2VRJA

Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with n-octyl-5- deoxy-6-oxa-n-(thio)carbamoylcalystegine
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
443
structure length
438
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEKIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
publication title Molecular Basis for Beta-Glucosidase Inhibition by Ring-Modified Calystegine Analogues.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 178
structure length 438
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2008-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2vrjA00
2BVDA 4J3WA 3L4XA 1WDQA 3FHAA 4EAMA 3WF4A 1OT1A 1KXHA 1U30A 2WHJA 3AIUA 5BCAA 4FK9A 1PJ9A 2Y4SA 3BAWA 3AIEA 1KCLA 1OCQA 4OBRA 5D8ZA 3ZIZA 2D0HA 1TFVA 1QOXA 1HP5A 4HOWA 5LA0A 3VDAA 2CITA 1NARA 3T0AA 1S46A 4K68A 2ZWYA 3D5HA 4PMZA 5JBDA 5CSYA 4HOZA 2WBKA 1UR2A 3PZMA 1DP0A 4P7LA 1A3HA 3WNPA 4D6DA 2EPMX 1GHRA 1PIGA 1JNDA 2CCRA 2WMHA 4PYSA 1HJXA 1DWIM 2Y8VA 2XFFA 1MFUA 2DT3A 3CUIA 5HBFA 1G9HA 3EDKA 4IISA 1V0LA 4DWSA 4JAWA 3SCNA 1B3VA 1V3IA 1FA2A 5FKYA 1M01A 1NM9A 3W81A 5JUVA 3LPOA 2WMIA 1BG4A 4BZYA 3WEMA 1VEPA 1R87A 2GK1A 2BVYA 4XZWA 2E8YA 5IHRA 4ZXLA 2CBIA 4JHZA 2YDQA 3GXFA 4C7GA 3A3HA 5A6BA 2WCSA 1GQLA 1CENA 1GUVA 2ZXBA 3AXXA 4MAZA 1V0MA 2WCAA 2EBNA 3W24A 2GJRA 1HVQA 3MUY1 2VZVA 2YOCA 3N12A 5I79A 4AD2A 4GIAA 1EDGA 1CEOA 3VIMA 3BAXA 2WKGA 1E73M 1OBAA 5D9OA 2A3CA 3PZIA 3CZLA 2WMKA 4NI3A 2VQUA 3OZOA 3AS1A 3WMSA 1BFNA 3AIVA 2V3FA 5LA2A 4EKJA 2WSKA 1B3ZA 4D6IA 3VM5A 1NQ6A 3CMGA 1ODUA 4CD5A 3CUHA 3MMWA 1W9PA 4CN4A 3VIGA 4J28A 1WP6A 4JL2A 2VZSA 3VTRA 1Q4NX 5A95A 3CGTA 2J8FA 2CIPA 3MMUA 1TVPA 1EHNA 2A3HA 1K6AA 2ZUVA 5CGMA 3WDPP 2VX7A 3SUVA 5A6LA 1LL7A 1XHGA 1HXJA 2DH2A 3T2OA 4A3YA 4GZJA 4J3UA 3BCDA 5E9AA 2XFRA 4CVUA 3BLKA 2G3JA 3WUEA 4DWSC 1XSKA 3FAXA 1JZ5A 1VIWA 1E6SM 5A6MA 4PMNA 1GQIA 1LQ0A 2WZHA 3WFLA 1GPFA 3WMBA 2PB1A 4QLJA 1JZ3A 1BHGA 1JXJA 3B8SA 5ECUA 1G5AA 1K9DA 1C93A 4TVUA 3BAIA 3M46A 1UWRA 3MUIA 1ISYA 4W8BA 3ZJKA 4RL3A 1IV8A 1UWQA 1Q6DA 3SURA 1W9DM 4QLKA 2EPLX 5IXEA 2JEPA 2E40A 2XVKA 2BHZA 4BS0A 1EXPA 1LL4A 1JDAA 1XCXA 4AXNA 4OIFA 2EXOA 4TOQA 1UH4A 1H49A 1ZBCA 4CUCA 4PMYA 2WC4A 1ZU8A 1BLIA 1JXKA 4CGTA 5HDRA 3KWXA 2WWCA 1M7XA 4JCLA 4HZ6A 1KR0A 2BY3A 2XWDA 3FN9A 3AQUA 2WYSA 4IM4A 3L4WA 1KBKA 2XHYA 3VD7A 4AD4A 5AYIA 4HU8A 1E5NA 4FLSA 2VQTA 1KQZA 3QHOA 1OT2A 3ARRA 2FHBA 3WDIA 2GJXB 3CUGA 3WUBA 2G8ZA 3AIWA 3JUGA 1HL8A 3A4XA 1QI5A 2J62A 4B3LA 5M17A 4ACZB 3UCQA 1EOKA 2J7HA 1JYXA 4CN6A 3AHZA 3ARUA 4C7DA 4PUEA 4MPKA 4D71A 2VR5A 1C3FA 1U2YA 1UKOA 1CXIA 2F2HA 3GTNA 4PMXA 1CDGA 4UR9A 4AD0A 2WSPA 4UFMA 2OYMA 3AMKA 2YDSA 3POCA 2RGLA 3ARPA 5AYBA 1MXDA 2CKSA 1LWJA 2FH8A 4NRRA 5A8QA 3VGHA 1JDCA 2J74A 1VJSA 1US2A 5DMYA 1JAEA 3APGA 1R8LA 2YL6A 4QCEA 1ZB5A 2WVSA 1QW9A 1C7SA 4X0NA 1SMAA 1UHVA 1EA9C 3RCNA 1AQMA 4JFTA 5A8NA 3TTQA 5A8OA 4UQEA 1V6UA 3K1DA 3W0KA 2ZOXA 4RE4A 2VL4A 4AMCA 3O2LA 2Z1KA 3ZSTA 4PRWA 2ZXQA 5E09A 4DWSB 1UWTA 2Y5EA 2WLYA 4NRSA 4GI6A 2C8NA 3W82A 3K8KA 1UH2A 1E6XM 2WMIB 5HNNA 3WNMA 1HKKA 3SCOA 3THCA 5AC5A 1TVNA 1V08A 1XRVA 2GK1B 1J18A 1E6QM 1MWOA 1GVIA 1YQ2A 3VGFA 5EFFA 4D1JA 1UKSA 1CPUA 3ZM8A 3ARWA 3SCUA 1HKJA 2J25A 5GNXA 1PX4A 3WENA 1JZ4A 1FH8A 5CQ1A 1FHLA 4P7QA 4AYSA 1W9UA 1SMDA 1L0PA 2DSZA 1FHDA 4ZE4A 1WKYA 2XM1A 1G1YA 2O9OA 2G3NA 5LA1A 1IT0A 1GQJA 3VILA 3GM8A 3K8LA 4OZOA 3LMYA 3TOPA 1RPKA 4AZBA 4AY1A 3QGVA 4H7VA 2IUZA 3WQVA 1JG9A 2WVVA 4BQ3A 1CGXA 1XH2A 3W27A 2X09A 3VD9A 1TCMA 5CG0A 1CGWA 1UR0A 4NF7A 2VT0A 4PCTA 3VDHA 2W92A 1H0GA 4U3CA 3OLEA 4JHOA 5DO8A 4V27A 4X0VA 4MJ4A 4J27A 4WKAA 4KH2A 2AMGA 3EDDA 1VBRA 1E6RA 5DT7A 1HNYA 1KGUA 2E0PA 4WKFA 3GNOA 1UKTA 3VINA 5HOSA 2J47A 4PMRA 1LG2A 1MW2A 1MQPA 3ALFA 3GH5A 1X6NA 2J7EA 2UY4A 1GOMA 3OLIA 1BVNP 1GJWA 1UR1A 4B3KA 2W5FA 4FF5A 2G41A 1J0IA 4MB3A 1QI3A 4Z2KA 3RILA 4UFLA 1CGVA 1J0HA 2GFTA 4U5IA 2GUYA 3WSUA 1V0KA 1PX8A 4J3SA 3OGSA 1K9EA 1XSJA 3GXDA 1QHPA 1K9FA 3SCTA 4J3XA 4YPJA 1CLVA 4UCFA 3T2QA 2OYLA 4N42A 8A3HA 1O6IA 2E3ZA 3BAJA 2WLZA 3B9AA 3AZTA 1CNVA 4JFVA 2PI6A 4GO8A 2EPNA 3QR3A 3ZT5A 3RM9A 4GPNA 1NWTA 1TMQA 2VVNA 3BLPX 1E6NA 1KGWA 1EH9A 4AZGA 3DC0A 4W8LA 1WDSA 2WNWA 4HA3A 4TVCA 1WAWA 1WDRA 5D9MA 4UFHA 1FOBA 3U5UA 2YIHA 3J7HA 2VVSA 3CH9A 4AD3A 3ARVA 3PZNA 4KMQA 5CJ5A 2UY5A 2CERA 4PN2A 4W7UA 3RJYA 2W62A 3ZJ6A 3SCPA 2G3IA 1KFWA 1WZLA 1HJVA 1AQHA 2YKKA 4MTVA 1VF8A 4LX4A 1FH7A 3WQWA 3T0DA 3WQ5A 1UR8A 3PBGA 4TX8A 4MJ2A 4CD8A 4H8HA 3WEZA 4PSPA 1KBBA 1UR9A 3DYMA 5HPCA 2Z1SA 2PC8A 1AQ0A 3PZTA 1UA7A 1ZBKA 2JALA 3CLWA 3OBAA 2O9RA 3G6MA 2BY2A 3FY1A 1M53A 1J0JA 5GNYA 4OUEA 1UD5A 2DSUA 4CKQA 1JFHA 2FH6A 1E15A 1NP0A 1O7AA 1UR4A 3NYDA 4JCMA 4H04A 5AY7A 1J11A 2XTKA 4AEEA 3U5YA 2V38A 1JD7A 2BNJA 4M1RA 1E56A 2WMJA 3VGDA 5M3WA 4W89A 1OGBA 5FIPA 3UG5A 1QNSA 3QOMA 1VRXA 3VDCA 2WHLA 3K46A 2V5CA 3O6AA 4U2ZA 1HP4A 3W29A 4TVDA 3GBEA 2J8GA 4M82A 1D2KA 1H2JA 5I23A 1G0CA 4E8CA 1YHTA 1LF1A 3PZ9A 4UOQA 2EPKX 1V6VA 1BGAA 1TE1A 3VD3A 3ZQ9A 4PMQA 4AW7A 4HA1A 3BH4A 5EB8A 2DEPA 1G94A 2XVNA 2YJQA 2X0HA 4HU0A 4TTUA 5HPOA 2ZX5A 2WVTA 4J3VA 5IFPA 4UOJA 2OSXA 1R85A 2VO5A 4E8DA 1HJUA 2JFEX 3K4DA 1CIUA 1W1TA 3NUKA 5D8WA 2UY3A 1JNEA 3AHVA 2VCAA 4D72A 1UD6A 3LPFA 2J7DA 1W3JA 2V3EA 4P8VA 1HJQA 3UR8A 5FL1A 3VKKA 1QBAA 5F7UA 2WWDA 1BYCA 1XD0A 1MQRA 3AICA 3WDJA 3L2LA 5A2BA 3SCRA 3L4TA 1JI2A 1GW1A 3AMGA 3AS3A 2AAAA 2CPUA 2QLYA 2TAAA 1DWHM 3KEHA 1XH1A 4NZCA 5E70A 2ZUNA 3OGVA 3AYSA 1FFRA 3CUFA 3MSDA 3PZQA 5A6SA 3OZPA 2V3GA 2DSWA 3IJ7A 3N1AA 1E71M 4WJXA 4ZE5A 4FLRA 1EQCA 3ARZA 3DECA 3NJ3A 1VJZA 4QLLA 3A4AA 3TA9A 3AIQA 1RH9A 4B9ZA 3VIOA 2PWFA 4DM2A 3KL5A 2OSYA 1LL6A 1H4PA 1I1WA 2PWEA 4MNLA 1HVXA 1NOFA 3MS8A 1VFFA 3FHQA 2CHNA 1B3YA 3B9EA 5GNZA 3AFBA 1MFVA 4PEEA 2FHFA 4GO9A 4WF7A 4LYRA 4XB3A 2J7GA 1XSIA 2VTFA 2D3LA 3EMZA 1GCYA 3RM8A 1W1YA 2F61A 4PTVA 5DFAA 3ZO9A 4GZEA 9CGTA 3BCFA 2B31A 2EEXA 3AJ7A 3T2PA 5M5DA 2W63A 3RDKA 4GINA 1ZBVA 1UZ1A 2QPUA 1ODZA 4Z2GA 3PZGA 1JZ2A 1V0NA 3VNYA 1TUXA 4V2XA 4AD1A 3N04A 5CPTA 4CU8A 5I0DA 1UQYA 2OSWA 5A8PA 2ZUMA 1W3HA 4UZSA 4ACYA 2EQDA 1SFSA 1CTNA 1ITXA 3WUGA 5A94A 1GQKA 2Y2WA 4PTXA 3IAQA 1V3MA 2E9BA 3BMWA 4UQ9A 2NSXA 3WIJA 5DEZA 3MO4A 1OIFA 4ATDA 4MB1A 1TZ7A 1JYNA 1ZJBA 3RMEA 1D7FA 1E3XA 5I6SA 2WZIA 1BGGA 3TTYA 3K4AA 4AEFA 1ISVA 1ISWA 2JEQA 1H1NA 4GI9A 3UR7A 4AIOA 1LLOA 1ESWA 3VMPA 4DWSD 6CGTA 4CCCA 3CZKA 2XFYA 1XYFA 2YBUA 1J01A 3ZSSA 2FGLA 1UWSA 3VD5A 1AMYA 2OYKA 4M80A 5A6KA 1C92A 2CBJA 3B9DA 4GKLA 1TA3A 2D22A 3IK2A 4AZHA 3W53A 3WEOA 1HL9A 1C7TA 1W3KA 2FDMA 3ARYA 3ZMRA 2WM0A 5A6BD 1B90A 2VI0A 1Q6CA 1JZ7A 3BXWA 2J79A 3G6LA 1BQCA 1W9XA 4A4AA 2QMKA 3GXMA 4TXEA 1WPCA 3W25A 2BY1A 3BAYA 3VDBA 4H8VA 1QNPA 1UOKA 2A3BA 4PCSA 2J4GA 1PX3A 4H2CA 2D1ZA 4ML4A 1ITCA 1UQZA 2CEQA 5IHSA 2C0HA 4DUXA 2VX6A 1GONA 1B3XA 3GDBA 4OBSA 4B16A 1WE5A 2PWHA 7CGTA 5A6AA 1XC6A 2JF7A 2A3AA 4W7WA 3TTSA 1V3KA 1WZMA 5EFDA 3VGBA 2CKRA 1JDDA 1X6LA 3GZAA 3MANA 4AZ6A 5JBFA 2BY0A 2ZX9A 3L4ZA 1PBGA 3HN3A 1H41A 4URIA 2J78A 4GZIA 2WBGA 3F5LA 3VX1A 2BVTA 5LYRA 4P8XA 1OGGA 2W67A 3ARTA 4P8WA 3GH4A 4Z2JA 4P8UA 2WC7A 1QPKA 2J7CA 4B9YA 5I2UA 3SCSA 1DWJM 1BYAA 1C8QA 4Z2HA 1ZBWA 1HIZA 3UG4A 1JD9A 4DM1A 3TTOA 2PWGA 4W85A 4XZBA 1V02A 2YL8A 1VEMA 1QI4A 1QW8A 1B1YA 4S3KA 4E2OA 2ZX7A 3GXIA 1CXLA 3BMVA 5JBEA 4JL1A 2ZICA 2JIEA 3A6OA 1W32A 1EGZA 4JKKA 1E40A 5A1AA 1MW1A 1PAMA 1QNRA 3PHAA 4QCFA 3ZR6A 3CZGA 1NH6A 5IDIA 2VRJA 2VC9A 1ISXA 4D6JA 3IJ9A 1IZKA 4AWEA 2CBVA 4WLCA 1UWUA 4UFKA 3ARQA 1KB3A 2E9MA 2O92A 1KWKA 3AHXA 4DUVA 4GQQA 1CBGA 1MVYA 5CXPA 3OLDA 2OWWA 4W86A 1QBBA 3ZJ7A 1UD8A 1MW3A 2UY2A 4YN5A 3KL3A 3DHPA 2D23A 2G3MA 7TAAA 4JFWA 5I24A 4U2YA 2OLHA 1OWQA 1E0WA 1KWGA 2J7FA 1UKQA 3RIKA 4ZXOA 5DF0A 3KL0A 5ABHA 5A69A 1JF6A 3CO4A 2GJPA 3L4UA 3T09A 1EQPA 2WK2A 4TX6A 3WH9A 3N18A 5A2CA 3MV11 5CGTA 4KRUA 2XWEA 3I3DA 4W93A 4UQDA 2ZX6A 4DUWA 3AOFA 1WNOA 3QHMA 4HMEA 2DGAA 4MNKA 4HPHA 4EANA 1CYGA 3WD0A 2OWCA 2IXVA 4KGLA 3WH8A 2DQXA 2EO7A 1GNXA 2X8RA 4IUGA 3CUJA 6TAAA 3CIVA 1UH3A 1VB9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BVD A;  4J3W A;  3L4X A;  1WDQ A;  3FHA A;  4EAM A;  3WF4 A;  1OT1 A;  1KXH A;  1U30 A;  2WHJ A;  3AIU A;  5BCA A;  4FK9 A;  1PJ9 A;  2Y4S A;  3BAW A;  3AIE A;  1KCL A;  1OCQ A;  4OBR A;  5D8Z A;  3ZIZ A;  2D0H A;  1TFV A;  1QOX A;  1HP5 A;  4HOW A;  5LA0 A;  3VDA A;  2CIT A;  1NAR A;  3T0A A;  1S46 A;  4K68 A;  2ZWY A;  3D5H A;  4PMZ A;  5JBD A;  5CSY A;  4HOZ A;  2WBK A;  1UR2 A;  3PZM A;  1DP0 A;  4P7L A;  1A3H A;  3WNP A;  4D6D A;  2EPM X;  1GHR A;  1PIG A;  1JND A;  2CCR A;  2WMH A;  4PYS A;  1HJX A;  1DWI M;  2Y8V A;  2XFF A;  1MFU A;  2DT3 A;  3CUI A;  5HBF A;  1G9H A;  3EDK A;  4IIS A;  1V0L A;  4DWS A;  4JAW A;  3SCN A;  1B3V A;  1V3I A;  1FA2 A;  5FKY A;  1M01 A;  1NM9 A;  3W81 A;  5JUV A;  3LPO A;  2WMI A;  1BG4 A;  4BZY A;  3WEM A;  1VEP A;  1R87 A;  2GK1 A;  2BVY A;  4XZW A;  2E8Y A;  5IHR A;  4ZXL A;  2CBI A;  4JHZ A;  2YDQ A;  3GXF A;  4C7G A;  3A3H A;  5A6B A;  2WCS A;  1GQL A;  1CEN A;  1GUV A;  2ZXB A;  3AXX A;  4MAZ A;  1V0M A;  2WCA A;  2EBN A;  3W24 A;  2GJR A;  1HVQ A;  3MUY 1;  2VZV A;  2YOC A;  3N12 A;  5I79 A;  4AD2 A;  4GIA A;  1EDG A;  1CEO A;  3VIM A;  3BAX A;  2WKG A;  1E73 M;  1OBA A;  5D9O A;  2A3C A;  3PZI A;  3CZL A;  2WMK A;  4NI3 A;  2VQU A;  3OZO A;  3AS1 A;  3WMS A;  1BFN A;  3AIV A;  2V3F A;  5LA2 A;  4EKJ A;  2WSK A;  1B3Z A;  4D6I A;  3VM5 A;  1NQ6 A;  3CMG A;  1ODU A;  4CD5 A;  3CUH A;  3MMW A;  1W9P A;  4CN4 A;  3VIG A;  4J28 A;  1WP6 A;  4JL2 A;  2VZS A;  3VTR A;  1Q4N X;  5A95 A;  3CGT A;  2J8F A;  2CIP A;  3MMU A;  1TVP A;  1EHN A;  2A3H A;  1K6A A;  2ZUV A;  5CGM A;  3WDP P;  2VX7 A;  3SUV A;  5A6L A;  1LL7 A;  1XHG A;  1HXJ A;  2DH2 A;  3T2O A;  4A3Y A;  4GZJ A;  4J3U A;  3BCD A;  5E9A A;  2XFR A;  4CVU A;  3BLK A;  2G3J A;  3WUE A;  4DWS C;  1XSK A;  3FAX A;  1JZ5 A;  1VIW A;  1E6S M;  5A6M A;  4PMN A;  1GQI A;  1LQ0 A;  2WZH A;  3WFL A;  1GPF A;  3WMB A;  2PB1 A;  4QLJ A;  1JZ3 A;  1BHG A;  1JXJ A;  3B8S A;  5ECU A;  1G5A A;  1K9D A;  1C93 A;  4TVU A;  3BAI A;  3M46 A;  1UWR A;  3MUI A;  1ISY A;  4W8B A;  3ZJK A;  4RL3 A;  1IV8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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