3B04 | Genus

Total Genus 133

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	133
sequence length	362
structure length	362
Chain Sequence	NRKVEHVEIAAFENVDGLSSSTFLNDVILVHQGFPGISFSEINTKTKFFRKEISVPVMVTGMTGGRNELGRINKIIAEVAEKFGIPMGVGSQRVAIEKAEARESFAIVRKVAPTIPIIANLGMPQLVKGYGLKEFQDAIQMIEADAIAVHLNPAQEVFQPEGEPEYQIYALEKLRDISKELSVPIIVKESGNGISMETAKLLYSYGIKNFDTSGQGGTNWIAIEMIRDIRRGNWKAESAKNFLDWGVPTAASIMEVRYSVPDSFLVGSGGIRSGLDAAKAIALGADIAGMALPVLKSAIEGKESLEQFFRKIIFELKAAMMLTGSKDVDALKKTSIVILGKLKEWAEYRGINLSIYEKVRKR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Covalent modification of reduced flavin mononucleotide in type-2 isopentenyl diphosphate isomerase by active-site-directed inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
molecule tags	Isomerase
source organism	Sulfolobus shibatae
total genus	133
structure length	362
sequence length	362
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date	2011-06-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01070	FMN_dh	FMN-dependent dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3b04A00

2QUTA 3KVMA 5EL1A 3DI1A 4MY8A 4O17A 2CZDA 1S5VA 1W5QA 4UFIA 2GJNA 3MP4A 3DAQA 2XN0A 3UZJA 4UIOA 1JCLA 3G8EA 1NAL1 3VI2A 4UTKA 3L5LA 1S5TA 1VCFA 4A3UA 4FEZA 5KINA 3LHVA 5CPLA 1OABA 4JTEA 4NT0A 1IXQA 5D02A 2A6LA 1W56A 3S5ZA 2E5BA 4K8HA 3CM4A 3EWXA 3TSMA 1W0MA 3S1VA 3R13A 2CFFA 1N8FA 4NJIA 1UCWA 1KFLA 4OV9A 5LKYA 2QCDA 1WAUA 2Q8LA 2O7QA 4UTWA 2Y70A 5HR7A 3FKKA 2WO5A 1JQXA 1R47A 1VZWA 2CLEA 4U4MA 2VFGA 1YYAA 4ALDA 1U83A 2QDGA 1QPRA 3EWBX 3LCFA 3TV8A 1TTQA 1F6PA 1H60A 1RPXA 4UMCA 3UWUA 2QUVA 1YLVA 3PUDA 4QIUA 3B05A 3P82A 4TR9A 1KFCA 1YPIA 4ZQMA 3ZS4A 5C6MA 4LU0A 2DZWA 1TV7A 3CLMA 3O6YX 5F4WA 1WOAA 3QFEA 1PS9A 3NZ1A 5AHIA 1SO4A 4DQWA 2C14A 2GQ8A 1OFPA 3W1PA 1FUYA 1VYSX 3GVGA 2G96A 3M6YA 3P67A 1GVSA 4PFMA 2J9YA 3H53A 1KA9F 3W7QA 1OYAA 4NZFA 2Q8ZA 4K8EA 2P10A 4GWEA 1I2RA 1SW3A 5AHMA 1R2SA 3TX9A 3UWWA 4NQ1A 3ABRA 2PE4A 1TPUA 3M0ZA 4WJEA 4M19A 2Y6ZA 4HPJA 4S2BA 1BWLA 5BNKA 5K2ZA 4CQ9A 1UUOA 4HKPA 2C3ZA 1JUKA 3C2EA 4JGDA 2J88A 4WXZA 5DLCA 3W1LA 4PCFA 5KZMA 3DFOA 4N4QA 3SFKA 4IQLA 1TQJA 1TV8A 2VEMA 5KITA 3NNTA 4LVDA 4TX9A 2QDHA 1KM6A 4FNTA 4QISA 2FFCA 1O5KA 3T40A 3LTSA 2FJKA 1GYLA 4S1FA 3I7SA 4JTSA 4BI7A 1XC4A 3IRDA 4Y8FA 1GG1A 3NL5A 4GUFA 1AW2A 1M5WA 3DHFA 1SSDA 1XKYA 2WNZA 2ZZ5A 2NX1A 1Q6QA 4K6AA 1VH7A 3ZR4A 4AB4A 3STEA 3KVJA 4DPPA 2ZDRA 3SZ8A 3O6DA 3UWVA 1IF2A 4BWLC 1G4PA 3TW6A 3B8DA 4DF1A 3OEXA 5D38A 4UTMA 1GJPA 2QR6A 3W1MA 2JGQA 2ZA3A 3LV5A 5DN1A 2HS6A 3QW4B 3ZWSA 6ALDA 3LV6A 3MJYA 3HB9A 1SZGA 2PCQA 1XDMA 5SWUA 4MZ8A 4QITA 5KZDA 2YXGA 2YW4A 3MYOA 5CGQA 4N6FA 3NQMA 2ZBTA 2A2IA 4MFDA 1DL3A 1FXPA 3G18A 3IIZA 5FI8A 3DENA 4MY9A 1P5BA 4UCGA 3D0CA 3RLUA 1LOQA 4JTKA 3WJZA 1UUMA 1NFBA 2ZCGA 3V75A 3VFLA 3VKJA 3W1XA 2VELA 4Z1CA 1E51A 2E6DA 4I7UA 3SECA 1LRNA 3C2VA 2NUWA 1O4UA 3W7RA 1TPWA 5AN7A 3S8HA 1XFBA 3DFPA 4MJMA 4N4PA 1MZHA 5FF4A 3DFTA 2Y7GA 5LGXA 3M44A 2WSRA 1I8JA 1LLZA 4WY0A 3DBPA 1WBHA 2Q3OA 4JTIA 5IM51 3M1ZA 3NPWA 4UNLA 4AVFA 2BX7A 1W5OA 3GXNA 3VE7A 3ABSA 1F2JA 5LGZA 2VFFA 3QJAA 3BW4A 3MW7A 5FEWA 4X22A 3JS3A 1FCQA 2V9DA 3FYPA 2BZNA 3PBUA 3FOKA 5F1UA 1VHNA 3P7YA 2FPVA 1K03A 4PTNA 3LXAA 3W1AA 4JTJA 4JX4A 2Y89A 3VE9A 1OVDA 5HR6A 4MLJA 5GVJA 2Z2UA 4LRSA 4LWWA 2YYTA 1EUNA 3DGRA 5DXYA 1TPVA 4DEFA 2NLIA 1IXOA 5C54A 1A53A 4JTHA 5K7JA 1W5NA 4DF0A 5LZLA 2Z0IA 3GB6A 3GK0A 3LCGA 3O1NA 5AC7A 3UZ5A 3TSDA 3LM7A 2TRSA 4FNPA 1TSIA 3LXBA 5BMXA 3HBLA 2QAPA 2CLLA 3BLIA 1T96A 4O14A 3STGA 4MZYA 1W3NA 3S5NA 1LRTA 1DVJA 3DFNA 3M16A 3N9SA 4XQ6A 2VFEA 4QAIA 3HGSA 4HN4A 1H7PA 2V2HA 4UXDA 4BFAA 4FNUA 3THQA 3QMSA 3C4UA 4LS0A 1M7OA 2VFDA 5CSRA 3HG5A 2XN2A 2H3BA 5D2XA 3S9YA 1TPH1 4KFOA 3TQVA 1FBAA 1VCGA 2RHGA 1GVOA 3TE9A 4AHOA 3W7DA 1XUZA 5J5RA 3MO7A 1TIMA 3C6CA 1ME7A 3LLFA 4P61A 4EIVA 3DFSA 1W31A 3OG3A 1UASA 2CWNA 3PBWA 5K4ZA 4QNWA 3W71A 1CW2A 4XTDA 1FCBA 3CWOX 1QPQA 2ZRUA 3PC0A 3DH7A 2O7SA 5D32A 3SI9A 1J4EA 3L67A 4GBUA 2ZA2A 5DBUA 2YZRA 2C0AA 1I2QA 3RU6A 4RZ5A 3TH6A 1FDYA 1P1XA 4OQVA 3G0XA 4AMAA 3E9AA 1LDCA 1LTDA 4PODA 2Y63A 1BEUA 3M5YA 1UBSA 2WSQA 1JRBA 1D3HA 4JYFA 1DORA 2DJLA 4OBTA 2DZTA 3ZFHA 7TIMA 2VXNA 2F84A 1GEQA 1Z41A 4JTGA 2ATSA 3P61A 1H7XA 3LCLA 1L6SA 5LHEA 1P4CA 4MY1A 4O13A 4OGZA 6TIMA 2DU2A 4KKXA 4UFJA 4BF9A 1I4NA 1LBLA 5DCBA 4KFNA 4E38A 2V30A 3GZ3A 1T99A 3GDRA 1KTCA 3C56A 1JCMP 3HQ1A 3GDLA 1X1ZA 4EF9A 3G0SA 1PCWA 3W23A 1F6KA 4ADSA 1LOSA 4C1LA 1ME9A 3LHZA 4NJJA 3OVQA 2E6AA 4M6PA 1TV5A 1L2UA 2DZVA 1KTBA 5I3GA 1MEWA 1RZMA 1VGAA 3GR7A 3KRUA 1ZENA 3USBA 1XBZA 1IIGA 3IIVA 3P5ZA 4LOCA 2C15A 3IVUA 3N2MA 3W7IA 3S0CA 2NXGA 3NOEA 1OHLA 4PL1A 3GKAA 3SIZA 3B0PA 4K39A 4N6EA 4I7WA 4NJHA 3S5OA 2V8ZA 1A5SA 4UNKA 1JCJA 4RK8A 4O52A 3W73A 3LI1A 5AHFA 3PB2A 5CZ0A 5G1TA 4FF7A 4WQ6A 3ANYA 3H55A 3E02A 3KOFA 1OG0A 3EKZA 1EP1A 1G4SA 3BV4A 1R30A 4IMGA 2QCGA 4NJKA 3STFA 1Q6RA 4CQAA 2V2CA 4GUGA 1BWKA 1DQWA 1K8ZA 1YDOA 3KVKA 1G67A 4LV4A 4HSOA 2DORA 4LTSA 1W5PA 5EY5A 1IXPA 1IIHA 2FDSA 4CNNA 5IBXC 4FIQA 4DBDA 2C1HA 2B4GA 2LLEA 1H50A 3SY5A 1LROA 3W76A 5D2WA 3LRLA 1OFOA 5LSMA 4XKYB 3B4UA 1EP3A 3GXPA 3HGJA 2JKEA 2YGYA 3BGJA 3HGRA 3NXFA 4O15A 1FCVA 5FEZA 4IOTA 4RX0A 5D30A 5AFDA 1YADA 1H62A 2VEIA 2GJLA 3VCRA 3P80A 4XZ9A 3QEZA 1Q6LA 4O19A 3M47A 3U2OA 2GVLA 3LI0A 1ZJIA 3C2FA 3KX6A 1LOLA 3C3NA 3NPUA 3V1PA 2ATMA 5CZTA 3LTYA 1LZOA 1XBVA 2IQTA 1NF0A 2ISVA 3O6CA 1I2PA 1TREA 1H7NA 1W5MA 1I45A 3GNDA 4UTHA 3EWUA 2C19A 3L0NA 1PL9A 4X3ZA 3MP5A 2G5WA 2ZZ2A 3Q58A 2DJXA 5DCDA 1VJIA 4O50A 4FXRA 4X2RA 1YTKA 3MWAA 3UD6A 1A5BA 3A21A 3N73A 3W72A 3L2IA 4ONVA 1XBYA 1PV8A 2R94A 2GPTA 3NGJA 3W83A 4K37A 1MEIA 1Q45A 3NM3A 3CB8A 4FO4A 4ZQOA 2C6QA 2JBMA 3I65A 8TIMA 4FB7A 3LOTA 3IGUA 4GE8A 1H63A 2GQAA 3TIMA 4BK9A 1M6JA 1OYBA 1C8VA 1XBXA 3PG9A 5CZJA 4IWWA 3UY8A 5HQEA 2F7FA 3UPBA 5EYWA 2Q3RA 3EXSA 4XKYA 3A23A 4FXSA 5TIMA 1QMLA 4QNEA 5K9CA 4HPXA 3IGSA 3W1TA 4PEKA 3BG3A 3KHJA 1DJQA 1H1ZA 3HG2A 3NQDA 2XFWA 3L5MA 4A21A 3PG8A 3LGEA 2A1YA 2J27A 3LLDA 5D2YA 2BLEA 3C2OA 4NZJA 1RD5A 3RMJA 1SFJA 3W2KA 4H6KA 2NX9A 5D37A 3WJWA 4I9AA 3GXTA 4J9JA 3TJLA 4JTLA 1WX0A 1GG0A 3M5ZA 5HUOA 1MSSA 1IGSA 3QRHA 5G2WA 3SR7A 1TTIA 1AK5A 1KLZA 3O16A 4EVZA 3G22A 1JUEA 3P8IA 4HNTA 4M5PA 4UTUA 1OX6A 5G4WA 2OT0A 3EX4A 3ATYA 1TYGA 2FLIA 2D73A 1W8SA 4QM1A 1EIXA 4IXHA 4M7TA 3S42A 1PIIA 3DFQA 1FQ0A 2C16A 2Y7FA 3NAVA 2H3DA 2E68A 1FXQA 4FNSA 1O95A 3BVJA 4Z0JA 3C61A 4W9TA 1SO6A 5EA9A 1CI1A 2JK2A 1RQBA 4XBKA 1PCKA 3NG3A 1QWGA 1XDLA 1FWRA 3C8FA 1KLYA 1XXXA 5HWMA 1GVFA 1J2WA 2E09A 2QJIA 2VFHA 1YDNA 2CLOA 3HJZA 4QSHA 1ZNNA 4N9EA 1VLWA 2QCNA 1O5XA 2RDWA 3NM1A 3P74A 2RH9A 1R2RA 4NX5A 3G1HA 2HSAA 1VCVA 4RZ4A 3ATZA 2ZRVA 3G1FA 4IGHA 3MMTA 1S5WA 1LORA 2DZPA 3LDVA 5AYXA 4UTTC 1OX5A 2JKPA 2E5DA 3SSJA 2R91A 1ZAHA 5A8GA 1ICPA 4ZQRA 3NPVA 3PUEA 5AHLA 3TROA 3QC3A 3R89A 3NQEA 3C0JA 1H7WA 4UR7A 2CZEA 3W70A 5EPDA 3NR0A 2FTPA 1IXNA 3G1SA 1F74A 4GJ1A 3N2XA 4MKNA 1FWWA 1WV2A 4IX0A 5TQLA 4E0CA 1NF7A 4UMAA 2FQIA 3GDMA 3LTPA 3BARA 4Z1DA 3SGUA 1H5YA 1QO2A 4LC8A 3PB0A 2RDUA 3PM6A 3W2JA 4GXMA 4K36A 3A9IA 1QCWA 4H3DA 1TMHA 4JYDA 3W7KA 3T44A 5FF2A 5U4NA 1QNVA 3S1UA 4ADTA 4O53A 4ICNA 5DY2A 4CCEA 5CPMA 1WA3A 4YMZA 1DV7A 1T8XA 3QPZA 3W07A 1K7EA 2W0UA 3RNDA 5H2ZA 2FPYA 4JX5A 3G1XA 3UWQA 2ZZ3A 2FB2A 2C13A 2ZTJA 1K3UA 1PE1A 4YLWA 3GLCA 3O8AA 4Z1BA 4AEOA 1UJPA 4YXGA 5HUPA 1KTNA 2V82A 2ZYFA 4JY9A 4EOUA 3YPIA 3ABOA 1THFD 1B4EA 1G6CA 5D04C 5DELA 2V5LA 1QOQA 1FY6A 3QYQA 4WOQA 1TO3A 3WJXA 3LX9A 3QW3A 3MI2A 3TA6A 2X1UA 1Q3NA 4R34A 1AL7A 2ZFAA 4LS2A 4LT9A 4HNVA 4MYXA 3TQKA 1V5XA 3CPRA 5EBUA 1SW7A 2ZZ7A 3NQVA 4RCXA 4BI6A 1HFBA 1FCUA 1ZAJA 1BTMA 1YXYA 2YCEA 2ZRWA 4C1KA 1OFDA 4KWWA 3N19B 3HG4A 3W7OA 5E0KA 3A5FA 4JDYA 3TC7A 3BGGA 1TJPA 5LNVA 5FESA 5K9DA 3NL2A 2H6RA 3CWNA 5A5WA 5HMSA 3BLFA 2B0MA 1HO4A 4OHQA 3B0UX 4OU1A 3EX2A 3VNDA 2AGKA 3PF3A 3OVPA 3L68A 5E93A 3FJLA 3PBVA 3R5EA 4O0KA 4UFMA 4L4MA 1P0KA 4FX7A 5CSSA 2VKZG 3BW2A 3TAKA 3M41A 2PC4A 4ORIA 1SZEA 3NL3A 2E77A 3LCWA 1S3HA 1H51A 2J9XA 4R7JA 5H91A 4Q32A 4AHQA 2Y61A 5D2VA 1K7XA 1OK4A 3IIPA 4AXKA 4BWLA 1RQHA 1G7UA 3CT7A 3U6WA 3HOJA 5BW6A 1GZGA 1TPFA 3F03K 1D9EA 3G3DA 3UYCA 2QF7A 2OJPA 3G1AA 2Y85A 2QCHA 5ABTA 3GAYA 2I14A 1KBJA 3UPWA 2NUXA 3HPZA 4O11A 3EXRA 1KM3A 3QM3A 3GDKA 4L4LA 4TIMA 4UMBA 2A5HA 4DPQA 2WQPA 4O54A 5K4XA 3T78A 3G3MA 1TRDA 1VQTA 1OJXA 1XI3A 4ZZ9A 1WBJA 3NVTA 3NL6A 2ZRYA 1ME8A 2NV2A 3NQAA 3EEGA 1PVNA 4RKAA 1Z44A 1VRDA 2EF9A 3IIXA 1QO5A 3R2GA 3QF0A 2CLIA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3B04A

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