2ZA3A

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with uridine 5'-monophosphate from p.falciparum
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
318
structure length
315
Chain Sequence
MGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNEEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis for the Decarboxylation of Orotidine 5'-Monophosphate (OMP) by Plasmodium Falciparum OMP Decarboxylase
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Plasmodium falciparum
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 111
structure length 315
sequence length 318
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2007-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2za3A00
3W7NA 1TPDA 4D2JA 1GYLA 1TV5A 1SW0A 2RFGA 3SGUA 5FESA 1O95A 4UTHA 2VFGA 4FNRA 3NYZA 3VNDA 4NQ1A 1QO5A 4LS1A 1ICPA 2QCHA 4FX8A 5AC6A 4WJEA 3HBLA 2WJZA 4O0ZA 1XCFA 4NNAA 2W6RA 1GJPA 4O19A 2YGYA 5H2ZA 1DL3A 2WSRA 2GJLA 3L67A 3TQKA 3N9SA 2NXHA 5BW6A 3KXQA 3DFNA 1IIHA 2QUVA 1THFD 3W22A 3KHJA 3A24A 1FQ0A 4UTTC 4XTDA 2CLIA 3KVMA 1SR9A 2OT0A 2R94A 1TPEA 3THAA 3W1AA 5CZSA 3W23A 1JCYA 4JTUA 4ADUA 3MBDA 4FO4A 3RMJA 2QCNA 5EY5A 3TK7A 4DXVA 4TU1A 2VXNA 2C1HA 4ORIA 3SJ3A 3W7OA 1B4EA 4E38A 3PB2A 3UZJA 3EKLA 4E2DA 1WBJA 3FJLA 1D9EA 4LVBA 4O14A 1XFBA 1O60A 4MZYA 1FWNA 4YCPA 3N2MA 4WXYA 1L6YA 2WSYA 3W7LA 1P1XA 3MWAA 2VOMA 3E0IA 1TSIA 2QCDA 1SW7A 2NUYA 5AHLA 1XBXA 2ZZ1A 3UWVA 1EIXA 2RDWA 1YTEA 3Q37A 5D2WA 3C52A 3H53A 3W7RA 3M5VA 5K3VA 1R46A 3DBPA 3NA8A 1JCXA 1XKYA 2YYTA 1TV8A 4MY8A 1I2OA 3BW2A 5F2IA 3W84A 2FB2A 1PHQA 1EA0A 3L65A 5BMWA 4Q32A 1KA9F 4Z1CA 3QJAA 3KVLA 3CT7A 2V5BA 2E77A 5FF2A 3R13A 5D32A 2QDHA 3M9YA 3MI3A 1QCWA 3IIOA 4DPQA 4BFAA 4OBTA 1F76A 3GLCA 4ICNA 3LTYA 4JTJA 3CQ0A 4BI7A 4AHQA 3O6YX 2GQ8A 1LOSA 1GVRA 2VEPA 5K9CA 2RH9A 3E9AA 2Y63A 1ZCOA 2FQIA 4MJZA 3ABRA 4UMCA 3E49A 5FI8A 4OWGA 3TW7A 2E6AA 1RR2A 3G3MA 2ZA3A 5CPMA 4NX0A 4K38A 4AVFA 1OK6A 2GVLA 1ME7A 4IXXA 3LHZA 4X2RA 5HR6A 2HSAA 4KKXA 3G1YA 1OYAA 1CX9A 5BOOA 2BZNA 4IWWA 1FWWA 1IF2A 2ZA2A 4Y90A 1QOPA 1LDCA 3LERA 3P8IA 4OT7A 1XXXA 1KFBA 2DZUA 4PODA 3NEVA 3W88A 1DV7A 1JULA 3A22A 5DCBA 1OFRA 3HOJA 3SY5A 3W70A 4ZQOA 3QW4B 2G95A 4QIUA 5CGQA 3M5XA 2WPBA 1QWGA 1SZGA 2DZTA 2R8WA 4KFNA 2CLHA 1L9WA 4Z08A 3STCA 3S8HA 1LTDA 5U4NA 3FJ6A 2XN1A 4POCA 3E96A 2CLOA 4O1AA 3UY8A 3P7YA 4IMFA 3P74A 2C0AA 1PL9A 5AYYA 4GBUA 3IRDA 3EWXA 2V0TA 3CB8A 3R8RA 4P2VA 1VGAA 3R2GA 1RZMA 4DBDA 1LROA 2WNZA 3CEUA 5G2WA 1TPFA 1YADA 3STGA 3PBUA 4UC5A 2ZZ7A 4H3DA 2Z0IA 3ZWSA 2E5DA 4DELA 1FCBA 2JKPA 4RXGA 1TQJA 3GAKA 1KFKA 3S6DA 3NNTA 2H8ZA 2YXGA 3QMTA 2Q3OA 4YL2A 1PCKA 1SO3A 3RLVA 1Y0EA 3M5YA 2F84A 5AC7A 1IXOA 3P80A 4OE7A 3GYEA 1VHCA 3PF3A 2B7OA 4DF1A 1SO6A 1W5OA 3LXCA 2TPSA 2EAWA 1OF8A 1W3NA 5FEXA 4ML9A 1OJXA 3UPWA 3GB6A 1GVSA 2ISSA 3IV3A 3QM3A 4ZQMA 3S5OA 1EP1A 1UUMA 2Y7FA 5C6MA 5HJLA 2GUUA 1VCGA 3LX9A 1VJIA 3LCWA 1X1ZA 5CZTA 3W2MA 3ZS4A 1JQVA 2BXVA 2J9ZA 3N14A 3QQ0A 2ZRWA 2I14A 3HPXA 2WKJA 3NL5A 2QF7A 4GFSA 4PFMA 4IPJA 3RU6A 1GOXA 3SW6A 1KFJA 1Q6OA 2ZZ4A 2VEKA 3PVFA 1TO3A 3N34A 4TIMA 1L2UA 1X7FA 1W56A 1MSSA 3WJSA 2X16A 1FWSA 3MW7A 3NM1A 1DHPA 3TDFA 2DZXA 3TXVA 4GWEA 3O6DA 1VQTA 5AOUA 5HULA 4O52A 3RF9A 4S2CA 2YDAA 3TC6A 4KWVA 4DF2A 3WK0A 3CIXA 5KTLA 1JCJA 1A5BA 4U4MA 4JEQA 2NWSA 1FCVA 1J4EA 3BG3A 2YCEA 2BLEA 1FY6A 4ZQNA 3TROA 1XBVA 1K03A 1SU5A 3PM6A 3NDOA 4M7TA 3W1MA 1W31A 3SR7A 3I7RA 2A0NA 2V2DA 3GXNA 3G22A 1OX5A 4R34A 3JRKA 3MYPA 3LCXA 5HMSA 4UR7A 5EMUA 4S1FA 3E12A 5CG7A 3LI1A 1Q6RA 1DORA 4XKYB 1ADOA 5FEPA 3DI0A 2Q8LA 3W7MA 4JTHA 2CW6A 2E6FA 5K7JA 5J5RA 4FX7A 1OFQA 4HPXA 4GNJA 3LBMA 2ATSA 1TQXA 4FNSA 4O17A 4QSHA 3MI6A 2ZZ2A 4K8HA 1OFDA 2QCCA 4LOCA 3C2FA 2E09A 5LNWA 4AMAA 1LM1A 4GRSA 3NQVA 2H8XA 1TTJA 3HGOA 2RKXA 1UCWA 4R7JA 1AMKA 4WD0A 3MYOA 5IBXC 1H61A 5HINA 5KITA 1KV5A 1TPH1 1JUEA 3GDRA 3Q94A 1RQHA 4UFLA 1LORA 4J9JA 1DKWA 2ZZ3A 1QPNA 4DO6A 1KW1A 1I2PA 1LBFA 4JS3A 2D73A 4X22A 2Y62A 3GR7A 1C8VA 1VCFA 1D3GA 5HQEA 1GTHA 1F6KA 4A2RA 3ATZA 3H54A 1G7VA 4XBSA 1P0KA 1YXDA 1JJKA 5F4XA 4NVTA 2QCGA 4LU0A 5T26A 2ZCGA 2ZZ6A 3TSBA 2ZBTA 2DJXA 2B7NA 3D0CA 1VHNA 5AC8A 3IIXA 4JYDA 3NQ7A 3PULA 5DY2A 3T7VA 2BTMA 3QSRA 3I7QA 3EKZA 1YLVA 1BTMA 1RVGA 4IMGA 1VYPX 2ZA1A 3B8DA 3PB0A 3BPWA 1KM1A 2ZTKA 3CIWA 2Z2UA 5I3FA 5D03A 1OFBA 2A7RA 2PRLA 3C61A 2BX7A 4WY0A 3CWOX 2DORA 1EWDA 1G69A 1SO5A 1SZFA 4HIBA 1O94A 5K2ZA 3W2NA 3QQ1A 4GUJA 4HNNA 1E51A 2H3BA 1NSJA 2C14A 1WBHA 2A6LA 3G8RA 5L9FA 3UNDA 3SECA 1H51A 2CZ5A 4O10A 2Z6JA 1HO1A 3WK2A 3NXFA 1EEPA 4Y8FA 5G1TA 3FLUA 3C0JA 1WDWA 2A85A 3W76A 2J9XA 3H55A 3LRMA 3P60A 3A9IA 5DBTA 3UXDA 5AFDA 1KLZA 1DJQA 4PCFA 4RX0A 4IMCA 2AQWA 5G4EA 1LRQA 3NPWA 1M7PA 1HL2A 2GQAA 1VC4A 4B5NA 2A5HA 4ZQCA 4CCEA 1AW5A 4K6AA 1KM6A 3M0ZA 4MKNA 5HWNA 3HPSA 3UQNA 2E6YA 2FFCA 1MEWA 3W1QA 5FF0A 5ABTA 4IQLA 1KM5A 1Q6LA 1Q45A 4JTKA 2ABAA 3O63A 2FJKA 4UTJA 1OX6A 5K4XA 1R47A 3A5VA 1QFEA 4PEKA 2Y7DA 4UFMA 1NEYA 4UNKA 2VELA 3UYCA 4HPJA 5CSRA 3NPVA 5HWJA 3O6CA 4QNWA 4O12A 2QCLA 3R12A 4O15A 2QR6A 2EGZA 4JGDA 1F2JA 4PL2A 1G4TA 1ZALA 5FEWA 5CZ0A 3HJZA 3DHDA 5F4SA 3W1LA 2RDUA 1TMHA 2IQTA 4X3ZA 2YR1A 3W86A 2KZHA 4N6EA 4Q4KA 4MPQA 4O16A 3LHUA 2Y61A 1VLIA 3TXZA 1PV8A 3LHWA 3QRHA 1TREA 1JUKA 3B4UA 1I2QA 4OV9A 1J5TA 2Q3RA 3DFOA 3G1XA 5G4WA 2ZYFA 5EL1A 3UWYA 3A23A 4JTFA 3LCLA 4M6PA 3LDVA 3STFA 3S1VA 2NX1A 3N73A 4EOUA 1N7KA 2NV2A 1K3UA 4NZJA 2OCZA 3GAYA 3NQ8A 4EVZA 1FBAA 1TCDA 5I3JA 1DQWA 4HT3A 1HUVA 3TUUA 3ABQA 3NZRA 3QYQA 1VR6A 1R2SA 3ZFHA 4NT0A 3EX3A 1LLZA 3O15A 4HSOA 1L6WA 1OABA 1TPWA 5D30A 1KM4A 3G8EA 2GOUA 4EIVA 3YPIA 4IPIA 2C19A 1U5JA 2E5BA 1L6SA 5HNRA 3W2UA 4I7WA 1NVMA 1NF0A 2A21A 4IOTA 4U28A 3A21A 1H63A 1KM2A 3KX6A 2X2GA 3C2VA 1H50A 3ZWTA 4AWUA 4OU1A 1SZNA 1VLWA 4O4WA 2OX1A 2DJLA 3IVUA 4WX2A 1HO4A 1F73A 1LOQA 2ALDA 3TNOA 3S1UA 5G1YA 5LZLA 2C13A 2CWNA 2V2CA 4LV9A 3ABOA 4IX0A 3R5EA 3CTLA 3W6YA 5AB3A 1I2NA 3G1FA 3DZ1A 1IXQA 1RD5A 3F4NA 5TBOA 3RK8A 3IIZA 1PVNA 3C2OA 4UTTA 4LUJA 2WQPA 1H7WA 3C2EA 1K7XA 2ZZ5A 4O1CA 1W3TA 1NFBA 1VS1A 2Y88A 3PBYA 2WNQA 1XI3A 4LVAA 2A4AA 4YMZA 3P62A 2VKZG 2CLEA 4TO8A 1T99A 1TPVA 1JUBA 3DFSA 3T4CA 2B0MA 4AF0A 5AHEA 3L5AA 3G1HA 3OVPA 2EF9A 3P67A 1M5WA 5DN1A 1QNVA 2ZRVA 1ZHAA 5EA9A 1OFAA 2JKEA 3UPBA 5C5YA 3RFAA 2YX0A 4R53A 3DXIA 1SO4A 3OVRA 3W2LA 4FHAA 2PRHA 4UFHA 3HF3A 5J5DA 1KBIA 2A7NA 4Y6GA 4N9BA 3HB9A 3TQ0A 1A5CA 3CHVA 4LT9A 4EF9A 2V81A 4LV4A 5DXYA 3W75A 1GG1A 2Q8ZA 1G7UA 1PCWA 1H1YA 1H60A 3W2KA 4RXFA 4M6QA 5DCEA 2Y85A 1GYNA 5F1UA 4FEZA 3FKRA 4LTSA 2QJGA 3LTPA 4CNPA 3HG2A 5KZDA 3Q2DA 3QMRA 1S5WA 1MO0A 4IX2A 4CLMA 4UTLA 1LCOA 1QPOA 3T55A 1OHLA 4H6KA 1W5QA 4QNEA 4FB7A 2J6XA 2E68A 1GT8A 3ANYA 5DXXA 3DFTA 2NV1A 1DVJA 1FDYA 1ZAHA 1GWJA 2NX3A 2DZPA 4P61A 3W7PA 2Y6ZA 3KAOA 3WK1A 4LVGA 2X1SA 4GC4A 4UTWC 4FIQA 4MLJA 1WOAA 2NUWA 3W7GA 1VYRA 1SQ7A 4K36A 3W1TA 5HUPA 1OFEA 4HSNA 3B05A 4XUGA 4BWLC 4NUWA 3O16A 3TA6A 1IIGA 4AWSA 4GUGA 3EX1A 1ZFJA 2R14A 1YTKA 3GX9A 5CKSA 1H1ZA 3KRSA 3C56A 2V9DA 3OHIA 3N2XA 4L4MA 3G0XA 1ZJIA 5AHNA 1VYSX 3B0UX 1I4NA 2JGQA 1TRIA 3B06A 2CLLA 1JRBA 2ZFAA 3ABSA 2WSQA 2VFIA 4MYXA 4FNPA 4O0KA 1JQXA 3HG4A 4PTNA 3PR2A 1K8ZA 2QCFA 4O4VA 3IIVA 5D05A 4BWLA 3V75A 1ME9A 1ML1A 3EXTA 3LBCA 3BARA 2G96A 1FWTA 1MEIA 2G97A 3P5YA 4GUHA 4Z0JA 3FIGA 4G1KA 3TAOA 2CLMA 1WOBA 3QC3A 4YCOA 3PAJA 3PSVA 1DBTA 3NQAA 4LS2A 3F1QA 2QKFA 4MZ1A 1NAL1 1B57A 3MMTA 2ZTJA 3P61A 3KRUA 1PE1A 5D37A 3FEMA 2GQ9A 4KFPA 4CCCA 1W54A 4GUFA 5D2YA 3UY7A 4XTIA 2RHGA 3S5NA 4A3UA 3VFLA 3LHTA 4ONVA 3IEBA 1R2RA 1OYCA 3TSDA 4UCGA 5G2HA 3HMJG 4IGHA 4DO4A 1H7RA 4LRTA 3LRLA 1X8FA 1LLWA 2PCQA 3G18A 5FF3A 1G6CA 2TSYA 2CFFA 1KM3A 4XBKA 1SFJA 3T78A 1F6PA 4UTUA 2HS8A 1P5BA 1TIMA 1GVFA 4MY1A 1LBLA 2BWGA 3B0PA 4CQ9A 3HG3A 3NAVA 3UD6A 2YYUA 2C18A 1TTIA 1EP2A 3NQMA 4UUIA 3ELFA 4BI5A 4Y96A 3S42A 3I65A 5LGZA 1GZGA 3M44A 1EWEA 1KBJA 3BW3A 1AW2A 3AJXA 3L0GA 1K8XA 3VCRA 1XBYA 3LXAA 2DU2A 3OG3A 4AEOA 1P4CA 1D3HA 2QJHA 1QOQA 5K9DA 4ORMA 3DHFA 3L2IA 4UMBA 4H4IA 3MHUA 3TU9A 3P82A 4DQWA 3L5MA 3SZ8A 3W7HA 3NOEA 4DPPA 4TX9A 2E6DA 3TV8A 2DP3A 1CI1A 1UUOA 5DCDA 3MHFA 4JX4A 5DY3A 4LUIA 3BLFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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