 3EWWA 1SW7A 2HSAA 4O1BA 1XL9A 3P60A 3WJZA 4OGZA 3I65A 1EX5A 3THAA 2V30A 5KINA 4JYFA 4IGHA 4Z1AA 1TPFA 3L5LA 1YXCA 2Y6ZA 5CSSA 1I2QA 3O63A 1K8ZA 3LXBA 1LOSA 4JY9A 3S5OA 3BG9A 4ZQNA 3UNDA 2DJXA 1I45A 4R53A 5KITA 3NPXA 3A22A 3TH6A 4AWTA 3TAOA 1LORA 3USBA 2A0NA 3TKFA 1Z48A 5LNRA 1SSGA 4UTWC 3C3NA 3S1XA 4A2RA 5FEWA 5F1VA 3G0UA 3LERA 3A24A 1W5NA 2WNZA 5DXXA 3HG3A 1D9EA 2TYSA 4BFAA 1OYAA 1SPQA 3TXVA 1YPIA 5DN1A 1TPB1 5G5IA 1OK6A 1RD5A 3PB2A 3FOKA 2A6NA 2JKAA 1XKYA 4HNNA 3P61A 2ALDA 1Z42A 1K02A 2JK2A 2RFGA 1WDWA 4O13A 1JCNA 4FIQA 3SY5A 3MBFA 1FBAA 3INPA 5FI8A 1K7FA 1LOLA 3N3MA 4HSNA 2C16A 4S1FA 3GYEA 4JY8A 3E12A 1RQBA 1RZMA 1M5WA 3NQ2A 4IMDA 3QMRA 2YX0A 2EGZA 3H54A 3NNTA 2V5BA 3TSBA 3CLMA 4MZ8A 3LCHA 3M5ZA 3PBWA 5AC6A 3R2GA 1I8JA 4PL1A 1KLZA 3PC0A 4M19A 4O10A 3TA6A 3W74A 4JEQA 2CZFA 5BW6A 3L5AA 2YW3A 5CPNA 1KFKA 1B4KA 4EF9A 2QEZA 5L6UA 4MJZA 4YLWA 3IGUA 1HL2A 3KRUA 4CQ8A 4R34A 4S2CA 5CG7A 3L21A 1OFEA 3A21A 5CGQA 1GVQA 1LLWA 5U4NA 4FF7A 4FIRA 1OX5A 4JYEA 3LCXA 4RZ4A 4LW7A 1VGAA 3PG8A 4ZQPA 4N9DA 4N6FA 3H53A 3UD6A 3A5VA 2C6QA 4KFPA 1QCWA 2B7QA 3U6WA 1R46A 1K7XA 5DLCA 2PURA 1FDJA 3BLEA 5AHMA 1MEIA 5MHBA 3CM4A 4UIOA 1N8FA 4GXMA 4QSHA 5LNVA 2Y7FA 5E0KA 1UCWA 1CI1A 3WFAA 5G4EA 2PRMA 1TTIA 1TPC1 2YZRA 3M5XA 4IUOA 3U2OA 4NJGA 5EBUA 3N2XA 2Y7GA 2FPYA 1SZFA 1DOSA 1LROA 1P1XA 1QMLA 2WSYA 1PCKA 5I3KA 1VQTA 2YCEA 5F2IA 3RLVA 1T99A 3LCGA 4MFEA 3UWUA 1GYLA 3GK0A 3QFEA 3W7MA 1C9DA 1B9BA 3TE9A 2CLEA 3B05A 2J9XA 4K7VA 2CZ5A 3F4WA 3T44A 1EPXA 3W87A 4NX5A 1JCYA 3RF9A 1JULA 1F73A 3QW4B 1OX6A 2QCDA 2QCDB 3LHYA 4DF1A 1YXYA 4RLIA 2DORA 3TX9A 3SJ3A 3TQKA 1LOQA 3W7JA 3GB6A 3ELFA 4FNSA 3TC7A 2B0MA 4JTLA 4AB4A 1ZHAA 4HNVA 1Y0EA 4ZQOA 3IV3A 5F2GA 4P61A 3THQA 5IBXA 2V2CA 1OABA 4IX2A 4JX5A 3W7RA 2TRSA 3NQ7A 3OVPA 2CLIA 3FJ6A 3NYZA 1GYNA 1W5MA 3B03A 1JR1A 1BKSA 1TSIA 2V2HA 1W0MA 1JUKA 4QNWA 3LTSA 4WJEA 3S1WA 5K2ZA 4K38A 3MHUA 2DZVA 4FB7A 3G1SA 4KKXA 3EXRA 4NU7A 4ADSA 4RV8A 3C61A 3TJLA 3R12A 5LNWA 1BEUA 3QH2A 2BLEA 4QQ3A 5CZ0A 3W2KA 3C56A 5A5WA 3W7DA 2J9YA 1A50A 4O0ZA 1DJQA 2FQIA 1TV5A 1UJPA 1DBTA 3SSJA 4AEOA 2JBMA 3RU6A 1ZAIA 2ZRYA 1YDOA 2DJLA 1QFEA 2CZDA 4ZL1A 1I2RA 4GJ1A 3TC6A 5AB3A 4L4MA 4GNJA 1PCWA 2BSLA 1H51A 3DHFA 3EWUA 4CNNA 2J27A 1DQWA 2C15A 3QW3A 1NSJA 1H7RA 3E9AA 3FS2A 3O07A 1JCLA 4FNPA 3QSRA 1PV8A 2JKEA 3V1PA 1XUZA 3HO8A 3MJYA 3UPBA 2PC4A 4QNEA 5FESA 3NQVA 2DP3A 3ABSA 2QCLA 2Y89A 4WQ6A 4UR7A 2OX1A 4HT3A 4LNYA 1IGSA 2ZTKA 1SFLA 4BI6A 3I6RA 2NV1A 3QZEA 3DENA 4UFJA 2FTPA 1X7FA 1AW5A 3SI9A 4ZQCA 5FEZA 4N4PA 1FDZA 1EUNA 3DFSA 3O06A 3PY2A 4DQWA 4L4LA 2CW6A 1DHPA 2D73A 2X2GA 3QM3A 2W0UA 1LCOA 3KOFA 5AHFA 4X2RA 5EMUA 2RH9A 3ANYA 2E77A 3W1RA 2CLMA 3G1HA 1LYXA 2NXIA 1W54A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3GDB A;  5I03 A;  3BL3 A;  3HG4 A;  4IOT A;  4AVO A;  3HV9 A;  3FAX A;  5I06 A;  3FA5 A;  3NQD A;  4AEE A;  3WK0 A;  2WYS A;  3TUU A;  5FKY A;  1H41 A;  1X38 A;  3TQP A;  2ZFA A;  2AOS A;  4DJD C;  1K70 A;  1D3G A;  1TV8 A;  3GHT A;  3WJW A;  1US3 A;  4BEU A;  2I9E A;  5FF7 A;  1YBQ A;  1PUD A;  1VIZ A;  3D5H A;  1E55 A;  1YBQ B;  3BAX A;  2X7W A;  3V1H A;  3CQ0 A;  3ZFH A;  1NVM A;  2OGY A;  4DF2 A;  1A5B A;  4BHY A;  4NJK A;  2E09 A;  4J40 A;  3DFP A;  1QPN A;  4OEC A;  4E0C A;  3H7R A;  1JPK A;  2VEP A;  2XN1 A;  1MWO A;  3SQS A;  4OU1 A;  4Q4S A;  3S9Z A;  2HS8 A;  3F5J A;  4NXS A;  3TAK A;  4KCW A;  1US0 A;  3UVA A;  4XBK A;  3G77 A;  3P2V A;  4Q6J A;  3MJM A;  1SO6 A;  4JHZ A;  3WQ5 A;  4J3W A;  4HSH A;  2H8Z A;  1SO5 A;  1I2P A;  5G2W A;  5LIU X;  1YRR A;  3B97 A;  1EWE A;  4GGB A;  1CGY A;  3JZU A;  2O0T A;  3W0K A;  3RK8 A;  4H9X A;  3DAQ A;  1TWI A;  3ID7 A;  1PBG A;  1LJY A;  2NX1 A;  6ALD A;  3F5K A;  4N9E A;  1UD8 A;  1IZJ A;  3UU0 A;  2WKL A;  3VAB A;  2PA6 A;  3AQU A;  1QBA A; 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