3APGA

Crystal structure of hyperthermophilic beta-glucosidase from pyrococcus furiosus
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
471
structure length
471
Chain Sequence
AKFPKNFMFGYSWSGFQFEMGLPGSEVESDWWVWVHDKENIASGLVSGDLPENGPAYWHLYKQDHDIAEKLGMDCIRGGIEWARIFPKPTFDVKVDVEKDEEGNIISVDVPESTIKELEKIANMEALEHYRKIYSDWKERGKTFILNLYHWPLPLWIHDPIAVRKLGPDRAPAGWLDEKTVVEFVKFAAFVAYHLDDLVDMWSTMNEPNVVYNQGYINLRSGFPPGYLSFEAAEKAKFNLIQAHIGAYDAIKEYSEKSVGVIYAFAWHDPLAEEYKDEVEEIRKKDYEFVTILHSKGKLDWIGVNYYSRLVYGAKDGHLVPLPGYGFMSERGGFAKSGRPASDFGWEMYPEGLENLLKYLNNAYELPMIITENGMADAADRYRPHYLVSHLKAVYNAMKEGADVRGYLHWSLTDNYEWAQGFRMRFGLVYVDFETKKRYLRPSALVFREIATQKEIPEELAHLADLKFVTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title Crystal structure of hyperthermophilic beta-glucosidase from pyrococcus furiosus
rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 184
structure length 471
sequence length 471
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3apgA00
2JIEA 1E4MM 1NH6A 1W9BM 5I2UA 4MNJA 4OKDA 1LL6A 3OZPA 1WB0A 1BFNA 1Q6EA 4D6IA 3B9AA 1VFMA 1KXHA 5BYWA 5JUVA 3CZGA 3WFLA 3B8SA 2W67A 4H41A 1MW1A 2A3BA 1PZ2A 2RGMA 1XH0A 4B3KA 3VOCA 4AIOA 7A3HA 3OB8A 4QLJA 3II1A 1GPFA 1V08A 4ZE4A 1FH7A 2WMIA 4IISA 5LA1A 4X9YA 2ZWYA 3RIKA 1J0ZA 4WF7A 2AMGA 3AIEA 2ZX7A 5IHSA 2XTKA 2WMIB 7CGTA 1PX4A 4KRTA 3TTYA 1I1WA 5IFPA 1OCQA 5A6JA 1DEDA 1IZJA 2D3LA 1OIMA 8A3HA 1DHKA 1S46A 5AY7A 3CZJA 1ZJBA 5A2CA 3MMDA 4UOJA 1H1NA 4P7LA 3CHFA 3U7BA 3WY1A 3OLGA 4CGTA 3GH5A 4HOWA 1BYCA 1QHPA 4H7VA 4FLRA 2ZX5A 2ZWZA 2ZE0A 3MUZ1 3A4WA 2V3DA 2BHYA 1W9UA 5A8OA 1VF8A 1EXPA 2XVGA 4PBGA 1VBRA 3KEHA 4BQ4A 1MQRA 5JIPA 3WN6A 2VZTA 1GJWA 4WKAA 1E0VA 2WHKA 3AOFA 3GXMA 1JAKA 1VJZA 1IZKA 2VQTA 5I5RA 3JUGA 2WSKA 1E9LA 3CO4A 2EPMX 3VU2A 3EYPA 2WLYA 5KZ6A 4H8HA 4TX6A 4OOZA 1XCXA 2YDRA 4C7DA 3L2MA 1UWSA 4W89A 1C91A 4AZIA 5CPTA 3T0BA 1EDQA 4HZ8A 1VEPA 1GVIA 3ZSSA 1CBGA 3WBEA 3BLKA 2VI0A 2VURA 1ITCA 3PN8A 3NSXA 2G41A 1UR8A 4KGLA 4M29A 5ECUA 4QAWA 2CBVA 3L4XA 1ZBVA 3AIQA 1GNXA 3WDRA 2VVNA 4PTMA 3WNLA 1E73M 3AHTA 1W3LA 2WXDM 4V2XA 4JFVA 4GQRA 1LWHA 1JYNA 4IPNB 1H11A 1FHLA 4RE3A 4AMCA 4J7RA 4KWUA 4S3KA 5ABFA 5EFDA 1F4AA 3FN9A 5BRPA 4GZIA 1QW9A 4M8UA 3WNKA 1CPUA 2IXUA 3WF0A 5ABFB 2VZSA 3HU7A 1U33A 5I79A 1O7AA 1SR0A 3PZMA 2D0GA 1OIFA 3MS8A 2JEQA 3PZIA 3WFZA 1EIBA 2BXZA 1NWSA 4WKHA 1UD4A 1HJXA 4D72A 3N11A 4ZFMA 5DMYA 3VTRA 3KE0A 1JD9A 3VIFA 5GNYA 1HKJA 4B3LA 2FGLA 1B9ZA 4CN1A 3KL5A 1J0KA 3QOKA 2DEPA 2VMFA 2VRQA 4AIEA 1BSIA 3UR7A 2B31A 3THCA 4TTUA 1GOIA 3SUWA 3VM5A 2BV9A 1WCGA 1NWUA 3VDBA 4J3TA 4UR9A 4UFLA 4UFIA 2DT3A 3ZT5A 1QHOA 2YJQA 3NIYA 1V02E 5CZKA 1TCMA 2CITA 4P7QA 1C7SA 1LWJA 2ESCA 1MFUA 8CGTA 5CJ5A 2J7GA 2GJPA 4GPNA 2VRJA 3PZGA 2X8RA 1NM9A 4UTFA 5D9PA 1CGTA 2F61A 3BGAA 2XFRA 3SCNA 4D6JA 2DSUA 1QBBA 2WSPA 3CHEA 3DYOA 3GXDA 3WD0A 3N13A 4XB3A 3U5UA 1ISVA 5A1AA 3WNNA 4ACZA 1J0IA 3POCA 3AYRA 1DWGM 1GVYA 1UD6A 1US3A 1JGIA 3BSHA 5FKYA 4ACZB 1KQYA 3TOPA 1OINA 3L4WA 2J7EA 1HN1A 1UOKA 4HPGA 2QMKA 3WNPA 1BGAA 1E1FA 3CMGA 1UWTA 3D5HA 3T08A 3VUPA 3N18A 3BAIA 4QFUA 5I3DA 3PBGA 1PEZA 1V3KA 2Y5EA 1KXQA 4D71A 5A6BD 2BVYA 1UH2A 1K9TA 5A8NA 4X0VA 2PF0A 1BGGA 2Y8VA 4AIUA 3WF1A 2PWDA 1UWRA 2WZHA 2CBUA 3F5LA 4D6HA 5CXPA 1US2A 3DHUA 2W66A 4N42A 4HTYA 1KQZA 1OD0A 2DIJA 4Q22A 3M6DA 3WD3A 4JL2A 1PJ9A 2DH3A 1H3GA 3T0AA 3B9EA 3WH8A 2A3CA 4DM1A 3CUJA 5DT7A 5BXPA 5DT5A 2EQDA 2ZIDA 1E4NA 1FP9A 3WIJA 1C8YA 1MQPA 1TR1A 2V5CA 4GQQA 3FHAA 4J3UA 2UY5A 2JF7A 2BVTA 5HDRA 4CVWA 1ZL1A 4CD8A 2YLLA 1EOKA 4B16A 1XD0A 3W6LA 1UA7A 1CXLA 1HVQA 1QNRA 1MVYA 1E3ZA 3WDJA 2EXOA 2JALA 3K8LA 3DYPA 2XIBA 3CH9A 4C7FA 3SCRA 3W26A 1JAEA 1VFFA 4Z2IA 3DHPA 5JBDA 3W38A 4WJXA 1H2JA 4KGJA 4MJ4A 3UERA 2QMJA 2W92A 3WH5A 1RPKA 4KH2A 4UFHA 3A6OA 2FDMA 1UD8A 2A3AA 3RM9A 4PMNA 1SFSA 3ARWA 3SUVA 1C90A 1AQHA 5D9OA 2VO5A 3WQWA 1GOWA 4NSBA 2PWFA 4MB5A 4HZ7A 1UH4A 3K46A 1BQCA 4H2CA 3F5KA 4MADA 1EA9C 3AIVA 1WPCA 1X1NA 3CHDA 1KR0A 1E6ZA 4MB4A 4KMQA 3MANA 3GZAA 2J7BA 3GM8A 2VVSA 1D7FA 2EPKX 3KL3A 1WKYA 4Q7NA 3VNZA 2XM1A 3WNMA 2J7DA 5AYIA 1R85A 5TD4A 4M1RA 2EEXA 1KR1A 3WF3A 1QW8A 2A3HA 3M46A 3WH6A 4MTVA 4B15A 1GONA 4PYSA 3A3HA 4JCMA 1GOOA 1V02A 2Z1SA 2G4FA 1BG4A 4U5KA 1V3HA 3LPPA 4A4AA 5A3HA 1JDCA 2J4GA 2FHCA 2ZXBA 1CECA 2D24A 3WL1A 4P7OA 4AD1A 1EDTA 1CXKA 1V6VA 1HF6A 2D1ZA 1UD5A 3VGFA 1QI4A 4EKJA 1EO7A 5LA0A 3DC0A 1ITXA 2G3IA 2XGBA 2JF6A 4D6CA 3NSNA 1B90A 1GOMA 2WMFA 4MNKA 2J47A 3VD3A 2VX4A 1UA3A 1W91A 3GNRA 2Y2WA 1ZBKA 1HIZA 3AXHA 3VM7A 4H8UA 3FW6A 5EBAA 3AS3A 1IT0A 4D6DA 5CGTA 1ISZA 3MMUA 1UZ4A 2CHNA 4JKKA 4NI3A 4MNLA 3BMVA 4PUDA 1UKSA 5CSUA 5F7UA 2ZUUA 1GHSA 3A47A 4AZCA 2EJ1A 3AIBA 1ZBCA 3WDIA 3ZSTA 3TONA 3ZJ6A 4FF5A 4UQAA 3CZLA 4AZCB 5JBEA 1CXEA 2X0HA 1B3XA 3ZJKA 1ODUA 1J11A 5FOOA 2CETA 1H0IA 3RCNA 2JE8A 1JXKA 3VINA 2XFYA 2D3NA 5A95A 1EGZA 1HL8A 3UCQA 3MV11 2FH6A 3PZOA 2PWHA 2YL5A 1FA2A 3MUY1 2Z1KA 1GHRA 2XYLA 2VQUA 5BXRA 4JHZA 1E0WA 3G6LA 2XIIA 1UWQA 4HU0A 4HZ6A 5KEZA 1JI2A 1ZB5A 4UNIA 1QPKA 1MQQA 2WANA 3AMDA 4MB3A 1ODZA 3RILA 1UR4A 4WK9A 5JIWA 2FH8A 1VJSA 3WEZA 3M07A 2J7FA 3UG4A 4WSKA 3AISA 1NWRA 3ZT7A 1BG9A 5I78A 2NSXA 1GZJA 2D23A 4E8CA 4EAMA 3K4AA 2J78A 2BS9A 3WENA 4B9YA 3VGHA 2J77A 4CCEA 3WD4A 4NRSA 4AD3A 3ARVA 2WBGA 1E43A 3WUEA 1VFOA 4UOQA 2XVPA 1GQIA 5I77A 1SYTA 4YN5A 1BLIA 1B30A 5A2AA 2ZXAA 2WKGA 3WD2A 2VC9A 1UD2A 4M56A 2YL9A 3CUIA 4D6FA 1R7AA 3EDFA 1KXVA 1AQMA 1QHZA 2E8ZA 4LYRA 3W0KA 1E71M 4GI8A 1KXTA 4QP0A 2BY0A 3RM8A 3FHQA 3ZR5A 3WQ8A 4EK7A 2F2HA 1B3WA 5I6SA 2CKSA 3WMBA 4AEEA 2ZUTA 2WVUA 3LMYA 2GSJA 1CNVA 1DWIM 3A4AA 1I75A 3GDBA 4LXFA 2GVYA 3FXYA 3M7SA 4BA0A 1HXJA 4PUEA 1LL4A 3WQ4A 4AZ5A 5M17A 2E4TA 1W1TA 3SCTA 3VPLA 2YBTA 2HVMA 1V6WA 1MW0A 3SCUA 4Z2LA 1JF6A 3W81A 3VGBA 2ZX8A 3O2LA 3VNYA 1NOUA 1YHTA 2DSVA 3NSMA 3SIMA 2DT0A 3ARPA 1B31A 2AAAA 2WC4A 3GYCA 3GXFA 4U31A 3WSUA 2ZXDA 2WCGA 3VIHA 3W82A 3CBWA 3CUGA 2NW0A 4JL1A 3ZO9A 1J9YA 1PAMA 1FH8A 3LPGA 4V27A 1OBAA 4AWEA 4CN6A 1VIWA 2J74A 4JIEA 1QNQA 2QHAA 1L0PA 4FLSA 4J3SA 3VMPA 5E09A 4P7RA 1K9EA 1RP9A 1IV8A 2YL8A 1DWAM 1NOWA 5A94A 3CHCA 1K9FA 3VIMA 4AD5A 5EFFA 1I1XA 1W1PA 3SCPA 1VFUA 2ZUMA 5BXTA 1JZ3A 1JYWA 5E6YA 4AZGA 1QBAA 3TTSA 3W4RA 2GFTA 2D0HA 3W6MA 1UR1A 4D6EA 4E4PA 2DT1A 3VGGA 3W24A 3AMKA 1KGXA 5D4YA 3BMWA 4XZBA 2WC7A 1HKKA 2E40A 4JKMA 4UFJA 1HKMA 4GZEA 3AS1A 1KGUA 1C3FA 3G6MA 3IJ9A 1V3LA 4BZYA 2DSKA 3SCWA 2IUZA 1V0MA 4PRWA 4W8BA 4P8UA 5ABEA 3K4DA 3AZSA 3WEOA 2X2YA 1W9PA 1RP8A 2V3FA 4BQ2A 2YL6A 3AFBA 2CBIA 2ZUNA 3L4VA 1WP6A 5HXMA 1E4LA 2WWDA 3CTTA 1R86A 1UR9A 1QI3A 1XC6A 1J0HA 1BF2A 2CERA 2J7CA 4X0NA 4PMYA 2EO7A 1QI0A 4P8WA 4OBSA 4L4PA 1TUXA 4HA3A 3VMOA 5D9MA 2W62A 4W5UA 4WIWA 4DWSD 2D0FA 5JBFA 1ZS2A 2XG9A 3PZVA 2D22A 1LG2A 1OT2A 4JHOA 3ZOAA 2BY3A 4L4OA 4ZE5A 4UQEA 3THDA 3S6TA 4PMRA 3QR3A 4HOZA 1LF1A 1P6WA 2OSWA 1M01A 2D2OA 3PZUA 4AZBA 1CIUA 2VX5A 2XJ7A 2YKKA 4RE2A 3MO4A 1U2YA 3ALGA 1QNSA 4AD0A 3CZEA 4E8DA 2G3NA 4RE4A 1LQ0A 3UR8A 1QNOA 1JZ4A 3J7HA 5CPSA 2Y8KA 2C0HA 5GPRA 1W9VA 3WF2A 1BVZA 2WWCA 3MUAA 2DDXA 4W93A 3W27A 1JG9A 2JFEX 1JI1A 4UCFA 1XD1A 3OZOA 1XSKA 4H8VA 1UYQA 3VX1A 4NRRA 3CPUA 2VX6A 3K8KA 1GCYA 4F66A 3BCFA 4CD4A 1X6NA 3TTQA 1V0NA 1SMDA 2J62A 4R5EA 3MSDA 2O9RA 3W37A 1BYBA 1CXIA 3CUFA 2XVKA 3VO0A 4DWSA 3VMNA 1GJUA 2F8QA 1KBKA 4TVDA 4DWSB 4F79A 5A6MA 1E6XM 2EPLX 3ARXA 4LPCA 2CYGA 2X0YA 2TAAA 2VCCA 1NWTA 1QNPA 3EDEA 2VCAA 1HJUA 4JCLA 4HPHA 5AYBA 4M82A 2W61A 2DPEA 4MJ2A 4AD2A 1OB0A 2WHMA 2JEPA 2J25A 4EANA 3D3AA 3EDDA 1EH9A 1KWKA 2WPGA 2WMGA 1R7OA 1C92A 2WHJA 3RDKA 3KL0A 2WCAA 1J10A 1W3JA 1E40A 1C7TA 2VNCA 4ATWA 4XV0A 3VIKA 4OBRA 2E8YA 1G9HA 4PSRA 1UH3A 3PZQA 1Q6CA 5C71A 4PMDA 2E3ZA 1LJYA 3CGTA 4AZ6A 4Z2GA 4JZ5A 3EMZA 2BY1A 3I3EA 4PMVA 4W5ZA 3VIOA 3VVGA 4BS0A 1E6NA 3AIRA 2OLHA 3W29A 5BROA 1MYRA 3RM4A 4M80A 4ML4A 2GJRA 3EMCA 1JZ8A 3VDHA 3A4XA 1GQKA 4PMUA 2J8FA 4TXEA 1H49A 3AI0A 5E0CA 1JZ2A 1GQLA 4HMEA 4W7UA 3L4UA 2ZX9A 3OGVA 1V3MA 3SURA 4QLKA 1B1YA 3HMCA 4ZEPA 2D20A 1B3YA 1GUVA 1HX0A 3N15A 4B9ZA 2ZX6A 1XYFA 1MW3A 1UQZA 2V38A 4XX6A 5DFAA 3AHXA 2DH2A 1G0CA 4M24A 1XGZA 2BFGA 3PZ9A 3ZIZA 4JAWA 4R27A 5D8WA 3ARTA 1N82A 3AQUA 4UFKA 4Z2HA 3CIVA 1ZBWA 3MSGA 3T0DA 5IFTA 3PTQA 4J3XA 1JNEA 1JZ7A 3U7VA 3AXXA 1VEMA 3F4VA 4WSJA 3NCOA 3MV01 4U33A 1C8XA 2VL4A 4C7GA 3EDJA 2WMJA 1JNDA 4A3HA 1ISYA 2OYKA 2VCBA 3NJ3A 9CGTA 1B3ZA 2WHLA 1QOXA 4UQBA 1PPIA 2BHZA 1R8LA 4GIAA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2JIE A;  1E4M M;  1NH6 A;  1W9B M;  5I2U A;  4MNJ A;  4OKD A;  1LL6 A;  3OZP A;  1WB0 A;  1BFN A;  1Q6E A;  4D6I A;  3B9A A;  1VFM A;  1KXH A;  5BYW A;  5JUV A;  3CZG A;  3WFL A;  3B8S A;  2W67 A;  4H41 A;  1MW1 A;  2A3B A;  1PZ2 A;  2RGM A;  1XH0 A;  4B3K A;  3VOC A;  4AIO A;  7A3H A;  3OB8 A;  4QLJ A;  3II1 A;  1GPF A;  1V08 A;  4ZE4 A;  1FH7 A;  2WMI A;  4IIS A;  5LA1 A;  4X9Y A;  2ZWY A;  3RIK A;  1J0Z A;  4WF7 A;  2AMG A;  3AIE A;  2ZX7 A;  5IHS A;  2XTK A;  2WMI B;  7CGT A;  1PX4 A;  4KRT A;  3TTY A;  1I1W A;  5IFP A;  1OCQ A;  5A6J A;  1DED A;  1IZJ A;  2D3L A;  1OIM A;  8A3H A;  1DHK A;  1S46 A;  5AY7 A;  3CZJ A;  1ZJB A;  5A2C A;  3MMD A;  4UOJ A;  1H1N A;  4P7L A;  3CHF A;  3U7B A;  3WY1 A;  3OLG A;  4CGT A;  3GH5 A;  4HOW A;  1BYC A;  1QHP A;  4H7V A;  4FLR A;  2ZX5 A;  2ZWZ A;  2ZE0 A;  3MUZ 1;  3A4W A;  2V3D A;  2BHY A;  1W9U A;  5A8O A;  1VF8 A;  1EXP A;  2XVG A;  4PBG A;  1VBR A;  3KEH A;  4BQ4 A;  1MQR A;  5JIP A;  3WN6 A;  2VZT A;  1GJW A;  4WKA A;  1E0V A;  2WHK A;  3AOF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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