3C52A

Class ii fructose-1,6-bisphosphate aldolase from helicobacter pylori in complex with phosphoglycolohydroxamic acid, a competitive inhibitor
Total Genus 110

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
307
structure length
296
Chain Sequence
MLVKGNEILLKAHKEGYGVGAFNFVNFEMLNAIFEAGNEENSPLFIQASEGAIKYMGIDMAVGMVKIMCERYPHIPVALHLDHGTTFESCEKAVKAGFTSVMIDASHHAFEENLELTSKVVKMAHNAGVSVEAELGRLMGIVLVNPKEAEQFVKESQVDYLAPAIGTSHGAFKFKGEPKLDFERLQEVKRLTNIPLVLHGASAIPDNVRKSYLDAGGDLKGSKGVPFEFLQESVKGGINKVNTDTDLRIAFIAEVRKVANEDKSQFDLRKFFSPAQLALKNVVKERMKLLGSANKI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (5-15)S5 (130-135)AH12 (279-301)S1 (19-23)S3 (77-84)AH2 (27-40)TI3 (273-276)AH10 (238-247)S2 (44-49)AH3 (50-56)AH5 (87-96)TI1 (72-75)S4 (100-103)EMPTYAH7 (157-167)TI2 (105-108)AH6 (110-126)AH8 (193-203)TIV2 (139-153)TVIII1 (181-184)AH9 (217-226)S7 (207-209)S8 (249-254)TIV5 (209-212)TII1 (230-233)AH4 (58-71)O1 (137-139)S6 (171-174)AH11 (256-272)TIV4 (185-188)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Helicobacter pylori
publication title Synthesis and Biochemical Evaluation of Selective Inhibitors of Class II Fructose Bisphosphate Aldolases: Towards New Synthetic Antibiotics.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Fructose-bisphosphate aldolase
total genus 110
structure length 296
sequence length 307
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date 2008-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01116 F_bP_aldolase Fructose-bisphosphate aldolase class-II
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3c52A00
4NJHA 4R53A 1OFOA 3G0XA 2QDGA 3SW6A 3FS2A 4GNJA 3R2GA 3TFXA 4RX0A 2NV1A 3W88A 3WJZA 1I8JA 3IIVA 1DV7A 4N9DA 1W3IA 3HPZA 1SFJA 3S1WA 3IGUA 4OT7A 1F73A 3M5YA 1ZFJA 1OFPA 4X9SA 1KM4A 3DH7A 3ZS4A 3W7MA 1VCFA 1I4NA 4HSNA 2ZZ5A 3LV6A 1MSSA 4PFMA 1H62A 3A22A 4OHQA 3PUOA 1XDLA 1LDCA 1LCOA 1ZAIA 2C18A 3TMQA 1R46A 4TMCA 4RCXA 1KTNA 3ELFA 1JRCA 1TRIA 3M7WA 3LBCA 3KRUA 2BSLA 1I2RA 5DY3A 1DVJA 4DF1A 3JR2A 4C1LA 3OHIA 1RQEA 3PG8A 3O6DA 1ONRA 2ISVA 3TMLA 4K7YA 3RU6A 2ZA2A 1OABA 1EA0A 3I7RA 1W54A 3MO7A 3S5YA 3FKKA 1I2NA 1TREA 5FEZA 1YPFA 3BGGA 1YDNA 3GAKA 4AHPA 2Z6JA 4JYEA 3TAKA 3G1HA 1HL2A 1Z42A 1QPNA 3G8RA 3UY8A 5H2ZA 2ZZ7A 3O6YX 4OQVA 3L5LA 1EWDA 3STFA 2HS8A 4LC6A 3LXCA 3VNDA 1TPDA 2PCQA 4QQ3A 5EY5A 1NF7A 5HWMA 1PHWA 4Q33A 1QWGA 4CCDA 2RH9A 1VRDA 3DXIA 4UXDA 5DBUA 4X22A 3LHWA 2WO5A 4MUZA 1MEIA 3NQAA 1KV5A 4KFNA 1Y0EA 1HO1A 3S0CA 2F7FA 3TKFA 1TPB1 1VS1A 3HG4A 3MP5A 5I3JA 2NWSA 3DENA 1YTKA 1FXQA 3O16A 1ML1A 3W2NA 4C1KA 1EUNA 3C2OA 5AB3A 1OG0A 3L9CA 4ZZ9A 1DHPA 1VCVA 2WV8A 4WOZA 4XKYB 3L67A 4B5NA 3T40A 2Y70A 1LRTA 3MHUA 1SPQA 3W22A 5EL1A 1H61A 4N2YA 4UNLA 2Y89A 3V1PA 4IX0A 4E0CA 4Z0JA 5BNKA 4IPIA 1Z41A 4NNBA 1HFBA 1QDSA 1T96A 1OX4B 1SU5A 2NUXA 3UPWA 4YXGA 4MPQA 3FLUA 5TBOA 3NQ2A 5FF2A 4CNPA 2DORA 1A5AA 3P7YA 1OVDA 3PB2A 2ZZ2A 5D02A 2TRSA 1KFKA 1AMKA 3G24A 2BLEA 4LS0A 4AAJA 3B0VC 1JULA 3W74A 4QSHA 2GOUA 4HNTA 5LNWA 3NDOA 3R12A 3NPVA 3IIZA 3KXQA 5EPDA 1W8SA 4JYFA 5D2XA 1TO3A 3INPA 1K8XA 3W7GA 3OVQA 4M6QA 4AF0B 4HNNA 3TH6A 4A2RA 3N34A 3R5EA 3UWUA 1X1OA 3CWOX 3MI2A 3W1MA 2ZRZA 3WFAA 4A22A 5G4WA 5D09A 3S9YA 5K9CA 1X1ZA 4HHPA 3FJLA 2ZQ0A 3G3DA 2JKAA 3CEUA 4NT0A 4EWND 3W7CA 4H3DA 2QCMA 3WJXA 1KLZA 2E5DA 3BLFA 1TYGA 3TNOA 5LNRA 2E5BA 3B04A 3NR0A 3A5FA 3W7LA 3ABSA 3TQ0A 3ZWSA 1TV7A 5HR7A 5A5WA 1L9WA 4BR1A 1W31A 2CZDA 1QOQA 3LCHA 3C4UA 1ZCOA 5HUPA 4Y90A 1WDWA 5EA9A 4IMFA 5I3KA 3EWBX 4JTTA 3W1AA 3LCFA 1KM3A 4RKAA 3WK2A 1GJPA 4JYDA 4UTIA 4MZ1A 4Z1DA 1F7BA 4JNMA 1DQWA 3KVJA 2DZTA 5F1UA 1H7RA 1P0NA 1LLZA 3MBFA 3TC6A 2CZEA 2J9ZA 5U4NA 1UASA 2VFFA 4UTKA 4OV4A 3SY5A 3KX6A 5I3FA 5LHFA 3UWQA 3FYOA 1WQ5A 3IGXA 1I45A 3L5AA 2QUVA 5L9FA 2CLMA 4BF9A 5K3VA 2Y85A 2YX0A 3C8FA 4MFEA 4W9TA 4GWEA 2QCLA 1TPC1 4JXCA 2H3BA 3F03K 3BARA 2Y6ZA 4MLJA 2YW4A 4LU0A 5BW6A 1Z48A 2VFEA 3WJWA 3QJAA 5CZJA 5ABTA 3C56A 3CIXA 4ZQCA 3TROA 1QO5A 2V82A 5CKSA 1DKWA 1K8ZA 3Q37A 4MFDA 4FNSA 5E0KA 1KW1A 1VYPX 5HUOA 4N9CA 2AAMA 4UCGA 2X1TA 4DEFA 2GJLA 4MJZA 1O5XA 2HSAA 1P4CA 3KAOA 4X3ZA 2CLKA 1AW2A 1F5ZA 2YZRA 3OIXA 4MY9A 1YYAA 4GUFA 2TPSA 2FTPA 1S5TA 5DN1A 1ZALA 4O50A 1NAL1 3C2RA 4PA8A 3S5ZA 3VFLA 1GYLA 2Y7EA 3LXAA 3QQ0A 1UUMA 2A21A 2ISWA 4M7TA 3LCWA 3KRZA 3FEMA 1K8YA 1P0KA 4FX7A 4NNAA 1NVMA 3MMTA 4O16A 3IIOA 2E6DA 3DFSA 3GX9A 1R47A 2PRLA 3B0UX 3M0ZA 3G1FA 3F1QA 3WK3A 1I2QA 4WY0F 1TSIA 5CPMA 3R89A 2CZFA 3NVTA 2E5CA 4AEOA 1M5WA 1LRQA 3FYPA 4YL2A 1VLIA 3HIJA 4CCEA 1TPFA 5FESA 1OYCA 1BKSA 1Q6RA 3E96A 3O8AA 3GKAA 2V5BA 5KSWA 4BWLC 5T26A 1K02A 3EXRA 1FY6A 5F2LA 2ZRWA 3HB9A 4MY1A 2ZRXA 3L0NA 2QCHA 2ZRVA 4GUHA 4KFOA 1WX0A 4NJIA 5KMYA 3THAA 2CLIA 3PG9A 3G18A 5K4XA 3KVKA 3OG3A 1BWKA 4PL1A 4PODA 4UFIA 4QJ1A 3TUUA 3K30A 2GVLA 1SZNA 2DZPA 4DF0A 1DJQA 3ABQA 1KFEA 1TQJA 3GDKA 3PSWA 4A29A 2C16A 2E09A 2FDSA 2YSWA 1GG1A 1OHLA 3PUDA 4O10A 2H90A 1RD5A 2NV2A 2IQTA 2RDTA 3N14A 3NNTA 3IVUA 3W70A 1JCYA 2GVJA 2X2GA 4RZ6A 1OX6A 3TA6A 3CIWA 3UZJA 1TCDA 3MYOA 4FX8A 2E6FA 2PC4A 5C6MA 1QPQA 4IMEA 4DO6A 5F1VA 2CLHA 4XQ6A 3U8GA 4I7UA 3NL3A 4NZJA 1BEUA 1JJKA 1OJXA 4IX2A 4JDYA 1QAPA 3GB6A 1H5YA 5CSRA 2GPTA 2JBMA 4ZMGA 1N55A 1LORA 1OFDA 3HG3A 5G4EA 2QAPA 3NPXA 2HMCA 4RR4A 1X8FA 4P61A 1EP1A 2HS6A 1HUVA 3TC7A 4AB4A 4ZQMA 1QMLA 3S1VA 5D05A 1F74A 4HKPA 4UFKA 1DQXA 4IOTA 4K7VA 2QUUA 4IPJA 3LCLA 2C3ZA 2YGYA 3E0IA 4KFPA 1ICSA 3B8DA 1RQBA 5IBXC 2B0MA 4O4WA 4RXFA 3W7PA 1KM2A 1KFCA 4JTUA 1DORA 4WOQA 1GVOA 4LNYA 4O1BA 3HG5A 4JN6A 3C3NA 3E12A 2WSRA 3HQ1A 4TX9A 3NQ6A 1ZENA 3B4UA 3UWZA 1B57A 3SFKA 1H7NA 1L6SA 3O1NA 3UWYA 2C15A 2BZNA 2XN2A 3N9RA 3I6RA 1SZEA 1ZAHA 3W7DA 1XI3A 5BMWA 2F84A 3P67A 1YLVA 2V8ZA 5CSSA 3W75A 3LCXA 1LBMA 3C2VA 4UTMA 4ZQRA 1BTMA 4UFLA 1SFLA 1OF8A 1QOPA 3CB8A 1CI1A 4CNNA 5AHFA 1FWRA 4FNQA 1DOSA 4WY0A 3NPUA 3G8EA 3A9IA 5K9XA 5KINA 2YDAA 3GZ3A 1QNVA 4JTSA 1SZFA 4Z0SA 1LBLA 3PF3A 2J24A 4U28A 2ZRYA 1FUYA 3ABOA 1J2WA 1Q6OA 3G1AA 4UR8A 3T44A 4MVAA 5AFDA 1P5BA 3P5YA 2I14A 2G96A 1O94A 1PL9A 1LOQA 2OX1A 3TW6A 4XWUA 2Y7GA 1LTDA 2GVGA 5FF0A 1FBAA 4CCCA 4N4QA 2J9XA 3BK0A 2Y88A 1G7VA 3ZWTA 4FB7A 5K9DA 4OU1A 2B7PA 1RPXA 3ANYA 4XTIA 1GTHA 4CLMA 1R2RA 1YDVA 1PHQA 3DKJA 2XFWA 4GFSA 2EGZA 4JX4A 4YCPA 2RFGA 4P2VA 1W37A 3W76A 3LV5A 1GPWA 2H8XA 3EX6A 2C19A 4JTJA 3PBWA 3OVRA 3W1QA 1M7PA 1EEPA 2O7SA 4O28A 3W73A 3NM1A 4A2SA 3NL2A 4MYAA 3KVLA 3BGJA 3USBA 3BW3A 3M16A 3PUEA 4YWIA 4M5PA 2Y7DA 1OFBA 1FWTA 2X16A 3QMTA 3EWXA 3L21A 2OZ0A 1AG1O 1W56A 1KV8A 4L4MA 1G7UA 2YXGA 1L6YA 4JTFA 3PM6A 3PSVA 3LBMA 1GQNA 2A6NA 4MJMA 2O7QA 4NX0A 3SIZA 2VEMA 2ABBA 3SSJA 4PL2A 3H53A 3MW7A 5DELA 4PC8A 1V7YA 1F6KA 4O17A 5FEPA 3B05A 4BI5A 4DPQA 3W3OA 4JDBA 1G4SA 1OFAA 5K7JA 1QPOA 1XBYA 1EP2A 2WKJA 3QW4B 4HN4A 4UTWC 4O0KA 1ME8A 4H6KA 3I7SA 4DBEA 3TXVA 4RJEA 3S6DA 4BFAA 3BV4A 1D3HA 2Q3OA 4NQ1A 2QR6A 3W7NA 1C29A 1YXCA 5HJLA 3W7QA 1R30A 2RHGA 2FPTA 4O54A 4DO4A 3EXSA 1MEWA 3RMJA 4LVDA 5FF7A 1VHCA 1H7WA 1THFD 4JGDA 4O52A 1V5XA 4ADUA 3M41A 3HGJA 4FNPA 3W07A 3QPYA 3W7KA 2OJPA 5BRBA 5LHEA 1TPUA 2ZZ4A 3JS3A 5D2TA 4A21A 4Z1BA 1RQHA 2V30A 5LGZA 5DLCA 3KRSA 2X1SA 3UPBA 4IQLA 2A7PA 3FOKA 4MLRA 3FKRA 2VXNA 2NXHA 3I7QA 1FWNA 3MBDA 1M6JA 3L0KA 3GYEA 3GXTA 2QJHA 3F4NA 3BO9A 3CEPA 3VCRA 1YDOA 3QMSA 4U4MA 5F4WA 3TSMA 1S5WA 3NXFA 3HMJG 1W5QA 3P8IA 5AHMA 4UUIA 2QKFA 1G4EA 4O4VA 2JK2A 4WX2A 2VENA 1XL9A 1W0MA 1TV8A 1IIHA 2YYTA 3CPRA 2Q8ZA 2QUTA 1SO3A 1WOAA 3H55A 1PIIA 3DHFA 3DZ1A 1H50A 1LRNA 5CZ0A 4S1FA 4WD0A 3LHUA 4EF8A 3STGA 3D0CA 4O14A 3BVJA 4BWLA 1GT8A 1T99A 4ML9A 4ZL1A 4FF7A 3QYQA 3UY7A 5KTLA 5CPLA 4FXRA 1OFQA 1LOLA 2WOQA 4S2BA 2YCEA 2OCZA 4TU1A 4FO4A 3CT7A 5TIMA 1XM3A 2H6RA 2GUUA 1TV5A 1PCKA 3IRDA 4K36A 3GK0A 4OWGA 1Q6QA 4HIBA 5G5IA 1XUUA 3WJYA 4L4LA 1TPWA 2V0TA 4YCOA 3A23A 1JCMP 1LM1A 4M19A 1VJIA 1OX4A 2VFGA 4MYXA 1LBFA 1SSGA 4JTHA 2BXVA 5DY2A 4AWUA 3ABRA 2QF7A 3M44A 4AWSA 1GVFA 3W86A 3FA5A 1XKYA 5HWNA 4WQ6A 3T55A 1FDJA 1C9DA 3S5NA 5I3IA 3BLIA 2EHHA 3DKLA 2J27A 2VFHA 3P84A 3LI1A 3QZEA 3A5VA 3LDVA 2KZHA 2WNNA 3U6WA 1DL3A 1VPXA 1VYRA 3NZRA 1JCXA 3DBPA 4OV9A 3KOFA 2X1UA 3CM4A 1W5PA 3O6CA 5HULA 2P0OA 3GKFA 4UTTC 4TIMA 5CGQA 2WNQA 1VR6A 2FQIA 3NQEA 1SO5A 3O06A 2QCDA 1EIXA 2D73A 2ZTKA 4MZYA 2VFDA 1KM6A 3M9YA 5J5RA 1O95A 4IXXA 4GE8A 5AC8A 3W1PA 1IXQA 1EP3A 1HTIA 3LRMA 4KWWA 4Z1CA 3LHTA 4RLIA 2V81A 3UYCA 2VFIA 5IBXA 1QR7A 3M5ZA 3W7IA 5FEXA 3QH2A 3IEBA 4PCFA 2C14A 4G1KA 1H7OA 3LHZA 1TB3A 3NEVA 4UMBA 2EAWA 3NYZA 2Z6IA 3PVFA 3TXZA 1ME9A 2R94A 1RVGA 3KHJA 3HPXA 4HSOA 1VYSX 1VHNA 4ORMA 1OK6A 3P62A 4KKXA 3MI3A 5AYYA 1FWSA 2H8ZA 3NQ7A 2FFCA 2A2IA 5D30A 3UNDA 3EWUA 1GVSA 4HPJA 4MKNA 3G1YA 1AL7A 1XCFA 5I3HA 2V2DA 4O18A 2E6YA 4WJEA 1M7OA 4EIVA 4AXKA 3QFEA 1XBXA 3IVTA 3I68A 2C0AA 3TV8A 3W84A 3NQFA 4R33A 2P1FA 3DAQA 1RZMA 4WXZA 2Y61A 4AHQA 3LTSA 2B7QA 4K8HA 1GVQA 3RLUA 3ATZA 1TJRA 2QAFA 6TIMA 4AMAA 1R2SA 1ZNNA 5FI8A 2ZZ1A 2YFOA 1AW1A 4QAIA 3ATYA 1E51A 1JQXA 4R34A 3NQGA 2WJZA 1LYXA 4LV4A 1WBJA 1VGAA 3RF9A 3V75A 2TSYA 3NL6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4J2P A;  1W2V A;  4MAD A;  1NWT A;  5CC7 A;  1V02 A;  4H9M A;  3FS2 A;  5XIN A;  4RX0 A;  2Z1W A;  4D6J A;  1W3J A;  1TZ9 A;  1W3I A;  1SFJ A;  3S1W A;  1E70 M;  3BMV A;  3M0J A;  1WDS A;  3R0D A;  4X9S A;  1A4L A;  4JOM A;  1RUS A;  3W7M A;  1VCF A;  1QNR A;  4F0S A;  2IKG A;  3EZ4 A;  1XLG A;  3L4X A;  2R1N A;  3A22 A;  4OHQ A;  3RM8 A;  1KRA C;  4NI3 A;  2OLS A;  2C18 A;  3TMQ A;  1R46 A;  3K4A A;  3QV6 A;  4TMC A;  3VX1 A;  2FZ9 A;  1GHS A;  3T0T A;  3OLG A;  3UA3 A;  2G41 A;  3CL8 A;  3NO1 A;  3LQG A;  1DWF M;  1ZJB A;  5DY3 A;  2PDY A;  2W66 A;  5E0C A;  4C1L A;  3ARO A;  1GPF A;  4E6M A;  1CXH A;  1MDL A;  3KL0 A;  3I7R A;  4LCS A;  4IUG A;  2YA2 A;  2Z24 A;  2VCC A;  3NZG A;  8RUC A;  1YDN A;  4W93 A;  4ECL A;  5LXX A;  1B3W A;  3FSU A;  3AHV A;  1HL2 A;  3DBN A;  4NHV A;  4WHB A;  1YEY A;  3G8R A;  3KP0 A;  4FSA A;  1T8Q A;  3L5L A;  1EWD A;  3ES7 A;  5HQM A;  2E9M A;  1A5O C;  1TPD A;  2OZ8 A;  3TP4 A;  1NFG A;  1QWG A;  3NVD A;  2FDM A;  4V1Y A;  1I1X A;  2BOG X;  3AIR A;  1OT2 A; 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