3B05A

Crystal structure of sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate isomerase in complex with reduced fmn and ipp at 2.2a resolution.
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
DIVNRKVEHVEIAAFENVDGLSSSTFLNDVILVHQGFPGISFSEINTKTKFFRKEISVPVMVTGMTGGRNELGRINKIIAEVAEKFGIPMGVGSQRVAIEKAEARESFAIVRKVAPTIPIIANLGMPQLVKGYGLKEFQDAIQMIEADAIAVHLNPAQEVFQPEGEPEYQIYALEKLRDISKELSVPIIVKESGNGISMETAKLLYSYGIKNFDTSGQGGTNWIAIEMIRDIRRGNWKAESAKNFLDWGVPTAASIMEVRYSVPDSFLVGSGGIRSGLDAAKAIALGADIAGMALPVLKSAIEGKESLEQFFRKIIFELKAAMMLTGSKDVDALKKTSIVILGKLKEWAEYRGINLSIYEKVRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Covalent modification of reduced flavin mononucleotide in type-2 isopentenyl diphosphate isomerase by active-site-directed inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Sulfolobus shibatae
total genus 144
structure length 364
sequence length 364
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b05A00
1R2SA 2WNQA 4G1KA 3KRZA 3W71A 1CX9A 3HB9A 4LS1A 3SR7A 4Y6GA 2ATMA 1W54A 4O0KA 2X1UA 5D03A 3TW6A 1SZGA 2X1TA 3R12A 1JRCA 2C13A 3B03A 3TV8A 2P1FA 2YW4A 5K9XA 5HULA 2ISSA 4NJKA 1RQEA 3JRKA 2ZA1A 3HPSA 1CI1A 3BK0A 4BI7A 4JGDA 3LCFA 1TRIA 1YPIA 3F4WA 3G1YA 4TIMA 3W87A 2YGYA 4HNUA 4UFHA 5CGQA 2VELA 3W2MA 4HIBA 3C2RA 2CLEA 1KV5A 2A7RA 3LRKA 5T26A 1GOXA 1PV8A 1UBSA 2QKFA 5BW6A 2A7NA 3U6WA 4WY0F 3W7KA 3PSWA 1Z48A 2RFGA 4DO5A 4N6FA 4LVDA 1G6CA 3GZ3A 1K7FA 3UPBA 4QISA 5HWMA 4QNEA 3NQ8A 4Y96A 3T78A 3HMJG 5HUOA 3GXNA 3W7JA 3G18A 1MSSA 2VENA 1JULA 4GUFA 3USBA 5D02A 3M1ZA 3G3DA 2Q3OA 4L4MA 2AAMA 3LBMA 1GTEA 3PBWA 3QFEA 3CIWA 1SZEA 1JCMP 5BMWA 6ALDA 4NX0A 2FIQA 3PSVA 4NJHA 3L0GA 5G2WA 1GT8A 2V30A 5EMUA 1OK4A 2TMDA 2E5BA 3G0UA 2WQPA 3HG3A 2FTPA 2DU2A 1XL9A 2XN2A 5K2ZA 4Z0SA 3QMTA 1JQXA 5DY3A 3EX6A 1H1ZA 3DFTA 4TR9A 4HN4A 2WNNA 1SSGA 1A50A 1G4SA 4GJ1A 4PODA 1IXQA 1TJRA 2V81A 4ZMGA 2ZZ1A 1LRNA 2Z6IA 3CQ0A 4FNTA 3GDRA 4XQ6A 4LRTA 1X1ZA 3P5ZA 3CTLA 3K30A 1R46A 4EVZA 1TPEA 1A5SA 1OJXA 3HOJA 3TK7A 1F5ZA 5CPNA 2H6RA 1OFOA 2A85A 4MJMA 4WZHA 4O1BA 3MI6A 1QO2A 3IVTA 4RXGA 3S1XA 2Y61A 5TIMA 1F05A 1XBYA 4MFDA 5CKSA 5LZLA 3G24A 4BI6A 4JXCA 4QITA 1PHQA 1EP3A 4JY9A 3W70A 4N9BA 3GYEA 3HGSA 5KINA 1H1YA 3FKRA 4Q33A 3SECA 4A21A 1HFBA 4WQ6A 5D05A 4K8EA 4HNNA 3DKJA 4IQLA 3G8RA 4NUWA 1LOQA 2RH9A 2VXNA 4O52A 1SFLA 5D2XA 1S5WA 4ZZ9A 3W1AA 4UFLA 3P7YA 5C54A 1C9DA 2A6LA 3TKFA 1JCJA 3R5EA 3I7SA 5DCBA 3SIZA 4O14A 1GG1A 1XUZA 1H7OA 3NM3A 4AAJA 1E51A 2ISWA 3LXCA 5AFDA 1Z42A 3T4CA 2E1DA 1LM1A 2NZLA 3P82A 3S5NA 3FYPA 2O7SA 2C6QA 5LGXA 2X1RA 3L0NA 2YZRA 2BZNA 4N4PA 3CEPA 4D2JA 3NM1A 2GOUA 4UTLA 2CZ5A 3KRUA 4JTFA 1JR1A 5CSSA 3HGOA 1WDWA 1DVJA 1O60A 3UWZA 3U8GA 2QUTA 1LRTA 3HO8A 3TNOA 3W85A 1VR6A 1DORA 3AO0A 3QW3A 3W74A 4AF0B 3PBVA 4MY1A 5KZMA 5HUPA 1VYSX 4FX6M 3C2FA 1FCBA 3N73A 1FUYA 3G8EA 4IJBA 4IMEA 2W79A 3QEZA 3B06A 1EPXA 4JIPA 5SWUA 1LZOA 3LHZA 4YCPA 5G1TA 1NSJA 1EWDA 2J9YA 3TA6A 4FF7A 1W3NA 1XKYA 3KVMA 3QM3A 3TQVA 1GTHA 3A5VA 1UJPA 1H7WA 4LNYA 4ZQPA 1TIMA 4U4MA 4YCOA 2C1HA 1LYXA 1KM4A 4NU7A 3M43A 3UXAA 2V5BA 3IIOA 3IV3A 1XC4A 3FYOA 2J24A 3QW4B 3W1TA 3QRHA 4GUGA 1PCKA 2V5LA 3BLEA 4FNRA 4LVGA 3G1HA 4JICA 1TPWA 1OYBA 2NUWA 5K3VA 2CZDA 4CLMA 4O4VA 3ELFA 2BLEA 1W37A 1BWKA 3PVFA 1YXDA 2CWNA 3G1SA 3THAA 3MP3A 3W1NA 2B7PA 4O13A 2D73A 4RJEA 1HUVA 3NEVA 1IGSA 1KM2A 1SW0A 4IPIA 4UIOA 4DPQA 1LBLA 2NXIA 3EWWA 1FX6A 3C8FA 4XBKA 4RX0A 3G22A 5AHIA 4IX2A 3IRDA 4OGZA 1SFJA 3W7RA 2RDUA 2BX7A 3NQ7A 3B05A 1R47A 3W7DA 4MZ8A 4DF1A 3W76A 3M6YA 1FCUA 4K7YA 3EB2A 4JYDA 3ZS4A 4AVFA 3UWUA 2RHGA 3BGJA 2QR6A 1PL9A 1KW1A 4O16A 1G7VA 4AXKA 5FF4A 1T8XA 3G0SA 3PULA 1LRQA 4JDBA 3WJZA 2A1YA 2TRSA 3DU0A 1RZMA 3UYCA 3GNNA 1KA9F 2QCGA 2OT0A 4K37A 1SZFA 2FFCA 2ZDRA 4FEZA 3C2EA 4HHPA 3N2XA 2HS8A 2ZQ0A 5G5IA 1B4KA 4Q4KA 3S5ZA 2Y6ZA 3HG4A 4TMCA 3DFSA 4IMCA 4PCFA 3TFXA 2Z6JA 4GUIA 3NNTA 1K7XA 1IF2A 3V1PA 4M6PA 1R2RA 5D32A 3NL2A 1OVDA 3L65A 2EHHA 3LLFA 1IIGA 1OFQA 1FDZA 1LTDA 1VQTA 1XDLA 3C3NA 4E2BA 5GVJA 2EF9A 1TTPA 3LTSA 2GPTA 1I4NA 4R33A 3WK2A 1UB3A 3CM4A 1H50A 3KVLA 1AK5A 2E6DA 2YW3A 5EA9A 1S5VA 1ICQA 4WY0A 2V9DA 3W7MA 2X16A 4JTUA 4KWVA 2ZA3A 1FY6A 3DFNA 3IIZA 4UMBA 3R13A 2OJPA 1FDYA 2A0NA 4QNWA 1W56A 1ZAIA 5AYXA 3C52A 1SUXA 2RDWA 3L2IA 4I7WA 4JTEA 1SO3A 5J5DA 1AW2A 2Y7GA 4RK8A 1XBZA 3QSTA 1JUKA 5I3JA 2Y89A 5FF2A 4NX5A 4UTHA 5AOUA 1KFKA 4GUHA 5I3GA 4NZFA 3VKJA 4Z08A 3L0KA 1CW2A 3QQ1A 5CZSA 4FO4A 4JS3A 3GR8A 4TX9A 5AHNA 2ATSA 3DXIA 1YDVA 3TQKA 2VFGA 2PRMA 3PM6A 1BTMA 3W7HA 3M7WA 1GJPA 4C1LA 4ZQCA 5F2IA 2F7FA 1ME9A 3ATYA 2ISVA 4XKYA 5AC8A 1Q6LA 5LSMA 2W0UA 3STGA 5K9DA 1SQ7A 4CCDA 1VJIA 3PBUA 1LLWA 3PF3A 3W7LA 3MHUA 2JGYA 4K7VA 2PRHA 3CPRA 1TPH1 1T99A 3OBKA 4NZJA 1G7UA 1TPB1 2NWRA 3L21A 5AHEA 2E5CA 4I7UA 1ZENA 3NXFA 3UQNA 5D2YA 3O16A 2DORA 4WD0A 3JS3A 2B0MA 1H7PA 4RZ4A 2VEIA 4LT9A 4DO6A 3TUUA 3IIXA 3LCIA 3EKLA 5DN1A 4UC5A 3W1XA 3EX1A 1R2TA 4XWUA 4Y90A 1LBMA 3P74A 3DFOA 3GR7A 4IOTA 4NJIA 3O8AA 1VGAA 1K02A 3G0XA 1QO5A 3W1LA 3FEMA 4O8RA 4X2RA 2QAFA 2WKJA 1L2UA 4HNVA 1RV8A 1JUBA 1WV2A 3RNDA 3SSJA 3MYOA 4JY8A 3DBPA 5AN7A 1QCWA 1SPQA 5BMXA 1PHWA 1WQ5A 3TR2A 5BRBA 4S2BA 2WSQA 4ADTA 3W3OA 3W83A 4CCEA 3W7EA 4ORIA 1VCGA 3O6CA 1YDOA 3FFSA 4LVAA 3TH6A 3SGUA 2P0OA 2QCHA 3GX9A 1XI3A 5K4XA 3NPXA 3N14A 2BWGA 3WJXA 3W9ZA 4HPXA 4AB4A 1W5NA 1R30A 2NX1A 4N9EA 1RQHA 1LOSA 1MO0A 3JR2A 5FEZA 1X8FA 1H7XA 3ABQA 4IGHA 3PC0A 1DBTA 4DEFA 3F4NA 4OE7A 3GLCA 1QAPA 4N2YA 3NO5A 2GVGA 3W2JA 5DXXA 1GWJA 4CNPA 2X30A 5AC7A 1YLVA 3WJSA 1SO5A 5KSWA 3SGZA 4UTWC 5DELA 4OQVA 2VFFA 3OIXA 1D9EA 3W2LA 1C29A 1HO1A 4S1FA 4DF2A 4PTNA 3PG8A 3CU2A 2PE4A 1LBFA 1QPQA 1SZNA 3LBCA 4O57A 1YYAA 2CLKA 3UY8A 2A4AA 3E12A 3FKKA 1TSIA 2G96A 1T0OA 2JKPA 4IUOA 4B5NA 3TMQA 4P2VA 1GYLA 4NVTA 5LKYA 4OHQA 3KOFA 2B4GA 1DQWA 1MZHA 5DBUA 1V5XA 1H7RA 2VEMA 4ZQMA 5C2XA 2YCEA 5LGZA 1JUEA 4O28A 4DBDA 2Y63A 3MMTA 1MEWA 4MYAA 3D0CA 5K9CA 5HINA 3L67A 3M41A 2ZRZA 3O05A 2Q3RA 4GXMA 2ZZ7A 3LDVA 3TC7A 3T40A 3L5LA 1ZNNA 3OA3A 1EX5A 5H91A 1SSDA 3I7QA 4O4WA 1DJQA 3LXAA 2QCDB 1W8SA 1UASA 4JTKA 1JJKA 3NYZA 4O53A 2EGZA 1B57A 2QAPA 3THQA 3NQVA 1QNVA 1GVSA 1ZY9A 3NQCA 4BFAA 4EF9A 3W75A 2WO5A 3I7RA 5HNRA 4A2SA 2ZRWA 2QCLA 3IGSA 3SFKA 4FHAA 1TQJA 3C56A 3TW7A 1ADOA 1OK6A 3NQDA 5C5YA 3KVJA 4FNQA 3E0IA 1ME8A 4OBTA 3GXPA 4WOZA 5CPLA 4PL2A 4CCCA 3HGRA 1ZFJA 1UCWA 2OT1A 3LOTA 3BG3A 1SU5A 3EX2A 1TPFA 6TIMA 1TQXA 3LX9A 3O15A 3W73A 1VHNA 3GDTA 3LLDA 5IBXA 4FNSA 4HKPA 1JCYA 5HMSA 3MP5A 1NF7A 4ONVA 1TO3A 2A2IA 4JR5A 4MPQA 4RXFA 4WOQA 2PCQA 1ZCOA 3R89A 3CB8A 4QQ3A 5EL1A 1O5KA 5LNSA 2A21A 2VFIA 3MO7A 5CZJA 1IXPA 3KRSA 5L6UA 3TC6A 3NQFA 1G4PA 5AHFA 4TU1A 3TJXA 5TBOA 4EOUA 1V7YA 3M5VA 3VE9A 1KV8A 1YTDA 3LGEA 1WA3A 3LXBA 1QPOA 4UR7A 1A5AA 4UMAA 3W22A 1RVGA 3LHWA 3N2MA 3DFPA 2CU0A 5LNRA 2Z2UA 3ABOA 5FF0A 4Y9AA 4IXHA 1FBAA 2YSWA 3I68A 3M47A 4JTTA 3TXVA 1TYGA 1W31A 2ZRUA 2XN1A 2E6YA 4RR4A 3W23A 1IXOA 3NZRA 3NQ6A 3GAYA 2VC6A 2B7QA 3W7QA 4J9JA 3QPYA 3S1VA 2CLOA 3B0VC 3KFTA 5LNUA 4XBSA 4O12A 3SI9A 1TTIA 4DPPA 1EA0A 5EKYA 3VNDA 3TAOA 3NG3A 5DY2A 3PB2A 1VCVA 1PS9A 1OX5A 1KBIA 4UTMA 5D09A 4IMFA 4OWGA 3RFAA 1H51A 1TTJA 4BF9A 1XXXA 3NQ2A 4CQ9A 4LC8A 3M5XA 4N02A 3NZ1A 2JBMA 1JCNA 4YXGA 4MVAA 4O17A 2VFEA 4JTLA 3H53A 2CLHA 3DI1A 1FXPA 2QUVA 2YPIA 1OFRA 1WBJA 4Z1CA 5G1YA 2E6AA 3UXDA 1VYRA 3OVQA 3HQ1A 4S2CA 2UV8G 1KLZA 2LLEA 1OF8A 1XBXA 3HG5A 5AYZA 1JCLA 4UFJA 5HR7A 4O10A 5HJLA 3UWQA 2V2CA 3NPWA 3G1FA 1A5CA 3O63A 1J2WA 1P4CA 1TPUA 2WNZA 3STEA 3B0UX 1JRBA 2CLFA 4WXYA 3C61A 3UWWA 3L9CA 1TCDA 4QAIA 3TROA 1IIHA 5G4WA 3KXQA 3M16A 4K38A 2OMAA 3P8JA 3LERA 4FIRA 4AF0A 4LUIA 1OFDA 1AG1O 4O0ZA 1M7PA 1H61A 4EWND 4MZ1A 4W9TA 3VFLA 4FIQA 4JX6A 1Q6QA 1SR9A 3LTPA 3GVGA 3O06A 3UY7A 2RKXA 4UTUA 3NQGA 1DKWA 3S5OA 2WV8A 4H3DA 4U28A 1QFEA 1ZAJA 1KM5A 3H55A 2AQWA 1P1XA 2J9ZA 3BLIA 2ZZ5A 4N9DA 3IGXA 3MP4A 5F4WA 3A23A 5AHMA 1B9BA 5LNWA 3QMSA 1EWEA 4Z1AA 5FESA 2NXGA 3PB0A 1N55A 4UTTC 1LP6A 3IIVA 3C0JA 4GWEA 1EP1A 4AMAA 2C15A 3M9YA 1ZAHA 3INPA 4E0CA 3CWNA 1KFBA 3L5AA 2A6NA 2YYTA 1L6WA 5D38A 4QM1A 1NFBA 1F6KA 2ZYFA 3GNDA 4X9SA 1VLIA 3N3MA 2FPVA 1KTNA 2DZPA 1ONRA 2DP3A 1VHCA 5G4EA 2R14A 3TE9A 1YDNA 4R53A 5IBXC 4O19A 3IGUA 2I9EA 3NPUA 2XFWA 2PRLA 2G95A 3Q2DA 3NPVA 4ZQOA 3N19B 3QZEA 4LS0A 4RV8A 5FEWA 4ZQRA 1M6JA 3DI0A 3W1UA 3LCHA 1P5BA 3EWYA 3FA5A 2QDHA 3NA8A 2E5DA 1FCQA 2DZWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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