3APGA

Crystal structure of hyperthermophilic beta-glucosidase from pyrococcus furiosus
Total Genus 184
50100150200250300350400450050100150
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
471
structure length
471
Chain Sequence
AKFPKNFMFGYSWSGFQFEMGLPGSEVESDWWVWVHDKENIASGLVSGDLPENGPAYWHLYKQDHDIAEKLGMDCIRGGIEWARIFPKPTFDVKVDVEKDEEGNIISVDVPESTIKELEKIANMEALEHYRKIYSDWKERGKTFILNLYHWPLPLWIHDPIAVRKLGPDRAPAGWLDEKTVVEFVKFAAFVAYHLDDLVDMWSTMNEPNVVYNQGYINLRSGFPPGYLSFEAAEKAKFNLIQAHIGAYDAIKEYSEKSVGVIYAFAWHDPLAEEYKDEVEEIRKKDYEFVTILHSKGKLDWIGVNYYSRLVYGAKDGHLVPLPGYGFMSERGGFAKSGRPASDFGWEMYPEGLENLLKYLNNAYELPMIITENGMADAADRYRPHYLVSHLKAVYNAMKEGADVRGYLHWSLTDNYEWAQGFRMRFGLVYVDFETKKRYLRPSALVFREIATQKEIPEELAHLADLKFVTR
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Pyrococcus furiosus
publication title Crystal structure of hyperthermophilic beta-glucosidase from pyrococcus furiosus
rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
total genus 184
structure length 471
sequence length 471
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3apgA00
3AZSA 2WCSA 1E5NA 4F8XA 3CUGA 2VX6A 1VFFA 3A4WA 3DECA 2WANA 2DT3A 4URIA 2E8ZA 3ECQA 4AC1X 1JAKA 3QHNA 4PTVA 2E9LA 3SUSA 3AHYA 1S46A 1UH4A 1W2VA 5A6AA 1H11A 4H41A 3WDRA 5GNZA 3APGA 1V08A 3PN8A 4ZXLA 1I75A 3WH8A 1R85A 1M01A 1FH9A 2X0HA 5E9AA 1JNEA 1UD2A 5DMYA 1KFWA 3NDZA 2FDMA 2ZWYA 4D1IA 4F9JA 2OYKA 3SCOA 3ZJ8A 2VMFA 3SUVA 4P7NA 1JG9A 2ZUWA 4E2OA 3BMWA 4M29A 1E72M 3RO8A 1ZS2A 4NZCA 4AIOA 5IFPA 3ARTA 4D6FA 1WCGA 3UR8A 1B90A 4CGTA 1UR1A 4Z2LA 3M07A 3VGGA 2VUYA 1GPFA 4OIFA 1CYGA 1ISWA 2W5FA 4DM1A 4X0VA 1QI0A 4Z2GA 2W92A 1LQ0A 1HKJA 1HJVA 3IANA 3T0AA 3POCA 1MW1A 5C8BB 1ODUA 4W8AA 1UD6A 3GYCA 1SR0A 1M03A 3L2MA 4CD7A 5IXEA 2FHFA 4PMVA 2J8GA 4MPKA 1E0XA 1JZ7A 3WNOA 4KMQA 3VD7A 2VRQA 3EBVA 3KZSA 5BXTA 3PZUA 5A6SA 2XJ7A 4IPLA 3NYDA 1Q6EA 1WZMA 1B3WA 4BA0A 1QBAA 3SCQA 3WNNA 2YLAA 1QI4A 1ISYA 2JEQA 1VJSA 3KWXA 3FAWA 3VIIA 2OWCA 1E4LA 2ZX8A 3EDKA 5IHRA 1E1FA 4V27A 3E1F1 1J0KA 3BSHA 1OT2A 5CPQA 5I78A 1XYFA 3OIHA 2CPUA 1OD0A 4D6HA 2OYMA 4D71A 3K8MA 3WY1A 1Q6FA 4JKLA 5HPCA 1QNQA 2D1ZA 2XIIA 2EBNA 4BQ4A 2J47A 3AXXA 1UWQA 3W81A 4HMDA 1W9UA 3QOKA 3PZTA 2AOSA 1G01A 1KR1A 1JZ3A 3FHAA 1AVAA 3T08A 3LPFA 1GONA 5A8MA 1B3ZA 4MNKA 2ZE0A 3QHMA 4JKMA 1BSIA 3BMVA 1ZJBA 2CBUA 2D3NA 4QFUA 2CBJA 4D72A 3CUHA 3T09A 1B3YA 1W2PA 4QLLA 2WSPA 4TTGA 5BCAA 2EPNA 2RGLA 4MTVA 2B31A 3FY1A 2YLLA 1MXGA 4J3SA 4PCSA 3NJ3A 5I79A 3ZQ9A 3THDA 5CG0A 4D6CA 1BG4A 1W9XA 3IJ8A 3U7VA 1GOQA 1KGXA 3VGBA 5HOSA 1B30A 1BG9A 4EKJA 1ZL1A 3L4YA 3OGRA 1E73M 1H0GA 2D20A 2GDUA 5DF0A 3B9DA 1JD9A 5JIWA 1W9BM 2EPOA 2YA0A 5HPOA 1CXIA 1ISXA 2J74A 3AMGA 2E9MA 3HMCA 1NP2A 4M82A 3WQVA 2X2YA 1WZAA 3SCWA 1M53A 1V6UA 1XH1A 1H41A 4HOXA 1IZKA 3BSGA 1EQCA 2WVTA 3GH7A 4BQ3A 3J7HA 1HP5A 3PHAA 1W3HA 1ZB5A 1A47A 5JBDA 2CHOA 3WNLA 2J7FA 3WQ5A 5TD4A 1ZBWA 1QI5A 2XM1A 1V3HA 1Y7VA 2XYLA 5BXRA 4H8UA 4DM2A 2UY4A 4ZXOA 2OSXA 5D8WA 3GNOA 2CHNA 3ZT5A 3RJYA 5GQBA 3UCQA 2V5DA 2Y4SA 4AZ7A 2EPMX 1V0LA 1XD1A 1EDTA 3CO4A 4HZ8A 1X6NA 2GJXB 4F66A 3AZRA 3OG2A 1V6YA 1K6AA 3AICA 2DDXA 1E15A 3W0KA 3AIUA 3W29A 2VOTA 3D5HA 4K68A 3MKKA 3VVGA 3WDIA 3QOMA 4CD6A 3NSMA 4CN6A 3ARUA 4EAMA 1WO2A 3FW6A 5ABFB 3CZGA 4D6GA 4P7LA 1J01A 1OGSA 1J0YA 1E4MM 3NSNA 1VFMA 5GPRA 1UR0A 4CN1A 1JGIA 2CNCA 2D22A 4J27A 2WLYA 4Q7NA 3AQUA 4UOJA 3VX1A 5DO8A 3AS0A 1CENA 1JDDA 2NW0A 4J3UA 5A8NA 1L0PA 1QI2A 1E6QM 1W3JA 1Q6CA 1JIBA 3LPGA 3OA5A 4PTMA 1KWKA 1CNVA 1UKOA 4PMZA 2WSKA 1LJYA 4PMRA 1GQJA 2MANA 4ACYA 3GNRA 4PUDA 1ZU8A 3SEPA 1CPUA 2XVKA 2GJRA 4W84A 3GH5A 3GXIA 3WELA 1EQPA 3M46A 5ABFA 1NARA 1UR2A 3VGDA 4GXPA 3WDPP 3TA9A 4ZENA 2WB5A 3PTQA 1TA3B 1GHSA 3KL0A 2VZOA 3FN9A 3RM4A 3WNKA 1BPLB 3II1A 1H1NA 1LF1A 5A6BD 2GUYA 2OSYA 3SCPA 3CZKA 1NWTA 2ZX6A 1HX0A 2J7HA 3WMSA 4WSKA 3N1AA 3WBEA 1KR0A 2IXVA 1UQYA 1WB0A 3ARRA 1YQ2A 1CGYA 3N15A 4UCFA 5FD0A 1CEOA 2EXOA 2JFEX 1F4HA 1HJWA 3PZVA 3SCUA 1C8XA 4KRTA 3MUIA 3WL1A 3PZQA 4W93A 3CHFA 2WC3A 1CBGA 2DSZA 2DQXA 3VIFA 4MB4A 2BNJA 3THCA 3EMQA 5EBAA 2OSWA 2WKGA 2ZWZA 3BCFA 5A8QA 4MAVA 3BH4A 3UG3A 2XFYA 2GVYA 3AJ7A 3BAYA 4Z2JA 1O6IA 4W8LA 1DHKA 4UQEA 4BQ5A 3M6DA 1PBGA 5I23A 3VU2A 1WDPA 4P8VA 4S3JA 3SCNA 1JNDA 1MFVA 4GIAA 2XVPA 4FLQA 3DC0A 3AS1A 1VIWA 2ZX9A 3WDHA 4W5UA 1F4AA 1NWUA 3ALGA 3IJ9A 4HOZA 4UQDA 4ATLA 2F8QA 6TAAA 4AY1A 4WIWA 3TTOA 4DUVA 3CZEA 4QDMA 4CD8A 3ARPA 5LA1A 3VX0A 4CCEA 3AS3A 4JL1A 3CLWA 2YL9A 5M3WA 3WMCA 3VM5A 1E4NA 1GOOA 1CWYA 3WF2A 1GW1A 2AAAA 3WENA 3UG5A 3POHA 3AHVA 5CPTA 4Z2IA 3ZJKA 1HVXA 2EPLX 1FA2A 2O9OA 4CU8A 4C7FA 5C71A 4LXFA 4A4AA 1ISZA 2WAGA 3L4VA 3NCOA 3KE0A 4ATDA 1H0IA 4PTXA 4UQ9A 1HL8A 2X0YA 1QNOA 2EJ1A 3OLIA 2BVDA 5E0CA 1QBBA 1PZ3A 2VCCA 2DT0A 1DWJM 2D23A 2ZUSA 1E0VA 2XUCA 1K9TA 2ZXDA 1VBRA 1KXHA 2D24A 2BFGA 2VR4A 1KXVA 4AZCB 5BYWA 1EH9A 1NWRA 2C8NA 2G3MA 4YHEA 1WKYA 3WD4A 1XYZA 4GI6A 4MB1A 5LYRA 2JF6A 4PN2A 2Z1KA 2VX4A 1EDGA 4P7QA 3TTQA 5ABGA 2XSBA 3K46A 1VEOA 3MV11 3AIBA 3ALFA 1PJ9A 1J10A 4WSJA 3W53A 1KQYA 4M56A 2W67A 4MNLA 4QLJA 2E40A 1HVQA 1CLVA 4HMEA 3IAPA 1YHTA 1C90A 4LX4A 2PWEA 2UY2A 3VIOA 3T0DA 2WM0A 3MMDA 3SIMA 4J3TA 1E43A 1V02E 2UY3A 5GNXA 4AZCA 1DTUA 4HU0A 2YKKA 4AD0A 2CESA 2QMJA 1MWOA 4GZJA 5JBFA 4XX6A 2VVSA 5GNYA 2W66A 1C92A 1WZKA 1XC6A 1BHGA 1QNSA 3GXMA 1XHGA 3K4DA 3KL5A 4FLRA 1MQPA 3NUKA 4HP5A 1ZBVA 3CIVA 1FH8A 2VZVA 1NOWA 3WUFA 2G8ZA 2XGBA 4WKHA 1J0IA 2CXGA 5FL1A 5A94A 1PEZA 2WCAA 2OWWA 2C7FA 4CU6A 2BXZA 5EFDA 3AIEA 2OWXA 2OLHA 3F5LA 4AMCA 1VFOA 1MXDA 3W26A 1QW9A 2YL6A 3CMGA 3BAJA 1WP6A 3VKKA 1D3CA 4M24A 1QNPA 2DSWA 1OBAA 1W1YA 5AY7A 1C93A 1PIFA 3TP4A 5EB8A 1EOKA 3CGTA 2EO7A 3MSGA 4YN5A 5HNNA 3UESA 1E6PA 3M7SA 4TVUA 1SFSA 2GSJA 4B3LA 4CCCA 3VDCA 1W91A 4LYPA 1N82A 3G6MA 3MUAA 1BQCA 3ARQA 2JE8A 1EHAA 3F5KA 1DWIM 2VZUA 3RM9A 4ZFMA 5E70A 2E9BA 1HJXA 1G0CA 3PZ9A 2QPUA 1E3XA 2W61A 5CJ5A 3B8SA 5A6MA 1UHVA 1CIUA 4BCEA 1ESWA 1UZ1A 4PUEA 3L4WA 2BV9A 3SCVA 5CQ1A 1OD8A 4MAZA 3ZMRA 1VB9A 5I3DA 4CUCA 3UR7A 4AYSA 8CGTA 2PF0A 1TG7A 2Y5EA 5D9PA 1PAMA 2XTKA 4AZBA 1JZ5A 3RM8A 1V03A 4J7RA 3PZNA 4RE4A 1UH3A 1IT0A 4UR9A 1HJSA 1W3KA 3L4TA 2GJPA 1JYXA 5BXPA 4IISA 2WW5A 4LQ1A 1GCYA 1E1EA 3VD3A 5A6BA 4UFLA 4TVCA 1CGUA 1WPCA 1GZJA 3SCRA 2PBGA 3MU7A 3WQ6A 1K9FA 4RL3A 1ZJAA 4AD4A 2D0HA 3WH6A 1UYQA 1C91A 1IZJA 2YL8A 1O7AA 2QLYA 1FP8A 2TAAA 3DYOA 1V6WA 1GQIA 1KCLA 1V6VA 1ZBCA 4LGXA 4JL2A 3UEQA 3F4VA 4GI8A 3MMWA 3VDAA 5I24A 5DEZA 2ZXQA 2V3FA 1VBUA 1HKIA 1NWSA 4U2YA 3WN6A 3AS2A 2WZHA 4CCDA 1R7OA 4D6JA 4W86A 1LWJA 2W4XA 2WC4A 3MUZ1 2AMGA 1JYWA 1QPKA 3AOFA 1X6LA 5FL0A 1KQZA 3QGVA 4P7OA 3N18A 1A3HA 4UOQA 4XZBA 5LA2A 1JDCA 1E40A 3AZTA 3ZR6A 1BLIA 5JIPA 4PMQA 1J11A 3T2QA 1CTNA 4MB3A 3L2LA 1OIFA 4IUGA 1QHPA 1J18A 5F7UA 4MNMA 3WF3A 3OGVA 1XGZA 3SCSA 4PMDA 2CEQA 3FNDA 4UFJA 4D6DA 3A4AA 1DWAM 2BY3A 3WH5A 1FH7A 3WF0A 1KXTA 2WXDM 1GVYA 1BTCA 3LPPA 1L8NA 1Z32X 2GDVA 3WBAA 2JIEA 4AD3A 1EDQA 3U5UA 4L4PA 1OGBA 4JHZA 1NP0A 4B3KA 2G3NA 4AZ6A 1WNOA 4AZIA 4MDOA 4CVUA 5IHSA 1JZ8A 1W32A 1JFXA 3IJ7A 1UKPA 1ITXA 1E4IA 5CPSA 1CXKA 5ECUA 3WDQA 2VC9A 4JCMA 1NQ6A 5AC5A 3CHCA 4PMYA 2QF8A 4HA1A 5JBEA 1ISVA 4NSBA 4CKQA 1VEPA 4PYSA 1AQMA 1UR9A 4HU8A 2YDRA 3MSDA 1E56A 1UD8A 1E5JA 1CXLA 4C7GA 4TOQA 5CXPA 3AIVA 1GORA 1D2KA 2VZSA 3IK2A 3PZGA 4XV0A 2ZUNA 1UA3A 5BRPA 3WSUA 1QOXA 1V3JA 3ZSSA 1V02A 3CZJA 4B9ZA 2FGZA 4FLOA 3BAXA 4JCLA 1TZ7A 3KEHA 4GKLA 5I0DA 2CIPA 1G1YA 1JFHA 1ZBKA 2DEPA 2J8FA 2J25A 1JF5A 3WUEA 4AIEA 3N17A 2DIJA 1E3ZA 4PSRA 1CGTA 2IUZA 3QR3A 5FCZA 4A3YA 3ARVA 4NRRA 1B3VA 4Y7EA 4B15A 1JD7A 2YBTA 4Z2KA 3N04A 4IM4A 1JDAA 2A3AA 2YOCA 4E8DA 3AXHA 2GJXA 4UFMA 2PC8A 2ZOXA 1EIBA 1B3XA 5FIPA 2V38A 4AXNA 4NI3A 4P8WA 1UH2A 4GZIA 3CTTA 3N13A 1EXPA 1B1YA 3CUFA 4J3WA 5M5DA 4CD5A 2XG9A 3K8LA 1QHZA 4P8UA 1B2YA 3B9AA 2PI6A 4W87A 3WEMA 1UR4A 3VD5A 4QLKA 1RPKA 1OSEA 3PTMA 1KGWA 2WYSA 3AYSA 3SCTA 4JFTA 4OJYA 4C7DA 2WKLA 1B31A 1DP0A 2J75A 4UTFA 4AW7A 5BRQA 4UQAA 1XSIA 2X1IA 4MJ2A 2WMIB 2CCRA 3MO4A 5CGTA 5CZKA 2WVVB 3VNYA 3CZLA 2D2OA 2X05A 4XB3A 1UD5A 2CYGA 1E9LA 4WJXA 2WMFA 1MW3A 4JFUA 1UWIA 4WF7A 3AMLA 2YL5A 1U30A 3AIRA 4UQBA 3VD9A 1PX4A 2YA1A 2Y24A 3AXIA 2V3GA 5M17A 3CHEA 4NRSA 3F5JA 3WL0A 3SURA 1OB0A 1TA3A 1R7AA 4W8BA 2G41A 3OZPA 3L4UA 3ARZA 1B9ZA 3HN3A 4W7WA 1QVBA 1DWFM 4ML4A 2XPKA 5AYIA 1QI3A 5E0FA 2VR5A 1TUXA 1U33A 5HDRA 2ZXAA 2WCGA 4EANA 1ITCA 1R86A 3OLEA 2XVNA 3BXWA 3WUBA 3A47A 5D8ZA 1KWGA 2VZTA 1BVZA 1DEDA 3U5YA 4JIEA 2E3ZA 1RP8A 4RE3A 4X0NA 4EE9A 2NSXA 4A3HA 4HOWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AZS A;  2WCS A;  1E5N A;  4F8X A;  3CUG A;  2VX6 A;  1VFF A;  3A4W A;  3DEC A;  2WAN A;  2DT3 A;  4URI A;  2E8Z A;  3ECQ A;  4AC1 X;  1JAK A;  3QHN A;  4PTV A;  2E9L A;  3SUS A;  3AHY A;  1S46 A;  1UH4 A;  1W2V A;  5A6A A;  1H11 A;  4H41 A;  3WDR A;  5GNZ A;  3APG A;  1V08 A;  3PN8 A;  4ZXL A;  1I75 A;  3WH8 A;  1R85 A;  1M01 A;  1FH9 A;  2X0H A;  5E9A A;  1JNE A;  1UD2 A;  5DMY A;  1KFW A;  3NDZ A;  2FDM A;  2ZWY A;  4D1I A;  4F9J A;  2OYK A;  3SCO A;  3ZJ8 A;  2VMF A;  3SUV A;  4P7N A;  1JG9 A;  2ZUW A;  4E2O A;  3BMW A;  4M29 A;  1E72 M;  3RO8 A;  1ZS2 A;  4NZC A;  4AIO A;  5IFP A;  3ART A;  4D6F A;  1WCG A;  3UR8 A;  1B90 A;  4CGT A;  1UR1 A;  4Z2L A;  3M07 A;  3VGG A;  2VUY A;  1GPF A;  4OIF A;  1CYG A;  1ISW A;  2W5F A;  4DM1 A;  4X0V A;  1QI0 A;  4Z2G A;  2W92 A;  1LQ0 A;  1HKJ A;  1HJV A;  3IAN A;  3T0A A;  3POC A;  1MW1 A;  5C8B B;  1ODU A;  4W8A A;  1UD6 A;  3GYC A;  1SR0 A;  1M03 A;  3L2M A;  4CD7 A;  5IXE A;  2FHF A;  4PMV A;  2J8G A;  4MPK A;  1E0X A;  1JZ7 A;  3WNO A;  4KMQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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