2X1R | Genus

Total Genus 89

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	89
sequence length	238
structure length	232
Chain Sequence	SKPQPIAAANWSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE, GLYCOSOMAL
publication title	Crystallographic Binding Studies with an Engineered Monomeric Variant of Triosephosphate Isomerase pubmed doi rcsb
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	89
structure length	232
sequence length	238
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2010-01-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2x1rA00

3PUDA 4M7SA 4FEZA 4UNLA 2BX7A 3EB2A 4ZQNA 4FNQA 2Y89A 3HGJA 3NM1A 3DZ1A 4A29A 4LUJA 4OE7A 3M43A 1QCWA 4JTGA 2QUUA 3M41A 3B04A 1G67A 2AGKA 3CTLA 3LI1A 5C6MA 2G95A 2VENA 4A2RA 1LLWA 5DY3A 3W76A 3A5VA 5FF2A 1SU5A 2ABBA 4MJMA 1YTKA 4IUOA 2YYTA 5K9DA 5D03A 2Y7GA 4AVFA 1W37A 4NQ1A 4XKYA 4JYDA 4YLWA 4K39A 3S5NA 3P8JA 4AHQA 3PM6A 1KTNA 4NX5A 1FDJA 1IXPA 3W84A 1EX5A 1MEIA 4I7VA 5HWNA 2CU0A 4PH6A 5AYYA 4CNNA 1H7OA 1BWLA 4MOZA 4GE8A 4HNUA 2H8ZA 2E68A 3TQ0A 1W5MA 4X3ZA 4TR9A 3L5AA 4GJ1A 5DBTA 3NPVA 4UXDA 4JS3A 1G7VA 4O17A 3KOFA 1DORA 2FPYA 4AXKA 1TSIA 1G4PA 3LLFA 3NPUA 4RR4A 3GAKA 4BI6A 1W5OA 1KM5A 3VCRA 4AEOA 3IVSA 3TAOA 3LB0A 5EL1A 1VHCA 1FCBA 3HBLA 1EUAA 5LSMA 1EA0A 1ICQA 4I9AA 3LRMA 4E2BA 4UTTC 1FXQA 1HG3A 1XDLA 2I9EA 1KFEA 2GVGA 1R30A 3MI3A 3BLFA 4NJIA 1AW1A 5H91A 1TO3A 4Z0SA 1QDSA 2QUTA 2NWRA 3LHUA 1Z42A 4RKAA 4TMCA 1XBVA 2G5WA 1TPH1 5FESA 1KLZA 1GPWA 3HPSA 4K37A 5AN7A 1H62A 4UTTA 3UY8A 4X9SA 2Y85A 5F2LA 4FNPA 1G69A 5DCEA 3DKLA 2NX9A 2H8XA 4CLMA 4DBDA 4RJEA 3HPZA 2QJIA 3O6DA 4H3DA 4IX2A 3N19B 2QR6A 3GDRA 4XKYB 1U5JA 3KX6A 3H55A 5D2XA 4O54A 2ISSA 4RZ6A 4O53A 2HTMA 3ABSA 3O15A 1GOXA 3LCHA 4UCGA 3PB0A 3B03A 1C9DA 4MYAA 2BZNA 3SI9A 2E6YA 3CU2A 2QDGA 1FUYA 2B7NA 3UWYA 3KVKA 4UMBA 3G3DA 1G7UA 5HWMA 3G8EA 3N34A 1XDMA 4ML9A 4QJ1A 1A53A 4R33A 5D2WA 1HTIA 5K3VA 4CQ8A 4BR1A 2Z6IA 2UV8G 1FCVA 1WX0A 4O57A 1TPVA 3CWNA 2JGYA 2CW6A 4BF9A 1A5BA 1H51A 4JIQA 2E5CA 2BXVA 4ZQMA 1EWEA 3BO9A 3HQ1A 4XQ6A 4Z08A 5DLCA 1DHPA 1EUNA 3P61A 1RQBA 1NEYA 3GDLA 1MO0A 4Q32A 3W86A 1I2NA 3GVGA 1S5WA 4P61A 5CPMA 3E02A 3IRDA 3EX2A 1PCKA 4G1KA 3A21A 4KFOA 4O52A 3T40A 2NX1A 4QNWA 3DI1A 1H1ZA 1TJPA 3N14A 4AWTA 1SO5A 3QW4B 5HUPA 1KV8A 3PC0A 1NF0A 1EB3A 1W5NA 2V9DA 3CWOX 3EXSA 3S5ZA 3FA5A 4LUIA 3DFOA 3WFAA 1SPQA 5AYXA 1TIMA 1FXPA 1MEWA 2OT1A 3TROA 3VFLA 1RVGA 2FLIA 3PB2A 1SZEA 3W73A 2CLFA 1LTDA 5BRBA 4LV9A 3EEGA 3NG3A 4N4QA 2NXGA 4FXRA 5CSSA 3I7QA 2C18A 3RK8A 2GQAA 4IGHA 3SJ3A 1ZNNA 3MP3A 4PFMA 3Q58A 1EEPA 4KWWA 3QSRA 2WKJA 1G6CA 4DBEA 5LNWA 5H2ZA 1Q45A 2VOMA 4HSOA 4ZQCA 4UNKA 1OYCA 3F03K 1OFQA 1Q3NA 3HGRA 3NQVA 1PV8A 4Q4KA 3UWZA 3G0SA 1R2TA 3KAOA 3QPYA 1OFBA 4WZHA 2CLLA 3FOKA 2PURA 3LXAA 2Y6ZA 2ZRVA 4LW7A 3EWXA 5EY5A 1EP1A 1YTEA 1W0MA 3C52A 3E0IA 1WOAA 1DOSA 1TPWA 5HR6A 3L68A 1FWRA 2NZLA 3LXCA 3ZR4A 2X1TA 3NM3A 4UFLA 1OYAA 1WBHA 1PIIA 3VKJA 3O1NA 3W1MA 1JR1A 3FYOA 1Q6QA 3LCWA 3R89A 3GAYA 3S1VA 4DO5A 3M16A 2QCMA 3GXNA 4WD0A 3N2MA 1KFLA 4CQAA 3CB8A 1TTJA 5FF7A 2YDAA 2C19A 1LM1A 4FHAA 1HFBA 1VS1A 1OK4A 4WXYA 3L5LA 3WJXA 2WSRA 3SY5A 4YWIA 2Q3RA 3I7RA 3W88A 1TTQA 1OX6A 4EF8A 1TPUA 3JR2A 1LRNA 2F7FA 1JQXA 1IIHA 3TW7A 2EF9A 2X30A 4WY0A 1PVNA 3G0XA 2YZRA 4N02A 3UPBA 3THQA 3SR7A 2NLIA 3DHFA 4UIOA 2GOUA 1L9WA 2YW4A 3N73A 3W7JA 5DN1A 3QJAA 4NXSA 1IXQA 4UR7A 2A7PA 4N9EA 3EX6A 3G18A 3LCXA 1JCMP 5IM51 4I7UA 1ALDA 1XFBA 4WXZA 3PVFA 3ABOA 4WX2A 3UWWA 1KFKA 3NQEA 4O1DA 3GKAA 3IGUA 3P74A 1RD5A 5CSRA 1VPXA 5K9CA 3KVJA 2QCCA 3LHTA 1KFBA 2R8WA 3W22A 3L0KA 1W3TA 3OVQA 1A5SA 1IF2A 4MZYA 4O12A 1B4KA 1E51A 3TC7A 4AH7A 2ZZ7A 3W1XA 4LVBA 5A5WA 1OHLA 4LT9A 2R94A 2CWNA 2VFHA 4RK8A 3LHZA 4CNOA 3BARA 4K8HA 3UQNA 5IBXC 3OEXA 1VCFA 3QZEA 4NU7A 1X8FA 3DFSA 4OV4A 4AHOA 3IV3A 5EBUA 1XUZA 1HO4A 5C5YA 2TSYA 1DJQA 3W7OA 4S2BA 1AG1O 4GBUA 3NGJA 3OG3A 1LOQA 3ATZA 3W7RA 2ZZ5A 1OFDA 4QISA 3STFA 4J9JA 4UTMA 5KSWA 3IEBA 1QPOA 1LRQA 2A0NA 2J6XA 3KVLA 4ORIA 4UMCA 5FI8A 3TA6A 5AC7A 5AB3A 4UFIA 4WY0B 5IBXA 4MIMA 2W0UA 3E9AA 4MJZA 1LROA 4JTIA 2ZRXA 1OG0A 2ZTJA 4BWLC 3F1QA 3BGJA 1L6WA 2W6RA 5L9FA 3PUEA 3QMTA 3L9CA 1L6YA 1SO6A 3W2NA 2DZXA 3W7PA 1LDCA 1VYRA 2V82A 3N9RA 2YFOA 1Q6RA 3LCGA 3L0NA 3PG9A 1SSGA 1PE1A 3M5YA 3M7WA 4HNNA 3W1AA 2PE4A 4NT0A 3HO8A 1GVQA 4K7YA 2CLKA 4O28A 3MHGA 4MLRA 4UMAA 3CEUA 1LBLA 4ZQRA 4BWLA 1GVFA 1X1ZA 1DVJA 4E0CA 2BTMA 3UWUA 3G3MA 1ZHAA 1XL9A 1AMKA 3W1NA 2VFIA 3IVTA 2W79A 2ISVA 3W1RA 1MSSA 3S6DA 4LRSA 3NPWA 3W07A 3CHVA 1KM3A 4EWND 3PWAA 1K02A 3M0ZA 3W7CA 4ZZ9A 2RFGA 2EGZA 1OFOA 4HNTA 1P0KA 1TCDA 1YDOA 1QO5A 1LORA 1JRCA 2IQTA 1DBTA 3G8RA 3USBA 4AHPA 3G1FA 4HKPA 2AAMA 2A7NA 2C6QA 2QEZA 1F74A 4E2DA 2E6FA 3M1ZA 1SUXA 4HNVA 4GUFA 2JK2A 1JQVA 5AHIA 2E6AA 5DELA 4JX5A 1HO1A 1XBYA 1FY6A 2FFCA 3QYQA 3TX9A 4AMAA 4XBSA 3S1WA 3I68A 5KZEA 1RV8A 2GUUA 5DXXA 2A7RA 2P0OA 3STCA 1XC4A 2QAFA 1V5XA 4N2YA 3KRUA 3MW7A 3B0VC 2BLEA 1AL7A 4GUIA 4LRTA 4Q33A 3EX4A 3UD6A 2JBMA 4X22A 3LDVA 1GVOA 2GJLA 3S5OA 2C16A 3W7LA 1GYLA 5D04C 2HMCA 2E5DA 2A85A 1A5AA 3TE9A 4LVAA 4K8EA 4BI5A 3NAVA 4WUIA 1KM4A 3NO5A 2CLMA 2E1DA 4PA8A 6TIMA 1GTEA 1W8SA 3A24A 4QITA 4L4MA 5I3GA 1CX9A 2E77A 1JCLA 2QKFA 5K7JA 3TR2A 1LCOA 1MEHA 1FWNA 2B7PA 5FEXA 4JIPA 3C2FA 2ZTKA 4MY1A 1IGSA 5AHEA 1ZALA 2YXGA 3GKFA 2VFFA 3TCEA 1ME7A 2YW3A 5G2WA 1VHNA 3G22A 3MUXA 1F7BA 2C13A 4D2JA 4N9DA 1R2RA 2GVJA 1VLWA 3W71A 3R13A 4EF9A 4S1FA 3MHFA 3NQ7A 1TV8A 4LWWA 1P0NA 4JNMA 1O94A 3I65A 4AB4A 2OZ0A 3FIGA 2VEMA 2QCEA 3IGXA 3MI6A 5BMWA 3W1PA 1K03A 3GXPA 1LLZA 4JTSA 1P1XA 3DFPA 4ZVJA 4RZ4A 3VE9A 3GNDA 1QWGA 3TIMA 5D09A 4K7VA 5FF3A 2CLOA 5D02A 2H3DA 3INPA 4Y6GA 5G2IA 4UTWC 2QCDA 1GJPA 3QQ1A 4N9BA 4JTFA 1F76A 3IIVA 3B0UX 1KA9F 3SZ8A 1SR9A 1O4UA 4IWWA 3T44A 1GG0A 2C0AA 4IJBA 3PAJA 3HOJA 4WOQA 5DXYA 2YYUA 4NNCA 3WJZA 4QNEA 5HNRA 1XCFA 3CT7A 1FWWA 2A5HA 2DORA 4LNYA 4UTWA 2Y61A 4W9TA 4DF0A 4O16A 4O14A 5F1VA 3FKKA 1VRDA 1YDVA 3WK0A 5D2VA 2VFEA 1TPB1 2ZZ3A 1I2RA 4EIVA 4FNRA 4DO6A 2WJZA 3NQFA 4HHPA 1DV7A 4FIQA 3QQ0A 3PS7A 2PC4A 4MZ1A 4YXGA 1JCYA 5G5IA 2Y7DA 2CLIA 1KBIA 3M5ZA 4UTKA 2QCHA 3TUUA 3W1LA 3VNDA 5AHLA 3NQCA 2TRSA 4UUIA 3NXFA 4LC6A 3P5ZA 4K6AA 4Y8FA 3L2IA 4JGDA 1K3UA 4CNPA 4O1CA 2Z2UA 2C14A 4L4LA 3AJXA 3W3OA 3A9IA 1OX5A 3HJZA 4ZQOA 3QEZA 1S3HA 5T26A 3DGRA 5CGQA 2NV1A 5DCDA 2QJHA 2Z0IA 3UY7A 2P1FA 3EKZA 3NL3A 3TFCA 4OQVA 2GVLA 4M6PA 4R53A 2QCDB 5U7SA 3TJLA 3YPIA 3FJ6A 4JN6A 2QJGA 2BSLA 3L21A 3LGEA 1CI1A 1VR6A 3GNNA 1AK5A 4DO4A 1SW0A 2A21A 1N8FA 1FCUA 1LBFA 2C3ZA 2RDWA 3LCLA 4XTIA 3W7GA 2CFFA 1S5VA 2JKEA 4ZL1A 2QF7A 4IPJA 3OIXA 3T7VA 3MWAA 2ZA2A 1VCGA 2ZRYA 5E1QA 3L0GA 2R14A 3TV8A 3DBPA 2JGQA 3W7HA 5EYWA 1BEUA 4AAJA 3LHYA 3OBKA 4XTDA 2Q8ZA 2EPHA 3C2EA 3SECA 3P81A 1HUVA 4LC8A 4PCFA 1I8JA 3A22A 3ABQA 4IMEA 4OGZA 2QCGA 4UTHA 1LBMA 1SZNA 3IGSA 1N55A 3LBCA 1Z48A 1QPQA 1O5XA 2XN1A 2ZA3A 5GVJA 5CZTA 1GTHA 1OF8A 1VYSX 3LTSA 1SFJA 4NNAA 3TAKA 1KM0A 3HG4A 3RLVA 4YCPA 1YDNA 4A3UA 1Y0EA 4O11A 4NVTA 3TK7A 4Y96A 4RX0A 3EWZA 3W2LA 5AFDA 3CC1A 1SW7A 3BG3A 4IPIA 2J9ZA 4U4MA 3GB6A 2TPSA 2ZZ2A 3HIJA 4JXCA 2YPIA 3BK0A 3V75A 4BI7A 4X2RA 1R46A 1YADA 3NOEA 3N2XA 3W2KA 4RXFA 5D2YA 4YL2A 2OMAA 1H5YA 3B06A 3OHIA 2X1RA 5DY2A 1GQNA 3TW6A 1VYPX 1KW1A 4KFPA 3LTYA 4NJKA 5FEPA 1WYIA 1T96A 5HJLA 4AWSA 3W1TA 1SSDA 2ALDA 1XBZA 5G4EA 1H63A 1ME9A 2VFDA 3NDOA 1AW5A 3O63A 3G1HA 4RCXA 1YPFA 1TPDA 3U6WA 3PBVA 4M6QA 3W7NA 3CIWA 5TBOA 4M5PA 3R12A 1H7PA 5D38A 3SFKA 3P82A 4UR8A 5EKYA 1L2UA 4Z0JA 5CPOA 3FYPA 3RF9A 3FS2A 4H4IA 2O7QA 4AWUA 1LYXA 3NZRA 1FWTA 1TQXA 3E96A 1PCWA 5D30A 4DF1A 1F2JA 4HPJA 4FNUA 1KFJA 1LOLA 2H90A 3BG5A 4PEKA 3HGSA 3MMTA 3TMQA 3G0UA 1W54A 3NQAA 3TXVA 3UXDA 1FCQA 2DZPA 4MY8A 3TC6A 1QNVA 1M7PA 1SZGA 2AQWA 1B4EA 1F05A 3HG2A 1ZJIA 1G4EA 2Y88A 3PBYA 1TTIA 3Q94A 4P2VA 3QM3A 1UASA 3LXBA 3FJLA 5HINA 2B7QA 4FX8A 4N4PA 3WJSA 1M7OA 4ADUA 4QIUA 1VH7A 4GWEA 3FLUA 2FDSA 1PL9A 1WAUA 3LCIA 3S1XA 4JTKA 4LS0A 3P5YA 1ICPA 1WBJA 2A6NA 4AF0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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