3C0JA

Structure of e. coli dihydrodipicolinate synthase complexed with hydroxypyruvate
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
292
structure length
291
Chain Sequence
MFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGTTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIEATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conserved main-chain peptide distortions: A proposed role for Ile203 in catalysis by dihydrodipicolinate synthase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 106
structure length 291
sequence length 292
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2008-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3c0jA00
3L66A 4M7TA 3W86A 5I3HA 3M1ZA 4QM1A 3G1AA 4IPJA 3N9SA 1ZENA 3W74A 1NF0A 5D04C 2ZRZA 1WV2A 3DENA 5HR6A 4J9JA 4LOCA 3FYOA 3LCGA 4ADTA 2VKZG 2E5DA 1W5QA 3G24A 4RX0A 3R13A 5D05A 2YDAA 4MVAA 4OGZA 4AB4A 2TSYA 1H62A 2E5CA 2CLLA 1GVFA 3PBUA 4YCOA 1OFRA 1EEPA 1ALDA 3GR8A 3EWBX 5AHLA 2RKXA 1PL9A 1PHQA 1KFCA 5EPDA 2ZA3A 4O18A 1P0NA 1RV8A 3TU9A 1YDVA 2VFIA 4KWVA 5SWUA 3NL2A 5EA9A 1DL3A 3W1LA 4MZ1A 4CNPA 2H6RA 3CHVA 2Y7GA 2IQTA 3HMJG 1TPFA 1OX6A 1QO5A 2P10A 2CLKA 1I2OA 3GYEA 2GQAA 1S5VA 1KBIA 1L2UA 5HUOA 4LC6A 4HPXA 4TIMA 4NNBA 3DHDA 4O0ZA 4UR7A 2GVLA 2Y85A 2I9EA 1GZGA 3U2OA 1W54A 4O16A 4MLRA 5F1UA 1CI1A 1T8XA 3EXSA 4X22A 3LBMA 4FNQA 5FF3A 1DHPA 3L9CA 4PODA 1UJPA 3RNDA 2DORA 1U83A 4HSOA 4XTIA 1KBJA 3M6YA 1VPXA 4QITA 4QSHA 2X16A 3TQKA 3OBKA 5DLCA 3B0UX 3TC7A 1S5TA 3NL3A 1KM2A 1X1OA 3DKJA 3I7SA 3FEMA 3L65A 3WK3A 1SUXA 3DFSA 3WFAA 4JY9A 2VFDA 2GJLA 1H7WA 4GUJA 4WXZA 5C6MA 2ZRVA 5K9CA 2Y7EA 5AHIA 3G1DA 3W7EA 2XFWA 3N2XA 2Y7FA 1TV5A 3I68A 1K8ZA 3NQ7A 4MY8A 1C29A 3HBLA 3LHTA 3DH7A 3B4UA 3SIZA 4N9BA 2NXHA 5D37A 1K8YA 2CW6A 3DFPA 3S1UA 3QF0A 1P0KA 1UUMA 4UFMA 2YPIA 1PIIA 3GZ3A 3T40A 4HT3A 1K3UA 1S3HA 4ORMA 4JNMA 2C6QA 4NZJA 5C2XA 4TU1A 2ZTKA 1QMLA 5AYYA 5J5RA 3NPUA 2QCNA 3W7PA 4CNOA 1YPIA 3EWUA 1SO4A 3T4CA 4NJGA 1J2WA 4JTLA 1H7OA 4Z0JA 2VFFA 5K9DA 1LBFA 3KRUA 1TPC1 4GUFA 1HL2A 1QOQA 3WJWA 1GG1A 4HNNA 2Y88A 4FB7A 1OX5A 1OYAA 4NT0A 5G2HA 4Z1BA 4IJBA 1XBVA 3DBPA 4KKXA 3S6DA 3QW3A 3KVJA 1C8VA 4M5PA 2JKAA 2YFNA 4ZMGA 3IIZA 2YR1A 4DPPA 3GAKA 2EF9A 1PCWA 4RR4A 2XN1A 4ML9A 2NUXA 1AW1A 1PV8A 5DELA 1TTIA 3GXTA 3IGUA 1KM4A 4OU1A 3VE9A 4O10A 5AN7A 3W9ZA 1ZY9A 1VYRA 5HWNA 1TJRA 2A0NA 1LLWA 2B7QA 1JQVA 4OHQA 3IIVA 2AGKA 5LNVA 1ZHAA 1Q6QA 4NQ1A 5F1VA 1GYLA 5I3IA 1Z44A 3QSRA 5AHNA 1F7BA 2VOMA 3O16A 4KWWA 4NJJA 3B05A 1CW2A 3S42A 4JN6A 1P4CA 3UWVA 3C2FA 1JULA 1KFEA 3TW6A 4YL2A 2NX9A 3INPA 1I8JA 3DFOA 3A9IA 3IEBA 4HN4A 5E93A 3HIJA 1IGSA 1XBZA 4O11A 5DY2A 3IRDA 1RD5A 2NX3A 2Z0IA 3WK1A 1AG1O 3HG2A 3P8IA 4IUOA 4FXRA 3G1XA 4NJKA 5CGQA 3L5MA 2ZTJA 1LOSA 1SO5A 2E6DA 3TH6A 1X6UA 4IPIA 2HS6A 4DEFA 4DO4A 3HGSA 5BNKA 4RZ5A 4UTJA 1WBHA 3G1FA 3VFLA 1TTQA 1UCWA 4RV8A 1QPNA 1JUBA 1LRQA 2AQWA 4CCEA 5D09A 4AF0A 3JS3A 2QCLA 4EVZA 4QIUA 1WA3A 1FXQA 1MO0A 2QKFA 2O7QA 4LS2A 2OT0A 3H55A 2C15A 3PC0A 1QPRA 3DI0A 1A5SA 1MEWA 3M7WA 1LYXA 2QF7A 1I2RA 4NJHA 3ZS4A 3T78A 2NZLA 1B9BA 1SFLA 4TMCA 1EUAA 5KMYA 3TSDA 2VC6A 3P67A 2VFEA 1SW7A 2GPTA 1LM1A 3SR7A 3GNNA 4BR1A 2DZXA 1W5MA 3E49A 2V0TA 4NXKA 4MYXA 4WX2A 1YLVA 1FXPA 2QR6A 1H50A 2E6FA 3GDMA 3LCWA 3TV8A 1R47A 3THQA 3FFSA 3IVTA 3PWAA 1M6JA 1E51A 4O17A 3TJLA 3NQGA 3PSWA 5TIMA 3BO9A 3L5AA 2NUWA 2X1UA 3HGJA 1TMHA 1HTIA 1TV8A 2VFHA 2Q8LA 3I7QA 4GJ1A 3B0PA 3G1SA 1FWWA 4IXXA 3I65A 5LNWA 5EL1A 3S1VA 1WQ5A 2RDWA 2HMCA 2A7PA 2W79A 5K4ZA 5CPOA 4JTFA 1TPUA 3EXRA 3N3MA 5D02A 4N4PA 2WOQA 2QAPA 2R91A 3W7KA 1VYSX 4K8HA 4WUIA 1QAPA 4Y8FA 3N14A 1TPH1 4EOUA 1FCUA 4NJIA 4DBEA 3O15A 3IVSA 4WQ6A 3BPWA 4WOQA 2QCFA 4BI7A 3FJLA 4BI5A 4QAIA 1SZEA 2E1DA 1F5ZA 1OFQA 2ZZ7A 1B3OA 3C4UA 3TAOA 5BRBA 5CPNA 3O8AA 4LT9A 2TRSA 1PE1A 1FCBA 1PHWA 5CKSA 5HJLA 2WNNA 5K3VA 2PE4A 2V5LA 4MZ8A 3R89A 4JTUA 3NGJA 4FX7A 1O5XA 2YCEA 4LS1A 1EX5A 1ONRA 4JEQA 1G7VA 1QWGA 4DO5A 4O8RA 3Q58A 2H3BA 3FKRA 3LCFA 4WY0A 3STCA 5I3GA 4HNUA 3TCEA 8TIMA 1W3TA 4LUIA 1JCJA 2BZNA 4JIQA 4O57A 4OWGA 2H8ZA 5F2IA 1I4NA 6ALDA 3E0IA 5HWMA 3LDVA 2V2DA 2ZZ5A 5EKYA 4YXGA 2FFCA 3W7MA 1EUNA 1UASA 3KHJA 2OCZA 4FX6M 4A3UA 3C56A 3WJXA 3DXIA 1HO4A 2C3ZA 5FEXA 4JD4A 2ZQ0A 2QDHA 3CPRA 4GXMA 3EKLA 5GVJA 4LTSA 3KFTA 4QNEA 3PB0A 1EIXA 3GNDA 3O06A 3O6CA 5HQEA 5L9FA 3QJAA 2FIQA 3BG3A 2NV1A 4QNWA 1FCVA 2ZCGA 2ZRWA 5E0KA 5EYWA 2FLIA 1YDNA 4PTNA 1B57A 2CU0A 5AOUA 4LC8A 2ISVA 3Q37A 5HUPA 4E2DA 4JGDA 1VZWA 4LVDA 4CQ8A 2GQ8A 3OA3A 4AMAA 3W3OA 1QFEA 1J4EA 3W7QA 3P84A 3RFAA 2E77A 1T99A 2PCQA 4X9SA 2OJPA 4JTEA 1N7KA 2ATSA 1HO1A 3GLCA 4NNCA 2C19A 1XC4A 4DELA 3UZJA 3G8RA 4MZYA 3W2MA 4Y9AA 3NOEA 4GE8A 4JR5A 4TO8A 1D9EA 3THAA 4UC5A 4N9DA 1NVMA 1JRCA 3AJXA 3EWYA 3HF3A 3EX6A 4N02A 4CCCA 5AHEA 4Z1CA 2E6YA 1SU5A 2JGQA 3NEVA 1OYBA 1QCWA 4FEZA 4UNLA 3M43A 3CWNA 4ALDA 4MFDA 3RK8A 1RQHA 4UNKA 1DBTA 1M7OA 1JQXA 2QJGA 4O4VA 1EP3A 4IX2A 5G5IA 4O1BA 2ATMA 2RDUA 3P80A 3W23A 3W7IA 4RKAA 1KLYA 4ZZ9A 4RXFA 2ABAA 1MEIA 3P81A 3NDOA 3D0CA 3CIXA 1O5KA 2QCGA 2KZHA 3E02A 2JGYA 1BTMA 2CLMA 5D2TA 3PSVA 1GG0A 4EF8A 2E6AA 3S5YA 3CLMA 3TDFA 3C52A 4UFKA 5FEPA 3E12A 2X30A 1ME8A 2VELA 1BWLA 4RXGA 3P8JA 1GTHA 2CZEA 4TMBA 3KRSA 4WD0A 3QSTA 3WJYA 1WXJA 3LI1A 2QCDA 1O95A 5CZ0A 3Q94A 4RK8A 1OF8A 3DFTA 3LXAA 2OX1A 4O50A 3W88A 4UTUA 2VEPA 1IXQA 1QPOA 4CCDA 1K7XA 1Q45A 1SR9A 1KM0A 4JICA 4M19A 1OFAA 3CEUA 3C2EA 2CLEA 1OABA 2WV8A 3RLUA 4O0KA 3G8EA 4UMAA 3W70A 1GEQA 3B8DA 3IV3A 4GBUA 4JDYA 2Y7DA 3NZ1A 3R5EA 1I45A 1IIGA 2Z1BA 3NQMA 4A29A 2ZYFA 4A21A 5AYZA 1I2NA 3EWXA 2YSWA 1XCFA 2QCMA 2QCCA 2DP3A 4Y6GA 2VEIA 1YTEA 1R2RA 3N73A 3KAOA 3QW4B 3WJSA 2C14A 4C1LA 3GKFA 4PC8A 5BOOA 4FHAA 1T0OA 4S2BA 3S1WA 3ATZA 1QO2A 3MO7A 4UFJA 1TPEA 2H90A 3TXVA 3C6CA 5KSWA 2QDGA 2X1TA 3U8GA 2TMDA 1VHNA 2I1OA 4LRSA 5G2IA 3KVKA 2NXGA 2FPYA 2J24A 4ORIA 4Q4KA 4N9EA 1AMKA 3ZFHA 4AEOA 1K03A 5KZMA 3DFQA 5AC6A 1NSJA 2V30A 4PL2A 4PL1A 4U4MA 2NLIA 3TNOA 4JX4A 4RZ4A 4JY8A 1SPQA 3L2IA 4Z08A 1NAL1 2VEKA 3NM1A 2I14A 3TX9A 5LGZA 2EKCA 3NVTA 4JTTA 4MY9A 2HS8A 1SW0A 3R2GA 3BG9A 2Q3RA 5LGXA 2NWRA 1XKYA 5G4EA 5E1QA 1ZFJA 4BWLC 3R8RA 1H1ZA 5D32A 3RMJA 1DJQA 1CX9A 2QUTA 2X2GA 1H1YA 1OF6A 3ELFA 1TQJA 2DU2A 3SZ8A 3ANYA 1IXNA 1SZNA 3PUOA 2J9ZA 3DKLA 3ABQA 2R8WA 3BLFA 4M6VA 2ZDRA 3W7NA 4UFIA 1VS1A 5AFDA 3I6RA 1OFPA 2YYTA 3SY5A 1ZAJA 3ZWSA 5G2WA 3QFEA 3E9AA 3BG5A 3W2LA 4DPQA 3LLDA 5C5YA 1A5BA 3PBVA 2B0MA 3PY2A 3T7VA 4RCXA 1G6CA 4BF9A 4JS3A 5FEZA 1VJIA 4BWLA 4K6AA 5HWJA 3LCLA 2PC4A 1J5TA 1ICSA 1GQNA 2DZVA 1KFLA 1JJKA 1VGAA 3CEPA 3QQ1A 5EY5A 5H91A 3S9YA 4N6EA 1DV7A 4MYAA 4IXHA 1UUOA 3SFKA 1K8XA 1X1ZA 4NXSA 4Z1AA 4S1FA 3L0GA 3TK7A 3M47A 1W0MA 3MI6A 2R14A 3PM6A 2V9DA 4FNPA 4RZ6A 1XBXA 3QH2A 3S8HA 5KINA 3P5ZA 5D38A 1FWTA 4FF7A 4O12A 1XBYA 2ZZ6A 4UTWC 5DBUA 1FDYA 3PG8A 3L0NA 1FQ0A 5LSMA 4OT7A 4A2RA 4UTMA 1GYNA 1A53A 3ABOA 3CC1A 4UIOA 3UWWA 3L67A 3TROA 3VI2A 4JTSA 2NUYA 3LHUA 4A22A 2FPTA 3OIXA 1WYIA 2BSLA 1TRIA 3LLFA 3NXFA 1JCLA 1O60A 1THFD 2Z2UA 4NNAA 1DQXA 2EHHA 4YLWA 4FNUA 2V2CA 1SO6A 2VFGA 4XKYB 2J88A 3W7OA 1KFBA 3MI2A 3OVQA 2ZZ1A 4MLJA 3TFXA 1F2JA 2A5HA 4O54A 1KV5A 4MJMA 2V2HA 4Y90A 3W07A 1JR1A 5BMWA 2C18A 3W1UA 1H7XA 2ZRXA 3EX4A 1W31A 2QEZA 1LDCA 4ADUA 3HGOA 1WOBA 2V81A 1GJPA 2V82A 4BI6A 1LRTA 1SFJA 4Z0SA 5L6UA 5DY3A 1TJPA 3TJXA 1VR6A 2J27A 3IVUA 2C1HA 3STGA 2FB2A 3LRMA 1A5AA 2E09A 4GWEA 3ATYA 3W22A 3TSBA 2TPSA 3PF3A 1FDJA 1AL7A 5DN1A 3CQ0A 1H63A 2B7NA 1RZMA 2J6XA 4NX5A 2OMAA 3UD6A 4D2JA 3GDTA 1V5XA 3H53A 2DZTA 1DKWA 3LERA 4AAJA 1LORA 1H51A 1JUEA 1TCDA 1ZJIA 3IGXA 4UTIA 3TW7A 3P7YA 3A5FA 4MKNA 1IF2A 3HO8A 3KX6A 2C0AA 4IMFA 3G0UA 3W1MA 5LKYA 3BV4A 4TR9A 3C61A 4ZQOA 3O07A 2DZSA 3BARA 3W72A 5DBTA 4ONVA 3MYOA 3NQ6A 3QMSA 2NV2A 4N9CA 1AK5A 1OJXA 1V7YA 4A2SA 3CTLA 5LNRA 1XI3A 1GVRA 4XBKA 1S5WA 5FF2A 3TFCA 3GB6A 3FIGA 1LOLA 2OT1A 2ABBA 3C2RA 3F4NA 3UY8A 3LHZA 5T26A 1EP2A 3W7RA 4MJZA 3DI1A 3NPVA 1WX0A 4QJ1A 5K9XA 3KXQA 1DQWA 4K7VA 3MHGA 1ME7A 1DVJA 3HPZA 3W2UA 2ZA2A 2GUUA 3M0ZA 3LOTA 3LV6A 1YXDA 4G1KA 3RLVA 1LROA 5I3JA 1JCMP 3O05A 4O1AA 4OV4A 2YYUA 1X8FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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