2VOMA

Structural basis of human triosephosphate isomerase deficiency. mutation e104d and correlation to solvent perturbation.
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
RKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGDSDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis of Human Triosephosphate Isomerase Deficiency: Mutation E104D is Related to Alterations of a Conserved Water Network at the Dimer Interface.
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase
source organism Homo sapiens
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 90
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2008-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2vomA00
4JYDA 4N2YA 2O7QA 4UFKA 3O07A 3STCA 1O5XA 4CCCA 3P60A 1H7WA 3TU9A 3S0CA 1TV5A 4AVFA 4HNNA 5DXXA 3R5EA 1OFRA 3QRHA 4ICNA 1QOPA 4RK8A 1EP2A 2HMCA 3QMRA 4MJZA 1A5CA 1VYPX 5FF2A 2X16A 3QZEA 5D33A 5KITA 2QEZA 5FF3A 1C29A 2G5WA 4YMZA 5AC6A 4WUIA 5K3VA 3C0JA 4P2VA 4E2BA 2NUXA 3WJSA 4O1DA 1NAL1 1JCMP 1Z48A 1TPEA 3CWOX 4O0ZA 3I68A 5L9FA 1JQXA 3W1UA 3FFSA 3LHTA 2ABAA 4ZQOA 2QCCA 1D9EA 4ZZ9A 5FEWA 1TQJA 2JKPA 5H91A 5AHNA 5K2ZA 4UMBA 1LORA 1TB3A 2FPTA 5FEZA 5H2ZA 1PCKA 2DZUA 4N9DA 4BI5A 1TQXA 4LY8A 5D38A 1GTHA 3DI0A 4AF0B 1DORA 1KTCA 3P5YA 2C14A 1SSDA 1BWLA 1GEQA 3NDOA 1FX6A 2GVGA 2VEPA 4HKPA 4M6QA 4FX7A 3W87A 4WY0F 1SW3A 3T7VA 3KAOA 4BF9A 1WV2A 2OMAA 3DXIA 2RFGA 4MFDA 1GVRA 4FNQA 4LU0A 1L6SA 1ME9A 3BK0A 1G7UA 2WNZA 4JYEA 3TIMA 1J4EA 2FPVA 3NQMA 4JTFA 3W7GA 5IM51 5LNUA 5G4WA 4MVAA 1IF2A 2ZRUA 5I3GA 4FO4A 2WKJA 3TROA 5DXYA 5GVJA 4NQ1A 3VE9A 1FXQA 4UTUA 3V1PA 4YCOA 3MYOA 4OU1A 1GYLA 3O63A 4NU7A 3G1HA 5K4ZA 3SECA 3E96A 1HL2A 1TREA 4ZL1A 4KWVA 5AYYA 4A21A 3HBLA 4ZQCA 1T99A 4MY1A 4ML9A 2ALDA 3L67A 3DFQA 3W2JA 2RHGA 2QF7A 2QCFA 5G5IA 1HO1A 1KV5A 2QR6A 3P62A 1M7OA 2NWSA 4XWUA 2J24A 5ABTA 4DPPA 4XBSA 4U4MA 2ZZ2A 4XKYA 4K8EA 1X1OA 3MHGA 5CPNA 1GVFA 4HIBA 4O11A 3SR7A 3W7OA 4JR5A 4UTWA 2OX1A 3NL2A 5K9XA 1Q45A 4UFLA 1ZALA 3WJYA 5G4EA 4MYXA 1KLYA 1SO6A 2Z6JA 1H7XA 2E6DA 1R2TA 1JRCA 3P8IA 2V8ZA 4YXGA 2Y62A 1RD5A 3LRMA 2Z2UA 1XBYA 4YCPA 1TRIA 3NQVA 2RKXA 3RF9A 4OGZA 3YPIA 3LCXA 3C2OA 5CSRA 4TR9A 4AHOA 3NM3A 4IX2A 5CSSA 1EIXA 5EYWA 1SZFA 3C2RA 1XM3A 3SJ3A 4M7SA 3NNTA 1F2JA 1ZCOA 3DKLA 4Z1AA 2V0TA 4N6EA 3DHFA 3A24A 2R8WA 4FX6M 1DL3A 2A6LA 4AWUA 1C9DA 4JYFA 1SO5A 3L9CA 2GJNA 1EUAA 1AG1O 1I2RA 3CWNA 3W7JA 5EBUA 1YTDA 2FQIA 2CZFA 1YADA 4X9SA 2YW4A 3EX4A 4O28A 1XBVA 3WJWA 4AAJA 4CCDA 1P5BA 3L2IA 1YXDA 4UMCA 1RQBA 3NQ6A 4IXXA 2ZZ5A 1LBLA 3EEGA 3C2VA 2V5BA 4UCGA 3SZ8A 6ALDA 3G18A 1ME7A 3K30A 4LVBA 4LC6A 3B06A 3M16A 3ZFHA 4RV8A 4O1CA 4HPXA 1NF7A 5L6UA 3SIZA 1RV8A 1IXQA 2ZFAA 3LHUA 1HG3A 5FEPA 2CZDA 3M47A 3W1RA 3O1NA 2OT0A 3QC3A 2A5HA 2QCGA 4ZQNA 2J88A 1DVJA 3GNDA 4X22A 2C19A 1H50A 3W3OA 4I9AA 4GUHA 3BGJA 2ZZ1A 4HSNA 4XKYB 1PCWA 5T26A 1TO3A 2V30A 3PSVA 2DU2A 2B7NA 4JXCA 1TJPA 4LVDA 3NZRA 2Q8LA 3S1UA 3JS3A 3R12A 4WD0A 2H8ZA 3I6RA 3WJXA 3B8DA 2JKAA 3TQ0A 3BPWA 4WOQA 2BLEA 2E5BA 1KFKA 4HHPA 5MHBA 2DZPA 4IXHA 2C16A 4LW7A 1DJNA 1K02A 3QQ1A 1BEUA 2B4GA 1WAUA 2RDWA 2ZCGA 4C1LA 1OFEA 3CC1A 4NXSA 1W56A 1WX0A 2TRSA 3STGA 1KA9F 3NL6A 3U8GA 4QJ1A 1XXXA 3QMSA 4GNJA 3LV6A 3L68A 3GXTA 1QDSA 4O4VA 4WJEA 3NPUA 1W3TA 1F7BA 2R94A 1AMKA 3H54A 2ZA2A 4PL1A 4XQ6A 3W2LA 1KFJA 3LHVA 3W1PA 3PG8A 2JGYA 3E49A 2YX0A 4FNRA 4UFJA 1Q6QA 5HNRA 4Y96A 1QPQA 4RKAA 3MYPA 3W7MA 3UY8A 2NV1A 4AMAA 3W7QA 1BKSA 1TRDA 2AQWA 2ZRYA 5F4XA 4YWIA 3GXNA 5KMYA 3G1SA 2NUYA 4JTHA 4K39A 2Q3RA 3O15A 4GJ1A 2B0MA 4ADSA 1WOAA 4Z1BA 4DF1A 3QM3A 1JUKA 4R34A 1I2QA 3G1XA 5I3JA 4O13A 3TA6A 3A22A 5FF7A 3LDVA 4HPJA 4N9BA 1PV8A 1DHPA 4IMGA 1W0MA 1KM2A 1ONRA 1FWSA 4IJBA 3IIOA 4FNUA 5LGXA 2VKZG 3IRDA 3CB8A 3H55A 4IPIA 3GB6A 4E2DA 4IMCA 2AGKA 2XFWA 2J9YA 4QSHA 4MPQA 1W3IA 4RZ6A 4FNPA 3QYQA 3TSBA 2GJLA 3IIXA 3W83A 1SW0A 3N34A 1AL7A 3P74A 4IGHA 5KZEA 4MLRA 1XBXA 3EWWA 2CLKA 1XFBA 2RDTA 3IGUA 1MEHA 5F2MA 3HGOA 3G0XA 4FHAA 3A5FA 5LNRA 1FWTA 4EWND 3TAOA 4UFIA 1JUBA 2BWGA 4LRSA 4MUZA 1AW2A 1Z42A 2WQPA 4TO8A 1OX5A 2Y70A 1VH7A 2X1TA 1TTQA 1FY6A 5AN7A 4A29A 3C2EA 5D2XA 2YDAA 2Z6IA 3RU6A 5HINA 1F5ZA 3L5LA 5KSWA 1XUZA 4POCA 3GX9A 3B0PA 2EHHA 2YPIA 2BX7A 2V82A 1GVSA 3LHYA 3HGRA 1I2PA 1YYAA 4G1KA 1G7VA 1ZY9A 4CQ9A 2GQ9A 1QCWA 1LRNA 1MEWA 2RDUA 5CPOA 3DH7A 2CLIA 1QPOA 4UTWC 1VCGA 1FUYA 1S5TA 5BMWA 3DFNA 1G6CA 4BI6A 2EPHA 1ML1A 2E6AA 3BLEA 3O6DA 3M44A 1W8SA 4JDBA 4ADUA 1XDMA 4NVTA 1UBSA 1IXPA 4O18A 2FFCA 4Z0SA 3BO9A 4GUJA 3TJXA 4GXMA 2YXGA 4I7UA 2E68A 4O0KA 3LLFA 4A3UA 2ZZ4A 3ANYA 1TPB1 4RLIA 4JTJA 4PTNA 1N7KA 3TJLA 1NEYA 3OA3A 4QITA 2CLLA 3L21A 3QW4B 5KINA 3EKZA 3G3MA 4UR7A 3FA5A 1G4PA 5C2XA 3DFSA 4LVGA 1B4EA 3KVJA 4XTDA 3UNDA 2CLHA 5D2YA 3WK0A 4CNOA 1U83A 3C56A 1ZJIA 4S2CA 4O52A 3T44A 5K9CA 1WQ5A 3W1AA 3LM7A 3W88A 2IQTA 4M5PA 3HJZA 1H1ZA 4NXKA 1G4SA 3LBCA 3SGUA 1TJRA 3BG5A 1ICPA 1TPH1 3W2KA 1PL9A 3TW6A 5AYZA 1T96A 4MOZA 2YR1A 3LCFA 3N73A 1WOBA 4IMDA 1R2SA 3OVPA 3LHZA 3EX2A 1N55A 1X6UA 3UWVA 2QCHA 3G0UA 1TTPA 3U2OA 2GQ8A 4IPJA 2D73A 2VELA 4O19A 3W71A 4DQWA 1KM0A 2ZZ7A 2ZRZA 1W31A 3MBDA 4HSOA 3EXSA 5HUPA 3FYPA 1FDYA 3C61A 3TUUA 3L5AA 4YLWA 4O16A 2A7NA 2JBMA 3W9ZA 1RQEA 3B0VC 2QCMA 2W79A 3P61A 3BVJA 3HGSA 1LP6A 1YLVA 3W7PA 5A5WA 3S6DA 3DKJA 2YSWA 3IIPA 3TAKA 1ZAHA 5D02A 3KRZA 1W5QA 4Y6GA 4JICA 4MKNA 4GWEA 1GQNA 1D3GA 4A22A 1I45A 4A2RA 4MZ1A 3PB2A 1KM4A 2LLEA 4AB4A 3OBKA 1VS1A 4FX8A 2TPSA 1JULA 4N4PA 5LNVA 5D2WA 4LOCA 3TC7A 3W07A 2JK2A 2QAFA 1WXJA 1O5KA 3FOKA 3LXAA 3TMQA 2J6XA 3G1VA 4PH6A 1FWNA 3IVSA 2NX9A 1G67A 1KLZA 2I9EA 5HWJA 4RZ4A 1CI1A 3W7EA 1THFD 3LCHA 2O7SA 3KRUA 2QUUA 5HR7A 1YPIA 2YZRA 4GRSA 1GZGA 2A1YA 2Y85A 3R2GA 2CZEA 3M5XA 2J9XA 1OFOA 3R89A 2PE4A 1GJPA 1IIGA 2C18A 1SR9A 3LOTA 4AXKA 2CWNA 4D2JA 1GG1A 3P81A 5HWNA 5EMUA 5CGQA 2G97A 1OX6A 3TMLA 3EXRA 2XN2A 2ZZ6A 5CPMA 3USBA 2NLIA 1H1YA 3HOJA 1K8YA 3DFPA 3O8AA 3HG4A 3SSJA 2ZQ0A 3S5YA 1ADOA 1VPXA 2RH9A 2QCEA 4CQAA 5D2TA 4OE7A 3B04A 2WSYA 4Y90A 4KFOA 5C54A 3A23A 1H7NA 4A2SA 3UZ5A 1P1XA 2EGZA 1VLIA 1SQ7A 1JCNA 1MEIA 1OFDA 2C15A 4Z08A 4DO5A 4YL2A 4ORMA 4Q33A 5D03A 3DFTA 1TPDA 1J2WA 2ZZ3A 3LLDA 5J5DA 2DZVA 5FF0A 3OG3A 1F05A 1TPUA 2Q3OA 2VFGA 4WXZA 2E5DA 4R7JA 3C3NA 4JTIA 5TIMA 1U5JA 3GKAA 5AC7A 1LOLA 3THQA 2ATMA 3NQAA 1LLWA 3FJ6A 3JRKA 3UQNA 2V5LA 1QFEA 1FWWA 2NXHA 1KFEA 4UTTC 3GK0A 2VENA 3BLFA 1Q6LA 2DZXA 1TPC1 1O60A 1OFQA 1KM5A 2R91A 1UB3A 3ZWSA 1TTJA 4JY8A 4Z1CA 2A4AA 3M43A 2A0NA 1W37A 1ZHAA 3TC6A 1NSJA 3LB0A 3IEBA 3QW3A 3LI0A 2B7QA 4JIQA 5IBXC 2WNNA 3NYZA 1R30A 2J27A 3Q2DA 3NPWA 4UC5A 4BI7A 3OIXA 1QO5A 3LBMA 3M5ZA 1QPRA 3LCLA 1LM1A 2FLIA 3I65A 3TE9A 1KM3A 4J9JA 2WJZA 3EKLA 4DXVA 1A5SA 4O12A 3UWWA 5LKYA 3P84A 1DV7A 1OHLA 3RNDA 1OABA 1IGSA 3TCEA 3MO7A 4JN6A 4Q4KA 1M5WA 2EAWA 3GIYA 3M7WA 4PODA 1QWGA 4OWGA 5HJLA 5SWUA 1EPXA 4RJEA 4DELA 3W2NA 1OK4A 2E5CA 2A21A 1X1ZA 4BWLC 2ISSA 4O10A 1HTIA 2E09A 3GXPA 5KZMA 3C52A 3BW3A 4XZ9A 2GPTA 3B03A 3LXBA 3MI3A 3PF3A 1X8FA 2C0AA 3MHUA 3O06A 2NZLA 2V2DA 2QUVA 5U4NA 5EL1A 2C1HA 4JGDA 3KXQA 3O6YX 3W7LA 1ZENA 3W1LA 1B57A 1SPQA 1XC4A 2DJLA 5CZTA 3UWUA 3NQGA 3AO0A 1Z44A 4BK9A 3ZR4A 2X2GA 1XDLA 2BTMA 3GYEA 4TX9A 1FDZA 4NZFA 3KX6A 2Y88A 2R14A 3W1TA 4MZYA 3NPVA 3BG9A 3NR0A 2BZNA 2GUUA 2F84A 3NGJA 3S8HA 1NF0A 2QJIA 4JEQA 5I3KA 1XI3A 3QH2A 2ISVA 5DBUA 4C1KA 2A2IA 3QSRA 2E1DA 2BXVA 4N02A 4O8RA 5D2VA 4IUOA 5AC8A 4O1AA 3KVMA 2E6YA 4GE8A 2GOUA 3OHIA 2VFHA 3F1QA 4N9CA 4UTMA 1EB3A 2QUTA 1JCXA 7TIMA 1WA3A 1ICSA 4H4IA 2QJGA 1YDVA 1RPXA 2FJKA 5BRBA 4NJKA 4WY0A 5HMSA 5FESA 1CX9A 3HG2A 5AHLA 5DY3A 5I3IA 4M19A 3TR2A 1UJPA 1Q3NA 1JCJA 3PS7A 1EWEA 3CPRA 4LRTA 3G1AA 4ORIA 1OF6A 1ICQA 3W1XA 1QPNA 2UV8G 4RR4A 3TNOA 2H90A 4UTIA 4ONVA 3FLUA 4NT0A 3MBFA 4EVZA 3G0SA 1TMHA 4NJIA 4XTIA 1P4CA 4R53A 3TQVA 3MMTA 4K8HA 3W1MA 3OVRA 2NWRA 3TXVA 3A5VA 1OVDA 2G96A 1EX5A 1K8ZA 3ABRA 3VFLA 3NO5A 1FXPA 5E1QA 2CW6A 3B4UA 3LV5A 4UTJA 3L5MA 4DF0A 3W73A 4KFPA 1KTNA 3I7RA 1ME8A 3N14A 3M41A 1S3HA 1W54A 2QKFA 2CFFA 3RMJA 3ATZA 1IXNA 3HG5A 4RCXA 3S42A 3EX6A 3GDMA 1I2OA 3LCWA 3NA8A 2HS6A 3EWXA 2Q8ZA 2OCZA 1F6PA 4NNBA 1LOQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DYO A;  3CZL A;  3K4D A;  4CCC A;  1O5X A;  4FZI A;  3P60 A;  3WMB A;  1GKR A;  2WHJ A;  3CAK A;  5DXX A;  1JYX A;  3QRH A;  4ICN A;  4QDP A;  5D33 A;  3LBO A;  2DSU A;  4H41 A;  1NAL 1;  2DIJ A;  2XH4 A;  1YHT A;  1B5T A;  2XSB A;  2WKG A;  4MWA E;  3O7U A;  1JQX A;  7REQ B;  3SCQ A;  1JPH A;  1P6C A;  2GLK A;  3IJI A;  3W81 A;  5FEW A;  1FWF C;  5K2Z A;  1HP5 A;  2FYM A;  4BI5 A;  3AU2 A;  4UNI A;  2AMG A;  2EJ1 A;  1V3K A;  1GTH A;  2CIP A;  4G7E B;  3DI0 A;  1PIG A;  4RPP A;  2POD A;  3A3H A;  4AF0 B;  4URI A;  2DY3 A;  5PTD A;  3ALF A;  4YHE A;  4HJF A;  2R1K A;  2PD9 A;  3W87 A;  4WY0 F;  1HGW A;  1YNY A;  3AHY A;  3BAX A;  1KCK A;  2RFG A;  3WUE A;  4ROQ A;  3T6C A;  2REQ B;  1X6N A;  1G7U A;  2OYM A;  2WHM A;  2FPV A;  4JTF A;  1V4Y A;  3UG4 A;  3AIW A;  4MVA A;  2J7F A;  4FO4 A;  5FJT A;  1E15 A;  4NQ1 A;  2XVK A;  1FXQ A;  1WDR A;  4Q8O A;  2ON3 A;  3V1P A;  3M0V A;  2WMF A;  4OU1 A;  4E3V A;  3E96 A;  4Q8W A;  4KWV A;  3KLL A;  5AYY A;  3OB8 A;  5BYW A;  1XYC A;  4H9U A;  1T99 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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