2X2GA

Crystallographic binding studies with an engineered monomeric variant of triosephosphate isomerase
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
238
structure length
233
Chain Sequence
SKPQPIAAANWDSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE, GLYCOSOMAL
publication title Crystallographic Binding Studies with an Engineered Monomeric Variant of Triosephosphate Isomerase
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 88
structure length 233
sequence length 238
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2010-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2x2gA00
5KZEA 1JUKA 2CLOA 3GKAA 3NGJA 5FF2A 3V1PA 3R8RA 2DZXA 1G7VA 4OU1A 4XZ9A 3PBVA 2Y7EA 4O1BA 2JKEA 3LHVA 2NXGA 4M7TA 3S9YA 3NL2A 2TYSA 3DKJA 1PE1A 4O1AA 3NPWA 2QUUA 1Q6QA 2QJGA 4NT0A 5G1TA 4AHPA 5BW6A 2QCFA 3HPZA 3P81A 2YPIA 1XC4A 4BI6A 1VHNA 3T55A 4TMBA 4LC8A 2VFDA 2B7QA 3PVFA 2YYUA 3Q94A 3LRKA 1W31A 3W7HA 3EX1A 1OJXA 4UIOA 4DF2A 3EWXA 4LY8A 3TFCA 1IIGA 2WQPA 5AHMA 2HSAA 1CI1A 1SW3A 3B05A 3L5LA 4ZQMA 1WQ5A 1N7KA 3G8RA 1W5NA 4O13A 5EYWA 2H3DA 3M44A 1A5SA 4NJJA 1SZNA 3G3DA 4AMAA 3LERA 5D05A 3DFPA 4HIBA 3OBKA 4PH6A 2QCNA 2ZRUA 4NJIA 3AJXA 4LV4A 3N9SA 3B4UA 2GVLA 1C29A 1LBFA 3VFLA 5AHLA 3NG3A 2TPSA 3CEPA 1LLWA 3N34A 3QJAA 4N6EA 1O94A 3VNDA 4LVFA 2DZUA 1TPEA 3LM7A 3TSDA 5AOUA 4IOTA 1H51A 1I2NA 1THFD 4PL1A 3QPZA 1H7RA 1G69A 1LP6A 1UCWA 5LHFA 5I3FA 3E0IA 3TJXA 4QITA 3MBFA 3UWYA 5KZDA 1TV8A 2PRLA 1JCXA 1VYSX 4TMCA 4JIQA 1GJPA 1KFLA 2CLIA 1H1ZA 4O57A 3P84A 5G4WA 3DHFA 1MSSA 4FNRA 3VI2A 3RF9A 1OFOA 3A5FA 4MIMA 4A29A 3QMRA 3TQVA 3KFTA 1HG3A 2O7QA 4P2VA 1LDCA 4DPQA 3VE7A 3W7MA 1X8FA 4RZ5A 1DV7A 4Y6GA 3FYOA 3ELFA 2NZLA 4OGZA 1W5MA 2RHGA 1XDLA 1AL8A 1AK5A 3DI0A 2FTPA 2YCEA 2V82A 1P0KA 1L9WA 1XUZA 1SW7A 4K36A 4CCDA 3UD6A 2DJXA 4PFMA 3U8GA 1LORA 3NM3A 1TCDA 3GDTA 1OFDA 3ABOA 3BG3A 5DCDA 3O07A 2EF9A 4GBUA 3HGRA 1DQXA 1DHPA 4MYXA 1NVMA 4B5NA 2VFEA 4Z0JA 3W1QA 1F05A 2BZNA 1UBSA 4NZFA 3UYCA 3CIXA 1G7UA 2B0MA 2Z6JA 1KTBA 3HGJA 1B9BA 3GNDA 5DY3A 1PCWA 2V5BA 2ZZ7A 3QSRA 4XTIA 6ALDA 3I7QA 4GXMA 1FX6A 3O1NA 3GDLA 5EY5A 1GVQA 4K8HA 3W7CA 5EL1A 5HMSA 3W1RA 3T7VA 1XBZA 1ZJIA 3IVUA 1CX9A 2VEIA 1VRDA 1RPXA 2JKAA 3ABQA 1H61A 4YCOA 3D0CA 3O6YX 3R5EA 1SUXA 3LLDA 3N3MA 4LS2A 4ZQPA 5HINA 3QF0A 1W3IA 1EP3A 4RX0A 1Z48A 4GUFA 3DHDA 5CSSA 1TPC1 1RQEA 3B04A 4XTDA 2Z2UA 4XKYA 1N55A 1VYPX 4UMBA 2ZDRA 1QDSA 1VC4A 3W2NA 1KM2A 1NF7A 1KM3A 2FDSA 3GDMA 1ZAHA 1H7WA 2NUYA 3GNNA 1W5OA 5BRBA 5DN1A 4JD4A 1G4SA 4KFPA 2LLEA 1D3GA 3M9YA 2FB3A 4N9EA 3ZWTA 1JJKA 4NUWA 2HTMA 4FIRA 3W7QA 3UWVA 3O15A 2QJIA 5K2ZA 5AC7A 4GC4A 3THQA 4JN6A 1SZFA 1VS1A 3HPXA 3KAOA 1YXDA 4IQLA 3SR7A 3LOTA 1EB3A 4FNSA 5G2IA 3O8AA 1TJPA 5LNSA 4JDYA 1G4PA 2C0AA 1B4EA 3PF3A 3KX6A 2VEKA 1IXPA 3QW3A 1YTEA 4QIUA 2E6DA 4K38A 3RK8A 4NJGA 1IXOA 3O6CA 3LCFA 4K7VA 2RH9A 3IVTA 4UTUA 1FDJA 4WZHA 3L5MA 2ZZ1A 3QC3A 2ZRVA 2X1SA 2J24A 1ZCOA 2WNQA 4O15A 5DCBA 5GVJA 4M6QA 1VHCA 1KV8A 4MY1A 4O28A 4KKXA 5FF4A 1LTDA 2YZRA 4E38A 1U83A 1XDMA 1TTQA 3L0NA 1DQWA 1P5BA 3VE9A 1JR1A 5FEXA 1M7PA 3S1WA 1TPWA 3Q2DA 3LTYA 5FI8A 1O95A 1ADOA 1UUMA 4PODA 3MI2A 3ZWSA 4I7WA 2YW3A 1TTPA 3NQ6A 3N2MA 5F4XA 2R14A 3T40A 4MZ1A 4HNVA 3W7IA 4KFOA 1VZWA 1X6UA 1C8VA 2A2IA 4OE7A 5E93A 3LHYA 3MJYA 3GB6A 4FX8A 1S5WA 4BR1A 3DFQA 1PHQA 4ADTA 4WD0A 1AG1O 3B06A 3S0CA 1PCKA 3LB0A 5F2MA 1R30A 1TTJA 3LGEA 1MXSA 4IUOA 1TQJA 2Q8ZA 3G22A 1SZGA 3E12A 1J4EA 4LRSA 3WJYA 4QNWA 1W8SA 3QW4B 2DZSA 3LBMA 3PUOA 5AC6A 4FXSA 5DXYA 3QFEA 3MMTA 3F03K 2ZRWA 2VFGA 4AF0B 4FX7A 2WSRA 3HB9A 5FF3A 4FIQA 1DBTA 1KW1A 1DJQA 1UB3A 2G96A 3C2FA 4YCPA 2O7SA 3RNDA 5FEPA 5HR6A 1EP2A 3LLFA 2QCCA 2YGYA 2A0NA 5H2ZA 3KRUA 2AQWA 5AHNA 3LTSA 3Q58A 4HN4A 2ZA2A 1SZEA 3LV6A 4RR4A 3SGUA 3GDKA 4NNBA 1JQXA 3W1LA 1W54A 5D2VA 4O0ZA 2J88A 1YPIA 3I6RA 4FXRA 2QCEA 3IVSA 4QJ1A 1TPFA 4HT3A 3LTPA 3IV3A 3S8HA 4G1KA 1SR9A 4JEQA 2C19A 3A21A 1XBYA 1TSIA 4YWIA 3SZ8A 4WY0F 3L0GA 3S5NA 3MHUA 1FDZA 4HNTA 2UV8G 2FPYA 3UZJA 5K7JA 4N4PA 1G4TA 4UFLA 4ORMA 5IBXA 4NX5A 5AYZA 4WQ6A 5KINA 4N9BA 4MZ8A 3FKKA 1FY6A 4FO4A 4MPQA 4OWGA 2J9ZA 3F4NA 4H3DA 4R33A 2Y7DA 5LNVA 3C6CA 2ISVA 3L65A 4LUIA 4O52A 5CPLA 3GX9A 5AHIA 4DELA 2A5HA 5T26A 3W2UA 1M5WA 3LXCA 2YFNA 5KMYA 4E2DA 2C3ZA 5CKSA 1A5CA 5F2IA 4O4VA 1I8JA 1W5PA 2C13A 3OHIA 5G5IA 3W75A 3QRHA 3GLCA 4K37A 3TV8A 1KTNA 3THAA 1SO6A 3W2MA 1IXNA 1IF2A 4FNPA 4JTEA 1W3NA 4ML9A 1KLYA 1I2OA 2PURA 3M7WA 3P8JA 1KM5A 3EWBX 5KSWA 3MP4A 3HJZA 1C9DA 5K4XA 1D9EA 3DFOA 1Z42A 3SJ3A 3W9ZA 1ALDA 5CZTA 1JVNA 3EEGA 1VLWA 2QCGA 5K9XA 3KVJA 3UWUA 1SO4A 3EX3A 1O60A 2BTMA 2E77A 4AH7A 4UMCA 3W7JA 2QUTA 4JTHA 4JTTA 2QKFA 1UASA 3N9RA 3IIVA 4O53A 4JTKA 4Y8FA 3W70A 1JRBA 5CG7A 4IMFA 3W7EA 4ORIA 2FFCA 1AW1A 3MYPA 5E1QA 5EPDA 2ZZ4A 3TMLA 5LSMA 4UTLA 3BARA 4RJEA 5BOOA 1GOXA 1GZGA 3LXAA 5C54A 1WBHA 2V0TA 2VC6A 1TPB1 3IGXA 1G67A 1YADA 3FFSA 1EUAA 4LTSA 4Q4KA 4S1FA 3MYOA 3NZRA 1RR2A 3E49A 3HMJG 3JRKA 4ZMGA 1JRCA 3S1VA 3RLVA 4U28A 1V5XA 5DELA 2E5CA 1FWNA 4QM1A 4ZVJA 3P60A 4UMAA 3R89A 2ZFAA 1PS9A 4QSHA 3TNOA 5K4ZA 1NEYA 3BW2A 2FLIA 5TBOA 3IIPA 2ZRXA 3PWAA 2Y63A 1TB3A 5DCEA 3W23A 2H3BA 1K03A 4UR8A 4K39A 2C15A 3QPYA 3W7LA 1Q3NA 4IXXA 5D02A 1EP1A 1L2UA 2J27A 3GIYA 1W56A 2J6XA 3RU6A 3STEA 1LLZA 1QAPA 3DU0A 1CW2A 2DJLA 4I7VA 4IGHA 1JUBA 2C6QA 3TDFA 4WX2A 2PRMA 5HR7A 3HO8A 3L9CA 2VKZG 3OA3A 4GJ1A 3ZFHA 4OV9A 3N73A 4RCXA 1EA0A 1WX0A 3KVKA 3IGUA 1U5JA 4EF8A 1O5XA 4Y9AA 1BTMA 4ALDA 1P4CA 3LBCA 3KXQA 3CHVA 3HGSA 1QPOA 3DAQA 4O12A 3DFSA 3OG3A 3PB2A 4ZZ9A 4EIVA 2ZA3A 4ICNA 2XFWA 3OVRA 1R2RA 2GQ8A 2ZZ3A 3C56A 3NQFA 5LNWA 4FHAA 3M5XA 1QO2A 4Y90A 2RFGA 3P8IA 4O14A 3LI1A 1QO5A 4E2BA 1H62A 5D2XA 2X2GA 1KFCA 1GG1A 2WNZA 4A3UA 5DLCA 1DORA 4IXHA 4M6PA 4UTWC 3BG5A 1YPFA 3NQ7A 2CFFA 2RDTA 2Y7FA 2CLLA 3W1MA 1EUNA 4JYDA 1X7FA 1OX5A 3NZ1A 5D2YA 3IGSA 1JCYA 3GR7A 4Z1AA 3TK7A 3PS7A 1QWGA 4CQ9A 3MP3A 3TFXA 3FJLA 4JYEA 4R53A 4S2CA 5D03A 1IGSA 2QR6A 4UTHA 4RXGA 1NSJA 1X1ZA 1TREA 1W1ZA 4RXFA 3N19B 1H50A 3EX4A 1XL9A 2FPVA 1PV8A 3BLIA 5DY2A 4CCCA 5BMXA 2NUWA 4UTTC 3H54A 4ZQNA 4GWEA 3ABSA 3HPSA 1O5KA 1HO1A 1KTCA 5FEZA 1WXJA 1NF0A 2Z1BA 4NZJA 4EF9A 1SU5A 4N6FA 1Q45A 5AC8A 1GVSA 4LWWA 1TV5A 1XUUA 3L21A 2E5BA 4UXDA 4R7JA 1KFKA 1FCQA 3CM4A 3L67A 1YDNA 2ABAA 1HUVA 4DBEA 1OYCA 2CLKA 4H6KA 3LCIA 3S5YA 3TW7A 1G4EA 2QEZA 2YXGA 1D3HA 4MFEA 3W85A 5LZLA 3HF3A 1NAL1 1GVFA 1YTDA 1KM6A 1H7OA 3QEZA 2OCZA 1JULA 2PRHA 3DH7A 3TX9A 1IXQA 1LZOA 3E96A 1SW0A 4BI5A 4EWND 5DXXA 3IEBA 4NJKA 3W74A 2QDHA 1ICQA 4TR9A 5CZ0A 1SSGA 3H53A 1OFRA 2F84A 3LHWA 2F7FA 4UTWA 4LUJA 1TIMA 2H8XA 1A5AA 8TIMA 2X1TA 2YW4A 3W1XA 2NX3A 1PL9A 5D2TA 4A2RA 4DO6A 4MJZA 3TXVA 1BEUA 3S5OA 2C18A 4M5PA 3M5VA 2XN0A 1R2TA 4Y96A 1V7YA 3YPIA 5FEWA 4UTMA 4DXVA 5D32A 1OK6A 2X30A 4CQAA 3U6WA 4NQ1A 1WYIA 1MO0A 3B0VC 2X1UA 4Q32A 3L5AA 1QCWA 3TSBA 2E6YA 1LRNA 2NXIA 3GXTA 4JX4A 1VLIA 2VFHA 3GR8A 3NQEA 2FIQA 3MHFA 3SFKA 2QAFA 5BMWA 1K7FA 3PM6A 4LV9A 4YLWA 3CTLA 1R2SA 5D37A 2Y7GA 1F6PA 3L68A 3HIJA 1TTIA 3UY7A 3W22A 4N9CA 3P67A 4M19A 3P61A 4FNUA 4O1CA 1TPH1 1BWKA 5A5WA 4O4WA 1FWSA 1W0MA 1JCMP 1ZY9A 4CNPA 1GVOA 3MI6A 1H7XA 1LCOA 1B3OA 3PSVA 3FJ6A 1KM0A 2GJLA 3ZR4A 1QPRA 3B0PA 5DBTA 4DO5A 4CCEA 2X1RA 4AB4A 2DU2A 3KRSA 2CLHA 3BW4A 2ZQ0A 3G3MA 3PR2A 4UFHA 1OYAA 3LX9A 2J9YA 4O1DA 3TAOA 1J2WA 4H4IA 1OFEA 3RLUA 4WXZA 3M5YA 3W73A 3W7NA 3BPWA 3B03A 3W7RA 3WK3A 3UNDA 3WJSA 5C55A 3C3NA 4PTNA 1GVRA 3S5ZA 1HFBA 2NV1A 4MLJA 5HUPA 2A7RA 2QCLA 1TO3A 4QQ3A 3C2RA 3W1AA 5CZSA 1VJIA 2ZYFA 1H7NA 3W87A 1H60A 3GK0A 3P7YA 2FJKA 3HG3A 3STFA 2CZFA 3C2VA 2Y89A 4BFAA 3LCWA 1OYBA 2Y62A 4IJBA 4PC8A 3ATZA 1TPDA 3NQCA 1PHWA 1QOPA 3W1PA 4TO8A 1GPWA 2YYTA 5G1YA 3ABRA 1TRDA 4POCA 1E51A 3GYEA 1VYRA 5C5YA 1SPQA 3O05A 1ZAJA 3JS3A 1WDWA 4A22A 1DKWA 3F1QA 4XBSA 1BWLA 3DFTA 3TMQA 3GAKA 5U4NA 3UWQA 2ZTJA 3BGGA 1ICSA 1X1OA 3STCA 2ZCGA 5HWMA 5D30A 1EEPA 4LVGA 2WV8A 3S1XA 2FPTA 1KBJA 4JTGA 4NXSA 1MZHA 4ZQOA 5L9FA 3EXTA 1IIHA 2E6FA 3TC7A 3W72A 4TIMA 1OVDA 3CB8A 2ISWA 2PE4A 3C2EA 3EWUA 4IMEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4B5U A;  3Q65 A;  1E9I A;  1GJU A;  2CLO A;  1PKY A;  1EKO A;  5FF2 A;  3V1P A;  4AWE A;  1BVN P;  2DIE A;  4O1B A;  3ITT A;  4LJ3 A;  4CN4 A;  4M7T A;  1SFS A;  3S9Y A;  2TYS A;  2V69 A;  1XGD A;  5G1T A;  5BW6 A;  2PCE A;  3MWC A;  1UD6 A;  1WDQ A;  3HPZ A;  1XSK A;  4PBF A;  3OLD A;  2P76 A;  2VFD A;  5EB8 A;  1HL9 A;  1YNQ A;  3FVD A;  1W31 A;  5J8L A;  1BVW A;  1K4G A;  4G56 A;  1WO2 A;  5D9P A;  5AHM A;  3LSB A;  1XQL A;  1X8C A;  1SW3 A;  4ZQM A;  1WQ5 A;  1C93 A;  4Z2H A;  1W5N A;  4TV5 A;  2VQT A;  3WNP A;  1RY8 A;  2PA6 A;  4YTT A;  2OZ3 A;  2QPX A;  1Q6G A;  1L2Q A;  2AMG A;  3OW1 A;  1YX1 A;  4HIB A;  4EAC A;  3MKV A;  1DJY A;  3VOJ A;  3BJF A;  2DQX A;  2I7G A;  2H9A B;  4NJI A;  1CGV A;  4LV4 A;  1N82 A;  3HJE A;  2ZOX A;  4NZ3 A;  4JQ4 A;  4YN5 A;  4Q8Q A;  1LLW A;  4HCD A;  4N6E A;  3GW3 A;  5IDI A;  3OTR A;  2I5Q A;  2DZU A;  1TPE A;  4EAN A;  4NP7 A;  1QW8 A;  5I2U A;  1JZ6 A;  2ZE0 A;  3QPZ A;  3TOP A;  2GJX A;  1H7R A;  1E4N A;  2P5N A;  2W92 A;  3K8M A;  3M0V A;  3TJX A; 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