2VOMA

Structural basis of human triosephosphate isomerase deficiency. mutation e104d and correlation to solvent perturbation.
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
RKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGDSDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title Structural Basis of Human Triosephosphate Isomerase Deficiency: Mutation E104D is Related to Alterations of a Conserved Water Network at the Dimer Interface.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2008-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2vomA00
4P61A 5TQLA 3B0PA 4LS2A 1P0NA 2DZWA 1F74A 1S5TA 5BOOA 5K4ZA 1FXPA 1FY6A 3PC0A 3UNDA 4ZVJA 5EBUA 4Z1AA 3CIWA 4FNUA 4JYDA 2OT0A 3VNDA 3TSBA 3I7SA 2QCCA 3CIXA 3H55A 1TV7A 1IIGA 1Q6LA 1VYSX 1J2WA 4S2CA 3VCRA 4ALDA 1W3IA 4RJEA 4ZQMA 3S8HA 1F7BA 1OABA 1ME9A 3NQCA 4K6AA 3BG9A 2DJXA 5DCEA 3W3OA 3NYZA 4OBTA 1K3UA 1NVMA 1THFD 3L0NA 4O57A 4UR7A 5HQEA 3SGUA 3EEGA 3WK0A 3HPZA 1L6YA 3NL3A 3TSMA 1BWLA 5HMSA 4A3UA 3WJZA 1TPFA 1H7PA 4BK9A 3DI0A 4O1DA 3MW7A 4OV4A 1TRIA 4O18A 3L0GA 2VFEA 2YSWA 1W5PA 2E6AA 3U2OA 1X6UA 3DKLA 4NJKA 5H2ZA 3BLIA 3NQGA 1ZFJA 4IPJA 1W56A 2FPVA 2W0UA 3IVTA 4WZHA 3O6DA 1TCDA 4FX8A 4BI6A 3IGXA 4A2RA 1G7VA 2J27A 2ZRUA 3R5EA 4OHQA 3TQ0A 4MVAA 1R46A 3UXDA 2G96A 4UTLA 2EKCA 3RFAA 1ICSA 2VEPA 2CZ5A 3S1XA 4HNUA 5K7JA 1AL7A 1GTEA 5AYXA 5I3IA 1GJPA 3E49A 4QNEA 3WJYA 1FCQA 1WOAA 4LY8A 2GVJA 4N9CA 3IVSA 2ZRWA 3CT7A 3C2OA 4FXSA 3O16A 3P61A 4Y96A 3UWUA 3SIZA 2EPHA 3QSRA 4IGHA 2WO5A 2CZEA 3C56A 4IMGA 3A22A 1PCWA 3NNTA 4TR9A 3W7RA 5DN1A 3GLCA 2O7QA 3T55A 1GVOA 1IGSA 5D38A 4AB4A 3EX4A 1H7NA 1H7RA 3TV8A 4PEKA 4GXMA 2NXIA 1AL8A 4S1FA 1FX6A 3S1UA 3GZ3A 2V2CA 3W7JA 1GVSA 1I2OA 1JRBA 5K3VA 3B04A 1IIHA 3L0KA 1NF7A 3W7LA 3M6YA 2QJGA 2Y70A 1SW0A 3MYPA 3HGRA 5E0KA 2ZTJA 3LRMA 3HF3A 4CCEA 4FX6M 4MZYA 4ONVA 2GQAA 1F5ZA 1BTMA 2H3BA 4PTNA 5CZJA 3B05A 3B8DA 3W1AA 5AOUA 4UFLA 3W85A 3TW6A 1YXYA 5KTLA 1T0OA 1S3HA 4UTTC 1W5OA 3MP3A 3KVMA 3QSTA 5D33A 3NGJA 5GVJA 3LHYA 3NVTA 4IMEA 1A5AA 1N8FA 4GC4A 4UMCA 3M9YA 4IMFA 3W2MA 1X8FA 1TPH1 3DFOA 1KFCA 3N73A 4LC8A 3NL6A 1VLWA 3NQ7A 4RXFA 3W84A 4DO6A 1ZENA 4XZ9A 4H3DA 4DELA 3PG8A 3KX6A 3SR7A 3LCHA 1H7OA 4MUZA 3W71A 3A5VA 1TJPA 3G24A 3LV6A 3M7WA 4IX0A 2DZUA 2B7PA 1F2JA 1KBJA 3IIVA 4O13A 5E93A 3NQ2A 3B03A 2R91A 3B06A 3DFPA 3O06A 4RZ4A 1YTKA 3MMTA 4ZMGA 3IGUA 3S5ZA 4IOTA 1GTHA 2QDHA 4RKAA 4UFHA 2NXGA 3PSVA 1H1YA 2ZA3A 3N2XA 3S1WA 4UXDA 1QPQA 3OA3A 4XBKA 2Y61A 3O6YX 1N55A 2FB2A 1KFEA 3LTPA 1Q6OA 4JTUA 3NXFA 2Q3RA 1A5CA 2VEMA 2NX9A 4NJGA 4FXRA 2GOUA 3NQDA 3W1MA 4O0KA 4PFMA 4K39A 1F6KA 2QCEA 4DPQA 2DORA 1SW7A 1W37A 3L9CA 4FX7A 4UMAA 1V5XA 5C54A 2A7RA 3VE7A 1H62A 4UNLA 5AHLA 1E51A 1K7EA 4GUIA 3BK0A 2GPTA 2OT1A 3C4UA 3ABSA 1XBXA 5KITA 4AHOA 1OVDA 3BW4A 2Y62A 3TFXA 4ZQOA 1KM3A 3ZR4A 3USBA 3PVFA 1IF2A 2YFOA 1XC4A 4Q4KA 3L68A 3G8RA 5CZTA 4N9EA 3C2RA 3NQEA 3BG5A 2GUUA 1JVNA 1TV5A 3WJSA 2PRHA 1GOXA 2X30A 2AGKA 3R13A 1JCYA 2CLMA 1X1ZA 2VFFA 5DLCA 1SR9A 4Q32A 4MZ1A 3W70A 3GR8A 3W23A 3NOEA 1H1ZA 5IBXA 1KM0A 5HWNA 5I3FA 4O4WA 1MSSA 1JRCA 1N7KA 3DKJA 1LRTA 4RR4A 3JR2A 5DELA 4Z1BA 1AG1O 3UY7A 1VCGA 2JKAA 1WX0A 1HUVA 4LC6A 1VC4A 3NPWA 3W6YA 3MO7A 4XUGA 1EEPA 1EWEA 1TB3A 2HMCA 1QPNA 2BZNA 3W1RA 2BWGA 2HSAA 4JX4A 4LTSA 3W9ZA 3PB2A 3W22A 1AW5A 4NX5A 3TROA 2QCMA 1VS1A 3SSJA 2A21A 1OFDA 4IUOA 3RLVA 2Y7GA 3SZ8A 3O1NA 1YADA 3TC6A 2ZFAA 4DO4A 3MBDA 1TTPA 3JS3A 2Z1BA 2NWSA 1CI1A 3LI1A 4R33A 2Q3OA 5KINA 4JR5A 2V82A 4GBUA 3GXTA 3MI2A 2PRMA 3YPIA 4HIBA 3QPZA 4OWGA 3W1LA 1EUNA 1M7PA 1KFJA 3AJXA 3DGRA 2Z0IA 5U4NA 3QW3A 3RNDA 3LTSA 2E1DA 3L67A 1XFBA 1Z42A 3EX6A 3NQ8A 2Y7FA 4MOZA 3W7HA 1GPWA 1XKYA 3QQ1A 3G1XA 5DBTA 2C0AA 4NQ1A 3I7QA 1B3OA 3BW3A 5BW6A 1KTBA 1TMHA 2FQIA 3LHZA 2QAPA 1TV8A 3KAOA 1L9WA 4HNTA 2CLLA 1LTDA 5EPDA 2C14A 3TIMA 4QITA 1L6WA 1I45A 4I7WA 1FCUA 3KRSA 3CU2A 3G0SA 4DO5A 1WDWA 3GDTA 1R2TA 4N4PA 1F76A 3W1PA 1ZALA 1XDLA 3FEMA 4LUIA 5BNKA 3UWVA 2BXVA 5DXXA 4NU7A 2ZA1A 2RDUA 1FCVA 1RPXA 1DQXA 3EWZA 2BSLA 1NF0A 1QPRA 4MY1A 4UFKA 3DENA 1XDMA 1JCMP 4BWLC 4FB7A 4CNNA 5LNVA 1DQWA 1C8VA 1GYNA 4JS3A 3TCEA 5HJLA 5DY2A 5LNSA 3VFLA 5H91A 3INPA 1WV2A 1AK5A 1DJQA 3MI3A 1H7XA 2E77A 4GE8A 4QM1A 3NL5A 4R7JA 3HOJA 1PV8A 4N4QA 4O28A 2WSRA 1HO1A 1Q6RA 2X16A 1D9EA 1T99A 2ATMA 3BG3A 4NVTA 3ATYA 2E6DA 3SGZA 1I2RA 3KRZA 4N02A 1G4EA 3BV4A 1DHPA 3QM3A 1K7XA 4UTUA 1MEIA 3C2VA 4HSOA 4OV9A 3W1QA 3LCGA 1T96A 5EL1A 2WSQA 4JN6A 3UYCA 1TJRA 2YW4A 4JTLA 3EWXA 4UIOA 4N6EA 3ZWSA 4DF0A 3GNDA 1IXQA 1TPEA 1JCNA 3PBUA 1LLZA 1XL9A 2A4AA 5G4EA 1VGAA 1V7YA 3EB2A 1L2UA 4P2VA 4O1CA 1LBLA 1OX4A 1SZEA 2ABAA 4U28A 3G0UA 3I7RA 4YWIA 5LZLA 1YPIA 5F2LA 3QJAA 4C1KA 1SO6A 4AVFA 3IIXA 1EB3A 1QO5A 3STFA 1WYIA 1Z48A 2B4GA 3TH6A 1TPB1 1W8SA 3NEVA 1QAPA 2QJIA 1OF8A 3UY8A 3G1HA 3B0UX 3GX9A 2WJZA 4FO4A 2YYTA 1JCXA 4O17A 5CZ0A 3KVKA 2CLEA 4LT9A 3LX9A 4K8EA 2E6FA 4NUWA 1EWDA 2QUTA 2ZZ4A 3O07A 3M44A 2ISWA 4PCFA 2CU0A 3CWNA 3W7KA 1DV7A 4KFNA 3BO9A 4AWTA 5FF4A 5I3KA 1R2SA 1K8ZA 1B57A 2XN2A 3EXSA 3DFSA 4O1BA 1M7OA 3LV5A 5AHNA 3NDOA 4QSHA 2V5BA 1FDZA 2CWNA 3QRHA 3C2FA 1HFBA 4NT0A 1A5SA 5LSMA 4UTTA 1R2RA 1T8XA 4O16A 4K8HA 3LCXA 3P5YA 1H51A 2FPYA 1G4PA 4JY9A 1X1OA 3GIYA 2G5WA 3G1VA 4MFEA 2Y63A 4H4IA 2A5HA 1QCWA 2HS8A 1VR6A 4I7VA 5CPNA 2ZRZA 2J24A 3TSDA 2J9ZA 4UFJA 1X7FA 4DPPA 5J5DA 1TRDA 3EX1A 4DXVA 5EMUA 1FCBA 3LXCA 4JTTA 4R34A 2VOMA 3C6CA 4FF7A 2C15A 3MI6A 2NXHA 1QPOA 4GNJA 2ISVA 2WOQA 1R30A 1VHCA 1GQNA 2WNNA 1B4KA 1GT8A 2DU2A 3LB0A 1OFPA 3NG3A 4JTJA 3BGJA 3FOKA 2X1UA 1TPUA 1YPFA 5D2YA 4FNPA 3TK7A 5AC7A 3S1VA 1RD5A 3S42A 3TXVA 3FKRA 3A21A 5DBUA 1LM1A 4OU1A 1RZMA 3LTYA 3M0ZA 4UTHA 2DZSA 4EOUA 1A5BA 1RQEA 1ADOA 4JTIA 1H50A 2V2DA 1G6CA 4CQ9A 3LDVA 1W3TA 3LHVA 4O8RA 3F4NA 3STEA 1OFQA 4FIQA 2TRSA 3M5YA 2QCFA 5HR7A 3TU9A 2ZZ2A 1WAUA 2OJPA 5FESA 3KFTA 1P1XA 3O8AA 3P7YA 4E2DA 2W79A 4K37A 3O6CA 1EIXA 1H61A 3UPBA 1C9DA 1RQBA 3HPXA 1KBIA 3LXAA 4EF8A 3CTLA 4LS1A 3TNOA 3GKFA 2GVLA 3QC3A 3QEZA 1ME8A 5EA9A 3T7VA 3W2UA 1JULA 2Y7EA 3VE9A 3WJWA 5TBOA 5F4WA 3OIXA 4LWWA 3W1TA 3ABRA 4AMAA 2H6RA 1OX4B 2WNQA 3FYPA 3DFNA 1FUYA 5F4SA 1UUOA 2CLHA 3IV3A 2NX3A 5HINA 5LNRA 1K02A 3W7NA 4BF9A 4IMCA 4Y6GA 3O63A 3QQ0A 1VHNA 1XUZA 3E02A 2C3ZA 5BMXA 3P60A 3DH7A 5CGQA 1A53A 3NPVA 4O11A 2QJHA 4RZ6A 4JTHA 4CNPA 5I3GA 4FNTA 2Q8LA 4TO8A 3FYOA 1W5QA 4ORMA 2YX0A 1VYRA 4LV4A 4ZQPA 1TTQA 2FDSA 2CLOA 3W75A 2JKPA 3W7PA 1H63A 5G4WA 1UJPA 3HG5A 3D0CA 3P82A 4KKXA 3HGJA 2RH9A 1JQXA 5G1YA 3CWOX 1FWNA 2E09A 4Y90A 3CEUA 1JUEA 3HB9A 2JKEA 3GNNA 1ZJIA 1F73A 3CPRA 2FTPA 3LXBA 3PM6A 1JUKA 5KSWA 3W2NA 2BTMA 2QR6A 1EPXA 1ICQA 2QF7A 4DF1A 5DCBA 4DQWA 1FWTA 1YDNA 1XBZA 2XFWA 4Y8FA 5AHMA 4WUIA 3QYQA 1W3NA 5I3HA 3P67A 4WJEA 3W72A 4J9JA 1LP6A 2DP3A 2BX7A 4JTEA 4CCCA 3GYEA 1LYXA 3GXPA 5G2HA 1H60A 3LERA 2OCZA 2YPIA 3LBCA 3LI0A 2FJKA 2A85A 2Y88A 1LOQA 4I9AA 3F03K 3TJXA 3TUUA 1OFOA 2V0TA 2ZDRA 3W74A 1K7FA 2CLFA 3LHTA 4DBDA 4LNYA 3GAYA 2R94A 5AN7A 4O12A 3NAVA 3RU6A 1CW2A 5D09A 2ABBA 4OGZA 4M6QA 2G97A 4XKYA 1ZY9A 3LCLA 1TPVA 3M5VA 4B5NA 3BW2A 1W5NA 3G8EA 3TW7A 1SPQA 1MEHA 4MY8A 3MBFA 3GK0A 2C6QA 1XI3A 1FXQA 3LGEA 4GUJA 5D04C 4JDYA 3WJXA 5F1UA 2YW3A 4XQ6A 3UPWA 5J5RA 1I4NA 2G95A 1P0KA 4GUFA 2NX1A 4NZJA 5G2IA 1Y0EA 1K03A 4BWLA 5KZDA 3TAOA 4MJZA 3NPUA 3TQKA 4AHPA 4HNVA 4K7VA 2A0NA 4WY0F 3NZ1A 1O94A 4KWWA 1PE1A 1ME7A 3TAKA 1WBJA 1I2PA 1SU5A 2J6XA 5FF7A 3E0IA 2OX1A 5D05A 4Q33A 2X2GA 2C16A 1O5KA 5D03A 3PWAA 3ZWTA 3FLUA 1UB3A 1MXSA 5HNRA 4HHPA 3W2JA 3BGGA 4BR1A 4LUJA 4JX6A 4JYFA 5AHFA 1LBMA 6ALDA 4M5PA 2F84A 4NX0A 4LVGA 2ZZ7A 3A9IA 4MJMA 4A22A 1CX9A 4WOZA 2PRLA 2O7SA 4UC5A 1OYBA 2QEZA 3NQMA 2X1RA 1ICPA 3ABQA 4JTSA 7TIMA 3W86A 1ONRA 1QOQA 2Y7DA 3QMTA 2YDAA 3PB0A 1OFBA 5FEPA 2H90A 3PUEA 1JCJA 4UCGA 4EVZA 4RLIA 1TPWA 4EF9A 2QCLA 2I9EA 2ALDA 2C13A 2EAWA 3OVRA 4X2RA 1XBYA 1BWKA 1LDCA 1O60A 3CLMA 3PBYA 2NUWA 5F1VA 3HPSA 2ZZ1A 3NM3A 2ZYFA 3EKLA 1K8YA 1LCOA 2YCEA 3QFEA 4ICNA 2Z6IA 5FI8A 4JTGA 3H54A 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 1W54 A;  1I2N A;  1DJN A;  3M1Z A;  2RFG A;  4WX2 A;  1SUX A;  1PII A;  3M16 A;  3TX9 A;  1EA0 A;  3N2M A;  4GJ1 A;  2TYS A;  3GXN A;  2V30 A;  1KFB A;  3N34 A;  4JY8 A;  1TQX A;  3WK2 A;  3W73 A;  1KW1 A;  3W88 A;  3THA A;  3WK1 A;  3HQ1 A;  4E38 A;  3GAK A;  2FLI A;  3QF0 A;  4AWS A;  1SSD A;  2XN1 A;  3W7M A;  4QJ1 A;  3PF3 A;  3MJY A;  4XWU A;  4Z1D A;  2QKF A;  3DBP A;  1WBH A;  2QCG A;  5HR6 A;  1FQ0 A;  3FJL A;  5CPL A;  3VKJ A;  3OBK A;  3L5L A;  3TJL A;  3Q37 A;  1JJK A;  3WK3 A;  3T44 A;  3CM4 A;  3L66 A;  2GJN A;  3OEX A;  4M7S A;  2PCQ A;  3DXI A;  3GDM A;  1OYA A;  3NZR A;  5ABT A;  3E96 A;  3H53 A;  3CB8 A;  3G1F A;  4O1A A;  5LNW A;  1XBV A;  3HGS A;  4RZ5 A;  4GUG A;  4QIS A;  1TSI A;  3U8G A;  3P74 A;  1DOR A;  3BLF A;  4IMD A;  5D2T A;  4O50 A;  2LLE A;  1GVQ A;  3LCI A;  2B7O A;  4N9B A;  1TPC 1;  3IRD A;  2X1T A;  1FWW A;  3MWA A;  3KVL A;  3MHG A;  4UFM A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1UWQ A;  3K1G A;  3IAC A;  3APY A;  3PC0 A;  2UY5 A;  1MZR A;  4JYD A;  3LK6 A;  2RDX A;  3H4X A;  3TSB A;  2J79 A;  3CIX A;  3H55 A;  1XID A;  1Q6L A;  3U5Y A;  4S2C A;  2BY1 A;  4IQE A;  4ZQM A;  3S8H A;  5DML A;  1ME9 A;  5DCE A;  4AZ6 A;  4PCP A;  3KL0 A;  2VDH A;  1PPI A;  4LYP A;  3WQ5 A;  2Z2B A;  1V6Y A;  1K9D A;  5HQE A;  1GOK A;  3EEG A;  2D20 A;  3HPZ A;  1L6Y A;  4RNH A;  3TSM A;  1BWL A;  1E4I A;  1I75 A;  4G6C A;  3AHX A;  3DI0 A;  4O1D A;  4DZA A;  3IJQ A;  1GQJ A;  4C7D A;  1LQ0 A;  1A3X A;  2OO6 A;  4W84 A;  4JCL A;  2WMI A;  2E6A A;  3DKL A;  4NJK A;  4MWA B;  3BLI A;  3GTX A;  3UR5 A;  4ATD A;  2E9L A;  2BOD X;  1V6T A;  2FPV A;  4EXA A;  4L5Z A;  2J27 A;  2ZRU A;  4QGC A;  2OWC A;  4XVE A;  2HJP A;  3UXD A;  2G96 A;  2VTF A;  1XPY A;  1TZ7 A;  4PB4 A;  2XWD A;  1AL7 A;  3MV0 1;  1M1B A;  3MVT A;  2PD5 A;  3IAP A;  4QNE A;  5ECV A;  1WOA A;  1GOW A;  2VC7 A;  3CT7 A;  3VGD A;  1L0P A;  4H6Q A;  1CBG A;  3UWU A;  3HV8 A;  4IGH A;  4J5N A;  2GDU A;  4IMG A;  4D1J A;  3W7R A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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