3AMDA

Crystal structures of thermotoga maritima cel5a, apo form and tetramer/au
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
311
structure length
311
Chain Sequence
GVDPFERNKILGRGINIGNALEAPNEGDWGVVIKDEFFDIIKEAGFSHVRIPIRWSTHAYAFPPYKIMDRFFKRVDEVINGALKRGLAVVINIHHYEELMNDPEEHKERFLALWKQIADRYKDYPETLFFEILNEPHGNLTPEKWNELLEEALKVIRSIDKKHTIIIGTAEWGGISALEKLSVPKWEKNSIVTIHYYNPFEFTHQGAEWVEGSEKWLGRKWGSPDDQKHLIEEFNFIEEWSKKNKRPIYIGEFGAYRKADLESRIKWTSFVVREMEKRRWSWAYWEFCSGFGVYDTLRKTWNKDLLEALIG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Diverse substrate recognition mechanism revealed by Thermotoga maritima Cel5A structures in complex with cellotetraose, cellobiose and mannotriose
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endoglucanase
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
total genus 135
structure length 311
sequence length 311
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date 2010-08-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3amdA00
4WK9A 3W26A 1OSEA 4PMOA 3KEHA 3GBDA 3SCPA 1E1FA 2V5DA 4A4AA 1N82A 2WVSA 2EJ1A 4AMCA 3WQ8A 5CPSA 4D1JA 1UQZA 2VURA 5E0CA 3UETA 1ISVA 2WCSA 4ATDA 1W1PA 1E3ZA 2G3MA 2PF0A 2WBGA 1W9VA 1V03A 5JIWA 3WY1A 5HBFA 2W63A 1E6XM 3AYSA 3ALFA 2VRQA 4DUXA 2WHJA 3MKKA 2CCRA 4AZ7A 4W93A 1VEOA 5A8NA 1NWTA 4UQEA 1W1YA 1NP2A 4PMZA 4A3HA 2G41A 3BGAA 2J7BA 3M7SA 3VGGA 1WNOA 1D3CA 1CDGA 1VENA 2EPKX 2WMIB 1J0JA 1KFWA 5IHRA 3FN9A 1M03A 4AD5A 1W3KA 4HA3A 1B90A 3WD1A 1PX8A 1V3JA 5HPCA 3AMLA 4W5UA 5E0FA 1NOFA 3BSHA 1HKKA 4PTWA 1W91A 4NRSA 1ODUA 4V27A 2FDMA 1JXJA 2WMGA 1C91A 2WVUA 1I1XA 2F8QA 5A6JA 3IJ7A 1OIMA 1U2YA 2CETA 2CITA 3GXFA 3LPGA 2XIIA 3EDKA 4BQ2A 1DTUA 1NOWA 4PMVA 5GQBA 4H2CA 5CSYA 3AXIA 3II1A 1JFHA 2YBUA 3VX0A 3VNYA 2ZXQA 3AS1A 2VL4A 4EKJA 3ZT5A 3LPPA 3VO0A 2GDUA 1CXFA 1VEPA 4YN5A 5HNNA 4PMNA 3N17A 4Z2JA 3TONA 3EDDA 3MUIA 1E4LA 3FY1A 4AZIA 3K46A 4M8UA 5D9MA 5GPRA 4UOQA 3QOKA 4W86A 4Z2HA 1CXHA 1QNSA 3W37A 1JYNA 4AEFA 2V3EA 4MNMA 5CPTA 2XGIA 4TVUA 1W9DM 3MUZ1 3O9NA 1CPUA 3WF4A 4GO9A 3VVGA 3BSGA 4MADA 3BAKA 1XSJA 1WZLA 1MYRA 2Z1KA 2XUCA 4QFUA 3THDA 4TX8A 1VBRA 2DQXA 3J7HA 4DWSA 1E0VA 1E1EA 1OB0A 3SCTA 3CHCA 4GXPA 3HJEA 1J0IA 3RJXA 1UR4A 4HMCA 3SIMA 3TA9A 3MMDA 4U31A 1MXDA 4UQCA 1K9TA 4UOZA 3QHOA 2PB1A 1JZ2A 5A2CA 2E8ZA 4W85A 5CG0A 1HNYA 2G8ZA 2YA2A 4KH2A 4PMDA 2ZIDA 1E15A 2D2OA 3WNPA 5CGMA 3U57A 2GK1A 4LQ1A 4WSJA 2E3ZA 2CNCA 5BXTA 4ATLA 1PBGA 1B3XA 1QI2A 2YIHA 1GQJA 1NARA 3L4YA 2YA1A 4J27A 3WBAA 3A47A 2UWFA 4ZENA 1R7AA 2VVSA 3QHMA 5DO8A 1UD6A 2WC7A 1TZ7A 1H2JA 2ZXAA 5BXPA 1UH2A 5DT7A 3VIJA 5A2BA 3AS3A 3POCA 5LA0A 2XHYA 2J7DA 5EB8A 1KXQA 4WKHA 3PN8A 4HA4A 4BQ4A 3WNOA 4MNKA 4GQRA 4LYRA 5DFAA 1EDGA 2D24A 1OCQA 1Q6EA 1UR1A 4LYPA 6TAAA 3THCA 3A4WA 4IPLA 1R87A 4HOZA 3CZJA 2ZE0A 4GKLA 4AD0A 2DSUA 2GJXB 5FKYA 1KQYA 5JUVA 4QDMA 3FAXA 2DH3A 3AYRA 3NSNA 1QBAA 1E43A 1HKMA 1QVBA 4ATWA 1JF5A 3AIRA 2VO5A 1SFSA 1XRVA 2J74A 5A6LA 5E09A 3AJ7A 3QHNA 1MWOA 3L4UA 2OSYA 2GJRA 1E6RA 4CU7A 4P8WA 2WM0A 2YLAA 3MS8A 4AD4A 3CUGA 4B16A 1UA3A 2D0GA 1E72M 2F61A 1K9DA 1OIFA 3D5HA 1MQRA 2CPUA 1US3A 1JL8A 4GPNA 3CUJA 1VF8A 3WF2A 3VDCA 1E6ZA 2WHLA 1HJWA 4B9YA 5IFPA 1J0ZA 4HZ8A 2WMKA 3GTNA 2BHYA 5TD4A 5EFDA 4PTMA 1KXVA 3TTOA 3GNRA 3CTTA 5BXSA 3AHZA 4PTXA 1SR0A 2J8FA 3PZOA 4V2XA 2W91A 1C92A 1VFUA 1BAGA 3NSXA 2BXYA 5DMYA 2WNWA 1V6YA 1BLIA 1RP9A 4UFJA 3OLEA 3BLPX 1E6QM 3VDHA 1TR1A 1BYCA 1H49A 3VDAA 4TUFA 2GK1B 3DECA 4LX4A 5C71A 1Q6CA 3AXHA 2A3CA 2WXDM 1OGBA 1LL6A 3U7BA 1VAHA 2QMKA 5GNYA 3UG4A 3WDPP 1GJUA 1I75A 1ODZA 3BH4A 3ZT6A 2ZWZA 4J3SA 1DWAM 4CN1A 2YL8A 1W32A 5FIPA 4CCEA 4F8XA 8A3HA 1NH6A 1DWJM 3PZGA 4B15A 1KXTA 2FHCA 4MNJA 1VJSA 1GOQA 3W81A 3M07A 2WPGA 2Q8XA 3VD4A 3N18A 2G3NA 2XJ7A 3UG3A 2NSXA 2ZX6A 2VX6A 3GDBA 3PHAA 3PZIA 4RE2A 3ZJKA 1JGIA 1QPKA 2WWDA 4YPJA 3PZMA 1UWIA 2X8RA 1Q6DA 2JE8A 1GHSA 3WMBA 1WB0A 5A1AA 4JFSA 1W9BM 1M7XA 2NW0A 5A6BA 1HT6A 2YKKA 4FMVA 1CECA 3L4XA 1JNEA 1ZJAA 1JZ3A 1A3HA 2PWGA 5D9NA 1E5JA 3VINA 3VD5A 2DPEA 5A2AA 2V3FA 1X1NA 3RDKA 1G94A 2W4XA 3VOCA 1VIWA 1G01A 2CBJA 4W88A 1ZS2A 1LL4A 2XG9A 3W6MA 5M3WA 5LA1A 3IJ9A 1FH7A 3ARPA 1ESWA 1FH8A 1OINA 2DGAA 3CBWA 4OBRA 4QLKA 1V02E 3WD3A 1J12A 4U2YA 4DWSD 1GW1A 1PIFA 1AQMA 3AIVA 2DSWA 1JNDA 4JFTA 1WAWA 3TOPA 5CSUA 2VCCA 3WD0A 1CLVA 3ARWA 2VJXA 2XSBA 2UY4A 4M82A 3MV11 3AHVA 3ARRA 4W5ZA 1H0IA 1ECEA 1TG7A 4H8HA 3VM5A 1W1VA 2D1ZA 1WZMA 5EMYA 3B8SA 2W66A 3AI0A 3AICA 2XVNA 4P8XA 1FFRA 3GZAA 1M01A 3N15A 2J4GA 4C7GA 1W1TA 3AMKA 4AEEA 3D3AA 2X0HA 4D71A 2QPUA 1EDTA 5ABEA 3UCQA 1CBGA 3T0BA 4PUDA 2DT3A 2VZTA 5HXMA 2BS9A 3RO8A 1UR8A 5I77A 3VM7A 1BYBA 3GH5A 1QW9A 3KWXA 4MB5A 4HU8A 1A47A 4GZIA 4UZUA 3K8MA 4HMDA 1KR1A 1SYTA 2QPSA 1RD6A 2W62A 1IV8A 3I3BA 1XH2A 1RH9A 2WKGA 1UWTA 4MJ4A 2ZICA 2X05A 5LYRA 1TA3B 2TAAA 3WH5A 5A6KA 4UTFA 1WP6A 3WUGA 9CGTA 7A3HA 2RGLA 3ARZA 5D4YA 1BG4A 1LJYA 3LPFA 1PEZA 2E40A 1B9ZA 4HZ6A 2CEQA 1PIGA 1W9XA 4TTGA 1KBKA 3U5UA 4P7OA 4JKMA 4LXFA 4HOWA 1NM9A 2VCBA 4QCEA 1CGUA 3VMPA 4AZ6A 2ZXBA 3AIUA 1UR2A 1V3KA 1CLXA 5BCAA 3IJ8A 3F5KA 4UFIA 4AXNA 4UFHA 1GOWA 2YLLA 1H11A 2YDSA 3W6LA 4GZJA 3AMCA 3KE0A 3CMGA 2VX5A 5KEZA 3VNZA 3ZJ6A 2JFEX 4GO8A 1ZU8A 4W8BA 2Y5EA 3WDJA 2NT0A 4ZEPA 2FGZA 1VB9A 3AIQA 4GQQA 4FF5A 4HU0A 1KCLA 2C8NA 4JFUA 2BHUA 4E4PA 4HP5A 3G6LA 3AS2A 4JHZA 4J3VA 3AMDA 4NI3A 3T08A 2DSZA 2XGBA 3VIOA 5E70A 3RILA 1DHKA 2UY3A 3GM8A 1XYFA 2WW5A 1K6AA 4F9DA 2AMGA 4MB1A 1YQ2A 2VX4A 1B30A 5AC4A 3N12A 3WEMA 4GIAA 4U2ZA 5A8PA 1JDCA 1LWJA 4D1IA 2XVLA 1JZ4A 1ZBCA 1E73M 4PRWA 2ZX9A 1CXKA 2XFRA 2XM1A 3BMWA 1ISWA 3MANA 2EEXA 5EBAA 4AWEA 3QGVA 4BZYA 1US2A 4GINA 4B3LA 3ARTA 3BCFA 1KQZA 4XB3A 1AQHA 1C93A 1V3HA 2YDRA 3CLWA 3T0AA 1ZBVA 2CKRA 1VFOA 4JZ5A 3S6TA 3SCVA 1QHPA 1QBBA 5CQ1A 3QR3A 3W82A 2WZEA 2JALA 4H8VA 2VZSA 2XVGA 3AZSA 4WF7A 5A6BD 2VRJA 3I3DA 2VOTA 5C70A 1XH0A 2ZX7A 4X0NA 1V6XA 4J3WA 1J10A 3A6OA 1NWRA 5DT5A 1LF1A 4W8LA 3T2QA 1FA2A 2GJXA 3AHYA 4MAVA 3VIKA 5JBEA 1EOKA 4K68A 1J18A 4HTYA 1CGVA 2XM2A 2E0PA 1OGGA 1RP8A 1IZKA 3F4VA 3GNPA 4P7NA 4CCDA 4CN4A 1CTNA 3BAIA 4D6GA 4UFMA 3BAWA 2XWEA 5FD0A 2WC4A 4D6HA 5CXPA 1V0NA 3VILA 1UKQA 1EXPA 2QF8A 2JIEA 5I2UA 1BVNP 2DT1A 3UERA 1R85A 4U5IA 3K8KA 1UUQA 5JBDA 1EIBA 4OIFA 3WNNA 2G3JA 4PMQA 4AD1A 3BAYA 3VUPA 4WLCA 2G3IA 2XVKA 3WDIA 2DT2A 1FOBA 2E9LA 3WD4A 1V3IA 3K1DA 4TTUA 3AOFA 1H4PA 4CN6A 2WVVB 4W89A 1K9EA 1B31A 1JIBA 3NCOA 1WZAA 2O9OA 4QLJA 2J75A 2YL6A 5JIPA 4FLSA 4P8VA 1JFXA 3GYCA 3OLIA 4H04A 2AOSA 4E2OA 4Y7EA 2GDVA 4AZGA 1QNPA 1JI1A 4W7UA 3AIBA 4PMXA 1JYWA 4MPKA 8CGTA 4JKLA 1IZJA 5HPOA 3MMWA 4JFWA 4P7QA 1E6NA 3ZOAA 1KWKA 4PN2A 1RPKA 3WH8A 1TVNA 3DHUA 1JD9A 2WYSA 5I6SA 4FLRA 1ZBWA 4P7RA 3WDHA 3K4DA 1HP4A 2GFTA 3T2OA 5M17A 3W29A 1Y7VA 4M24A 2RGMA 1GOOA 1OBAA 1HF6A 4CD4A 5FL1A 2CXGA 5IXEA 2UY2A 1JZ7A 3EMCA 2D3NA 1V6UA 3A4AA 2J7HA 4H41A 1WDRA 4IISA 1OGSA 2XFYA 4J3TA 3VMNA 3ECQA 1ITXA 1QI0A 1EHAA 1W3HA 3AFBA 3OGSA 4UQAA 4P8UA 2VR5A 5AYBA 4CD8A 7TAAA 1MW3A 3IK2A 1V0MA 2BHZA 3UEQA 2VZVA 2XIBA 2B31A 3CPUA 4OZOA 3WN6A 2WK2A 3G6MA 4F9JA 4GI8A 1HIZA 2VUYA 4Z2LA 2EO7A 4AC1X 2ZUNA 4AISA 4ZFMA 3ZMRA 1R7OA 2J47A 3FHQA 5A3HA 5CLTA 2WANA 2WC3A 3PBGA 1G5AA 2D22A 1E4IA 3W25A 4CD5A 1LG2A 1F4AA 1V0KA 1EO5A 1UQYA 3GNOA 4URIA 4AZ5A 2CKSA 2YA0A 1UWQA 3L4WA 1OWQA 2FH6A 2VVNA 3AIEA 4Q22A 4YHGA 2J79A 1K9FA 3EDEA 3TTSA 3T0DA 4H8UA 3RM9A 5BYWA 3ZJ7A 3WNLA 3GH7A 1UH3A 2WMHA 2IXUA 2DSKA 3HMCA 2EXOA 4F66A 2ZWYA 1TUXA 3ARXA 4HPHA 3U5YA 1B1YA 3VD7A 1XSKA 1BF2A 1BTCA 1R86A 4BQ3A 3OGRA 4ZXOA 3RM8A 3WF1A 5I78A 4CVWA 2VNCA 2OYMA 2J77A 3W53A 2WZHA 1E4MM 3F5LA 5A6SA 1OT2A 3M46A 5HOSA 1U33A 2XWDA 1SMDA 2Z1SA 2ZUMA 2FHFA 2EQDA 1MFVA 3EYPA 1G0CA 5JBFA 4WJXA 3ARQA 1MW2A 2FGLA 1KR0A 3VX1A 4J7RA 1PJ9A 3L4TA 3OG2A 3TP4A 1AMYA 5D8WA 2J7FA 1BHGA 2EPNA 4DUVA 3WENA 1TA3A 1UOKA 5D9PA 4L4OA 3RM4A 2ZXDA 1GCYA 1JI2A 4PBGA 4NZCA 4EAMA 1CIUA 2EPOA 2XVPA 1CXLA 3HN3A 1HXJA 1VFMA 4JCLA 3WSUA 3GXIA 3TTQA 4KMQA 1H1NA 2G4FA 4HMEA 2VZOA 1DEDA 4GI9A 4CCCA 1JYXA 4M80A 1QI4A 4FLQA 4PCTA 4KWUA 2O9TA 3ZM8A 4R5EA 5M03A 2PWDA 1BFNA 1BYDA 1HJVA 2WZIA 1HKJA 4TVCA 4F79A 5C8BB 4JHOA 1UR0A 1DWIM 2Y2WA 3SCUA 1Q6FA 1V3MA 3MU7A 3O6AA 3PTQA 1UG6A 1KCKA 1X6NA 4EE9A 3N13A 4H7VA 1D7FA 4MNLA 3PZQA 3WKZA 4MDOA 2BXZA 1CEOA 1Q6GA 4M29A 1MW0A 1CGTA 3I3EA 4HOXA 1E56A 1QOXA 3L4VA 3RMEA 3AROA 3CHEA 5CPQA 1V02A 4AIEA 5A69A 1GJWA 1GOIA 2QMJA 2BVDA 2J8GA 1MVYA 1KGWA 1AQ0A 1W2PA 1I1WA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WK9 A;  3W26 A;  1OSE A;  4PMO A;  3KEH A;  3GBD A;  3SCP A;  1E1F A;  2V5D A;  4A4A A;  1N82 A;  2WVS A;  2EJ1 A;  4AMC A;  3WQ8 A;  5CPS A;  4D1J A;  1UQZ A;  2VUR A;  5E0C A;  3UET A;  1ISV A;  2WCS A;  4ATD A;  1W1P A;  1E3Z A;  2G3M A;  2PF0 A;  2WBG A;  1W9V A;  1V03 A;  5JIW A;  3WY1 A;  5HBF A;  2W63 A;  1E6X M;  3AYS A;  3ALF A;  2VRQ A;  4DUX A;  2WHJ A;  3MKK A;  2CCR A;  4AZ7 A;  4W93 A;  1VEO A;  5A8N A;  1NWT A;  4UQE A;  1W1Y A;  1NP2 A;  4PMZ A;  4A3H A;  2G41 A;  3BGA A;  2J7B A;  3M7S A;  3VGG A;  1WNO A;  1D3C A;  1CDG A;  1VEN A;  2EPK X;  2WMI B;  1J0J A;  1KFW A;  5IHR A;  3FN9 A;  1M03 A;  4AD5 A;  1W3K A;  4HA3 A;  1B90 A;  3WD1 A;  1PX8 A;  1V3J A;  5HPC A;  3AML A;  4W5U A;  5E0F A;  1NOF A;  3BSH A;  1HKK A;  4PTW A;  1W91 A;  4NRS A;  1ODU A;  4V27 A;  2FDM A;  1JXJ A;  2WMG A;  1C91 A;  2WVU A;  1I1X A;  2F8Q A;  5A6J A;  3IJ7 A;  1OIM A;  1U2Y A;  2CET A;  2CIT A;  3GXF A;  3LPG A;  2XII A;  3EDK A;  4BQ2 A;  1DTU A;  1NOW A;  4PMV A;  5GQB A;  4H2C A;  5CSY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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