3B06A

Crystal structure of sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate isomerase in complex with reduced fmn and dmapp.
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
DIVNRKVEHVEIAAFENVDGLSSSTFLNDVILVHQGFPGISFSEINTKTKFFRKEISVPVMVTGMTGGRNELGRINKIIAEVAEKFGIPMGVGSQRVAIEKAEARESFAIVRKVAPTIPIIANLGMPQLVKGYGLKEFQDAIQMIEADAIAVHLNPAQEVFQPEGEPEYQIYALEKLRDISKELSVPIIVKESGNGISMETAKLLYSYGIKNFDTSGQGGTNWIAIEMIRDIRRGNWKAESAKNFLDWGVPTAASIMEVRYSVPDSFLVGSGGIRSGLDAAKAIALGADIAGMALPVLKSAIEGKESLEQFFRKIIFELKAAMMLTGSKDVDALKKTSIVILGKLKEWAEYRGINLSIYEKVRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Isomerase
source organism Sulfolobus shibatae
publication title Covalent modification of reduced flavin mononucleotide in type-2 isopentenyl diphosphate isomerase by active-site-directed inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
total genus 142
structure length 364
sequence length 364
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b06A00
1TPC1 4DBDA 1DV7A 1IIHA 1TJPA 3GAYA 2VKZG 3MBFA 3O16A 2NV2A 4OQVA 1OABA 3NQAA 3NL2A 2WQPA 1K8XA 1TYGA 2G95A 1MEIA 3EX1A 3MI3A 3PF3A 4M6QA 3BGJA 2GVLA 2Y7GA 4UTUA 1GWJA 2G97A 4JTUA 1EB3A 3I6RA 1SFJA 1RQEA 4HNTA 1LRQA 1EWDA 5FF4A 3W1AA 3HG3A 4GUFA 2CLEA 2TRSA 2WSQA 3MP5A 2RFGA 2WNQA 3S1XA 3S0CA 2WPBA 3O6CA 2E09A 1RD5A 4X22A 3FYPA 3CQ0A 3S6DA 3M1ZA 2VEPA 2OT0A 1O4UA 3A23A 5KZDA 3M0ZA 3TXVA 4O54A 3N9SA 3NQCA 2B7OA 1OVDA 1XUZA 3IGUA 3UWYA 3UY8A 2YSWA 3O07A 2Y70A 1KM5A 3NM3A 1NF7A 3EXRA 2V5LA 5L6UA 2PURA 2NV1A 2QR6A 2C18A 2ISWA 4O17A 3L5MA 3L0GA 2E68A 3W73A 5HR6A 1FWSA 3JS3A 3MP3A 3ANYA 2A7NA 4KFOA 4UFMA 2CLFA 3IRDA 3P81A 1I8JA 3NXFA 4A3UA 3TR2A 1W5OA 4LV9A 3G1AA 4Q33A 3BGGA 5BMWA 2ZZ6A 1SO4A 1XFBA 4ADSA 4BI7A 4AHPA 2FDSA 4FNTA 3LTSA 5ABTA 4YWIA 3W88A 4RLIA 1QOQA 3O6DA 3W3OA 1YADA 2DZUA 1M7PA 3STEA 4CCDA 4MIMA 3GXNA 3SJ3A 2X2GA 3DFOA 3TAOA 3UWZA 1GG1A 3QPYA 1DVJA 2FTPA 3WJYA 3P7YA 2B7PA 5KITA 2VEKA 3W71A 5AHIA 4JY9A 3NQEA 1P1XA 4LW7A 2P1FA 1G7UA 3KOFA 5AYXA 5C2XA 3MUXA 3GNNA 2ABAA 3EXTA 4TO8A 3W7NA 1GVOA 2YFOA 4MLJA 3MJYA 2QCCA 3MMTA 3OHIA 1AW2A 3R5EA 3SGZA 4JTHA 3OG3A 4UNLA 4XBSA 1IF2A 3PB0A 1LBFA 4B5NA 2ZFAA 5FEWA 1KM6A 2CLMA 4Q4KA 4UIOA 4GUIA 1YTEA 3LB0A 2Y89A 1WBJA 4JYFA 5KSWA 3QF0A 2QUTA 1TQXA 4MFEA 4OWGA 1G6CA 1KLYA 4ICNA 1FWWA 1MZHA 3MHFA 3FLUA 2OMAA 3TMQA 3DKJA 3T55A 2VOMA 3EB2A 5IBXA 2V0TA 4ONVA 1ZALA 3I7SA 4NJGA 2ZZ2A 3NQ7A 3S1UA 4WQ6A 1R2SA 4EF9A 3DENA 3PUEA 1DHPA 3W83A 2JGQA 4NNAA 2B0MA 2OZ0A 3BW3A 3LLFA 1TQJA 1WAUA 1G7VA 2C16A 2E77A 1TTQA 4H6KA 3MI6A 2DJXA 3W7LA 2ZA1A 4RKAA 3EEGA 5LGZA 2ZZ5A 3IIPA 4JYDA 4MOZA 5I3JA 4ZZ9A 3TJLA 1QR7A 1FUYA 2B7NA 3E9AA 4MFDA 4N4QA 3WK1A 1JR1A 1A5AA 5D33A 2CLHA 2QKFA 4DPPA 1B9BA 3C4UA 3PBYA 3LCFA 3W7RA 3HMJG 3SECA 5BW6A 1HO4A 3DGRA 3WJXA 5HMSA 3EWBX 1SZGA 4O1CA 1FWNA 1KBJA 1QPQA 2NXIA 3W2LA 4DF1A 3ABRA 3NQDA 3T7VA 2CFFA 2J27A 5K7JA 1PCWA 3H55A 4R7JA 1UB3A 2FB3A 3IIVA 4OBTA 1LDCA 2X16A 3LHUA 3P84A 5G1TA 1A5SA 4RX0A 1KTNA 5KMYA 3BG9A 1TPEA 2I9EA 2RKXA 2IQTA 3NG3A 4WUIA 1FQ0A 2J9ZA 5K3VA 1KFBA 4LC6A 2C6QA 3GNDA 3SGUA 1ICSA 2I14A 3THAA 4A2RA 2KZHA 5D37A 3DFSA 1QNVA 1F05A 1P0KA 3U6WA 3WFAA 3O6YX 1LOQA 1XBYA 4IUOA 1Q6OA 4O1BA 1THFD 3TSBA 2CLLA 3QW4B 2J24A 3IV3A 2QUUA 1Z44A 1KM4A 3BLFA 4FNSA 3KXQA 4AF0A 2QJIA 3FIGA 2ISSA 1WBHA 3O8AA 3DH7A 5AN7A 5BOOA 3R2GA 1XBXA 3TDFA 3TXZA 4DBEA 1FDZA 1YXCA 6TIMA 1JRCA 3LXCA 3PVFA 3EWWA 2ZRZA 4UC5A 2QEZA 3STCA 2DP3A 4CQ9A 4K7YA 1JCYA 3TROA 3FJLA 1X6UA 2A1YA 3CWOX 3IVTA 3LRLA 1HO1A 3FEMA 4ALDA 3BARA 3TC6A 3RF9A 2V8ZA 3QMRA 3T78A 4AMAA 2ZZ1A 4HIBA 3MP4A 1EUAA 3N2XA 2ZRYA 3BW2A 2C13A 4TMCA 2GQAA 3CWNA 3MHGA 5K9CA 2X1RA 3UQNA 1ZCOA 1R30A 1J4EA 3GZ3A 3NPVA 3W2UA 4RJEA 5I3HA 3A5FA 3TJXA 4HT3A 1FCUA 1KV8A 4PCFA 5DXYA 2DZVA 1QPOA 1BKSA 2GPTA 5K9DA 1VJIA 3LM7A 3ELFA 4FNPA 1MEHA 2C0AA 3EWXA 3OA3A 1DQWA 5EBUA 3GAKA 3NQVA 1W3TA 3L65A 4RZ4A 4DF0A 4KFNA 4XZ9A 1JRBA 2H6RA 2PCQA 3QRHA 1AMKA 4KWWA 1QO2A 3KRSA 5AHNA 4UTHA 4LC8A 1PE1A 4AXKA 4NNBA 3C56A 2DZWA 1S3HA 1L6YA 1QDSA 1CW2A 3CEPA 3O05A 4Z1DA 3INPA 5CZ0A 3UWVA 5D2VA 4TIMA 3WJZA 2Y63A 4M7SA 3GR7A 1JCJA 3PS7A 4UTLA 3TIMA 1WYIA 5AYZA 1PHQA 3GDRA 4PA8A 4ZQNA 4DPQA 3T4CA 1V5XA 2YGYA 1OF6A 2DORA 3QZEA 4ZVJA 3NPUA 4FXRA 5E93A 3VI2A 3LCXA 3YPIA 3PUDA 1KA9F 3TK7A 5HWNA 5SWUA 3HBLA 2WKJA 5A5WA 5AC7A 2W79A 4WX2A 1I45A 3Q37A 3GDKA 4GUHA 3HJZA 4RZ5A 2V81A 2JK2A 4O53A 1GOXA 2E5BA 5DCDA 2CLKA 3O1NA 4ZQPA 3NZRA 3M7WA 3OEXA 2NUWA 2BTMA 1O95A 3CU2A 4NUWA 1RR2A 5LNVA 2VFGA 5CZTA 5G4EA 3UXAA 3CC1A 1H7RA 3ATYA 3GVGA 1EPXA 1TJRA 2YPIA 3W2KA 1YXDA 3PB2A 3UWWA 1LORA 1RZMA 3IGXA 4DO5A 1ZAHA 4BF9A 1LOLA 4JR5A 3NQGA 4WOQA 5D38A 5FESA 2QCGA 3LLDA 1ALDA 4QITA 4QQ3A 5D32A 1TPH1 1G4EA 3MW7A 2BLEA 1KM1A 1VCFA 3LI1A 3NQ6A 3C2EA 4EF8A 1VQTA 1W37A 2V2DA 4BI5A 1KFEA 4MUZA 3KVKA 1JUBA 3CIXA 2ZRWA 4O10A 3W1NA 1ZNNA 3I68A 1ZAIA 1KFLA 3HG4A 4UXDA 3LRMA 1O5KA 2A5HA 3N19B 4IMEA 4LVDA 1I2PA 2DZPA 3ATZA 1XM3A 1OF8A 2CZEA 4NNCA 3LDVA 1OX4A 5DY2A 3Q2DA 1TPFA 3IEBA 4KKXA 3UXDA 4LRTA 3PWAA 2NWRA 3LBCA 1JUKA 4ZL1A 2VEIA 1SUXA 4UFJA 5EKYA 2DZSA 5CKSA 1F2JA 4CQAA 3G3MA 3GDTA 5KZEA 1A5CA 1OX5A 1ZJIA 2VENA 2QCFA 3TFXA 4L4MA 4WD0A 1GEQA 2GOUA 4O0KA 1H7NA 3H54A 4K39A 1Z41A 4ZMGA 1G67A 4NZFA 1SQ7A 5KZMA 3FOKA 2TMDA 3B0PA 3PBWA 4BFAA 2E6YA 4PL2A 3LHZA 4FX7A 1G69A 2H3DA 3UPWA 3G1DA 1A53A 3NL3A 1LOSA 3LHTA 4AVFA 3Q58A 1QOPA 1SZEA 4N6EA 3M41A 5HINA 5LZLA 4OHQA 4W9TA 1H7OA 3GYEA 3BG5A 2RDWA 1ME7A 4TU1A 4WJEA 4Z0SA 1H7XA 3OVRA 2YCEA 3W7QA 3W84A 2JKAA 3ZWSA 2X1SA 3UY7A 5AHEA 1B3OA 2R14A 1E51A 3G0XA 3FS2A 4NJHA 5D04C 3NYZA 4FEZA 3STGA 2A7RA 4UTTC 2XN1A 1OG0A 3G1YA 4M19A 3HIJA 4K38A 4ML9A 2JBMA 2E5DA 5HULA 4IMGA 1WX0A 1QPNA 1SW0A 5F2LA 4KWVA 4JTJA 2R91A 2RDTA 3PAJA 3IVUA 5CSRA 5K9XA 4N9DA 5DBUA 1ZENA 1LM1A 1O60A 3LOTA 2BWGA 3W1XA 3LBMA 1H63A 1XXXA 5CPOA 2GVJA 1YDVA 2ZDRA 1WXJA 4DO6A 1Q45A 3QFEA 4A2SA 1UBSA 1TRDA 1JCMP 3L21A 4S1FA 3DXIA 4JTGA 4UTWC 3C2FA 1TB3A 2A85A 2C1HA 5HUOA 3HGSA 4WY0A 2ZQ0A 3FYOA 3W7GA 4K8HA 2HS8A 3G8EA 4RCXA 3FKKA 4MYXA 2A2IA 2QCMA 3ABOA 1JULA 4XQ6A 2CLIA 4JYEA 1F6PA 1IXNA 1YLVA 4LS0A 1VYPX 3WK2A 1IGSA 4UMAA 3BV4A 5EPDA 1SU5A 4MY8A 3VE7A 3G24A 3QSRA 1W5NA 1AL8A 3UWQA 3QC3A 1LLWA 1UJPA 5E0KA 5LHFA 1TV5A 2X1TA 1N8FA 1Z42A 2E6FA 3LERA 4UUIA 3CT7A 1BWLA 4HPJA 4O15A 3EWUA 4UNKA 4POCA 5F1UA 2YZRA 1V7YA 1GZGA 1H1YA 2WSYA 3DBPA 1OFPA 4BI6A 3MYOA 4OV4A 3NGJA 5KTLA 5LNSA 2Z6IA 1DJNA 1R46A 4JTSA 2QCLA 3M44A 3B06A 5CSSA 2LLEA 4YXGA 4JIQA 1B4KA 2OX1A 4NT0A 4O18A 4O4VA 3HO8A 4NJIA 3S1VA 1JCXA 4FF7A 1U5JA 3I7RA 1FCVA 3QM3A 5KINA 4DXVA 4PTNA 1UCWA 1I4NA 4YL2A 1PCKA 1G4SA 3ZFHA 1L2UA 1ZAJA 2O7QA 2WOQA 4Y96A 3TFCA 2CW6A 5FF7A 1OFEA 3FKRA 3C61A 2FJKA 5J5DA 1VCVA 3L0KA 4HPXA 1LYXA 2PE4A 5AHFA 3KAOA 4IXXA 4IOTA 4OGZA 2AGKA 1A50A 3HF3A 4OT7A 1VH7A 5FI8A 3F03K 4OV9A 5AFDA 2VFEA 4LVGA 3PC0A 2H8XA 2W0UA 3C8FA 3PY2A 3G1FA 1BTMA 1K8YA 2PRHA 3G1HA 2WO5A 5F1VA 3C2RA 1YTKA 2QCHA 4X9SA 1BWKA 4O13A 1QAPA 1VRDA 2NUYA 3QSTA 2GVGA 1SW3A 5L9FA 4E38A 2QCDA 2WV8A 4GNJA 5K4ZA 2A6LA 1JCLA 2E6DA 3CM4A 3TW7A 5AHMA 4JTTA 5EY5A 4JN6A 5HQEA 3KX6A 3KVLA 1L6WA 1UASA 3UD6A 2VXNA 1EP3A 4MZ8A 5C54A 3RLUA 4XWUA 3I65A 3HPSA 3QYQA 2C19A 3EX2A 4X3ZA 3SZ8A 1Q3NA 3CEUA 2Y6ZA 5TBOA 4JNMA 4LWWA 3E02A 3SSJA 3CTLA 5C5YA 4JXCA 5F2MA 3IVSA 4JY8A 3W72A 1FWTA 1AL7A 2A7PA 1EUNA 2H8ZA 4X2RA 1GTEA 1PS9A 5BMXA 3HPZA 3IIZA 2QCEA 2UV8G 2GQ9A 4CNNA 5H2ZA 3TC7A 3P5ZA 4UTIA 5HNRA 3LRKA 1QPRA 3CPRA 4LT9A 1C29A 1F74A 2RH9A 5G5IA 1VLWA 3VNDA 5EMUA 4NVTA 5EA9A 3W85A 1Q6RA 1DL3A 4ZQRA 4NJJA 2TSYA 1ML1A 1MXSA 4CQ8A 3T44A 5D09A 4PL1A 4FIQA 5AYYA 1W31A 1VHCA 3BW4A 3THQA 4AEOA 4NX5A 4QNWA 3B8DA 4QISA 2ZTJA 2PC4A 3W23A 1VCGA 4MVAA 3TW6A 3B03A 1VLIA 4IQLA 5BNKA 4WOZA 5D02A 4N2YA 3UZJA 5LNUA 3R12A 5D30A 1OFOA 3DU0A 4O16A 4FXSA 4TMBA 1O5XA 1R2RA 1XC4A 3M6YA 3C52A 6ALDA 4U28A 3P80A 2JKEA 4HSNA 2R94A 4LUJA 3W2NA 1LZOA 5G2WA 3A22A 1KW1A 1M5WA 4PODA 3W7HA 5F4WA 1VC4A 3W22A 4AWTA 3WJWA 1KFCA 1WQ5A 2GJNA 2YXGA 4Z1AA 3VE9A 3GKAA 3W74A 3A21A 1ADOA 4PFMA 1GJPA 4UTMA 2EGZA 3O06A 4JDBA 4UR8A 3DI1A 3W7CA 2EKCA 2RHGA 1FDYA 2Y88A 4NX0A 2G5WA 4O12A 3KHJA 3IGSA 5D2WA 2CZFA 2ZYFA 4Z0JA 5HUPA 1F73A 2G96A 4Y6GA 2YX0A 5IM51 4JX4A 3TAKA 3SY5A 3O15A 2DZXA 1I2OA 1W5PA 1OK6A 3L5AA 3QJAA 4E2DA 2VFHA 1AG1O 4IX0A 2ZZ7A 3P8IA 3DFQA 3M5ZA 4LVFA 3ZS4A 1VS1A 1K7FA 1WA3A 3CLMA 1SO3A 1TREA 2J88A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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