3AHTA

Crystal structure of rice bglu1 e176q mutant in complex with laminaribiose
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
471
structure length
471
Chain Sequence
WLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNQPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTYVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITENGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structural basis of oligosaccharide binding by rice BGlu1 beta-glucosidase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase 7
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 195
structure length 471
sequence length 471
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2010-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3ahtA00
5M5DA 3N18A 5M17A 3CZ8A 2WNWA 1LJYA 1ISWA 1W3HA 4GI9A 4UQ9A 2V5DA 5DT5A 3ALGA 1W3JA 3ARUA 4M29A 3VD4A 2BHYA 5C71A 4J3XA 2WVUA 2NT0A 1QBAA 1OSEA 2ZX5A 2V38A 3AZRA 2WMFA 3VGBA 5I6SA 3BSGA 3U7BA 1WDQA 2A3AA 4D1JA 4NF7A 5C8BB 1UYQA 1MQRA 1WDSA 3MUY1 2J7BA 4KRTA 1CXKA 2XVLA 1WPCA 1JDCA 1J0ZA 2BFGA 2O9OA 4C7FA 1G94A 2AOSA 1HJUA 4P7OA 3AMCA 2XM2A 3WF3A 4MNKA 4GIAA 4UFMA 3W81A 3AIWA 1PZ3A 2EQDA 2F2HA 4AD2A 3W53A 1GZJA 5AY7A 1VJZA 1GCYA 2CXGA 2C8NA 1AQMA 1KB3A 2WW5A 3AMDA 2OYKA 4W89A 5A8NA 2YLLA 4UZSA 2ZWZA 1UZ4A 2FDMA 1UKSA 3W82A 5DFAA 2CBVA 3AZTA 1UD8A 4H7VA 4PRWA 1E4LA 4HOXA 3TP4A 1ZBCA 4ML4A 5GQBA 3GH4A 2FH6A 2O9RA 1MW2A 5BYWA 5FCZA 4AEEA 1VFUA 5A2CA 1LF1A 2VRJA 1SMDA 1BTCA 1KR1A 2VCCA 4EK7A 2EEXA 1CDGA 3FN9A 1SR0A 1E73M 2XGIA 3ARRA 3TOPA 2NT1A 3B9AA 1LL4A 3W26A 3GNOA 1HL8A 3WFZA 1XSJA 2QLYA 3KL3A 1W1TA 4KGJA 4KRUA 4B9ZA 3QHMA 1E5NA 3SCOA 3T0BA 1C93A 1CGVA 1EHAA 4PSRA 3B9EA 2GFTA 2JIEA 4U2ZA 4PMZA 4CUCA 3AYRA 2HISA 4N0RA 2DSWA 1UR9A 7A3HA 2XYLA 3CUIA 4B3LA 3IANA 1X6NA 3I3EA 1O7AA 3SCQA 5E09A 2D0FA 3SCSA 4E8CA 4AZCA 3WQ5A 4CD5A 2NW0A 5EFFA 1JD7A 2E9MA 2WZHA 5HPOA 1JNDA 2D24A 4QDMA 4W8LA 1R7AA 3NSNA 4W86A 3CIVA 1A47A 1IT0A 2J75A 4H8UA 1MQQA 4LYQA 5FL1A 1EO5A 3LPGA 2G4FA 3A4WA 2IXVA 1XSIA 2VZUA 4BS0A 1BQCA 4AZBA 3W6MA 4U33A 3RMEA 3WDRA 2PWEA 1VIWA 4AZ6A 5IXEA 1BYAA 2J7CA 2UY2A 3F5KA 1SFSA 2BVTA 2D20A 1C90A 4J27A 2HVMA 2X05A 1CZ1A 4JZ5A 4AXNA 3UG3A 2G3MA 1UG6A 2XGBA 1Q6EA 1DTUA 1IZKA 1EHNA 2CKSA 5AYIA 2BY2A 1WE5A 4IISA 1ISYA 4OJYA 3G6LA 4Z2HA 4HMCA 2VURA 4NRSA 3BH4A 1GW1A 3VINA 3ZJ8A 3M46A 3ZSTA 1E0XA 1H5VA 1LG2A 1U30A 4P8XA 4LGXA 4DWSA 3OLGA 4HZ7A 4JIEA 1WAWA 4W7VA 2XWDA 2DH3A 1S46A 2UY4A 2G3NA 4M24A 5A1AA 4M81A 4AY1A 3WQWA 2XFRA 4P7RA 2GJRA 3ZSSA 3AXIA 1GHRA 3VGFA 3SCRA 2W67A 3WDPP 2PWDA 2VNCA 3VIJA 3T2QA 1W91A 3CHEA 2IUZA 2Z1SA 2IXUA 1JZ3A 4F9DA 4K68A 3T09A 2WVSA 3B8SA 2E0PA 1L8NA 1H0IA 1CXLA 3L2MA 3MKKA 1ZBKA 1W9PA 3OG2A 3VGEA 2YA0A 4X0NA 3T2PA 1E1FA 1BFNA 3A4AA 3BAXA 3MSGA 4J28A 4D6IA 2WMIA 3QOKA 4YHGA 2OWXA 2OYMA 2DT2A 4YN5A 4JKMA 1BG4A 3U7VA 1JDDA 2CETA 1TA3A 4QAWA 4OKDA 1V3MA 3T0DA 1XYZA 3CZGA 1GONA 2J7HA 4PMDA 2DH2A 2QPUA 3OGRA 2WXDM 1G01A 1E6ZA 5CPQA 1CXEA 1E0WA 4CN4A 4HA3A 2Y8VA 3W4RA 1OT1A 4L4PA 1X6LA 1SYTA 1E70M 4LYPA 4HPGA 1Q6DA 4PMNA 3IAQA 1GOMA 3T2OA 3CHDA 1MXGA 5E0CA 5ABGA 3LMYA 5E6YA 4UQBA 3MU7A 4KWUA 1W9XA 2VZVA 1B3VA 3QR3A 2DT0A 4D6JA 3CZLA 3L4XA 1KFWA 3AXHA 3WD0A 4P7NA 1ZJBA 1IZJA 2PBGA 3PZ9A 3VGHA 1GVIA 1U33A 1UQYA 4UFIA 1NARA 3L4VA 4B9YA 3NUKA 3CHFA 4J3WA 4H41A 1M53A 3SIMA 2VCAA 2YA2A 5BXPA 5AC5A 4HPHA 1OGGA 1HVXA 1D3CA 3LPPA 4XX6A 4MDPA 2WM0A 1WO2A 3F4VA 1RD6A 5CGMA 4AC1X 2UWFA 3WL0A 3K8LA 2CYGA 3CUJA 5I79A 1K9TA 3ARPA 3W27A 1M03A 2VX6A 1QNPA 1GJWA 1HN1A 1DWJM 3W0KA 3FW6A 3II1A 3PZGA 2JE8A 4H2CA 2G41A 5A8PA 3GZAA 4HZ8A 1KGXA 1JZ4A 4MB4A 3WD2A 3N1AA 1H09A 3AIQA 3MANA 4FLOA 2WWDA 2ZUVA 1XC6A 2ZXDA 1V3JA 1ZBVA 1TR1A 4WSKA 2J47A 2E9BA 2DSKA 2CESA 3BLKA 2VO5A 3WQ6A 4GO9A 2QMJA 1XGZA 3SCWA 2XFFA 2VVNA 3VDCA 3UR8A 1KCLA 4E8DA 3I3BA 1TZ7A 1BLIA 3TTSA 4H8HA 1UD4A 4QCEA 4PSPA 3WIJA 2GUYA 1QNRA 4BQ2A 2CERA 1Y7VA 4W7UA 3EDEA 4AZ5A 1OT2A 1VFFA 3RDKA 4PMVA 1H0GA 3ZQ9A 1W9BM 3WNKA 3N11A 4ATDA 1JXJA 4ZXOA 1OINA 1BF2A 1B90A 2F8QA 1JXKA 3VIMA 3VVGA 3ECQA 4MNJA 3TONA 1NOFA 4FLSA 4ACZA 1U2YA 1E6SM 5CGTA 3K8KA 1KQYA 3UESA 1E40A 2YA1A 3K1DA 1CPUA 3BLPX 3NDYA 1CENA 4MB1A 1JYWA 2OSWA 5A8OA 2J62A 2X0YA 4M1RA 2QMKA 2E9LA 3RO8A 2YOCA 1VAHA 2YJQA 3AICA 5A2BA 1ODZA 1UD6A 1R85A 1TMQA 4LX4A 1KWKA 2J78A 3WDQA 6CGTA 4JFSA 3AIBA 3VIIA 2XVKA 1OCQA 1XD1A 1UA7A 2ZUTA 1UH4A 1TVPA 2WKGA 8CGTA 3WH6A 3SEPA 5LA0A 5KZ6A 4U3CA 4GPNA 3W28A 2WHMA 4P8VA 3WF4A 3ZJKA 3FNDA 1JL8A 5HPCA 5FOOA 6TAAA 4UQAA 1H3GA 3JUGA 4MB3A 2GK1A 2GJXA 1QHPA 3PZMA 4CVUA 3HU7A 4LPCA 4W93A 2EPKX 1V6YA 3FAWA 1DWAM 3D5HA 1PX4A 5BROA 1CTNA 1QW9A 1EDTA 2PWGA 4W87A 1OGBA 1MVYA 1CXIA 1BGGA 4MB5A 4M82A 2V3EA 1QW8A 4OOUA 1J9YA 1UHVA 4CVWA 4NSBA 3VMOA 3SUUA 2ZUMA 1E56A 3AHZA 4QFUA 1BYBA 1FP8A 3K4DA 3BCFA 2VUYA 3SCNA 2VZOA 4NZCA 5JIPA 3WEZA 1EQCA 3WFLA 3THDA 1RP9A 3OGVA 5HOSA 4URIA 3VTRA 3CZJA 3KWXA 3FAXA 2VR4A 1TUXA 3CH9A 3GXIA 2UY3A 4HA4A 1H11A 4AZHA 1B30A 3RM8A 4H8VA 1V0LA 2WHKA 1QVBA 4GQQA 5F7UA 4BCEA 1QOXA 5E9AA 1J01A 2CBIA 1QI3A 3G6MA 3BSHA 5DEZA 3BCDA 4W5ZA 1JNEA 7TAAA 1KGUA 1J0HA 3AFBA 4ATLA 1UH3A 3RM4A 4R27A 3A6OA 3MMUA 1JI1A 1AQ0A 2D0HA 2WPGA 3PBGA 4HOWA 1UWIA 3VD9A 3WF0A 1VB9A 2BY0A 3VNZA 3OLIA 3CZEA 5JIWA 1E1EA 4AZCB 1GHSA 1UZ1A 1W1PA 2O92A 4Q7NA 2FGLA 1UOKA 4AZ7A 3GNRA 1UR1A 1G5AA 3E1F1 4CKQA 4TVDA 2XM1A 3WNMA 4UQEA 1JF5A 4P7QA 2J79A 2PB1A 4JHZA 5DF0A 4LXFA 1VEOA 1WZKA 2D0GA 3VMNA 3ZR6A 4WF7A 4FF5A 5A6BA 1WDRA 1MQPA 3T08A 3VGDA 3B9DA 4PMUA 2J8FA 3PZIA 1TCMA 1C8QA 5A6JA 1V0NA 2EPMX 4UCFA 1BVZA 1NOUA 3CPUA 1VEMA 1ISVA 2XSAA 5DO8A 4YPJA 2WYSA 1JYVA 2QHAA 1UR0A 1DHKA 1WKYA 2OWWA 1QHZA 2JF7A 1B2YA 5D9PA 3ZIZA 2WSPA 3AZSA 4E4PA 1FH9A 1O6IA 1V6XA 4KMQA 4F9JA 1R86A 2ZE0A 2BXZA 1OD0A 5BCAA 1ZS2A 4NI3A 2EPNA 2VTFA 2YL5A 1CGYA 5M03A 5CXPA 4PMXA 1R87A 3VM5A 2J25A 4ZE5A 4DWSB 1VRXA 1C8YA 3S2CA 3WBAA 1MW1A 2W91A 1QI5A 1V6VA 3WUEA 4AZIA 2ESCA 4AD0A 4GZJA 5BXRA 4CN1A 1BPLB 1QNOA 1V3KA 4AMCA 1GQIA 4ZE4A 4PUDA 2XTKA 3AHVA 2DIEA 1UKQA 2G8ZA 5ECUA 4UR9A 3ZO9A 4AIOA 8A3HA 1UKPA 4LQ1A 2J7EA 1G9HA 3WBEA 1CGXA 1JG9A 5CLWA 1MFVA 1BYDA 1HJVA 2PBOA 1XH2A 4TXEA 2BY3A 1FP9A 3BGAA 4D72A 1GJUA 3ARQA 4PEEA 1B3WA 2WMIB 4QLJA 3TTOA 1B1YA 3EBVA 1PX3A 4WK9A 2VI0A 2WC7A 2DSZA 2CITA 1OB0A 4GQRA 3ZT6A 2J74A 1TA3B 3WEMA 1Q6GA 2GSJA 3GM8A 1KXTA 3MV11 4YHEA 3W37A 2YDSA 4PMOA 4MJ4A 1CGUA 2MANA 3UCQA 1HL9A 1OIMA 2D22A 3BAWA 1C7TA 2O9TA 1TG7A 4XZWA 5BXTA 3OIHA 3POCA 2JIWA 1WZLA 1HJXA 2V5CA 3CGTA 4X0VA 4WSJA 1CYGA 1J11A 1FH8A 4D71A 5CZKA 5I23A 4W8BA 3U57A 1US2A 2VX7A 1K9FA 2CBJA 1XCXA 2CBUA 5E0FA 2XJ7A 1JIBA 3PZTA 1KXHA 3MV01 1TE1A 2A3CA 1E6XM 1QI0A 3PN8A 3SUTA 3ARWA 4DUVA 1W3KA 1HJWA 1JZ7A 4EANA 3N17A 2VZTA 4QLKA 5ABFB 2VQUA 2DDXA 3THCA 5D8WA 3ZJ6A 2F61A 3PZOA 2XFYA 4JL1A 3VPLA 4HMEA 2CHNA 3AISA 3A47A 1OGSA 4KGLA 3AS0A 3OLDA 3BC9A 1RH9A 3WQVA 3PTMA 1E71M 4TUFA 2E4TA 3NCOA 4D6DA 1VBRA 1FFRA 4W8AA 2ZUNA 5CSUA 3WH7A 3VU2A 1F4AA 5I78A 5FL0A 2X2YA 3GNPA 1G0CA 5AC4A 2D23A 5A6AA 4XZBA 3WDIA 3GBEA 3WN6A 2J7DA 4JCMA 1BVNP 2DIJA 4MDOA 1UA3A 1ISZA 1BSIA 1FHLA 2V3DA 2OLHA 1GNXA 2WLYA 3W29A 1V02E 3MUIA 1Q6FA 1BYCA 2BXYA 2X1IA 1OIFA 2VR5A 1UWQA 1RP8A 1HP4A 2XUCA 1EDQA 5JBFA 3PZQA 4JFVA 1I1WA 2AMGA 4ZEPA 4MTVA 2X0HA 3SCTA 4GI6A 3WDJA 4IPLA 4TTGA 2XG9A 1PX8A 1PBGA 5GPRA 3VGGA 4PN2A 3HJEA 3QHOA 2VX4A 1H1NA 5LYRA 5LA1A 1V3LA 1HT6A 1XD0A 4J3VA 2WKLA 3N9KA 4EE9A 3VIFA 4U3AA 1NM9A 5CPSA 4F8XA 4Z2LA 3SUSA 3AMLA 4D6HA 1J0YA 4Z2JA 2QF8A 7CGTA 1KBKA 4MNLA 3L2LA 2GJPA 1FH7A 4W85A 1B9ZA 1CLVA 1HJQA 2WCSA 2WHJA 3VX1A 1ZL1A 3F5LA 4GKLA 3PTKA 3AXXA 3M7SA 4CD7A 4A3HA 4M8UA 4PUEA 1GQLA 2WHLA 5A94A 5I2UA 2PWHA 3VIOA 2B31A 2J7GA 4AW7A 1CNVA 2GVYA 2VOTA 5CLTA 1CLXA 1PZ2A 2VCBA 4ACZB 1SMAA 4CGTA 4DWSD 5D9OA 2WLZA 4ACYA 5FKYA 5CG0A 4Y7EA 4V2XA 1HNYA 3DYMA 1QPKA 2BNJA 4JL2A 1M04A 5A69A 3VIPA 3KE0A 1NWTA 4TX8A 3AROA 3O6AA 2DSUA 1UWRA 4AIUA 1JZ2A 2EBNA 1VFMA 4FLQA 2OSXA 2BV9A 1V6UA 4OBRA 3AIEA 3IAPA 3TTYA 5A8MA 3N15A 2A3HA 4W5UA 3RM9A 5D8ZA 3BMWA 1CXFA 1JZ5A 4XUYA 3QGVA 3SUWA 1UD5A 4DUXA 3DYOA 5E6ZA 3OZPA 2XVNA 4OOZA 1ITCA 1US3A 1VBUA 3CUGA 1HXJA 1MYRA 1DWHM 2Q8XA 3DECA 2WMKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5M5D A;  3N18 A;  5M17 A;  3CZ8 A;  2WNW A;  1LJY A;  1ISW A;  1W3H A;  4GI9 A;  4UQ9 A;  2V5D A;  5DT5 A;  3ALG A;  1W3J A;  3ARU A;  4M29 A;  3VD4 A;  2BHY A;  5C71 A;  4J3X A;  2WVU A;  2NT0 A;  1QBA A;  1OSE A;  2ZX5 A;  2V38 A;  3AZR A;  2WMF A;  3VGB A;  5I6S A;  3BSG A;  3U7B A;  1WDQ A;  2A3A A;  4D1J A;  4NF7 A;  5C8B B;  1UYQ A;  1MQR A;  1WDS A;  3MUY 1;  2J7B A;  4KRT A;  1CXK A;  2XVL A;  1WPC A;  1JDC A;  1J0Z A;  2BFG A;  2O9O A;  4C7F A;  1G94 A;  2AOS A;  1HJU A;  4P7O A;  3AMC A;  2XM2 A;  3WF3 A;  4MNK A;  4GIA A;  4UFM A;  3W81 A;  3AIW A;  1PZ3 A;  2EQD A;  2F2H A;  4AD2 A;  3W53 A;  1GZJ A;  5AY7 A;  1VJZ A;  1GCY A;  2CXG A;  2C8N A;  1AQM A;  1KB3 A;  2WW5 A;  3AMD A;  2OYK A;  4W89 A;  5A8N A;  2YLL A;  4UZS A;  2ZWZ A;  1UZ4 A;  2FDM A;  1UKS A;  3W82 A;  5DFA A;  2CBV A;  3AZT A;  1UD8 A;  4H7V A;  4PRW A;  1E4L A;  4HOX A;  3TP4 A;  1ZBC A;  4ML4 A;  5GQB A;  3GH4 A;  2FH6 A;  2O9R A;  1MW2 A;  5BYW A;  5FCZ A;  4AEE A;  1VFU A;  5A2C A;  1LF1 A;  2VRJ A;  1SMD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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