3BVJA

Crystal structure of human orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with xmp
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
KELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Human Orotidine 5'-monophosphate Decarboxylase Complexed with XMP
rcsb
molecule tags Lyase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Uridine 5'-monophosphate synthase
total genus 99
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2008-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3bvjA00
2QCDB 3PAJA 4TIMA 3LM7A 1G4PA 2NX1A 4UMCA 1TSIA 3TUUA 5AFDA 1C8VA 2EHHA 1G67A 2DP3A 1DQXA 3MHGA 4LU0A 5AHEA 4E2DA 3I7SA 2BLEA 3C3NA 1KA9F 4MYAA 3ATZA 3MYOA 2X1SA 1OVDA 4Q32A 1R30A 3W1TA 3BPWA 3QEZA 2R14A 5DELA 3QC3A 4CLMA 2QUVA 3TSDA 1VJIA 2OMAA 3B0UX 2PC4A 1EP2A 2ZA2A 1H5YA 3GZ3A 2BX7A 5F2MA 3UWWA 2AGKA 2E77A 4XTIA 1I2NA 3W07A 2ISWA 3G0SA 2B7QA 1O5XA 2R91A 4N6FA 3CEUA 4YCOA 3TJXA 1SZEA 4LUJA 3QFEA 1MSSA 3K30A 2QCGA 2ZRUA 4JDBA 3NPWA 1TV5A 2VFIA 1JCYA 4DELA 5I3GA 4XQ6A 2D73A 2AQWA 3STFA 3SR7A 1LTDA 2FIQA 4NT0A 1LORA 1BWLA 2EF9A 2GOUA 1Z42A 3P80A 3W7QA 4OWGA 2YCEA 1G7VA 5F2LA 1SO3A 3A5FA 1FCUA 1W5NA 3P8JA 3WJXA 5HWMA 2QCCA 1R2TA 4DBDA 3FS2A 4PEKA 1YXYA 2ISSA 1XI3A 4PODA 2Y89A 5E1QA 3EWZA 4MLJA 1J2WA 3C2RA 1WQ5A 3QMTA 3GKAA 2X2GA 1S3HA 3LV6A 1VR6A 1XBVA 3O06A 4IPIA 2Z6IA 3N73A 3DFQA 1PHWA 1I4NA 1J4EA 1S5TA 3W86A 2KZHA 2TMDA 5EBUA 1G4TA 1LOQA 3PBUA 2ZA1A 3W6YA 3WK0A 5BNKA 1XBZA 5AC8A 1P0NA 4GUIA 1TV7A 1WDWA 3CIXA 1IXPA 3EWBX 4O0ZA 2H90A 5G4WA 3NL6A 1VGAA 2CZEA 3NR0A 2NV2A 3V75A 3P81A 1MEWA 4OBTA 2XN0A 4R33A 1TPVA 3G3DA 3MW7A 4JTHA 3KVMA 1TJRA 1YLVA 1NSJA 1AMKA 1P0KA 1H7NA 3W7MA 1KM5A 2JBMA 4NJIA 2YW3A 4FF7A 3ZR4A 4TR9A 4GWEA 3QJAA 2A4AA 3BVJA 2Q3RA 2PRMA 4UTHA 4R7JA 5G2WA 1H1ZA 1MXSA 2QUUA 3SY5A 3P61A 1QPRA 3QQ0A 1H62A 1QPOA 1X6UA 4K38A 2DJLA 2QF7A 5KZMA 4JTFA 1IXQA 3F4NA 4XKYB 1H7XA 3NQVA 3O07A 1KFLA 1ZNNA 3C8FA 3E96A 4ZL1A 4L4LA 1SFJA 3WFAA 1KV5A 4MPQA 2PCQA 1FWTA 1NF0A 2F7FA 3A23A 3R2GA 3G0UA 1DBTA 3W87A 3DH7A 1YPFA 3SIZA 3W2KA 4DPPA 3M43A 4KWWA 4MZ8A 3IV3A 1IIGA 4O1DA 1TMHA 2YGYA 2ZYFA 4M5PA 3NZ1A 1SW3A 1TQXA 1B9BA 1TJPA 5H2ZA 3UWQA 1QPNA 4WX2A 2BXVA 3GXTA 1TPDA 1SO6A 4UR7A 3TAOA 5HULA 5KSWA 3GDRA 2VFEA 1QPQA 4KFOA 3ELFA 3IGUA 1EX5A 4JYDA 1PCWA 3GDMA 3BGGA 3DHDA 1Z48A 2GVJA 3S5NA 3UXDA 3SW6A 3UY7A 3KVJA 2VEMA 3SSJA 1HFBA 3T4CA 3HB9A 4C1LA 2E6DA 4JY8A 1T8XA 3C6CA 2H6RA 1HO4A 1QOQA 2H8XA 1LM1A 1TTJA 3DFSA 3JR2A 1ZALA 1OX4A 2CW6A 3W7CA 2I9EA 2Q3OA 5EY5A 3W7EA 4GNJA 2ABAA 3DAQA 3PF3A 2A7PA 5KTLA 3CB8A 1GTHA 3EEGA 1W31A 3S1VA 5LGZA 4LVFA 4LNYA 2EPHA 1K03A 2RDUA 2ALDA 2V9DA 2WNZA 1LOLA 1EA0A 1BEUA 4LW7A 2V2DA 1H60A 5F2IA 4NX5A 2B7PA 1IIHA 4WUIA 5KINA 1KLZA 1TO3A 2J9XA 4I7WA 3GR7A 4MJMA 5FEPA 3LCHA 3NQDA 3OBKA 5D2VA 4QAIA 3LERA 3B4UA 3HPZA 1PL9A 4EWND 1H51A 2QCMA 3HGSA 3TAKA 3L5MA 1QCWA 1R2SA 2DORA 1BKSA 1T96A 5F4SA 2G95A 1O4UA 1JQXA 1XUUA 2CZDA 1AL7A 1F05A 2OJPA 3C52A 4HNVA 1ZJIA 2XN2A 5K4XA 3SI9A 1W5QA 3GAKA 1W3TA 3LCIA 4XUGA 3B04A 4JTLA 3W1PA 5K3VA 5TBOA 4P2VA 2QDHA 1FCBA 4O0KA 3NQ7A 1OF8A 1AL8A 1N7KA 3ABSA 2TSYA 3M44A 2H3BA 1ZHAA 2VFFA 1M7PA 4RKAA 3V1PA 3DKJA 2AAMA 3TDFA 4EF8A 3LRMA 1GYLA 4O17A 1W3NA 5CPMA 2TRSA 2HS6A 4HN4A 3W7OA 3R5EA 1S5VA 1OX6A 3UPBA 5D04C 3S8HA 3QSRA 2NWRA 3LHYA 2ZTKA 3TCEA 3S1XA 2G97A 5J5RA 4RJEA 2QJGA 1GOXA 2E6YA 2QAFA 4BI6A 1W1ZA 4FNRA 1KM2A 2R94A 4O12A 1OK6A 4GUGA 3P8IA 1WYIA 5F4XA 3W1RA 3TH6A 2DZXA 2C15A 3G18A 3EXTA 3JRKA 3NZRA 3TXZA 1X8FA 1DHPA 4ML9A 3KX6A 3W2NA 4AVFA 1HG3A 3L66A 4Q33A 3TIMA 1JCNA 3S0CA 4K6AA 3RFAA 3S6DA 3VFLA 4LOCA 3VE9A 1ML1A 1U5JA 3P74A 3P5YA 1FCQA 3A9IA 4C1KA 2QEZA 4IMDA 2X1RA 1SR9A 3INPA 3W76A 4Q4KA 1K7EA 3M6YA 1NF7A 4UNLA 1UJPA 3UWZA 4A21A 4YXGA 3EWYA 1OFOA 1Z41A 2J6XA 3HGJA 2JKEA 4Y8FA 3LX9A 3S1WA 4MJZA 4OT7A 3NPXA 5D2XA 5ABTA 2NLIA 3W75A 1FWSA 3LOTA 3LHZA 1HL2A 3PB0A 1LDCA 3YPIA 1GG0A 3WK1A 1QOPA 3RU6A 1FDYA 4O8RA 4MY9A 4LT9A 1W54A 2CFFA 2I1OA 3DFTA 3HIJA 3MO7A 1RQHA 2QCEA 4OHQA 3I68A 1LRQA 1FY6A 5DXXA 3W2UA 1SO5A 1Q6QA 1DVJA 3I6RA 4AEOA 1GVRA 1D9EA 2W6RA 3LRLA 1MO0A 3GAYA 4CQAA 3NO5A 1GZGA 5G1YA 1TTIA 3LCLA 3W84A 1QR7A 1O94A 3M1ZA 2ATMA 3TQ0A 3NL2A 3LHWA 1F7BA 3WJSA 4I7VA 5D2YA 3N9RA 3C2VA 5LNSA 1I2QA 3RLVA 4DBEA 4I7UA 2ZRYA 4IXXA 4IJBA 1OYCA 4AXKA 3HPSA 1H7OA 5L6UA 1GWJA 4O15A 3N9SA 3M5ZA 4JS3A 1RR2A 5AHNA 4GXMA 3HQ1A 1FQ0A 2CZ5A 5U4NA 3GVGA 4E0CA 1Q45A 1KLYA 3LLDA 2WSRA 4QIUA 1K8ZA 3GB6A 4UIOA 3PY2A 4ZQRA 1JJKA 1O60A 2X1UA 5AHMA 5C2XA 1TRIA 3TC7A 3B06A 1XCFA 1XBXA 5EKYA 1IXNA 3E0IA 4JYFA 4LRSA 3W7GA 2C13A 4FIRA 3DXIA 3B05A 5IM51 4WOQA 1TPWA 4RK8A 3PWAA 5EA9A 3G1XA 2A6LA 4HNTA 5H91A 3T44A 1W56A 3BLFA 3NA8A 4J9JA 4CNNA 2W0UA 1OJXA 3FEMA 2O7SA 3A5VA 1RZMA 2OZ0A 1LOSA 4CNOA 2QCLA 4H4IA 1LP6A 5K9DA 4AAJA 3TXVA 3W1MA 1H7RA 1JRBA 4JTSA 5CPLA 3QYQA 3IIVA 2QKFA 2LLEA 3KFTA 1R2RA 4FXRA 3U2OA 7TIMA 2ZFAA 3F1QA 3DFNA 4M6QA 1WBHA 3LTSA 4IXHA 3S5OA 2V30A 3L0NA 2H3DA 4O11A 4N9EA 3VKJA 3W7DA 3PUDA 3GXPA 4UMBA 5DBTA 4CCEA 5K9CA 4Z08A 3PG9A 2G96A 4O28A 4A22A 4UFIA 5D03A 1OX4B 1B4KA 4IX0A 2A5HA 5HR6A 3CTLA 3THAA 1GVSA 3P82A 4PH6A 2X1TA 1YDNA 4NJJA 3FFSA 2QDGA 3C61A 4LRTA 1XBYA 4HPJA 3F03K 4ZQPA 2C3ZA 2YW4A 5G5IA 1RD5A 1BWKA 4UFHA 1JRCA 3LXCA 4AB4A 5D02A 1X7FA 1YDOA 3HOJA 1OFBA 4OQVA 3HJZA 3P7YA 3MHUA 2DU2A 4LWWA 5A5WA 4P61A 3R89A 4AMAA 1D3HA 3OEXA 5D05A 2RKXA 2NZLA 3LBMA 1YYAA 4MY8A 4K7VA 4O54A 3GYEA 1EP3A 4ICNA 1ZAIA 2ZDRA 1GTEA 3LGEA 3MYPA 1THFD 3S1UA 3U6WA 4UTMA 3LB0A 3QZEA 1JULA 2E6FA 4S2BA 1SZGA 3VE7A 2J9YA 3DI1A 1YDVA 3MHFA 4Y90A 2CLLA 2DZWA 1QMLA 4O52A 1T99A 1ONRA 3TFXA 4R53A 4AHPA 3MI3A 3M0ZA 3NG3A 1KFCA 5CSRA 2ZZ6A 1B3OA 4UFMA 4DQWA 2VELA 5HINA 2ZRZA 3T78A 4LS1A 5TQLA 1YPIA 3LHUA 4ZQNA 2NWSA 3P67A 4R34A 4GUHA 2J88A 2QCFA 3I7RA 3QSTA 4BK9A 1PVNA 3DHFA 5G2IA 4GE8A 4JX4A 3N2MA 1HO1A 1OFRA 4TMBA 1GPWA 5F2GA 4QITA 1LYXA 3ABOA 2IQTA 3CT7A 4IMEA 1TV8A 1OFAA 1AG1O 3TMQA 4UTUA 1KFKA 3W1QA 3RK8A 3L9CA 2NXGA 1PV8A 3MI2A 3FJ6A 3NNTA 4O18A 5DY3A 3W1AA 3PVFA 3NGJA 5I3IA 3SGZA 3ZWTA 2E6AA 5EPDA 5CZTA 3W7JA 3W2MA 4K36A 1QDSA 2VEPA 3L68A 3PULA 5CZSA 1TTQA 4OGZA 3E9AA 4JIPA 4KKXA 4PL1A 4FX6M 1DJQA 4A2SA 4GC4A 3W7IA 4N4QA 2G5WA 4GUJA 4JTIA 2RHGA 1KM4A 2VFGA 4PL2A 4MKNA 2ZRXA 3L65A 1L6WA 4ADTA 2FB3A 3IIXA 3L2IA 3BG3A 5IBXA 1YADA 2V5LA 3HG2A 3ABRA 5I3KA 3PB2A 4E38A 3UWYA 1GVQA 1VHNA 3LHVA 2GQ8A 2CLIA 3QF0A 3NQ6A 3ZFHA 4FB7A 3STGA 2Y6ZA 3LBCA 4NVTA 3TJLA 1GYNA 3OHIA 4Y9AA 4NZFA 3C4UA 4MUZA 4NQ1A 3CEPA 2PURA 3R12A 5D2TA 4NJGA 3PG8A 4DF0A 3WJWA 2DZSA 5KZDA 3HGOA 3LI1A 5FEXA 1FWNA 1LLZA 2A85A 5G1TA 3PUOA 3NEVA 3OVQA 3P5ZA 5FEZA 5G2HA 4GUFA 2HSAA 1F5ZA 4UTWA 4O16A 4QQ3A 3H53A 2YYUA 4TMCA 4S2CA 1WAUA 2ZQ0A 4AWUA 3MWAA 3HG5A 3QW3A 4JTKA 5C5YA 1TTPA 2CLMA 1TRDA 1SZFA 4HPXA 2FJKA 4NJKA 3DFOA 3RF9A 4JDYA 1KBIA 1M6JA 4Z1BA 5MHBA 1I2RA 4MYXA 4TO8A 3L0GA 4PCFA 3NXFA 4N9BA 1L6YA 4PA8A 2B7OA 1AW2A 3W7PA 1MEHA 2FB2A 2GVLA 1VYSX 5KITA 1ME8A 3G1SA 3M5YA 5AHFA 2E5BA 4PFMA 2VXNA 4EF9A 1P4CA 3KRZA 2C0AA 2WO5A 1XUZA 5D2WA 2CU0A 4OV9A 3O1NA 3QH2A 3MI6A 3M47A 3BK0A 5LNWA 3W73A 3KRUA 1M7OA 3CIWA 3CQ0A 3RMJA 2W79A 1CX9A 4PTNA 1LZOA 4JTEA 1XDLA 3GR8A 2NXHA 2EAWA 3UD6A 2A7NA 4K7YA 4WJEA 1BTMA 3RNDA 3MP3A 1I45A 2E5CA 4FNPA 1OHLA 4U4MA 3IIOA 3E02A 2F84A 4ORIA 1EP1A 3EKLA 3B8DA 3QMRA 1VS1A 2Y7EA 2PRLA 1SZNA 4O4VA 1SUXA 4JXCA 1LRNA 4UNKA 4DEFA 1D3GA 3OVPA 4FNSA 5CZJA 1DJNA 4UMAA 3BW2A 3G1FA 4X22A 3S5ZA 4O53A 3UXAA 4IUOA 2CLHA 2YFOA 1CW2A 3EX6A 5U7SA 3M16A 4JY9A 1VCGA 3THQA 5FESA 1U83A 1I8JA 4GRSA 5K9XA 1UB3A 3BG5A 4BR1A 3HO8A 3DKLA 5D33A 3UWUA 4CNPA 4FNQA 4MY1A 1LLWA 1NAL1 3AO0A 3TU9A 1TPEA 3TFCA 3NM1A 3O16A 2HTMA 4LC8A 4Z0SA 4IOTA 2YPIA 1G4EA 1RQEA 1IGSA 2Y7GA 2A7RA 1A53A 2ZA3A 2VEIA 4NXSA 1DKWA 4AHOA 4K8HA 4M19A 1G4SA 4RZ4A 1TIMA 1OK4A 1SSGA 5KMYA 1EWDA 3EB2A 1GVFA 4YLWA 5FF4A 1P5BA 3R13A 1JQVA 3W1NA 4RCXA 2A2IA 2H8ZA 1A5AA 1V5XA 1OG0A 1RPXA 4NU7A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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