2YR1A

Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase from geobacillus kaustophilus hta426
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
MNISPKAIKVRNIWIGGTEPCICAPVVGEDDRKVLREAEEVCRKQPDLLEWRADFFRAIDDQERVLATANGLRNIAGEIPILFTIRSEREGGQPIPLNEAEVRRLIEAICRSGAIDLVDYELAYGERIADVRRMTEECSVWLVVSRHYFDGTPRKETLLADMRQAERYGADIAKVAVMPKSPEDVLVLLQATEEARRELAIPLITMAMGGLGAITRLAGWLFGSAVTFAVGNQSSAPGQIPIDDVRTVLSILQTYSR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
publication title Crystal Structure of 3-dehydroquinate dehydratase from Geobacillus kaustophilus HTA426
rcsb
source organism Geobacillus kaustophilus
total genus 94
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2007-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2yr1A00
3UXDA 3B0UX 1MEWA 1VR6A 1YYAA 2J27A 5DY2A 1XBYA 2AGKA 1EP2A 3SGZA 1CX9A 2H3DA 4GUIA 3P8JA 3S5OA 4DPQA 1GVOA 2WJZA 3MWAA 1S3HA 3VE7A 3BARA 3LHTA 4QITA 5FEZA 1YXDA 2XN1A 1QDSA 3PBUA 5AC6A 2X1RA 4ADTA 3LCXA 3S8HA 3B4UA 3LGEA 4FNTA 3UQNA 3HG2A 1N8FA 2DZPA 2V8ZA 4LVAA 3PY2A 2C3ZA 5D2TA 1BWLA 3W7MA 2WOQA 2YDAA 5AHEA 2YX0A 1NVMA 4O4WA 5FEXA 1MEIA 2X16A 5FF3A 3IV3A 4LW7A 4UTMA 2BWGA 1O60A 4QIUA 3C61A 2HSAA 5G2WA 1RQHA 1FWWA 1HL2A 3GNDA 3R2GA 2C19A 4HNNA 3L67A 1TREA 2HS8A 4GJ1A 3UY7A 3L0KA 3L66A 3UPBA 3IIZA 2PRLA 4KFOA 3W9ZA 4OBTA 2GOUA 3PSVA 3NPXA 4IMFA 4O10A 3ABQA 3M7WA 4EF9A 1TTQA 4Y96A 2ZZ4A 1TO3A 7TIMA 4POCA 4RXGA 4Z1BA 3TROA 2GQ9A 2BX7A 2O7QA 3M5XA 3HGOA 1QNVA 1QWGA 2X2GA 2JBMA 1GWJA 2TPSA 3P81A 5G2HA 4N2YA 3BLEA 4O19A 2FPYA 5D04C 5I3HA 2OT0A 3PB2A 3NL2A 1YTKA 1IGSA 2VXNA 1F76A 2BXVA 2Z6IA 3TMLA 2CZEA 3N3MA 1XDLA 3C8FA 3W7GA 3OEXA 4I7UA 3NQMA 4O1DA 5K9CA 2FPTA 4Z1AA 1WBHA 1R30A 3HGJA 4JTKA 2XFWA 2VFEA 5T26A 3AJXA 2GUUA 2QKFA 3F4WA 1SO5A 2F84A 1QO2A 4LT9A 4WY0F 1WQ5A 1TPVA 1FDZA 1PVNA 4DBEA 3G1FA 5FEPA 5AHMA 3WJZA 4CLMA 3RLVA 3F1QA 3O6YX 4TMCA 5LNSA 4O4VA 4UFMA 1X8FA 4R33A 3TE9A 1JUBA 3LB0A 3P7YA 2YYTA 4IJBA 2NLIA 1DKWA 2CFFA 1DV7A 3TQKA 1Z44A 3CWNA 1S5WA 5A5WA 5BMWA 3BW2A 1OK4A 5F1UA 4FXRA 1GQNA 3JR2A 1WV2A 2VEMA 3VI2A 2VELA 3JS3A 2A7RA 1DQWA 3R13A 1ICPA 1N7KA 4UTJA 3WJXA 2QF7A 3M41A 1VLWA 3B05A 2QCLA 3BV4A 3DI1A 3CQ0A 4ZQNA 4BF9A 5LSMA 3S5YA 3NGJA 3ZWSA 3T78A 2NXHA 3O1NA 4BI6A 4JTFA 4R34A 1TPB1 2VOMA 4O14A 2ZRYA 1XI3A 1H7PA 1RVGA 4MLJA 5D03A 4AF0A 4ICNA 5BNKA 2FB2A 3KRZA 5TIMA 2A1YA 1WBJA 3TC6A 4OU1A 2NUWA 3NZRA 4UTHA 2NUYA 4RZ4A 4NJKA 2Z0IA 3PWAA 4GUGA 3OA3A 3SI9A 5FF0A 1Q6QA 2ZA2A 1XBXA 5H91A 2Y6ZA 1RPXA 5CPLA 2QCDB 1QOPA 1G4EA 2VFGA 3A24A 1H51A 2JKEA 3LX9A 1PCKA 1GYNA 1OFQA 1SPQA 4JD4A 1VYPX 1HUVA 3LCIA 4DEFA 3TUUA 1XDMA 2OCZA 5DCBA 3MHFA 1TJPA 3LCWA 4MZ1A 5F2GA 3GXNA 4JTJA 1TIMA 3LOTA 4O11A 3FS2A 2R14A 3QQ1A 2DJLA 3Q58A 4NXKA 5E93A 4J9JA 1FQ0A 3GKFA 2X1SA 3NAVA 3SGUA 3UWWA 3IGUA 2Y70A 3R5EA 1JCJA 1YADA 3KFTA 1SQ7A 5F2IA 1YXYA 1KFCA 5G1YA 4MKNA 2E6DA 4LRTA 3NQAA 2QCGA 4O1CA 1LORA 3RLUA 3FFSA 1YDNA 1BKSA 1GVFA 2VFFA 4PH6A 5BRBA 1IIGA 5KMYA 2DZXA 3UPWA 1F73A 1F05A 2BLEA 5CG7A 4Z08A 1QPQA 3S1WA 4AHQA 4MY1A 5LHFA 1JUKA 2YFOA 2B7QA 3PULA 3IIXA 1FWRA 1S5TA 2E1DA 3QZEA 4UR7A 3L5LA 3G0XA 3CEUA 3FLUA 2ISVA 3L5AA 3EB2A 4JTIA 3EWYA 3IGXA 2E6FA 3L68A 1ZNNA 1TPDA 3ABOA 3OIXA 3KVJA 2XN2A 3NL6A 3TC7A 2QEZA 3O07A 4D2JA 5AC7A 4N4QA 2YCEA 4X9SA 3P61A 4PL2A 1SSGA 5K9XA 1P0NA 3TR2A 2DZWA 3M1ZA 2QAPA 2VKZG 1SZGA 2A7NA 2RDWA 1O94A 4O28A 5SWUA 2QCFA 5AYZA 3W2LA 3W2UA 3L9CA 1K7XA 2KZHA 3LTPA 2EAWA 1EIXA 3NPUA 2QUUA 4IXHA 2A85A 3B0PA 2CLIA 3W7CA 4AVFA 1JCXA 4MOZA 3ABRA 3TMQA 2CLFA 3CIWA 4GBUA 4WD0A 4O13A 4FX6M 3QSRA 3LHVA 4LY8A 3CT7A 3HIJA 5AB3A 8TIMA 3MHGA 3N73A 1GJPA 1TJRA 2GVLA 3NQGA 1WXJA 1I2PA 4YCOA 3C0JA 2ZZ2A 2G5WA 3O05A 2OX1A 4K36A 2Y61A 4HNTA 3L0NA 1KM0A 1GVRA 5EL1A 3TAOA 1FX6A 1WAUA 1OJXA 5AHLA 1J5TA 4DO6A 3C2RA 2QCNA 5D32A 3KRSA 3BG9A 4N6FA 1IXNA 2QR6A 3QSTA 1HO4A 1TPUA 3QW3A 4O12A 5U4NA 5IM51 3HJZA 3MHUA 1HFBA 2P0OA 3LXAA 2ZYFA 3IIOA 1LZOA 4LWWA 1DJQA 2QJGA 5LZLA 2E68A 2FTPA 3P5YA 4UTWA 5I3FA 2X1TA 5HR7A 5K4ZA 5CPOA 3HPSA 1CW2A 3YPIA 4TO8A 1XBVA 3U6WA 1GYLA 2A5HA 4MJZA 2Q8LA 5CSSA 2TRSA 3DKJA 3PBVA 3UWVA 2G97A 3SIZA 2DJXA 1FCQA 3W1AA 4WOZA 3EKLA 1T96A 4Y90A 5KZMA 3WK0A 4HKPA 5FI8A 4NJGA 4RJEA 3P62A 3UWZA 2RDTA 1L6SA 1EUAA 1JCNA 1F7BA 3TKFA 3TQ0A 4AMAA 3NYZA 4DXVA 3A22A 3TX9A 1OK6A 2YSWA 4R53A 5U7SA 2VFDA 3OHIA 3INPA 1TPC1 2DZUA 4JIQA 5AHFA 3TNOA 3NQ6A 3S42A 1VLIA 4YMZA 3W1MA 1I8JA 2RFGA 4EOUA 4N4PA 1VJIA 1ZJIA 3LV5A 3VNDA 2EKCA 3TAKA 3E96A 1H63A 5D2YA 2NUXA 4RKAA 3HPXA 2C16A 2ISSA 3TV8A 3MP5A 3PVFA 4KKXA 4FXSA 1OFEA 5G4WA 4JEQA 3LLFA 1LRNA 4JGDA 3OG3A 4ORMA 3EWBX 3IIPA 1Q3NA 3HPZA 4UIOA 3KVLA 4QISA 4AWSA 1PL9A 2LLEA 2NV2A 2QJIA 2EF9A 2VFHA 3LTSA 5AN7A 5GVJA 3PUEA 3W7JA 3CM4A 1XUZA 3NVTA 4BR1A 1PE1A 2R91A 3NQ8A 1LM1A 1K3UA 3W7NA 2CLKA 4XWUA 4MZYA 4DO4A 3P5ZA 2YW4A 1AW2A 1QPRA 5C55A 2P10A 4WUIA 4JR5A 5TBOA 4JYDA 1G7VA 2DP3A 3C6CA 4U4MA 2FDSA 3W1UA 3BK0A 1SU5A 1VGAA 4A2RA 1RQEA 1QFEA 3BO9A 3EX2A 4NNAA 3DFOA 3DFQA 3FJLA 1GEQA 2VENA 3N19B 1JULA 4UCGA 3LCFA 1H7RA 4K8HA 2WO5A 4JS3A 2H3BA 3ZWTA 3QFEA 3HF3A 2WSYA 2H8XA 4CCDA 1KV8A 2WSQA 1SO6A 1W3TA 5CZSA 1KFLA 3W7EA 3B03A 1O4UA 3RFAA 4ZMGA 1F5ZA 3EWXA 2AQWA 4N9DA 1Q6OA 4N9BA 3JRKA 1KBIA 1KM5A 4AHOA 5AOUA 4CQ8A 1X1OA 4IWWA 4MYXA 2Y62A 1H7NA 1NF0A 3P60A 2JKAA 4RZ6A 3NQEA 2V2DA 3G22A 4KFPA 1OFAA 5CZJA 3NM3A 4Y6GA 1I2QA 2E77A 4JN6A 5HJLA 4O52A 1IXOA 4NUWA 5L6UA 2JGYA 3NQDA 3LBMA 3PG9A 3QF0A 2Y89A 4OE7A 1H7OA 3MMTA 3LLDA 3STGA 2E09A 3HBLA 3DFNA 5CSRA 3VKJA 2ZRUA 1ICQA 1JCLA 1RZMA 3GB6A 3B04A 3S1UA 4DPPA 3CTLA 3FIGA 1B4KA 3GYEA 4JDBA 2YZRA 2DZSA 4FO4A 3W87A 4CNPA 4YXGA 1TV7A 3G3MA 2VEIA 1FXPA 2NX1A 1H60A 2QUTA 3W72A 5FESA 1AW1A 4AWTA 4H4IA 4JTUA 3WK1A 1EWEA 4JICA 2CW6A 2NZLA 3RF9A 4LRSA 5HQEA 5D02A 1GTEA 3M6YA 3UZJA 4UFLA 2Q3OA 3NQCA 2IQTA 1OYCA 1L6WA 2VEPA 4PTNA 1I4NA 5K9DA 3RMJA 1GG1A 4CCEA 3HGRA 4ZL1A 4O57A 3HMJG 1GVSA 1FWNA 1W5MA 4MLRA 1F74A 5TQLA 2UV8G 4LS1A 1MXSA 2V9DA 4DBDA 3QJAA 3W1LA 4AB4A 3EX1A 5DELA 1TRDA 3SW6A 4AEOA 2A4AA 2FPVA 1EWDA 5DXXA 3WFAA 4ZQCA 2RH9A 1T0OA 2ZZ3A 3TQVA 4WX2A 3TIMA 4L4MA 4O54A 3STEA 4QAIA 3SY5A 3EXRA 1G4PA 1J4EA 1VYRA 4FB7A 5F4WA 1HTIA 1GG0A 4R7JA 2A6NA 2CLHA 1O5KA 1ZENA 2G95A 3NOEA 3B8DA 1LBFA 4K37A 1S5VA 3EWWA 4GRSA 1G67A 3QH2A 3TSDA 3NXFA 4LU0A 3T7VA 2I14A 4LV4A 4PFMA 3GX9A 4CQ9A 1YDVA 3UNDA 5F2MA 1C9DA 3O15A 2B4GA 3I6RA 3DKLA 2ABBA 5DY3A 1OVDA 1ALDA 3IIVA 2BZNA 1XC4A 2NWSA 3NPWA 3W83A 4LVDA 4IMCA 4Z0JA 1GPWA 3G1YA 3PG8A 4FNUA 3PC0A 3W3OA 4AAJA 2QCDA 2JGQA 2FFCA 3NG3A 3E12A 1OG0A 3BGGA 2W0UA 1WOAA 3QRHA 4FX8A 3WK3A 4GUHA 2Y88A 5H2ZA 3NNTA 5HWNA 3W7LA 4E0CA 4IPJA 3M5ZA 1W3NA 2BTMA 3A5VA 2ZZ7A 3P82A 3KVKA 2QAFA 4QQ3A 2CZ5A 1GTHA 1DORA 3N34A 3D0CA 2I9EA 3TW7A 3BVJA 3BGJA 2ZDRA 5EYWA 4UFIA 1UASA 3CEPA 4E2BA 5KSWA 3HG3A 1EUNA 1K8ZA 2AAMA 1K8XA 2DZTA 1JQVA 4A29A 1DOSA 6ALDA 1KTCA 4UTTA 3W73A 1G6CA 3OVRA 2DORA 2V2CA 4UTKA 1XL9A 1KTBA 4LNYA 3G24A 1AL8A 4GUFA 1W0MA 4LS0A 3W1TA 4UNLA 4HT3A 4ADUA 4MFEA 1OFPA 1B3OA 1M7OA 3NQVA 1JR1A 1OF8A 4TMBA 3ZR4A 3G18A 3ELFA 3FKKA 1W31A 4JTHA 4PC8A 1R47A 1TCDA 1LLWA 2R8WA 4ORIA 3LERA 4JTTA 1BWKA 1JCYA 2YFNA 3KRUA 2WQPA 4KFNA 1LCOA 2GQ8A 4IGHA 1AG1O 1M7PA 3NZ1A 1GZGA 4FF7A 4C1KA 4QM1A 3GLCA 3M9YA 4N02A 4RCXA 1H1ZA 2TMDA 4ONVA 5K4XA 2H6RA 3W2KA 3W23A 3NM1A 2FLIA 2PC4A 2X30A 3N14A 4M19A 1OYAA 1CI1A 1AL7A 1KM2A 3F4NA 2CZDA 2CLEA 2E6YA 3MYPA 3S5NA 1W54A 1SZEA 4IMEA 3QQ0A 1Q6LA 2GJNA 5EKYA 2FIQA 3UY8A 3SSJA 1TQXA 2ATMA 3RNDA 1GVQA 3WJWA 3GK0A 3GZ3A 1YDOA 4P61A 4O18A 4S2CA 4RV8A 5D37A 1Z42A 3LHWA 1Q6RA 2ATSA 4AF0B 2OMAA 3C2FA 4GWEA 3NQFA 1P0KA 3O6CA 3EWUA 2ZRVA 4TIMA 1UJPA 1VCFA 5CPNA 1KW1A 1HG3A 4IX0A 4ZQOA 3W7HA 4ML9A 4XTIA 4ZZ9A 4Z0SA 4JTEA 1LOLA 4O16A 2J24A 3RU6A 3W22A 4HNUA 3W70A 1TPWA 4AXKA 2B0MA 4W9TA 1I2NA 3G1AA 3O8AA 1SR9A 4NX5A 3OBKA 4IQLA 1TPH1 1KM4A 5BOOA 5A8GA 1VCGA 4E2DA 3SZ8A 3GXPA 3E49A 1KTNA 4IUOA 4JXCA 3THAA 3LHZA 4DF1A 1T8XA 2A0NA 2Y7EA 2RHGA 2CU0A 3GAKA 4HN4A 2ZRXA 4X3ZA 3PM6A 3W2NA 4XZ9A 4X2RA 4RZ5A 1YXCA 4A22A 5AYYA 3UWQA 1JUEA 1YLVA 3FYPA 3W86A 1ZCOA 3MBFA 1MZHA 3KX6A 3CLMA 3M0ZA 2PURA 1ZY9A 3W75A 1R46A 2BSLA 1XCFA 3NL5A 4FNPA 3DHDA 4K7YA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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