2Y70A

Crystallographic structure of gm23, mutant g89d, an example of catalytic migration from tim to thiamin phosphate synthase.
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
MSKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVAPSWYMGAQAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGISWIVLDHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERSSGRTAVVVLTQITAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKVGADVAGELRILYGGSVNGRNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords TRIOSE-PHOSPHATE ISOMERASE
publication title Evolutionary Walk between (Beta/Alpha)(8) Barrels: Catalytic Migration from Triosephosphate Isomerase to Thiamin Phosphate Synthase.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 92
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2y70A00
5E0KA 3ABRA 3C52A 3IVUA 4FIRA 1EPXA 1X6UA 1ME7A 4NVTA 4ADUA 1LZOA 3GYEA 2QCDB 1TPC1 2B7QA 4JYFA 2PURA 1KTNA 4CNPA 3GDTA 3GAYA 3W7HA 2EKCA 4LC8A 2NXGA 3LLFA 4Z1AA 5BNKA 5G2WA 1O95A 2R91A 4BWLA 4Y9AA 1XI3A 3B04A 4DQWA 4LUIA 1H63A 3ATZA 1XUUA 4OGZA 3WJXA 3EXTA 3P5YA 3T7VA 1VLIA 4HNNA 3O05A 4BI5A 3F03K 4CNNA 1WOAA 2I9EA 5CSRA 4DO6A 4N9BA 4GBUA 3ZFHA 2R94A 1I2RA 1K03A 3IVTA 4H4IA 3G1FA 3NOEA 1W8SA 4H6KA 2V9DA 1QR7A 5HR6A 1VRDA 5E1QA 1JQXA 3W84A 3IIXA 5CGQA 1GQNA 4JTGA 1CW2A 3DI0A 1QPRA 1RQEA 1A5BA 4Z0SA 2QJGA 1RPXA 2Y7GA 3R2GA 3MHUA 5TBOA 2DJLA 1JCJA 3FKKA 4PCFA 3W7RA 1YDOA 4N2YA 4OV4A 5E93A 4B5NA 1D3GA 4UNKA 4JYEA 3CEUA 3G1DA 1H61A 5F4WA 5I3GA 1B3OA 4EOUA 1R46A 4DPPA 4JTJA 3W2UA 3UWZA 4WQ6A 2V82A 4FXSA 4JDYA 2NWRA 2JGYA 3I65A 4X22A 2EPHA 3W2KA 4WY0B 3GB6A 1ZNNA 5HNRA 1LBFA 1VQTA 1LRTA 2P1FA 2WJZA 3S42A 1KM5A 2QCGA 1HO1A 4A2SA 2VEIA 4Q33A 4OU1A 3LTPA 5D03A 5AHNA 4LTSA 4HT3A 4O10A 2NLIA 3TC7A 3NZRA 3NYZA 3LB0A 4O16A 3BLIA 4K38A 3DFOA 5D2TA 3UWQA 1SFJA 1TB3A 3LERA 4HSNA 5LGZA 4KWWA 2DZVA 2Z6IA 4AF0A 2CZDA 1VLWA 3NPXA 5DN1A 1KM1A 5DLCA 1OF6A 1F73A 4JY8A 1W5MA 5BMWA 1TJPA 4O54A 3SSJA 3W7GA 3E49A 4O11A 1W37A 1VGAA 4MZYA 1VR6A 3W6YA 1XCFA 3IGUA 5I3KA 3SR7A 2I14A 3LX9A 3N73A 2NXIA 3G0UA 5KZDA 4MFEA 3UYCA 2W79A 4XKYB 3M9YA 4DO5A 4LT9A 4LOCA 1TQXA 3G1AA 1JRBA 4ADSA 2GOUA 2PCQA 2WSQA 4O57A 1GWJA 2C6QA 1FBAA 1SR9A 3FS2A 3CIXA 1BTMA 2JKAA 1GJPA 4TR9A 3OVRA 3SZ8A 4QM1A 4R53A 5DXXA 3FKRA 3L66A 3ABSA 4HNTA 2B7OA 2JKPA 2E6YA 4ZVJA 1P0KA 1LBLA 5F2MA 3TXZA 1J2WA 4O15A 2J9XA 3P80A 4GUHA 1LDCA 5EKYA 1QWGA 4MFDA 3F4WA 4UTJA 3PSVA 2W6RA 1W56A 3ATYA 1LRQA 1FWRA 1WXJA 1SZFA 1WBHA 5FF2A 3V1PA 4QQ3A 5D37A 4H3DA 1LLWA 2QCMA 1N7KA 2BZNA 1SZGA 1AG1O 2E6FA 4FHAA 3RLUA 2VFGA 5FF3A 5FEPA 2P0OA 2YFOA 4A21A 4E2DA 2XFWA 5KINA 2C16A 1DQXA 2WNNA 2Z1BA 5CZJA 2C15A 1ZY9A 2Y70A 3A5FA 1EP1A 3UZ5A 4AHOA 2ISSA 1TV5A 3BLEA 3CHVA 4NXSA 2PRMA 4N9EA 1H50A 4M6QA 3WJSA 1JCXA 4A2RA 1W5NA 3DGRA 3NL2A 1XUZA 3NQ7A 2CZEA 4S1FA 3LHUA 5D04C 2BXVA 2YZRA 3PBVA 2E6DA 3JRKA 3O63A 3P62A 3CU2A 1K8XA 3QEZA 3C4UA 3W1XA 1RR2A 1KFKA 5HQEA 2X1RA 2ZRYA 4EWND 2HMCA 1FUYA 5I3JA 2PC4A 2OCZA 1PCWA 3KFTA 5LZLA 3IV3A 3QMRA 1IIHA 4GUJA 3MO7A 1Q6RA 4FEZA 1OFEA 3VE9A 1YTEA 2E5BA 4IPIA 4ZQRA 4AH7A 3W72A 2ZZ7A 2Z0IA 4IMDA 4NX0A 2ZTJA 4TO8A 4YXGA 3A21A 3LHWA 5DXYA 4CQAA 3TSDA 4UNLA 2DZXA 2QCEA 3W7NA 3NQ2A 1Q45A 4FNPA 3UY8A 3T4CA 3W7DA 5AC8A 4LVBA 1O5KA 1OG0A 4N6FA 3LOTA 5AHLA 3A5VA 3TMQA 5EMUA 1W3TA 4IJBA 2QKFA 3L2IA 2QUVA 2CU0A 2PE4A 4FX6M 3DI1A 2WNQA 2Y6ZA 3EWWA 1KW1A 3P84A 2C1HA 2G97A 3ABQA 4BR1A 4RCXA 5DCEA 1ME9A 3N3MA 2GVJA 2NUWA 4Y6GA 4CQ9A 1K3UA 3LCHA 3S6DA 5G2HA 1G6CA 3NAVA 1KTCA 5AYYA 5BRBA 2DZUA 2ATSA 5L6UA 4UUIA 4L4LA 1SO3A 1VCGA 4QNEA 1RV8A 3TW7A 2NX3A 3MUXA 3STCA 3W9ZA 2ATMA 3PG9A 5HULA 2QCLA 1H51A 2NXHA 3E96A 2Y88A 3NQ6A 3MI2A 3G1YA 4DBEA 1HG3A 3PUEA 3LCLA 1RQBA 3T40A 2A2IA 3LCGA 4N4QA 1YXDA 4XTIA 2FB2A 1TPVA 2H6RA 3P8IA 4UR7A 4WD0A 2DP3A 1JQVA 2VFDA 2OT0A 3L9CA 1MEHA 4GNJA 3EXRA 5TQLA 3MI3A 1VCVA 4ORMA 3FFSA 1H7NA 4M7TA 1QPQA 5CZTA 5KMYA 2UV8G 4C1KA 3TFXA 1TPUA 2NV1A 3VKJA 4UFLA 3P74A 1FWSA 1YYAA 1FXQA 3DH7A 1XBVA 4IMCA 1F6KA 4N02A 3TE9A 2TPSA 3NQGA 1JCYA 2WSRA 1B9BA 4JTSA 3CC1A 2FIQA 2GQAA 4M5PA 4MLJA 3U6WA 1W5PA 4PL2A 2X1UA 3S8HA 3G8RA 4OHQA 3GIYA 3UPBA 1H60A 1DVJA 3BLFA 3NR0A 1PL9A 3SY5A 5IBXA 3LCWA 4JIPA 2A6NA 4AWTA 2ABAA 3G8EA 5EL1A 1V7YA 1VC4A 3JS3A 4IX0A 3RFAA 3R5EA 1A50A 1KV5A 2WOQA 2RKXA 5K4ZA 3L5LA 4NUWA 2ZRZA 4ZQNA 5C6MA 1SW3A 4LVGA 4KFPA 3EX1A 2EHHA 1W5QA 3W7IA 5AHIA 1GOXA 4MY9A 2Y85A 3L5MA 1GYNA 4P2VA 2J24A 5D2VA 2VENA 1RQHA 4LV4A 4GUIA 3C2VA 1H7RA 4OWGA 2OMAA 4O4WA 3G1HA 1TPWA 3OEXA 2Y63A 1XBXA 3UXAA 3U2OA 2ZA1A 1LYXA 2Y61A 4N6EA 5D05A 1DJQA 1NEYA 3H54A 4FNUA 1EIXA 3W75A 1KFJA 3DZ1A 1O5XA 2A21A 4IWWA 1MSSA 4ZL1A 3C2FA 1OFAA 2JGQA 3SI9A 2X2GA 3NVTA 1P0NA 5AOUA 3W7OA 4MKNA 1PHQA 3W85A 3W1AA 2YGYA 3L67A 4MLRA 1HL2A 4AHPA 1K7FA 1KFBA 4JICA 3O1NA 5K7JA 3HPXA 4C1LA 1HO4A 4FX8A 3ABOA 3NQVA 3MBDA 5AFDA 3UQNA 1R30A 3MJYA 4XBSA 3KRSA 4RR4A 3G1SA 3PWAA 5G1TA 3OG3A 1LOLA 1KFLA 2ZYFA 1SO5A 4JX6A 4P61A 3RU6A 3S5YA 1WQ5A 5K9CA 2V5BA 3MYPA 5CKSA 2H90A 4UTLA 1VPXA 3UD6A 1H7XA 4UFIA 3MYOA 1PE1A 1O60A 4DXVA 3S1XA 4NJKA 3D0CA 3QMTA 1U83A 2BLEA 5K4XA 5L9FA 4UC5A 4NXKA 2YR1A 4RV8A 4IX2A 5CPOA 4OQVA 3EXSA 1VZWA 3O6CA 3W76A 1VYSX 3BGJA 3FLUA 3CIWA 4DBDA 3UWVA 4O14A 3LI1A 4K39A 5A8GA 1EUAA 2X1SA 5AN7A 3M7WA 3NNTA 5CPNA 2C18A 2FPVA 1AL7A 2ZQ0A 2OT1A 3W23A 3W73A 2XN2A 1QMLA 4OBTA 2LLEA 3EWYA 4O18A 3EWXA 4IMEA 4M6PA 1EWEA 2YW3A 4KKXA 3DAQA 3O8AA 1VYPX 3C8FA 1F05A 1GVRA 2H3BA 2E77A 1EP3A 2GJNA 1OK4A 3NG3A 1Q3NA 4RZ6A 3NPUA 2DZWA 1YTDA 3G1XA 1KM6A 3W7QA 1JCLA 1OFRA 2BX7A 3E0IA 3DU0A 3NQEA 1JUEA 4O12A 1C29A 3FEMA 2NX9A 4XWUA 1HFBA 1H5YA 5FI8A 4PA8A 1FWWA 3PB2A 1QAPA 4RKAA 3M6YA 1S3HA 1QCWA 2FB3A 2A1YA 3GDKA 2A5HA 2HSAA 1Q6OA 4LW7A 4CCEA 1TV8A 4NJJA 2B7NA 4AAJA 1OX5A 4K8HA 3ELFA 1O94A 2Z6JA 1FDJA 3C2OA 4NJIA 1TRIA 3GZ3A 3C0JA 1WV2A 2VFHA 1SW0A 5G4EA 3LV5A 3QRHA 3PVFA 4LRTA 2PRHA 4G1KA 1H1YA 2VEPA 3TIMA 4JTIA 3OBKA 1VH7A 1S5VA 4IXXA 4E38A 3WJYA 2HS8A 4GXMA 4UTUA 3R8RA 4X2RA 4HNVA 1F76A 1ICQA 1KM2A 3TU9A 1SO4A 4XUGA 4JR5A 4O19A 4MYAA 4NU7A 3NDOA 4QJ1A 3E02A 1XM3A 4IOTA 4NQ1A 5IBXC 3HG3A 4Q32A 4GRSA 4BF9A 4DEFA 3P67A 4HPJA 3LDVA 4NT0A 3BW2A 1JVNA 3NL6A 3DKJA 1H7PA 4LUJA 4Y96A 3AJXA 1I2PA 1UBSA 2AGKA 4MPQA 1OFDA 3NM3A 4Z1DA 4AWUA 1LRNA 1WOBA 3M16A 2YX0A 2J9YA 3TAKA 1OFQA 1XBZA 2A6LA 3NO5A 3UWUA 3TAOA 1L9WA 4RXGA 4DF0A 3TKFA 1N8FA 3TC6A 3CM4A 4NJHA 3ZR4A 2PRLA 1VCFA 3O6DA 2TMDA 3S1UA 1G67A 4O52A 1KM0A 2FQIA 4OE7A 4FF7A 5LNVA 1TYGA 1XBYA 3L21A 4Y8FA 4O13A 3W7EA 1A53A 4UIOA 3TQ0A 3BG5A 4MVAA 4AHQA 1ZCOA 2VELA 4O17A 3LHVA 3KVKA 3M0ZA 1QPOA 1GEQA 3EX2A 2J88A 5MHBA 3L5AA 5U7SA 1AW2A 2G5WA 2A7PA 1KM3A 3NGJA 1ZHAA 4M19A 3HGJA 4BI6A 4FNQA 3FA5A 3LV6A 5DY2A 4LS0A 3PBWA 2NV2A 3TMLA 3DHFA 3L68A 1BWLA 1I2OA 3HGOA 3G24A 2CFFA 1TTPA 3FYOA 4JD4A 3FJ6A 1WX0A 4O0KA 2DZTA 2YCEA 4Z0JA 3TX9A 1YPIA 1RVGA 3SJ3A 1I2NA 3NZ1A 4O8RA 3F1QA 1GT8A 4E0CA 3TV8A 3W7LA 1EP2A 1NFBA 4NNAA 1T0OA 2V2CA 1F74A 1W31A 3E9AA 5HJLA 1VJIA 1R47A 4LVAA 3BVJA 1OVDA 2QUUA 4KFNA 4UTHA 5I3FA 4NNBA 4XQ6A 3NQCA 2QR6A 5AC7A 4HN4A 3THQA 2F7FA 4DPQA 4JTTA 4CQ8A 2XN1A 3W86A 5AYZA 3EX4A 1W5OA 4PFMA 1Z41A 3KRZA 4N4PA 2C3ZA 5DY3A 3WJWA 1QPNA 1XXXA 1B4KA 1LCOA 4LRSA 1TSIA 1OX4B 1UJPA 3UWYA 1WA3A 5A5WA 3PG8A 4MYXA 5AC6A 3KOFA 4WY0F 1ZAIA 3M1ZA 3N9RA 3W1TA 4K7YA 1FXPA 1PIIA 3KXQA 4XZ9A 2H3DA 3NM1A 2JBMA 3L0NA 4FB7A 3QYQA 3W1PA 3BPWA 3W2LA 2ZFAA 1TMHA 4LS1A 2YYUA 3HG5A 4GC4A 1Q6LA 1NVMA 4HPXA 1OHLA 5AB3A 2OZ0A 3EKLA 1KA9F 1IXOA 4K6AA 3ZWTA 1FCBA 2HTMA 4PEKA 2ABBA 3FOKA 1SUXA 2YPIA 3QQ0A 2JK2A 4DF1A 2QF7A 1WBJA 3A24A 1KBJA 3A23A 4NZFA 3UXDA 3EEGA 2NX1A 2ZBTA 3C3NA 3HGSA 5KZEA 2Y7DA 3MHFA 4PL1A 4NZJA 1BEUA 3S1WA 3I7QA 5K9DA 3YPIA 3VCRA 2QCDA 4GUFA 3QFEA 4RLIA 5D02A 1H1ZA 2BWGA 3TCEA 2WO5A 3T44A 3HPZA 3HO8A 4KFOA 2RHGA 3BK0A 3LCIA 2GVLA 3TROA 3INPA 5TIMA 4YL2A 2VXNA 1IIGA 1IXQA 1C9DA 3PR2A 1OF8A 4L4MA 2A7RA 4GJ1A 4LNYA 4R34A 3N2XA 5FF7A 4O1BA 3GDLA 4RJEA 4BK9A 3TUUA 1QO5A 3QPYA 1M5WA 1GPWA 4UMBA 3G18A 2J27A 5LHFA 1K02A 1F6PA 3LHYA 4YMZA 4AVFA 1T99A 4K37A 4FO4A 3GDRA 1LLZA 4YLWA 1MXSA 3TQKA 1NAL1 2ZRVA 4UFMA 3CEPA 3TXVA 2G95A 1T96A 3WK3A 5CG7A 2CLKA 3BW4A 2YYTA 3M5XA 3EB2A 3O16A 3LXBA 2HS6A 4K36A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1H3G A;  3MO4 A;  5HMF A;  3BOF A;  2GSJ A;  3ARP A;  2IQD A;  4NVT A;  3RRX A;  1HF6 A;  1S2A A;  3ZZ1 A;  2V3D A;  2P5N A;  7A3H A;  4DWS A;  4LC8 A;  3LLF A;  1J6P A;  1S38 A;  4IG2 A;  2XVP A;  3EBV A;  1Q4N X;  4BWL A;  1E6Q M;  3B04 A;  5ABF A;  5LA2 A;  3GY1 A;  1V3L A;  2YDS A;  2DEP A;  3WJX A;  3EXT A;  3P5Y A;  3VKK A;  1WOA A;  2I9E A;  5CSR A;  4DO6 A;  2PDL A;  1YBQ B;  4N9B A;  4GBU A;  3ZFH A;  1XIG A;  4H4I A;  1ZBC A;  3NOE A;  3AMK A;  4H6K A;  4W87 A;  2WCS A;  2F8Q A;  3CUH A;  3V36 A;  1XIJ A;  1GQN A;  3PTM A;  1NTH A;  5A8O A;  2Y7G A;  2YCJ A;  3MHU A;  3R2G A;  1H4P A;  2OR2 A;  3LGD A;  3H7R A;  5E93 A;  4B5N A;  4UNK A;  4JYE A;  5F4W A;  4DPP A;  5DT7 A;  3RJX A;  4B5W A;  4FS9 A;  3AS2 A;  3F4V A;  3P3B A;  2VJX A;  1ZUA X;  2JGY A;  2C91 A;  3AS3 A;  2IMR A;  2ZIC A;  3T0A A;  1EZW A;  1LBF A;  5HNR A;  5J8L A;  1LRT A;  3BLD A;  3R0D A;  3AZR A;  2QCG A;  1DPM A;  3MC5 A;  2GOK A;  2DUZ A;  4KES A;  2Z24 A;  1J0K A;  2J4G A;  1HO1 A;  4A2S A;  4YTU A;  1A3X A; 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