3A5F | Genus

Total Genus 111

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	111
sequence length	291
structure length	289
Chain Sequence	SIFKGSGVAIITPFTNTGVDFDKLSELIEWHIKSKTDAIIVCGTTGEATTMTETERKETIKFVIDKVNKRIPVIAGTGSNNTAASIAMSKWAESIGVDGLLVITPYYNKTTQKGLVKHFAVSDAVSTPIIIYNVPGRTGLNITPGTLKELCEDKNIVAVEASGNISQIAQIKALCGDKLDIYSGNDDQIIPILALGGIGVISVLANVIPEDVHNMCELYLNGKVNEALKIQLDSLALTNALFIETNPIPVKTAMNLMNMKVGDLRLPLCEMNENNLEILKKELKAYNLM

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__3565466088033804__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__3565466088033804__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3A5F/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__3565466088033804__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"3565466088033804","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3A5F/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__3565466088033804__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfe2f2399012ca5db20062c/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfe2f2399012ca5db20062c/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfe2f2399012ca5db20062c/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfe2f2399012ca5db20062c/pdb.gz): 402 ms

reading 289 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

289 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:288});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Clostridium botulinum a
publication title	The high resolution structure of DHDPS from Clostridium botulinum rcsb
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
total genus	111
structure length	289
sequence length	291
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date	2009-08-06

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3a5fA00

4PODA 2E6AA 3QRHA 1KM4A 3CEPA 4DO6A 5FF3A 4JYEA 1F6KA 4GWEA 4UTHA 3H53A 4L4LA 1ADOA 1K7EA 5EMUA 3BGGA 2CLLA 4XQ6A 1OX4B 4K36A 1EB3A 3ZWSA 2H3DA 4M6PA 5EA9A 1GT8A 4MKNA 3BLFA 2O7QA 2OT1A 4EWND 3W3OA 4BI7A 2Q8ZA 4PEKA 2E77A 2ZRZA 1Y0EA 3WJSA 2CZDA 4NQ1A 4UFLA 4YL2A 3SECA 2OMAA 1E51A 3NPVA 5G2HA 2Z6JA 1R2TA 1PHWA 1A5AA 3MYPA 1BEUA 4UMBA 2I14A 1S5WA 3KVLA 4YCOA 3KHJA 1SO6A 1VZWA 3FIGA 1VH7A 1BTMA 2Z0IA 5D2WA 2CLKA 2QDHA 1LBMA 3QEZA 5D02A 3TFXA 4NVTA 3IGUA 4O53A 4MY8A 1L6SA 2Z2UA 1FDZA 1VLIA 4YLWA 5FEZA 4FXSA 3TJLA 2ZFAA 3P74A 3O07A 3S1XA 2ISSA 2NX3A 5DLCA 1PE1A 2WQPA 1KBIA 1XDMA 2Y88A 4HIBA 5LHEA 3NQ6A 1GQNA 3G8RA 1ZAIA 3QQ0A 3TC7A 3W73A 4XKYA 5G2WA 3U2OA 3A9IA 4O1AA 5HMSA 4A21A 4QNEA 4DPQA 3AJXA 5CSSA 4FEZA 4O1DA 4Y9AA 3IGSA 3UZ5A 2A7RA 3O05A 2DJXA 3N14A 3DFPA 3KVKA 3NPXA 3LERA 5I3HA 2TYSA 3UD6A 5I3GA 3PUDA 5LGZA 3W85A 1M7OA 1MSSA 4QSHA 3M47A 3R13A 4MLJA 2DU2A 4QAIA 4NU7A 5D09A 4ORMA 2OCZA 2E5BA 2ALDA 1LOQA 3EKLA 1H5YA 1IXPA 1KV5A 3OHIA 3B06A 4GRSA 2CZEA 1EP2A 3W7DA 1QNVA 2JKAA 5EL1A 2DZWA 2NX9A 2VEIA 5BW6A 1FUYA 1SW0A 2Q3RA 4I9AA 1GJPA 4UFKA 4IX2A 2YGYA 2Y63A 4M19A 1X7FA 1SFJA 4TR9A 5F2LA 3L65A 2WNNA 5F4XA 4IMEA 3NQ7A 3I7SA 5DCBA 1FWRA 1VJIA 2FPYA 1GOXA 2B0MA 2GVJA 4O11A 5FEXA 3I65A 3IIVA 4JTGA 4UMAA 2Y70A 2ZYFA 4RX0A 2ZTKA 3VFLA 3LOTA 3NDOA 3DFNA 2E6DA 3GKAA 5I3JA 3CHVA 2A1YA 1H61A 3FKKA 3LLFA 3G3DA 1WXJA 3HG4A 2RHGA 4MY9A 1R30A 1GG1A 2NWSA 3KOFA 3W1TA 3DZ1A 4O57A 4IQLA 3LCFA 4FO4A 3EX1A 3P81A 4OQVA 1UCWA 2B7PA 1FWNA 4N6FA 1AG1O 1W1ZA 1DKWA 3HGJA 4IXXA 5A5WA 1UB3A 1ZHAA 4UFJA 2ZZ7A 3NG3A 1M6JA 3U6WA 2FPVA 2P10A 3EWYA 4IXHA 3W86A 3G8EA 3T44A 3W22A 4PL2A 3W9ZA 2KZHA 3F4NA 5SWUA 3G1AA 5DY3A 3WJWA 4UTKA 1XUZA 2Y61A 4NT0A 1WV2A 4FF7A 5AHEA 3LM7A 5DXYA 3EX6A 4JGDA 3LCIA 2QUVA 3MP5A 4AWTA 1H7PA 1I2OA 4B5NA 4UFHA 3ABSA 2CZ5A 3THQA 2V8ZA 3IGXA 4X2RA 5D38A 1VHNA 3C61A 2QDGA 3C3NA 4I7VA 1HO1A 4A2SA 5LGXA 2C14A 4O12A 5C54A 2A2IA 2YPIA 3TXZA 3L67A 3W76A 2PC4A 2NV1A 1L6WA 2BTMA 3DBPA 2H8XA 3N2XA 3GZ3A 1RD5A 3W7GA 1W0MA 4M7SA 1M7PA 2GQ9A 3L0GA 1TMHA 4EF8A 4CNPA 3BG5A 4X22A 2C15A 1EWEA 3W6YA 1K7XA 1TPWA 1WX0A 3EX4A 2YFOA 3E0IA 3I6RA 1TPUA 3ELFA 3HIJA 5HUPA 2GJLA 3STFA 3M5XA 3NO5A 1W3TA 3FKRA 4LT9A 3W07A 3MP3A 1ALDA 1LRQA 3M43A 6TIMA 1ML1A 2WKJA 2V30A 3CPRA 1TCDA 1ZJIA 4MY1A 1S3HA 3FOKA 3G1XA 5D2YA 5G2IA 2RDWA 2QCGA 1T8XA 3S42A 4LVAA 1OF6A 3RLUA 3LCGA 3RNDA 4Y8FA 3QPZA 3MBDA 1FCQA 1ZAHA 1VGAA 5C6MA 4DEFA 1DHPA 1OFPA 4H3DA 1H63A 1JCYA 4WY0A 5A8GA 2C19A 3P8IA 4JX5A 3R12A 3W2KA 3W7JA 3Q58A 4AF0A 3LCXA 1DQXA 4Z1CA 5BMWA 3N2MA 4MOZA 3BLIA 5CPNA 2QCNA 4AH7A 2NWRA 2I9EA 4W9TA 4LUIA 3G0UA 2D73A 1KBJA 1WDWA 3GYEA 2WOQA 1B3OA 3C2OA 3QW4B 3O8AA 3W7IA 2WNQA 4UTLA 4XTDA 3DU0A 1QPOA 1KTBA 2YYTA 3PBUA 4TX9A 4JTTA 1JCJA 2ZRWA 2QR6A 1YADA 4AWUA 1XDLA 1ZENA 1LOLA 4UFIA 3LBCA 1GYLA 3G22A 3NQVA 4JIPA 3VE9A 1GEQA 4LOCA 2ABBA 3UWVA 4LW7A 3DKLA 2WO5A 2YYUA 1VCGA 2OT0A 4DXVA 3L66A 2Y6ZA 1W5QA 2QCCA 2QJHA 4XUGA 5F1VA 3TQKA 4CQ9A 1AW5A 1SZGA 3B8DA 3QMSA 1C8VA 4CLMA 4ADSA 2BX7A 1YTKA 3NL6A 1UJPA 4UIOA 3UY7A 5LHFA 3N3MA 4JX4A 1EP3A 3IIOA 3NL5A 2AGKA 5I3IA 1LP6A 4ZL1A 3QJAA 4QNWA 2ZDRA 4M5PA 2JKPA 1JUKA 1MXSA 4UTUA 1TV8A 2WV8A 3W83A 1RV8A 1I2NA 3W7MA 3W2NA 3B0PA 1AL7A 4JD4A 1EEPA 1JR1A 1ICQA 3B04A 3IIXA 3IV3A 3O6DA 4ALDA 1IGSA 1AW2A 2DORA 2Y89A 3WFAA 3PBVA 4UTWA 3QFEA 4NXSA 1OFRA 1I4NA 4GUHA 4OV4A 2YX0A 4FX8A 4MZ8A 3QH2A 2RDUA 2NXGA 5LNVA 2DZSA 4ORIA 3TMQA 1FDJA 4JY9A 3LLDA 1RQBA 2X16A 2FB2A 3CM4A 3T78A 5F1UA 4JN6A 3MI6A 3G0SA 1ME8A 4FHAA 4WJEA 3JRKA 1XBZA 2O7SA 4IOTA 1K8YA 3B0VC 3LRMA 4ONVA 4Z08A 3F1QA 1U83A 3HPZA 2C13A 1OYCA 1B9BA 2QCDA 3TE9A 4QJ1A 1OFEA 1VS1A 3HGRA 3EB2A 4CCDA 2GVGA 3W23A 4TMBA 2RH9A 1JCLA 1LLWA 2E6YA 4PA8A 1KM3A 3YPIA 1QMLA 1SR9A 4N2YA 3BW4A 2DP3A 3NZ1A 3UWZA 3DHFA 3L9CA 4GXMA 4O8RA 1RQEA 2FTPA 3QPYA 1H50A 4LVBA 3L0NA 3THAA 1IXQA 5CSRA 1MEWA 2FB3A 1C9DA 2VXNA 5G4EA 1GWJA 5K4ZA 1OYAA 1KFLA 2H90A 4WOZA 5AHFA 1AMKA 3LI0A 4Q33A 2NLIA 1UUOA 5E93A 1MO0A 2FFCA 4NJJA 1W3NA 3KXQA 1KFKA 1VCVA 3P84A 3VE7A 2VFDA 2ZRVA 4O15A 4IMCA 3W7KA 2ABAA 1JCNA 2VFHA 2ZRXA 3P82A 5AYXA 4FNQA 2V2DA 3P5YA 4N9CA 3PSVA 1W56A 1BWKA 3TCEA 2TMDA 2BWGA 2Y62A 5CPOA 2V2CA 3SSJA 4CNNA 2ZZ6A 3A22A 3IVTA 4ZQMA 2GQAA 1SW7A 4DF0A 1JULA 5IM51 4JTUA 4UTTA 5K9CA 1L6YA 5DN1A 3HQ1A 1T99A 3TX9A 4MJMA 4AMAA 2A6LA 4BI6A 3MUXA 1B57A 2VOMA 3DXIA 2VFGA 2WPBA 2QF7A 4XKYB 4RV8A 3CC1A 1EIXA 1KM0A 3E02A 2BXVA 3BO9A 3S6DA 4UTIA 1RPXA 3LX9A 2E5DA 1F5ZA 1GVQA 2ZA2A 4GUGA 4YMZA 3BLEA 1G7VA 5F2GA 2QUTA 1LOSA 4O0KA 2J9ZA 4P2VA 1WYIA 5DBUA 3W1PA 1GVFA 2VEMA 1YXDA 2HMCA 3NQEA 1F73A 2FDSA 4R7JA 3STEA 4GE8A 4DBDA 1EX5A 4ZQCA 3RFAA 4CCCA 2ATMA 2EHHA 3NGJA 4IWWA 1NF7A 4RZ5A 3TFCA 2ZZ3A 3M9YA 1JUBA 3HG2A 5AB3A 5AN7A 1LDCA 1OFOA 4GC4A 1F74A 1TRIA 2J6XA 4CNOA 5FF0A 3M7WA 1PL9A 3PVFA 2CLIA 3B4UA 4MIMA 2W79A 4U4MA 5H2ZA 1PCWA 1NSJA 1KFCA 1IXNA 1MEHA 3H55A 1H1ZA 1HO4A 1L9WA 3W7EA 2NV2A 1NAL1 2ZQ0A 3CTLA 1A5CA 1Q45A 1TSIA 3R5EA 3C2EA 4RZ6A 1I2RA 3G1FA 3R8RA 2ZZ2A 2WJZA 4HPJA 1TV5A 3ATYA 4BWLA 4MLRA 4HSNA 2V5BA 2CFFA 3UZJA 1H7WA 2FPTA 2BZNA 3Q2DA 4LRSA 2Y7GA 3HGOA 3TJXA 3MWAA 1R2SA 2CLMA 3NQCA 3SGZA 4K8HA 3A5VA 1TTQA 1Q6QA 4R53A 1VRDA 2BLEA 1ICSA 2ZZ1A 1QR7A 3GDKA 3QF0A 4AVFA 4S1FA 2ZA1A 3L21A 4N4QA 3LHZA 2X1RA 2X1UA 3LV6A 2J24A 3S9YA 3C2VA 2WSYA 3TMLA 1K03A 4WXZA 2VEPA 4UFMA 3WK2A 3QQ1A 3A21A 3TNOA 3VCRA 1YTEA 3SI9A 1W5PA 3QW3A 5EYWA 3R89A 3E49A 3GKFA 1P0KA 3W1LA 1XBXA 1Q6LA 1TPEA 3SY5A 4UTMA 3W1RA 3JS3A 4O16A 4QISA 1JCMP 3IEBA 1SFLA 1G6CA 5DELA 4K39A 4WOQA 1JVNA 1S5VA 5LNWA 1XBYA 3LV5A 4IPJA 3V75A 3TSMA 4O4WA 4XTIA 1XBVA 3N9SA 5KZDA 3S8HA 4ZMGA 1W8SA 2E68A 3GXNA 5MHBA 1FWSA 5KSWA 4UTWC 5BNKA 1YTDA 3LXAA 3GVGA 5D33A 3DENA 1HTIA 4KFOA 5G4WA 4O1BA 2PRLA 2RDTA 1SSGA 2YSWA 2Z1BA 3GR7A 1P0NA 4S2CA 4K8EA 4POCA 1JCXA 4NZJA 5CPMA 4UNLA 4K6AA 4LS2A 3L2IA 1F76A 1M5WA 1LORA 3GDTA 2QJGA 3PY2A 3DFQA 1XL9A 3S5OA 5EY5A 2V81A 4WD0A 5G5IA 3W7NA 3TH6A 4DBEA 1W5OA 3LHVA 1G7UA 2V2HA 1OK6A 1AK5A 4JDYA 1O94A 3G0XA 3SIZA 4JICA 1TPVA 2Y7EA 5AYYA 4OBTA 4LVFA 5E1QA 5J5RA 3W7PA 1DOSA 3ZWTA 1TYGA 4IMFA 4I7UA 1H7NA 4GBUA 3RLVA 5BOOA 2YCEA 5I3FA 3MBFA 3W72A 2YW4A 3OBKA 5CG7A 4E2BA 1BKSA 3LHYA 1UASA 4WY0B 1O5KA 2YZRA 4E0CA 3I7QA 4MZYA 2YW3A 1V5XA 4LY8A 1I2QA 2NZLA 3MHGA 4AF0B 2A5HA 5TIMA 1A5SA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3A13 A;  1EDT A;  2R1N A;  5FOO A;  4EPK A;  2INF A;  1K6A A;  5CH9 A;  3FVD A;  3A3H A;  5G1T A;  4L9X A;  4K3Z A;  4UCG A;  1FWI C;  4AHO A;  3MSR A;  1BGG A;  3SY8 A;  1EF2 A;  3NOE A;  4LRT A;  5HBF A;  1J18 A;  4E3V A;  5FF7 A;  3PC0 A;  3N34 A;  4PTN A;  3SY1 A;  1UD3 A;  2J8T A;  4AZ7 A;  4NJI A;  4CD8 A;  5KMY A;  3HV8 A;  3K46 A;  1E3Z A;  1SUX A;  3KL3 A;  1M1B A;  1X39 A;  4XX6 A;  5I23 A;  1K9E A;  4M6Q A;  1G67 A;  3C3U A;  4N02 A;  4ZB5 A;  3SEP A;  4FF5 A;  4GI9 A;  3L68 A;  2VCB A;  3S1W A;  2HDJ A;  4KBX A;  2WMI A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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 5HMS A;  4A21 A;  4QNE A;  4DPQ A;  3AJX A;  5CSS A;  4FEZ A;  4O1D A;  4Y9A A;  3IGS A;  3UZ5 A;  2A7R A;  3O05 A;  2DJX A;  3N14 A;  3DFP A;  3KVK A;  3NPX A;  3LER A;  5I3H A;  2TYS A;  3UD6 A;  5I3G A;  3PUD A;  5LGZ A;  3W85 A;  1M7O A;  1MSS A;  4QSH A;  3M47 A;  3R13 A;  4MLJ A;  2DU2 A;  4QAI A;  4NU7 A;  5D09 A;  4ORM A;  2OCZ A;  2E5B A;  2ALD A;  1LOQ A;  3EKL A;  1H5Y A;  1IXP A;  1KV5 A;  3OHI A;  3B06 A;  4GRS A;  2CZE A;  1EP2 A;  3W7D A;  1QNV A;  2JKA A;  5EL1 A;  2DZW A;  2NX9 A;  2VEI A;  5BW6 A;  1FUY A;  1SW0 A;  2Q3R A;  4I9A A;  1GJP A;  4UFK A;  4IX2 A;  2YGY A;  2Y63 A;  4M19 A;  1X7F A;  1SFJ A;  4TR9 A;  5F2L A;  3L65 A;  2WNN A;  5F4X A;  4IME A;  3NQ7 A;  3I7S A;  5DCB A;  1FWR A;  1VJI A;  2FPY A;  1GOX A;  2B0M A;  2GVJ A;  4O11 A;  5FEX A;  3I65 A;  3IIV A;  4JTG A;  4UMA A;  2Y70 A;  2ZYF A;  4RX0 A;  2ZTK A;  3VFL A;  3LOT A;  3NDO A;  3DFN A;  2E6D A;  3GKA A;  5I3J A;  3CHV A;  2A1Y A;  1H61 A;  3FKK A;  3LLF A;  3G3D A;  1WXJ A;  3HG4 A;  2RHG A;  4MY9 A; 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3A5FA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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