2YYTA

Crystal structure of uncharacterized conserved protein from geobacillus kaustophilus
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
231
structure length
215
Chain Sequence
PFIVALDFPSKQEVERFLRPFAGTPLFVKVGMELYYQEGPAIVAFLKEQGHAVFLDLKLHDIPNTVKQAMKGLARVGADLVNVHAAGGRRMMEAAIEGLDAGTPSGRMRPRCIAVTQLTSTDERMLHEELWISRPLVETVAHYAALAKESGLDGVVCSANEAAFIKERCGASFLAVTVTPRKARALGSDYIVIGRSLTRAADPLRTYARLQHEWN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of uncharacterized conserved protein from Geobacillus kaustophilus
rcsb
molecule tags Lyase
source organism Geobacillus kaustophilus
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 70
structure length 215
sequence length 231
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2007-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2yytA00
1HUVA 4O1BA 3W2KA 2D73A 3RMJA 3G1FA 3B8DA 2NXIA 4WX2A 3A5FA 1J4EA 3WK3A 1OYCA 2OMAA 1HTIA 3OVRA 5HR7A 1RD5A 2J9XA 5C55A 3ATZA 1O94A 2W6RA 5I3GA 3PY2A 3LCXA 4DF2A 3LHTA 4EOUA 2E6YA 4DF0A 5D2YA 2RDUA 1DOSA 1EWDA 1B9BA 1KM3A 2QAFA 2RHGA 3NL5A 4TMCA 3KVMA 1VH7A 1K7EA 1QPNA 4M6PA 3NG3A 2V2HA 1Q3NA 3LGEA 4BI7A 3L21A 1JVNA 3GDMA 2C3ZA 2ZRZA 3EX1A 5HNRA 4QJ1A 1LOQA 2CWNA 4NXSA 5CSSA 4X9SA 1I2QA 4K6AA 1OF6A 4CQ8A 3EXSA 4DEFA 3W76A 1F74A 1B57A 2C0AA 2BWGA 2E5DA 4AWTA 4ADSA 3TK7A 1F6PA 3NAVA 2GQ9A 2AQWA 2E6AA 2H3BA 1DVJA 4JYFA 1KFBA 2DZXA 4J9JA 1QDSA 4BR1A 4M5PA 2V2DA 3WK2A 4EF8A 4QITA 5D02A 1ZJIA 1E51A 3NEVA 3KRSA 3SW6A 1OVDA 1Q45A 4S1FA 5HULA 4XKYB 4MUZA 3NGJA 4A2RA 3N19B 3VE9A 2ZRXA 2ISSA 3LXAA 5KSWA 3HGRA 2JK2A 3LRKA 1X1OA 1MO0A 4A22A 5CKSA 4AMAA 4DPPA 2H3DA 3N3MA 4AF0A 2JBMA 5I3FA 2AAMA 3OVQA 3NM3A 1AW1A 3O8AA 1W31A 4JYEA 3ATYA 2DP3A 3T4CA 3W1QA 4AHQA 4GUGA 3W7JA 2A7PA 5CPLA 3QC3A 3BPWA 3IIVA 3UWUA 4Z1AA 1AL8A 4HKPA 3MO7A 2Z1BA 4AH7A 2QCCA 4MFEA 1RQHA 2Y89A 3M41A 4OHQA 4O16A 3TNOA 1OG0A 4DPQA 3ABOA 3PF3A 1FCVA 1MXSA 2QCDB 4A21A 1FCQA 1GZGA 2NV1A 3LCHA 1GTEA 4O0KA 3W1LA 3WJYA 5D05A 2V81A 3PSWA 1GT8A 3OG3A 2TRSA 3UXAA 1VR6A 1KFEA 3OA3A 4PFMA 3SY5A 5LHEA 4LU0A 2YDAA 4RXFA 1XXXA 1G69A 1JRBA 5EA9A 1TPUA 1ICPA 2A6LA 2FTPA 4O12A 4PA8A 1ME9A 3G18A 1B4EA 4JTGA 4MYXA 1CW2A 5AC8A 1OJXA 4LRTA 1W54A 4XQ6A 1GG1A 5CPOA 5FF4A 3RLUA 2Q3RA 4FF7A 4ADUA 5BW6A 5I3KA 4UFIA 1KTNA 4CQ9A 2ZCGA 1KTCA 4R34A 3TUUA 2VFGA 2FPVA 2GVGA 2V9DA 4POCA 5KZMA 4I7UA 3CEPA 4LNYA 4NQ1A 4DXVA 3VKJA 3L5AA 2A5HA 2E68A 3W71A 5U4NA 1OFAA 1XFBA 3EWXA 1XBVA 2VXNA 3O6DA 4K7VA 4WD0A 3O6CA 1OYBA 1SW0A 2EKCA 4GUHA 1TREA 2QKFA 3QSRA 4FNQA 4K39A 2GJNA 2X30A 5AC6A 2WJZA 4MPQA 1QCWA 4AVFA 1AG1O 1RPXA 4X22A 4DO4A 2QJGA 2OT0A 3PAJA 3P62A 4MY8A 1W3NA 1TO3A 1G7UA 3P67A 1H1YA 1M7OA 2NWSA 1P1XA 2Y61A 4LV9A 2ZRVA 1P4CA 2BXVA 1T0OA 3BLFA 3KXQA 2VKZG 5CZSA 5D38A 3NQ7A 5DCEA 1R2TA 4RLIA 3R13A 4PEKA 5HMSA 1THFD 3IEBA 1A50A 2A4AA 1TJRA 2Y7EA 3F03K 2R14A 2E09A 1QO5A 3Q94A 4JD4A 3O1NA 1C8VA 2YPIA 1KA9F 3NXFA 2ISWA 1IGSA 5BOOA 5F1UA 1GOXA 1ALDA 1GG0A 4A2SA 5K2ZA 1GVSA 2WPBA 3E96A 4FNSA 3LRLA 3HG5A 4K7YA 4FIQA 4ML9A 3M44A 1VRDA 2A21A 3KVKA 3S0CA 4BWLA 1JCNA 3C56A 5C54A 1VLIA 4JNMA 1W0MA 1KFCA 5HUPA 1IIGA 3CPRA 4IMGA 3V75A 1L6WA 3LBCA 3L0KA 3PC0A 3STGA 2VEPA 1JCXA 1NFBA 4WQ6A 4CLMA 4I9AA 5K9DA 1G4TA 4RK8A 2QDHA 2WKJA 5BRBA 5FF0A 2ISVA 5LGZA 2X1SA 4IPJA 2DZWA 4NVTA 2PRHA 2NWRA 4UFJA 2NXHA 1KLYA 1L9WA 3M7WA 1SO5A 3MW7A 4GWEA 1M6JA 5EY5A 3LCFA 4UTLA 4E2DA 3NQVA 1R30A 2J9ZA 2QUTA 4UTTA 3W2LA 3DFPA 3GAKA 4UNLA 5G4EA 1W5PA 2PRMA 2A6NA 4NJJA 1O60A 1LP6A 1W5QA 3W3OA 5DXXA 3QRHA 4LRSA 1NF7A 4W9TA 1ZNNA 2G96A 4WJEA 4XTDA 3RF9A 5AHMA 2EPHA 1B3OA 4BF9A 4UFHA 3W70A 2WSRA 4Y6GA 3L0NA 5EMUA 1K8XA 2EF9A 3YPIA 1VCFA 4LVDA 1VYPX 1SO6A 4JTHA 1PE1A 4NJGA 1SSDA 2CFFA 5F2GA 5K9CA 1XI3A 3TE9A 3OHIA 4E0CA 3GKFA 4K37A 2ZZ2A 3MI6A 3SGUA 3L0GA 3DI1A 4JX4A 1LBMA 3G0XA 3W72A 1AW2A 1IXPA 3L65A 1KFKA 5K9XA 3NPVA 5LNRA 1JUEA 1SO3A 1O4UA 3LOTA 3CWNA 4UTKA 1CI1A 1FXQA 2ZRYA 4GFSA 3E9AA 3NPUA 5G1TA 2ZZ7A 1C29A 5G4WA 3A23A 1WX0A 4O50A 3RU6A 3TSDA 3ELFA 4EF9A 2FIQA 3W1TA 1T99A 3UD6A 1TPVA 4QNWA 4RV8A 4CNNA 2V2CA 3QPYA 4GNJA 1NF0A 3HO8A 2H90A 2RDTA 2OX1A 4DELA 5D30A 1AW5A 2YYTA 4K8HA 3ABRA 3N9RA 4R7JA 1TTJA 3ZWSA 4TMBA 1QAPA 1WAUA 3HPZA 2DJLA 5KITA 1BEUA 3I7RA 1L6YA 1IIHA 4FNPA 3M47A 3T40A 5KINA 4S2BA 1FQ0A 1K03A 1UJPA 2GVJA 1DORA 2X2GA 5HQEA 6TIMA 5HWMA 3GNNA 3TXVA 1FX6A 2JGYA 5TQLA 2TMDA 2BLEA 2EHHA 4OBTA 3NL3A 2GJLA 2E5BA 5KZDA 7TIMA 1HO1A 3W7EA 4LY8A 1QWGA 1PL9A 3TA6A 1SQ7A 3CB8A 3W75A 2ZA3A 5D2TA 2Y70A 4IJBA 1YXYA 3EKZA 1PCKA 4PCFA 3M5VA 4N9BA 3WFAA 4GRSA 5AB3A 3NQFA 3FJ6A 3S1VA 3DFQA 3O07A 5LSMA 5BMWA 3NDOA 3PG8A 5K4XA 1GPWA 5F4SA 3TJLA 5G2WA 3KFTA 2I9EA 3W1AA 3IIZA 4IGHA 4LS1A 3EX2A 1C9DA 3LERA 3HGJA 2ZBTA 2CU0A 1ZALA 2H8XA 3L2IA 3A9IA 2FB3A 4RZ5A 4NNCA 3CLMA 3PBUA 3U2OA 2RFGA 3JRKA 4N4QA 1ZY9A 1S3HA 4OE7A 1YXCA 2QCLA 3O6YX 1F76A 3PBVA 1JULA 1H7OA 1HFBA 3FKKA 2G95A 3TQKA 1TTPA 1PV8A 4NXKA 2J88A 4O15A 1EEPA 2P0OA 5D2XA 1SUXA 2Y6ZA 3S9YA 2XN0A 4JTEA 5CG7A 2DORA 5CSRA 4M19A 1TV8A 3QEZA 4CNOA 2FPTA 1MZHA 4UIOA 1LM1A 5J5RA 1XL9A 3FYPA 1G7VA 1I2RA 3W1PA 1LRQA 2OZ0A 3B4UA 3AO0A 3GXTA 3G1AA 1A5CA 4ZQMA 1TPDA 3G1SA 2HSAA 4WOZA 1NAL1 2QR6A 3FYOA 1VLWA 3L67A 5G1YA 4UFMA 3E0IA 2X1TA 5G2IA 1PS9A 3IIPA 4M6VA 4RX0A 4XKYA 4FHAA 3F4NA 4O13A 5F4WA 3S42A 1TV5A 5BNKA 3TQVA 1WV2A 3PBYA 3W2JA 1G4EA 1SU5A 4WY0B 4PL2A 3TCEA 3S8HA 2E6DA 2QCHA 3L5MA 3S5ZA 5G5IA 3W7DA 1UB3A 2V5LA 4AXKA 3PM6A 4QM1A 4JTFA 1QPOA 1FDYA 4DBDA 2DZPA 3GX9A 1F6KA 2TPSA 1EP3A 1KM5A 3HG4A 3LV5A 4RZ6A 4N9DA 3NPWA 5K3VA 4RXGA 3G3MA 3EX3A 3W23A 3TSBA 5D33A 1YTKA 4FXSA 4XUGA 5F4XA 2X16A 3LHZA 1OYAA 4NZFA 3G0SA 4JGDA 1TCDA 1NVMA 3P8IA 1QFEA 4GUJA 5D2WA 2Q8LA 2Z0IA 3BO9A 1TTIA 3JR2A 4O1AA 4TIMA 3TW6A 4JX6A 3O05A 2ABBA 1TRIA 2JKAA 3P7YA 3QW4B 1SZNA 3TH6A 2CLFA 4OT7A 4CCCA 1Z42A 3USBA 3JS3A 1BWKA 2V8ZA 2Z6IA 3CC1A 2B7PA 1VZWA 1PHWA 3C0JA 3S1WA 1TPWA 4JTJA 3CT7A 1LOSA 3W1XA 4N9EA 3IV3A 1Q6LA 3QPZA 5DN1A 5AHNA 3GDKA 4R33A 1VS1A 3FIGA 1ZENA 4MJMA 3EWYA 1JR1A 4M7TA 1ZAHA 1H7NA 2ATMA 1Q6QA 1DJQA 1O5KA 5FF2A 5HJLA 2DZUA 5EYWA 4YCPA 3NZRA 5LHFA 3MHFA 4UUIA 1X6UA 1KM1A 2ZZ4A 2E5CA 2CLHA 3STEA 4ORMA 1KBIA 2HMCA 1G4PA 3L68A 4R53A 2TSYA 4HSOA 3ZS4A 3TIMA 2ZRWA 3GK0A 2ALDA 3UWVA 3IGUA 3DAQA 1R46A 2NX3A 3LM7A 3W86A 1NEYA 4ORIA 3SJ3A 1ZAIA 1LROA 1GJPA 3RK8A 4MLRA 4C1LA 4O17A 5D03A 3LHYA 3DBPA 5TBOA 1J5TA 1TSIA 2NUWA 2GVLA 5AYZA 1SO4A 1FBAA 3T7VA 1EWEA 4TX9A 2GPTA 2RKXA 3PWAA 2A1YA 4CCEA 3IRDA 2VEKA 4AHPA 3W84A 1W5MA 3W07A 3LRMA 2Y88A 3AJXA 4AWSA 3R5EA 3P82A 4IQLA 3BW4A 4FB7A 4QQ3A 3TKFA 6ALDA 4FX6M 5DY3A 1GVOA 3P60A 3UQNA 4O52A 5CZ0A 3LXCA 2A2IA 3WJSA 3PULA 3C2OA 1SR9A 4GBUA 1A5SA 5CZTA 2YZRA 2DZVA 3KAOA 2GQ8A 1H50A 3LCLA 3TW7A 3MWAA 3LI1A 4U4MA 2QAPA 1DHPA 3W1NA 2VEIA 4LS2A 4GXMA 3QFEA 3FOKA 2DJXA 4P2VA 3W1UA 5AHEA 4ICNA 1M5WA 3KVLA 5CPMA 3GR8A 4LS0A 3W1MA 2ZA1A 4HPXA 2ABAA 1QR7A 1HG3A 3MP5A 3WJWA 1PIIA 3CIXA 2ZZ1A 3BLEA 4NZJA 1VYRA 2Y7DA 4WY0F 3L5LA 3O15A 4TU1A 3W2MA 4HT3A 3GVGA 4JDBA 5K7JA 1JCYA 3MP3A 1WA3A 3GZ3A 2ZFAA 3G1HA 4RKAA 4YLWA 3MYPA 3NYZA 1XBYA 4Y8FA 1OFPA 3EXRA 3A24A 3H54A 1MEIA 3C4UA 3TV8A 2ZTKA 3GDLA 4UTWA 3KX6A 4Z08A 3G1DA 4KWWA 3W7OA 3C8FA 3TAKA 2J24A 3B05A 3DGRA 4X2RA 1W8SA 3Q37A 3GKAA 3PG9A 3EWUA 4FEZA 2Y7FA 1TRDA 3TJXA 3UZJA 3BG9A 3LX9A 1A5AA 4QIUA 3QQ1A 3QYQA 1G6CA 1ICSA 2PCQA 2V0TA 4NJIA 3DFOA 3U6WA 4LVGA 4UTHA 5C5YA 1H7XA 4GUIA 4OQVA 4LVAA 4O0ZA 4FNRA 1IF2A 1EA0A 3DFTA 1O95A 3GXNA 2QUVA 1TPFA 3B0UX 1UUMA 1Q6RA 1AK5A 2FQIA 3TROA 3W7HA 3U8GA 1WXJA 2NV2A 2C16A 2W0UA 4OGZA 4KKXA 4UTTC 1JQXA 3M5XA 2NUYA 4IMEA 4Y90A 4JXCA 1GYLA 2NX1A 2ZZ3A 4BI6A 4QISA 3TMQA 3MHUA 5BMXA 3DZ1A 3UWQA 2ZTJA 5A8GA 2E77A 4KFOA 1LLZA 5GVJA 1F05A 4Y96A 1TQJA 1EB3A 3W7MA 4WOQA 2B0MA 1XUZA 4IWWA 2QJHA 4MZ8A 5DXYA 5LNUA 3HJZA 1BKSA 1U83A 1EPXA 1BWLA 3TQ0A 1I45A 1FUYA 3S6DA 3P61A 4LW7A 3EX6A 1K3UA 1JJKA 1I4NA 2FJKA 4S2CA 5T26A 1EIXA 4FO4A 3T78A 3W7QA 3HQ1A 2WSYA 5U7SA 3LI0A 3B06A 1LORA 2HS8A 1TIMA 1KM2A 5D32A 4UR8A 4UMCA 4CNPA 1VPXA 1WQ5A 2JGQA 3E12A 1SPQA 2A7RA 4Z0JA 1P0NA 1YPIA 3M6YA 4OU1A 4O19A 3UPBA 2ZQ0A 3KVJA 3NO5A 4LUJA 3LLFA 4UTIA 5FEWA 2ZZ5A 1FDZA 3PUOA 4M6QA 1X1ZA 1YDNA 2CLEA 5KMYA 2IQTA 2FDSA 1YADA 3LHUA 3QZEA 5IBXA 3WK1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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