2X1U | Genus

Total Genus 88

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	238
structure length	232
Chain Sequence	SKPQPIAAANWSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE, GLYCOSOMAL
publication title	Crystallographic Binding Studies with an Engineered Monomeric Variant of Triosephosphate Isomerase pubmed doi rcsb
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	88
structure length	232
sequence length	238
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2010-01-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2x1uA00

1GVQA 4R7JA 2A7RA 1G69A 1OFOA 3BG9A 3R5EA 1TJRA 2CLLA 4FIRA 4IMEA 3P80A 1EEPA 3O63A 3G1AA 4R34A 4YCPA 4QAIA 3W2JA 4MZYA 3OHIA 3EWBX 3C2VA 4LUIA 3V75A 3HG4A 4O1AA 3G1DA 2A5HA 4S1FA 4OE7A 2ABAA 1EA0A 4IPIA 2J9XA 3TCEA 3TW7A 3QQ0A 4WXYA 3L9CA 5CPLA 3UZJA 4FX6M 4LV4A 3SJ3A 1QNVA 2A85A 4YXGA 5LHFA 4GJ1A 1YDNA 3CEUA 4O1DA 3IGXA 4JX4A 1GZGA 4IMFA 3LBCA 3CLMA 2RDUA 1FDZA 5J5RA 1EP1A 4AH7A 2VEMA 4JDBA 1NF0A 1K7EA 3RLVA 1SSGA 3NQMA 3TAKA 2WOQA 3ZFHA 3PM6A 4JTFA 5G5IA 2EAWA 1JCYA 5F4WA 3HJZA 3TQKA 4QJ1A 1LORA 1L2UA 1LROA 5EMUA 4K7VA 4AB4A 1SW3A 1A53A 3Q94A 2RKXA 2Y62A 3LRLA 5AYXA 2VFHA 1K8YA 3QJAA 3M9YA 3O8AA 3MO7A 2GQ9A 3TQVA 3TC7A 2P10A 3DBPA 4WY0B 1ZNNA 1GQNA 1YXCA 3IIVA 1MEHA 3E96A 3C2FA 1OF8A 3K30A 5E93A 4H3DA 5AHIA 1G67A 3DU0A 3FEMA 2ZZ7A 3W7JA 4ZQOA 1KLZA 4JIPA 4MUZA 1SO5A 2A0NA 3QRHA 3CT7A 2J88A 1PV8A 3BO9A 4P61A 2ZA3A 3EWYA 1F2JA 4Q4KA 1X1OA 4O0ZA 5A8GA 2CLIA 1CW2A 1UBSA 4NUWA 3FJ6A 1W3TA 2ZRUA 1W3IA 1ICPA 3ABQA 1WOBA 4BI7A 4Y90A 3QMTA 3W76A 1GJPA 2JBMA 4FNSA 5F2IA 4DO4A 2X30A 4O57A 1GWJA 1IIHA 2CU0A 3LCHA 1T96A 3W7RA 2W0UA 3B0VC 3NQ6A 1EUNA 2WNNA 1K7FA 1KFKA 1NSJA 5I3FA 3L5AA 2WV8A 3R12A 3PAJA 4O18A 1WYIA 2YDAA 1AL8A 1P5BA 1QPQA 2NV1A 1RVGA 4NNBA 3LI1A 4FHAA 3DFSA 3W3OA 1EIXA 3FYPA 1VCVA 3W7IA 1K8XA 3BVJA 1B4KA 1KFBA 2GVLA 4L4LA 1DQWA 3UXDA 4ZZ9A 2CZDA 5L9FA 3W6YA 5HINA 4B5NA 2FIQA 3B05A 1JUEA 4IOTA 1Q3NA 5FI8A 4CLMA 2DZXA 2CWNA 3EWUA 1TO3A 5HUOA 2A6NA 2E5CA 3CEPA 4AHQA 1TMHA 4ADTA 1EX5A 1ICSA 2NXHA 3W71A 1XDLA 4JD4A 4RJEA 2DJLA 3HO8A 4Z1BA 3W83A 3M5YA 1OF6A 2YSWA 1VQTA 2W79A 2RDTA 1Q6QA 3EX6A 3W1XA 4BF9A 3S0CA 4N9BA 3T44A 5AHEA 3IRDA 4CQ9A 1TRIA 4IJBA 1YYAA 4JNMA 4OHQA 3NA8A 1M7OA 1YADA 3GXNA 1KBJA 1PHQA 1N55A 8TIMA 1TPC1 1XL9A 4XBKA 3CM4A 3MP5A 1IF2A 4LC6A 5HUPA 3NQ7A 2WSYA 4IMGA 3SR7A 2V81A 4MZ8A 3IGUA 2P1FA 4K8EA 1OABA 3U6WA 1KM4A 2BWGA 4LVAA 1QFEA 3NPUA 2TSYA 3GDLA 5HWNA 1YTEA 5T26A 3U8GA 2QJHA 3T4CA 2C14A 4K6AA 1KM1A 3GAKA 5FEPA 3NG3A 3IV3A 3L67A 2Y7EA 4AHOA 3BGJA 4OT7A 1Q6RA 3W7OA 1W8SA 1TPVA 4O8RA 3JRKA 4BWLC 5K9DA 5EL1A 3INPA 1QOPA 4Y96A 1SSDA 2V2DA 3F4WA 4NNAA 2ZRVA 3ZR4A 3R8RA 1F73A 4GWEA 4MKNA 1QO5A 2FPVA 2V2HA 4JN6A 3GR7A 4HNNA 5D2TA 3C52A 1HUVA 5KZEA 5FF7A 4NX0A 3PR2A 1VGAA 3I7QA 3M47A 5DCBA 2ZYFA 3THQA 1ALDA 1NF7A 4YLWA 5EPDA 2VFGA 4P2VA 4OV9A 1J4EA 1H1ZA 1AW2A 2GPTA 5CG7A 1DORA 1HTIA 3Q37A 2PURA 3CIWA 1SUXA 3W07A 1HFBA 2FTPA 2G97A 3LTYA 1KM6A 1R30A 3NAVA 3NPWA 1RZMA 4Z1DA 3W1QA 3LTSA 1TPWA 2QDGA 2ZZ1A 1NAL1 5DCDA 3BLFA 3E0IA 3LHZA 3MBFA 3W7LA 3G0UA 1OYBA 1L6SA 1O5XA 3O16A 1DBTA 2H8ZA 3KXQA 3P8IA 5FEWA 3LCLA 4PEKA 3BW3A 4NT0A 2XFWA 5U7SA 4NVTA 1VS1A 3AO0A 2ZRWA 3HIJA 4UTMA 3HGSA 3O6YX 5DXXA 2QEZA 4Z0SA 4PTNA 4RXGA 1O94A 4UUIA 4HSNA 1M6JA 3LHUA 1OFDA 1DL3A 2NUYA 1LDCA 3GB6A 1XBVA 4DQWA 3SZ8A 5EBUA 1KFEA 4O12A 4BI5A 1D3HA 1RQEA 3BW2A 3P67A 3B0PA 4HSOA 4NJHA 5G4WA 3TUUA 2VEIA 5G2WA 4LVBA 3S42A 2JK2A 2YW3A 2J6XA 1G4PA 1T8XA 2DZVA 3HPXA 3NL5A 3ABSA 3W7HA 2Y7FA 4UR7A 2V5LA 3TAOA 3LERA 3N2MA 3QMSA 4ZQNA 4UFJA 4N6EA 3PB0A 2DJXA 1OFQA 5K4ZA 1VR6A 3WFAA 5G1TA 3STFA 4UFKA 3OVPA 3FKKA 4G1KA 1UUMA 1H62A 2PRHA 1LOQA 5TIMA 2HS6A 4E38A 3GYEA 4O15A 1TTPA 1PE1A 4JTKA 1BWLA 1RQBA 2X1SA 4LC8A 2C0AA 2ZFAA 3P8JA 1H7NA 5K2ZA 5AYYA 3GDRA 1TV5A 4XKYB 3HG3A 4O28A 3RLUA 2J9YA 4RK8A 3TR2A 5ABTA 3BG5A 1W3NA 1KM2A 1OJXA 1SW7A 4UTKA 1DJNA 4FNPA 4JTGA 3H53A 4RXFA 5C6MA 2VKZG 4M6QA 4IPJA 4O14A 2E6AA 4N02A 2X2GA 3G1XA 1VRDA 5FF0A 2Y70A 4DELA 3A22A 2D73A 1XDMA 5LGZA 3B04A 3TIMA 3CHVA 3G8EA 1V7YA 3MHUA 3HGJA 1MO0A 3M6YA 4UXDA 1S5TA 3W7MA 1S5VA 3S5ZA 5K3VA 2VENA 2Z2UA 4OBTA 4DF0A 3O05A 4JY9A 3BG3A 3I65A 4MZ1A 3E12A 5FF3A 1FCBA 4IXHA 5K9XA 3KVMA 4I7WA 1TIMA 3G1HA 2Z6IA 4O1BA 2E68A 3FKRA 5EY5A 4WX2A 2HTMA 3C6CA 1VH7A 3W1PA 2TPSA 4FXSA 2R94A 5AN7A 4GRSA 6TIMA 4UMAA 2ZRZA 3S5NA 3S8HA 2Q3RA 3FS2A 3NQFA 1FWNA 4S2BA 2Q3OA 3R2GA 5BMXA 3EXSA 5D37A 2FJKA 3W74A 1EP2A 1TJPA 1LBMA 2QJIA 3W86A 1YDVA 3S1XA 4N4PA 1FCUA 2ZZ5A 3KVLA 4ZQCA 5LZLA 3ANYA 3W7KA 1B57A 1JCMP 1GVRA 1K3UA 3BV4A 1N8FA 3MW7A 2NV2A 4DBDA 3OEXA 1XBYA 2YCEA 2R8WA 3W87A 4BK9A 2R14A 5LGXA 2GJNA 4XKYA 3NZ1A 3PBVA 2VOMA 4UMBA 1FWTA 3IVUA 4NXSA 1VLIA 2FLIA 2NUXA 3LRKA 5D03A 1AL7A 1D9EA 4XQ6A 5DY3A 1SZNA 1I2PA 4O4VA 3GKAA 4E2BA 5TBOA 3PG9A 1EP3A 2YZRA 2HS8A 4M6VA 1OX4B 4A29A 2B0MA 4UNLA 2WNZA 5D2WA 3R13A 5IBXA 1IXPA 4NZJA 2Y7DA 4FNQA 3UY8A 4ML9A 3ELFA 3L65A 4ZVJA 3SGZA 2X1RA 3M43A 2QCCA 1C9DA 1LP6A 2CFFA 3PF3A 3STCA 2Y6ZA 4Z08A 4CQAA 3IVSA 5HWJA 1PS9A 1F5ZA 2YYTA 1F74A 3NGJA 1O5KA 1KTNA 1OYCA 4GBUA 2JKPA 3LV5A 2B7NA 2A2IA 3EWXA 1X7FA 3QPZA 3CU2A 3M5XA 3EXRA 3T7VA 4JYEA 3HF3A 4ADUA 5C5YA 3TNOA 1NVMA 4DF2A 4OU1A 4QNWA 1GVFA 2E09A 3PSVA 3TH6A 2QKFA 3LRMA 2QJGA 4JX5A 3PWAA 3BLIA 4QITA 2FB2A 1AG1O 2CW6A 1PHWA 1KTBA 3HG2A 1MSSA 4IX0A 1P4CA 3UWZA 2EGZA 1FQ0A 1FWRA 4M19A 4UFIA 4JTLA 5I3HA 5H2ZA 1QPNA 2Y63A 4LVDA 4IWWA 4MPQA 2QUVA 3TXVA 2NX1A 4K7YA 1XUZA 3G22A 1VHNA 2GVJA 1OVDA 1WOAA 4MYAA 3JR2A 4JTHA 1G4TA 4ZQPA 5F2GA 2PCQA 2A4AA 2VFIA 1P1XA 5SWUA 3FYOA 1OX4A 3NPVA 1GVOA 3C56A 3LCIA 3F1QA 2A7PA 3UWQA 3PSWA 4K8HA 1OFPA 1TSIA 1QOQA 4MJMA 5KINA 2YFOA 4NZFA 2GQ8A 1M7PA 1XFBA 1WV2A 3P84A 3LX9A 2E1DA 4GUJA 3DFTA 3TA6A 1B3OA 3A9IA 3G24A 4Q32A 1B9BA 4X3ZA 2E6FA 4CQ8A 3LTPA 3NZRA 3UWWA 3CB8A 1VYPX 2QCMA 1QAPA 1GTHA 4UNKA 4N2YA 2QAPA 5HWMA 1W5PA 1QWGA 3L0NA 4AWSA 3C2OA 3MYPA 4WY0F 3FIGA 5GVJA 4DBEA 4HT3A 2V2CA 3HGOA 1TPDA 4Y9AA 3LCWA 4HPJA 2B7PA 1G7UA 5FEXA 2ABBA 5D04C 4DPQA 1O60A 1KFCA 1EUAA 5HNRA 1LBFA 1DOSA 2ZBTA 1EWEA 1KV8A 1BWKA 1MXSA 3O6DA 1A5AA 2OMAA 3PBYA 3M44A 5AC7A 1SFJA 1I45A 3G0XA 3QM3A 1E51A 5C55A 3GXPA 3UZ5A 4O0KA 2NWRA 1O95A 4XZ9A 5AYZA 2ATMA 2BXVA 1TRDA 3DENA 3P74A 4A2RA 1AK5A 2GQAA 3O1NA 4YMZA 4GC4A 2WSQA 4N9DA 3N9SA 3C4UA 5TQLA 4FX8A 3B06A 2YFNA 3O07A 4JDYA 3NPXA 3W7PA 2DZPA 3KRZA 3TSDA 1W0MA 2QR6A 3QFEA 3M16A 4KFOA 1B4EA 1EWDA 3HBLA 2ISVA 4FF7A 3W1AA 5BW6A 1ZHAA 2VELA 3M7WA 3UD6A 1YDOA 4MJZA 1LM1A 3B03A 3KAOA 3E49A 2ISWA 3QW4B 1QPRA 4TR9A 2F84A 3NOEA 6ALDA 5AOUA 3VCRA 3NL6A 1X8FA 2E5DA 2QCGA 3VI2A 1HO1A 3W7GA 3W9ZA 4HNVA 4WOZA 2DORA 2QCNA 1FWSA 2OT1A 4JY8A 1W56A 4MY1A 3LLFA 2C6QA 4LUJA 3Q58A 2OT0A 1F76A 5BMWA 4K38A 5CZJA 4HN4A 2NXGA 3S5YA 3EX1A 5HULA 1DHPA 2NX3A 4MFEA 1LYXA 1KA9F 4JIQA 3QF0A 4Y8FA 3TU9A 4DO5A 4A21A 2WQPA 3TW6A 1JRBA 5D05A 3D0CA 4WJEA 1EB3A 3F03K 1NFBA 3I7RA 2CLKA 2GVGA 5LSMA 5BNKA 4RV8A 5LNUA 4TX9A 3S1VA 3TX9A 3W73A 3L2IA 2A7NA 5AFDA 3E02A 4MIMA 2YGYA 3U2OA 4LTSA 1WXJA 4DPPA 3L5LA 1ZAIA 3STGA 1CX9A 1G7VA 3EXTA 3H55A 4AVFA 1Q6OA 3A5VA 1WQ5A 3KRSA 2Q8LA 1R46A 4C1LA 1PVNA 2YPIA 3NQDA 3B4UA 4H4IA 1SO4A 3W88A 2RFGA 3PY2A 4JTEA 1BKSA 3W22A 4X9SA 4MLJA 4WXZA 4O17A 4E0CA 2C13A 4ADSA 1RPXA 4R53A 3QZEA 4AMAA 2X1TA 4HNUA 4JTJA 1LBLA 2Z0IA 3W84A 3GNDA 3QPYA 4MYXA 4JXCA 4O54A 4ZQMA 3DH7A 5EKYA 4JYDA 3T55A 1TQJA 1BTMA 1R2TA 3EWWA 3SSJA 5LNWA 5I3JA 1LCOA 4RCXA 4E2DA 1ME9A 3C2EA 1VC4A 3GR8A 5DLCA 2V82A 5CPMA 5G1YA 5H91A 4CCCA 4FNRA 1JUKA 5KTLA 4FX7A 2BZNA 3L66A 1GYLA 3PULA 2C19A 2UV8G 2BLEA 3I7SA 5FF4A 1K02A 3NQEA 4HIBA 1Z44A 1X1ZA 1XKYA 3NNTA 3LDVA 3BW4A 4FIQA 1LTDA 4LW7A 4UTUA 4IXXA 3GIYA 4PH6A 3TFCA 3LCFA 4GUFA 1LRNA 7TIMA 4UR8A 4UFHA 3TMQA 1RD5A 4DXVA 3AJXA 2CLFA 4IUOA 3KHJA 3M0ZA 3LM7A 3V1PA 1RV8A 5DBUA 2NUWA 1RR2A 2Z6JA 3SFKA 4C1KA 1SPQA 2ZCGA 4AHPA 3QC3A 1V5XA 4DO6A 4NX5A 5CSRA 1KV5A 3PUEA 3NQ8A 2C15A 2V5BA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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