3C8FA

4fe-4s-pyruvate formate-lyase activating enzyme with partially disordered adomet
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
SVIGRIHSFESCGTVDGPGIRFITFFQGCLMRCLYCHNRDTWDTHGGKEVTVEDLMKEVVTYRHFMNASGGGVTASGGEAILQAEFVRDWFRACKKEGIHTCLDTNGFVRRYDPVIDELLEVTDLVMLDLKQMNDEIHQNLVGVSNHRTLEFAKYLANKNVKVWIRYVVVPGWSDDDDSAHRLGEFTRDMGNVEKIELLPYHELGKHKWVAMGEEYKLDGVKPPKKETMERVKGILEQYGHKVMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli
publication title Structural basis for glycyl radical formation by pyruvate formate-lyase activating enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pyruvate formate-lyase 1-activating enzyme
total genus 85
structure length 245
sequence length 245
ec nomenclature ec 1.97.1.4: [Formate-C-acetyltransferase]-activating enzyme.
pdb deposition date 2008-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
A PF13353 Fer4_12 4Fe-4S single cluster domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3c8fA00
1VCFA 4FHAA 1R30A 4N6EA 2ISWA 4RJEA 4M5PA 3MHGA 4NX5A 4GUHA 1EWDA 1TPC1 4IJBA 4N9BA 2Y7GA 3W1NA 4TMBA 1G7UA 3EWYA 2P10A 5G2IA 2DZVA 3O15A 1H60A 4GUFA 2I14A 1AK5A 3L2IA 3VCRA 3LHUA 5LHEA 5DLCA 1X1ZA 4MFEA 5I3JA 3RLUA 3GR8A 5FI8A 1J2WA 3EKLA 2V82A 4LVFA 2B0MA 3QM3A 1W3TA 4O1DA 2ZRZA 5HMSA 2CLIA 1PCWA 1N8FA 2YSWA 1A5BA 1OFPA 1LDCA 4TU1A 2AAMA 1B57A 4NVTA 1F5ZA 1EB3A 1TYGA 2YFOA 3BW4A 3BLEA 4G1KA 4UFMA 4MOZA 3S5ZA 3MWAA 5J5DA 2Y62A 1IIGA 4MYXA 3UXDA 4NZJA 3EWXA 5AYZA 3CHVA 3MO7A 1I45A 5TQLA 3VNDA 5HWMA 5AOUA 1D3HA 3WJYA 1RR2A 4OHQA 3W1UA 2QCCA 1U83A 1KA9F 3BG5A 3P67A 5D38A 4M7SA 5IBXC 1JR1A 2QCDB 1H63A 3FLUA 4MZ8A 3KVMA 3BK0A 3NEVA 4WY0F 5FF3A 4QIUA 3SW6A 2RHGA 3T40A 1EP1A 3G1SA 1QPRA 3W84A 3PB0A 3WK3A 2ZZ3A 4UFIA 1WOBA 1SFLA 4UNKA 3W1RA 4NT0A 1RV8A 4ALDA 4MLJA 2J6XA 5CPMA 3HB9A 1ICSA 4GJ1A 3KVKA 2YZRA 4DO5A 4LC6A 4Y90A 1W56A 1F7BA 3MMTA 3PUEA 1TPDA 2E6FA 4UIOA 1SUXA 2HS8A 2GJNA 1YADA 1YDOA 1F73A 2PE4A 4AHOA 3NQ7A 4UMCA 1I2QA 2OMAA 4IMCA 4MYAA 4WUIA 4UTTC 4BI5A 3FYOA 1Y0EA 3LGEA 1OFOA 4Z0SA 4HNVA 3N9RA 1IXPA 1XUZA 4O0ZA 5CG7A 2A21A 2NLIA 2Z1BA 3P7YA 4BFAA 3MYPA 2ZA1A 4KFOA 4Y8FA 1TV8A 3QQ0A 4MJZA 2J24A 4JYEA 1JCMP 5J5RA 3TNOA 3W7PA 1TPVA 1JRCA 5F2IA 2WOQA 1TPWA 4NX0A 4KWWA 2NX9A 1XDLA 5K4ZA 2NV1A 4ZVJA 2E6YA 1B4EA 1QO2A 3R89A 2B7OA 2YDAA 1QPNA 1PVNA 3W7JA 4EOUA 3GDTA 1EPXA 1KTBA 3NGJA 1EIXA 1KV8A 3KXQA 5EPDA 1A53A 1KFLA 3G1HA 3NQAA 4Z1CA 5C5YA 4UXDA 2YFNA 1HUVA 2OX1A 1F2JA 1K8XA 1R2TA 2NUWA 1O94A 4RLIA 3QPZA 3ELFA 3UPWA 5LNSA 1ZAJA 1XC4A 1G4SA 1WXJA 3W1AA 1W54A 1UB3A 2Y6ZA 2V2CA 3GAKA 3TK7A 5AFDA 2ISVA 4ORMA 4UFLA 3L66A 3GKAA 3ZWSA 3I7QA 1HG3A 3G24A 1THFD 3NQ2A 3B06A 3G1VA 3L0KA 5DBTA 1K03A 4ADUA 3LI0A 3SI9A 4JS3A 2J9ZA 4LC8A 4UCGA 2FJKA 1PS9A 3DHDA 3LRLA 1VYSX 4JX6A 3MHFA 3EX4A 2R94A 5CPOA 2E5BA 4IMEA 3KX6A 3DU0A 3TV8A 1Q6OA 3DHFA 1ZAIA 4BWLC 3TA6A 5E93A 1IXOA 2YW3A 1SO5A 4O50A 3TCEA 4AF0B 4AXKA 5L6UA 3L0GA 2V0TA 1UUMA 1XBZA 2H90A 3IGUA 4N2YA 3PR2A 4QSHA 3I7RA 5T26A 3MUXA 4RZ6A 2ZBTA 3QEZA 3LB0A 5CZ0A 2DZTA 3RF9A 3G0SA 4JNMA 1H50A 2PRMA 4S2BA 3T44A 1KM0A 1XBVA 3N19B 5D32A 1D3GA 4UNLA 5F2LA 3M6YA 3L65A 5D02A 5F2MA 3JR2A 3LXBA 2QUTA 1Q45A 1MSSA 4L4LA 5A5WA 1LZOA 2A7NA 4GBUA 2A1YA 2GPTA 3P80A 3VKJA 5G2HA 2C14A 2B7PA 1VCVA 5D03A 4AH7A 4JTUA 1UJPA 5TIMA 1LRNA 3R13A 5DBUA 2ISSA 4NJKA 4HIBA 3OG3A 1OHLA 4TX9A 1G4PA 1FWSA 1OFQA 3PS7A 4P2VA 3B8DA 3HGOA 4JYDA 1GOXA 3QW3A 1TCDA 5LKYA 4XKYA 1FXQA 4QNWA 4EF9A 1Z48A 1ME9A 1SZEA 4AAJA 4YCOA 1LM1A 4WX2A 3W7HA 1IXNA 1GYNA 3P60A 3FYPA 4N02A 3DFPA 3HG5A 3LHYA 2C16A 3NPWA 2QAPA 4O14A 3DBPA 3LCLA 3ATYA 2TSYA 3E9AA 4U28A 4ZQMA 2TPSA 1QOQA 3W3OA 3S9YA 2QUUA 5EL1A 3T4CA 2Y61A 3ATZA 3D0CA 4EWND 1WBJA 4DPQA 3LHVA 3S8HA 4UTUA 4O53A 3S42A 3SGUA 5AHNA 2ZZ6A 3MYOA 3HG2A 2GVJA 1OVDA 4JTTA 5LGZA 1TPUA 3BLIA 3P8IA 3W75A 3TSMA 2ZRYA 3S0CA 3OIXA 3TAKA 3W7QA 3SR7A 2FQIA 3NVTA 1YPIA 5LGXA 3HBLA 2A2IA 3DI1A 3TAOA 3CT7A 3FKRA 3E02A 1GG0A 1GZGA 3IV3A 3MI6A 1OABA 5CSSA 7TIMA 1QFEA 3QC3A 1L6WA 3FIGA 1EA0A 2AGKA 4LWWA 3W7CA 1M7PA 3C52A 3CU2A 3LX9A 3DFTA 1KTCA 2RDWA 3ABRA 3CC1A 3R8RA 3VE9A 3NPUA 3NPVA 4AHQA 5CZJA 4OT7A 3DGRA 1KFKA 1TV7A 1WDWA 3W85A 1VS1A 1SO6A 2JK2A 3PAJA 3SFKA 3C0JA 1I2OA 2O7SA 1R2RA 2YPIA 4DF2A 1WAUA 4QM1A 3PSWA 4AWSA 2Q8LA 3OVQA 2P1FA 3HGSA 1K8YA 1YXYA 1TPB1 1EP2A 1N7KA 4JGDA 1BWLA 1WQ5A 1VZWA 2GQAA 1NEYA 3MP4A 4FXRA 1I2RA 4ORIA 4QJ1A 4RR4A 1WBHA 4FNRA 3CPRA 4JTFA 2OZ0A 3YPIA 2A6NA 3DAQA 4NXKA 1A5AA 3EXSA 5FEZA 1MEHA 3GIYA 5DXYA 4ZQNA 4AWTA 4H6KA 1EWEA 4I9AA 4MVAA 4CQAA 2WPBA 2ALDA 4UTIA 3TJLA 4GFSA 4WD0A 3R2GA 2CLOA 2A7PA 1H7NA 3HGJA 1FCBA 4S2CA 4OBTA 1UBSA 4LRSA 1XBXA 3OVPA 5I3HA 2EHHA 1IF2A 4NJGA 3W72A 5K9CA 3LM7A 4A21A 3HG3A 3RU6A 1FBAA 4O11A 1A5SA 3HF3A 5C54A 1H7OA 5AN7A 1DKWA 3WK2A 1TREA 3BW3A 4XTDA 5FEPA 3O1NA 2OJPA 1KM6A 4K6AA 3IVSA 1WYIA 4A2RA 2VFHA 3AO0A 3IIVA 1DV7A 1XDMA 1ICQA 4UTJA 1JCYA 3W1XA 1QR7A 5F4XA 1VHNA 2I9EA 2DJLA 2WJZA 4R33A 3U8GA 2H3BA 2WKJA 3W2JA 2X16A 2WNNA 4QISA 4WY0A 5HJLA 3RNDA 5AB3A 5F2GA 5TBOA 3TU9A 1KLZA 1QPQA 3LHZA 2G95A 3LRMA 4O28A 1FWTA 3IIPA 4FEZA 2HS6A 4LTSA 3UPBA 4O10A 4WZHA 1S5VA 3FS2A 1GYLA 3N2XA 1TPEA 4BI7A 1SZGA 4HNNA 1OX6A 3W6YA 4K7VA 2V2DA 5K4XA 2VC6A 2CZDA 2F84A 1GVOA 3FA5A 1G69A 3SGZA 4MUZA 2CLKA 1ZY9A 3WJSA 4OGZA 1FWRA 1VRDA 1S5TA 1ZFJA 4HKPA 1EUAA 3TW7A 3B04A 3G1DA 1K7FA 1TO3A 5LNUA 4QAIA 2V5LA 2KZHA 2BWGA 4MIMA 4O0KA 1KFCA 3IGXA 2W79A 1J5TA 1YXCA 3VFLA 4DPPA 4O57A 4LVAA 1P0KA 4MKNA 5EBUA 2H8XA 2J9XA 3W2UA 4O17A 3SSJA 1HO4A 1LOSA 5CGQA 4UTTA 4S1FA 3BARA 3NM1A 4NNAA 3T7VA 3W88A 1SO4A 4ADTA 5LSMA 1ADOA 3G8RA 3O6YX 4H4IA 5I3KA 3G18A 4BK9A 2ZQ0A 1RQEA 2YX0A 3NG3A 3THQA 3O16A 1LOLA 3W22A 1ME7A 5KTLA 4HNTA 2FB2A 2R14A 3F1QA 4UTKA 5D2TA 3P62A 1NVMA 2Y7FA 3TE9A 3STFA 4GWEA 4L4MA 4MFDA 3Q37A 4YMZA 5G2WA 1LRTA 3W87A 2WQPA 3EXTA 5EYWA 2WSRA 1RD5A 5EY5A 3B4UA 4JTJA 1ZALA 2E5DA 5K9DA 2YCEA 4IQLA 2Y85A 1OFDA 2ZFAA 1FY6A 1R46A 5I3IA 3MBDA 4HT3A 3FKKA 3EX3A 2CLHA 2ABAA 2BSLA 3IRDA 1TTQA 2BTMA 3Q94A 5BNKA 1W0MA 1AW5A 1RQHA 4K8HA 2FPTA 4UUIA 1JUBA 3IVUA 4O16A 3W1TA 1ALDA 1TPH1 1VLIA 4K38A 2YR1A 4JICA 3S5NA 4UFJA 3W2NA 4Y6GA 3S1WA 3STGA 1NAL1 5F4SA 1DOSA 5SWUA 2QCFA 4MLRA 3NDOA 1O60A 2VEIA 4O52A 1FWWA 4Z08A 1MXSA 1LORA 3NQEA 1F05A 3FFSA 1JCNA 3W1QA 4FX7A 3PBWA 5D2XA 3O05A 3W7LA 1LRQA 1W3IA 3DI0A 3QW4B 2OT1A 3CQ0A 2BZNA 4PA8A 3C2RA 1F6KA 4BWLA 2DZUA 5C2XA 5CZTA 4X9SA 5BRBA 4N4QA 1OG0A 3W71A 3GXPA 5K9XA 5BMXA 2LLEA 3V1PA 1SW0A 4FNPA 2C13A 4IGHA 5E0KA 3N2MA 4ML9A 4TIMA 4K39A 1B9BA 3TC7A 4K37A 4XKYB 2FIQA 5BW6A 4Q4KA 3B0VC 4J9JA 3P81A 3AJXA 5F1VA 3USBA 4DELA 4QITA 4Z0JA 1UASA 3DKLA 2Y89A 3CEPA 3L5AA 5HQEA 3S5YA 1KM1A 3CIXA 1O5XA 3TX9A 3W76A 4LVBA 3PG9A 3LBCA 4OE7A 5DN1A 4IOTA 2CFFA 4JX4A 1JULA 1W8SA 2HSAA 1OJXA 3G22A 2ZCGA 1Q6LA 4RXGA 3I65A 4I7WA 3G1FA 3LXCA 4CNPA 3ZS4A 1ML1A 4UTMA 4RKAA 2CLMA 3TQ0A 1YXDA 1L6YA 3LV6A 2J9YA 2QDGA 1QDSA 3GVGA 1G6CA 3BGJA 4EIVA 4JTEA 3GKFA 1T8XA 2VFEA 4JTGA 1WOAA 1VCGA 5KSWA 3UQNA 2FB3A 3EKZA 4FNSA 4W9TA 3NNTA 1XI3A 3IIZA 1I2NA 1QNVA 3GDRA 3TXZA 4E2DA 4POCA 2QAFA 3O63A 3H55A 5KZEA 3RK8A 1AL7A 2GVGA 3W7KA 1DJNA 4PH6A 1K02A 1PV8A 3N9SA 4LVGA 5G5IA 3CIWA 1SQ7A 1GG1A 2DP3A 5LHFA 2VELA 1KBIA 3GDKA 1KM5A 3LLFA 5G4WA 4NJHA 3A23A 4K8EA 2WV8A 3MI3A 3W7EA 2WSYA 3QSRA 3BO9A 3UWVA 2B7NA 1IIHA 3QYQA 2A7RA 1H7PA 1GEQA 4ZQPA 3LTPA 2JBMA 2PURA 2P0OA 5K2ZA 3CWOX 1T96A 3KAOA 1VGAA 3B0UX 2VOMA 1YYAA 3LXAA 1I8JA 2NXHA 2BXVA 2VFGA 4NXSA 3HGRA 1KFBA 2FDSA 2G97A 1OFBA 2QCGA 2ZRWA 3KRZA 1W5QA 4O13A 1L2UA 3MW7A 1JQXA 5EKYA 5CKSA 4UTWC 2YYUA 4Z1AA 1GTEA 2GQ8A 4GXMA 4WQ6A 1GVSA 1EX5A 2JGYA 3LLDA 5HUOA 4CCCA 5FF0A 3LCXA 1AW2A 4UTLA 2QCNA 3W74A 4UR7A 3TKFA 3G0UA 3P8JA 5D37A 2DZSA 4HSNA 3FOKA 2ZZ1A 4DQWA 4ZZ9A 2C6QA 1RVGA 2C1HA 3WK1A 4YXGA 3W23A 2OCZA 4B5NA 1CI1A 2G5WA 4BF9A 1FCVA 1UCWA 5U4NA 2JKPA 2EAWA 1P5BA 4DXVA 5AHIA 2Q3OA 3W2KA 1ZHAA 3UWZA 3I6RA 1FWNA 3DFNA 1JCLA 4OV9A 5KZMA 4A3UA 2EPHA 1FDYA 4XWUA 2V30A 3IGSA 1O4UA 1PHWA 2CU0A 2X30A 1EP3A 4AWUA 1O5KA 3V75A 4AVFA 3BLFA 4FIRA 4NUWA 1YTDA 3QMRA 5BOOA 3TMLA 2QJIA 1FCQA 3G1XA 3M16A 5C6MA 1OX4A 2XFWA 1IXQA 3GR7A 2RDUA 3NL6A 2C0AA 2QR6A 1G4TA 1LOQA 1MZHA 4WY0B 2XN2A 5D30A 3W7MA 2VEPA 4ZMGA 1X1OA 1H7RA 1TJPA 3HO8A 3MJYA 4O4VA 1PHQA 3WFAA 1JCJA 3C2OA 5I3FA 1DQWA 2Z6JA 3C6CA 4K7YA 2QCEA 3MP5A 2WO5A 4AB4A 4NJIA 5E1QA 3C2EA 4FNQA 1OFEA 5LNVA 5K7JA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2GUY A;  4R7W A;  4XZI A;  4RJE A;  3LA4 A;  4GUH A;  1REQ A;  4IJB A;  4AEE A;  3EWY A;  1S39 A;  3O15 A;  3AHZ A;  4GUF A;  3RRX A;  5LHE A;  3UZZ A;  1X1Z A;  1OD0 A;  4HOX A;  3RLU A;  2VZO A;  4QLJ A;  3SFW A;  5FI8 A;  1J2W A;  3VM5 A;  4NHV A;  3TTQ A;  2FVL A;  5EGR A;  2ZRZ A;  5HMS A;  1OBA A;  2CLI A;  2INZ A;  4TU1 A;  5FJU A;  4QRO A;  1EB3 A;  1Y8B A;  2P3Z A;  2YFO A;  3E0W A;  1F3T A;  3S5Z A;  3MWA A;  4NZJ A;  3WCZ A;  1US3 A;  1IT8 A;  1NWT A;  2Q09 A;  1I45 A;  5M5D A;  3N9K A;  5TQL A;  3VND A;  1D3H A;  3ARW A;  1U83 A;  3BG5 A;  1DID A;  1HNY A;  4M7S A;  5IBX C;  1H63 A;  4MB5 A;  4BCE A;  1Q66 A;  5A69 A;  3NEV A;  1R0M A;  2VX6 A;  5FF3 A;  3ZR6 A;  2YA2 A;  1EP1 A;  3G1S A;  3W84 A;  2D2H A;  2DQX A;  2V38 A;  4UFI A;  2D20 A;  4UNK A;  1K9D A;  4Q8N A;  2AKZ A;  2J8G A;  4AD4 A;  4XK2 A;  3FND A;  3HB9 A;  4A3H A;  2GLK A;  1E6P A;  1F7B A;  4AC7 C;  1SUX A;  3EOE A;  2HS8 A;  2X0S A;  4IPN B;  4AIU A;  1I2Q A;  4AIO A;  3AHY A;  1GHR A;  4BI5 A;  1QK2 A;  2HRW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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