2WBG | Genus

Total Genus 182

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	182
sequence length	443
structure length	443
Chain Sequence	VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEKEEDIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPDAPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Glycosidase Inhibition by Ring-Modified Castanospermine Analogues: Tackling Enzyme Selectivity by Inhibitor Tailoring. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Thermotoga maritima
molecule keywords	BETA-GLUCOSIDASE A
total genus	182
structure length	443
sequence length	443
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date	2009-02-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2wbgA00

1JD9A 3CZ8A 4RE4A 5EMYA 1SMDA 3CUGA 5E0CA 1GQKA 5C8BB 1GOOA 1KBKA 1O7AA 5I23A 2YIHA 4AYSA 1NWUA 3RJXA 4S3KA 3TTYA 5BXTA 1UR8A 1UZ1A 2IXUA 3II1A 4MNJA 5E70A 2WSPA 3N18A 3VNYA 4QCFA 4CKQA 1XD1A 1QHZA 1GONA 4MB4A 1FH8A 1V6UA 1FP8A 3ZQ9A 1UH4A 1BGGA 1OGSA 3U5YA 2XM1A 4LYPA 4M1RA 3ZR5A 1DHKA 1KBBA 4JFTA 2V3DA 3B9DA 4QFUA 4M80A 1B3YA 4JAWA 1GCYA 3EMCA 2BHUA 4DWSA 1XCWA 1UKOA 2X1IA 4HPGA 2WPGA 4LXFA 2WVUA 3NSNA 5HXMA 1BQCA 1PPIA 4NZCA 1ISZA 2OYLA 5BRQA 4P7NA 1XC6A 1C8XA 1E4MM 1HP5A 2DGAA 3OA5A 2J7BA 4FLOA 2BFGA 4U3AA 2GK1A 3BAYA 1IT0A 4CCDA 2CKRA 2NW0A 1QI3A 2V5CA 3GNRA 4CVWA 1WO2A 7CGTA 3WY1A 1M01A 4H8HA 4PTVA 1ISYA 1YHTA 5JBFA 1UD8A 4P7LA 3PTKA 4J7RA 2UY2A 1CYGA 1KB3A 4MNKA 2WK2A 5BXPA 1BYBA 5FKYA 2GFTA 1OSEA 1BSIA 4JL2A 1A47A 3BCDA 2DIJA 4HU8A 1BPLB 3TTOA 3WMSA 4U3CA 1GQIA 4ZE5A 1VENA 5IFPA 3EYPA 3L4UA 3VDBA 3NYDA 3VO0A 2J62A 2FHCA 4MPKA 3AIQA 5I5RA 2ZE0A 4GQQA 3T0DA 5DF0A 4MNLA 3MUZ1 2VZVA 1X6NA 3VD4A 3PBGA 1UOKA 4JFWA 4UOZA 3WDRA 1V3HA 5CPQA 4TVUA 2JFEX 4J3TA 2EO7A 2ZUUA 1VRXA 1JF5A 3M07A 3WDPP 5D8ZA 3RILA 1BF2A 3EDDA 3L4VA 4UQCA 3LPFA 3VVGA 3CIVA 4Z2JA 1GPFA 1E6QM 4F9DA 1EQPA 2ZX8A 2PF0A 2F2HA 3WD4A 1B3XA 2DSUA 4JIEA 4CN4A 3L2LA 3FHAA 5A6MA 1HKIA 1DEDA 4W87A 1EXPA 1PEZA 5ECUA 4JFVA 3U7BA 3LMYA 5A6AA 2VCCA 2J8FA 2HVMA 2WMIB 2VC9A 4ZXLA 3WKZA 4BQ4A 1GW1A 3ARZA 5A6LA 1OT2A 1UA7A 1UQZA 2BV9A 1BHGA 4PEEA 2WHMA 3RPMA 1QI0A 4F9JA 3DYPA 3L4ZA 5FD0A 1JYNA 2QHAA 1G1YA 2ZIDA 1CENA 3D3AA 1AQ0A 1AQMA 3RMEA 2PWHA 7TAAA 4GINA 2E8ZA 4V27A 2XSAA 2J7EA 2Q8XA 1E6RA 1TVPA 5CSYA 2CXGA 2Y24A 4AD1A 3AMDA 5BYWA 6A3HA 1CECA 5A2AA 2VOTA 3QR3A 2WKGA 5TD4A 2J4GA 3HMCA 4NF7A 1KWGA 3BSGA 2WMFA 2WM0A 2E4TA 4UOJA 3U57A 2ZUTA 5LYRA 1PX3A 2CBUA 3A47A 3I3DA 2EQDA 3CUIA 4AXNA 1K9EA 5DT5A 4QLKA 5I0DA 2X0HA 1U2YA 1H0IA 5JBEA 3WDJA 2YLAA 1UUQA 1XYFA 2ZUSA 3B9EA 2D0GA 1UQYA 1J11A 2ZUMA 5BRPA 1HJSA 1LL4A 4AZBA 4DWSD 1LWHA 1OB0A 2J79A 5GNYA 3TTQA 4H8VA 3ZM8A 1E4NA 2XVNA 4FLRA 1CBGA 3ARVA 1HJXA 1ZB5A 1JZ8A 5A8NA 3CTTA 4OIFA 4TX6A 4DUXA 1PIGA 3VIKA 2DH3A 4TXEA 4W8AA 1L0PA 2WC3A 4MJ2A 4W7VA 1LLOA 4FLSA 4GO8A 1NH6A 3ARYA 2J7FA 3OG2A 2VTFA 1LWJA 1QI2A 1WAWA 5A94A 1U30A 3W6LA 2OLHA 1V3IA 4PTWA 5D8WA 1ZBVA 2ZUWA 1D2KA 1JDDA 1UHVA 1UZ4A 4PMOA 4H2CA 1EO5A 5CZKA 1UH3A 4DM2A 2UY4A 3VX1A 5I3DA 3CLWA 2XVKA 4D72A 4AY1A 1GOWA 4ZXOA 4M56A 1EHNA 3UR8A 3ALFA 3AMGA 2QPUA 3PZTA 1CDGA 3QHOA 3K1DA 1XCXA 3VIPA 4AD5A 1QHPA 4CD5A 4HPHA 2XJ7A 4D6EA 1LJYA 1UD3A 4MADA 5AC4A 1QPKA 2VX4A 3ZT5A 2EEXA 3WF4A 1ZBCA 3L4YA 4XX6A 2B31A 4N42A 3ZJ6A 2WVVA 3BAIA 3RO8A 1B3VA 4WSKA 2WMHA 2ZOXA 2J7CA 3T2OA 2JF6A 2XSBA 1UD4A 3FHQA 3AIWA 3AISA 3AHZA 3CH9A 4FK9A 5IFTA 3ZJ7A 1MXDA 3DC0A 5ABFB 1NOUA 3GBDA 1E72M 2G3IA 1TCMA 3WFLA 5ABEA 2WHKA 3VILA 3VOCA 2G3MA 1W9BM 1Y7VA 2YDRA 2V5DA 2WKLA 5CSUA 2WC7A 4UQDA 1W9XA 3UERA 1LL7A 3PN8A 2XVPA 4TTGA 4YPJA 4U2ZA 3AS3A 4UFLA 2WC4A 3W25A 4YN5A 2Y2WA 2CCRA 1X6LA 3WH7A 4E4PA 1CTNA 1S46A 2AAAA 3SCTA 2ZXBA 3IJ8A 4X0VA 3IANA 2DT3A 5M3WA 1UR0A 1G9HA 3ARWA 4AEEA 2NSXA 2MANA 4OZOA 3AS0A 4ACYA 3VM7A 1HVXA 1GORA 4A3YA 1Q6DA 1HJQA 2O9RA 3GTNA 1ITXA 3BMVA 1JAEA 2WMIA 2E9LA 1MW1A 3EMQA 2W92A 3O9NA 1PZ3A 1DP0A 1ZU8A 2BHYA 3AYRA 1UKQA 3WMCA 3VGEA 2XVGA 2J7HA 2GJXB 2QPSA 3RJYA 4XV0A 1PX4A 3D5HA 5EFDA 1O6IA 1UKPA 1P6WA 1CEOA 3SCOA 1WZMA 5DT7A 9CGTA 2WMKA 1WZAA 3POHA 2ZICA 3OZOA 4UTFA 2D0HA 2JIWA 2FHFA 4WLCA 1GOKA 1GHRA 4NRRA 3THCA 3KEHA 2VRKA 5AYBA 4M8UA 4UQ9A 1XH0A 5A6BA 1NQ6A 5FL1A 4Q22A 2JEPA 2VQTA 5HBFA 2WSKA 4GZEA 4AIUA 4CCCA 1V02A 1JGIA 4A4AA 3FNDA 3NUKA 3NSMA 4PTXA 5D4YA 5KZ6A 3T2QA 4W89A 3ARSA 2FH6A 3OLIA 4J3SA 4B3KA 1FOBA 4ATWA 3O2LA 3DYMA 1UG6A 1B2YA 1H41A 3AYSA 3GH7A 5CLTA 1JYWA 1HNYA 2UY3A 1C90A 4CU6A 4LYQA 4OOZA 1G5AA 4AZ5A 4AMCA 1ODUA 3VUPA 1BAGA 1I75A 2D2OA 3HN3A 4TVCA 5BCAA 1GNXA 1MFVA 5BROA 3GH5A 3KL0A 1KWKA 3NCOA 4W7UA 1AQHA 5I79A 2E0PA 1VIWA 2W61A 3IJ9A 4GKLA 2CITA 2GVYA 1OGBA 4JKLA 1VBUA 3N1AA 5HPOA 4HOXA 2BY3A 3VIIA 1J9YA 3AJ7A 1PZ2A 3WN6A 2BXYA 4S3JA 4KH2A 3GNPA 2XWEA 3M46A 5E9AA 4JHZA 2WLYA 1JXJA 5JIPA 5A8QA 5GQBA 2YA1A 3FY1A 3F5KA 1WE5A 4J27A 4BQ2A 3AS2A 2EPOA 3EDJA 4IISA 2WBKA 3BAWA 1SMAA 2CKSA 1JZ2A 3WDQA 2W63A 4QLJA 4H7VA 2VRJA 4KRTA 1UWIA 3N04A 1CXLA 2WWDA 4HZ8A 1W2PA 4B9ZA 3GXIA 1DWGM 1DWJM 2WWCA 2YKKA 4AD4A 4HOZA 2HISA 2Y8KA 3RIKA 3PZIA 5LA1A 4RE3A 3BMWA 2X0YA 1EDTA 1EGZA 4JL1A 5D9MA 3AMCA 4CUCA 5E09A 1H09A 2OYKA 1E73M 3WF1A 1Q6FA 1LG1A 4AZCB 2XIBA 3W6MA 4ZFMA 3AFBA 5HNNA 3CUHA 1XGZA 4P7RA 5BWFA 1W91A 4W85A 2XTKA 1E40A 1MW2A 3E1F1 5A6KA 3T08A 1HT6A 1FHLA 1WB0A 2J25A 1H11A 4GZIA 4JHOA 5A6SA 3WF2A 1TG7A 3IAQA 5IDIA 1OINA 2JE8A 4PMZA 1HJUA 4UFJA 2VR4A 2YL8A 4GI6A 4W7WA 1E6SM 5ABFA 1XRVA 5KEZA 2WZHA 2WHLA 2VMFA 3GDBA 4TOQA 3VGBA 1GJWA 3VGDA 4P8WA 1IZJA 1CWYA 1EOKA 1KXQA 1UWTA 2W66A 3VIJA 3CZLA 4HMEA 3TP4A 2VVSA 3AHTA 3W81A 3W38A 2Y4SA 5A95A 5E0FA 2XG9A 4EE9A 1CGXA 3AICA 3WEZA 2BHZA 3AIRA 3UETA 1GVIA 4UFHA 1NWSA 4BF7A 4RE2A 2OWWA 1AVAA 1TMQA 3CZJA 3LPPA 4PRWA 3WBEA 4QAWA 3MUY1 4CN1A 1IZKA 1HIZA 4MDPA 3AHXA 2D23A 5EBAA 1UKSA 1RP9A 1JDAA 1NARA 3WF3A 3IK2A 2DSZA 2NT0A 4P7QA 1B31A 3WQ6A 3THDA 2VO5A 5AY7A 2FDMA 2VT0A 2GJXA 2A3HA 1MW3A 2PWGA 5I6SA 2E3ZA 1VEOA 3IJ7A 4PN2A 1JI2A 2WYSA 3TA9A 4NRSA 2J8GA 4W5ZA 3APGA 4PCTA 3TTSA 1J0ZA 1E6ZA 2Y8VA 1H2JA 3MV01 4JZ5A 4DM1A 4D71A 1KGWA 1CGWA 2RGMA 4PUEA 1BG9A 4P8XA 2GDVA 3W24A 3WDHA 3VD5A 3BC9A 3A4AA 1BVNP 3N17A 3VX0A 2A3EA 3WD2A 2OSXA 5M03A 1HKKA 1VFUA 2PBOA 3WQVA 1OM0A 3QGVA 3N9KA 2J77A 3K46A 5CQ1A 3OLEA 3AXIA 3K8KA 1MXGA 3POCA 3WQ5A 1VAHA 4ACZB 1PBGA 5I78A 2G8ZA 2G41A 4AD2A 2VR5A 2W62A 4MB3A 4WKAA 3I3EA 3NDYA 1GUVA 4JCLA 5A2BA 3UG4A 2X8RA 2XIIA 2OWCA 4ML4A 1JDCA 1BGAA 1KCKA 3N13A 1DWHM 2FGLA 3MMDA 4J3UA 4UFMA 3LPGA 3QHNA 3EBVA 2J74A 1UR1A 2W5FA 1JYXA 3MMWA 3RDKA 1TVNA 1U33A 1KR1A 2XFFA 5I24A 3I3BA 3CPUA 3WH5A 1C92A 2Y5EA 4BA0A 4GI9A 2CNCA 2FHBA 3WQWA 3MS8A 5DFAA 4AIOA 1W1TA 2A3AA 2EPKX 3ZSTA 4UZUA 4C7GA 5CG0A 5IXEA 4IPNB 1R7AA 3WMBA 4D6GA 3WD1A 1Q6GA 3AZRA 3WD0A 1BVZA 3ZOAA 3EMZA 4NI3A 3GXMA 4RL3A 3MUAA 4B9YA 1US2A 2E9MA 3VIFA 4CCEA 2D22A 5DMYA 2RGLA 1JXKA 4Z2KA 4AZGA 3W53A 2YBUA 3CMJA 1BG4A 4IM4A 4U33A 4EKJA 1W3KA 1E3XA 3AXHA 2EBNA 1E1EA 1HL8A 1C8QA 4GI8A 4TUFA 2D1ZA 1E3ZA 3SCVA 2ZUNA 2BVYA 3BSHA 3VDAA 2CEQA 3WUFA 1QI5A 3NJ3A 1E4IA 1V6YA 3WNKA 2DQXA 4AD3A 1CGVA 2O9PA 3DYOA 3PZ9A 8A3HA 4OUEA 4AZCA 1CPUA 1WDQA 4PSPA 4AZ7A 1EOMA 4HOWA 1GOQA 1WDSA 3BXWA 4OOUA 4JCMA 5LA0A 1KGUA 3K4DA 1JFHA 3VIOA 5CXPA 3GBEA 3SCUA 4R5EA 2VZSA 1F4HA 5ABGA 1MFUA 5D9OA 3VGGA 4D6DA 4UR9A 1EDGA 1SFSA 2G4FA 4PMDA 4PMVA 2E9BA 1WPCA 2V3GA 1F4AA 2CIPA 3AZTA 2OSYA 1E0VA 4MNMA 2ZXAA 1E6PA 5LA2A 2VCBA 2A3CA 3SEPA 1J10A 1E15A 1XSJA 3JUGA 2BXZA 3VKKA 2WW5A 4DWSB 1H3GA 3SIMA 4DUVA 5JBDA 2E40A 4IUGA 2ZX6A 1BYCA 3ZIZA 3FN9A 1XH1A 4E8DA 4PUDA 1FFQA 1WKYA 3W82A 3SUSA 5BXRA 2VZUA 3HJEA 2D24A 3QOMA 1JL8A 2X09A 4W93A 2EJ1A 4PMUA 3WEOA 1VEPA 2CYGA 4AZHA 4E8CA 5EB8A 3BGAA 4WSJA 2VX5A 2W91A 1BTCA 4JFUA 4TTUA 5F7UA 4AWEA 4H8UA 3GYCA 1JD7A 1ZBWA 2DH2A 2GK1B 1B1YA 3ZO9A 3EDEA 3MUIA 1CXIA 2TAAA 3SCSA 2UWFA 4TVDA 1CIUA 3WNOA 6TAAA 3CGTA 3VIGA 1DWIM 3MSGA 3ARXA 1NOWA 3FXYA 4QDMA 1CXHA 2V3EA 4MDOA 1NP0A 1FH9A 3ARTA 2VJXA 1NWTA 3A6OA 4BS0A 3UEQA 1WDPA 3M7SA 4D1IA 1NM9A 3WD3A 3F4VA 2PB1A 1D3CA 2CBJA 3RM9A 1LL6A 4B15A 4MJ4A 3CO4A 2WANA 4AC1X 3KL3A 1EIBA 3ARPA 3CHDA 3BAJA 1W9PA 4H04A 4EK7A 1MQQA 1MYRA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2F61 A;  1ZS2 A;  4KMQ A;  3BH4 A;  2WZE A;  2V3F A;  5A69 A;  3TON A;  4CD4 A;  2XFY A;  1V08 A;  2WNW A;  2JIE A;  3FAX A;  4B3L A;  4JKM A;  1C3F A;  4FLQ A;  1E70 M;  1E55 A;  1PJ9 A;  5CPT A;  1VFM A;  4PMN A;  3GZA A;  2VL4 A;  3AIV A;  1E4L A;  4URI A;  3ZR6 A;  3NSX A;  3OB8 A;  2X05 A;  1ZJB A;  5A8M A;  1CLV A;  4WF7 A;  4HP5 A;  1VFO A;  1QBA A;  1NP2 A;  2OSW A;  4D1J A;  3VD9 A;  3F5L A;  1I1X A;  5HPC A;  2EPL X;  3DEC A;  5GNX A;  5CLW A;  3W37 A;  3J7H A;  2D20 A;  4ACZ A;  4LX4 A;  1C7S A;  5A6J A;  4BZY A;  3RM8 A;  4PBG A;  1E71 M;  1QNS A;  3AIB A;  4EAN A;  1LG2 A;  1BFN A;  1E43 A;  3T2P A;  4LPC A;  2DSK A;  1IV8 A;  1FFR A;  3AQU A;  3CBW A;  2YL6 A;  2WCA A;  1E0W A;  1V6V A;  3AI0 A;  3BAK A;  2GDU A;  3VNZ A;  2XFR A;  3WNL A;  1M7X A;  1JZ5 A;  1M53 A;  2DSV A;  3CZG A;  5GPR A;  4P8V A;  3ZJ8 A;  3CZK A;  2VX7 A;  3VGH A;  4WKF A;  2VZO A;  3TOP A;  1KCL A;  4GQR A;  3VDC A;  5JUV A;  4CN6 A;  2WXD M;  3PTQ A;  3L4T A;  4PMY A;  1J18 A;  3WQ8 A;  1XD0 A;  4CU8 A;  4UZS A;  2BNJ A;  5A8P A;  2CER A;  4P7O A;  4UQE A;  3W26 A;  4HMD A;  3RM4 A;  4XZW A;  4CD8 A;  1HN1 A;  3SCR A;  5ABH A;  3S6T A;  4HA1 A;  1EA9 C;  3UES A;  5FIP A;  1CZ1 A;  4GZJ A;  4CGT A;  2CET A;  4ZE4 A;  3SUW A;  1TZ7 A;  1FH7 A;  3OGS A;  1HKJ A;  1JF6 A;  4MAZ A;  4W5U A;  4QP0 A;  3SCW A;  1E5N A;  1N82 A;  1FP9 A;  4AEF A;  4KWU A;  4PMQ A;  1CLX A;  3U5U A;  3SCQ A;  1HXJ A;  4V2X A;  4XZB A;  1E56 A;  2ESC A;  4J3W A;  4W84 A;  1PIF A;  4P8U A;  1MWO A;  1QVB A;  1TE1 A;  1TA3 A;  1Q6C A;  2VUY A;  2WMG A;  1RH9 A;  1V0M A;  3OIH A;  3GH4 A;  1E5J A;  2J7G A;  2PWD A;  1KXT A;  4XB3 A;  4F8X A;  1ODZ A;  5A2C A;  2YLL A;  4UQA A;  1QHO A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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