3BGGA

Crystal structure of human orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with bmp
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
KELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Human Orotidine 5'-monophosphate Decarboxylase complexed with BMP
rcsb
molecule keywords Uridine 5'-monophosphate synthase
molecule tags Lyase
source organism Homo sapiens
total genus 94
structure length 257
sequence length 257
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2007-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3bggA00
3UXDA 1QPQA 2ZZ2A 3LERA 3CIWA 4ZL1A 3I65A 2PURA 2RDTA 3G1FA 2ZRWA 4YXGA 1WBHA 5E0KA 1UUOA 4LV4A 3TNOA 1O4UA 3NXFA 4KWVA 2CU0A 2CZ5A 5F4WA 3WJYA 1MZHA 1Q6RA 2DZTA 4DF1A 5FF2A 4WY0F 1QPNA 2DJXA 1GVRA 1UASA 4ICNA 1SW0A 4ML9A 5EBUA 3KXQA 4JTLA 2E5BA 5AHEA 2R91A 4LC8A 1H7OA 4MPQA 4NNCA 3W7LA 1UB3A 3GDTA 3B04A 4JY9A 3VE7A 3N3MA 4LNYA 1EP1A 4CQ9A 1THFD 1KM0A 5EKYA 3DENA 1LLZA 3WJZA 5AC6A 3LCFA 2PC4A 2QJIA 3R8RA 4JTUA 2WNQA 2QCCA 4LOCA 3G1DA 3NR0A 4LUIA 3UZJA 4MYXA 3L65A 3NQEA 1F5ZA 1W3NA 4N6EA 1Q6OA 1TJRA 2YXGA 1FXPA 2QJGA 4UMBA 4NUWA 3C3NA 5DBUA 1OFEA 4S2CA 5E93A 4XTDA 3EX1A 3S1VA 5HNRA 1Y0EA 2ZZ3A 3IVUA 2E68A 1TCDA 4NVTA 3BGGA 1VCFA 3OEXA 5CZSA 1LDCA 1OX5A 2C14A 4IMEA 3A23A 4WXYA 2YGYA 2F84A 3DHFA 1PHQA 3EWYA 1OX4A 4ORIA 5CG7A 2QCDA 4UFLA 1OABA 3TA6A 3PUEA 1TRIA 1EX5A 2VEIA 1QCWA 2J27A 3TC6A 1ZNNA 3W23A 4GXMA 4ALDA 2YX0A 3GR8A 3M44A 3W73A 1T8XA 4LY8A 5D2TA 3BG9A 3QW3A 3R13A 2RFGA 3LCHA 3W1XA 3O1NA 3PAJA 3PM6A 3WK1A 3B0PA 1I8JA 3B4UA 1J2WA 1R2TA 3L0GA 4O0ZA 3WK3A 1U5JA 1VLIA 4CNNA 3KHJA 1QFEA 1YLVA 3USBA 3KRSA 3W1LA 3NZRA 1W37A 3W2LA 3ABOA 4KKXA 3M9YA 4FX6M 4O50A 1H5YA 2NXGA 4ORMA 4CQ8A 1KM5A 3GDLA 2KZHA 3M7WA 4RR4A 2E5DA 1XUZA 1VLWA 4K36A 3DFSA 1ONRA 2GJLA 3LLFA 1OFOA 4DEFA 3W3OA 4DBDA 4MJZA 3NL5A 3DH7A 4FIQA 4IXHA 4Y6GA 3WFAA 3DKLA 1NFBA 4O10A 5F4SA 3HPZA 3TAKA 1EP2A 2X2GA 3WJXA 5AB3A 3H55A 1HUVA 3O6DA 4UFMA 3MBFA 1GG1A 2ZA3A 5G1TA 5D02A 2RHGA 4N9CA 1I2NA 1G67A 1PCKA 2ZZ4A 2JK2A 2V0TA 1EWEA 1S5VA 3PR2A 4LUJA 1W5NA 2C15A 1WAUA 3HB9A 2QUUA 2H3BA 4E2BA 2AAMA 3T55A 1I2OA 3TW6A 5D2WA 1XBZA 4WZHA 5CPMA 5AYXA 5BNKA 3L0KA 2B7QA 1KM6A 1VHNA 2Y70A 1GPWA 1TPDA 2ZRVA 2P10A 4A21A 1FY6A 4JTTA 3BGJA 3A22A 2VFEA 2XN0A 5K3VA 5CPLA 4TU1A 5FEZA 3Q58A 1GOXA 3LV6A 3FKRA 3UYCA 4RXFA 5F1UA 3W7IA 3FKKA 4OQVA 5CGQA 4MFDA 1OFQA 2QEZA 1R47A 3GDKA 3SZ8A 3GNDA 1C9DA 4E0CA 1K7XA 4OE7A 1K7FA 4HHPA 2UV8G 4RK8A 3BLIA 3JRKA 3WK2A 2J9YA 2NXIA 1UBSA 3I6RA 5G5IA 1Z42A 3G0UA 2YDAA 3N2XA 3NZ1A 4JTIA 1GVOA 3CHVA 1FDYA 1B57A 4QAIA 2WNZA 3GR7A 2GVJA 4JGDA 1KTCA 1K8YA 3L66A 3UD6A 3HO8A 2OT0A 1LZOA 1TV7A 1SZFA 4NXSA 5AYYA 3W1QA 2X1SA 4MFEA 3HMJG 1R2SA 3EXRA 3LM7A 2QAFA 3E02A 4O57A 1KA9F 3A24A 3Q37A 5DXXA 2ZTKA 3LRLA 4O1BA 3TX9A 1SO4A 1QAPA 4O15A 3TSBA 3PB2A 3BLEA 5K9CA 2HSAA 2V82A 1YTEA 1XDMA 1ZCOA 1K7EA 2Y62A 5E1QA 2E1DA 3OVQA 5BMXA 1OK6A 1W3IA 3TH6A 1I45A 3L9CA 4UFHA 2A0NA 1ZALA 3EXSA 1SW7A 5K7JA 5AOUA 1W8SA 1XDLA 5G2HA 5CPOA 4NQ1A 1LTDA 1TJPA 1G7VA 4CCEA 6TIMA 1D9EA 4WXZA 4IX2A 1CW2A 3T4CA 3PBYA 3EB2A 3UPWA 5L6UA 3IGUA 3PUDA 4Z0JA 3SY5A 3GIYA 3OHIA 4NJHA 5AHIA 1XKYA 4UMCA 4AF0A 4XUGA 1IGSA 3G1HA 5FEPA 3NPUA 1OJXA 5C5YA 3H54A 3QM3A 3W88A 4L4MA 5D32A 4IPJA 3A9IA 3FFSA 1EP3A 4POCA 3TXZA 5KINA 3B03A 5LKYA 3W7DA 1P0NA 4PODA 3SGZA 1NVMA 4D2JA 1NEYA 2E6YA 1HFBA 1X1OA 1YXDA 5DBTA 2ZZ1A 5D2YA 4UTJA 2BX7A 1LBFA 3D0CA 1C29A 5HUPA 1SO6A 1W54A 3SW6A 3TW7A 4O28A 4JX4A 1SO3A 3FJLA 4QITA 4FNRA 1B9BA 3I68A 4QNWA 1PVNA 2DZPA 5FESA 5MHBA 1TB3A 2DZVA 3UPBA 3G24A 1VZWA 4XTIA 3TV8A 1W5OA 1SW3A 3MP3A 2HS8A 1H7XA 4I7WA 2RH9A 3GB6A 1YDOA 4Y8FA 2DORA 2ZYFA 3NM3A 3UWVA 5LNVA 4Q32A 1OFPA 4ZMGA 1G4SA 3NPXA 5LNWA 1M6JA 3W74A 5AHFA 3STCA 3KFTA 1LP6A 1VCVA 3QZEA 4Y9AA 2XN2A 4K8HA 4LRSA 3HGSA 3S1UA 3TXVA 4AWSA 1FWWA 3NL3A 5CZJA 2Y7GA 4O13A 1WV2A 1LOQA 4GUGA 5D2XA 4UTTC 3O16A 4BFAA 3W7MA 4JDBA 3E12A 3M41A 5G4EA 4ZQRA 1LRNA 2GQ9A 1KBJA 4N9BA 2QCFA 3DU0A 4M19A 4BWLA 2FLIA 3L68A 2ZQ0A 1I2QA 2CLIA 4X9SA 5AFDA 4BR1A 1TPVA 1VH7A 2WNNA 3G18A 2RKXA 3NOEA 5LSMA 1JVNA 3NO5A 2ATSA 4M7SA 3G22A 1YADA 2NXHA 1TPUA 4JIPA 2A2IA 1TTQA 4N4PA 3P74A 1Q6LA 1TQXA 3SIZA 4OT7A 1CI1A 4PA8A 3O06A 4UNLA 1QO5A 4M6QA 2DZWA 3QSTA 7TIMA 3E0IA 3QJAA 2V30A 3MW7A 3KOFA 3PB0A 5IBXC 3EEGA 3U8GA 2GOUA 2B0MA 4RLIA 4RXGA 4N2YA 1YTKA 5HUOA 5A5WA 1LYXA 1OX6A 4OWGA 1HTIA 4OGZA 3CU2A 3TUUA 3UWUA 2JKAA 3BK0A 3YPIA 5LHEA 3R89A 4JXCA 3ZWTA 1G7UA 2VOMA 4RV8A 3BG5A 3AO0A 1BWKA 4U4MA 2ATMA 2A5HA 2OZ0A 1W56A 2HTMA 4ZZ9A 1ZY9A 5J5RA 3UZ5A 3DFTA 3W76A 4MLJA 2LLEA 5C55A 1NAL1 1YDNA 1DHPA 3K30A 2WSQA 1ZAHA 1WX0A 1WOAA 3FJ6A 2R94A 3A5FA 1ADOA 3TCEA 1ICQA 3UNDA 1ML1A 2OX1A 2V9DA 2XFWA 2VFGA 3P80A 4MY1A 1EUAA 5D33A 1IXNA 4E38A 1P0KA 3CWNA 3HG4A 3NQVA 5LHFA 1OF6A 4UR7A 1QPRA 4GUFA 3MO7A 5A8GA 2G97A 2WSRA 4FHAA 2E5CA 2BZNA 2VENA 1AL7A 1X6UA 3W1AA 3OVRA 4DO5A 3BLFA 2I1OA 1A53A 2W0UA 1JUKA 1WA3A 3MHFA 3LTPA 4N4QA 3PVFA 2B7OA 4K39A 1GJPA 2NUYA 4OU1A 3G3DA 4QSHA 4UMAA 3L5LA 3S6DA 1EUNA 3MJYA 4CNPA 3H53A 4LVBA 3SECA 3CEUA 1IIHA 3NYZA 3HF3A 3EWBX 4IOTA 1QOQA 2ABAA 2NX9A 4FX8A 2ISSA 4M6PA 3TK7A 3BPWA 4YCOA 1NF0A 1W5QA 2J9XA 4Y90A 1KBIA 5K9DA 1RQEA 5AN7A 2A21A 3EWUA 2C18A 5G1YA 4IMGA 4O1CA 1ICPA 5I3KA 4O17A 3OVPA 3TJXA 3S9YA 3NQAA 4AVFA 3LBMA 2BLEA 4Q4KA 4MZ1A 1VCGA 4GBUA 2CWNA 2W6RA 1I2PA 1NSJA 1P5BA 4N9DA 1IIGA 4CQAA 3HGJA 2V2HA 4QJ1A 1YPFA 3HGRA 1RPXA 4Z1DA 5C6MA 2VEMA 2QCGA 3FYPA 1G4TA 3LGEA 1GTEA 3SGUA 3TQVA 2NX1A 4TMBA 1XUUA 4HNTA 4LVGA 1RQBA 1QWGA 2PCQA 2VELA 4XQ6A 3LDVA 1JCLA 1I4NA 1AL8A 3CT7A 2H90A 3W72A 4LW7A 3S5NA 3GKAA 3W84A 2WJZA 3R12A 1VHCA 3M5VA 4MOZA 1SU5A 1SPQA 1TQJA 2QCEA 4JX6A 3G0SA 4KFOA 1ZAIA 2RDWA 3G1AA 2FFCA 2Q8ZA 4KWWA 4QQ3A 3PBUA 1TPEA 3MI3A 8TIMA 2Y6ZA 3IEBA 3N2MA 2V2CA 3GLCA 3SJ3A 3F4WA 2Z6IA 1F7BA 3LHTA 3ABRA 3V1PA 3FOKA 1Q45A 2YR1A 3PSVA 3TMQA 2ZCGA 1F74A 1H61A 2ALDA 3KVLA 2OT1A 4JN6A 2QKFA 4UTIA 2FPTA 3MI6A 1H50A 2E09A 4JTHA 5F1VA 1L2UA 2X1RA 4O0KA 3CC1A 4UR8A 3HIJA 1BTMA 1M7PA 4W9TA 5D37A 1F6KA 3ABSA 1C8VA 1MEWA 3LHUA 5ABTA 4TMCA 1KTBA 1GVQA 3CPRA 2JGYA 1N55A 1JCYA 4IJBA 1RD5A 3STFA 3LCGA 3QF0A 3TDFA 4S1FA 3NQDA 1SZGA 1W0MA 5HINA 4JS3A 1OFRA 1V7YA 2R14A 2HMCA 2J88A 4UTLA 5F2GA 3M43A 5BOOA 3QQ1A 4AHPA 1XBVA 4QNEA 4FNTA 4JDYA 3RNDA 4JTFA 2FB2A 4XZ9A 1P4CA 4NNAA 1JQVA 5I3IA 1DQWA 1WOBA 1TTJA 4O4WA 4WUIA 2QR6A 4O54A 1H63A 4UC5A 1PL9A 2ABBA 1K02A 3P84A 4UTHA 3PBVA 5EL1A 5HQEA 5L9FA 3G1VA 1FX6A 1KLYA 1MO0A 3WJSA 3N9SA 1X7FA 1TO3A 1GT8A 1U83A 1KW1A 3GK0A 1EA0A 3P5ZA 3RF9A 4KFPA 3C6CA 1FWTA 1SZNA 4NT0A 4JTEA 3UQNA 5EYWA 3W1MA 3E9AA 3KRUA 4FXRA 1BKSA 1O60A 1R46A 4UTKA 5IM51 2PRHA 4NJIA 3P81A 1QMLA 5C54A 5D09A 1GG0A 3C2RA 3S8HA 3N14A 1H60A 3ZS4A 2FPVA 1TPH1 1K3UA 3UWQA 5K4XA 1VS1A 4JYFA 3AJXA 3L67A 3NQ2A 3DFQA 3R5EA 1UUMA 5F2LA 2ZTJA 3L5MA 4O1AA 3DI0A 5H2ZA 5U4NA 1RVGA 3P62A 5BRBA 3MP4A 4HNNA 3O63A 1A5CA 4HPJA 3C61A 3PG8A 4IMFA 3GKFA 4JTJA 2BWGA 2PE4A 1JCJA 4PEKA 3DKJA 3NGJA 1ME8A 3MUXA 5CKSA 3HQ1A 3TAOA 1WQ5A 2V8ZA 1FWSA 4LS0A 4Z08A 3LCLA 4LRTA 3W7JA 4UIOA 5F2IA 4LV9A 2NZLA 2PRMA 1SO5A 2J24A 2H8ZA 3QRHA 3SFKA 3MBDA 3MP5A 4X22A 5I3HA 3INPA 1ZJIA 4ZVJA 1K03A 1KM4A 5HMSA 3W7GA 1S3HA 1D3HA 1OFDA 3TC7A 4K8EA 3LRKA 2TYSA 1LBLA 3LB0A 5U7SA 4RZ4A 5I3FA 3VCRA 2A7RA 3I7QA 4UXDA 1W5MA 4UTWA 1XBYA 2TMDA 1OYBA 3W9ZA 1QNVA 1XFBA 3QQ0A 1ALDA 3LCXA 5DN1A 2C3ZA 4DELA 1GYLA 3P61A 4FNPA 4O19A 4MY9A 2QCHA 4N6FA 2NUXA 5D04C 1IF2A 1FWRA 2H3DA 4WD0A 3I7SA 3M0ZA 3GDRA 4HPXA 2E77A 1O5KA 3C2EA 1H51A 4EF9A 3P67A 4M6VA 5BMWA 2GJNA 3W7PA 3N73A 3PF3A 3EKZA 4RX0A 4DXVA 1PE1A 1X1ZA 3DFNA 1P1XA 5AHMA 3W7EA 3W7RA 3W1PA 3M6YA 4JYDA 5TBOA 1PHWA 3B0VC 4ADTA 3KVKA 1M5WA 3WK0A 3W2UA 2CFFA 4MJMA 3G3MA 1G69A 4HIBA 3VKJA 4UTTA 4AWUA 3LBCA 3SR7A 4WX2A 3HPXA 4IX0A 4MYAA 2DU2A 2OJPA 4HT3A 3LCIA 3O6CA 3P8JA 2AQWA 3MHGA 5DXYA 1LCOA 2E6FA 3TIMA 3UWWA 1T96A 4WQ6A 4Q33A 5LZLA 1VR6A 1VC4A 1KFLA 3L0NA 1W1ZA 4O12A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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