2ZZ1A

Snapshot of the reaction from 6-cn-ump to bmp catalyzed by orotidine monophosphate deacarboxylase from m. thermoautotrophicum
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural characterization of the molecular events during a slow substrate-product transition in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 84
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2zz1A00
5D37A 3NQGA 1YPIA 3WK3A 2CZEA 5BRBA 4BWLC 4DELA 1OFEA 1WAUA 3PUEA 2QJHA 3L0GA 2GVJA 3CEUA 2V82A 3G1FA 3OVQA 4GRSA 3EB2A 4FNPA 3RU6A 3TNOA 1OG0A 2ZTJA 1FCUA 4IMDA 1ZALA 2EAWA 3WJSA 4E2DA 1F5ZA 2ISSA 1F2JA 1ME9A 2FB2A 3SI9A 1OF6A 3NQ6A 5C54A 1R2SA 1W37A 4PCFA 4RJEA 4LNYA 1AW1A 4JICA 1JRBA 1FCQA 4NQ1A 1H50A 4GBUA 3TAKA 2FQIA 3C2FA 3NR0A 4LRSA 1KFCA 3ABOA 2QR6A 4RK8A 3HB9A 4QISA 4FNTA 2O7SA 5EMUA 1XBZA 2Y7FA 1LBFA 5F2GA 5K4ZA 3UYCA 5F4XA 1LYXA 5HR7A 3N14A 2OMAA 3MI6A 4MVAA 1G4TA 2ZYFA 4A21A 3A5FA 2AAMA 3WK2A 4N9CA 1OX5A 1YTDA 3ZR4A 2QCLA 5K4XA 2ZZ1A 3O6YX 3FS2A 4UFIA 4KKXA 3NEVA 4OT7A 3BLEA 2P10A 3O06A 5AHEA 3GR7A 4MOZA 3STCA 3QW4B 3HG2A 3NQ2A 3DFPA 1KFLA 1MSSA 3W7EA 3OBKA 4CNPA 1UJPA 1VS1A 3GAKA 1KFBA 3W87A 5FEWA 4O1AA 4NVTA 3EWUA 2WO5A 3HQ1A 4LV4A 1ZHAA 1DQXA 1MEWA 2B7PA 4M6VA 1W5QA 1XKYA 2QF7A 4O1DA 3DFNA 5HJLA 5CZ0A 1JCXA 1VHNA 3MYOA 4A22A 3GZ3A 2Y7DA 2CLLA 2NUWA 3LDVA 3DFQA 5K9CA 4JD4A 3ANYA 5IM51 2R14A 2QJGA 1U83A 5KITA 2DZWA 4JTFA 5LNSA 2J27A 4JTSA 5F4WA 3G18A 3G8EA 3B05A 5G4WA 1ME7A 2WNNA 3GAYA 3GDTA 3NQVA 1VCGA 4KFNA 4PC8A 1O94A 4H3DA 2NXIA 2PRLA 2PCQA 4TX9A 1LOLA 2CZFA 2EKCA 3N34A 1TB3A 2A7NA 4JTJA 1OK4A 1XXXA 5L9FA 1FQ0A 1GJPA 2DP3A 2FLIA 2Z0IA 5H91A 1F76A 4N6EA 3NM3A 4CCEA 2NV1A 4X2RA 3B0VC 3Q58A 2F84A 5U7SA 3GB6A 4AWTA 2J6XA 1TV5A 3U6WA 3JR2A 2ATMA 6TIMA 4N9DA 1X1OA 1WOBA 4Q32A 4UTTC 4WQ6A 5CG7A 4HPXA 3GKFA 4HNVA 3ZWSA 4JX4A 1QCWA 4ADTA 5I3GA 5CPOA 4UTJA 5F1VA 1NVMA 4Y9AA 1P0NA 3QSTA 1GVRA 3PBUA 2J9YA 1G7UA 3M16A 3R12A 3B0PA 4A2SA 4O12A 1VRDA 4S2CA 1VCVA 4DXVA 2J9XA 3GIYA 2I1OA 3G0XA 3GDMA 5TQLA 4JYFA 3ATYA 3DBPA 1FCVA 2RDUA 1QPRA 4XQ6A 3TMQA 3FJLA 3H55A 3G1DA 2E09A 2AQWA 4NU7A 7TIMA 2V5BA 3G3MA 5A8GA 4R53A 1TRDA 3N2MA 5G2HA 3HO8A 3OA3A 2OCZA 5HINA 4JDBA 3PR2A 4OQVA 1IIHA 3Q94A 1QPQA 5DCBA 3M47A 1R2RA 4FNQA 3V1PA 3TSBA 3NL2A 1O4UA 1G4PA 3OHIA 3NPUA 1GVQA 4EF9A 3SFKA 3EXTA 1G7VA 2CLFA 1RPXA 2V5LA 3A5VA 3MHFA 4HKPA 3TQKA 3WK1A 1L2UA 4NJIA 2CFFA 1TMHA 1DHPA 3KVMA 3WFAA 5DLCA 5F2MA 2ZA3A 3NA8A 4X22A 4FIRA 4XWUA 3TXZA 4NJJA 2ZCGA 4AMAA 1W54A 1TYGA 2Y62A 3P60A 1FXPA 4EIVA 5I3JA 4LUJA 1HUVA 3M5VA 1MO0A 1KM0A 2ABBA 2ZZ2A 2ISWA 5FI8A 1IF2A 1VHCA 1PCKA 4JEQA 1D9EA 5J5DA 4XBKA 3EXRA 4MPQA 1AL7A 1VZWA 4PL1A 4WY0A 2TMDA 2OJPA 3THQA 4UIOA 4J9JA 2CLOA 3O6DA 3C4UA 4DF1A 5C6MA 3VFLA 3UWZA 5HWMA 4LVGA 3IIOA 2RHGA 2Z2UA 3NYZA 3AO0A 3IIVA 5LSMA 3LCWA 4HT3A 2VXNA 2GJLA 3W71A 3UWQA 3TW6A 5G4EA 3S5NA 1LRTA 3RFAA 1R30A 1OX4B 1UCWA 3JRKA 3HGSA 4AHOA 3KFTA 1R2TA 4JTIA 3CB8A 4O19A 1UB3A 4S2BA 3L66A 1ADOA 3E02A 3P67A 1VQTA 4JTGA 3S1XA 5LNUA 1W5NA 1LBMA 3GX9A 1B57A 2NLIA 3TV8A 4DEFA 1SO4A 3GR8A 2E5CA 4U4MA 4HPJA 5CKSA 1K02A 4LVFA 1Q6QA 3P74A 3G1SA 4E38A 1SU5A 5EBUA 4K39A 1XC4A 3M9YA 3P5YA 1RQHA 3UY8A 5K2ZA 1W1ZA 3THAA 3QFEA 3EWXA 1DJNA 2WPBA 4QSHA 3OVPA 1J5TA 3W7HA 1FY6A 2QCMA 4K37A 3K30A 4YXGA 3H54A 2QDGA 4LV9A 3W2JA 1TPB1 2Q3OA 3I6RA 1H62A 2UV8G 3GXPA 1SZNA 3L5MA 1KM3A 4UMBA 3LLFA 1XM3A 1YPFA 3VCRA 2JKEA 1TCDA 3W7GA 4MY8A 4AWSA 1OK6A 1TQXA 3MYPA 2DJLA 4X9SA 1TO3A 4OV4A 1OFPA 2BWGA 3M5YA 3W2LA 3VNDA 2AGKA 1QMLA 3EWBX 3C2RA 5LNRA 3UWWA 4LS2A 3W1XA 4MYAA 2W0UA 1I2PA 3MW7A 2VEIA 2TPSA 3QC3A 3MP5A 3I7SA 3VE7A 1T0OA 2V81A 3SIZA 4ZQPA 3P84A 2JKPA 4Y6GA 1H7RA 2XN2A 3W74A 1KFKA 2C13A 3NVTA 4RXFA 3LCIA 4NUWA 2RH9A 1BTMA 5LHEA 3PM6A 2I9EA 2QCEA 3TUUA 4O50A 4L4MA 3DGRA 3QF0A 4LT9A 1SW7A 2QCCA 1VH7A 4FNSA 4ADSA 3KVKA 3W1AA 1G69A 5HULA 3TJLA 3N19B 2FDSA 3ZFHA 3VE9A 5FF3A 3LHZA 3UWYA 3W07A 3LHUA 2DZXA 4LC8A 3W2UA 5AHMA 2R94A 3GDLA 1XL9A 2QCGA 3CLMA 4NZJA 3TXVA 3DFSA 4FX8A 1OFQA 1YXCA 3VKJA 1F74A 1GYNA 3PB0A 1HO1A 1YLVA 4JN6A 1WX0A 3TROA 3C56A 5CPLA 3NQAA 2BZNA 2Y89A 1XFBA 2DJXA 4UTWC 3NZRA 3EWZA 5LGXA 3GKAA 1TPC1 3TC7A 4YCPA 1SW3A 1XBYA 4P61A 1QPOA 1TIMA 4LWWA 4DPPA 1EP3A 3M6YA 1SW0A 4JTTA 1SO5A 4FHAA 2YPIA 3MHUA 3WK0A 5HWJA 4ZQOA 2J9ZA 3IEBA 2C15A 5BMWA 2QKFA 2DZUA 3F4NA 4CLMA 1M7PA 1C8VA 4CCCA 3E49A 1FX6A 1YXDA 1LOSA 4LC6A 3MI3A 3WJYA 3IVTA 2BX7A 3P5ZA 4MY1A 3LI0A 3TX9A 4YLWA 4HSOA 4ORMA 3W83A 4QJ1A 5I3HA 1LZOA 3W1TA 5G2IA 5D09A 3P8IA 1JR1A 5D2YA 4GC4A 3FYOA 4JTUA 5DN1A 1B4KA 3PWAA 4AVFA 3W7NA 4PTNA 1V5XA 5CGQA 3W2KA 3FA5A 2ZRZA 3CWNA 3S1WA 3I65A 2NZLA 1RR2A 2G5WA 3TFXA 1OABA 5KSWA 4JX5A 3KRZA 3GNDA 3MMTA 2WV8A 3S42A 4DPQA 1F7BA 1OVDA 3CU2A 4AHPA 1OX6A 4NJHA 3W85A 3NQDA 5LNWA 1WQ5A 2WNQA 4IMFA 2G97A 2ZTKA 2NUXA 3PULA 4IXHA 3L0NA 4N4QA 4JXCA 3S5ZA 4UTMA 3W70A 1H7XA 2FPTA 1GWJA 1LDCA 3UWUA 2YYTA 3NPVA 4MFEA 5AYXA 2GUUA 5HUOA 1JVNA 1UASA 1W3NA 1OF8A 3ELFA 1Y0EA 4BF9A 3W7DA 3T40A 3BARA 4IX0A 1QO5A 2FPVA 1VYPX 1WV2A 2X16A 3STEA 1WOAA 4XKYA 3P7YA 3TAOA 3WJZA 1H7OA 3GDRA 3QMRA 3CTLA 3P82A 3QQ0A 2ZBTA 1A53A 3HPSA 4FX6M 1S5VA 4N2YA 4LY8A 3L5AA 3Q37A 5AC8A 2DZVA 4O0ZA 2B0MA 3NL5A 1ZAIA 3G1AA 4UR8A 3HPZA 3B4UA 4JR5A 3EX2A 3E0IA 1LORA 3HPXA 5U4NA 3KXQA 2JKAA 1A5BA 3NQFA 3R2GA 3WJXA 4UTWA 4OWGA 1DV7A 4GE8A 3NAVA 3M5XA 4NZFA 5LGZA 4KFOA 1W8SA 2DZPA 4UFHA 4CCDA 1W3TA 1A5SA 1ONRA 3W7LA 5F4SA 4JIQA 3C8FA 1KLZA 5HQEA 1VYRA 4JTEA 1QFEA 2VFGA 4HNNA 3GYEA 2B7NA 3N9SA 1K8ZA 3W7JA 1TPWA 1GPWA 3LRLA 5G1TA 2HSAA 4QNWA 1XUZA 4MFDA 3R5EA 5DBTA 2H90A 3LLDA 1GVSA 2GJNA 3GNNA 3T78A 5FF0A 1OFAA 5D2VA 1SZGA 1AW5A 2CU0A 3G3DA 3PS7A 4EVZA 4YWIA 3Q2DA 4UXDA 3W86A 1J4EA 1JULA 4ONVA 2YW3A 4FO4A 4POCA 1BEUA 5DXYA 1GG1A 2X2GA 4TU1A 3UWVA 3FIGA 3PBYA 3CEPA 1YDOA 3R89A 1JQVA 1OFBA 3FJ6A 4OHQA 3IGXA 3LCHA 4Y90A 1BWKA 5FEXA 3EX1A 3O07A 2TSYA 3M0ZA 2H6RA 1Q6OA 4Z08A 2BSLA 2Q8ZA 3NNTA 2NWRA 3T4CA 5FESA 1ZAJA 1EA0A 4WY0B 2YFOA 1N7KA 5E1QA 4GNJA 3QW3A 3SW6A 1OHLA 5DCDA 4IGHA 2YYUA 3DHFA 4ZQNA 1I2OA 2RKXA 2PURA 4O1CA 4E0CA 1A5AA 4O4VA 1T99A 5CPMA 3LTYA 4YL2A 3W9ZA 1QNVA 4Y8FA 4EF8A 3IIZA 1H7WA 1H60A 1HO4A 1Z44A 3B04A 2D73A 5D32A 2ZRUA 4BWLA 5KTLA 3SGUA 3F1QA 4M19A 5LZLA 5DBUA 4IMGA 5D04C 3G24A 3PBWA 4UMCA 4HNTA 3L2IA 4UC5A 3C2VA 2NXGA 4JS3A 5HWNA 4PA8A 3UZJA 4JTHA 3MBDA 2A4AA 1VLWA 2X1SA 5LNVA 1G6CA 3NGJA 3NQ7A 3MP3A 5HUPA 1TRIA 3UQNA 5D2WA 3V75A 4MJMA 2FTPA 1Z41A 3N2XA 4O57A 3MBFA 4WXYA 3FEMA 3W7QA 2ZDRA 3SJ3A 4QAIA 1I2QA 2X30A 4AEOA 2G96A 4UNKA 4GUGA 4NX5A 5HNRA 4MZ8A 4N02A 1KM1A 3LXAA 5KZEA 1KV5A 4IX2A 3M1ZA 3TA6A 3LHWA 3SY5A 4O8RA 4A29A 4UMAA 1RV8A 1KM2A 4W9TA 5HR6A 2DORA 3EX3A 4UCGA 2A7PA 1ALDA 1NSJA 1G4SA 5C5YA 4DBDA 4X3ZA 2NV2A 1F73A 1VLIA 4BFAA 3MUXA 1Z42A 4QQ3A 4H4IA 2ZA1A 4QITA 4Z0SA 3E9AA 1IXPA 2NWSA 1W5OA 3TMLA 4OE7A 3BG5A 1XBXA 4PODA 4UR7A 1GEQA 4S1FA 3STGA 1TJPA 3DI1A 1P0KA 3ABSA 3LI1A 4GUIA 3NL6A 4BR1A 1PHQA 4K38A 3DZ1A 3NQ8A 1KM6A 4R7JA 2Y7EA 4UFLA 3BO9A 2XFWA 1FDZA 2YDAA 2VEPA 2QUTA 1FDJA 1LBLA 1LM1A 4FNUA 3T44A 1P5BA 1IXQA 1TPFA 3LXCA 3QYQA 4OGZA 4OV9A 4GFSA 2W6RA 1X1ZA 5H2ZA 3F4WA 4MY9A 4NNCA 4DO5A 1OYAA 1F6KA 1AMKA 3NZ1A 1JCLA 1FWRA 1SFLA 3G22A 3RLVA 2WSRA 4LS1A 3P80A 1MZHA 3L67A 4UFKA 3SZ8A 1LLWA 1OFDA 2QAPA 1WYIA 2WSYA 3BG9A 2CWNA 4RXGA 3CT7A 4JY8A 1JCMP 4UTTA 2EPHA 4RKAA 1QOPA 3QMSA 2GQ9A 4NT0A 4Z1CA 1K3UA 5F1UA 5HMSA 3IIPA 2QCNA 4C1LA 4O1BA 3PSVA 1XDLA 2ZRVA 2NUYA 1OFOA 1SFJA 2QUUA 2B4GA 2A0NA 1UUOA 3A21A 5FEPA 4QNEA 3HMJG 2YX0A 3CHVA 4ZQMA 2Y70A 3TJXA 4AWUA 5TBOA 3TCEA 2A85A 2OT0A 3BLIA 4M6QA 1VJIA 4JTLA 3LV6A 4GWEA 3B8DA 2QCDB 1JCNA 3CIWA 1L6YA 3DI0A 2ZRWA 3CIXA 1PVNA 2ISVA 2ABAA 3WJWA 4K8EA 4K6AA 3BV4A 4IXXA 3FKRA 2H8ZA 1G67A 3KRUA 4O11A 3P8JA 4UFMA 2VELA 3G1VA 3BG3A 3C6CA 4IPJA 2V2CA 3A9IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1K6A A;  2DQX A;  1R38 A;  5D37 A;  3NQG A;  3WK3 A;  1E55 A;  3AXH A;  2ZIC A;  4Y9O A;  1OFE A;  2V68 A;  3ITC A;  2QJH A;  3SCQ A;  3TZF A;  3CEU A;  3OVQ A;  1C8Y A;  1XG3 A;  4FNP A;  4RE3 A;  4GG9 A;  3WJS A;  2VX5 A;  1F5Z A;  1YBQ B;  3SI9 A;  4B3Z A;  3GTX A;  5C54 A;  3LMZ A;  4RJE A;  1W37 A;  3URQ A;  1A5M C;  4QG9 A;  1RAK A;  5I78 A;  1E0U A;  1V3H A;  3ITG A;  1O6I A;  4LEQ A;  3EDD A;  3WBX A;  4XAY A;  4LRS A;  1KXH A;  3KCJ A;  5D9P A;  1IEV A;  1MW2 A;  3HB9 A;  2CXE A;  1UP0 A;  5EMU A;  2Y7F A;  1LBF A;  5F2G A;  5K4Z A;  4W5Z A;  4GH3 A;  1NTH A;  3MI6 A;  1G4T A;  1EIB A;  2ZYF A;  5GJN A;  3WQF A;  4A21 A;  3A5F A;  2DSZ A;  1W1T A;  2B31 A;  3O6Y X;  3NEV A;  4RZB A;  3L23 A;  3AIB A;  4OT7 A;  4HA0 A;  4MOZ A;  4Q3M A;  3HG2 A;  3DFP A;  4JHM A;  1BYA A;  4C7F A;  2XH7 A;  2BHZ A;  1MSS A;  2NQZ A;  1XP3 A;  1PYM A;  1UJP A;  3IJD A;  4NAE B;  3ZT7 A;  4O1A A;  2PF0 A;  3CT2 A;  4NVT A;  3NJ3 A;  5A2B A;  2WO5 A;  1YKW A;  3HQ1 A;  1Q8A A;  2PDX A;  2EPL X;  2QF7 A; 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