3AIUA

Crystal structure of beta-glucosidase in rye
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
486
structure length
486
Chain Sequence
VFTKLKPWQIPKRDWFSKDFLFGASTSAYQIEGAWNEDGKGPSTWDHFCHTYPERISDGTNGDVAANSYHMYEEDVKALKDMGMKVYRFSISWSRILPNGTGKPNQKGIDYYNNLINSLIRHGIVPYVTIWHWDTPQALEDKYGGFLDKQIVNDYKYFAELCFQSFGDRVKNWFTFNEPHTYCCFSYGEGIHAPGRCSPGLDCAVPEGDSLREPYTAGHHILLAHAEAVELFKAHYNKHGDSKIGMAFDVMGYEPYQDSFLDDQARERSIDYNMGWFLEPVVRGDYPFSMRSLIGDRLPMFTKEEQEKLASSCDIMGLNYYTSRFSKHVDISSDYTPTLNTDDAYASSETTGSDGNEIGPITGTYWIYMYPKGLTDLLLIMKEKYGNPPIFITENGIADVEGDPEMPDPLDDWKRLDYLQRHISAVKDAIDQGADVRGHFTWGLIDNFEWGSGYSSRFGLVYIDKEDGNKRKLKKSAKWFAKFNSV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Active-site architecture of benzoxazinone-glucoside beta-D-glucosidases in Triticeae
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Secale cereale
total genus 184
structure length 486
sequence length 486
ec nomenclature ec 3.2.1.182: 4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside
pdb deposition date 2010-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3aiuA00
2CETA 3VNZA 1KBBA 2VVNA 5LA0A 2UY5A 3MMWA 2EJ1A 3N17A 4TUFA 1TZ7A 2EPKX 5CG0A 2VCAA 2ESCA 1UKSA 4KGJA 5A8MA 2O9TA 4U3AA 4CCEA 4AD4A 2J8GA 2WHLA 2YA0A 2DSZA 2D3NA 3KL0A 3AI0A 1FP8A 4WSJA 3ARYA 3BH4A 1E5JA 1EQCA 4PUDA 2C7FA 1E0WA 2DSKA 3WENA 2VX7A 3ZIZA 1MVYA 3KL3A 3WH7A 3I3BA 3B8SA 2D0HA 1CLXA 4H2CA 5CPTA 1MWOA 4TXEA 5LA1A 1OGSA 4J3SA 3HJEA 1CDGA 4H41A 4PMQA 3AQUA 2E8ZA 1E71M 1PPIA 5I78A 5M17A 2CNCA 2Y8VA 3SCQA 5FOOA 1KGXA 1HP5A 1R8LA 1QNPA 4BZYA 3MUIA 4K68A 3SCSA 2DGAA 2GK1B 1VFFA 3AHXA 3NYDA 1KBKA 3NSNA 3N04A 3MUZ1 3M7SA 2Y4SA 3G6MA 2QPSA 2D23A 1PBGA 1EH9A 1I75A 1ISXA 1XH1A 1E3ZA 3U7BA 4AIEA 1BG9A 1V02A 1JZ7A 3CZ8A 3QGVA 4E8CA 2B31A 3VMPA 2VVSA 4AEEA 1U33A 2DIEA 4HA4A 1X6NA 3AXHA 5EBAA 1E6PA 3PZGA 4ZENA 5GNYA 4CCCA 2J75A 5A2BA 3PZOA 1H5VA 1MW2A 2WZHA 1MW3A 3APGA 4TVUA 3WH8A 5JIPA 2XFRA 5A8NA 1WO2A 1B2YA 2BHZA 3N13A 2UY3A 3CHEA 1GONA 3AMLA 4AEFA 4PMOA 1HVXA 4GKLA 1UWSA 3VO0A 3ARQA 3DYPA 1UKQA 3CUJA 1GQKA 2YBTA 4UQCA 3WEMA 1K6AA 3ZT6A 2VQUA 2WHJA 1UD3A 1JYWA 1QI5A 1VEOA 3WUBA 3A4XA 1E70M 3EDDA 2J7CA 3HU7A 2DSWA 1J18A 4W88A 5CJ5A 4IISA 1XHGA 1OINA 1JDCA 1UH3A 3A47A 2V3EA 3CZGA 1CPUA 4JKMA 1W9UA 3T2QA 3VGDA 1BF2A 3N11A 2O9RA 3W53A 3EMZA 1QI0A 4EANA 2DH3A 1XSJA 2G3MA 2XUCA 3VGGA 1R87A 3GXDA 3WUEA 1CWYA 2GDVA 4ACYA 4CD5A 2DT0A 1VAHA 4FLSA 1Q6CA 2FHBA 1AQHA 1W32A 3VD3A 4V28A 3L4XA 2VNCA 1OGGA 4HMCA 1HJXA 2DQXA 4MPKA 3TTYA 1GQLA 2WMFA 3EDFA 3WKZA 4H8UA 1HVQA 1NWTA 1DWIM 1E40A 2XIBA 4XZBA 5FD0A 3WF3A 2VRQA 1SMDA 1EO5A 2D22A 3SUTA 1K9TA 4M56A 3CZJA 3VPLA 5HPCA 3I3DA 1UWTA 1EHAA 4W86A 1KR1A 1KCKA 2D3LA 3GDBA 3GXFA 4D6FA 3EMQA 3EYPA 1H49A 1TMQA 4TTUA 2W4XA 5A6SA 3M07A 1QOXA 3WDHA 2DDXA 1H0IA 2VMFA 5FIPA 1TFVA 1E1FA 2BS9A 1UH2A 4RL3A 1DWFM 1XC6A 4AD0A 1ECEA 3SCTA 1HIZA 1PZ3A 3AZTA 4ML4A 3VIOA 2GDUA 1C7SA 4CGTA 3ARZA 2D2OA 1MW0A 5JIWA 2ZUMA 3GNPA 1HN1A 3W25A 1EDQA 4TX8A 4IUGA 4PMZA 1NM9A 3WF2A 1MYRA 5I77A 3VUPA 4CCDA 4DWSC 1WZAA 5I0DA 2YDQA 4UTFA 4BQ2A 4AISA 5BCAA 4BS0A 2FHFA 4ACZA 5IFTA 3ALGA 3ARTA 3VD7A 5A8OA 4UOQA 1E43A 1X1NA 3WN6A 2AOSA 1G1YA 2G3JA 2FH6A 3ARUA 3NSXA 1CXHA 2YL9A 3PZQA 4J28A 3BLPX 2UWFA 1E15A 5A6KA 2EEXA 1C93A 4FK9A 4V27A 4BF7A 5A1AA 5D9PA 1KWGA 3GXMA 1BVZA 2DH2A 4LYPA 1JD7A 3GH4A 2E9MA 1CLVA 1GJUA 2VC9A 3K1DA 4RE2A 2CBJA 3PN8A 2CHNA 2DIJA 2WAGA 5GNZA 1X6LA 3UG3A 4FMVA 1HJSA 1OBAA 4U2YA 3WD1A 1XYZA 2BVYA 4JKKA 1V03A 2WVVA 4H8HA 4H8VA 5BYWA 1CGVA 5GNXA 1UR2A 2EBNA 3HMCA 4HP5A 1EO7A 4PUEA 1J11A 1JNEA 1VJSA 3VIFA 3UERA 5HPOA 2VR4A 2W91A 3DYMA 3U5YA 1YQ2A 2YDRA 5D9OA 4QCEA 1E5NA 1UWUA 1V3MA 4UFLA 3TOPA 2Y8KA 3VKKA 4OBSA 1S46A 2WMGA 1ZB5A 2J7EA 1KGWA 1UQYA 1V3LA 3AOFA 3BAIA 1HJWA 2XVNA 1QI2A 1EGZA 3WMSA 1CENA 2QPUA 3OLDA 1KR0A 4D1JA 1E55A 2GUYA 3LPFA 5CGMA 1PIGA 4GQQA 1GHRA 1V02E 1WKYA 3AIBA 2OWXA 2X1IA 3D5HA 4P8VA 4UQEA 5C8BB 1PX4A 3IANA 1BYBA 3PZUA 3AROA 2ZX8A 1GOMA 3ARRA 3AJ7A 1EOMA 3VDCA 5HOSA 5BRPA 1LWHA 2OYKA 1W1TA 4TVDA 2CITA 2GJPA 3CGTA 2VOTA 1PX3A 5BXPA 3IJ7A 4UFKA 3N15A 2WKLA 4AYSA 2X05A 4UZSA 5D9MA 1M04A 3U57A 4PTMA 4PSPA 2BXYA 2CBIA 1HL8A 2WBGA 3AS0A 3AMKA 1MFUA 4MAVA 4M81A 1PZ2A 1PAMA 4UQDA 5EMYA 1R85A 3WDPP 3A4WA 1KCLA 5CLTA 4MNKA 2PB1A 1QNQA 3UETA 5LA2A 5D4YA 1JDDA 4HU8A 4Z2KA 2V3FA 3RPMA 4GZIA 2ZXAA 1LWJA 3WQ4A 2BY1A 2J74A 1LG2A 2RGMA 2F2HA 3BC9A 2G4FA 1BHGA 1ODUA 2YIHA 4DWSD 4U5KA 1UR1A 4JAWA 1V0LA 4N42A 1J9YA 5JBFA 2UY4A 3BAYA 3POCA 4URIA 2DSUA 1QVBA 2AAAA 4W5ZA 3VGEA 2W5FA 1TE1A 2W62A 4KWUA 4AMCA 1M7XA 2WMKA 4FF5A 4GO8A 1VB9A 2CCRA 1PX8A 1NP2A 1W1VA 3AHVA 2O9PA 3DECA 3W37A 4E2OA 1WNOA 4Z2GA 1MW1A 1UR0A 4DWSA 1OCQA 2W63A 2V3DA 5I6SA 2QV4A 5C71A 1ODZA 3LPGA 4HOZA 3BAJA 3GH7A 4UQ9A 5CSUA 7TAAA 1H11A 1HJQA 1V6XA 1JDAA 3VNYA 3G6LA 1DP0A 5E6ZA 4P8WA 4PRWA 3W6LA 1E4NA 5I3DA 1UWQA 4J3TA 4CD7A 4Z2JA 2CEQA 2D0GA 2VQTA 2J7BA 3WD4A 3O9NA 4D1IA 1W1YA 2VRJA 2XVKA 1RD6A 4AZCA 5ABFA 3F5KA 2YA1A 4GQRA 9CGTA 3ZT7A 3UEQA 2Y24A 1V3HA 5KZ6A 3A6OA 2JIWA 3K8KA 1HJUA 3AIEA 3T09A 3AFBA 1SYTA 3FHAA 4PTVA 3K4AA 4CKQA 1J10A 1W9DM 4YN5A 3ARSA 2PI6A 3QHMA 3OGSA 6A3HA 2WM0A 3WNKA 3WF0A 4JCLA 3GM8A 3ZM8A 2E40A 1E3XA 1BAGA 1U2YA 1R7AA 1OWQA 2ZXBA 4CD8A 1J0IA 3NJ3A 4A3YA 4ZXOA 1G5AA 5HNNA 1XSKA 2WMIA 3OLEA 1C7TA 3OLGA 4AD3A 2OSWA 4MTVA 2GJXB 3BSHA 3PTKA 5IHRA 1E56A 1QPKA 2VTFA 2WMHA 2XFFA 1BG4A 3OZPA 4U31A 4CVUA 4H7VA 3ZMRA 6TAAA 2WYSA 3WL1A 1GUVA 1L8NA 4Y7EA 3W6MA 1V6UA 2WNWA 4AD5A 3ZR5A 3VIGA 2ZX6A 1ESWA 1R86A 3W26A 2X2YA 3F4VA 1MXDA 3WY1A 1D3CA 5GPRA 5A69A 3SEPA 4X0VA 4AZBA 2BY2A 1GORA 2OSXA 5FCZA 3BSGA 2WANA 3PHAA 3OA5A 2X8RA 4A3HA 3U5UA 3VDHA 4JCMA 4PTWA 4U2ZA 1UA7A 4LGXA 5CGTA 5E0FA 1EQPA 3TP4A 4MNLA 3QHOA 1FP9A 1PEZA 3VIKA 1BYCA 3OGRA 2ZUSA 1GHSA 3VVGA 3MU7A 3DHUA 1ZJAA 3AISA 1B31A 1VENA 2JALA 1VIWA 2A3HA 1QHOA 2CIPA 5M3WA 2V3GA 3PTMA 3ZJKA 2J25A 2Y2WA 3IJ9A 4Q22A 4UFJA 5ABEA 3MUY1 4MJ4A 3CLWA 1ISYA 3WMBA 1TG7A 4AD2A 1TUXA 4JIEA 3AS3A 1WDSA 3AYSA 4HOXA 3VIJA 3PBGA 1JL8A 3LPOA 1FFRA 3ARPA 4HA3A 1FHDA 2VR5A 4AIOA 1GOOA 1GOKA 1NWUA 1UD8A 2A3EA 4MNJA 1WB0A 1E4LA 4R27A 4GI8A 3ZSTA 1IV8A 1E73M 1KQZA 1E4MM 4ACZB 4BQ4A 1CXFA 2J79A 1OT2A 2XWDA 1K9DA 4M82A 3MKKA 4ZEPA 2CXGA 3MV01 1TVNA 5A6LA 4WK9A 1L0PA 4HZ7A 1KXTA 4F9DA 1UZ1A 2CKRA 1EXPA 1W2PA 3KEHA 3TONA 2WZIA 2A3AA 1UHVA 2C0HA 3AHYA 4CU6A 4RE4A 1C90A 2GSJA 3PZIA 1XCXA 1P6WA 1V0KA 1VBUA 2XTKA 3RM8A 4JFWA 1V6VA 2WCSA 5I24A 1BLIA 4D6EA 4OZOA 4AZ7A 2WB5A 3CHFA 3BAKA 4N0RA 4J27A 4F9JA 2WVVB 1H4PA 2PWHA 3GH5A 4GIAA 3VX0A 4OIFA 1NP0A 1Z32X 2W92A 4CD6A 4EK7A 2CYGA 2WZEA 5DT7A 1B30A 1W9XA 2O9OA 3AMCA 3WL0A 5AC4A 5BRQA 4OOZA 4PBGA 4KGLA 3WDJA 3VGBA 5CZKA 3W4RA 1LG1A 4GZJA 1OIFA 2VCCA 1SR0A 1QBBA 2CKSA 3ZSSA 3MV11 3VU2A 4AY1A 2DT1A 2AMGA 2NT0A 1BPLB 5A95A 3UR7A 1E6ZA 2XVPA 2Z1KA 3IAQA 1JF5A 2IXVA 2QLYA 4MJ2A 1KWKA 2ZIDA 4CN6A 1DWGM 4GI9A 2QMJA 4PMYA 2VL4A 1QW8A 4UQBA 3K46A 2D0FA 2WHKA 3L2MA 4OUEA 1EDGA 5ABHA 3L4WA 1YHTA 5A2AA 4JZ5A 3AS1A 4HOWA 3S6TA 1NH6A 1LL7A 5EFDA 5DMYA 3AXXA 3AZSA 2VZSA 3KL5A 3VGHA 2VZTA 1GVIA 4EAMA 4D71A 1UR4A 1GQJA 1RH9A 3K4DA 2WVTA 2XPKA 2HVMA 4W7UA 5A8PA 3CUHA 4KMQA 3FW6A 1CGWA 3VIIA 1MQRA 1FH9A 3WMCA 3AIRA 1NOFA 5TD4A 2XJ7A 4JL1A 3M6DA 2J8FA 3OZOA 1FHLA 1XCWA 1E1EA 2PWDA 1M03A 1RP9A 3MO4A 1UYQA 1BQCA 1ZJBA 4MADA 3RJYA 1CXEA 3WDQA 2CBUA 4A4AA 2J7DA 4P7OA 1CGTA 3ARVA 3WUFA 3NDZA 3M46A 4UCFA 3EDJA 1XH0A 2E8YA 1J0YA 4OOUA 1V0NA 3FXYA 3WH5A 1B0IA 2X09A 1A3HA 3WNPA 2VURA 3A3HA 2ZX7A 2WLYA 4IM4A 1FA2A 4XV0A 2BVDA 4YHGA 1WCGA 1NOWA 3UCQA 3RM4A 2ZUNA 4UOJA 1OIMA 3BGAA 2XVGA 4BCEA 4DWSB 1JYXA 3EMCA 4HMEA 4XUYA 3S2CA 4PMXA 1DEDA 2F61A 2OYLA 1UQZA 4QLKA 1B3YA 4JFUA 1BTCA 1HKKA 4KH2A 3CMGA 1B1YA 1EDTA 4AIUA 4W7WA 3CHDA 2EO7A 1W3LA 2XIIA 4PMNA 4CU7A 4Z2LA 3W28A 3CUIA 2Z1SA 2YBUA 1GZJA 1QNRA 1BSIA 3SCVA 1VF8A 5CQ1A 4TX6A 1ZU8A 1K9FA 2ZUVA 2WMJA 1W9PA 2MANA 1B9ZA 1AMYA 1H1NA 1UD6A 3N18A 1LL6A 4JFTA 4AZIA 1GOWA 1G94A 3L4ZA 3VDBA 2C8NA 2J77A 2PBOA 3WNOA 7A3HA 3AIQA 3TTQA 3MANA 4M24A 1ZBVA 4C7DA 1FH7A 3SUUA 4JFVA 1EOKA 4IPNB 2YJQA 4FLQA 3T0DA 3RO8A 2BNJA 5DEZA 4E4PA 2NT1A 3OB8A 3T2OA 4P7NA 3TTOA 4UOZA 1J0HA 2TAAA 1JAEA 4NI3A 5CPQA 2XSBA 1ISVA 1JI2A 4UFMA 1B3ZA 5A6BD 2ZWYA 1QI4A 1E0VA 3OGVA 3WDRA 2JF7A 1WZLA 4X9YA 3WFZA 4Z2HA 5D8WA 2VX5A 3ZT5A 4ZE5A 2E0PA 1J12A 4S3KA 3RM9A 3U7VA 1A47A 4W8LA 2WMIB 3TA9A 3TTSA 1KXHA 1US2A 4AZ5A 1WDQA 5ECUA 4R5EA 1VBRA 5A6AA 5M03A 4XB3A 2VZVA 4PMUA 1W9VA 1F4HA 3RDKA 3WD0A 1TCMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2CET A;  3VNZ A;  1KBB A;  2VVN A;  5LA0 A;  2UY5 A;  3MMW A;  2EJ1 A;  3N17 A;  4TUF A;  1TZ7 A;  2EPK X;  5CG0 A;  2VCA A;  2ESC A;  1UKS A;  4KGJ A;  5A8M A;  2O9T A;  4U3A A;  4CCE A;  4AD4 A;  2J8G A;  2WHL A;  2YA0 A;  2DSZ A;  2D3N A;  3KL0 A;  3AI0 A;  1FP8 A;  4WSJ A;  3ARY A;  3BH4 A;  1E5J A;  1EQC A;  4PUD A;  2C7F A;  1E0W A;  2DSK A;  3WEN A;  2VX7 A;  3ZIZ A;  1MVY A;  3KL3 A;  3WH7 A;  3I3B A;  3B8S A;  2D0H A;  1CLX A;  4H2C A;  5CPT A;  1MWO A;  4TXE A;  5LA1 A;  1OGS A;  4J3S A;  3HJE A;  1CDG A;  4H41 A;  4PMQ A;  3AQU A;  2E8Z A;  1E71 M;  1PPI A;  5I78 A;  5M17 A;  2CNC A;  2Y8V A;  3SCQ A;  5FOO A;  1KGX A;  1HP5 A;  1R8L A;  1QNP A;  4BZY A;  3MUI A;  4K68 A;  3SCS A;  2DGA A;  2GK1 B;  1VFF A;  3AHX A;  3NYD A;  1KBK A;  3NSN A;  3N04 A;  3MUZ 1;  3M7S A;  2Y4S A;  3G6M A;  2QPS A;  2D23 A;  1PBG A;  1EH9 A;  1I75 A;  1ISX A;  1XH1 A;  1E3Z A;  3U7B A;  4AIE A;  1BG9 A;  1V02 A;  1JZ7 A;  3CZ8 A;  3QGV A;  4E8C A;  2B31 A;  3VMP A;  2VVS A;  4AEE A;  1U33 A;  2DIE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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