3C56A

Class ii fructose-1,6-bisphosphate aldolase from helicobacter pylori in complex with n-(3-hydroxypropyl)-glycolohydroxamic acid bisphosphate, a competitive inhibitor
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
307
structure length
297
Chain Sequence
MLVKGNEILLKAHKEGYGVGAFNFVNFEMLNAIFEAGNEENSPLFIQASEGAIKYMGIDMAVGMVKIMCERYPHIPVALHLDHGTTFESCEKAVKAGFTSVMIDASHHAFEENLELTSKVVKMAHNAGVSVEAELGRLMGIAVLVNPKEAEQFVKESQVDYLAPAIGTSHGAFKFKGEPKLDFERLQEVKRLTNIPLVLHGASAIPDNVRKSYLDAGGDLKGSKGVPFEFLQESVKGGINKVNTDTDLRIAFIAEVRKVANEDKSQFDLRKFFSPAQLALKNVVKERMKLLGSANKI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis and Biochemical Evaluation of Selective Inhibitors of Class II Fructose Bisphosphate Aldolases: Towards New Synthetic Antibiotics.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Fructose-bisphosphate aldolase
molecule tags Lyase
source organism Helicobacter pylori
total genus 112
structure length 297
sequence length 307
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date 2008-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01116 F_bP_aldolase Fructose-bisphosphate aldolase class-II
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3c56A00
1XDLA 1K7EA 5EPDA 5K4XA 1HL2A 4DBEA 1LROA 4UNLA 4JTJA 2TSYA 2OZ0A 4DO5A 3IGXA 2PURA 1IXPA 3MW7A 5I3KA 4CLMA 4O52A 1TSIA 4BFAA 3HF3A 5D2WA 3LRMA 4MKNA 3F4NA 4K36A 1OF6A 3M1ZA 1K02A 2NX9A 3P62A 4O1DA 2QCDA 3UQNA 3H55A 3W1TA 4MIMA 2V9DA 4L4LA 3OG3A 4ZMGA 3FYOA 3W7EA 1F2JA 1VYPX 1ZY9A 1O4UA 4FNRA 4P2VA 3MYOA 4RJEA 1B57A 3TCEA 5G5IA 1O94A 3L21A 3Q37A 3RU6A 4PTNA 5AYZA 1OFRA 3WJSA 4RXGA 2QF7A 3IGUA 4KWWA 1ZFJA 4GUGA 1VHNA 4Z1CA 5I3JA 3S6DA 1QR7A 3TW7A 3P74A 4JIPA 2BSLA 5D04C 1ALDA 1L6WA 3M6YA 1C9DA 3YPIA 4UTMA 1YPIA 5BNKA 3N9SA 4LTSA 3GYEA 4UC5A 3KHJA 4HPXA 1YTKA 1JCMP 3T40A 4QITA 4FNSA 3G1HA 4K8HA 4J9JA 5AC6A 5D33A 4TIMA 3CIXA 1S5TA 4UFJA 4AXKA 1TJRA 4UUIA 2QDGA 3IVTA 4BI7A 2GUUA 3W1RA 1GWJA 2OCZA 2D73A 4U28A 4A3UA 1TPEA 1XUZA 1X8FA 2PRLA 2PC4A 3ZWSA 4HT3A 1UBSA 4AH7A 4KFPA 3I7RA 3STFA 5LNRA 1SU5A 4IQLA 1YXDA 5T26A 3W7GA 3TFXA 3CLMA 3NL5A 3S5OA 1GVOA 4DF0A 1KFJA 4CQ9A 1AW5A 4TU1A 3UWYA 1MXSA 2VFFA 3HG5A 4HKPA 5AHNA 3TROA 3G0UA 3W1PA 4IXXA 3BPWA 1VHCA 1ME7A 2FLIA 3IIOA 1XBVA 5F4WA 5H2ZA 1KM4A 4LU0A 4BI6A 3C6CA 4AMAA 3GDMA 4CQAA 4OU1A 3EWXA 1NF7A 5HWMA 1OFAA 1JJKA 4RK8A 1MZHA 3QRHA 1KM2A 2WSYA 1GPWA 1R47A 1IGSA 3FJ6A 3BGGA 3GZ3A 3U2OA 3W7NA 3W6YA 3MI3A 3JRKA 2RDUA 1BWLA 1E51A 1VH7A 2BXVA 2R14A 1SZNA 2X2GA 4QNWA 1G4TA 3EWUA 3F1QA 4JDYA 4RR4A 3W1UA 3SZ8A 2TRSA 3R13A 3QJAA 2J9XA 1I45A 1LBMA 1K7XA 5AHLA 1ZNNA 2A7PA 4MY8A 2V2DA 4RZ4A 2RDTA 2C14A 3MBFA 1OX5A 3VCRA 2V5LA 3QQ0A 3B0PA 4TMCA 4IMDA 2V81A 3JR2A 3W7MA 5U7SA 3QPZA 5FF4A 3CEUA 1TPDA 4GRSA 4S2CA 3UPWA 5K2ZA 2YZRA 4O28A 4WQ6A 2NX3A 3QMTA 4O18A 5D2YA 5HQEA 3Q58A 3BW4A 3EXSA 1RZMA 4MVAA 4ADSA 1ZAIA 2E77A 3RMJA 5D03A 1LORA 2VOMA 2CZFA 3HIJA 4O13A 4TX9A 4IX2A 3HGSA 1XC4A 1F74A 3BO9A 4OWGA 4KFOA 4DQWA 2CFFA 1TYGA 2B0MA 3T4CA 4QM1A 3O16A 2CW6A 4O57A 3N34A 1ZJIA 1D3HA 4XBKA 5TQLA 2ZZ2A 3BARA 3PS7A 1G4SA 2A21A 1KA9F 3M5VA 1NEYA 2QKFA 3LCFA 3PBYA 2HTMA 1U83A 3MYPA 1LLZA 4OHQA 4DPPA 5HUOA 4NXKA 5HINA 5CZSA 2ZA2A 4HNUA 3MI2A 4UFIA 1W37A 1XBXA 4MY9A 2E6YA 3W1NA 3C0JA 3M44A 5J5DA 3I65A 5LNWA 2GOUA 1TTJA 1F05A 2J6XA 2WKJA 4Z0SA 3PSVA 2Y7GA 3UZJA 2X1UA 4EF9A 1Z48A 3L66A 1NVMA 1YPFA 4LVGA 4BI5A 1KM5A 4X9SA 1DKWA 1WXJA 3G8EA 1AMKA 5KZMA 3TX9A 3CPRA 1MEWA 1GVQA 2ZRYA 1NSJA 1EEPA 5U4NA 2RH9A 5LNVA 1HFBA 1KM3A 3C61A 1SO3A 3G3DA 4LS1A 3NZ1A 1I2RA 3N3MA 1ADOA 3W7JA 4N2YA 3RF9A 2FB3A 3LCLA 4M7SA 3GKFA 5A5WA 3ZWTA 3OBKA 3RK8A 2TYSA 1K7FA 3HG4A 1XI3A 2J24A 1OYAA 2RFGA 2E5CA 3S9YA 5FI8A 2C13A 3LTSA 3L0KA 3TK7A 2QCGA 2PRMA 1GG0A 2ZZ4A 3N2XA 3SFKA 5K9DA 3GXPA 1W3NA 1G7VA 5LZLA 1YYAA 1TPWA 2ZZ5A 4LVAA 1H7OA 2VEKA 2CZDA 3LV6A 3SGZA 2NX1A 3EWBX 1C29A 4R34A 4IWWA 1WAUA 2NLIA 3PUEA 2VXNA 3W74A 3G1SA 5AYXA 1N8FA 3SY5A 1EP2A 4ORMA 5D2VA 4NJHA 3LXAA 4LWWA 3LOTA 1KFKA 3HGJA 3TJLA 1VGAA 2H8ZA 1TTPA 1OYBA 3PG9A 1VLIA 5C54A 3NQVA 4UFMA 3CQ0A 4NJIA 1THFD 2V2HA 4RLIA 1QO5A 3P81A 1H50A 3LBCA 3LHTA 2YCEA 5FEXA 3PM6A 3C56A 2YW4A 2WQPA 2YYTA 2QCLA 2OT0A 4N9EA 4OT7A 3A5VA 3IVSA 3PBUA 3R8RA 1TV8A 3L5MA 3SR7A 3UY7A 1VLWA 3LHWA 4XTIA 3NQGA 3W75A 3G3MA 3SJ3A 3QYQA 3LCGA 3TSMA 3H53A 3PUDA 2QR6A 3P60A 2PCQA 1RV8A 1OVDA 2Z0IA 5HR7A 3KVKA 1LOLA 5D2XA 3NEVA 3Q94A 3BLEA 1SSDA 1ML1A 3KOFA 5I3HA 2JK2A 2JKPA 3P84A 3UWQA 1J2WA 4K7VA 1EIXA 3BG5A 1O60A 3GAYA 3QEZA 2W6RA 2NV1A 5LNSA 1RQEA 1ONRA 2WV8A 4FXSA 1TCDA 3PWAA 1JCNA 4JTFA 3EX6A 3GXTA 1LLWA 2A85A 3ABQA 4Y8FA 3EKLA 2G96A 2E5BA 1WA3A 1T96A 4MZYA 3O1NA 1EB3A 1JVNA 1SPQA 4FB7A 2BWGA 1KLYA 4O10A 5DXXA 3SIZA 1KV8A 1WQ5A 3G1YA 2X30A 2DU2A 2J88A 1KTBA 1EP3A 1A5BA 1LOSA 4O54A 4UTWC 3CU2A 4DO4A 1TTIA 3MO7A 2WPBA 1LRQA 2DP3A 4LV4A 2J9YA 4O53A 5G1TA 2F84A 4AHPA 3L68A 5CSSA 2ZRZA 3B8DA 2DZVA 2GQAA 4NZFA 1P0NA 5SWUA 1WBJA 1T8XA 5F4XA 2QCMA 3BG3A 3DFSA 4JX6A 2CLHA 4QAIA 5I3FA 4WXZA 4AF0A 4LRSA 2J9ZA 1LBLA 4PODA 1KFCA 1OX4B 3S0CA 4UTUA 1FWTA 4PA8A 1QWGA 2C18A 2H90A 1EPXA 1GOXA 5D38A 4N02A 4UFHA 4MY1A 5DCDA 1TMHA 1H62A 3B4UA 3QF0A 3W2JA 1Q6LA 1UUOA 1PIIA 4RZ5A 4PL1A 4UTLA 2KZHA 4N6EA 3PBWA 5LKYA 3GLCA 3LCHA 3NPVA 1QOPA 4IOTA 5KZDA 3UWVA 3O63A 1Q6RA 5F4SA 1QNVA 4UFKA 2Q8ZA 3MHGA 1RD5A 1TIMA 2HSAA 4JGDA 1PL9A 1OFQA 1KLZA 4PC8A 5CPMA 3RLVA 2V2CA 1L6YA 1A5CA 4HIBA 3NQDA 5FF7A 5DLCA 2Y88A 1HUVA 3W9ZA 2VKZG 1IXQA 1W5OA 1XKYA 4NZJA 1FY6A 2LLEA 3CT7A 3NPWA 3ANYA 2NXIA 4Q32A 2E6DA 4C1LA 3NQ2A 1EWDA 3T78A 2H3DA 1PVNA 4JYEA 1WBHA 1FWSA 1Z42A 4E2BA 4ICNA 1M6JA 1DOSA 3HQ1A 1FXQA 1YTEA 2XN0A 2ZFAA 4K37A 3OA3A 4UTWA 4AF0B 1FCUA 3CHVA 2XFWA 5ABTA 3W72A 4IGHA 5TBOA 1MEIA 1HO1A 3L5LA 3P5YA 2VFHA 2Z6IA 4GUHA 3UZ5A 5DY3A 4Z1AA 3LBMA 4CNOA 3O6CA 5AB3A 1Q3NA 1LP6A 4ZQCA 2ZZ7A 4O4WA 4ALDA 1X1OA 3DKLA 1L9WA 3F4WA 4MJMA 4OV9A 5K7JA 1YXCA 2C1HA 4EOUA 1UUMA 5EMUA 4TR9A 3W1QA 3N73A 3TXZA 1FBAA 1RVGA 3QH2A 5K4ZA 3L0GA 3PB2A 4I9AA 3S5YA 4Y90A 2JBMA 3TNOA 2ZBTA 2ISVA 3E0IA 4IPJA 3U8GA 3DZ1A 4NX5A 2B7QA 5LHFA 3FS2A 4S1FA 3OVPA 4YCPA 1J4EA 1FXPA 1W3IA 1KFEA 2A5HA 1EUAA 3NZRA 5C55A 2WJZA 3OVQA 2G95A 2A6NA 1ZHAA 5E1QA 4AEOA 1FX6A 1OG0A 3EXTA 1KFBA 3G1DA 2VELA 1C8VA 1ME8A 3W7QA 3NL6A 5KINA 5J5RA 3QSTA 1RQBA 2OJPA 5IBXC 5D05A 1W54A 1OK4A 1GVSA 4ML9A 4IJBA 5CZ0A 1O95A 1FDJA 5C2XA 3QQ1A 3S1WA 1JCXA 3M5XA 3W2UA 3EWZA 2V5BA 4E38A 3TKFA 2TMDA 4O1AA 3IEBA 3CC1A 3A5FA 4NJJA 4R33A 4LS2A 4WXYA 2Q3RA 1WYIA 4JYDA 2ZA1A 3DXIA 4GXMA 4JR5A 4JXCA 2ZZ3A 4POCA 5G2WA 1LRTA 4HNVA 3G1AA 1I2NA 5KTLA 2J27A 4PL2A 4C1KA 4H3DA 1IXOA 2CLEA 2JGQA 2WSQA 3LXCA 5HWJA 4UNKA 5AHMA 3CWOX 1N55A 2VENA 1S3HA 3Q2DA 1CW2A 4WD0A 1WOBA 2Z1BA 1P0KA 3S5NA 2NWSA 1LOQA 4JTIA 3TFCA 2QJHA 3OHIA 1SO6A 3QC3A 1L2UA 1JRCA 1SZEA 1WOAA 4K38A 1MO0A 3PSWA 2YW3A 2EF9A 2GQ8A 4D2JA 4GE8A 2HS8A 1K03A 5EA9A 3TMQA 3C52A 3PVFA 2C16A 2E68A 1DORA 2QEZA 4LT9A 2OMAA 3DKJA 5K9CA 5AHEA 3P61A 3S1UA 3W2LA 4FNUA 5KMYA 4O4VA 1P5BA 1B9BA 3EX3A 3W83A 5CZJA 4N6FA 3WK3A 3NO5A 1ZENA 3KX6A 1K8XA 5LGZA 3L0NA 3TC7A 1B4KA 1AL7A 3M7WA 2V0TA 1LBFA 4ADUA 3C2FA 4RCXA 4PFMA 3T44A 4FEZA 3LCWA 2ZRWA 1XCFA 3GR7A 3LHUA 3LLFA 4DO6A 4MLRA 1H7PA 3GNDA 2A1YA 1UB3A 1H1YA 3TH6A 1U5JA 5FEWA 3E96A 4HN4A 3TQVA 3IIVA 4MZ8A 4UMAA 1BEUA 3DU0A 4OGZA 3S1XA 3G8RA 3W7LA 1XL9A 1JQVA 1M7OA 3L65A 4FO4A 2Y7EA 3UWUA 1XBZA 3M47A 1AL8A 1VRDA 3L9CA 1SQ7A 3QSRA 1R2RA 3LRKA 3MP4A 2CLKA 1PCWA 3O06A 3ZFHA 2YFNA 4XBSA 3LM7A 2FIQA 1R2SA 5KSWA 1VR6A 1F6KA 1XUUA 2DZTA 1A5AA 3QPYA 4JTSA 3W87A 4N4PA 2GVLA 2E6AA 5BMWA 3R5EA 2Y70A 3TR2A 1F7BA 2YX0A 4N9DA 4KWVA 2BLEA 3DI0A 3ZS4A 3N19B 2OT1A 4MYXA 3TU9A 1ME9A 1IF2A 4DEFA 2Y7DA 3W84A 2DZWA 3EEGA 3KRZA 3W86A 5CZTA 1K8YA 1H5YA 4Y96A 3QMRA 1T0OA 4N9CA 5H91A 1G7UA 1OFOA 1FCVA 2QCCA 1EA0A 4L4MA 1F73A 4B5NA 1TPVA 1N7KA 1TREA 5DBUA 1W1ZA 1P4CA 2DZSA 3KAOA 2GVGA 4ZQNA 4O15A 3DFOA 4HSNA 3P8IA 1TB3A 3DHDA 4KFNA 3W85A 3GDKA 3T7VA 2ATMA 1LRNA 1JQXA 1KBIA 2QCFA 1ICQA 3LTPA 1SW3A 4MLJA 4MUZA 3E9AA 1XFBA 2VFEA 3TQ0A 5HNRA 4PCFA 3ELFA 3ATYA 1PHWA 1S5WA 3DFNA 1W3TA 3PY2A 3STEA 2HMCA 4LV9A 2QJIA 2B7NA 2P0OA 3TSBA 4LS0A 3SECA 3F03K 1LYXA 3LCXA 3NM3A 3FYPA 4ZVJA 4WUIA 3TV8A 1TQXA 1NFBA 1GVRA 2FFCA 3HO8A 2X1SA 2EKCA 4RV8A 4FNQA 2HS6A 3HGRA 5DY2A 5HR6A 2B4GA 3LHZA 3WK1A 3C4UA 4YLWA 3NQ7A 3QFEA 2QUTA 3UPBA 4LNYA 1QPRA 4K6AA 1OABA 1TTQA 5D30A 3HMJG 3MP5A 3EB2A 3BV4A 3DH7A 2ZRVA 4YWIA 2C19A 2YGYA 1A53A 1W31A 3P67A 3TMLA 4WOZA 3N2MA 2PRHA 4IMCA 5BW6A 3NQEA 4O14A 4X3ZA 3UNDA 3NYZA 1QAPA 3C2EA 3FFSA 3W3OA 2ZRXA 4LC8A 4FHAA 3EX2A 4I7UA 4WY0A 4GNJA 3SI9A 3CIWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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