2WC3A

Structure of family 1 beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with 3-imino-2-oxa-(+)-8-epi-castanospermine
Total Genus 182
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
182
sequence length
444
structure length
442
Chain Sequence
NVKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEKEEDIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPDAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
publication title Glycosidase Inhibition by Ring-Modified Castanospermine Analogues: Tackling Enzyme Selectivity by Inhibitor Tailoring.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 182
structure length 442
sequence length 444
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2009-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2wc3A00
1UKPA 1GORA 1V0MA 3VNZA 4XB3A 4M1RA 2DDXA 2WVVB 4PN2A 1BVNP 1E0WA 3W53A 2QV4A 3AXIA 5A3HA 2PF0A 4D6EA 2WHLA 1G9HA 3GYCA 2X05A 1HX0A 3NJ3A 2XTKA 4IUGA 4CD5A 3CZEA 4JFUA 1MVYA 1ZL1A 3K1DA 1QNPA 3RM9A 3VIGA 1VFMA 3WMCA 2J25A 1HXJA 1OGBA 1W1PA 3RM4A 1C8YA 2UY4A 4JFWA 4JL1A 1DEDA 4AIUA 4D6CA 1V0NA 1HL8A 3ARTA 3RCNA 3ZOAA 1AQ0A 3GXMA 4AYSA 4MAZA 3ZJKA 3CPUA 4HA4A 4WF7A 1CXLA 2WPGA 4F66A 3AHXA 1GOWA 1IV8A 3DYPA 4UZUA 1FFRA 4QLLA 2VC9A 5I78A 1AQMA 1QI3A 5FCZA 3WH6A 1BYCA 2VMFA 1FFQA 4W7VA 2AMGA 3WIJA 1EHNA 1DHKA 1LL7A 1PAMA 1OGGA 1W1TA 1ZBKA 4E4PA 4H8VA 1UG6A 2WMHA 3PZ9A 2JF6A 3B9EA 4NI3A 3G6LA 1HKJA 3A4AA 4PSPA 5CXPA 2FGZA 3B8SA 4FK9A 1JZ4A 2WAGA 1ZJBA 3VX0A 3VMNA 4P8WA 3WUFA 2VX4A 4CUCA 3CZJA 3WQ4A 4H04A 4LGXA 1HL9A 1ZBCA 4DUWA 2WKGA 1ISVA 3PTKA 5BXTA 2DPEA 3ZIZA 3GXIA 4OZOA 1R85A 4J3VA 1E5NA 2GK1A 2VRQA 2ZE0A 3TP4A 3AIRA 2VZSA 2WCAA 1VEMA 1NM9A 5KEZA 4J7RA 4CU6A 2ZWYA 2MANA 4Z2KA 4ATLA 1KXQA 1LLOA 3CBWA 3RMEA 3PTQA 3SIMA 2DGAA 2J79A 1CZ1A 1GJWA 4ACYA 3DYOA 3CUJA 1EDTA 2GVYA 3T09A 3MU7A 3WD4A 4NRRA 1K6AA 2QHAA 4Q7NA 7A3HA 1QHPA 3WEOA 1CBGA 5I5RA 1WE5A 4UFLA 4TTUA 3HMCA 4V2XA 4PTVA 1BG9A 3W4RA 3HJEA 2V5CA 1B3YA 1GQIA 3MMDA 3CLWA 2VVNA 1KBKA 3NSMA 2Y8KA 4U2ZA 2JF7A 2ZUWA 2V38A 3WH5A 3SUTA 3VD5A 3SCRA 3CMGA 3N13A 2FHBA 2NSXA 1H0IA 4HOWA 2XWDA 2BNJA 1BVZA 3AOFA 1W1YA 1U2YA 3NSXA 4AEFA 2VTFA 4MAVA 2X09A 2GK1B 7TAAA 4AZCA 3CHFA 1A47A 1RP9A 3K4AA 5JBFA 1JF5A 2PWDA 1PIGA 4PMXA 4PTWA 4XV0A 1XYZA 3EYPA 1HNYA 4PSRA 1RP8A 5CPSA 2DSVA 3FHAA 1SR0A 2ZUNA 3AHTA 1OT1A 2Y4SA 3BSHA 3IJ8A 1JDDA 1JXJA 5JIPA 3AMLA 3FN9A 1W3KA 2W91A 2VQUA 5BCAA 1JYNA 1C3FA 2BVTA 2E8YA 4GPNA 4PTXA 2UY3A 4MPKA 1E0VA 4U31A 3WSUA 3QOMA 5A95A 1C8XA 4W8LA 3AXXA 4DWSA 4FF5A 2AAAA 2VCCA 1UZ1A 2O92A 5A69A 3T0AA 1ODUA 4UQEA 1HJVA 3GXFA 2F61A 1EXPA 3POCA 1YQ2A 2ZUSA 3UEQA 1C7SA 1UH3A 1WO2A 5JUVA 4RE3A 3MMWA 1VB9A 1V3MA 1JZ7A 5M17A 1DP0A 3OA5A 2CETA 2C7FA 3IAPA 2O9OA 2VOTA 1UWIA 5D9MA 2PWFA 4JIEA 1F4AA 4HU0A 2XM1A 4UFKA 5I3DA 3AHZA 3UERA 1TR1A 1E4NA 1XH2A 5HDRA 1KFWA 4HP5A 3MS8A 3W37A 3OGSA 2J7FA 1G1YA 1CLVA 3ZT7A 5A1AA 4A4AA 1UQYA 3FY1A 4F9JA 2J78A 1DWHM 2D2OA 1I1XA 1D7FA 3WF1A 2GSJA 1WPCA 2VX5A 2V3FA 6TAAA 1MFVA 4B15A 5FKYA 1CXKA 4PMYA 1BLIA 1TE1A 4QLJA 3L2MA 5HBFA 1GOIA 4WJXA 4W5ZA 1C91A 3AFBA 2VURA 2A3EA 1V02A 3THCA 1C8QA 3VINA 2DEPA 1CGXA 5D9NA 2PWHA 4RL3A 5IFPA 4DUXA 3PTMA 3AYRA 3T2OA 1QPKA 3UG3A 2Y5EA 3ARQA 4B16A 2VR4A 1NOUA 1M04A 3WEMA 4RE4A 1NQ6A 3GH7A 5D9OA 4P8VA 3VO0A 2CKRA 4W8AA 1GOQA 4LXFA 4TXEA 3WDIA 4KGLA 4UTFA 4ZE4A 1GHRA 4AIEA 1VEPA 3BAKA 4H8HA 1MWOA 1UD4A 1UWRA 3S2CA 1BYDA 1LWHA 2EPOA 3T2QA 4QAWA 4DWSC 2VUYA 4UFMA 3AMKA 3OLDA 2YL8A 2GJXA 3GDBA 3UG5A 1EQPA 1V3HA 4UR9A 3RJXA 2IUZA 3WNPA 1QI4A 4H7VA 1EH9A 2X2YA 1ISZA 3CZLA 3PZTA 1JD9A 3OLIA 1ECEA 4B3LA 3VNYA 1OGSA 4ZENA 3WN6A 4CKQA 1E5JA 2CITA 5HPOA 3KWXA 5CLWA 3OIHA 1J01A 2EEXA 4CCDA 4CVWA 4C7GA 1V0KA 3N1AA 2CYGA 5GQBA 4GZEA 1G01A 1K9FA 2VVSA 4BS0A 1I1WA 3VTRA 1WNOA 3BAXA 5D8ZA 3AIUA 4JFSA 1CYGA 1Q4NX 1W9UA 2WKLA 3CO4A 1CPUA 3W82A 3WQ6A 4MDPA 2E3ZA 3IJ9A 1CGWA 1UA3A 2XWEA 1EOKA 1OM0A 1E6XM 3JUGA 2YL5A 2PI6A 1FHDA 3DC0A 2WZHA 2BXZA 1VJZA 1ISWA 3W24A 3L2LA 4MNMA 1H0GA 5GNZA 3TTQA 1CGVA 2J47A 1B3ZA 5D9PA 1E0XA 1MW0A 2YDRA 2NW0A 4D1JA 1G94A 2ZXQA 1B0IA 1FP9A 1Q6DA 5EFFA 2WMGA 3G6MA 2BHYA 5I0DA 1WAWA 3FNDA 2GJXB 3ALGA 4W86A 1OINA 2VX7A 4JHOA 1KWGA 1MW1A 2G8ZA 1CXIA 1GJUA 1D2KA 1UWTA 2WSPA 1H09A 2YIHA 4X0VA 5AYBA 1US3A 1XHGA 1E3XA 1UWSA 3OZPA 4UQ9A 4F8XA 1H49A 4E2OA 4FLQA 3WKZA 4W93A 3OBAA 1KGXA 1LWJA 1BFNA 5IXEA 3NCOA 2E8ZA 4CVUA 3U5YA 9CGTA 3PZVA 1V6XA 4W5UA 3CTTA 1MXDA 4PMUA 4YPJA 1QI2A 5D4YA 1LG1A 1GHSA 4S3JA 2YL6A 3DHUA 3VX1A 4CN1A 1HJWA 5CQ1A 4ZE5A 4CD8A 1FP8A 1HJUA 5E0CA 2JIEA 1F4HA 1OBAA 2YOCA 2YBTA 3CGTA 1IT0A 3ARPA 1E72M 1CECA 1QOXA 4QDMA 4MB1A 3ZQ9A 5AYIA 1US2A 2X8RA 1OT2A 1UKOA 1NOFA 3QHMA 3PZNA 5A6BD 3VM5A 3QHNA 2ZOXA 3VGEA 3ZR6A 1PBGA 3WEZA 1QNRA 2J77A 2WYSA 5ABHA 1VFFA 3WF3A 1NP2A 1JYVA 1BTCA 1MFUA 3KL5A 4A3HA 2WBKA 4LPCA 2D23A 4NZCA 5D8WA 1GNXA 4ML4A 3VILA 1GQLA 1PJ9A 1DWJM 3W26A 4HMEA 1W2VA 6CGTA 2WW5A 2XVGA 3B9AA 4UOQA 1UQZA 1M53A 1KCLA 3AISA 1VEOA 3ARWA 1XH0A 4W87A 4P7NA 4HOZA 2E9LA 1RPKA 4GZJA 3TOPA 3ARVA 2YLLA 4TVCA 1UD5A 1KBBA 4PMVA 4ACZB 2DSZA 1V08A 1EO5A 1Q6GA 1WP6A 3WDRA 2RGLA 2EPMX 2O9TA 1UWQA 4MADA 3SUUA 5HNNA 5E9AA 1BGGA 4GO9A 5GNYA 1LQ0A 3SCPA 2D22A 1FH9A 1Q6FA 3K8LA 3BLKA 2X0YA 1JZ3A 4TVDA 4J28A 3BAWA 1E6SM 1LL6A 5A2CA 5IDIA 4PEEA 2DIJA 2D0FA 2OYMA 4JKKA 2JALA 4GI8A 1VBUA 3LPGA 3CZGA 3L4WA 3ZSTA 4UOZA 4ATDA 2D24A 1XC6A 5E6YA 3VMPA 5E09A 3WNLA 2XG9A 2ZIDA 3IK2A 3SURA 1WZMA 1E56A 1EQCA 3EDFA 1EO7A 4BA0A 2WC7A 4PMZA 4D6IA 1JZ5A 1V3IA 5DFAA 5CSYA 3AIEA 2ZXDA 1UUQA 1MW3A 2ZWZA 3CUGA 4PMDA 4JCMA 2FDMA 1FOBA 1WZAA 4NRSA 1JI2A 1GONA 1EDQA 2WCSA 3BXWA 1FHLA 1XCXA 1KR1A 1BYBA 1J0ZA 4HA1A 1V6UA 1VRXA 3T0DA 1JDCA 1W1VA 3ZM8A 2ZXBA 5FD0A 1ZB5A 4UQCA 1NWSA 3WBEA 1CEOA 1GOOA 1C90A 2IXVA 2BXYA 3WELA 3AIQA 4R27A 1OD0A 1LF1A 3GNOA 3SCSA 1E4MM 1OCQA 3VU2A 1LG2A 2J7GA 5CGTA 2V5DA 3VVGA 1JAKA 1WDPA 1TZ7A 2NT1A 3BCDA 1E1FA 4N0RA 3BAIA 3EBVA 3WF0A 2WSKA 4QCFA 4PYSA 4ZXLA 2EO7A 1Q6EA 1R7OA 1WZLA 1EIBA 1V3JA 3VM7A 1XRVA 3L4ZA 4ATWA 2Q8XA 2EJ1A 1XV8A 2HVMA 5CPQA 1JI1A 3OLEA 1WB0A 1M01A 2WVTA 2XHYA 1BQCA 3WQ8A 3LMYA 3WBAA 3AI0A 3WENA 3PZUA 4R5EA 3WUGA 2D0GA 3KZSA 5IHSA 2WCGA 5M03A 4MJ2A 3RM8A 5BROA 4TOQA 5E6ZA 4UFHA 4TX6A 4X0NA 1QNOA 1ZBVA 3KL0A 4Y7EA 1BAGA 1J9YA 4LYRA 3WD2A 1V6WA 3W0KA 2E9MA 3OZOA 2OYLA 2WMKA 4M81A 2WZIA 4K68A 1JF6A 2GUYA 3POHA 2G4FA 5A2BA 1W3JA 2QMJA 1E70M 1UH2A 4QCEA 1UH4A 1JYXA 1DWAM 2UWFA 1JFHA 3PZIA 1H4PA 3SCUA 1MXGA 5A94A 5ECUA 2DSKA 3K8KA 4AZGA 4U5KA 1UKTA 4L4PA 1BSIA 1ZJAA 1UOKA 5AY7A 3I3EA 1KWKA 2VNCA 2WWCA 2XGIA 1ODZA 3PHAA 4YHEA 1YHTA 4KRTA 5LYRA 1JL8A 4TVUA 5ABEA 3WUEA 1WKYA 2XVLA 1KGWA 4XZBA 4M80A 1NWUA 3MV11 3VIPA 1GOKA 3RPMA 5LA2A 1VF8A 4JKLA 4M24A 4BQ5A 3ARUA 1NH6A 1VBRA 2J8GA 5GPRA 1BHGA 4HPHA 1B2YA 2BY1A 4HZ8A 5C71A 4ZFMA 4EE9A 1B1YA 4B9ZA 1ESWA 1J0YA 2OWXA 1GQJA 3CH9A 4XX6A 4WIWA 4UFIA 3MKKA 5IFTA 5A6KA 3CMJA 1GW1A 1ITXA 3VD7A 3PN8A 1CXFA 2J74A 4OUEA 2CKSA 4OKDA 3ZSSA 1PX8A 4WKHA 4F9DA 2ZX6A 3I3BA 1TFVA 2CPUA 3MUY1 4KWUA 3EDDA 2VT0A 3BAYA 3PZQA 2Z1KA 1XD0A 3TTSA 4B9YA 8CGTA 1W9PA 3A3HA 1E4IA 2EBNA 4Z2JA 3WH8A 4HA3A 3E1F1 5M5DA 2WMFA 4TX8A 4HZ7A 3VOCA 1XGZA 1W3HA 4UQAA 3OLGA 5BRQA 2JEPA 1KQZA 1NARA 2F2HA 2ZUUA 3VPLA 4JL2A 4KMQA 3A6OA 2EQDA 5FOOA 1WZKA 1ITCA 4W88A 1JNEA 1C93A 1QNSA 4W84A 4AC1X 3BMWA 4OOZA 3M7SA 1JDAA 3VUPA 2CBUA 4H2CA 2VZOA 3EDEA 4LYPA 3SCOA 4AWEA 1TG7A 1TVPA 3DHPA 1JXKA 1PPIA 1TVNA 1W2PA 5CZKA 4J3XA 2ESCA 2J7DA 3WDPP 3NYDA 4AEEA 3M6DA 3D3AA 2E9BA 5I23A 4M8UA 5DT5A 3UR7A 1GOMA 4QP0A 2PBGA 2A3BA 4BQ3A 1J0IA 2B31A 3FXYA 2DSUA 3DECA 3FHQA 1A3HA 1HKIA 3A4WA 1W9DM 4DUVA 4L4OA 2W61A 3U7BA 2Y8VA 3WUBA 3GNRA 3WQ5A 2WC3A 3LPOA 3ARSA 1CGUA 1H3GA 1JZ8A 1CGYA 2UY2A 3MUZ1 1QHZA 4PBGA 1VFOA 5A6AA 5A8PA 2YLAA 3ZJ8A 5JBEA 1O7AA 4J3SA 3W6LA 5EB8A 3VIKA 3GBEA 4P7LA 1E3ZA 1CXEA 1E6QM 4AZIA 2J7CA 5GNXA 4M82A 1AVAA 3GBDA 1FA2A 2QF8A 3UG4A 4AIOA 2EPLX 3T0BA 3TONA 2WB5A 4EAMA 3SCNA 1MQQA 3QGVA 3L4TA 1TA3A 1UR8A 3EMQA 4WSJA 4QFUA 2CHOA 3UCQA 3VDCA 3N12A 2A3AA 4TUFA 2W66A 3VIHA 1UZ4A 2VRKA 3WMSA 5TD4A 1M03A 3UR8A 4TTGA 1L8NA 1C7TA 1XSIA 3O2LA 4AD4A 4CN6A 5CGMA 3U57A 2FHCA 2OSWA 4YN5A 4PUEA 5DF0A 4YHGA 5I77A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UKP A;  1GOR A;  1V0M A;  3VNZ A;  4XB3 A;  4M1R A;  2DDX A;  2WVV B;  4PN2 A;  1BVN P;  1E0W A;  3W53 A;  2QV4 A;  3AXI A;  5A3H A;  2PF0 A;  4D6E A;  2WHL A;  1G9H A;  3GYC A;  2X05 A;  1HX0 A;  3NJ3 A;  2XTK A;  4IUG A;  4CD5 A;  3CZE A;  4JFU A;  1MVY A;  1ZL1 A;  3K1D A;  1QNP A;  3RM9 A;  3VIG A;  1VFM A;  3WMC A;  2J25 A;  1HXJ A;  1OGB A;  1W1P A;  3RM4 A;  1C8Y A;  2UY4 A;  4JFW A;  4JL1 A;  1DED A;  4AIU A;  4D6C A;  1V0N A;  1HL8 A;  3ART A;  3RCN A;  3ZOA A;  1AQ0 A;  3GXM A;  4AYS A;  4MAZ A;  3ZJK A;  3CPU A;  4HA4 A;  4WF7 A;  1CXL A;  2WPG A;  4F66 A;  3AHX A;  1GOW A;  1IV8 A;  3DYP A;  4UZU A;  1FFR A;  4QLL A;  2VC9 A;  5I78 A;  1AQM A;  1QI3 A;  5FCZ A;  3WH6 A;  1BYC A;  2VMF A;  1FFQ A;  4W7V A;  2AMG A;  3WIJ A;  1EHN A;  1DHK A;  1LL7 A;  1PAM A;  1OGG A;  1W1T A;  1ZBK A;  4E4P A;  4H8V A;  1UG6 A;  2WMH A;  3PZ9 A;  2JF6 A;  3B9E A;  4NI3 A;  3G6L A;  1HKJ A;  3A4A A;  4PSP A;  5CXP A;  2FGZ A;  3B8S A;  4FK9 A;  1JZ4 A;  2WAG A;  1ZJB A;  3VX0 A;  3VMN A;  4P8W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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