2X16A

Crystallographic binding studies with an engineered monomeric variant of triosephosphate isomerase
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
238
structure length
225
Chain Sequence
SKPQPIAAANSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Binding Studies with an Engineered Monomeric Variant of Triosephosphate Isomerase
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE, GLYCOSOMAL
molecule tags Isomerase
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 85
structure length 225
sequence length 238
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2009-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2x16A00
3M47A 4RCXA 5D37A 5CSSA 3WJZA 4IPJA 4UFHA 5EY5A 3ZWSA 3W2KA 1SO6A 2B7OA 2EF9A 3B4UA 3TCEA 5FEZA 3M7WA 4E38A 2ZA1A 3FJ6A 4LU0A 5FF3A 3UWQA 1I8JA 3TSMA 1S5WA 4MOZA 3S1XA 2RDTA 3TFXA 1LYXA 4WX2A 4PC8A 1W56A 3CEPA 1GVQA 4JICA 4RR4A 4UFJA 5HUOA 1ME9A 3FS2A 3W7OA 1HUVA 4AF0B 5EMUA 1K7FA 2FJKA 3UWZA 3FIGA 1JUBA 2ZRXA 4XBKA 3LHWA 5BOOA 4IMDA 3QW4B 1DV7A 2ZDRA 4RX0A 3PBVA 4NZFA 1OFAA 3CU2A 4U4MA 1GEQA 3IGXA 2NWRA 4QM1A 2A4AA 1F6KA 5E93A 4DF0A 1KTNA 3TNOA 3A5FA 3QYQA 1DQXA 1YPIA 3W75A 1EX5A 2VEKA 1TTPA 1JQVA 4QQ3A 1G69A 2BWGA 3QW3A 2C1HA 3W84A 3N14A 2NLIA 2E5CA 2ZZ4A 1QOPA 3HF3A 3W74A 3DFSA 3HJZA 3EX2A 1YLVA 3H54A 5KMYA 2FTPA 3NQVA 3O16A 4O54A 2H90A 3W2JA 5DELA 1TPEA 4BI6A 4CLMA 3ABOA 4XKYB 1W5QA 1KM6A 2HS8A 4X9SA 1H7NA 1P0NA 5AHEA 1RZMA 2XFWA 1ZAJA 4O53A 4AVFA 1CW2A 4CNNA 4JTUA 5CGQA 2Y7GA 5L6UA 1IXOA 1VHCA 3E49A 3LHVA 1AG1O 1W5MA 3TW7A 5I3KA 2QCLA 4E0CA 4HNUA 1OYCA 4EIVA 3GNNA 3OVRA 5BMWA 4IX2A 2HS6A 2FPTA 5LGXA 2PE4A 5EL1A 3WJWA 1Q6QA 4NJHA 4DF1A 3E96A 4C1KA 3P82A 1L6SA 5KZMA 2OZ0A 1L9WA 3ABQA 2XN2A 5CPLA 2QCHA 5CKSA 3PM6A 4ZMGA 5LHEA 4ALDA 3DXIA 3W7KA 1GOXA 1YDVA 1C29A 4DPQA 3ATYA 5BNKA 1SW3A 4LC6A 2C18A 1T99A 3TA6A 3KVJA 3UY8A 1EB3A 2FPVA 5TQLA 1ADOA 4LWWA 3NM1A 3FLUA 4EOUA 2X16A 4NX0A 3W7LA 3OG3A 1H7OA 3I65A 4R53A 1G7UA 1JUEA 3F4NA 4ICNA 2X1UA 1SU5A 4YL2A 4UNLA 3A5VA 5F2GA 3GVGA 2WKJA 1H51A 4HSOA 1JUKA 3DFQA 3KXQA 3MYOA 3LTPA 1UJPA 4ADSA 4AWTA 1FDYA 4PODA 4OU1A 3GDMA 3L5MA 3CTLA 1Z41A 4NXSA 2ZRUA 3P80A 3C56A 1YXCA 2JBMA 2PRHA 4BI5A 1YYAA 2A0NA 3TROA 3HMJG 1KFBA 1R46A 3I7QA 3BLFA 4UTUA 3W1QA 1EEPA 3KVKA 3UQNA 3CIXA 1G4TA 4AHOA 1KM3A 4PFMA 1ZALA 1EP2A 3G0SA 4MJMA 3DKLA 1LZOA 2TYSA 3NQEA 4MLRA 1SFJA 1LCOA 3LI0A 1N55A 3G1XA 4AMAA 1J2WA 4J9JA 1OF6A 4YXGA 1WX0A 4LT9A 3TK7A 1KM1A 4ZQNA 1TYGA 1OK6A 3PS7A 1RV8A 3SGUA 3BG9A 1DOSA 1T96A 4TO8A 1FUYA 5AHMA 1DVJA 4GWEA 1G4PA 3TIMA 4HT3A 3TW6A 1LROA 2W0UA 2GUUA 2NV2A 1PCWA 2CZ5A 3HPXA 3BVJA 2ZA3A 5HJLA 5DN1A 2FIQA 4DO5A 3E0IA 4AH7A 4IMEA 1GYLA 5F2LA 1QAPA 2Y89A 1FCBA 3W07A 3VNDA 5AHNA 1XM3A 2VFIA 4UTWA 4AAJA 1RPXA 4Y9AA 3ZWTA 1MEIA 4BWLA 2QCMA 3DAQA 4HSNA 1P4CA 3DBPA 3G0UA 2QUUA 4UTJA 2A5HA 2DORA 3WK0A 4WOQA 2QJIA 4O28A 2VFEA 3S5ZA 3FA5A 3WK3A 2ZZ3A 1IXQA 1LRNA 3A21A 2C19A 5KSWA 4NVTA 3DENA 1KLYA 1GJPA 2YSWA 3H53A 1XBZA 1IXNA 3LRLA 3M5VA 3MUXA 5LHFA 3NQ8A 1VCGA 2RHGA 2J88A 2TSYA 3PR2A 3I68A 3TH6A 4JX5A 4Y6GA 4TX9A 3TMLA 2HTMA 1F5ZA 1TPB1 3QPYA 1UUMA 3S5NA 2FQIA 1OFQA 2RH9A 3GK0A 2J6XA 4WQ6A 4GUHA 4JTJA 4CQAA 2Y88A 3QQ0A 1K8XA 3LRMA 3P7YA 2V8ZA 1D9EA 2DZSA 2PURA 3GB6A 1OFBA 3LXAA 3EWUA 1R30A 3LTSA 5C55A 4M7SA 1TJPA 4NJKA 4RZ5A 1BWLA 3P67A 3OVPA 1XBXA 3W1LA 4N2YA 1XBYA 4WJEA 1DORA 3W1XA 3W85A 2C14A 3IIOA 1PHQA 1TPH1 2DJXA 5T26A 3W1PA 3NZRA 3TR2A 4PL1A 3CB8A 3O63A 4HIBA 4Z0SA 1GVSA 4M6VA 5AHFA 3UZJA 1S3HA 1RD5A 4NXKA 2R14A 3LBCA 3O06A 1IF2A 2BX7A 1KW1A 2QKFA 1TPWA 3W2LA 3S9YA 2B7NA 4O1AA 1ZENA 1XDLA 1L2UA 5CPMA 4LV9A 1KTCA 3PAJA 1KFJA 1FDJA 1U5JA 3HPSA 3T40A 3NQDA 4JNMA 1O5XA 4E2BA 3UPBA 1AW1A 4JN6A 5HWNA 3C0JA 2QJHA 4N9CA 1CI1A 4AHQA 4FXSA 3STFA 3S8HA 4LS2A 4QISA 1KM5A 3L5LA 1GQNA 4JY9A 1K02A 3TFCA 4X2RA 1G7VA 2BSLA 1LBMA 1LOLA 1TQXA 3W6YA 3MP3A 3GX9A 1OFOA 4GXMA 3TJXA 1EA0A 1RR2A 3KHJA 1OF8A 1OFPA 3H55A 4GE8A 2NX1A 4BF9A 3W2NA 4QSHA 1N7KA 3KRUA 4N6EA 3RU6A 5A5WA 3W86A 1VYSX 3MW7A 3E02A 3M1ZA 4RZ4A 4FIRA 1YDNA 3ATZA 3SGZA 3A9IA 4CCDA 4UIOA 2C0AA 3BGJA 2CZDA 1KTBA 1SFLA 2YX0A 3CWNA 3QRHA 2Y63A 4MYXA 4DBDA 4S1FA 5BRBA 3P5ZA 3LXCA 3F1QA 3DKJA 5HNRA 3L65A 3LCGA 1WOBA 2A1YA 2G5WA 4UTTC 3S6DA 1G4SA 4GC4A 4GBUA 3MI6A 1TO3A 4AXKA 2Z6JA 2RDUA 1TSIA 4Y90A 3THQA 1W3IA 3RLUA 3GAKA 4ZQCA 2J9ZA 4IPIA 1ML1A 1TPVA 3GDLA 4ORIA 3U8GA 4O1CA 4MZ1A 2E6FA 2H8XA 3W3OA 4FO4A 4MUZA 3ZR4A 4LY8A 1R2TA 5G2WA 4M19A 1SSGA 1ICPA 2ZYFA 3IVTA 1T0OA 2WJZA 2QJGA 4CNPA 3WJXA 3N19B 1FY6A 3SECA 5I3FA 1TV7A 4RJEA 3MYPA 2GQAA 3WK2A 5FF7A 3C2OA 3PSVA 3LBMA 5G1TA 2QCNA 3TX9A 1W3NA 2LLEA 2Y7DA 5EBUA 3N2XA 5E0KA 3TAOA 2Z0IA 5LNUA 4IOTA 1VJIA 3NPWA 3LERA 3P5YA 4W9TA 3NZ1A 3NQFA 3GZ3A 2V82A 3AO0A 4YWIA 1NVMA 3E12A 1Q6OA 3C61A 1TIMA 4UTHA 2NX9A 3GLCA 3GXTA 2DU2A 3SZ8A 3W1RA 1TTQA 3GYEA 3W88A 1JCYA 1XXXA 1ZY9A 5HWJA 4O16A 5F4SA 2V30A 3HGSA 2YW4A 4BFAA 3S1UA 4RXFA 1GVFA 1X1OA 2EKCA 3DI1A 1K8YA 3A24A 1S5VA 5BW6A 3P60A 5D2TA 3N73A 1GTHA 4UTWC 1H7PA 1R2SA 1SO3A 2V9DA 4D2JA 4BWLC 1BWKA 4PH6A 3IEBA 4MY8A 4ZL1A 3LV5A 2J9XA 3PUEA 4O12A 1PS9A 3HG4A 4JTLA 4HPJA 1SZEA 4TMCA 2DJLA 3L2IA 3M44A 4OE7A 1BEUA 3W9ZA 4M7TA 3EEGA 3BO9A 4WXZA 2NXGA 3NQAA 2E6YA 3I7SA 3KVLA 2YFNA 1V7YA 1K7XA 3N3MA 1M7PA 1I2NA 2C13A 5EA9A 5CPNA 2ZRWA 1XKYA 3W1TA 5AFDA 4UMCA 4UUIA 3P8IA 4KKXA 3PUDA 3USBA 5GVJA 4LVDA 1UCWA 4TIMA 2J27A 5H91A 4O57A 4MY1A 4N9DA 4JY8A 3KAOA 4K7VA 1QNVA 3HGJA 1VCVA 4GRSA 4UMBA 1DKWA 1GG0A 3TSDA 1ICSA 4ONVA 3UXAA 1GYNA 1H5YA 1JCMP 3IGUA 2QCCA 2YYTA 2TMDA 2E6DA 3NEVA 4K38A 5TIMA 5E1QA 1UB3A 2O7SA 1SQ7A 2H3DA 4RLIA 1NEYA 1K8ZA 4Q33A 1GPWA 3W70A 3BG5A 3W73A 3NL3A 1TRDA 1YADA 4JGDA 1F05A 5HWMA 3PBWA 4O15A 4LVAA 3W23A 1TCDA 5C54A 1AW2A 1EWDA 2NUXA 2ZA2A 4KWWA 5FF0A 4IWWA 4IMCA 4K6AA 3FEMA 1TTIA 1GZGA 4NNAA 5F4WA 2ZCGA 4EVZA 4K37A 5HINA 1P1XA 3GR7A 4YCPA 1PHWA 1EP3A 3PULA 3NL5A 4GUFA 2JK2A 1HO4A 1WBJA 2EHHA 1MO0A 3OBKA 4WY0F 3IIZA 1SZNA 4YCOA 2ABBA 1ONRA 4DO4A 3G3DA 4TU1A 2A6LA 5D2WA 2QF7A 1MEWA 1NFBA 3P62A 1A53A 1X1ZA 3MBDA 4ML9A 1FWWA 3NQMA 5DCEA 1H62A 5LNVA 3QEZA 2GPTA 5KITA 1LTDA 2X1RA 5HR6A 2ZFAA 1S5TA 4WY0A 3FFSA 3NGJA 4XTIA 1SPQA 2DZVA 1NSJA 3B8DA 5I3HA 3MMTA 4A2RA 3N9SA 5FI8A 2ZRZA 3KVMA 3R8RA 3GAYA 5CG7A 2C15A 1W31A 3P81A 3TXVA 2YFOA 4O0KA 2YGYA 1ZCOA 2DZTA 3JR2A 3RNDA 1HO1A 1VLWA 1V5XA 3EWZA 2WSRA 4TMBA 4QNWA 5LGZA 1QFEA 5CZJA 1IGSA 2YR1A 1LLWA 3EX4A 1O94A 4OT7A 1OFDA 3HOJA 4JX6A 4U28A 1TV8A 1DBTA 3G22A 1L6WA 4O4VA 2I9EA 2ZZ2A 1FWRA 5KTLA 2AAMA 5EPDA 2KZHA 4O17A 3IVSA 2VFDA 3BV4A 3GKAA 2Y62A 4HKPA 1NF0A 2PRMA 2QCFA 3LCHA 1PE1A 3TQKA 5KZEA 1LDCA 1J5TA 1XI3A 5FF2A 4UCGA 2ZZ6A 3LXBA 4XWUA 3N34A 2GVLA 3NL6A 1VYRA 4O18A 3IVUA 1FDZA 3NNTA 4DO6A 3NOEA 4JTFA 1TQJA 2X1SA 4NU7A 4NZJA 3HG5A 1Q3NA 1OG0A 4JTIA 3R89A 2ZTKA 1HTIA 1W5OA 3W7DA 4FX6M 3UNDA 3DFNA 3CIWA 3NVTA 4BK9A 3RK8A 5CZSA 3KFTA 3W1UA 3FKRA 3OEXA 3C4UA 3PBUA 2NV1A 2FPYA 2W79A 5D2YA 1KFKA 3PF3A 4M5PA 2CW6A 2QDGA 4S2BA 3W7PA 3GIYA 3R2GA 3QF0A 1RQBA 3PB2A 1ZHAA 2NUYA 1ZAHA 2YCEA 1W37A 4LUJA 3SW6A 1NF7A 3HPZA 4YLWA 1DHPA 1I2OA 1WBHA 3PUOA 4WY0B 5U4NA 4DBEA 3L21A 4N02A 1FCUA 3HBLA 1ZJIA 4GNJA 3UZ5A 4IXHA 5HMSA 1QR7A 1WOAA 1LLZA 2G97A 4HNNA 4DQWA 3L0GA 3K30A 5DY3A 4N6FA 3M41A 4ZZ9A 5LNRA 3TUUA 2EGZA 5D05A 5C5YA 1QPNA 4EF8A 3I7RA 3W7HA 2X1TA 1H61A 4E2DA 4FB7A 3PC0A 2WSYA 1DJQA 3S0CA 1XDMA 4UNKA 3TAKA 2XN1A 2Y7FA 3RF9A 2DZUA 1JCXA 1IIGA 3EWXA 1SZFA 2OT0A 1LOSA 3TV8A 2R8WA 2CLLA 5K2ZA 5DCBA 3RLVA 2GJLA 3NL2A 1W5NA 2I1OA 1TRIA 1JR1A 3HG3A 5G2HA 1W5PA 2Q3RA 1WDWA 2AQWA 2QCDA 3T44A 3UY7A 4QJ1A 4UR8A 4MJZA 1QMLA 1F7BA 1X6UA 2CLIA 3D0CA 1R47A 1OFEA 4ADTA 1XUUA 3VKJA 4UFKA 2NXIA 2W6RA 3V1PA 3KRZA 3SFKA 1XC4A 4DF2A 4JTEA 3G1HA 4BI7A 2YW3A 3W22A 3M43A 1OFRA 3IIPA 1F2JA 4A22A 3UWWA 4RV8A 2P1FA 2G96A 4XZ9A 5AYXA 4JXCA 1PCKA 3BK0A 5I3IA 2ZBTA 4IMFA 3W1AA 4MFEA 3T7VA 2YZRA 3N2MA 4Z1AA 4NJGA 4N9BA 3PWAA 1QCWA 1SO4A 3TKFA 1EUAA 1KA9F 5J5RA 4Z08A 3WJSA 3EXSA 4MZYA 3VCRA 5FEPA 1EWEA 2CZEA 3DGRA 4K36A 2FDSA 3T55A 2O7QA 4JR5A 3CQ0A 3DU0A 1Z42A 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 1SW7 A;  4OWG A;  4IGH A;  3WK1 A;  4UXD A;  4JDY A;  1YTK A;  3F4W A;  5K7J A;  3PG8 A;  3W7Q A;  4G1K A;  2TPS A;  5H2Z A;  4HPX A;  4O10 A;  4JTT A;  1TTJ A;  2WNN A;  3O07 A;  1OYA A;  3G8E A;  1WYI A;  5D03 A;  3W2M A;  2YDA A;  2EPH A;  2DP3 A;  3MI2 A;  2YPI A;  3LB0 A;  2ABA A;  2GQ9 A;  4RXG A;  3QM3 A;  5D2V A;  1KFE A;  1GG1 A;  4PL2 A;  4K39 A;  2VFF A;  3QC3 A;  5G5I A;  3GDK A;  2E5D A;  4RZ6 A;  3U6W A;  4BR1 A;  4OQV A;  2V2H A;  1WQ5 A;  3QPZ A;  3TU9 A;  1G67 A;  3LHZ A;  1OHL A;  5C2X A;  3ABS A;  4X22 A;  4LRT A;  5DCD A;  5AC8 A;  1W3T A;  5L9F A;  1T8X A;  1A5A A;  2CWN A;  1FBA A;  2YYU A;  5K4Z A;  4ORM A;  2V5L A;  4OHQ A;  2Z6I A;  4M6Q A;  5IBX C;  5ABT A;  4NNB A;  4O8R A;  3O8A A;  4X3Z A;  4FX8 A;  1TB3 A;  2BLE A;  4O1D A;  1JRB A;  1M6J A;  3NQ7 A;  3IRD A;  3EX3 A;  1ZFJ A;  4LOC A;  3EXT A;  3C6C A;  2WQP A;  3NDO A;  4Z1D A;  2A6N A;  2GVJ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4D6H A;  3M47 A;  4Z2K A;  3WF3 A;  2UZ9 A;  4HJF A;  3SFW A;  5EY5 A;  4GI9 A;  3CZL A;  2B7O A;  2EF9 A;  1XPG A;  5FEZ A;  3QPE A;  2ZUV A;  4N7Q A;  2ZA1 A;  3FJ6 A;  4LU0 A;  2QHA A;  5FF3 A;  3UWQ A;  2XHY A;  2J8F A;  3CHE A;  3S1X A;  1QUM A;  2RDT A;  3N17 A;  1E5N A;  3JZU A;  3CEP A;  3ECQ A;  1GVQ A;  3GHS A;  4JIC A;  5HUO A;  3FS2 A;  3W7O A;  5EMU A;  5CGT A;  4ZOC A;  4PUK A;  1D2K A;  3BMV A;  2PDU A;  4EXQ A;  3LHW A;  4RX0 A;  4C1N A;  1OFA A;  3OTR A;  4Z42 C;  4QM1 A;  1E6R A;  2A4A A;  1A4L A;  1F6K A;  4KS0 A;  4DF0 A;  1KTN A;  3EGJ A;  3NSN A;  3HTW A;  5DT7 A;  2FZM A;  3QLL A;  1DQX A;  4KCT A;  2VEK A;  1TTP A;  4QQ3 A;  1G69 A;  1PZ2 A;  4BQ3 A;  2GSH A;  2PDG A;  4A05 A;  2OOF A;  2ZZ4 A;  3HJZ A;  2FMN A;  1RPK A;  3AZS A;  3WUG A;  3O16 A;  2H90 A;  1MI3 A;  3UCD A;  3EOO A;  1W5Q A;  4PTV A;  5CC7 A;  3AXI A;  1H7N A;  1A5U A;  4US5 D;  3AIE A;  1RZM A;  1BG9 A;  4O53 A;  4Q7B A;  4Q4S A;  4BA0 A;  5L6U A;  4DZA A;  1VHC A;  3E49 A;  2QCL A;  4Z2J A;  1MUM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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