3C0JA

Structure of e. coli dihydrodipicolinate synthase complexed with hydroxypyruvate
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
292
structure length
291
Chain Sequence
MFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGTTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIEATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Conserved main-chain peptide distortions: A proposed role for Ile203 in catalysis by dihydrodipicolinate synthase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
total genus 106
structure length 291
sequence length 292
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2008-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3c0jA00
4FNSA 2CLEA 3DFPA 1M7PA 2VEPA 3A21A 3N3MA 4LC6A 4NJIA 2ZZ6A 1VHCA 4CNPA 3QJAA 2Z0IA 4FNTA 3HIJA 1XBZA 2QCDB 3B04A 3C61A 2XN2A 4GUHA 5LNUA 4NJGA 3EWZA 5KZDA 1H61A 5T26A 4ADTA 1XCFA 1YDVA 3BLFA 3DAQA 3DI1A 2QCFA 4NNBA 1VLIA 3MJYA 3ABOA 2HTMA 4O13A 3W2NA 1OFQA 2ZRYA 4LVDA 3FKRA 4WQ6A 3TX9A 2QF7A 5HULA 3RLUA 3S42A 3MHFA 3HJZA 2ZRWA 1TRIA 5I3KA 2BXVA 1C29A 3PBUA 1PV8A 1UUOA 5CZSA 1GYNA 1ICPA 3NQCA 1JCMP 1FWRA 3LXAA 3UZ5A 4TO8A 1VQTA 4PH6A 4RK8A 2J27A 3PUOA 1TQXA 1PHWA 4A21A 5H2ZA 2J9YA 3DKJA 1VS1A 1LLZA 2RH9A 2JK2A 3OG3A 3JS3A 1MO0A 4JYFA 3NPUA 3SECA 4FXRA 3PB0A 1S5TA 1VRDA 1QPQA 4MZ1A 5I3FA 4IPIA 1AL8A 3N19B 4ORMA 3C2EA 1W3IA 2QAFA 4ONVA 5G2HA 1Z41A 3EB2A 1KW1A 4XBSA 3EWXA 1WOBA 2Y7GA 3QW4B 3I68A 3RMJA 1OX4A 2YPIA 3P8JA 2EF9A 1JR1A 2PRHA 2LLEA 4BWLA 1JUBA 2ZTKA 1VLWA 2OMAA 2A2IA 1IXPA 3QC3A 2QUTA 2YSWA 3DFNA 4DEFA 3UY7A 3N2XA 4O28A 3IV3A 3MW7A 3TAKA 3GDLA 1XL9A 3RU6A 2CLMA 1HUVA 2XN0A 1I2NA 3F4NA 3O07A 1W37A 4LOCA 3S5ZA 4MPQA 1H5YA 4MZ8A 5I3IA 1TSIA 2WSYA 1G4SA 5F2IA 2VXNA 2PCQA 3NL5A 1H62A 3Q2DA 4AWSA 1DV7A 2EGZA 4LTSA 2G95A 4K39A 3IIPA 1VCFA 3I7SA 1EP3A 2H8ZA 2YFNA 1FUYA 2CLKA 5CSRA 1SFLA 1EEPA 3CHVA 1WA3A 2PRLA 2DP3A 5D38A 3I65A 3U2OA 2KZHA 1SSGA 2X30A 3R2GA 4BFAA 3NYZA 3LDVA 4BWLC 4KWWA 4XUGA 2ZA1A 4H6KA 4Y6GA 3FOKA 1EP2A 5G4EA 4RZ5A 3LCIA 1NSJA 4NJHA 5KITA 5MHBA 2VELA 4C1LA 5AB3A 4RLIA 5AFDA 2CU0A 2A5HA 4ZQOA 4M6QA 3GR7A 4N02A 3NL2A 2G5WA 2B7NA 1YTDA 1WAUA 1OX4B 1LTDA 4K7YA 3G8EA 1GG1A 5J5DA 3PULA 3UPWA 4IMFA 4Q33A 3W2KA 3EWUA 4NZFA 1F6PA 4EF8A 4RX0A 1Q6RA 3B4UA 3C2RA 1H63A 5FEXA 5D2YA 3W7IA 4LV4A 1TPWA 1VH7A 4WXZA 5LHEA 3SZ8A 2C13A 4JTSA 5SWUA 4KWVA 1F2JA 3W3OA 1OFPA 1TPEA 4N9EA 5AC7A 3NM3A 3TH6A 3BV4A 2YX0A 4JTTA 1UBSA 5LNWA 1YTEA 3OA3A 3UWYA 3DFQA 5DCEA 4JYDA 1ME9A 1FCVA 4UTLA 1LP6A 1KV5A 3SJ3A 3TSMA 1TCDA 1H7RA 3ABRA 1OFOA 2OX1A 1IXNA 1SO5A 2WJZA 4N9BA 1DORA 2Y6ZA 3QMSA 3FLUA 3MMTA 3NQ8A 5IM51 3W1LA 3A5VA 4A2SA 4LS2A 1H7WA 1JULA 2A7PA 4NT0A 3M7WA 3C2OA 1ZJIA 1F05A 2DZWA 1TIMA 5LSMA 1KFLA 1LOSA 1FBAA 2Q3OA 4JDBA 3SFKA 3W2UA 3N34A 3HGRA 3NQMA 3GXTA 4NZJA 3SY5A 4OT7A 3TSBA 1QOQA 2Q3RA 4CNNA 1LM1A 2VFDA 4GE8A 4O1BA 5DXYA 4YMZA 4IGHA 4DPQA 1XDMA 2WQPA 5FEZA 1AW1A 1U83A 4JR5A 4JTJA 4IMGA 1G6CA 1FY6A 2FB3A 6ALDA 4GUFA 1TJPA 1W3TA 1OFRA 1AK5A 3QFEA 3W7JA 3W1RA 3DU0A 3YPIA 2CW6A 4BI5A 4M19A 5U4NA 1PS9A 3W7NA 4Y96A 2B7QA 4PL2A 2VFIA 3W7CA 2BTMA 1SPQA 4UTJA 4UTHA 4FF7A 4CLMA 2H3DA 3W7EA 3ABSA 4K8EA 1K3UA 4IXHA 4TU1A 1W3NA 2TMDA 4KFOA 5K4ZA 3G18A 2Q8LA 1PIIA 3CLMA 3DH7A 3NQAA 3O6YX 4G1KA 2NUYA 1H7PA 5BRBA 1ML1A 3AO0A 3K30A 3QSTA 4PC8A 3R89A 1R47A 1EWDA 3ATZA 5GVJA 5H91A 1FCQA 3TROA 5HWMA 5CZ0A 5A5WA 4PEKA 5CZTA 4NNAA 5D2WA 4J9JA 5CPNA 3M43A 3INPA 4AWTA 1JRCA 3O06A 4MLRA 1YXCA 2E6FA 3W83A 1MZHA 3LM7A 1IXQA 1M6JA 1V7YA 1JUKA 5A8GA 1GG0A 1P0NA 5G4WA 2X2GA 2EPHA 5C5YA 2ZDRA 3BPWA 3O8AA 2GQ9A 2Y7FA 2VFEA 4DO5A 5I3HA 4FNQA 1VGAA 1M7OA 3W71A 2ZRVA 2ZZ7A 2E68A 5AHEA 3BGJA 3BO9A 3USBA 3W7GA 2QCLA 3TQ0A 4Z1AA 2ZFAA 1KM5A 1K7EA 2VFFA 4LS0A 1T0OA 1BWKA 1TV8A 2VKZG 5KSWA 4FNRA 3DBPA 3PSVA 1I45A 1QMLA 3W07A 2E6AA 1XM3A 1CI1A 1NAL1 1G4EA 3TC6A 1LRTA 4DQWA 3HBLA 3QQ1A 3GKFA 3EWYA 4R34A 1VYRA 2J6XA 4OQVA 4O11A 5BNKA 3GYEA 4LUJA 3S8HA 4HPJA 3LTYA 4X3ZA 3LHZA 1KM0A 2V0TA 3L67A 4N9DA 4OWGA 2ALDA 2Y63A 4GXMA 5F1VA 3GAKA 2C0AA 2PURA 2NX1A 1LZOA 3PBVA 2ISVA 2QCCA 4AF0A 5DY2A 4O52A 5FI8A 1EA0A 4LVGA 4L4LA 2E5DA 1ZAHA 3VCRA 1KM6A 1V5XA 3CTLA 1W54A 3MP3A 2GPTA 3PR2A 1WOAA 4O8RA 3M5YA 3EX1A 3LHYA 3W87A 3CT7A 4DBDA 5HR6A 1P5BA 3C8FA 4YCOA 1TPB1 1K8ZA 1BEUA 3HG2A 3W1UA 4YXGA 2GOUA 5FF7A 1RV8A 4HKPA 5DCBA 1ZALA 1T8XA 1VR6A 2V2HA 4GUIA 4LVAA 1L9WA 5D05A 3T44A 5K9CA 5G2IA 1FXQA 3E02A 1D9EA 3RF9A 3M5XA 2C6QA 5D37A 1U5JA 4UFJA 3C2VA 5G2WA 3LHWA 4I7UA 3V75A 2QAPA 5D33A 1XXXA 5F4XA 1JVNA 4DF2A 5BW6A 3UWQA 3GZ3A 4UFLA 1SQ7A 3W23A 1W5NA 2OCZA 4X9SA 3STCA 1H7OA 4X22A 3LERA 5HWNA 2WO5A 1GVSA 3KVKA 1KBIA 2GVLA 1RQBA 1R46A 4LY8A 5U7SA 2CZDA 3T7VA 4ZQPA 4MY8A 2O7QA 2OJPA 2V5BA 1YDOA 2R8WA 3L21A 4RZ6A 4XKYA 4RR4A 4O1CA 2WPBA 4IPJA 4UMBA 1H1ZA 1SR9A 4ZVJA 1WBJA 4O17A 3GXPA 2NLIA 1KLYA 3NPVA 1X6UA 5G5IA 2DZXA 1G67A 3VFLA 2NXHA 1HL2A 1HG3A 2BWGA 1B4EA 1KFJA 4QSHA 3LB0A 4RCXA 3FS2A 4B5NA 1H1YA 4AHOA 3M6YA 2TPSA 4ZQCA 1QWGA 3WJXA 1AW5A 3CIXA 4HSOA 3HG4A 2ZQ0A 3RK8A 2GJNA 4QNWA 2HS6A 1VC4A 3M0ZA 3WJZA 5BMWA 1ONRA 2AAMA 1SO4A 3DXIA 3WJYA 2FPVA 1XFBA 1PHQA 3HOJA 4LC8A 3PWAA 1FWNA 2WKJA 1UB3A 4JTLA 5HNRA 4FHAA 3PS7A 1CW2A 1ZHAA 2B4GA 1XC4A 5LNSA 1QDSA 1TTQA 4IUOA 5HUOA 1K7FA 3W7OA 4YCPA 2ZZ3A 1SZGA 4WD0A 1A5BA 2OT1A 3UXDA 3O63A 3AJXA 3L5MA 1WQ5A 4CNOA 2Z6IA 3H54A 2FPTA 2WNNA 2DZUA 2FDSA 3IVTA 5D04C 5DCDA 1RVGA 4N4QA 4MUZA 1O5KA 4UTWA 4JY9A 2VOMA 3LLDA 3W72A 5KINA 3QF0A 4JIPA 4TX9A 5K9XA 1R30A 3M41A 4E2BA 2NZLA 4NXKA 5AHNA 3MWAA 3W2MA 4M7SA 1EIXA 2QCEA 2E5BA 4FIRA 3RFAA 3QPYA 1YXDA 4MJMA 3W2JA 4LRSA 1A5CA 3Q94A 4U28A 2V82A 3UZJA 2W79A 1Q3NA 5K7JA 1LBMA 4S2CA 3L0NA 4ALDA 4Z1DA 3VNDA 2VEKA 4LW7A 1SW3A 3IEBA 6TIMA 2Y7DA 4XTIA 3TUUA 2QEZA 1VHNA 3OVQA 3OVRA 4NJJA 3A23A 3LGEA 5HUPA 3KRZA 2I1OA 3UY8A 2CLLA 3M47A 2D73A 3LV6A 4I9AA 2V9DA 2NWRA 1TPDA 3P5YA 2DZVA 4XBKA 1F73A 3W1TA 3W22A 3P80A 5HWJA 1L6YA 3IGSA 3PBWA 1W56A 1OK6A 2JKPA 5E1QA 4LV9A 1VPXA 2B7OA 4UTWC 1VYSX 1JUEA 1TTPA 3HPZA 4ADSA 4FX6M 2R14A 2DJXA 1YLVA 1OFEA 3MO7A 2CZEA 4I7VA 2Q8ZA 1GTHA 4O1AA 5C6MA 3P5ZA 2B0MA 1AG1O 4OV4A 3P61A 1FDZA 3CPRA 4U4MA 3M5VA 4LNYA 4WXYA 1JCNA 3DENA 2RDTA 4EVZA 1LBFA 4CCDA 1KV8A 3L0KA 3B0VC 3JRKA 5AYYA 3UQNA 5LKYA 1KM2A 2VEIA 5FF0A 1I8JA 3TV8A 4HNUA 2QCNA 1H50A 1J2WA 1HTIA 3NQEA 3GVGA 3G1DA 3NL3A 3W73A 3W70A 1GOXA 3NOEA 3A24A 1GT8A 1TPC1 4KFPA 1F76A 3IVSA 3N2MA 4GUJA 3TIMA 1R2RA 2E6YA 2TRSA 4UTIA 3TSDA 2I9EA 3TW7A 4QQ3A 4K8HA 3LCGA 2NXGA 1RQEA 4DBEA 4IMEA 1S5WA 3L68A 1ME8A 1FDYA 4N2YA 1AL7A 3EWBX 3LCHA 2QJIA 2YXGA 1LRNA 4K6AA 3H55A 3WJWA 2ATSA 3W7QA 1XBXA 1OFAA 4MYAA 4TMBA 5EA9A 1LROA 2CZ5A 3DKLA 3C56A 3B05A 5K4XA 3W85A 3O1NA 1OFDA 2ZRZA 4PTNA 3BK0A 4K37A 1ADOA 5LGZA 4RKAA 4UFMA 4O50A 5LHFA 3M16A 1KBJA 3ZR4A 1SZEA 1I4NA 2NV2A 3L2IA 1WX0A 3GNDA 4HSNA 2NUWA 3TC7A 2ZZ4A 2A85A 3G1HA 1GEQA 4FO4A 2J24A 3NQ6A 5HINA 4P2VA 4XQ6A 4GJ1A 4JS3A 2Y85A 5DBUA 1B3OA 1W0MA 3OBKA 5CKSA 4O53A 3G1AA 3JR2A 1L6SA 2NX9A 5D02A 2FIQA 4A2RA 4NJKA 4LU0A 1K8YA 1Y0EA 2ZCGA 3G22A 2H90A 1SW0A 3NQVA 3VE7A 1RPXA 2VENA 3THAA 3P82A 1EUAA 1YADA 5HR7A 4MFDA 1GYLA 4M6VA 2ZBTA 2QDGA 4DF1A 1LCOA 4GUGA 3M5ZA 5AYZA 4D2JA 4JX6A 3G0XA 1W5MA 2DU2A 4UTTA 3IIXA 1D3HA 2GVGA 3W84A 5F2GA 2O7SA 1C8VA 3I7RA 1L2UA 3NAVA 1B4KA 4IX0A 3IIZA 1T99A 1I2QA 2CZFA 3V1PA 4UTKA 1OYCA 3TU9A 3SR7A 4Z1CA 3BW3A 1GVRA 3W1QA 3TK7A 1C9DA 1KFCA 4UCGA 2Z6JA 5BOOA 3LCFA 4KKXA 3FJ6A 1KFEA 3MI6A 2C1HA 3WK2A 3NM1A 5FF3A 3W7RA 3NVTA 1VYPX 4WY0A 1GZGA 3STEA 2H6RA 3W88A 3GB6A 3QW3A 1O4UA 4MYXA 1O94A 3KRSA 3E49A 1FXPA 3NZ1A 2P0OA 4UC5A 2ATMA 3NL6A 4FNUA 3SW6A 2AQWA 1EPXA 4UTTC 2A0NA 1GVOA 3ABQA 4QNEA 1M5WA 4MY9A 3GAYA 5EMUA 4GBUA 1OF6A 4JDYA 3CWOX 3TE9A 5F2LA 3TJXA 2X1RA 5TIMA 4IWWA 2QCHA 4ORIA 3EX4A 2Y89A 1SW7A 3F03K 1IF2A 3GDTA 4FX7A 4UFIA 2QCGA 3QEZA 4L4MA 1TB3A 1ME7A 5DN1A 5KZEA 2YZRA 2WV8A 3NPWA 2JGYA 1X7FA 1JQVA 1OHLA 4IXXA 1TPVA 2A4AA 4OGZA 2FQIA 5K9DA 4MZYA 3WK1A 3O05A 4WJEA 3ANYA 5FEWA 3TXZA 1SUXA 1O95A 1SSDA 4JICA 3T55A 4ICNA 2NWSA 5F4SA 2GJLA 4OV9A 2E09A 1VCVA 2FFCA 1GWJA 3T78A 5K3VA 1KM3A 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 5D09 A;  2GVJ A;  1OG0 A;  3OVP A;  2V81 A;  2CLF A;  1F74 A;  4M6P A;  1TPU A;  1XUZ A;  4LT9 A;  4UIO A;  4PA8 A;  1DQX A;  1FWT A;  1QR7 A;  2QJG A;  3P7Y A;  4DPP A;  2DZS A;  3BG5 A;  2QDH A;  3Q58 A;  2E77 A;  4W9T A;  3A22 A;  2P1F A;  5IBX C;  4N9C A;  4K38 A;  1D3G A;  4JGD A;  4WUI A;  1RR2 A;  3NGJ A;  4O1D A;  4GNJ A;  1RZM A;  3NQD A;  1KFB A;  2C15 A;  2BX7 A;  2J9X A;  3NQG A;  1NF7 A;  1J5T A;  3I6R A;  1YPF A;  3C3N A;  5LGX A;  3E96 A;  4GWE A;  4AAJ A;  3NR0 A;  2Z2U A;  1KTB A;  3S5O A;  2FJK A;  4JY8 A;  4QJ1 A;  1TYG A;  1LOR A;  1LOQ A;  3HO8 A;  4UXD A;  1HO1 A;  2ABB A;  3TXV A;  3THQ A;  1SO6 A;  4M7T A;  5CGQ A;  4UMA A;  2GUU A;  1K8X A;  3O6D A;  4OHQ A;  3TFX A;  5F4W A;  5K2Z A;  1HO4 A;  5F2M A;  4Z0S A;  1UCW A;  2P10 A;  5DEL A;  4H3D A;  3KHJ A;  1SZF A;  2YYT A;  4HN4 A;  3QH2 A;  1F5Z A;  4QIT A;  1R2T A;  2BSL A;  3TKF A;  3DFS A;  5F1U A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3ZYZ A;  4EAM A;  3N3M A;  4LY4 A;  3STP A;  4LC6 A;  5FJU A;  2GVE A;  5MKG B;  5CGT A;  4JFT A;  4LYR A;  3GNP A;  4RW3 A;  4HPG A;  4FNT A;  1XBZ A;  3AIW A;  1XRV A;  3B04 A;  3N4A A;  4WK9 A;  4GUH A;  4X60 A;  1TR1 A;  3BDK A;  1XG4 A;  3KE0 A;  3CQH A;  4ADT A;  4L1X A;  4HTY A;  1UOK A;  4LAN A;  3ABO A;  2Z2B A;  3AXX A;  3C86 A;  1OFQ A;  2PF8 A;  3BJS A;  3WQV A;  3TX9 A;  3EEZ A;  5HUL A;  3MHF A;  3HJZ A;  3S47 A;  2ZRW A;  1TRI A;  4E3V A;  3F2B A;  5CZS A;  4W88 A;  2WSP A;  5JMU A;  1GYN A;  1ICP A;  1EHA A;  3VIM A;  4RK8 A;  2E8Y A;  2J27 A;  2A3C A;  4IIE A;  4LEQ A;  4LAO A;  2FJU B;  1VS1 A;  2NVA A;  2RH9 A;  2JK2 A;  1MO0 A;  4CNU A;  2WWC A;  3OGR A;  1ODZ A;  1QPQ A;  1DTU A;  4DVO A;  3EOU A;  2ESC A;  1I6N A;  3UXI A;  3ARX A;  3C2E A;  2QAF A;  3LSB A;  1ZLP A;  4DN1 A;  4IL2 A;  3GUG A;  3AS0 A;  1Q7M A;  3I68 A;  1WDR A;  1XLD A;  5JBF A;  3VXG A;  3P8J A;  4PB4 A;  2LLE A;  3W26 A;  3APG A;  2WPG A;  3TTO A;  1JUB A;  2BAS A;  2ZXA A;  3WUG A;  1V6T A;  5A6B D; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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