2VFDA

Crystal structure of the f96s mutant of plasmodium falciparum triosephosphate isomerase
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
ARKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHSERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Biochemical and Structural Characterization of Residue 96 Mutants of Plasmodium Falciparum Triosephosphate Isomerase: Active-Site Loop Conformation, Hydration and Identification of a Dimer-Interface Ligand-Binding Site.
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase
source organism Plasmodium falciparum
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 97
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2007-11-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2vfdA00
3I7SA 3PR2A 3FEMA 1P5BA 2P10A 5DELA 4YWIA 6TIMA 4LVDA 4IQLA 3Q37A 3O05A 1TPFA 3THAA 5D2XA 1SW0A 1SQ7A 3W1NA 3R2GA 3INPA 4JTIA 3W1LA 5U4NA 1DJQA 1GVOA 1KLZA 4N9CA 3CTLA 2A2IA 5EBUA 2E5DA 3OEXA 3DH7A 5FI8A 3TQ0A 1BWKA 4MFDA 2PRHA 1V7YA 3LXBA 3IVSA 3QC3A 4K8HA 3TKFA 3L67A 1EEPA 4O53A 1EX5A 2OJPA 5CPNA 3B8DA 3A24A 3W7GA 4RR4A 3E49A 1KFJA 3S5OA 4MLRA 1XXXA 4FNQA 4G1KA 5H91A 3RK8A 1VPXA 1R47A 1GVSA 1TRDA 5D03A 3BLEA 4IPJA 3O8AA 1WYIA 3HG5A 3O6YX 4MJZA 4BWLA 1I2NA 1H51A 2E6AA 3S1VA 3LBMA 5BNKA 1FCQA 3OVPA 4A2SA 3ABOA 1OX5A 1K8XA 2Y63A 4UFLA 1WBHA 1SFJA 3GAYA 2CLKA 3LBCA 1LCOA 3HOJA 1F5ZA 4S2BA 1WBJA 4GUHA 4RZ6A 3STCA 4K38A 2KZHA 3EWZA 3I65A 2OZ0A 2WNZA 5D37A 3F03K 2H8ZA 3GKAA 1VH7A 4FEZA 3TW7A 4AXKA 3S5NA 3JR2A 2Z2UA 1IXQA 2NV2A 3N2MA 3LCHA 3MMTA 4OE7A 3S1XA 2C15A 4KWWA 3WK0A 3S1WA 2G95A 5K9DA 4Z08A 2QCMA 3QJAA 3KXQA 3KVKA 1GG1A 3WJSA 4GC4A 1JCJA 4ADSA 3S0CA 1TPH1 2C6QA 3G1XA 5KZEA 3A5FA 2TYSA 4ZL1A 5HR7A 4LS0A 3MUXA 3IIPA 2TSYA 4UFKA 1I2RA 1XKYA 1OVDA 3GXPA 3HGOA 4ZQRA 4LV4A 1Q6LA 2Y62A 5K3VA 4FIQA 1ZALA 3CIXA 1OFEA 2V82A 3EX2A 1GVRA 1QMLA 1C29A 3W2UA 1EIXA 5F4XA 2E5CA 3F4WA 5D32A 3W7MA 5G2HA 1G4PA 3BG3A 2RDTA 3HG3A 1Z42A 4ONVA 4J9JA 3DHFA 3KRUA 4JGDA 2DZVA 4AAJA 3L5MA 2ZZ5A 1P4CA 4WX2A 2OMAA 4K36A 4JDYA 3C8FA 3KX6A 2V2DA 2WJZA 4UMBA 1LOQA 1QCWA 3W84A 1VYSX 3QRHA 4L4MA 3PY2A 3LHZA 4JTFA 1CX9A 1R2TA 1S5TA 4UUIA 4W9TA 3D0CA 3HGSA 1EPXA 2J9ZA 1G67A 3W7DA 3E0IA 4KFOA 3PB2A 2DJXA 4M7SA 3PBYA 3EX6A 1NVMA 4R7JA 1T96A 4QAIA 4O50A 3W1PA 3TXZA 2GOUA 2VEMA 3HBLA 4A22A 1FWTA 2GQ9A 3LRMA 3WFAA 2ZCGA 3BG5A 3GYEA 4E38A 2ZRVA 2ZQ0A 1AMKA 3TH6A 3H53A 4UTJA 4O11A 3DFOA 3LCGA 3QMRA 3RMJA 2I1OA 2Z0IA 3EXSA 2ISVA 3G3DA 3M5XA 1LTDA 1J5TA 2PE4A 1KFBA 3W1UA 2HTMA 4Y6GA 1LRTA 1WV2A 3C52A 5K9CA 3GNNA 4JDBA 2B7QA 2YW4A 5AC6A 3SFKA 4A2RA 3N3MA 1RZMA 3WK2A 3HQ1A 3C2RA 4I7WA 3MHGA 1JCNA 3CWOX 4MYXA 2BWGA 3HJZA 5I3HA 3UD6A 2ZA1A 3W7EA 3BARA 1BEUA 2HS6A 3LERA 4X2RA 1FBAA 2CLFA 4RLIA 5CG7A 1T8XA 3Q2DA 3P8IA 4ZQOA 1SZNA 4O0ZA 5AN7A 4IMDA 1VLIA 2V30A 2C0AA 1JCXA 3NR0A 1GJPA 5AHNA 4N9DA 3TSBA 3CLMA 3OG3A 1BTMA 1VC4A 3IGUA 4UR8A 1X1OA 1ME8A 3P84A 5HWMA 2DZWA 3M5VA 5C6MA 4WY0A 3R13A 1F6KA 5DBUA 3TE9A 3NQAA 1O94A 4UFJA 3P81A 1P0KA 3FKKA 4RZ5A 1LRQA 2CLHA 1FDZA 4N4PA 1W3TA 5AYXA 3PB0A 1K02A 2BXVA 2A7NA 2YPIA 3B05A 1KM4A 2G5WA 1OFBA 3DKLA 4FO4A 2B7NA 2TMDA 4O57A 3P8JA 4IJBA 4IMFA 5CZ0A 1ALDA 4M6QA 1OFAA 1O4UA 1KLYA 2QCLA 1YTDA 5HMSA 5FEZA 3EX1A 2R94A 3PUOA 5AC7A 3L65A 2JBMA 4Y8FA 2QCDB 4AH7A 2WKJA 3GDRA 3WJXA 4CQ9A 3TSDA 5TIMA 1LP6A 1SSDA 1SUXA 3LI0A 3G18A 3W72A 2ZZ2A 4XKYA 3TDFA 1YTEA 4H3DA 3HB9A 4O52A 4BWLC 3FFSA 4EF9A 2EAWA 7TIMA 2JGQA 4HSOA 1XBXA 1LBLA 2ABBA 4ML9A 3WK1A 3T55A 4DXVA 1M7PA 3LHVA 1YXDA 3M41A 2E09A 2X30A 2BLEA 4XBSA 5G1YA 4UMAA 1Q6OA 3SSJA 1QPNA 1TPUA 3FJLA 2C3ZA 1KFKA 1X6UA 1OFQA 2B7OA 2AAMA 3W6YA 3EKLA 1JJKA 4LU0A 3H55A 3GAKA 4H6KA 3CIWA 3LHTA 4LT9A 5LNUA 1TYGA 1TPB1 1JCLA 2X2GA 2NWRA 4HN4A 1IIGA 3LCIA 4HPXA 3NQ6A 3MJYA 3QMTA 4NJIA 4MPQA 2Y61A 2H6RA 3NL5A 4U28A 1D3GA 3BV4A 3GZ3A 4LVAA 5F4SA 3W7KA 1S5WA 3MYOA 2VC6A 1TREA 3TC6A 1PV8A 4PCFA 3KVMA 2C1HA 3ZWTA 1HTIA 1VR6A 2QCNA 2W79A 4WQ6A 4LNYA 3P80A 4HSNA 5TBOA 3RLUA 3Q58A 3PG9A 4NNBA 2ATMA 3W7IA 3QW3A 1FCUA 3GDMA 1ZJIA 4XZ9A 1M7OA 2WNNA 4XTDA 3SZ8A 2Q8ZA 2A85A 3W1QA 2VEPA 3BLIA 3LCXA 3M9YA 4O14A 4QNWA 4FXRA 4BF9A 1H7NA 4N9BA 3UPWA 1QPQA 4O1BA 2Y6ZA 1U5JA 5K2ZA 1GYLA 3IVTA 1EP3A 5HQEA 3TV8A 3I7RA 1O95A 1H7RA 3QQ1A 4LRSA 3NYZA 2Y88A 1F76A 2NUWA 2I14A 2PRMA 1VJIA 3S42A 4Q4KA 3PULA 1XCFA 1PVNA 4NZJA 3BW3A 3HG4A 4FNUA 3BGJA 3MW7A 3W87A 4JTUA 2PC4A 3G24A 5HUOA 1EA0A 4K6AA 3ZS4A 3W1AA 4O15A 3DFQA 4C1LA 1N55A 3CPRA 2GVGA 1VZWA 1G4EA 1AW1A 2HSAA 5BRBA 3JS3A 3NVTA 2B7PA 2QCFA 4YL2A 3UXDA 5AC8A 2P0OA 2QR6A 1XL9A 4YXGA 4HNVA 1UASA 3L9CA 4UTIA 1GTEA 3P7YA 3QSRA 1XBVA 3O1NA 4LVGA 1TV5A 1VCVA 4CNPA 3NM3A 2DZXA 3G1VA 4HT3A 2VENA 3G1SA 4JTEA 1THFD 1VRDA 5KMYA 1DBTA 1Q3NA 1H62A 3EX3A 3SGZA 3LRKA 5FEPA 2WQPA 3EWUA 3G0UA 2ZA3A 3OA3A 4Q33A 4XUGA 1M5WA 2E5BA 2YW3A 3CEPA 1MEHA 4MZ1A 3QW4B 3TXVA 1P1XA 3SJ3A 3BK0A 4LY8A 2H90A 1WAUA 4JICA 3HG2A 1A5BA 5AOUA 2X1TA 2NUYA 4UTLA 3GR8A 2ZYFA 4NNAA 4FNSA 3UYCA 3TFCA 1LDCA 2ABAA 4PEKA 2XN2A 3UWZA 2RKXA 4Z1DA 3NGJA 2WSRA 4IPIA 1TQJA 4GUIA 1OHLA 3NXFA 3M5YA 4KFPA 3P5YA 3BGGA 2X1SA 1GOXA 4DF1A 2PRLA 1VGAA 4ALDA 2CW6A 2LLEA 4JTGA 3P62A 4UNKA 3ABSA 1A53A 3UZJA 1GPWA 2NLIA 3W9ZA 2CZFA 4KKXA 2BX7A 5HWJA 3TC7A 2CU0A 3TUUA 3L21A 1O60A 2JKPA 4C1KA 1FWRA 1EP2A 4LC8A 1PS9A 3W23A 1DVJA 3M5ZA 1YPIA 2QAPA 4QIUA 3SY5A 3UXAA 2A7RA 4NUWA 1YDOA 3TMLA 1DV7A 3N14A 4PFMA 4O16A 1MEWA 2F7FA 2ZRUA 1JQVA 4CCEA 1B3OA 1L6YA 1LORA 3LB0A 3STFA 3M47A 5BOOA 3NQCA 5DCEA 1PHQA 4I7VA 5DCDA 4JYFA 3C2OA 2VFGA 3S1UA 3PBUA 3B06A 3USBA 5DXYA 4UTWC 1Y0EA 4P61A 1VHCA 1W31A 4JY9A 3ATYA 1W0MA 5IM51 4BR1A 1RQEA 2FQIA 2ZRYA 5SWUA 3C3NA 4JEQA 4QITA 2R8WA 4HPJA 2ISWA 1XUZA 3NQ2A 3NAVA 2QCEA 5DBTA 5DY2A 1IXNA 4JS3A 1QO2A 4JTJA 2R91A 3G1HA 4JXCA 3M1ZA 3LHUA 4UMCA 4UTHA 5FF2A 4UFHA 5HR6A 3NEVA 3UWWA 3CQ0A 4K8EA 3TW6A 1VCFA 1VQTA 4ZQCA 3N34A 4WOZA 3KRSA 3O6CA 1M6JA 1PCKA 3CT7A 4GRSA 1CW2A 2VFDA 3F1QA 1EWEA 5HULA 1E51A 3S6DA 3TU9A 3KOFA 2FB2A 3L0NA 3MWAA 1TQXA 2OCZA 4Q32A 5E1QA 1G7UA 2NUXA 4O1CA 2CLOA 4AHOA 2E68A 4RZ4A 1SO6A 4MY8A 1KV8A 5H2ZA 1ZAHA 2Y85A 2QUUA 4OQVA 4NT0A 3DZ1A 1DQWA 5C54A 5LNRA 4O8RA 2P1FA 4NX0A 3B0UX 3FS2A 5K4ZA 4QM1A 1TV8A 1ME9A 1FQ0A 3G1AA 1C9DA 3QPZA 3ABQA 1OFOA 4FNRA 1JRCA 3U8GA 4O28A 3W7PA 2DJLA 3GXNA 5AHFA 4YLWA 5F2MA 1RR2A 3F4NA 2CLLA 1B9BA 3GVGA 1VCGA 1W3NA 2XN1A 3FA5A 1WOBA 3IRDA 1XBYA 2QJHA 4YMZA 1NF0A 3NPVA 4NX5A 5U7SA 1A5AA 1YYAA 3TIMA 4DBEA 1H5YA 4MJMA 3QQ0A 1UCWA 5G2IA 2W0UA 1QWGA 3TJXA 4IX2A 5I3FA 3C2FA 3UWUA 1LLWA 1D3HA 2UV8G 5BW6A 5CZJA 1I2QA 3UWYA 1NAL1 1PCWA 1FDJA 1LRNA 5CSSA 2FB3A 4HIBA 5F1UA 1IXPA 3HPZA 3L2IA 2CZDA 1H50A 5LGZA 4IGHA 2JKAA 2TRSA 2JKEA 2ZBTA 3CU2A 3NL3A 1WXJA 2ATSA 2E6YA 3LDVA 4NJHA 3GNDA 5EL1A 5CGQA 4JX5A 5I3KA 5EKYA 3W07A 2FLIA 3MYPA 5D33A 2F84A 1F74A 2Z6JA 4JYEA 2GVLA 4N4QA 3WJYA 5DLCA 2CLMA 5IBXA 3KRZA 2ZZ1A 3HF3A 3L5AA 2VOMA 3PBWA 4BFAA 3PUEA 4D2JA 1F2JA 1BKSA 1GWJA 3A5VA 3TFXA 1GVFA 4O0KA 4NNCA 1PHWA 4AB4A 1PIIA 1OFDA 5AFDA 1Q45A 5A5WA 2C13A 1EB3A 1JCYA 2A6LA 2QCGA 3EWXA 4HNNA 4XQ6A 5AHLA 3W1RA 4Y96A 1GVQA 1W8SA 5L9FA 3OVQA 2VEIA 3U6WA 1I8JA 2GUUA 4N02A 2JGYA 1OX6A 3EWBX 4WY0F 3TSMA 3SW6A 4UTTA 2H8XA 2YYUA 4LVFA 4XTIA 1V5XA 5FEXA 4PTNA 2VXNA 2A5HA 3CWNA 3PC0A 3PG8A 3GDLA 3IVUA 3W70A 4MIMA 5CZSA 3IV3A 1OX4B 2J88A 4IWWA 3W2NA 3DENA 1YXCA 3MO7A 4O1DA 5AYYA 3VE9A 2XFWA 2Q3OA 1JULA 1F7BA 3C4UA 1KM3A 1UJPA 4NQ1A 3W73A 1OK4A 3TR2A 4I7UA 1GZGA 3NQMA 3NQDA 1GYNA 1J4EA 4DF2A 4U4MA 4UFIA 4AVFA 1KA9F 3M0ZA 4UTUA 1Z41A 1HO4A 3W7NA 1HO1A 1XFBA 1QPRA 4NZFA 1C8VA 3SI9A 1W5QA 3HPSA 3UNDA 2FTPA 1MO0A 3QZEA 2VFFA 3W85A 3JRKA 4GUJA 1K7EA 3G1FA 3BVJA 4AEOA 1GG0A 3EB2A 2QDGA 2FJKA 2FDSA 3EXRA 3UY7A 3UWQA 4QNEA 4HNUA 4JTHA 4BI5A 5HJLA 3L68A 2BTMA 4CCCA 4LS2A 3H54A 2BSLA 2J24A 1ZENA 1SSGA 1B4EA 1XBZA 3B4UA 2WSYA 1W1ZA 4HNTA 4MY1A 1NSJA 1R30A 4AWTA 3MI3A 3RU6A 4M6PA 3W1TA 1QPOA 3IEBA 4AHQA 2NX3A 4UTMA 2AQWA 1XM3A 1QFEA 1K03A 2WNQA 3EXTA 3N2XA 1LLZA 4FXSA 4HKPA 3R89A 5T26A 1ME7A 2YDAA 4WD0A 3YPIA 4LVBA 1ZFJA 3IGSA 1FCBA 3A22A 2PURA 4EOUA 4PL1A 4O12A 3TNOA 3S8HA 3KVJA 4TIMA 5HWNA 1XI3A 3PF3A 3W3OA 3DFSA 1IGSA 1MXSA 3M44A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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