3APGA

Crystal structure of hyperthermophilic beta-glucosidase from pyrococcus furiosus
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
471
structure length
471
Chain Sequence
AKFPKNFMFGYSWSGFQFEMGLPGSEVESDWWVWVHDKENIASGLVSGDLPENGPAYWHLYKQDHDIAEKLGMDCIRGGIEWARIFPKPTFDVKVDVEKDEEGNIISVDVPESTIKELEKIANMEALEHYRKIYSDWKERGKTFILNLYHWPLPLWIHDPIAVRKLGPDRAPAGWLDEKTVVEFVKFAAFVAYHLDDLVDMWSTMNEPNVVYNQGYINLRSGFPPGYLSFEAAEKAKFNLIQAHIGAYDAIKEYSEKSVGVIYAFAWHDPLAEEYKDEVEEIRKKDYEFVTILHSKGKLDWIGVNYYSRLVYGAKDGHLVPLPGYGFMSERGGFAKSGRPASDFGWEMYPEGLENLLKYLNNAYELPMIITENGMADAADRYRPHYLVSHLKAVYNAMKEGADVRGYLHWSLTDNYEWAQGFRMRFGLVYVDFETKKRYLRPSALVFREIATQKEIPEELAHLADLKFVTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of hyperthermophilic beta-glucosidase from pyrococcus furiosus
rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 184
structure length 471
sequence length 471
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3apgA00
1UYQA 4IUGA 3KEHA 5CPQA 2D3NA 3CZKA 3W27A 1BSIA 2BFGA 4AD4A 3CZJA 3CHEA 4E8CA 4BA0A 1BGGA 2CKSA 2B31A 4D6JA 2BXZA 5A8NA 1CLVA 1ESWA 1GOOA 2V5DA 5BWFA 3FHQA 1GVIA 2FH8A 2YL9A 5IDIA 4EKJA 4HZ7A 3L4VA 2VT0A 3PTMA 3B9AA 4W7UA 1MXDA 4QFUA 1E1EA 5D8WA 3WSUA 5FL0A 4JKKA 2GDUA 4OOZA 3F5LA 4AWEA 4CD7A 1J0KA 3A4WA 3UR7A 1ISYA 1O7AA 2CHNA 1JG9A 1HVXA 2EPLX 1CENA 4F9JA 1GZJA 4MTVA 3CZGA 2XVLA 1HIZA 1CYGA 4AIUA 2VX6A 1CGWA 3AOFA 1V3LA 3VIOA 4YPJA 5BCAA 1K9TA 1UWUA 3M7SA 1UZ1A 5E6ZA 2UY5A 3VVGA 2VQUA 4CVUA 5I0DA 3VGFA 1RP9A 1WZMA 1TE1A 2E40A 3MUAA 4JHOA 4MB5A 2VMFA 4PMXA 1V0NA 2QPUA 4NF7A 4P7RA 5CGTA 1E4MM 4F9DA 2CITA 3M6DA 1LQ0A 5M17A 1EHAA 4KRUA 1M01A 4JFSA 1VEOA 2W61A 3VD9A 2G3NA 1GW1A 2WVTA 2X2YA 1FHDA 4HA4A 2PWDA 1PBGA 1OGGA 2J8FA 3BMVA 5KZ6A 1FOBA 2PWHA 1TCMA 3WF4A 5C70A 3M46A 1LG2A 2XM2A 3VINA 1HF6A 1D2KA 1E5JA 3S2CA 3ARSA 2IUZA 4NSBA 4M80A 2FGZA 2DH2A 2EO7A 3IAQA 1HP5A 1GHSA 1OD8A 1LF1A 4DM1A 4RE2A 4UOZA 4Z2HA 4CU6A 1PIGA 1LWJA 1BAGA 1Q6GA 2GUYA 4LX4A 4PMOA 3WD2A 6A3HA 2VO5A 3WH6A 1ZB5A 2DT0A 3THDA 3W25A 1WDQA 4TOQA 2WXDM 2XVGA 2DSZA 1NWUA 4D6GA 4A4AA 4W88A 2G3JA 1CXHA 3CPUA 2DT3A 2JIWA 2CXGA 1UR4A 4HA1A 1TVNA 1H49A 3SCWA 2WMHA 3WD3A 3VDBA 1TG7A 1OINA 1VJZA 5A3HA 1JZ5A 4QCFA 3PZ9A 1VB9A 4NZCA 1K9DA 1ISVA 2JEPA 2CYGA 3BLKA 1JZ6A 1JZ7A 4Q22A 3AIQA 1E15A 2W91A 2XWDA 1HJQA 3SCRA 4C7DA 3BAWA 1W9VA 1ZJAA 1BFNA 3PHAA 1U2YA 3K4DA 2Y4SA 3WELA 1TA3B 2WAGA 3CZ8A 1E0VA 3UERA 2QMKA 1XCXA 2XSBA 2E0PA 1J12A 4V2XA 1UQYA 2ZXDA 3N13A 5LA0A 3HJEA 3NDYA 4EAMA 3AS3A 2VZSA 2WLYA 1E6PA 3T08A 4H04A 5E9AA 3WDRA 1V3KA 2WC7A 2ZX7A 5M3WA 2GJPA 1XSJA 1AQHA 3W6LA 1Q4NX 4DWSA 4GINA 3WUBA 1QHPA 4PBGA 2A3HA 2YIHA 2XFRA 1XHGA 1GNXA 4WSKA 1FP8A 1UD4A 1V3MA 1LWHA 4U33A 4P8XA 3LPFA 3KL3A 2ZX5A 5A94A 1E6NA 3L2LA 3VIGA 2V5CA 4KGJA 2YL6A 3RIKA 4J3SA 3N9KA 3F5JA 1SFSA 3WL1A 3VTRA 5A6BA 4WIWA 3WMCA 1OT2A 1J10A 3ZIZA 4W84A 1GUVA 3EDEA 1MQPA 3OLDA 3GH5A 2J4GA 1MFUA 3GH4A 2IXUA 5A2AA 4XZWA 3CZLA 3DECA 3OLGA 1W9XA 1UD6A 3T0BA 1E3XA 1DTUA 5IFPA 1W9UA 5F7UA 1WCGA 4D6DA 3HN3A 2J7HA 2FHFA 5FIPA 2VTFA 2DSUA 2EJ1A 4MJ4A 5A6JA 3QR3A 1HP4A 1N82A 4M29A 1WDPA 3U5YA 3ZJKA 5I2UA 1UKTA 1ITCA 3N04A 1SYTA 3BAYA 2WMIA 2EPMX 2IXVA 1AVAA 1OBAA 1EDTA 4TVCA 5JIWA 1M53A 1JDCA 4S3KA 1W9DM 4UZUA 3WFLA 1JZ3A 3VGDA 4MNLA 1X1NA 2ZX6A 2YDSA 3ARVA 5CXPA 2GDVA 4E2OA 4PTVA 2AOSA 3ARQA 2XFFA 1V03A 3ZJ6A 2DSVA 2ZOXA 5KEZA 2J7EA 5CPSA 1E9LA 2VQTA 1MYRA 4AZHA 3WUFA 4CUCA 1HT6A 4XV0A 4PMZA 3WN6A 1UR9A 4PMQA 4OKDA 1U33A 4PUEA 1C8QA 5ABEA 4HMEA 2UY2A 4LPCA 1HJUA 2BY2A 3KL5A 2EXOA 5GQBA 5EFDA 1NH6A 1PIFA 4OIFA 3ARYA 3AICA 5C8BB 4FLSA 1H4PA 1VBRA 1NWRA 5CQ1A 3VNZA 2DGAA 7A3HA 2WLZA 1ODUA 1HJSA 1JZ2A 1CXFA 5HXMA 3EMQA 2BVTA 5CG0A 1UR2A 3K8KA 1B3XA 4UZSA 4ATWA 4Q7NA 5M03A 4ZENA 1MVYA 1U30A 5HOSA 2C8NA 3N1AA 1NOFA 1E6ZA 1WZLA 1BLIA 7TAAA 1UG6A 2O9TA 4AZCA 4QLJA 4ACZB 2WSKA 3MUZ1 2V3DA 1VEMA 1JDDA 3WD4A 1BYAA 2AMGA 3AMLA 4PCTA 2OSWA 3WUGA 2DH3A 4PSPA 2F61A 3BH4A 1UR8A 2OYMA 4DWSC 3PTQA 4UR9A 1GOQA 1XC6A 2D2OA 2WWDA 1AMYA 1DWGM 2OSYA 5BRPA 3RILA 3DHUA 1ZU8A 3AJ7A 1JF6A 1B0IA 3MSDA 4UCFA 3BAIA 4MB1A 3BSGA 3RM8A 2WK2A 5A8QA 4AD3A 4CU7A 1IV8A 3AXIA 4J3VA 4P8VA 2Y2WA 3GZAA 4AZ7A 4JCMA 4JKLA 2Y8KA 5A95A 3WH5A 1KFWA 1GORA 1UWTA 2YLLA 1EO7A 1E70M 1B3YA 2VC9A 4RE3A 1DWIM 3VD7A 2JFEX 3FY1A 4W5UA 1E3ZA 2ZXQA 3WH8A 5HDRA 2V3GA 1PPIA 1QI0A 1SMAA 3D3AA 4WKHA 1BVNP 2ESCA 5D9NA 3O2LA 4QCEA 1ISXA 3NCOA 3FN9A 3GNRA 4PMVA 2VRKA 3W53A 4BF7A 2WKGA 5E09A 3POHA 3VD3A 3PZUA 3RPMA 4B3LA 8A3HA 1E6QM 2Z1SA 3PZQA 4S3JA 1JFHA 4HZ6A 4Z2LA 4X0NA 4P7LA 1BG4A 2WC3A 5I77A 3N11A 1KXVA 4DWSD 3AHTA 1WB0A 4GQQA 1E72M 2UWFA 3HU7A 5JBFA 3ARRA 4CCCA 2FHBA 3BLPX 1UD8A 3T2OA 3DC0A 3AIEA 4M8UA 4P8WA 1JYVA 1EGZA 4M82A 4GI6A 3IANA 1W2PA 2XM1A 5AC4A 3EDKA 3W81A 4ZXLA 4GXPA 4CN4A 1HKJA 2J74A 1V6XA 1ZJBA 5A6BD 1QW8A 4IPNB 3WQ4A 2RGMA 3SUVA 3UCQA 2WBGA 5EB8A 3N17A 2GK1B 1ECEA 1B9ZA 2VCBA 2WVVA 5FL1A 4TX6A 3LPGA 3VIHA 4PRWA 3I3BA 2BHYA 4ZE5A 2D1ZA 4NRSA 1C3FA 3MS8A 3THCA 3MUIA 3AMGA 3ARPA 1KCKA 3PZNA 3VIFA 2PWGA 1QNPA 4KGLA 4HTYA 3WEZA 2XVPA 3AIBA 3KE0A 2VJXA 5I23A 5LA1A 3TP4A 3VNYA 4Z2GA 2E9MA 5I78A 3CMGA 1H41A 1XH0A 2C7FA 3ZR5A 2VZOA 3ZSSA 2ZX8A 3PTKA 3ZT6A 1QI5A 2OWWA 3CUFA 4AD2A 5AYBA 2HVMA 3A3HA 4CN6A 2QMJA 4MB4A 1W2VA 2EBNA 1W1PA 4TVUA 1DHKA 4LYQA 1KB3A 1GOMA 1GHRA 1QNQA 1KGUA 1J0HA 4JFUA 4B16A 1FFQA 4D6EA 3AMCA 2QV4A 1H3GA 4ATDA 4QLKA 1UWSA 2DQXA 3VU2A 1JL8A 5AYIA 4GI8A 4PTMA 4ZXOA 1QBBA 1NP2A 4B3KA 4CD4A 2J77A 4UFJA 4WK9A 5E0CA 1UH4A 2VVNA 1XD1A 3LMYA 3NDZA 5A2BA 4PUDA 3DYOA 1KBKA 5BROA 4RE4A 3QHOA 4BQ2A 3PBGA 2WNWA 4H8UA 1XYZA 1HL8A 4KH2A 4YN5A 4JL2A 3T2PA 4TXEA 4IM4A 4CU8A 1V6YA 5ABGA 4H41A 1OIFA 3WL0A 1WDSA 2BNJA 3VUPA 3WDHA 2X0HA 2NT1A 2J79A 1CXLA 2VI0A 3GXFA 3L2MA 4UQAA 4W85A 4Y7EA 4AYSA 4TX8A 3IJ7A 5HBFA 4PTWA 2YDRA 4ZE4A 4UQ9A 1J01A 2EQDA 3K1DA 3WNOA 1UD5A 2G3IA 1OWQA 1HJVA 2O92A 3KWXA 2BHZA 4AZGA 1E6XM 2XVKA 2XIIA 3AIRA 1OCQA 4HU8A 3CO4A 2E3ZA 4LXFA 3ZT5A 1YHTA 3WNLA 7CGTA 1NWSA 3SEPA 5A6AA 1E56A 5LYRA 1VF8A 3FNDA 3DHPA 3W28A 5I3DA 1V6VA 2ZXBA 3AHXA 1ISZA 5C71A 1CGUA 1XRVA 2D0GA 5CLWA 4FLQA 3RJXA 2DT2A 4AISA 4CD8A 2BY0A 2OSXA 3ARTA 1C93A 4U3CA 3AMKA 2XUCA 2W92A 3T09A 1OB0A 2E4TA 3MV01 1JYNA 2C0HA 1K6AA 3UG5A 4FK9A 1CGTA 1UKPA 1QW9A 3VX0A 1UKOA 3A4XA 4ML4A 1HKMA 4H7VA 4WKFA 3K8MA 1WP6A 5DT5A 1OSEA 4UOJA 2FGLA 2QHAA 4OBSA 1QI2A 2UY4A 4WSJA 1HKIA 1D7FA 5GNYA 2G41A 1ZS2A 3VGGA 3OIHA 4U2YA 3VGBA 5DMYA 5BXPA 2WZEA 3QOMA 3AZSA 1DWFM 5CGMA 4J3TA 2WW5A 4OBRA 5M5DA 2VCAA 2DSKA 2ZXAA 1JAKA 1EOMA 2ZUVA 1LJYA 3AIWA 3OB8A 2VRJA 1PX4A 3DYMA 4GIAA 1NP0A 4EE9A 3AZTA 3MMDA 2VRQA 1RH9A 1B2YA 1KXHA 3AYRA 5D8ZA 4PMNA 3E1F1 2BXYA 3AQUA 3ZO9A 4MDOA 1F4HA 1EA9C 3FAWA 1OM0A 3BSHA 2CERA 4JHZA 2J75A 1HL9A 4HOWA 1E40A 4FLRA 4TUFA 2VR4A 1W3KA 4KWUA 2YL5A 1DWHM 2ZUWA 2VZTA 3T2QA 5BXRA 1PJ9A 2VVSA 1OIMA 5DFAA 4JKMA 2QLYA 2GVYA 1MWOA 2VZVA 4GO8A 4AIOA 3A47A 1MW2A 2ZE0A 4OUEA 2XGBA 1JXJA 3BGAA 2GSJA 3WNNA 1X6LA 1CWYA 5GNXA 1JD7A 3LPPA 4HPHA 4F8XA 4QP0A 1MW0A 1UH2A 3PZIA 3VIIA 4J27A 1W91A 1LL4A 1IT0A 2XFYA 1OD0A 4D1JA 1GOIA 1KXQA 4KRTA 2FHCA 3L4YA 1HNYA 4K68A 1R7AA 4JAWA 3CUJA 2BVDA 5CJ5A 1KR0A 1W32A 3T0DA 4LQ1A 3F5KA 1EOKA 3UR8A 4MNKA 1W9PA 3ZMRA 4E4PA 3WF2A 1UOKA 1XYFA 2W62A 1KXTA 4TTGA 2BS9A 2ZWYA 3ZJ8A 4JFVA 5E70A 3VIPA 4CN1A 1C7SA 2JE8A 1BYCA 4AZ5A 1PZ2A 5CSYA 1BHGA 3NJ3A 4W8LA 5AY7A 3AHYA 1S46A 4QLLA 5TD4A 2EPNA 3SCTA 1E1FA 2E9LA 5A8MA 4OZOA 2DIEA 1UKSA 2V3FA 1W1TA 1CLXA 1ODZA 1XH2A 1VRXA 5CSUA 2WHKA 1CDGA 3ZSTA 4OJYA 3PN8A 3MMUA 3TTQA 4QDMA 2V3EA 3PZMA 4JCLA 1UA7A 3CIVA 4QAWA 5DO8A 4W93A 1GCYA 1SMDA 3CH9A 4ZFMA 3AS2A 3AIVA 2CETA 3BXWA 4MNJA 1E4LA 2J47A 1EO5A 4PN2A 3WDPP 4AEEA 1VFOA 2WVUA 4UOQA 3AS0A 1B3ZA 3M07A 2WC4A 3MUY1 3BMWA 1A47A 3MV11 3QHNA 4LYRA 4Z2KA 3SUTA 1M04A 1C7TA 1L8NA 3L4WA 1H2JA 1W3JA 4ACZA 1UZ4A 4UFLA 1UKQA 3BCDA 5BXSA 4CCDA 3SCVA 3KL0A 2PWFA 4M1RA 1KWGA 1PX8A 2D23A 2ZUMA 3WBEA 1GQLA 3TTYA 1UD2A 1YQ2A 3SCOA 1JAEA 2J78A 4EK7A 5FKYA 4HU0A 1CXIA 4AEFA 1V3HA 2W66A 2NSXA 5I5RA 2E9BA 4X0VA 4AZCB 1BGAA 1VBUA 1CPUA 4J3WA 1RD6A 1WPCA 2NT0A 2VX7A 5BYWA 3AIUA 1G9HA 4GKLA 3EBVA 1P6WA 3WQVA 3PZVA 5A8OA 2BVYA 1EXPA 2EPOA 1NWTA 3QOKA 1MW3A 1ZBCA 2WHLA 2CBJA 3W26A 1GQJA 3SCUA 4E8DA 4WF7A 2O9RA 5A1AA 2MANA 2XVNA 3VD4A 3LPOA 2A3BA 4P7NA 1KWKA 1WKYA 3VIJA 3CHCA 1ZBVA 1NQ6A 4HA3A 1V6UA 4AD1A 3EDDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UYQ A;  4IUG A;  3KEH A;  5CPQ A;  2D3N A;  3CZK A;  3W27 A;  1BSI A;  2BFG A;  4AD4 A;  3CZJ A;  3CHE A;  4E8C A;  4BA0 A;  1BGG A;  2CKS A;  2B31 A;  4D6J A;  2BXZ A;  5A8N A;  1CLV A;  1ESW A;  1GOO A;  2V5D A;  5BWF A;  3FHQ A;  1GVI A;  2FH8 A;  2YL9 A;  5IDI A;  4EKJ A;  4HZ7 A;  3L4V A;  2VT0 A;  3PTM A;  3B9A A;  4W7U A;  1MXD A;  4QFU A;  1E1E A;  5D8W A;  3WSU A;  5FL0 A;  4JKK A;  2GDU A;  4OOZ A;  3F5L A;  4AWE A;  4CD7 A;  1J0K A;  3A4W A;  3UR7 A;  1ISY A;  1O7A A;  2CHN A;  1JG9 A;  1HVX A;  2EPL X;  1CEN A;  4F9J A;  1GZJ A;  4MTV A;  3CZG A;  2XVL A;  1HIZ A;  1CYG A;  4AIU A;  2VX6 A;  1CGW A;  3AOF A;  1V3L A;  3VIO A;  4YPJ A;  5BCA A;  1K9T A;  1UWU A;  3M7S A;  1UZ1 A;  5E6Z A;  2UY5 A;  3VVG A;  2VQU A;  4CVU A;  5I0D A;  3VGF A;  1RP9 A;  1WZM A;  1TE1 A;  2E40 A;  3MUA A;  4JHO A;  4MB5 A;  2VMF A;  4PMX A;  1V0N A;  2QPU A;  4NF7 A;  4P7R A;  5CGT A;  1E4M M;  4F9D A;  2CIT A;  3M6D A;  1LQ0 A;  5M17 A;  1EHA A;  4KRU A;  1M01 A;  4JFS A;  1VEO A;  2W61 A;  3VD9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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