3C4U | Genus

Total Genus 109

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	109
sequence length	307
structure length	292
Chain Sequence	MLVKGNEILLKAHKEGYGVGAFNFVNFEMLNAIFEAGNEENSPLFIQASEGAIKYMGIDMAVGMVKIMCERYPHIPVALHLDHGTTFESCEKAVKAGFTSVMIDASHHAFEENLELTSKVVKMAHNAGVSVEAELGRVLVNPKEAEQFVKESQVDYLAPAIGTSHGAFKFKGEPKLDFERLQEVKRLTNIPLVLHGASAIPDNVRKSYLDAGGDLKGSKGVPFEFLQESVKGGINKVNTDTDLRIAFIAEVRKVANEDKSQFDLRKFFSPAQLALKNVVKERMKLLGSANKI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Synthesis and Biochemical Evaluation of Selective Inhibitors of Class II Fructose Bisphosphate Aldolases: Towards New Synthetic Antibiotics. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase
molecule tags	Lyase
source organism	Helicobacter pylori
total genus	109
structure length	292
sequence length	307
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2008-01-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01116	F_bP_aldolase	Fructose-bisphosphate aldolase class-II

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3c4uA00

4IGHA 1W5OA 3ZFHA 3IGUA 1LP6A 2ZTKA 3IVSA 2DJLA 4LS2A 4UMAA 2CLFA 3CU2A 3E49A 1SFLA 3RFAA 5I3JA 1IGSA 1H7RA 3DI0A 1S5VA 3S1UA 1NF0A 3A5VA 4BI6A 2TRSA 4IJBA 4PH6A 5FESA 1JUEA 1CI1A 2OCZA 4G1KA 1V5XA 5D38A 3TQKA 1M5WA 2QUTA 3E02A 3DH7A 1Q6RA 4E2BA 3UY8A 4OE7A 3C2FA 1HUVA 3MYOA 2QR6A 4KFPA 1FDZA 1SZGA 4XTIA 1W5NA 2CLIA 1VYRA 1OVDA 4O4WA 4NXKA 3KFTA 1EA0A 5AFDA 3STCA 1W0MA 2YCEA 4LRTA 3BV4A 3SFKA 2JGQA 3UWYA 4FB7A 2CLEA 1H7OA 5D02A 1YPIA 2A2IA 3LHYA 3T40A 1OFBA 2WNNA 2XN2A 1WOBA 1FCBA 3P74A 3PWAA 4KFNA 1WOAA 4HHPA 5EKYA 3KVKA 5LGZA 2ZZ6A 1PL9A 2CZDA 1YDOA 1LLZA 1GTHA 1TPC1 3DI1A 2NUXA 3BLEA 2ZRZA 2QCMA 3E12A 3O6DA 2NV1A 4IX2A 4X9SA 3NZRA 3GDMA 3MP5A 4UNLA 5L6UA 4UTWA 2ZRUA 3HOJA 1N7KA 3NQ6A 1THFD 2I14A 3FLUA 3LHVA 5LNSA 1AK5A 1H51A 2QCCA 2E6YA 4MJZA 5HMSA 4M6QA 3A24A 5CPOA 4LU0A 2A6NA 1UASA 1K7EA 3KRZA 4RZ5A 3W7RA 2J9YA 3JRKA 1ZAHA 1DKWA 1T96A 3UWQA 1OFOA 3LCHA 2QCFA 5IM51 2OT1A 1OX4A 2Y6ZA 4FX6M 5HNRA 1DJNA 1K02A 2ZRWA 1QO5A 4MZ1A 2A1YA 3NM1A 3LV6A 1OFAA 1KV8A 2CLMA 1G69A 4PEKA 3TMLA 4WXYA 4BI5A 1TMHA 4U4MA 3R8RA 4DELA 3AJXA 3EWYA 4O52A 1NF7A 1SQ7A 4UFHA 5EBUA 2C16A 4DQWA 3HF3A 4AF0B 3IVUA 3WJZA 4FNQA 1GVFA 4FO4A 3MHUA 4YLWA 4RR4A 3EX3A 4FHAA 1TPDA 1H7NA 3I65A 1NEYA 4GBUA 2Z2UA 3HIJA 4S1FA 2DORA 1H7PA 5KINA 3H55A 3LHWA 1GWJA 2QAFA 1KM1A 2FJKA 3L5AA 2VFDA 2NWSA 2IQTA 3TFCA 1G6CA 3MBFA 5A5WA 3IV3A 1F7BA 3W1RA 2BSLA 1X1OA 4FNSA 1WBHA 4OGZA 1KTBA 3O8AA 3LXAA 4L4MA 3W2LA 2X30A 2O7QA 3GKFA 3TAOA 1RZMA 2ZBTA 1KLYA 2JBMA 3MHFA 3OIXA 3GAKA 5AHEA 3QF0A 1A50A 4JTUA 3CQ0A 2VFHA 5CZJA 1SSGA 4POCA 2QUVA 4NNCA 4O54A 3MW7A 4GUHA 4GUIA 4AHOA 4ADUA 3PUEA 3P67A 3LV5A 3GR7A 1H5YA 3CEPA 5LHFA 3NPXA 2Y70A 3HPZA 3BW2A 3LLFA 4RXFA 4YWIA 1TV7A 3CEUA 3DFQA 1LRNA 4N2YA 3IGXA 3NDOA 1JQVA 1O94A 2Z1BA 3G1VA 3THAA 1O95A 3V75A 2X1SA 4O1BA 3RNDA 4JEQA 1OYCA 3ABQA 3W7CA 3R12A 1KM4A 4UTIA 3OEXA 1JCXA 3W1PA 4O8RA 3W6YA 4O15A 4ORIA 3NVTA 2CLLA 1TTIA 5CZTA 4P61A 3PSVA 3LCFA 3BARA 3W84A 2W6RA 8TIMA 1PHWA 3STGA 1QR7A 3MI6A 3UD6A 4N4QA 3EWUA 4QISA 4LVAA 3UY7A 5TIMA 4OU1A 2Y7DA 5AC7A 4MZ8A 5AB3A 3GDTA 4WD0A 3T55A 2H3BA 3NOEA 2VEPA 1IIGA 5AYYA 1Q45A 1GVRA 2J6XA 3UWZA 1LOLA 5DELA 1MEWA 3W73A 3EWBX 3NR0A 3W3OA 4PL2A 3EX1A 3GXNA 5CG7A 3P5YA 3M5ZA 4LC6A 5I3HA 4CNNA 5DY2A 4IMGA 2B7PA 3TUUA 1XM3A 1TQXA 3PR2A 2PC4A 2QCEA 1WDWA 4JTJA 5D2XA 4IUOA 3P82A 1KFCA 5LSMA 3EXRA 3G8EA 2YSWA 5KZDA 1PHQA 4FNRA 3BG3A 5G4EA 3AO0A 4BK9A 1S5TA 1KM5A 4AXKA 4JTLA 3IGSA 3INPA 5EPDA 2YPIA 1YXYA 3O06A 4TMBA 3R13A 4I9AA 6TIMA 3TJXA 3L0KA 5AOUA 4DF2A 1VC4A 1DBTA 1XUUA 4O13A 4FIQA 1BWLA 1HO1A 4RXGA 4LV4A 4JTFA 3G1YA 1H62A 3CTLA 2E6FA 5F1VA 1JCLA 1H50A 1IXPA 3NPVA 2X1RA 4WXZA 4FX7A 3MP3A 5C5YA 1RQBA 2CFFA 2VFFA 1M6JA 2A85A 1F5ZA 2V8ZA 4O18A 3NO5A 3MBDA 2FPVA 3GDKA 4O0KA 5AHLA 4NZFA 2FFCA 1LBMA 2GQ9A 1R2RA 4MOZA 3TCEA 3OA3A 1KTNA 3DFPA 5E1QA 4CNOA 3GVGA 2Q8ZA 1TCDA 4JTHA 4E0CA 1IXQA 1T8XA 2QCDA 5F4XA 3UZJA 1HO4A 2TYSA 1QFEA 3NA8A 1SU5A 1UJPA 4QNWA 1NVMA 4DF0A 4LTSA 3L9CA 1H63A 1N55A 3G18A 3UZ5A 3O1NA 3HJZA 1DV7A 2X1TA 4MPQA 1LZOA 2DZPA 4RV8A 4ORMA 2Y88A 4TX9A 4K37A 1W8SA 1VYSX 3S9YA 5F4WA 5DBTA 3ATZA 2J9ZA 1RQEA 3I6RA 4I7WA 2GVLA 1GJPA 4ICNA 3ABRA 3DHFA 3ELFA 2ZA1A 1K7FA 1SPQA 2DZSA 1SW0A 2QKFA 4HIBA 2A21A 3ANYA 2RH9A 1F73A 1FX6A 1QPRA 3W7EA 3MI3A 4A2RA 1KFLA 1AG1O 1RVGA 3W7KA 3EB2A 1YXCA 3SSJA 2NX1A 3TDFA 2A6LA 1G4TA 4M7TA 1JCMP 5TBOA 3IRDA 4YCPA 1K8YA 5F1UA 3GXPA 3QJAA 3LCWA 4H4IA 5FI8A 1RQHA 2YDAA 3PULA 4ZQCA 4CCCA 1EUNA 3G3DA 3USBA 1I2QA 2GVJA 2CZ5A 4OBTA 3LCXA 2QAPA 5LGXA 5CPLA 4UTHA 4ZVJA 3P61A 2NLIA 2YGYA 1TV8A 1OFEA 2YZRA 4C1KA 2E5CA 4OV4A 3W7IA 1F2JA 3IIVA 2JK2A 4LY8A 4Q4KA 5K9XA 2Y7EA 4IPIA 1W5MA 3W83A 1G4PA 1EWEA 4WUIA 1LOQA 3NXFA 3NQEA 4FF7A 4HN4A 1TPB1 3I68A 3DFTA 2EAWA 2ZFAA 1DOSA 4QAIA 2TSYA 5IBXA 3V1PA 2P1FA 1VZWA 5D2WA 1KFBA 1X8FA 1X6UA 5FF2A 5GVJA 2B0MA 1FCQA 4EF8A 3CWOX 4Z1AA 1SZFA 1XKYA 5J5RA 2NX9A 4IMFA 3W7DA 1M7PA 4D2JA 4MFDA 2QCHA 1SO5A 3LTSA 4K38A 4UFIA 1YTKA 3VFLA 3KRUA 3G24A 3B06A 4KKXA 1TRIA 2VELA 3DHDA 4BWLC 1EP2A 4LVBA 4MLJA 2Y89A 1ZHAA 1JUKA 1W54A 3L21A 4NJJA 3B0PA 4NQ1A 5HQEA 3E0IA 3NPWA 3PF3A 1ML1A 2A7NA 1YPFA 1TTJA 1LTDA 3GKAA 3FS2A 1TIMA 3LCLA 4IOTA 2QCGA 4CLMA 4I7VA 4TR9A 5DLCA 4WZHA 3C3NA 4UIOA 4UTTC 1Z44A 1EP1A 2GOUA 1B4EA 4PA8A 3TH6A 3NQDA 5G1TA 4JTGA 3QRHA 3N19B 1OFPA 1WXJA 3NQFA 3A23A 1A5BA 2UV8G 5AC6A 4TIMA 4UXDA 3YPIA 2ZZ4A 3PUOA 1GQNA 3W88A 4JTIA 5FEZA 5AHNA 3HBLA 3BG5A 5F2GA 3TFXA 2HS8A 3SR7A 3VE9A 4RLIA 4LV9A 1T0OA 3B05A 1I2NA 1ME9A 1LRQA 4PL1A 3W1QA 3W7GA 2NZLA 3MUXA 4CQ8A 1LROA 1D9EA 2E1DA 2WSRA 4PFMA 2Y62A 4GUJA 3CPRA 3W1LA 3FOKA 3A22A 3U8GA 3OG3A 2J27A 1D3GA 3C56A 3MI2A 2BLEA 4CQAA 2JKAA 2PRLA 4A3UA 3HGJA 2JKPA 2GJNA 1FWNA 3DXIA 2CZFA 5HR7A 3GB6A 4I7UA 1PCWA 3NAVA 3T78A 3M5VA 5K9CA 1GPWA 1LOSA 2DZVA 3QSRA 2V9DA 3EKZA 2DZUA 3G0UA 3SJ3A 1VHNA 1F6KA 5D32A 2ZTJA 5I3KA 4JS3A 5DY3A 5CSSA 3KHJA 3TMQA 4NJHA 1UUMA 3T4CA 1YDVA 3VKJA 1ALDA 3SGZA 1I2PA 3MHGA 3WK2A 4A2SA 4BF9A 3EX6A 4WY0F 3C4UA 2WSYA 4R34A 1RPXA 4CCEA 5DCBA 4QITA 2NXHA 1OJXA 3IIXA 3KRSA 3LB0A 3UNDA 5DCDA 2C19A 5C54A 2C1HA 2PURA 3WJXA 3CLMA 1ONRA 3BG9A 3QMTA 4UFLA 2NUYA 3QYQA 4AF0A 1F6PA 3QC3A 4N9EA 4DF1A 4QQ3A 2GVGA 3P80A 4MKNA 3U6WA 2QUUA 4EF9A 2QF7A 1K03A 4E2DA 1BKSA 4Q32A 3KX6A 1ME7A 5MHBA 1KM3A 2ZDRA 4AVFA 3HB9A 4N4PA 1GVSA 1S5WA 1YYAA 3G0SA 5H2ZA 4UTLA 1PVNA 4ADSA 4BFAA 4X3ZA 3W2JA 3WFAA 4UFJA 1LCOA 3TC7A 2V2DA 3SIZA 3VCRA 3CIXA 4EWND 3PC0A 2WKJA 1B9BA 3HO8A 3W7LA 2J88A 5FF7A 2CLHA 1DL3A 3L0NA 4PCFA 2R94A 1VS1A 3EX2A 3G0XA 4L4LA 5I3FA 4DPPA 2GJLA 3S5YA 4GJ1A 1WYIA 3PUDA 4AWUA 3THQA 4QIUA 4OT7A 1JRBA 1D3HA 4Y6GA 3NL3A 3L0GA 1L2UA 4O50A 1UB3A 4GRSA 1TRDA 2B4GA 5ABTA 1W5PA 3UQNA 5C55A 3KVLA 1O4UA 2Q3OA 2V5BA 1GVOA 2ISSA 4X22A 1U83A 4O4VA 3GK0A 3TSBA 2PRHA 4XKYA 3LTYA 2WNQA 5K3VA 1YTEA 3R2GA 5K9DA 3ZWSA 3ZWTA 3MWAA 4FXSA 1OG0A 1ICQA 1TB3A 4QNEA 1WQ5A 3S1VA 1EP3A 4FEZA 4XKYB 1PV8A 1OABA 3C2VA 3TK7A 1JCYA 3N2MA 5KMYA 4O11A 4O0ZA 4ADTA 3S5ZA 3WJYA 4ONVA 3O6CA 3G22A 5AHFA 3ZS4A 4ZQOA 1PIIA 2OZ0A 1K7XA 4MFEA 1GTEA 3QFEA 3PBUA 2CLOA 1QOPA 5A8GA 1EB3A 3HGRA 4GFSA 1X7FA 3PAJA 4PC8A 1AW5A 3KAOA 1VJIA 3B4UA 2EKCA 2A5HA 1SZEA 3NQ2A 3PG8A 1QPOA 2A4AA 2YXGA 1P0KA 4Z1CA 1XL9A 3VE7A 5K2ZA 2ZZ1A 3W1NA 4O16A 5LNWA 3SECA 2GUUA 4U28A 3EWZA 3QPZA 4MIMA 1EX5A 2YR1A 5D30A 1OYBA 5LHEA 1G4EA 3HG3A 4FNPA 4HPXA 1XDLA 1JQXA 1NSJA 2Y7GA 1KFEA 4DBEA 2ZA2A 1WAUA 1K8ZA 4JTTA 3M5YA 1ADOA 2C18A 2YX0A 4O1DA 2ZYFA 4P2VA 4JIPA 4OV9A 4UMCA 4AWTA 3N2XA 1VQTA 3M1ZA 2PCQA 2Y7FA 3BPWA 3NQCA 3LOTA 4RZ6A 1XCFA 1KBIA 2Z0IA 2G97A 4UTWC 3C2OA 1L6YA 2V0TA 4GC4A 4A22A 7TIMA 4DBDA 3N3MA 4BR1A 2YW4A 1O5XA 1SSDA 1ZAJA 3RK8A 4Z1DA 1FY6A 1Z48A 3DKLA 3W7QA 4EIVA 3PBVA 1JCJA 3T44A 3CHVA 4K8EA 3BW3A 5HULA 3WK3A 1NFBA 3TQVA 4R53A 2D73A 2XFWA 2ATMA 4IMDA 4KWWA 4QM1A 1OFDA 4UMBA 4RKAA 2E5DA 4EVZA 3W22A 3JS3A 2QJGA 3GX9A 3EWWA 1R30A 2I9EA 3GDLA 4NJKA 4DO5A 4RCXA 3GAYA 3P81A 3S5NA 4NUWA 4NT0A 1IF2A 1UUOA 1BEUA 2RFGA 1QMLA 1B3OA 5CZ0A 4Y96A 4PTNA 3CT7A 3N14A 3PSWA 1KM2A 1JRCA 1I8JA 4KWVA 1FDYA 3FKKA 3G1DA 3NQVA 4A29A 4GNJA 5F2IA 4JDBA 3ABSA 2GQAA 2RDTA 3FKRA 1GZGA 3M43A 4OWGA 1V7YA 5EL1A 1OF6A 1F05A 3L5LA 4DO6A 1CX9A 1TO3A 5FF3A 5BW6A 5KSWA 3C8FA 3M44A 3HG4A 2EPHA 5D2VA 1GVQA 5C6MA 5D03A 4JTEA 2E77A 3QZEA 4S2CA 2B7QA 5G5IA 3A5FA 1OFRA 1LBLA 3TC6A 2ZRVA 5AN7A 2FDSA 5HWMA 1GG1A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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