2X16A

Crystallographic binding studies with an engineered monomeric variant of triosephosphate isomerase
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
238
structure length
225
Chain Sequence
SKPQPIAAANSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE, GLYCOSOMAL
publication title Crystallographic Binding Studies with an Engineered Monomeric Variant of Triosephosphate Isomerase
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 85
structure length 225
sequence length 238
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2009-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2x16A00
3HO8A 2C0AA 4JD4A 2G95A 3NG3A 2X1SA 2Y63A 1NVMA 1I45A 4AVFA 1GJPA 1XM3A 3NPXA 4A22A 4Z0SA 4EF8A 1TTIA 1R30A 4OT7A 3NOEA 3R12A 4MLRA 2G5WA 1G6CA 1DJNA 3CWNA 1GYNA 5FESA 5F4XA 4R33A 3SJ3A 4FHAA 2ISVA 3MI6A 3TFXA 3KVKA 4NXKA 4O13A 1QO2A 1PL9A 2VFDA 3DKLA 4O1BA 3L0NA 4ML9A 1PCWA 2H6RA 1OFEA 5I3IA 4O15A 1W1ZA 1LCOA 3NNTA 1XUUA 2XN2A 3L5LA 2XN0A 2IQTA 2WNNA 2J27A 4ZMGA 4WD0A 2DP3A 3M9YA 4WUIA 4AF0B 1SFJA 3EWXA 3LCWA 2ZZ1A 3W2MA 5EY5A 5I3JA 3DI0A 3W7LA 4DO6A 3PG8A 3YPIA 1TTQA 1TPVA 3W2LA 3C2OA 4LVBA 2DU2A 4JTHA 2JKPA 4O57A 1OJXA 2A4AA 3DHDA 4UR7A 4KFOA 3PM6A 4I7UA 1GZGA 1SW3A 1X6UA 5CGQA 3BK0A 3W9ZA 3TROA 1C29A 3MYOA 5F1UA 1TIMA 4AXKA 3MBFA 3TW7A 2EPHA 4UFMA 3V75A 3A24A 4HSOA 3WK0A 2Y6ZA 1OFBA 1EX5A 2JGQA 3HGRA 1JCMP 3DENA 4O10A 4GUGA 2QUTA 3HPZA 3MUXA 3UPWA 5BW6A 3LBCA 4LV4A 4IPIA 4MJMA 2FIQA 1ALDA 3CEPA 4FNPA 3ABRA 3S0CA 5BMXA 4N6FA 3TSMA 2V9DA 4MYXA 1R47A 4GE8A 1YYAA 4UTMA 3A9IA 2CFFA 1VYSX 3A5FA 3HG5A 4UTHA 1FDYA 5D32A 1O95A 1W5PA 5CZ0A 1K7FA 3T40A 4O4WA 2V2HA 2A6LA 1QMLA 3TFCA 4LUJA 4O11A 1YPIA 4YCOA 4B5NA 3QF0A 4HKPA 1FX6A 5CG7A 4DBEA 2B0MA 1M7OA 3M5YA 4JXCA 3USBA 3F4WA 2RKXA 1F6KA 1VJIA 4C1KA 4Q32A 1OF8A 3LLFA 1RPXA 1QNVA 1PIIA 1EP3A 3P8IA 1LROA 3QH2A 3WJYA 1TPEA 3MWAA 3W7KA 4ALDA 2QCDA 4Z0JA 4JTTA 4JTJA 1P0KA 3LHVA 3UZ5A 3QM3A 3ABSA 3FJLA 4Z1AA 3DXIA 5ABTA 3JR2A 1PHWA 3SR7A 4AWTA 4XBKA 3A22A 4O0ZA 1RR2A 1QWGA 5AOUA 4GFSA 1VR6A 2GQAA 2A2IA 3CTLA 4RK8A 5HWNA 3T44A 4N02A 1R2RA 1R46A 1FDJA 1I2RA 3K30A 2ZA1A 5D33A 5F1VA 3R89A 4OWGA 1PS9A 2QAFA 4OU1A 1H7WA 5DCEA 1LTDA 1GPWA 4JTUA 3M43A 3NGJA 2JKAA 2W0UA 3RLUA 2WO5A 5DCDA 4H3DA 1QOQA 3E9AA 4JTFA 1WA3A 1H63A 1W5OA 3S5OA 3NZ1A 4JX5A 4DBDA 1P0NA 4IMDA 5DY3A 4XWUA 2YFOA 4BFAA 5K4XA 5D2VA 4M6VA 1PHQA 2VXNA 1H51A 3ZR4A 3DGRA 1G4TA 3PB2A 1ZENA 5D30A 1AW1A 2DZSA 1FWTA 3G3DA 1OK6A 1OX6A 3M7WA 1Q6QA 3LCHA 3QSRA 2X2GA 4HNTA 1WV2A 4Z1CA 3EXTA 3IIZA 1FWRA 1KTCA 5HJLA 2YCEA 4O1CA 1WBJA 3RMJA 2QCEA 1CI1A 5CZSA 2QKFA 1OF6A 1VLIA 1FY6A 4MUZA 1SO5A 3VI2A 1F73A 2CLFA 3GXPA 2H8XA 1ZHAA 1GYLA 5BNKA 4DO5A 1UJPA 1KLYA 3EB2A 4ADSA 3TC6A 1TSIA 1GOXA 4WXYA 1Z42A 4WZHA 2RH9A 1JR1A 1G7VA 3I7RA 5AC8A 3MJYA 1EPXA 5HR6A 3LCGA 4PEKA 3QC3A 4QM1A 2QCLA 1LOLA 3HPXA 3GNNA 3W2KA 1HUVA 1TCDA 1SSGA 1TPC1 3OVQA 3NQVA 5DBUA 2E6YA 2TYSA 1QOPA 3GKAA 3SZ8A 5D05A 1YLVA 2NV2A 2JGYA 1FXQA 4PCFA 1BKSA 4TX9A 1VCFA 1W3TA 3CM4A 2CZFA 2ISWA 4UTTA 3W1PA 2AGKA 3HGSA 4Y8FA 2WSQA 2WNZA 4O18A 4UTKA 1XBYA 1B4EA 2C19A 2QCCA 4L4MA 2NX1A 2RDWA 4MJZA 4UTWA 4JTSA 1FXPA 2E5BA 3NAVA 1JRBA 3TQVA 1YXYA 4JYDA 1VLWA 1FWNA 5J5RA 3U8GA 3PS7A 3S1WA 4PC8A 3LERA 5EKYA 3W1NA 3CU2A 2H3BA 3BV4A 3QW3A 2VELA 1QPNA 1HO4A 3S1UA 1KTBA 1XC4A 2GVGA 3SIZA 4ZZ9A 3D0CA 3P62A 3SI9A 3EKZA 1JCLA 5K9CA 1MZHA 1H7NA 3ZS4A 4NJIA 4IMCA 2QDGA 4O19A 3L67A 3STCA 1I2QA 3EX4A 6TIMA 3U6WA 4HNNA 4FNSA 3F4NA 1SO4A 4KFPA 1QDSA 3NZRA 3MP5A 4ONVA 1W3NA 5DXXA 2H8ZA 1LLZA 1H1ZA 1GG1A 3UYCA 3Q37A 1DORA 4FNTA 1LBFA 1M5WA 2PRMA 3GVGA 1RQBA 3SFKA 3P60A 1YPFA 1UASA 3NQGA 1TQXA 5KMYA 3W1MA 1TJPA 5AHIA 4AHQA 1LBMA 2ATMA 1O5KA 1GWJA 4NJJA 2ALDA 3C2EA 1YXCA 1YADA 2VEIA 1TPB1 3W7NA 2BSLA 4UMBA 3SSJA 4JTLA 3W73A 1VYRA 4LNYA 2ZRZA 4HHPA 3O8AA 4K8HA 4UUIA 3PBYA 1PCKA 2TMDA 2YPIA 2NZLA 3QW4B 1SFLA 3UQNA 3BO9A 1Z48A 3S1VA 5KINA 3NM1A 3L66A 3LCXA 5FEZA 5G2IA 2A7RA 2ZCGA 3L21A 2NXIA 2R14A 2X1TA 2V2DA 5LGZA 5EPDA 4TU1A 3G1YA 1U83A 2PE4A 3N14A 1KM5A 3W1RA 1G69A 3B0VC 1K8XA 1KTNA 3R2GA 1F2JA 4XKYA 4K7VA 4JICA 4JTKA 2V0TA 5T26A 1NF0A 1TPFA 1JQVA 2ZRWA 5HINA 3C52A 1EUAA 4ADTA 1ME8A 4IX2A 3E12A 4LVFA 1YTEA 3TA6A 1NFBA 1KBJA 1EWEA 4K36A 1BTMA 3JS3A 3CWOX 4S1FA 3QZEA 3C4UA 3L0GA 4O14A 1OG0A 5I3KA 5C5YA 4RLIA 2Z6IA 3SY5A 1GVQA 3ABQA 3W1LA 3W7QA 2D73A 5K2ZA 3HG4A 5G1YA 3PC0A 4FNRA 1X1ZA 5F4SA 5KSWA 3RLVA 5EMUA 3M1ZA 4ZQOA 4AHPA 3DHFA 3L2IA 3MI2A 1DJQA 3ZWTA 4BF9A 1KM2A 3DBPA 3OA3A 1FWWA 3W2JA 1VH7A 2FFCA 3S5NA 4G1KA 4CLMA 3VNDA 3SECA 3EWBX 8TIMA 3LRLA 1H50A 3TK7A 4MY9A 2OT1A 3CHVA 3FIGA 5AHLA 4HSNA 3C2FA 1QR7A 3W7GA 5K7JA 4CQ8A 4OV9A 3LXBA 3W1XA 1VS1A 5FEXA 1OABA 4L4LA 3FOKA 5D2TA 1JUEA 3FKRA 2DZVA 3GDLA 3LRMA 4BK9A 4DEFA 3NVTA 4X3ZA 1GVRA 1T99A 2V5BA 5AHNA 1ZFJA 2DZTA 2E5CA 5AC6A 3HIJA 2NX3A 5CZTA 5DY2A 1I8JA 3UZJA 3ELFA 3THQA 4YLWA 3PSWA 3N34A 2WQPA 4R7JA 3M44A 1XCFA 3NO5A 4OQVA 2FLIA 1S5VA 3ATYA 4BR1A 1XBVA 3ZWSA 3KVMA 4GNJA 3PVFA 2C6QA 4LV9A 3B0UX 1IXQA 5I3FA 4IXHA 4PODA 3W7MA 2FTPA 3CB8A 4JX6A 4S2BA 1LP6A 2W6RA 3GLCA 5AYZA 2J24A 1JUBA 4LVGA 5HULA 4QITA 3W7CA 3QYQA 1NF7A 3QPYA 4RJEA 4HN4A 5CPOA 3I7SA 3G1XA 1TPDA 1T0OA 2J9ZA 3M47A 3GK0A 4IMGA 3C2RA 3IIOA 4NNCA 1H62A 5FF3A 3NA8A 1RVGA 2CLKA 2V30A 2QCHA 3QMSA 2CW6A 2ZA2A 1WOBA 4HNUA 3MMTA 4GUJA 5F4WA 2TSYA 4RZ5A 3IIPA 3TU9A 3HJZA 4TO8A 2BTMA 2ZDRA 1SZFA 5BRBA 1DHPA 2HTMA 3QQ0A 3TQKA 4R53A 5CZJA 3IVTA 1Q6LA 2EKCA 1V7YA 1B4KA 1LOSA 2E5DA 3P7YA 5U7SA 3UXDA 3OEXA 3PBUA 2GVLA 2VFIA 5G5IA 1OFAA 2Z2UA 1VHNA 4M7TA 3CLMA 3N2MA 1W37A 2EAWA 2Y70A 4GBUA 2VC6A 1XBXA 2R91A 3IEBA 3O6DA 2ZZ6A 3JRKA 2WV8A 4FXRA 4DF2A 4MVAA 5G2WA 3DFPA 1NSJA 1NEYA 3MW7A 1R2TA 4O4VA 4EWND 5U4NA 4Q33A 1QPOA 4GUFA 2PURA 1KBIA 1C8VA 3TC7A 1AMKA 3TDFA 3STGA 1EEPA 1JCNA 4WJEA 1JVNA 4MYAA 1VGAA 3RK8A 2C16A 1I2OA 2OX1A 1JQXA 1K7EA 3G3MA 3WJSA 1ME7A 1N8FA 2ZTKA 1XKYA 3O06A 4NUWA 4ZQCA 3TH6A 1KV8A 4J9JA 1R2SA 3G1SA 3PUEA 1W31A 1TTJA 1A53A 5A8GA 2V82A 3MO7A 1GVOA 2QJGA 1YTKA 3M5XA 1GTEA 5LGXA 1LRTA 5F2GA 4DF1A 2EF9A 1AG1O 1AK5A 4E2DA 4MKNA 3FEMA 1P4CA 3NL2A 1DQXA 3H54A 1QPQA 4TIMA 3NQ2A 4LVDA 5J5DA 1OHLA 5G2HA 3DFQA 4HIBA 4R34A 4YL2A 1SO3A 3S9YA 3W1QA 1FCUA 3C3NA 4LVAA 2YGYA 1ICPA 3G8RA 1KM4A 3ATZA 1LM1A 3R13A 1WOAA 4RZ6A 3EXSA 2R8WA 1S5WA 4RV8A 4N6EA 4K6AA 2ZZ7A 1A5AA 4RZ4A 2CLMA 1K7XA 4PL1A 2WJZA 3TJXA 4JIQA 3TMQA 1VCGA 5HR7A 3W1TA 1S5TA 1YTDA 2E68A 1K3UA 1MEIA 3TCEA 4P61A 4EIVA 4QIUA 2ZZ3A 4Z1BA 2P0OA 1KA9F 1TYGA 1V5XA 5EBUA 1MEWA 3EWUA 4PL2A 4XTIA 3KHJA 2PC4A 2I9EA 5DLCA 1W0MA 3W6YA 2Y7EA 4JDBA 3MI3A 4KWWA 4MIMA 4CQAA 3TMLA 3QEZA 3HMJG 3HBLA 3HOJA 1TQJA 1XL9A 1EB3A 5TIMA 4AWSA 3TE9A 1SPQA 2CZDA 2ZRXA 3BARA 3QFEA 2C3ZA 4YCPA 4WQ6A 3RFAA 4UIOA 5KITA 2BWGA 1F5ZA 3IRDA 3R8RA 4N2YA 4MLJA 3PY2A 1KFCA 1LRNA 4O8RA 3DI1A 2C15A 1ZY9A 4E0CA 1S3HA 2DZUA 3F1QA 3I7QA 3NR0A 4JR5A 3W1UA 2R94A 3NL5A 4UTIA 3IGSA 3KXQA 2WOQA 1AW5A 2H90A 3TUUA 3N19B 4QQ3A 2BX7A 4A2SA 1VHCA 3WK2A 4KKXA 5G4WA 4FIRA 4NJGA 4UTLA 1WX0A 1KM1A 2ZZ5A 3BW4A 2B7NA 3M0ZA 1KM3A 4CCDA 5LNRA 3LHZA 3ABOA 5LNWA 3TV8A 4IUOA 3NM3A 5FF2A 4LRSA 4U28A 4UTTC 5E93A 3TAOA 4DPPA 3BVJA 2Z6JA 4DF0A 3T55A 4UFJA 1T96A 3UXAA 4AF0A 1J2WA 3W71A 2ZRVA 3G1DA 4UTUA 4O17A 4GWEA 2JKEA 3NPVA 2RDTA 1XI3A 2A21A 4UTWC 2ZZ2A 4MOZA 4K39A 3EX6A 3CPRA 3DFSA 4UXDA 1X7FA 1L9WA 4XKYB 4ADUA 3PF3A 3FFSA 3FS2A 5CPLA 1CX9A 4JGDA 4HT3A 1MSSA 3LV5A 2A0NA 3FLUA 3L5MA 1RQEA 3W3OA 3P67A 4JS3A 4JY9A 4JDYA 1LZOA 3P8JA 3ZFHA 4H4IA 2A1YA 4A3UA 5K9XA 2PCQA 5AHMA 3UD6A 4HPXA 2PRHA 2QEZA 2V2CA 4O0KA 3GXTA 3N9SA 3NQMA 4FX6M 1I4NA 1N7KA 3PBVA 1LRQA 2WSYA 1O94A 2X1RA 1H5YA 4LW7A 3W7OA 5D38A 1OFQA 4PH6A 5D2YA 3C6CA 1VQTA 1J5TA 3RU6A 1Q6OA 4XTDA 1H1YA 5TQLA 1KFBA 1OX4A 3GDTA 1L6YA 2ABAA 2TRSA 4K7YA 3UPBA 3W86A 4TMCA 5FF4A 5L9FA 3O05A 3MBDA 1QFEA 3KRSA 3TR2A 5F2IA 4LC8A 4YWIA 3P81A 1B9BA 2ISSA 3WJXA 2NXHA 1EWDA 3OBKA 3S5ZA 2DZPA 3W23A 1H61A 5E1QA 3ANYA 3LHTA 2Y7DA 4FNUA 3W75A 2Y62A 2V81A 3PULA 2CLIA 2LLEA 3PAJA 5AHFA 3LDVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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