3C52A

Class ii fructose-1,6-bisphosphate aldolase from helicobacter pylori in complex with phosphoglycolohydroxamic acid, a competitive inhibitor
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
307
structure length
296
Chain Sequence
MLVKGNEILLKAHKEGYGVGAFNFVNFEMLNAIFEAGNEENSPLFIQASEGAIKYMGIDMAVGMVKIMCERYPHIPVALHLDHGTTFESCEKAVKAGFTSVMIDASHHAFEENLELTSKVVKMAHNAGVSVEAELGRLMGIVLVNPKEAEQFVKESQVDYLAPAIGTSHGAFKFKGEPKLDFERLQEVKRLTNIPLVLHGASAIPDNVRKSYLDAGGDLKGSKGVPFEFLQESVKGGINKVNTDTDLRIAFIAEVRKVANEDKSQFDLRKFFSPAQLALKNVVKERMKLLGSANKI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis and Biochemical Evaluation of Selective Inhibitors of Class II Fructose Bisphosphate Aldolases: Towards New Synthetic Antibiotics.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Fructose-bisphosphate aldolase
molecule tags Lyase
source organism Helicobacter pylori
total genus 110
structure length 296
sequence length 307
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date 2008-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01116 F_bP_aldolase Fructose-bisphosphate aldolase class-II
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3c52A00
1PS9A 5LGXA 1XKYA 3BGGA 4Y9AA 2A7PA 4KWVA 1PCKA 3F4NA 3FYOA 4XTDA 2WNQA 4IGHA 3CIWA 3P8JA 4CCDA 1OFEA 3O8AA 2V2HA 4GE8A 4UTTC 2NUXA 1SW0A 5CZSA 2W79A 4ADUA 2FLIA 1TQJA 3NL3A 3UPWA 2NX1A 1H7OA 4JTHA 3N73A 3VE9A 3NL6A 1VQTA 2JGYA 5U4NA 5J5RA 1OABA 4K7YA 2ZBTA 1FWNA 4K7VA 1QR7A 5K7JA 1I2NA 3UY7A 4TIMA 3CWOX 2UV8G 3FOKA 2J9ZA 1HG3A 4EF9A 1HL2A 3TW7A 4ADTA 3A21A 5HWJA 5LZLA 2FPYA 3C61A 4O4VA 4IPIA 2ZQ0A 3PUOA 1WV2A 1TTPA 1GTEA 3W1NA 1TO3A 1EPXA 2J9YA 3GX9A 4YWIA 3HG2A 1X1OA 2TPSA 1NSJA 3ZWTA 4MPQA 1H61A 2Z6IA 5BMXA 1KM3A 3QJAA 1QWGA 3QW3A 3TDFA 1G4TA 4NJIA 5I3KA 3G0XA 3MYOA 1X7FA 2J24A 1P5BA 3LERA 5DBTA 3HG4A 1OYCA 1K7FA 3SW6A 1G69A 1I8JA 1VCGA 3VNDA 3TXVA 3JRKA 3IEBA 1A5AA 1L6WA 3WJSA 4QAIA 5FEWA 1FDZA 5HNRA 4OT7A 2Y61A 1EP2A 2R14A 3WK1A 3LLFA 1TTJA 2BLEA 4ORMA 4MLRA 1XCFA 2Y85A 5G5IA 5T26A 3L0NA 1OFPA 3P81A 3R13A 4LS2A 3MI3A 3E0IA 1K7XA 1K02A 4AHOA 2OCZA 1A5BA 3R5EA 3KVKA 3LXAA 4UTIA 3GDLA 1RD5A 3THAA 3W7OA 3PULA 2ZZ7A 1DOSA 2AGKA 3DI1A 4JYFA 1P1XA 5DY3A 4OU1A 3M7WA 1CW2A 5I3GA 4XUGA 5K4ZA 4GJ1A 4Y90A 2FDSA 3HGSA 1DHPA 1XFBA 3R12A 3M5ZA 3NQ7A 1VS1A 1PHQA 3W7PA 2Y7DA 3W7QA 5EY5A 4ZQMA 1SO4A 5A5WA 1LBMA 2F84A 2DZWA 4IQLA 3CQ0A 1MEHA 4WJEA 4FF7A 3SSJA 5AYYA 3A23A 2HSAA 3S1XA 5KZMA 2Y7EA 4ZQOA 3TC7A 3C4UA 1XBVA 3EWWA 5D04C 2G95A 5EL1A 2C15A 1RQEA 1SO6A 3LI0A 3M1ZA 5TIMA 1W3NA 3T55A 4IUOA 2CLOA 3ZWSA 4KKXA 3PB2A 2H6RA 1MEIA 3MP3A 4XTIA 5DCBA 2VKZG 5L6UA 1CI1A 4IMGA 3TQ0A 2WSQA 4CNPA 1TIMA 3B8DA 3BPWA 4K6AA 1JQXA 3G24A 4LC8A 1K8ZA 1KM5A 2VXNA 3GDMA 3QEZA 4N6EA 2QCLA 3W70A 4JDBA 1WXJA 4I7VA 5FF3A 3W7KA 3O07A 1BWKA 2QJGA 1BTMA 1ZHAA 5TBOA 1Q45A 1R2TA 4FNPA 4N9EA 4FB7A 1FWRA 1YDVA 5K9CA 1G67A 2BZNA 3DFSA 3NZ1A 5LKYA 2FTPA 3G1FA 3KRUA 1YTEA 3T78A 4UTHA 3IVSA 3GDRA 2ABAA 1JULA 1YDOA 3PVFA 4WXYA 5LHFA 2RKXA 5D2XA 4D2JA 1W54A 4NXSA 4GUIA 1NVMA 1U5JA 4NUWA 1QNVA 2VEIA 3UXDA 2FB2A 2WKJA 1I2QA 4RZ4A 1FDYA 2I1OA 4HNUA 3NVTA 1W8SA 2VFEA 2WSRA 3C52A 1ME7A 4RCXA 4DEFA 3HPZA 1JRBA 3W2NA 3W88A 2E6FA 1MXSA 4JX6A 1V7YA 1M5WA 3DHDA 1JRCA 3TXZA 2CLEA 1BEUA 3P80A 2OZ0A 2PRLA 1KBJA 3GAYA 4FHAA 4JTKA 4UTWC 5AC7A 1SR9A 4O57A 3T44A 5HR6A 2G97A 5G2HA 3IRDA 5KSWA 5KITA 3R8RA 2ATSA 2R8WA 5CZ0A 1OJXA 2GVLA 4IMEA 3GR7A 4NZFA 3GIYA 4NVTA 4AWUA 3NQMA 2ZDRA 2I14A 2GUUA 1PVNA 5EKYA 2GQAA 4H6KA 3S1WA 3DI0A 5AHLA 4ZZ9A 1TCDA 2VEKA 2QUVA 1ME8A 3NL5A 4S2CA 3DENA 3RU6A 3PC0A 2RDWA 5LNRA 4WOZA 2B7QA 4NX5A 4YL2A 4ZQRA 1B57A 3P7YA 4GFSA 4LS0A 2DZSA 3HIJA 4BF9A 2CFFA 2JBMA 2YXGA 4K8HA 4AMAA 1MSSA 1P0KA 3QF0A 4AXKA 1DBTA 2QUTA 2NX3A 4Q33A 1HFBA 4CQ8A 3M5XA 1EEPA 3W1RA 1G6CA 2B7OA 5F2MA 3OBKA 5J5DA 2H3BA 1H7PA 3KVLA 3PBVA 1AL8A 1OFRA 3TX9A 1TPUA 3ABQA 4KFPA 1HUVA 3CM4A 3HGRA 5D37A 1KV5A 1TREA 4K38A 4HPJA 4IPJA 5EBUA 4PFMA 2BTMA 2FJKA 1LYXA 2VC6A 4R53A 3NQ2A 2YW4A 2J27A 2JKAA 4UFKA 2C3ZA 3T40A 1ZCOA 3NQ8A 5FF0A 4UR8A 3TJXA 1H63A 4O17A 5FF7A 4GUJA 3NM1A 2V9DA 4DBDA 4RLIA 2PURA 3S8HA 2GQ9A 3GKFA 1YXYA 4JIQA 4TR9A 2H90A 2QEZA 2TSYA 3TFXA 3U8GA 4FX6M 2OX1A 3BLFA 1Q6QA 4M5PA 3G0UA 1FDJA 3CC1A 4ALDA 1Z42A 4NQ1A 3N2XA 2WNNA 3NL2A 5DLCA 3LHZA 3M47A 3PG9A 4JTTA 2NXHA 4DPQA 1EB3A 3EKLA 1I2PA 4MZ8A 5G4WA 3P5ZA 1H7NA 1GQNA 2BWGA 1YLVA 3TC6A 2F7FA 4FXRA 1F5ZA 4NJJA 4UMBA 4NNAA 5D32A 1FCBA 2GPTA 3NO5A 3W1XA 1M7PA 3FA5A 5E0KA 3LXCA 4MFEA 3GZ3A 4P61A 4N9CA 1QPNA 4DF2A 3YPIA 2ZRUA 5CG7A 2PRHA 1VYRA 1L6YA 5G2IA 2IQTA 2C1HA 3RK8A 4JEQA 1QCWA 4O1BA 5C6MA 3PF3A 3P84A 3P60A 1FX6A 3EX2A 3C2VA 3EWYA 4AH7A 3KHJA 3B0PA 3W2UA 4JNMA 4O0KA 3EWBX 2OMAA 1WX0A 4BK9A 1OK4A 4UNKA 1ZFJA 1GVFA 3UNDA 1RR2A 2EKCA 3PUEA 3WJXA 4YMZA 3LHVA 3WJWA 5SWUA 2WJZA 1JCXA 4O13A 4FIQA 2CLMA 4O1DA 3QFEA 2ZYFA 5C55A 1EP3A 2Y7GA 1H7WA 3W1MA 3W2LA 2VENA 1YADA 3HGOA 3TU9A 3PY2A 4YLWA 1YPFA 2VELA 2B7NA 5KZEA 2JKPA 1P4CA 3IIZA 4RZ6A 4K8EA 3W1LA 3TQKA 4E2BA 3L2IA 3Q37A 5BW6A 1LTDA 4UTWA 2ZA1A 2E5BA 3ELFA 3L66A 4L4LA 2V30A 1UUMA 1PCWA 5H91A 1IIGA 3VKJA 2DZPA 2Y62A 3V1PA 4K37A 3LCIA 3EWUA 3VE7A 5L9FA 3L21A 2DJLA 4ADSA 1XL9A 2E77A 3B05A 4GBUA 3W84A 4DF0A 1R2RA 5D09A 5F4SA 4UTKA 3W86A 2FPVA 1TTQA 4JYEA 1NEYA 4NT0A 1GEQA 4GUGA 4O8RA 3W2MA 2X30A 5DXYA 4UCGA 1FXPA 2CZFA 1G4PA 2FB3A 5F2IA 2EPHA 1G4SA 3ABRA 1FUYA 3QQ0A 3TKFA 1THFD 4EF8A 3S6DA 3CWNA 2D73A 4J9JA 1TPEA 2EGZA 3TA6A 4LNYA 4QM1A 5CPNA 2YGYA 1TPFA 3VFLA 1S3HA 1XI3A 2ZRYA 4WQ6A 2QCDB 5AYXA 4PL1A 3O16A 2E5DA 5DCEA 4RK8A 5EYWA 3LX9A 2QCNA 4O1CA 1F6PA 1VLWA 3MYPA 2ZZ5A 3ABSA 2R91A 1LLZA 1A5SA 4A21A 2HS6A 3G3DA 1EX5A 5D30A 5HINA 4BFAA 4Z1CA 3U2OA 2QCDA 1YTDA 4K39A 3VI2A 4PTNA 2QCEA 2WNZA 5K2ZA 4FX7A 4O54A 1D9EA 1QAPA 3F03K 1QO5A 3EXRA 2YR1A 1A53A 4JDYA 5BNKA 4JTSA 1K03A 1OX4B 3SR7A 4JTIA 3W9ZA 5IM51 1JJKA 5FEPA 4O28A 1NF0A 1SU5A 2HTMA 4JTFA 3SJ3A 4FNSA 2VFDA 4WX2A 1W31A 1LM1A 3E96A 4A2SA 3DFTA 4C1LA 1WBHA 3GK0A 1KM2A 1OX4A 2TRSA 3LTYA 3NA8A 5AC6A 1QPRA 3PR2A 4MFDA 4OQVA 3GAKA 4MY9A 4Z1BA 3PBUA 1MO0A 3LHYA 4Z0JA 3G8EA 1QPOA 1RPXA 3OA3A 1QOQA 3W23A 5DBUA 4AHQA 3V75A 3PUDA 5K3VA 1B9BA 4DBEA 4AWTA 1LCOA 1WYIA 1SQ7A 3QM3A 5EA9A 3O6CA 2BX7A 1XBYA 3N9SA 3ATYA 3B03A 1XBZA 2XN0A 2AAMA 1Z41A 2NX9A 2RDTA 3SFKA 3I65A 1KFLA 4HT3A 2RHGA 4IXHA 1IIHA 3P82A 4PC8A 5AHFA 4JY9A 4YCOA 5BRBA 2DZUA 3PG8A 3TH6A 3IGXA 5HJLA 3L65A 5IBXC 3QSRA 2C14A 3G1YA 3WJYA 1SO3A 5LSMA 4LC6A 4HNNA 3NOEA 3S5NA 2X2GA 2ZRXA 3CEPA 3MJYA 3BGJA 4E2DA 4Q32A 1KLYA 5C5YA 3EWZA 1WBJA 3HGJA 4ONVA 2A21A 3QZEA 3B4UA 5KMYA 4JS3A 3TMQA 2H8ZA 4LRSA 4HHPA 5G4EA 3BG9A 3UZ5A 1TJRA 1H5YA 2QDGA 1PL9A 3EX3A 1NFBA 1TPH1 4FNTA 5DN1A 2DZXA 1WA3A 1W5PA 3HG3A 4O4WA 2CW6A 3UY8A 1OHLA 4QNEA 2YFOA 3QC3A 3STEA 5CZJA 4O0ZA 3QPYA 1OG0A 2OT1A 1XDLA 5HWMA 5U7SA 1ICPA 3DBPA 1QPQA 3WK2A 1TV5A 5F4XA 2V81A 3RF9A 2VFHA 3NG3A 4PA8A 4LV4A 4QITA 2EAWA 4AEOA 3W7JA 4MVAA 4CCCA 1VPXA 2I9EA 3M41A 2DU2A 1VHNA 3B0UX 3KAOA 3NQFA 3QPZA 4UFLA 3BV4A 3BK0A 3TSDA 4IMDA 1G4EA 1OF8A 4LVBA 4M19A 1J5TA 1F6KA 3CEUA 3OVPA 2Q3OA 1B4EA 4JD4A 3S5YA 1LDCA 1WQ5A 3W7DA 3CTLA 4GXMA 4CQAA 2QR6A 1YYAA 2A1YA 4Z08A 1XUUA 5F2LA 2W0UA 5DY2A 4LW7A 2Y70A 3EXSA 3MO7A 2GJNA 3C56A 1GZGA 2PCQA 2RH9A 1GOXA 4I7WA 3A9IA 1GVOA 1OFAA 2GJLA 2QJHA 4RZ5A 4DQWA 2ISSA 4LT9A 4HN4A 1EP1A 1TV7A 3G1VA 3K30A 2JK2A 1OVDA 2ZRZA 1R46A 3LV6A 2R94A 5BMWA 3MP4A 2YFNA 3M16A 3S42A 5CZTA 3DGRA 3LXBA 1SSDA 4O53A 5G1YA 3SI9A 3I7RA 5F2GA 4TMCA 1VLIA 4OGZA 1TQXA 1K7EA 2E6AA 2GOUA 3JR2A 1AW2A 1TPC1 4KFNA 1KFEA 2QCCA 4UTTA 3L0GA 4RXFA 2RDUA 2Q8LA 1EUNA 3UPBA 4E0CA 2KZHA 2ZZ6A 4PL2A 3WJZA 3ZFHA 1IXNA 2YSWA 4LS1A 3PSVA 1RQHA 4Z1DA 3ATZA 3USBA 2WQPA 3QMTA 2VEMA 3A24A 3M9YA 5HQEA 4NJHA 3W6YA 5F1VA 3ANYA 3L68A 2CLKA 1VCFA 3FKKA 1F7BA 4H4IA 3BLIA 4JICA 3OG3A 2P0OA 5CKSA 3WFAA 1MEWA 3C2RA 3PSWA 4UIOA 1TB3A 3T7VA 4CQ9A 1F05A 4MUZA 2X16A 3A5VA 2YW3A 3HG5A 1GT8A 3C8FA 1UUOA 3THQA 1H51A 3CB8A 3C2FA 3DFPA 2XN1A 3VCRA 3KRZA 5DELA 4HNTA 2YYTA 5BOOA 1Z44A 2DORA 3O63A 3W7HA 1H1YA 2A7NA 3PS7A 4LY8A 1W5QA 3R89A 3W76A 3TE9A 1WOBA 4EIVA 5LNVA 1A50A 1Y0EA 1W1ZA 4S2BA 5LHEA 1C29A 3KRSA 2CLLA 1KTCA 1OX5A 3LM7A 3LHTA 3LRMA 3CHVA 4Z0SA 3W1AA 2QKFA 3IGSA 2PRMA 4A2RA 3LTSA 4O1AA 3BW2A 1TYGA 3OVRA 8TIMA 3MI2A 4P2VA 3WK0A 4AWSA 1TV8A 4N9DA 4LRTA 1SZGA 3MP5A 3TSMA 2QDHA 3L67A 1R47A 3G0SA 4N2YA 2V2CA 3NAVA 1H62A 1M7OA 2ZRVA 5IBXA 2JKEA 1Z48A 1LRNA 4YCPA 3W3OA 2E09A 5TQLA 4RXGA 4PEKA 1T8XA 4O16A 3CT7A 3MBDA 4OWGA 3UD6A 2VOMA 2YYUA 1FCQA 1W5MA 2NXGA 4HNVA 1LROA 2CU0A 4O11A 1I2RA 1YDNA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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