2X1U | Genus

Total Genus 88

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	238
structure length	232
Chain Sequence	SKPQPIAAANWSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystallographic Binding Studies with an Engineered Monomeric Variant of Triosephosphate Isomerase pubmed doi rcsb
molecule tags	Isomerase
source organism	Trypanosoma brucei brucei
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE, GLYCOSOMAL
total genus	88
structure length	232
sequence length	238
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2010-01-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2x1uA00

3NL6A 3LXAA 4AWUA 4XQ6A 1PHWA 2J88A 3B8DA 1WYIA 1ME8A 3DHFA 1GPWA 1DJNA 1ZJIA 1YYAA 2I9EA 2V5BA 4OGZA 2ZZ7A 1H62A 1RPXA 2ZZ4A 3G1AA 4UTMA 5D32A 3R89A 1FDJA 4BK9A 5I3HA 5U4NA 4A2SA 3FFSA 3VE7A 3GAKA 2NX3A 5H91A 4MY8A 3DU0A 3BGJA 2ZZ6A 2KZHA 4FNPA 5E1QA 2YGYA 1WV2A 4A2RA 3BLFA 3W1NA 3W22A 4ONVA 5HQEA 1SO4A 2C1HA 2BXVA 3CIXA 4GWEA 4H3DA 5LGXA 5D2TA 2JKPA 1A5CA 4JICA 1W5NA 4AMAA 1K8YA 3WJZA 2W79A 2E1DA 5CPMA 2F84A 3INPA 4I7UA 4K36A 3A21A 2V5LA 1F6PA 2VEIA 1G4TA 3LV5A 3OG3A 2HS8A 2VC6A 2YPIA 5SWUA 1FY6A 2Y88A 3STCA 1XC4A 2ISSA 4O18A 1WBJA 1FBAA 2EPHA 1P1XA 1S5TA 1ZENA 3QMTA 3VI2A 1LTDA 4O11A 1ZALA 2E77A 3M43A 3PR2A 4MYAA 5G1TA 1TPUA 1G6CA 3KVJA 1ME9A 3A24A 5FEZA 4NJHA 3R12A 4N6EA 2DZSA 4ORIA 5CZJA 1VYPX 3TC6A 3EWYA 1LBFA 1FWRA 3O05A 3CT7A 3TDFA 3HPXA 3E49A 4ZQCA 3LTYA 1FCUA 1JUEA 4DELA 3WJSA 4ADTA 3RFAA 3PBUA 5F4SA 4JR5A 2QCMA 5D2YA 1ZAHA 2H3BA 3O16A 2V2HA 4UMAA 4E2DA 3OVRA 1XCFA 4UTIA 3PB2A 3U2OA 1GQNA 2V9DA 2CLIA 2WSYA 1K7XA 3PF3A 1ALDA 2RHGA 4KFPA 1XDLA 2QF7A 3ANYA 5HWJA 3TUUA 2A4AA 3RMJA 2NV2A 3F03K 5FF0A 2QCDA 2AGKA 4PEKA 4DF2A 3TW7A 2V30A 4O28A 3IVSA 4UUIA 4MPQA 2QEZA 4NT0A 4LTSA 3QF0A 1LRNA 3L5AA 2XN0A 5KZMA 3F4NA 3W2UA 3LHYA 2H3DA 1VQTA 5F2LA 5CKSA 4BR1A 3W74A 5LNUA 1UBSA 1TRDA 3UWQA 1FCBA 1I2RA 3FS2A 1EWEA 6TIMA 3CIWA 4RV8A 3TH6A 1H7NA 3NQVA 1H1ZA 1YXYA 2VKZG 3KAOA 3PSVA 3UNDA 5G2WA 3E0IA 3GIYA 5K7JA 1A50A 1OF6A 2TRSA 4NXSA 1JCXA 5BW6A 4Z1BA 3W7CA 2G96A 3W73A 1OFQA 1TCDA 1TPDA 1EP1A 3BG5A 1MO0A 2DZVA 3DFQA 4ML9A 1HG3A 4RLIA 2GOUA 3LHWA 2ISVA 3CLMA 1LOLA 3EWXA 3DBPA 5DCBA 2XN1A 1LM1A 1UUMA 1VH7A 2DORA 5D04C 4JYEA 4JY9A 1G4EA 3G1SA 4O4VA 3G0SA 1H60A 2PE4A 2DZUA 3BLIA 2A21A 4LVAA 4IPIA 4IMDA 1I8JA 1MXSA 3MHFA 4EOUA 1WAUA 3BG3A 3LV6A 5TQLA 4ADSA 1GJPA 4PL2A 3PSWA 3EWWA 4FEZA 3QZEA 3GDRA 5LHFA 3L5MA 3GXPA 2ZRXA 1O94A 4PA8A 1SPQA 1WQ5A 3HIJA 4LVBA 4LOCA 4YCPA 1MEIA 2QCFA 2ISWA 2ZRUA 5FEWA 2YYTA 3IIXA 4LV4A 2FIQA 4JTSA 2YR1A 2CW6A 4N4QA 4LS0A 4ALDA 4LRSA 1H1YA 3LCFA 1VCFA 3E96A 4FIQA 4GRSA 4JIQA 3MHGA 5BNKA 4CCEA 4JTEA 4LVFA 3DXIA 4O0KA 1R30A 2P0OA 3DKLA 4IQLA 1HO4A 3DZ1A 3M6YA 3C61A 1OX4A 4X3ZA 3NQDA 2PURA 5D2XA 2Z6JA 3D0CA 2VXNA 2QAPA 2QUUA 3CQ0A 3HF3A 1R2RA 3MUXA 4JY8A 1A5BA 4UFMA 4WY0B 2XFWA 2WNQA 4MLJA 3C8FA 1JRCA 4MZYA 1KTCA 3S1WA 1FCVA 3JR2A 3W1TA 3NQGA 1Q45A 3PG9A 3K30A 1LRTA 3WFAA 4UTWC 3PWAA 3QW3A 4CCDA 4ZL1A 1W54A 1GVRA 5HINA 2VFFA 5KMYA 1ICSA 4LRTA 3N14A 3W1PA 3C2RA 2Y70A 4O12A 1TJPA 3S5YA 3DGRA 3HPSA 1QPQA 2QDGA 2CLEA 4IXHA 3SSJA 1QCWA 4IGHA 4FB7A 1XBXA 3EWUA 4O57A 4YXGA 1GYNA 1VLWA 2R94A 3NXFA 4OHQA 3N3MA 1W31A 3W76A 1OVDA 1CX9A 5FESA 3FKKA 4XKYB 3N9SA 3W7NA 1C8VA 1YTEA 2WKJA 3QPZA 3H54A 4BI5A 1RQBA 3VKJA 4NX0A 3S6DA 4NNAA 5LNSA 3EX3A 3S42A 4BF9A 1OF8A 4GUIA 5EBUA 3W07A 2Z0IA 3P61A 5EY5A 4O16A 2Y62A 4AB4A 1YPFA 2V82A 4X2RA 5EYWA 1TIMA 2WQPA 2J9YA 4JTUA 3UY8A 1RZMA 2FPTA 1SZGA 3G1YA 3KFTA 1SU5A 4LVDA 4ZZ9A 3W86A 4UTHA 4OE7A 3LRMA 3W85A 3QEZA 3HG5A 5EKYA 1X1ZA 4UTWA 3U6WA 3W1AA 5DY2A 1EP2A 2C3ZA 5D03A 3BVJA 4I7WA 1V5XA 4FF7A 2VELA 1ZY9A 5C54A 3M41A 1ADOA 1F74A 3G1HA 2EAWA 1EIXA 2B7PA 4FNQA 3WK1A 5LKYA 3LTSA 3NNTA 3THAA 1KM2A 3L0GA 4XWUA 4MJMA 3KOFA 1N55A 1O95A 4JX5A 1O4UA 4FNTA 2FFCA 5J5DA 1X7FA 2NXGA 3ZFHA 2C13A 3EWZA 4JDBA 2YFOA 1TMHA 1Z41A 3W7PA 4UCGA 4UTUA 3EX4A 3W7QA 1FWNA 1CW2A 2CU0A 2YFNA 3PUEA 3I68A 4QITA 4RK8A 2C0AA 3OIXA 5CPLA 5KINA 1ZHAA 1FCQA 3LBCA 3UQNA 1FUYA 1EX5A 1KM5A 1N8FA 3C2OA 3TA6A 4O54A 3QRHA 4LWWA 2CZEA 1OABA 1XBZA 1IXNA 1B9BA 1XL9A 1OX5A 3LXBA 2E6YA 3TROA 4JDYA 3KXQA 3W9ZA 5F2GA 4K6AA 7TIMA 1SZEA 1VYSX 4LC6A 2B7OA 1PCWA 3HBLA 5FI8A 5I3IA 2XN2A 4EF8A 2GVLA 4KWVA 2VFIA 4WX2A 1NFBA 4DPQA 1EEPA 4MKNA 1MSSA 1M5WA 1KA9F 1DKWA 1GEQA 3M44A 3E9AA 2NWSA 3S1XA 1QFEA 2LLEA 2DZTA 4O1AA 4UR8A 3S5OA 2ZZ1A 5AHFA 3A23A 2NXHA 1KTBA 3V1PA 3CEUA 3TIMA 1H50A 4CQAA 1PCKA 3OA3A 4ZVJA 3QW4B 2GJNA 3TE9A 3IVTA 4JYFA 1PE1A 2J27A 4M5PA 3TFXA 3LLFA 1YADA 2YW3A 3O6YX 2EGZA 4M7SA 5C2XA 4DO4A 3B03A 4FX8A 4W9TA 3QSRA 2ZRVA 1P0NA 3LGEA 1H51A 1NAL1 3QYQA 1OYCA 3L5LA 4RKAA 4ZQMA 3DFNA 2E09A 1QOPA 1Z48A 4GUHA 4EVZA 4NJIA 1IGSA 5CZSA 1OK6A 3QSTA 1FXPA 4N2YA 4NJJA 1LYXA 1Y0EA 5K9DA 2OT1A 3HG4A 3NPWA 1L9WA 1KBJA 4LV9A 3M5XA 2NUWA 4MYXA 3Q58A 3GXNA 4WOQA 1XXXA 4UIOA 3FJLA 1SO3A 3IIZA 3NGJA 2QCNA 3SR7A 5FF2A 3HMJG 4CNOA 3NO5A 4OU1A 3V75A 1LBLA 3IRDA 4CQ9A 1H61A 1DBTA 2YZRA 5AHNA 4ZMGA 4MVAA 4L4MA 4BWLC 4O0ZA 2EHHA 3LERA 1G69A 4N9CA 4FX6M 4HHPA 5D2VA 2NLIA 1JCJA 2JBMA 3E12A 1TTJA 2CLLA 2PCQA 1O5KA 4BFAA 5AC7A 1OFBA 1TJRA 2VEPA 1NF0A 1EWDA 4GXMA 5DELA 4UC5A 3N73A 2BSLA 1AL7A 5AHLA 5AYZA 5LNRA 1OHLA 2V2DA 1THFD 1P5BA 3L0NA 4O1DA 3W7GA 2IQTA 3NR0A 4LC8A 1BWLA 3C56A 1I2OA 5TIMA 4I7VA 4JTGA 2P10A 2ZA3A 4WD0A 1KFEA 4UFIA 5CSSA 1MEWA 5HR7A 2R8WA 3RF9A 3QPYA 4CLMA 4DO6A 1TTQA 3ZR4A 2V2CA 2B7NA 3EKZA 5CGQA 3P5YA 3T78A 3W72A 2QCDB 4NX5A 3TR2A 5AN7A 5BRBA 3W7KA 2JGYA 1NF7A 1TRIA 2WOQA 2TYSA 5HUOA 5DCEA 2OT0A 4MFEA 5D02A 3BARA 3PC0A 1B4EA 1T0OA 2ZZ2A 4TO8A 1KM1A 3GDLA 4UFKA 3HGRA 3AJXA 1F2JA 1RQEA 1U83A 4BWLA 3RK8A 2QDHA 3T44A 5HNRA 3GVGA 5D09A 3GDKA 1TYGA 3N9RA 3O06A 3W7IA 4UMBA 5DY3A 2E6FA 3P5ZA 3NQMA 2A6NA 3LCIA 4UFHA 1TPEA 5D38A 4WUIA 3UWUA 3Q94A 1QPNA 1YXCA 1CI1A 2DJXA 4N6FA 3G22A 1QMLA 1TV7A 4DBEA 3IVUA 2H90A 4L4LA 2RDWA 1ICQA 5D30A 3BO9A 2VEKA 4H4IA 1ICPA 3QQ0A 5G5IA 1GZGA 2NUXA 4MJZA 4KFNA 1XUUA 4O14A 3RLUA 4OBTA 3NQCA 1W3NA 1OFOA 1VPXA 3HO8A 4XBSA 3NQ7A 2DZXA 4HIBA 2RFGA 3TAKA 3PS7A 5CZ0A 3TQ0A 2X1RA 3VE9A 1GG0A 3EKLA 3PB0A 3CB8A 1WBHA 2TMDA 5DBUA 1PS9A 5BOOA 2ZZ5A 1PV8A 5C5YA 4AHPA 3BK0A 3TXZA 3UWYA 4TR9A 2VEMA 4UTLA 3NZ1A 5CPOA 3G1FA 4O4WA 5DBTA 4CCCA 2ZZ3A 1H5YA 3GKAA 3WK0A 5T26A 1ZNNA 2NX9A 3I7QA 2AQWA 4EIVA 3ABRA 5U7SA 3LDVA 3C4UA 4RZ6A 3MHUA 1W0MA 3M0ZA 3NPVA 3B0PA 4M7TA 2GUUA 3W1QA 4UMCA 2Y7FA 5K3VA 1AK5A 2R14A 3G18A 3N2XA 3I7RA 3GK0A 3S0CA 1OX6A 4LS2A 2OZ0A 4TU1A 4J9JA 3IEBA 4HPXA 5IM51 3LLDA 1Z42A 2I1OA 3KRUA 4AWTA 1TQJA 3NL5A 4UTTC 4XZ9A 2OCZA 2BZNA 3CWOX 1OX4B 3GX9A 4UTKA 1KM6A 2QCCA 1IXOA 1AW2A 1TTIA 3F4WA 3NZRA 1YLVA 5FF7A 4A22A 1JQXA 3QFEA 3DFOA 1M6JA 2ZFAA 2F7FA 4WOZA 1JRBA 3QMSA 3W87A 3TSBA 3O1NA 3W88A 1X6UA 1X1OA 1GYLA 3M5VA 4IMCA 3G1VA 3NM3A 1PVNA 4TIMA 3FKRA 3M1ZA 3U8GA 3HPZA 1J4EA 2CZFA 3GXTA 2ZRWA 3GYEA 3GR8A 4GUGA 1DORA 1QNVA 4Q33A 4WXZA 3EWBX 1H7XA 3UXDA 3VNDA 1SO5A 1Q6QA 3P8JA 1XM3A 4R33A 4XTIA 1C29A 2YW4A 4DO5A 3C0JA 1QOQA 4BI6A 3W83A 3W6YA 5DXXA 3OBKA 1IXQA 2QKFA 1RVGA 2GVJA 4JTJA 4ZQNA 3CC1A 4FNRA 4DEFA 2C19A 1WOBA 4QQ3A 1K7FA 2ATMA 3TFCA 3PUOA 4NZJA 4WY0F 1DJQA 4MOZA 4GUJA 4UTTA 1ME7A 1GWJA 3TU9A 3G0UA 2ZRZA 1EUNA 3TCEA 1W5QA 4IUOA 1SO6A 4AWSA 3ABQA 4IMFA 1QAPA 5KZDA 3W7OA 1KV8A 4FHAA 1P0KA 4UFJA 5KITA 2DZPA 4JTFA 1KTNA 1QO2A 2HSAA 2EF9A 3MP3A 1F76A 2Y7GA 4JNMA 3H55A 4GE8A 3NQAA 4MY1A 4OV4A 1I4NA 4Y6GA 4YL2A 1JQVA 1T99A 1G4SA 3TSDA 3LXCA 2PRMA 2QR6A 1ZAJA 4CQ8A 3W7DA 4MY9A 2A5HA 1LOSA 3TKFA 4MIMA 2HMCA 4B5NA 5F1UA 1TPWA 1K7EA 1GT8A 3L9CA 1M7OA 3MJYA 1DVJA 1BKSA 4K39A 4NUWA 4O1BA 4QAIA 1L6WA 3WK3A 3SGZA 4UNLA 1NVMA 1N7KA 2VFGA 5C55A 2GQ8A 4C1LA 1H7PA 5AYYA 3G24A 1GVFA 3PBWA 1VJIA 3N2MA 3DFSA 3NA8A 1QPRA 4WY0A 4G1KA 3P8IA 3NL2A 3B04A 4JIPA 1JJKA 2RH9A 3W7RA 4DXVA 1JUBA 4HNVA 3C2EA 3NQ2A 2G97A 3E02A 5AB3A 3LBMA 3M5YA 4O8RA 1YPIA 2NXIA 3LRKA 4HNTA 5D37A 3FIGA 1TQXA 4WXYA 1YXDA 3TXVA 1I2QA 3R5EA 3W1XA 4CNNA 1XFBA 5G2IA 4LVGA 3PBYA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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