2YSWA

Crystal structure of the 3-dehydroquinate dehydratase from aquifex aeolicus vf5
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
MLIAVPLDDTNFSENLKKAKEKGADIVELRVDQFSDTSLNYVKEKLEEVHSQGLKTILTIRSPEEGGREVKNREELFEELSPLSDYTDIELSSRGLLVKLYNITKEAGKKLIISYHNFELTPPNWIIREVLREGYRYGGIPKIAVKANSYEDVARLLCISRQVEGEKILISMGDYGKISRLAGYVFGSVITYCSLEKAFAPGQIPLEEMVELRKKFYRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
publication title Crystal Structure of the 3-dehydroquinate dehydratase from Aquifex aeolicus VF5
rcsb
source organism Aquifex aeolicus
total genus 86
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2007-04-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2yswA00
3KXQA 4O4VA 3M7WA 3QPYA 2QAPA 3P74A 5HULA 3O8AA 5KITA 2NUYA 3Q94A 1TCDA 3D0CA 3M16A 1GVQA 2Y89A 3LLDA 4R7JA 3LTPA 3ABQA 3JS3A 3O6YX 3G22A 4R53A 4ALDA 1I2QA 3HOJA 5AHLA 2DJLA 1K8YA 3MP5A 2CU0A 5CPMA 1VCVA 4QSHA 4G1KA 2Y88A 4EWND 1DORA 1X8FA 1IXOA 3UWQA 4GUIA 4YXGA 4NU7A 1VGAA 4LVBA 5LZLA 4WY0A 1YTEA 3C6CA 1XBYA 4UR8A 5G4EA 2VOMA 3TFCA 5A8GA 2WOQA 1BWKA 1KBJA 3E0IA 3FJ6A 1GVOA 4Z0SA 4DO4A 3Q58A 3EWZA 4FX6M 1L9WA 4K7YA 3E02A 4M7SA 3WJXA 3W1QA 5F4SA 4X22A 3UZJA 3NOEA 5LHFA 4K8EA 1XBVA 1FWNA 4O15A 5G1YA 1W5NA 3UNDA 1W1ZA 3C4UA 2VEPA 5LNVA 1TPFA 2YYUA 2GUUA 4IGHA 2C15A 1FWWA 3R5EA 4Z1CA 4FNPA 3S6DA 1MEIA 2R91A 1H7WA 4TU1A 3OHIA 4NX5A 4IMGA 4R34A 4BR1A 4WY0F 3KX6A 4YCOA 2EAWA 4WQ6A 3B0UX 1XFBA 3W1MA 4S2BA 3KHJA 1S5VA 1W37A 4H4IA 4HHPA 3CWOX 5DXXA 3NQVA 2ZZ2A 2VENA 2JGYA 2OMAA 4GUFA 2RHGA 2V0TA 4O10A 2ISVA 2Q3OA 2R94A 2Z0IA 3KRSA 2CW6A 4NNBA 5HWMA 4XBKA 3TAOA 3W7RA 4O8RA 1D3GA 2A7PA 3P5YA 3KAOA 4W9TA 2A4AA 3R13A 3MMTA 1H61A 1AW5A 5L9FA 4JD4A 3MHGA 5D33A 1JQXA 1Q3NA 1H51A 5HQEA 1KM1A 3QMRA 2Y6ZA 1TB3A 2YXGA 3T7VA 3S5YA 4XQ6A 1G4TA 5G2HA 1H7RA 3G1YA 2CFFA 3LB0A 3UXAA 5TBOA 2E6FA 1I4NA 3FYOA 3HB9A 3CTLA 1XBXA 4NX0A 4O52A 2ZTKA 4GNJA 1H62A 1KFBA 4J9JA 4AVFA 3G1DA 5D02A 1JQVA 1RZMA 4JTIA 5KZDA 5CPNA 1EIXA 1BKSA 1DKWA 4NNCA 2YFOA 3S5OA 3PSVA 4JGDA 1C8VA 3E49A 3HJZA 3LHUA 1EUNA 1PIIA 1KM3A 1D3HA 2F7FA 1GVFA 1SFJA 5FEXA 3T4CA 3W7HA 2H8ZA 3LDVA 1FXQA 3QW4B 3DHDA 4KFNA 4YLWA 4CQAA 3S5NA 4YWIA 1RV8A 5D2WA 3CEUA 7TIMA 1EP3A 3O16A 2NUXA 3PUOA 4O17A 1MO0A 3EXSA 2RDWA 3W7IA 1LORA 2J9YA 3PG9A 5F4XA 2ZRVA 4AWUA 2FPYA 2V9DA 3G0SA 2V30A 2X16A 3C2FA 3MYOA 3F4NA 3QM3A 4DXVA 2QUVA 2TSYA 3TIMA 2W79A 5D32A 1U5JA 3QRHA 5HUOA 5K3VA 1I2NA 2GVLA 2C13A 3GKAA 4LVGA 3DKLA 2A6NA 2CLOA 3W7CA 5EYWA 2QDHA 1YDVA 3B0PA 4JTSA 4S2CA 4MLJA 1QPOA 3LTYA 2G95A 2V5LA 2QDGA 3RU6A 4ORIA 4UTMA 3P80A 2QJHA 4TMCA 1W54A 3DH7A 1W31A 5C2XA 1W8SA 1WDWA 1NVMA 2NX3A 1QPNA 1TTPA 3EXTA 3GX9A 1Q6QA 1T0OA 2B7PA 3NM1A 4AHOA 4O50A 3M5XA 3UWZA 1J5TA 4UC5A 1SW3A 2C1HA 4LTSA 2NX1A 2ZRZA 1FWTA 4X2RA 1F5ZA 3NXFA 2ZCGA 4LY8A 4ADSA 4UNKA 3LRKA 3CLMA 4NZFA 1FDYA 5HWJA 2J27A 1XC4A 3NO5A 1O5XA 3UQNA 2V81A 2A85A 1ME9A 4AAJA 4IMCA 4BI7A 3EX1A 3BG5A 4AF0A 1N8FA 1ZJIA 3LRMA 4JY8A 2C0AA 2WPBA 2J9XA 1XKYA 3KVJA 3IVUA 3GZ3A 3TDFA 1EWEA 3LGEA 3JR2A 4M6PA 3LHWA 1K8XA 3R89A 1SZGA 3PULA 3NQCA 1KFJA 3QMSA 5CKSA 1TV7A 4MFDA 5BNKA 3S1WA 3NQDA 4LVFA 5A5WA 2R14A 3TU9A 1Z42A 3HG4A 2E6YA 2E68A 2VFIA 4XBSA 4QITA 5GVJA 3N2XA 3NDOA 2GQ9A 1X1OA 5C55A 1SO3A 3RLVA 4O53A 4MJZA 3W75A 4OE7A 3W87A 4K36A 5HJLA 1ICSA 3O1NA 2Y85A 1AMKA 2CZEA 2E6DA 4PEKA 1MSSA 2TYSA 5E1QA 6TIMA 5G2IA 4HT3A 1TRIA 1TPB1 2RFGA 3B03A 4NXSA 1JCMP 1ZHAA 3G1SA 1FXPA 1ME8A 1UJPA 4RKAA 3S8HA 4UFLA 1XDMA 3TQVA 4DELA 2EGZA 4K7VA 1W0MA 2NWSA 1JCJA 2P1FA 5AC8A 1LCOA 1OFRA 3QMTA 4EIVA 1H50A 2YR1A 5F2MA 4MY1A 3VFLA 2CZ5A 4CCCA 5D09A 5FEZA 4FX8A 4CQ8A 3FS2A 3FKRA 4RLIA 3NL3A 1TPUA 4FIRA 1LOQA 3NQ6A 4Y6GA 1JULA 3ATYA 1LDCA 3T40A 3CPRA 3ZFHA 1RPXA 3W7LA 1KTCA 3NQFA 5DY2A 1FCUA 1XUUA 1EPXA 5FEPA 3ANYA 4LNYA 5DY3A 3O6CA 1LYXA 3U8GA 3NL6A 4M6QA 3PBYA 1MXSA 3HO8A 3TV8A 3DXIA 4B5NA 4L4MA 3GR8A 4UXDA 3EWWA 1SZEA 4KFOA 1WA3A 1ZNNA 3B8DA 2P10A 2QAFA 1R2SA 1XDLA 4JTHA 4UMCA 5EBUA 2X1UA 4MZYA 2A5HA 1NF7A 1GG0A 1F6KA 1EUAA 2C14A 1RQBA 3B4UA 3AJXA 3LCXA 1HO4A 1VPXA 2NWRA 2P0OA 3M1ZA 2R8WA 3GXNA 5DBTA 4MFEA 2RKXA 4MYXA 3TQ0A 3G8RA 4E2DA 4HPXA 1GVRA 2Y61A 2ZRWA 3M47A 4UTTA 3LV5A 2C3ZA 1GQNA 3R12A 1UUOA 4ZL1A 1F76A 2Y63A 3B05A 3LCGA 1SW0A 1K7FA 1HG3A 3PF3A 4RXFA 1TREA 3SSJA 3QQ1A 2RH9A 2GPTA 4EF8A 1W56A 3LM7A 2CWNA 1ONRA 1Z48A 4KWWA 3G24A 4HN4A 4BWLC 4O14A 3FOKA 1WYIA 2TPSA 2ABAA 4FEZA 3G1AA 1W5PA 2E5BA 4RX0A 1KLZA 2J6XA 2X1TA 3GIYA 4FX7A 1F2JA 5I3IA 2WO5A 3QH2A 3U2OA 3BLFA 1JUKA 3W73A 4RK8A 4UFKA 3UPWA 4HNUA 4JNMA 1FDZA 4XKYB 3BW3A 3MP4A 4WOQA 2YCEA 1K8ZA 1H63A 3TQKA 1PHQA 3C2RA 2CZDA 1F7BA 3LBCA 3SGZA 3M6YA 1SZFA 2VEMA 4RZ5A 3DFPA 1GOXA 1T99A 1JUEA 3MYPA 3KRZA 1WV2A 3C0JA 3O15A 2VFEA 3KRUA 1OK4A 3W86A 1PV8A 2F84A 4RV8A 5SWUA 1YPIA 3STCA 2RDUA 1YXDA 5BMWA 1OX4A 5HNRA 2Q8LA 3LCIA 2ZDRA 4JTKA 4EOUA 3LBMA 4UTWA 4O28A 1FY6A 2JKEA 1VJIA 2FLIA 3KVMA 2CLFA 3GB6A 5K9CA 4UTTC 3LCFA 3UY8A 5G1TA 3W1TA 3BG3A 3NQEA 1H7XA 3NL5A 2VELA 3VKJA 4OV4A 2FB2A 3DBPA 5IM51 1L6YA 4P2VA 3HPSA 2ZZ3A 4RCXA 4QJ1A 3Q37A 4U28A 4NUWA 3WJWA 3DAQA 4N9CA 2V8ZA 3W70A 3P81A 1C9DA 1SSDA 4PH6A 1DVJA 2DORA 4TR9A 4OGZA 5FEWA 5DLCA 2WNNA 1WAUA 3TSMA 4DEFA 4UTUA 4NVTA 1OFQA 5DCBA 5ABTA 1K7EA 3OVPA 3TSBA 3TC6A 4QAIA 1G4SA 2E5CA 4M6VA 3MBDA 1ALDA 3N9RA 1A53A 2QKFA 5AN7A 5AC6A 1KM2A 2FPVA 2A2IA 3W9ZA 3GNNA 4GUHA 4AWSA 4EVZA 4K37A 3QPZA 3G1VA 4WUIA 3LERA 4Z1DA 1EB3A 4O18A 3HIJA 4YL2A 3IIPA 3NAVA 3RLUA 4N9DA 4K8HA 1OG0A 3UY7A 2BSLA 1FCVA 1R2TA 3LXAA 2V82A 4FNUA 3IGUA 1OF6A 3DFQA 1LBFA 4O4WA 1JRBA 2YYTA 3LV6A 3MJYA 3NZRA 1AK5A 3N14A 4UTWC 4JIQA 4TO8A 3W7EA 4AHQA 4DO6A 4M5PA 2HS8A 3HG5A 2O7SA 3S1UA 4JTUA 5CSSA 1NFBA 4HSNA 2H8XA 4XUGA 1VLIA 4UUIA 1VS1A 4FNTA 3QFEA 3A9IA 4IUOA 3M9YA 4DQWA 4E2BA 2C18A 1T8XA 1VYPX 1JR1A 1OFDA 3HGJA 5U4NA 1MZHA 4WD0A 4HSOA 1H7OA 5F4WA 4O12A 3W1NA 4TIMA 3ZR4A 4JTJA 1SPQA 4WXZA 4IX2A 3W3OA 3EEGA 3LXCA 3BGJA 2H3DA 3HGRA 4K6AA 3GDRA 3I68A 5D2YA 3FKKA 1C29A 3NQ7A 1VH7A 3P8IA 3CB8A 2OT0A 2C16A 2QCDB 1TYGA 3TMLA 3ABOA 2X2GA 5EA9A 1M5WA 2ATSA 4IOTA 3L5LA 4CCEA 2Z2UA 1LLWA 4UNLA 3BVJA 4IQLA 4LV9A 4LOCA 3LHTA 4NXKA 4PL2A 1K03A 4M7TA 5CPOA 2PC4A 4QQ3A 3RFAA 4AB4A 5EY5A 1Z41A 3N73A 1W3TA 2V2HA 4ZQNA 3HMJG 2C19A 2DJXA 4LT9A 2J88A 4X3ZA 1MEWA 3M44A 2J24A 3W1XA 3CU2A 4MIMA 1QPRA 2ABBA 4I7UA 4FNQA 3LX9A 4JN6A 3T55A 3CWNA 1YYAA 3HBLA 3NPVA 2B0MA 3P82A 1B4KA 2ZZ1A 4ADTA 4UTIA 2DP3A 3W7NA 4P61A 1TRDA 3P62A 1FCQA 5IBXA 3DENA 2EKCA 5DCEA 1B57A 1QWGA 4MY9A 2QCFA 3DFSA 3EWXA 3ZS4A 3I7RA 2IQTA 1QDSA 3QYQA 1WXJA 1A5SA 1G69A 1TO3A 3A24A 4QNEA 5D03A 4UMAA 4NT0A 4JX4A 1SZNA 1EWDA 4ZQCA 2GJNA 3QZEA 1TPVA 1ADOA 4LU0A 1TPWA 3L65A 4I7WA 4Z1BA 1M6JA 3FJLA 4DPQA 2VFDA 1IGSA 4LWWA 3CEPA 1RR2A 2YZRA 5D2TA 3NNTA 2CZFA 5LNSA 2VEIA 1J2WA 1GWJA 1P4CA 1TQXA 5AHIA 3TNOA 1VR6A 2ZYFA 2DU2A 4WY0B 3TC7A 5K9DA 1LRTA 2Z1BA 1PHWA 2ISWA 3C61A 4DO5A 3GXPA 2VEKA 1CX9A 3A23A 1D9EA 3VE9A 3TW7A 5I3JA 3TMQA 3TSDA 4LRSA 4YCPA 3TKFA 4O11A 4OWGA 2HMCA 4WJEA 3IVTA 3S42A 1AW1A 1IXQA 4UFHA 1ZY9A 5DCDA 4FXSA 5HMSA 1LZOA 3G8EA 4I9AA 2ZZ5A 4HKPA 3TUUA 2CLMA 4CNOA 3DGRA 4HIBA 5TIMA 2FQIA 3TR2A 1H7NA 2VC6A 1S3HA 3W6YA 3PG8A 2CLIA 1QOPA 3LCWA 1KA9F 3EX3A 1OK6A 3QSRA 3G1HA 5HWNA 4C1LA 1O95A 3TE9A 5IBXC 5C6MA 4AH7A 2NZLA 3UWVA 4FB7A 5LSMA 3C3NA 4UIOA 3HGSA 3GDLA 1OYAA 5E0KA 2VFFA 3NG3A 2ZRXA 1M7OA 1SR9A 4E0CA 2QUTA 3GAYA 1L6SA 2A7RA 5LNRA 1QR7A 3NM3A 3TA6A 4GUGA 4RXGA 3EWBX 4XZ9A 5CZJA 5D2XA 3TROA 1NEYA 3MO7A 1HFBA 2H6RA 1GEQA 2JKAA 1KM5A 4WOZA 2XN2A 4BF9A 3FYPA 1KTNA 1V5XA 4ZQPA 3NQGA 4KWVA 3W74A 3GDTA 5J5DA 1FQ0A 2ATMA 1OABA 1EA0A 3M0ZA 2W0UA 1R47A 5D38A 1FWSA 3P61A 2V2CA 1H1YA 1SO5A 3O63A 3VI2A 1GTEA 1YXCA 3DHFA 3OG3A 4N9BA 2X1RA 2BXVA 1RD5A 5KSWA 1QCWA 4OQVA 1TQJA 3MP3A 4JYFA 2BLEA 4JEQA 4XTDA 4UFJA 4BFAA 3WJZA 3SR7A 1Z44A 2ZZ7A 3MUXA 1VCFA 3RMJA 4BWLA 4HNNA 3F1QA 4JS3A 3IVSA 4QISA 5KMYA 3EX6A 1VCGA 1FCBA 3B06A 2DZXA 1TTJA 3STGA 1K3UA 1TJRA 2ZZ4A 1LBMA 2FB3A 5HR6A 1JVNA 3GKFA 5EL1A 2QJGA 4DF2A 5D37A 2WJZA 1VLWA 1QO5A 3S9YA 1GYLA 1M7PA 3C2OA 2FIQA 3OA3A 3W76A 4IMDA 3CQ0A 4BI5A 4MLRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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