2WC4A

Structure of family 1 beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with 3-imino-2-thia-(+)-castanospermine
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
443
structure length
443
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEKEEDIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPDAPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
publication title Glycosidase Inhibition by Ring-Modified Castanospermine Analogues: Tackling Enzyme Selectivity by Inhibitor Tailoring.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 180
structure length 443
sequence length 443
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2009-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2wc4A00
3PN8A 5EMYA 2PWDA 1XH2A 4JL2A 3ZJ8A 1JF5A 1ZJAA 4WKFA 5KZ6A 4CD8A 2PB1A 2PWGA 3AQUA 1NWSA 4W7VA 2O9OA 1CTNA 1BTCA 2WCAA 3NSNA 4MNLA 3IJ7A 3RILA 1X6LA 3VINA 2G3NA 2ZX5A 1B31A 2QLYA 1UQZA 5GNZA 4FLOA 2DIJA 4WLCA 4D6JA 1HP5A 5ABEA 1E4LA 1H11A 1IZJA 4PMUA 2FDMA 2WWDA 2WC7A 2GJRA 2CYGA 3MMWA 4CCCA 3ARQA 4QLKA 4GI9A 5IHSA 4MNKA 4D6IA 2VJXA 1E0VA 1DHKA 1ISXA 5HOSA 1CDGA 1C8XA 3CUFA 4QLLA 1B9ZA 1CGWA 1FHDA 4AISA 5BXRA 3EMQA 5I3DA 4U2ZA 2GDVA 1H49A 3B9EA 5CZKA 3ARPA 3IJ9A 1BVNP 1E70M 1QHPA 1HVXA 3IAQA 1U33A 1JI1A 2JIWA 1H3GA 2UY4A 4AZ6A 2UWFA 4M8UA 4PMOA 5E0CA 2CNCA 2J77A 3S6TA 2J78A 4UQCA 1SFSA 3VGEA 5A2BA 4MPKA 3SUUA 4ATWA 1V3JA 5IDIA 4AZCA 4FK9A 3ARZA 3WEMA 4LYPA 3ZQ9A 2ZX7A 3BC9A 4CD7A 1JXKA 1BYAA 5HNNA 4AEFA 2ZX8A 3W27A 3UETA 1EIBA 3VD4A 3KE0A 1AVAA 3BAIA 4J3TA 4EAMA 3G6MA 2OWWA 3AXHA 3RM8A 2DGAA 3AJ7A 4UCFA 1KQZA 4ML4A 2ZXAA 5JBFA 1BHGA 4X0NA 1XCXA 1GQJA 3VGGA 4TVUA 3MS8A 2J7DA 1KFWA 2G41A 4P7QA 1GOKA 2G8ZA 5BRQA 1FHLA 2O9TA 5DF0A 5A8OA 1EO5A 4AZBA 3TTQA 3W6LA 4DWSB 3QHMA 3AI0A 5CPSA 2X1IA 2WLYA 1YHTA 1MW2A 3T2PA 1XYFA 4PBGA 2XVNA 5A8NA 4UFMA 5BXTA 3CZEA 4P8UA 4YPJA 2D0HA 2GFTA 3WDIA 2VVNA 3LMYA 4BQ4A 3GNPA 3DC0A 2BHUA 5D9MA 1E5NA 2FHFA 1ZL1A 1WO2A 1QBAA 1LG2A 3I3EA 4D6HA 1V3HA 1WNOA 4AYSA 3VIPA 3VD9A 2OSWA 4PYSA 4WSJA 4GPNA 2F8QA 4CKQA 4N42A 3MUZ1 2D2OA 3KWXA 3WNKA 1V3LA 4ACZB 1E6NA 4U3AA 3PHAA 3SCWA 3VPLA 1GOWA 3II1A 3KL5A 1UYQA 3VIJA 4JIEA 4YN5A 4MJ4A 1WZLA 4TTUA 4QFUA 1US3A 4D6EA 1CENA 3VIIA 3WMCA 3I3BA 1CBGA 1MXDA 3WNPA 5TD4A 1KBBA 4URIA 6TAAA 4FLQA 5CLTA 2XUCA 1MQQA 5AY7A 4JCLA 1EO7A 4ATLA 4HA1A 5CQ1A 2QHAA 3WF3A 2YBUA 1S46A 5CXPA 3BMVA 1WZKA 1CGTA 4WKHA 2FHCA 2D1ZA 1BG4A 1C7TA 3WFLA 3WD4A 2V3EA 2D24A 3N11A 3B9DA 3L4UA 4CN6A 1XH1A 3ZR5A 1GORA 1CXKA 1E5JA 1TA3A 1HJXA 4TX8A 1XV8A 3T09A 1KGWA 4AZHA 3BAKA 1K9TA 4D6CA 1LJYA 3K46A 2WVSA 2JFEX 3T08A 3MUIA 5M5DA 4PCTA 2E9LA 1W9BM 1CGVA 1UD6A 5CSYA 4NRSA 2PWFA 4WK9A 1XGZA 4H8UA 4KRTA 5JBEA 2ZICA 4ZXLA 3W28A 2BNJA 2XM2A 1W2PA 3O2LA 4H41A 3VIHA 1E3ZA 2VCBA 1FA2A 5C8BB 2W63A 1GJWA 4EE9A 3VX1A 2FH8A 3AZRA 3CZLA 3BSHA 2WVVB 1A47A 1BYDA 2WW5A 3BLPX 1GOQA 4D72A 1CXHA 2D22A 3UR8A 2JF6A 4QCFA 3ZO9A 1KCKA 2YA1A 1QNOA 3AHTA 5HPOA 1H0GA 2WHKA 5I6SA 4QDMA 1G94A 2BV9A 3GDBA 4GO8A 3AHZA 1XH0A 4D1IA 1E15A 2G4FA 2V38A 2QMKA 3CMGA 2E40A 4AC1X 4PMYA 4PTVA 3WNNA 1E6ZA 1YQ2A 1K6AA 1RD6A 3AZTA 1VJSA 2PI6A 2WXDM 3AFBA 4AWEA 1EXPA 2A3AA 1UR4A 1FH8A 2J4GA 1OD0A 1XC6A 1Q6GA 3EDEA 2YLAA 4S3JA 1W3LA 1O7AA 5A69A 1TUXA 4AD1A 2VNCA 3ZT7A 2RGLA 2D0GA 3RM4A 3PZVA 2DSKA 3AYSA 4E2OA 2ZX6A 1H09A 1E1FA 3NIYA 2J7GA 1OBAA 4E4PA 3WBAA 4QP0A 3SUSA 4RE3A 2WKLA 2X09A 1ISWA 1EDGA 3BGAA 5D4YA 2D3NA 5DT7A 3AMLA 3AIEA 1JAKA 3GBEA 4J3SA 5A6LA 5A6SA 5CJ5A 2YBTA 3MMDA 3CHEA 4UFKA 1JL8A 2WMHA 1B90A 3GM8A 3THCA 4JHZA 1VFFA 4A3YA 4S3KA 2YLLA 2J7CA 2BVDA 2OWXA 4W8BA 1E1EA 3N13A 2NW0A 4U33A 2ZUSA 2XVGA 3VD7A 3BSGA 4RL3A 1UWQA 1OCQA 4AZIA 2XFRA 4PMDA 3WNLA 2EPKX 1VRXA 1E56A 2VCCA 2CERA 4D6DA 4NI3A 2NSXA 2W91A 3AIQA 1KWGA 3DYPA 1MQRA 4AD0A 1MYRA 1ECEA 3RMEA 5LA1A 3F5LA 2AAAA 1ZU8A 2XGBA 5JUVA 3CUHA 3F4VA 5AYBA 4DWSC 1CEOA 4EANA 5ABFB 1V02A 3SCVA 5CG0A 1ISZA 4UQEA 3MV01 4NSBA 3OGVA 4PTXA 3F5KA 4DUXA 3GH4A 5I5RA 3PTMA 4JFWA 4R27A 1VFMA 1JI2A 2J74A 5F7UA 2OYMA 2C7FA 1GUVA 4C7FA 4BF7A 1UWRA 2Q8XA 1KGUA 2XIIA 2F61A 3VO0A 1HT6A 1HVQA 2XWEA 3KL0A 1V08A 1RPKA 1LQ0A 2XPKA 2OSXA 1M7XA 4PRWA 1AQHA 3AHYA 3PZGA 1WDPA 2UY3A 4BCEA 5D9OA 3CH9A 5FCZA 4DM2A 2GJXB 4BA0A 4U3CA 1VIWA 1LWHA 2WCGA 3WDQA 1MQPA 1UKSA 2BY0A 4W89A 1CYGA 3N17A 1J0ZA 3BAWA 3APGA 1CECA 1QI0A 1ODUA 2YDSA 3N1AA 4HMEA 2XFYA 1ISYA 3AYRA 5HBFA 3U7BA 3UERA 5ABHA 2ZUTA 4U5KA 1OIFA 1LL7A 2CBVA 1ESWA 2CHOA 4IPNB 3WUBA 1H4PA 2VR4A 4JZ5A 1EHNA 5CGMA 4R5EA 2GK1B 3HN3A 4MB1A 4Z2KA 1OT2A 5D8ZA 3M07A 5IFTA 3AIWA 9CGTA 8CGTA 1G9HA 1WB0A 1VAHA 1W9PA 1C7SA 2YDRA 2JF7A 3NYDA 4MTVA 1QI2A 3GXIA 4XX6A 1C90A 4UZSA 3WDHA 2E4TA 2IXUA 2AOSA 3CHDA 1AQMA 2Y5EA 1QNRA 1R86A 3W26A 3CLWA 1QOXA 2E9MA 3SCPA 4UFIA 3GH5A 4IISA 1JYVA 1V6UA 1DWIM 2J25A 2WMIB 1E43A 2UY5A 4CN4A 2GSJA 2OWCA 4M81A 3RJXA 3T0AA 1NARA 4PMNA 4UOJA 1UWSA 2X0HA 5JIWA 3WH9A 2A3EA 2VZTA 4AZ5A 2DT2A 2BHZA 1A3HA 1B3YA 3EDFA 1J01A 3T2QA 5CSUA 1UD3A 1VEPA 2DPEA 1Q6EA 4W8LA 1B2YA 4HA3A 3BAYA 1JF6A 1ZB5A 1IT0A 1PPIA 3SIMA 2O9RA 4D1JA 1E6XM 3AS0A 3AHXA 3K8KA 1UA3A 5LA2A 4B16A 4M80A 3W82A 3SCSA 4GO9A 3BXWA 2YOCA 1R8LA 3A3HA 4HMCA 4KGJA 5A2AA 4B15A 1JNEA 2BHYA 4AZ7A 5A3HA 4CU6A 1W1PA 2E3ZA 1F4HA 2J62A 2OYKA 1D3CA 3OG2A 4BS0A 4E8CA 3SCNA 1ITCA 1K9EA 4UFLA 2PC8A 3AXXA 1KXTA 3OLGA 4FF5A 1HF6A 3TTYA 1OINA 3N15A 6A3HA 2VZOA 4WF7A 3GNRA 4OOZA 1W9VA 4JHOA 3UESA 2WMGA 2TAAA 5C71A 2JEPA 4M82A 2J7FA 4AD4A 4PUDA 1QPKA 1UWTA 1BYBA 1UKQA 3AIUA 4CD5A 4JFUA 2CXGA 3IJ8A 2J7EA 3G6LA 4DUWA 1H1NA 1J0HA 2EXOA 1H2JA 1TFVA 3NDYA 5A8QA 3AIVA 1JZ3A 3IK2A 4UNIA 2DT0A 3VD3A 4HOXA 3OLEA 1NH6A 4MDOA 4X0VA 1C8QA 4FLSA 1I1XA 3WH6A 1EHAA 4JKKA 1JZ2A 2W4XA 3LPGA 1XCWA 5IXEA 1HX0A 1HJUA 1C3FA 2XGIA 3K8LA 4IUGA 3PBGA 4KRUA 4ZE5A 1J11A 2VMFA 1LL4A 1EGZA 1BVZA 4TUFA 2ZXDA 5FKYA 3L4WA 1ZS2A 1CPUA 2VX6A 2Z1KA 2EJ1A 4J7RA 1GCYA 1HKMA 3IANA 1MVYA 5A94A 1V6VA 2Y24A 1E55A 4M24A 3W81A 3ARUA 1L8NA 1W1TA 1UD8A 3VILA 4Q7NA 4Z2HA 3VD5A 1E0WA 3M7SA 2D0FA 5A8MA 1VFOA 2V3GA 1VJZA 1V3MA 1MW1A 2ESCA 2XG9A 3W6MA 2A3CA 2FGLA 2DSVA 1UWIA 2ZXBA 3CTTA 3U5UA 2FH6A 2VZUA 2FGZA 3EYPA 3QOKA 4UR9A 3ZOAA 1G5AA 2YL5A 3EDJA 4BQ3A 3FY1A 4OOUA 2GVYA 3SUTA 3TP4A 1CGXA 1IZKA 2YL8A 1KWKA 4H8HA 2X05A 4GI6A 5D8WA 2W5FA 1HNYA 2WVUA 1UQYA 3FAXA 3MANA 1LG1A 1Q6DA 4P8VA 3VMPA 1NOUA 4Z2JA 1GONA 2WAGA 2V3DA 1DWAM 4J28A 1XD1A 2DQXA 3W37A 5DT5A 3DYOA 1CNVA 2E8YA 3ARTA 3VIFA 1OWQA 1XHGA 1WCGA 1CXFA 3CUJA 1EDQA 2XVLA 1CLXA 4UQ9A 1HL8A 5I2UA 1Q6FA 2E9BA 3O6AA 1LLOA 3L4TA 5I24A 4B9ZA 2DH2A 1GQLA 1UKTA 1M04A 3WMBA 2W61A 4IM4A 1EH9A 2YL9A 4M56A 3EDKA 3FXYA 4XUYA 2AMGA 3VGHA 4MNMA 3WUFA 4C7GA 1C8YA 4Z2IA 1WKYA 5HDRA 3AZSA 3WNMA 4AXNA 4UOZA 3K4AA 1W3JA 4L4PA 2D20A 1Q6CA 3PZUA 3D3AA 5E6YA 4F9DA 3K8MA 3WF1A 1QNPA 4NZCA 2CBJA 2VO5A 3WD2A 1GZJA 4JFTA 1WP6A 3SCTA 5CPQA 3RDKA 2VRKA 4ZE4A 1GOIA 1ZBCA 3CZGA 5I78A 5LA0A 1I75A 2VX5A 3PZMA 4HOZA 1E6PA 2ZUNA 4JFVA 3B9AA 5DMYA 4W8AA 1WE5A 4GI8A 3JUGA 5FD0A 1WDQA 1H0IA 1KXVA 1JDDA 1AMYA 2NT0A 1JZ7A 2WC3A 3BLKA 1BPLB 2VRJA 4HZ7A 1NOWA 1PAMA 1VEOA 1UZ1A 1W9XA 3A4XA 2YIHA 1UH2A 3W0KA 1VF8A 1MW3A 3QHOA 1PIGA 1ZBWA 2VR5A 1UD4A 2WMJA 3T2OA 3VTRA 3QR3A 2WHJA 1HKIA 1V0LA 3A47A 3WF4A 3VIKA 3BCDA 4B3LA 1CZ1A 4M1RA 4AD3A 1SMAA 4DWSA 1UR8A 4OBSA 2V3FA 2VCAA 3RM9A 1UKOA 3VGDA 3VVGA 3U7VA 2XHYA 1HP4A 4W93A 3WEZA 1RH9A 3ZSSA 1TE1A 3L4ZA 1CGYA 3AMDA 1E6RA 3KL3A 1J0KA 3MU7A 3ZMRA 1E9LA 4UQBA 3MO4A 4AZGA 2WBKA 4CD4A 4OIFA 5DFAA 1OD8A 2EPOA 4AD5A 1W1VA 4D6GA 7TAAA 5DEZA 3TTSA 1UH3A 4D71A 4YHEA 4ACZA 2QV4A 2WMKA 3OLIA 1TZ7A 4J3WA 4QCEA 2O92A 3WF0A 2Z1SA 2DEPA 3BMWA 2PWEA 3CHFA 1UKPA 1GOOA 4P8XA 4KGLA 3UG4A 2HVMA 1X6NA 2DDXA 3THDA 5DO8A 1DP0A 2CIPA 3AIBA 3RIKA 2CKSA 2VC9A 3VDHA 2EQDA 2WSKA 4MJ2A 5M3WA 4GQQA 1HKKA 4KH2A 1W32A 1JXJA 5AC5A 5I23A 2YA2A 4U2YA 3WDJA 2ZUMA 1DTUA 2WANA 1NWTA 4F9JA 3AROA 1QI4A 3CZJA 3L4VA 1E0XA 1UZ4A 4V28A 1BSIA 2XSAA 5I79A 1V0MA 2VQTA 5LYRA 2D23A 1XRVA 2WC4A 4GZEA 2XFFA 5E09A 1XSKA 4V27A 4HPGA 3UEQA 5A6BA 4UQAA 4KMQA 1BG9A 2ZUUA 4X9YA 4AIEA 2G3IA 1K9FA 1OT1A 3CGTA 1EQPA 1E72M 2QF8A 2PF0A 2CPUA 1ZJBA 1SMDA 2WCSA 3AIRA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PN8 A;  5EMY A;  2PWD A;  1XH2 A;  4JL2 A;  3ZJ8 A;  1JF5 A;  1ZJA A;  4WKF A;  5KZ6 A;  4CD8 A;  2PB1 A;  2PWG A;  3AQU A;  1NWS A;  4W7V A;  2O9O A;  1CTN A;  1BTC A;  2WCA A;  3NSN A;  4MNL A;  3IJ7 A;  3RIL A;  1X6L A;  3VIN A;  2G3N A;  2ZX5 A;  1B31 A;  2QLY A;  1UQZ A;  5GNZ A;  4FLO A;  2DIJ A;  4WLC A;  4D6J A;  1HP5 A;  5ABE A;  1E4L A;  1H11 A;  1IZJ A;  4PMU A;  2FDM A;  2WWD A;  2WC7 A;  2GJR A;  2CYG A;  3MMW A;  4CCC A;  3ARQ A;  4QLK A;  4GI9 A;  5IHS A;  4MNK A;  4D6I A;  2VJX A;  1E0V A;  1DHK A;  1ISX A;  5HOS A;  1CDG A;  1C8X A;  3CUF A;  4QLL A;  1B9Z A;  1CGW A;  1FHD A;  4AIS A;  5BXR A;  3EMQ A;  5I3D A;  4U2Z A;  2GDV A;  1H49 A;  3B9E A;  5CZK A;  3ARP A;  3IJ9 A;  1BVN P;  1E70 M;  1QHP A;  1HVX A;  3IAQ A;  1U33 A;  1JI1 A;  2JIW A;  1H3G A;  2UY4 A;  4AZ6 A;  2UWF A;  4M8U A;  4PMO A;  5E0C A;  2CNC A;  2J77 A;  3S6T A;  2J78 A;  4UQC A;  1SFS A;  3VGE A;  5A2B A;  4MPK A;  3SUU A;  4ATW A;  1V3J A;  5IDI A;  4AZC A;  4FK9 A;  3ARZ A;  3WEM A;  4LYP A;  3ZQ9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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