2WBGA

Structure of family 1 beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with 3-imino-2-oxa-(+)-castanospermine
Total Genus 182
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
182
sequence length
443
structure length
443
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEKEEDIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPDAPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
publication title Glycosidase Inhibition by Ring-Modified Castanospermine Analogues: Tackling Enzyme Selectivity by Inhibitor Tailoring.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 182
structure length 443
sequence length 443
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2009-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2wbgA00
3WD0A 1B0IA 1CGYA 1SMAA 3VGBA 1KCLA 1X6LA 3AHYA 5CLWA 1CXFA 4UTFA 5M03A 4KWUA 2V5DA 1HNYA 1PIFA 1JXKA 3MANA 3QGVA 2XPKA 1V0KA 3NUKA 1PZ3A 2D1ZA 4LYPA 3TA9A 4BQ4A 3CZKA 5CSUA 3SCWA 4J3TA 2WMIB 4GZIA 3OB8A 1I1WA 1BLIA 3N13A 1KQYA 4MAVA 3WNKA 1DWFM 3RJXA 1E1EA 1QNSA 2WAGA 3CZLA 3G6MA 3T08A 1HL9A 2VZSA 2YDSA 3CHEA 4NRRA 4ZXLA 2DSZA 3VO0A 1TA3B 3S2CA 1KFWA 3MUAA 4CVWA 1TFVA 4KRUA 4XX6A 4A4AA 2TAAA 1W9BM 4X0VA 4JKLA 3EYPA 2W4XA 1JZ7A 3NIYA 3VGGA 2NSXA 1VEMA 3WQ8A 4Z2GA 4JCMA 3L4WA 5A2CA 1I75A 4D1IA 1GOOA 4ZENA 3RJYA 3UG4A 4WKHA 2YBUA 1VBUA 2JFEX 4YPJA 2YJQA 5A1AA 4J3XA 2HVMA 1CXEA 2PBOA 2VOTA 3OIHA 2G8ZA 4W87A 2CEQA 3OLEA 2OYKA 2Z1SA 1CGXA 2J8GA 1GOMA 5HXMA 3ZT7A 4B9ZA 3LPFA 3FHAA 5GNZA 5GNXA 1V02E 5GPRA 1HKMA 4J3VA 5E0CA 1UH3A 1W9DM 1CTNA 1UWRA 3W6MA 4U3CA 1W9XA 3ZQ9A 2NT0A 1UA3A 5A6SA 1W9UA 2ZXQA 1PBGA 2WXDM 4AZ5A 2BS9A 5DT7A 1OCQA 4D71A 1KBBA 3TTQA 3W28A 3THDA 5CZKA 4GO8A 4IUGA 3CMJA 2BY2A 1C93A 4CN1A 2HISA 1E6ZA 4UCFA 4AWEA 1ZS2A 1QI2A 2W63A 4P8XA 1DWAM 3BAYA 5ABGA 4V2XA 3WN6A 1GOWA 2BFGA 1E4IA 1NM9A 3QOMA 3WQ6A 2FH8A 4GI6A 4PMYA 4FLQA 1JZ2A 1E1FA 3OZPA 2OSWA 2YBTA 4Y7EA 2YL6A 3WF0A 3N12A 5HPOA 4CCCA 1ZBVA 1H5VA 2F8QA 2DH3A 4U5IA 3SUSA 2X2YA 1HL8A 1UH2A 3BGAA 3WQVA 2F2HA 1PIGA 1UD4A 2DH2A 2G3NA 1J10A 3IANA 2J7HA 2WSPA 3MS8A 3IJ9A 4A3YA 2AAAA 1GQIA 2XM1A 2WVVB 4F9DA 3E1F1 4P7RA 4TTGA 1V03A 5I24A 4D6EA 1XH2A 3GNOA 3AHVA 3AJ7A 3SCPA 1EO7A 2J62A 2WVUA 4PTVA 1B2YA 5BROA 5A2BA 4AIOA 3BAKA 4CCEA 4HPHA 1HJQA 2CPUA 3VIPA 1B31A 3LPPA 3ARRA 4D6JA 3IAPA 4GINA 4D6CA 3DECA 1ESWA 4JFSA 1QNPA 4GXPA 3F4VA 5I5RA 1MXDA 1XRVA 2BVYA 3WEOA 3CUFA 5E6YA 2VX5A 2ZUSA 1CLVA 2XTKA 1JYWA 4F79A 2PWGA 1J18A 1XSIA 2VNCA 4GIAA 3ZO9A 1G01A 3SCUA 2GJXB 2FGZA 3T0AA 3K46A 4A3HA 4UFJA 4AW7A 1WZKA 2WMFA 1E9LA 1QNOA 2EPMX 4RE2A 1L0PA 1ZBWA 1V3MA 2J7DA 1D2KA 2DDXA 3UEQA 5KEZA 3NDZA 3K4DA 5D9PA 1MYRA 3L2LA 2CERA 4P7NA 2YDQA 2J7GA 4AD5A 4XZWA 2WWCA 3W27A 3GNRA 1ZBKA 4BQ3A 3FN9A 2FDMA 2XM2A 2ZX9A 4ACZA 3A3HA 2QV4A 3TTSA 1GOQA 3UG3A 3N17A 3PTMA 4MAZA 2J7EA 2ZUWA 2CBVA 3U5YA 1QBBA 3UERA 2XYLA 5HBFA 1FHDA 3CZ8A 3VD3A 3MMDA 2PB1A 1KB3A 1QI0A 4CU7A 5ABFA 1QNQA 2G4FA 4IPLA 4AZ6A 4K68A 1UQYA 1GHRA 1X6NA 2DQXA 4W7WA 2G3IA 5LA0A 1EIBA 1G1YA 2CXGA 1MXGA 3AZRA 5JBFA 2O9PA 1UR0A 2CKSA 4QDMA 2CCRA 1G9HA 4LXFA 1E6PA 2J4GA 3POHA 3WF4A 3G6LA 1OGGA 5BYWA 1QOXA 2F61A 2GVYA 3SCQA 4AEEA 5LYRA 3IJ7A 1FH8A 4E4PA 2DPEA 3QOKA 4F8XA 4W7UA 2E9MA 2VZUA 2WMGA 1EQCA 1GPFA 1NARA 1KGWA 3VDCA 4H7VA 3VTRA 1E6NA 3VIGA 4U31A 3OA5A 4JFVA 1HJVA 4WIWA 3WDPP 3CLWA 3WH6A 2JALA 2WHLA 1WB0A 5E70A 1R86A 1J0KA 3BXWA 4IM4A 4DWSA 1GHSA 4KMQA 2E9BA 3AHTA 8CGTA 5F7UA 1XSKA 1CEOA 1HXJA 3VD9A 4UQBA 4ACYA 1V08A 4MNMA 3ARVA 2X09A 5A95A 3VGDA 3VIOA 1BYCA 2ZX7A 2VCAA 1HJXA 3CUHA 4JKMA 1R7OA 2OSXA 4JAWA 3FAXA 3FNDA 3N1AA 1BG9A 2WCAA 4J27A 4UFLA 5E0FA 1V3HA 2EQDA 3OZOA 2J7FA 2CITA 4ATDA 4OBRA 1JDDA 5A8OA 3HMCA 4C7DA 1JZ3A 2WZEA 1ITXA 4UQEA 5DMYA 3MMUA 4H04A 3SIMA 1EGZA 2YA2A 2Y5EA 1LLOA 3B8SA 2WCSA 1CDGA 2WANA 2J25A 2WPGA 3NSXA 1PZ2A 1I1XA 4UFHA 5FKYA 3GXDA 2WCGA 1KGXA 1RP8A 2EPNA 1ZJBA 1XSJA 2BV9A 3T0DA 3WNOA 3VIHA 2WLZA 2PBGA 4MPKA 1WCGA 3MSDA 3L4ZA 3ZR6A 2VRJA 3ZJ7A 2VZTA 3NDYA 3AS1A 4N0RA 5C70A 4P8UA 3W25A 1JXJA 3AZTA 4MJ2A 3SCNA 1E70M 2E4TA 1BYBA 4TOQA 5D8WA 1W9PA 3I3BA 2JF7A 4PCSA 5A6JA 2BXZA 1EHAA 1A3HA 1Y7VA 1E15A 1J0YA 4PMQA 2A3EA 4HOXA 1GVYA 5A3HA 3CGTA 3ARQA 4XV0A 5BXSA 3WFLA 3W24A 1Q6GA 1XD1A 2ZWYA 3F5KA 2ZUMA 3AMGA 3I3EA 4MNLA 1JGIA 4HMDA 5FL0A 2ZXAA 5I77A 2PWFA 3EMQA 3ZOAA 5IXEA 3AIRA 3KL5A 2J77A 1ISWA 1V6UA 3WH9A 4D6HA 4QCFA 3ARPA 1Q6EA 4FLRA 3WNNA 1W3HA 3UR8A 2Q8XA 1GQKA 3WD3A 1B3ZA 4W8LA 1XGZA 4UQCA 3ALFA 3O9NA 5GNYA 3VNYA 1HJSA 4HA3A 1K9FA 4KGLA 1C7TA 4P8VA 2VQUA 1D7FA 3VIMA 2OWXA 5CXPA 4MNJA 1XHGA 4BCEA 4FLOA 2OWCA 1BGAA 3GH7A 2CHOA 4C7GA 3WUBA 1DP0A 2IUZA 2E40A 1E40A 3CUIA 3ZJ8A 4DWSC 3MSGA 3WH8A 4NF7A 5JBEA 1UG6A 4W7VA 2ZX8A 3GXFA 4PMZA 5EFDA 5A6AA 2BY1A 3W81A 2UWFA 3SCRA 5C71A 1GJUA 2NW0A 2BVDA 3LPOA 3WF1A 3A47A 4HOZA 1OIMA 1QBAA 2VR4A 3AMLA 3BAJA 1DTUA 2VVNA 1JG9A 1K9EA 3BAIA 4TXEA 1J0JA 1WP6A 2A3AA 3A4XA 1ZBCA 1VRXA 1ODUA 3KWXA 5AC5A 4OKDA 4GI9A 2XFRA 1W9VA 2YL9A 1PEZA 2XVLA 3W82A 1WNOA 4MTVA 1BGGA 1NWUA 1KR0A 4F9JA 4WKAA 3VPLA 1GONA 1V6XA 3WUEA 4WKFA 1U2YA 1IV8A 1C91A 4JL2A 4GQQA 4ZE5A 1LL6A 2WYSA 2PWHA 4CKQA 3WF3A 4HZ7A 1JD9A 1LWHA 3ARWA 3SCTA 1UWIA 1ITCA 4YN5A 1IT0A 4AZ7A 1JL8A 3UR7A 2ZXDA 3DHPA 1EOKA 1EO5A 4AD1A 1EA9C 4PMXA 4PMUA 2WLYA 1UR1A 1JYXA 1C7SA 1UKPA 4GO9A 1M53A 3PZMA 4UOJA 1OBAA 3ARUA 3S6TA 2XIBA 1G5AA 1WZLA 1RD6A 4L4OA 4QFUA 1OGBA 3FXYA 1QHPA 2XJ7A 2QPUA 2B31A 4CD8A 4X9YA 2CBUA 2VZOA 4HU0A 3SUWA 1JFXA 1PJ9A 3DHUA 3MKKA 1E4LA 4D6FA 1HX0A 4UZUA 3W53A 1Q6FA 3UG5A 3LPGA 4PTMA 4QP0A 4IPNB 3CH9A 3ARSA 4AD3A 4ZEPA 2W5FA 1J01A 1G0CA 2VQTA 1WPCA 1JIBA 3VDBA 3BH4A 3PHAA 3NSMA 4W88A 1NWRA 1LF1A 3WDJA 2YOCA 2WBGA 4DUVA 2GSJA 1VB9A 1E5JA 4AZCA 2YDRA 3OLGA 3VGEA 4AEFA 3BLKA 3ZM8A 5IHSA 2XG9A 2J47A 4M29A 2GJRA 3CHCA 1VFUA 3AICA 2VRQA 7TAAA 4CU8A 4NSBA 2ZX5A 4GZEA 4PMRA 1NQ6A 1JI2A 3DYPA 1L8NA 1OWQA 3WL0A 4Z2LA 2Y4SA 3VD7A 1HJWA 2VCBA 3B9DA 4GQRA 2IXVA 1LG1A 1ISXA 3TONA 4H2CA 4U2YA 4AMCA 4MNKA 1HVQA 1K9DA 1BYAA 2O9OA 3MU7A 3VD5A 3D3AA 2X05A 2XGIA 3MUIA 3RMEA 3PZ9A 3CZJA 1OT1A 4AYSA 4W86A 4ACZB 3RM4A 1M03A 2YA1A 1XC6A 4OZOA 4W8BA 2Y24A 2J74A 2PWDA 4UFMA 3VIIA 2V3EA 1ZU8A 2XHYA 1XD0A 4HZ8A 5D4YA 1JZ8A 1Q6CA 2VMFA 1E0WA 1WO2A 5LA2A 1KXVA 1HP4A 2BVTA 4BQ2A 5IDIA 1V0LA 2VZVA 4HA1A 2PWEA 2DGAA 4TVDA 4HP5A 1AQHA 4WF7A 5ABFB 2QMJA 5IFPA 2W61A 3W0KA 1E71M 4Z2HA 3ZIZA 5AYBA 1VIWA 1MQQA 2WSKA 2VVSA 1W1YA 2E3ZA 2ESCA 2WB5A 3CO4A 4AZGA 2ZWZA 5I2UA 2ZUUA 3AOFA 4CVUA 2GK1A 3AROA 3RM9A 2CBIA 1E4MM 3CUJA 5FL1A 2GUYA 4JHOA 7A3HA 1N82A 5JUVA 2V3DA 2PI6A 4WK9A 1W1VA 4JFWA 3EDEA 4D6IA 3WKZA 1K6AA 1CXKA 3VVGA 4R5EA 1HKJA 1GJWA 3SUUA 4P8WA 5CJ5A 1JAKA 3WQWA 4CN6A 3AXXA 1TR1A 3AQUA 2UY3A 1B3VA 1HP5A 4UNIA 1KWGA 1JD7A 1EDQA 2CESA 1B30A 2WVSA 3JUGA 3FW6A 4EAMA 1DEDA 2VT0A 4DWSB 3M07A 3CHDA 2EBNA 3ALGA 1F4HA 5DO8A 3ZT5A 1E6SM 2WMKA 1WDQA 4DM1A 1OD0A 3AIQA 3KZSA 1PX3A 2PC8A 1NP2A 5CPQA 2J78A 3EMCA 2OYMA 3WNMA 2GDUA 2UY4A 3GDBA 1CWYA 1UZ1A 2X0HA 1C8XA 1JFHA 4J7RA 1ISZA 3WL1A 1EOMA 3D5HA 4NI3A 2XVKA 2FHCA 1E5NA 3N15A 5I78A 2EPKX 3RIKA 3HN3A 4LX4A 3TOPA 1E0XA 1EDTA 2E0PA 4CD4A 3CHFA 5A6BA 5EBAA 2OYLA 3FY1A 1CECA 2XFYA 3OBAA 3VD4A 2UY2A 3WEZA 3OLDA 5CLTA 3SURA 2EPLX 1BFNA 3B9EA 1CIUA 4B16A 4L4PA 1HKIA 3T2QA 5D9MA 4U3AA 1UD3A 1UH4A 1YQ2A 1M01A 1R8LA 4HPGA 2D23A 3W26A 1UWUA 1G94A 4E2OA 4HTYA 4GI8A 1AQ0A 4AXNA 1ZJAA 1VEPA 4MB3A 2JIEA 1EH9A 5TD4A 2YL8A 5BXRA 4FLSA 1TG7A 1MFUA 4LQ1A 1P6WA 2BHZA 3WF2A 2DEPA 4ML4A 4GKLA 2O9RA 3THCA 4BS0A 2VRKA 1M7XA 1BG4A 1FA2A 3POCA 1A47A 1PAMA 1DWGM 1KXQA 2DIEA 1UHVA 2VI0A 5BRQA 1EQPA 1MFVA 1KXTA 1W3LA 3O2LA 1CXHA 3WDRA 2W91A 5I3DA 3ZJKA 2JF6A 2QHAA 4NRSA 2CNCA 1M04A 4DUWA 4J3WA 1JNDA 4P7OA 1SR0A 4KH2A 1PX4A 3U57A 5BXPA 2WKLA 5KZ6A 3EBVA 1BVZA 1LL7A 4HOWA 4TX8A 1J0HA 3WBAA 1FP8A 1TVNA 1MVYA 2WNWA 4OBSA 3ZR5A 1JDAA 2D20A 3CUGA 4FF5A 3AIBA 4X0NA 3MV01 4M80A 1UKOA 3VNZA 3PN8A 1BF2A 4PSRA 3VU2A 1UKTA 1NWSA 4PTWA 4WSJA 1MQPA 2DSKA 3OGVA 3WEMA 4TX6A 3F5LA 2J79A 2VL4A 4HZ6A 4QLKA 1E6XM 4PSPA 3EDJA 1V02A 1C8QA 1YHTA 3T2OA 1XYZA 1JF6A 2JEQA 4P7QA 1QI4A 2ZIDA 3PZQA 1FHLA 3EDFA 2VUYA 4OIFA 1HJUA 4JL1A 4U2ZA 1U30A 1O6IA 1BTCA 4M56A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WD0 A;  1B0I A;  1CGY A;  1SMA A;  3VGB A;  1KCL A;  1X6L A;  3AHY A;  5CLW A;  1CXF A;  4UTF A;  5M03 A;  4KWU A;  2V5D A;  1HNY A;  1PIF A;  1JXK A;  3MAN A;  3QGV A;  2XPK A;  1V0K A;  3NUK A;  1PZ3 A;  2D1Z A;  4LYP A;  3TA9 A;  4BQ4 A;  3CZK A;  5CSU A;  3SCW A;  4J3T A;  2WMI B;  4GZI A;  3OB8 A;  1I1W A;  1BLI A;  3N13 A;  1KQY A;  4MAV A;  3WNK A;  1DWF M;  3RJX A;  1E1E A;  1QNS A;  2WAG A;  3CZL A;  3G6M A;  3T08 A;  1HL9 A;  2VZS A;  2YDS A;  3CHE A;  4NRR A;  4ZXL A;  2DSZ A;  3VO0 A;  1TA3 B;  3S2C A;  1KFW A;  3MUA A;  4CVW A;  1TFV A;  4KRU A;  4XX6 A;  4A4A A;  2TAA A;  1W9B M;  4X0V A;  4JKL A;  3EYP A;  2W4X A;  1JZ7 A;  3NIY A;  3VGG A;  2NSX A;  1VEM A;  3WQ8 A;  4Z2G A;  4JCM A;  3L4W A;  5A2C A;  1I75 A;  4D1I A;  1GOO A;  4ZEN A;  3RJY A;  3UG4 A;  4WKH A;  2YBU A;  1VBU A;  2JFE X;  4YPJ A;  2YJQ A;  5A1A A;  4J3X A;  2HVM A;  1CXE A;  2PBO A;  2VOT A;  3OIH A;  2G8Z A;  4W87 A;  2CEQ A;  3OLE A;  2OYK A;  2Z1S A;  1CGX A;  2J8G A;  1GOM A;  5HXM A;  3ZT7 A;  4B9Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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