3C8FA

4fe-4s-pyruvate formate-lyase activating enzyme with partially disordered adomet
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
SVIGRIHSFESCGTVDGPGIRFITFFQGCLMRCLYCHNRDTWDTHGGKEVTVEDLMKEVVTYRHFMNASGGGVTASGGEAILQAEFVRDWFRACKKEGIHTCLDTNGFVRRYDPVIDELLEVTDLVMLDLKQMNDEIHQNLVGVSNHRTLEFAKYLANKNVKVWIRYVVVPGWSDDDDSAHRLGEFTRDMGNVEKIELLPYHELGKHKWVAMGEEYKLDGVKPPKKETMERVKGILEQYGHKVMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for glycyl radical formation by pyruvate formate-lyase activating enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pyruvate formate-lyase 1-activating enzyme
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli
total genus 85
structure length 245
sequence length 245
ec nomenclature ec 1.97.1.4: [Formate-C-acetyltransferase]-activating enzyme.
pdb deposition date 2008-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
A PF13353 Fer4_12 4Fe-4S single cluster domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3c8fA00
1MEIA 4WJEA 5GVJA 4DO5A 4PODA 3OVQA 2CLHA 1T0OA 2YSWA 1YTEA 4M6PA 4AWTA 1H7OA 1VCFA 3NOEA 3EX4A 4Y9AA 3HMJG 3HPXA 3GAKA 4N9DA 3WK2A 4PL2A 1W5QA 4CQ9A 1KFLA 3NXFA 1A5SA 1S5VA 4Q33A 3TQ0A 3G0SA 1OFDA 2Q8LA 4ONVA 2QDGA 3C2RA 3B0PA 4I9AA 1EP1A 3UNDA 1VHNA 1YADA 1OFRA 4GUHA 2CLMA 5I3HA 5AYYA 5K4ZA 2ALDA 3NQDA 1KM2A 2VOMA 4NT0A 3QM3A 5I3GA 5HWMA 3LCHA 1ZCOA 4S1FA 3PULA 3CM4A 3QMRA 4JYDA 4N9BA 3DFQA 3UWZA 4UMBA 3P5ZA 3VE7A 1UBSA 3BW4A 4O4WA 2PCQA 3QSTA 2B7NA 1ME7A 1MSSA 2G97A 4MUZA 5EA9A 3OIXA 5I3JA 1FWRA 2E5DA 2Z6IA 3HG3A 3KXQA 2GQAA 3NQFA 5HINA 1F2JA 4PTNA 3EWYA 2TYSA 1OFPA 2H8XA 4TO8A 4IMCA 3SFKA 3M5ZA 2B7QA 1K8XA 1G4SA 3UWYA 6ALDA 2E09A 1I2QA 3W7HA 3KOFA 1SO5A 3LCGA 1AW1A 5SWUA 4HN4A 3HBLA 3RNDA 2D73A 3QC3A 3FJ6A 1KV8A 5KMYA 1F76A 1XI3A 2A85A 4NQ1A 3LHVA 4XTDA 2FB2A 4JYEA 3G1FA 2QCGA 4AF0A 4HNVA 5FF3A 2RFGA 3W7DA 4DELA 2WSQA 3TQVA 1TV5A 3MHGA 4UIOA 2GOUA 2Y7GA 2H3DA 2QUUA 1SO3A 3N2MA 3PBVA 3RU6A 1OFQA 3N14A 4Z08A 3CB8A 5I3IA 4LUJA 2Y7EA 3UWQA 2YYTA 4UTKA 3NNTA 3ATYA 2V9DA 3GXPA 1AW5A 3NQAA 3PF3A 3BG3A 2NUXA 4NNAA 4RX0A 3MP5A 2YXGA 4RV8A 1LRTA 2P10A 3I7SA 1VCGA 3UQNA 1WXJA 4A3UA 3JS3A 4UTJA 4BI6A 1EEPA 2VFIA 4PL1A 4A2SA 3GZ3A 2W6RA 3FYOA 5AHNA 2AQWA 1V7YA 2CLOA 4OV9A 3MP3A 4WOZA 2C18A 3TSMA 3W86A 5E0KA 1GOXA 3P5YA 4GWEA 4N9EA 1DV7A 1K7FA 3HB9A 2A4AA 3C2FA 1H5YA 1H63A 4XUGA 3I65A 1RPXA 3BG5A 1OG0A 1SZFA 1JRCA 3C2OA 4WY0F 4LS1A 5G2WA 4E2BA 4N02A 5DCEA 5MHBA 4CQ8A 2OCZA 5T26A 3NGJA 3TA6A 3E9AA 1LLWA 4JDBA 2VEIA 2V5LA 4JNMA 2YW4A 2E68A 1S5TA 1PHWA 2V30A 2ZA3A 4O1DA 3GB6A 4IMEA 4WY0B 4LTSA 4JYFA 1I2NA 2NX1A 5CKSA 2EF9A 5DXYA 2NX9A 2V81A 3TMLA 3FLUA 1GJPA 3LM7A 2WNZA 4ZQPA 1ICQA 4DO6A 1EB3A 3F4WA 1FWWA 4NX5A 1BEUA 5EY5A 1P0NA 4AHOA 5TBOA 2WOQA 4R34A 4NJIA 1RR2A 1FQ0A 2J9XA 3W9ZA 2G5WA 5LGZA 3P84A 3GYEA 4LUIA 4QQ3A 3W1PA 2CLKA 4U28A 4OHQA 5U4NA 1DOSA 3DHFA 3PS7A 1ZNNA 5A8GA 4A21A 4X9SA 4Q4KA 2V5BA 4AH7A 4QIUA 3L0GA 1OK6A 5F4SA 1D3GA 2VFFA 3DI0A 2BSLA 3LB0A 3A23A 4KWWA 4GNJA 3GDLA 2VFDA 3OA3A 3LCFA 4UTUA 3MMTA 3DFNA 3UPWA 2H3BA 1FCQA 3L5MA 1A5CA 4ZMGA 3G1AA 5DBTA 5BNKA 4FNPA 4H3DA 1SUXA 2YR1A 1FDJA 3CQ0A 5KITA 1X8FA 1QPNA 4O1BA 5L9FA 2QKFA 2V82A 3TROA 3W1UA 1WX0A 3PC0A 2DZVA 2J88A 3LCWA 3NEVA 3THQA 2Y61A 1VPXA 4XQ6A 2ZRXA 4EVZA 3EXRA 3NDOA 5LKYA 4XKYB 4FXRA 3C61A 2PRHA 3GDTA 3MP4A 3W23A 3GR7A 1XUUA 1F73A 3E0IA 4N4PA 2X1UA 5CSSA 1XBXA 1G4TA 2CWNA 1B4KA 2VEPA 1JR1A 2ABAA 3ANYA 3W70A 2ZZ1A 1JQVA 5LNSA 4UFJA 2QDHA 3ABSA 3G18A 3M0ZA 4NZFA 1F7BA 2A5HA 3ABOA 1EP3A 1K03A 2WKJA 2NWRA 3G1HA 3AO0A 2GVGA 2FJKA 4RCXA 4DEFA 4FO4A 3G3DA 4YCOA 1GG1A 1ZJIA 2Y88A 3FA5A 3QQ0A 1OJXA 3CTLA 5AC8A 3A5FA 1OYAA 2QCDA 1MZHA 2G96A 4YL2A 2FPTA 3G3MA 2QCEA 3LHUA 2GUUA 1IXOA 2RDTA 4D2JA 2ZBTA 5AHIA 4FEZA 4R33A 1W5PA 3ZR4A 1KM0A 3FJLA 3W88A 2V2DA 4FXSA 4QNWA 5FI8A 2Y62A 1LZOA 3FKKA 3N34A 3M47A 5AYZA 3W1XA 2NV1A 1L6SA 2E5CA 2Z0IA 3S5YA 3T7VA 3W07A 1J2WA 4MVAA 1X1OA 2ZRUA 1TPUA 3C6CA 3QQ1A 2QF7A 1RQEA 3B05A 4JTSA 5EKYA 3SGZA 1K8ZA 1JQXA 3HG4A 3L21A 1QR7A 3DU0A 3NQCA 3SZ8A 4UTIA 3I6RA 5BMXA 4O50A 4HIBA 3TH6A 4GE8A 5G1YA 1ZAIA 1BKSA 4JX4A 1Q6OA 3KVJA 1OK4A 3NVTA 1QOPA 1Z44A 4PH6A 3DAQA 3M43A 3MYOA 5J5RA 1NSJA 1DBTA 3L65A 2QJIA 2B0MA 1TRDA 1T99A 1JCNA 3N9SA 1T96A 1G69A 3NQGA 4NNCA 1PIIA 1DHPA 2TMDA 2JK2A 4IQLA 1FXPA 1TO3A 1NVMA 4FX8A 3PVFA 2I1OA 4KFNA 3WJSA 1JCMP 5H2ZA 3FKRA 3BG9A 3BV4A 2Q3RA 4WXZA 4LY8A 4RK8A 5ABTA 3WK1A 4DO4A 1P5BA 1GEQA 5D03A 4DQWA 1VC4A 3HGJA 1K7XA 1OFBA 1GQNA 3C0JA 1Q45A 1XDLA 5EL1A 1WV2A 4FNRA 3WK0A 4O10A 2C3ZA 2VC6A 1PL9A 3E96A 3YPIA 1TJPA 1WYIA 3TAKA 2ZTKA 1MEHA 4IGHA 3VFLA 1LP6A 1KLYA 4IXXA 2JBMA 2OJPA 1XBZA 4O12A 1PCKA 2FPVA 1W3TA 2C14A 1G6CA 3W7PA 1QCWA 1SQ7A 1KTBA 4NZJA 2WNNA 4X2RA 4ZQOA 3MO7A 3GLCA 5D2XA 4O54A 1FWTA 1FWSA 3CT7A 3LCXA 3A5VA 4C1LA 4O14A 1MEWA 1KM6A 4N4QA 3NL5A 5K2ZA 1JULA 3UWWA 3IIPA 4FHAA 3M5VA 2ISWA 4Z0SA 3G1SA 1VRDA 1W56A 1KBJA 3NO5A 1KW1A 1KA9F 1SPQA 3NL6A 3LI0A 1O60A 3EX1A 3INPA 1BWKA 3W3OA 1LBFA 3C2VA 4AWSA 5K9CA 3NQMA 3OEXA 4IX0A 5FEXA 1KV5A 1TPFA 4Y90A 5D09A 3G1YA 3LRKA 1EWDA 4ADSA 2QCMA 3EWUA 1W3IA 1IXQA 1H60A 4MFDA 2QCFA 2QJHA 4RZ6A 3T4CA 4JX5A 2RDUA 4M6QA 1PE1A 5D2WA 1EIXA 1LBMA 1L6YA 4NX0A 3W1MA 3O6YX 5FEZA 3PG8A 1W31A 1C29A 4FX7A 3PUEA 3K30A 1LOSA 3SR7A 4FNQA 4MJZA 1G67A 3W7LA 1G7VA 3CEPA 1KTCA 5C5YA 3M41A 3W2MA 2X1TA 4UCGA 3L66A 2VFHA 2Y85A 2ZFAA 3NQ7A 2CZDA 5FF2A 3TE9A 3A9IA 4RR4A 1UJPA 3KRSA 2OX1A 1J4EA 3A24A 3FS2A 3S5NA 2E6DA 4ZQCA 4DF0A 4KKXA 4K6AA 3EB2A 1ML1A 2ZZ7A 4OBTA 1UASA 2BZNA 2NV2A 3ZWTA 3O16A 2ZYFA 4O1CA 2ISVA 3PSWA 1TTPA 5G4WA 3LXAA 2CLEA 1GZGA 3LERA 3LX9A 5FF7A 1XXXA 5AB3A 4UUIA 1ZENA 2WV8A 4BR1A 2ABBA 2Y89A 4DXVA 3NQ6A 2NZLA 1X1ZA 3TNOA 3SJ3A 1GYNA 1SSDA 4RZ4A 3NG3A 4MJMA 1I2PA 4YCPA 3CIXA 4AHPA 3WFAA 3EWWA 3TW6A 2BXVA 1H51A 1JUKA 2FLIA 3NQEA 5DELA 3NL3A 2LLEA 2GQ9A 2YDAA 3UWVA 3L0KA 2QEZA 3VCRA 3H54A 3G1VA 3E12A 3DI1A 3IGUA 1OFOA 3RF9A 1SFJA 4MZYA 3SGUA 4LOCA 4LS0A 1GVOA 3I7RA 5AC6A 4O8RA 4LT9A 1PHQA 4EOUA 4LW7A 3CEUA 2BTMA 3RMJA 1OYCA 1SU5A 3JR2A 1FCVA 3T55A 3QMTA 5D33A 3SECA 3DENA 2Z1BA 4OQVA 2ZTJA 1VH7A 3IIOA 4A22A 1JCXA 2RKXA 3CWNA 2Y7DA 1L2UA 1WBJA 1H62A 1BWLA 3DFOA 1VLWA 1W1ZA 3HGRA 1G7UA 4H6KA 4OE7A 5D2TA 4UMAA 4TMCA 1TTQA 3NQVA 5HJLA 2HS6A 4A2RA 1KFBA 4LWWA 3NQ8A 3ELFA 3QRHA 1VHCA 2RDWA 4POCA 1DORA 1H7XA 4LVDA 3W7CA 3R89A 3THAA 1N8FA 4AVFA 1R2RA 1M6JA 1NEYA 3IV3A 3QYQA 3N19B 3QF0A 2P1FA 4DF2A 1YTKA 1GYLA 4X3ZA 1CW2A 1B9BA 3NA8A 3KVKA 5HNRA 2J9ZA 1ME8A 4C1KA 1WOAA 4WY0A 2G95A 1H7PA 4I7WA 1OX6A 4UFIA 3PUOA 1EWEA 4M7TA 1KFKA 1AL7A 3L5LA 1OX4B 3M7WA 4RKAA 1ALDA 1EPXA 3ATZA 3LGEA 2YZRA 4JR5A 3W75A 4DBDA 5D32A 4AB4A 1W5NA 3BARA 3QJAA 4EIVA 1RVGA 2XN0A 4RXFA 1XM3A 5TQLA 1TMHA 2Z2UA 3NQ2A 4WUIA 4MYXA 4AHQA 4M19A 3EWBX 4NJHA 2TPSA 4O17A 3W7QA 3O6CA 4DF1A 4JTTA 4HNNA 2ZZ3A 3HG5A 1U83A 3O06A 2CLLA 4GUGA 1KTNA 4YXGA 3LDVA 1YDOA 2WJZA 4GXMA 3VNDA 5HWJA 1ZALA 1D9EA 3LXBA 4UFHA 3MYPA 2DORA 4O57A 2IQTA 1O95A 1SW7A 2PC4A 4LC6A 3WJXA 2FB3A 3HGOA 4UTTA 4XBKA 1TPH1 1F74A 3S1VA 3BPWA 4AWUA 3M6YA 2DZPA 1YPIA 3TXVA 2X30A 1X6UA 2NLIA 2EKCA 4ZQRA 3NM1A 4PEKA 2C15A 3VE9A 1IXPA 1VS1A 4M7SA 4MFEA 4Y96A 3DXIA 3QFEA 5F2LA 2Z6JA 3UXDA 4Q32A 2JKEA 2I14A 2KZHA 3TJLA 2YFNA 4XKYA 2DZWA 3P81A 1SO6A 4NXSA 2CLIA 3R13A 3DBPA 5F1UA 1VZWA 3F4NA 2FTPA 1LOLA 3DH7A 2OMAA 5D05A 2R91A 8TIMA 3UWUA 3S9YA 1K02A 3HJZA 5TIMA 4FF7A 1JCLA 4M5PA 4LVGA 4TMBA 4OU1A 3S5ZA 4JX6A 4ZZ9A 2ZCGA 3P8IA 4CCCA 1OYBA 4H4IA 3KX6A 4LRTA 1SO4A 3TX9A 4UR7A 3Q37A 4DPPA 3P67A 3GVGA 1Q6LA 5G2HA 4QM1A 2NWSA 3TU9A 1W8SA 5K9XA 2QAPA 1LTDA 1XKYA 2NX3A 3MBFA 3FIGA 3CIWA 3QEZA 3GXTA 4JD4A 4L4MA 3HO8A 1FWNA 1QO5A 4FNUA 2ZZ2A 4MKNA 3U6WA 1WAUA 3C4UA 3NYZA 1NAL1 4JTHA 3P82A 3S42A 4NXKA 1B57A 1PVNA 1FXQA 1CI1A 2E6AA 3W22A 1G4PA 3B06A 1FCUA 1N7KA 3O1NA 2NUYA 1K8YA 3C8FA 4I7VA 5CPLA 2PRMA 2V2CA 5FF4A 1Q6RA 4UTLA 4GRSA 4Y8FA 4IJBA 2Y7FA 2I9EA 3R12A 4CQAA 2C0AA 5FEPA 1AK5A 1TPWA 3PR2A 4O28A 4MY8A 4EWND 3STEA 2CU0A 4O15A 3W73A 2QCNA 5DBUA 1JUEA 3GR8A 4TR9A 5HULA 1O5XA 1W3NA 4Y6GA 1Z48A 2J6XA 4JGDA 4O0KA 1YXDA 3PY2A 3G1XA 1H7NA 3CU2A 2YW3A 5K9DA 5D2VA 2F84A 1W37A 2YGYA 3W7OA 3R8RA 4UTHA 3PG9A 5LZLA 1WDWA 1JCJA 1VCVA 4WD0A 4EF9A 2H90A 2A1YA 3BLIA 3G1DA 3MBDA 1XL9A 4UTTC 3C3NA 4HNUA 4NU7A 5K4XA 1M5WA 1TTIA 3CWOX 3UZ5A 2VELA 4K8EA 2PE4A 5U7SA 5HR6A 4S2CA 3BLEA 5K7JA 1QPRA 3P61A 1K7EA 2A6LA 4FNTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1V3J A;  2IXV A;  4CEX C;  4POD A;  4DO5 A;  2YSW A;  3CAV A;  4Q4R A;  5M03 A;  1IZC A;  2F2K A;  4N9D A;  3VCC A;  3H2C A;  4O1F A;  4E2V A;  3W01 A;  1K9E A;  3VMN A;  4A8I A;  3WNM A;  3R8G A;  3PZT A;  4I9A A;  3UND A;  1VHN A;  1RUS A;  3QLL A;  1HL9 A;  1QU4 A;  5EMJ A;  2VCB A;  1F8M A;  4M51 A;  4PUW A;  1EXP A;  3M0L A;  2BAS A;  3CM4 A;  4L6H A;  4N9B A;  4WKH A;  2ZC1 A;  4AEF A;  5GQB A;  2HRO A;  3VE7 A;  3BW4 A;  4C6K A;  3NZQ A;  4O4W A;  5AY7 A;  3GDB A;  3TN4 A;  5C7V A;  4L9Z A;  4UBP C;  3RDK A;  3EWY A;  4JII X;  4PMN A;  2H8X A;  2J62 A;  4IMC A;  3UGR A;  3SFK A;  4HOZ A;  1K8X A;  5FCZ A;  3UWY A;  1I2Q A;  2XVG A;  1AW1 A;  4HN4 A;  3Q4D A;  1J0Y A;  3FJ6 A;  1MFU A;  1ADS A;  3VZY A;  1JL8 A;  3EWC A;  2FB2 A;  4CNU A;  2QCG A;  2DZB A;  4HNV A;  3UCD A;  3VOG A;  4GY7 A;  2RFG A;  2GZX A;  3AC0 A;  3KTX A;  5DFA A;  1TV5 A;  2EJA A;  1NWT A;  2H3D A;  2QUU A;  1QPK A;  3N14 A;  4Z08 A;  4ENL A;  1ZJH A;  1M68 A;  3CB8 A;  5I3I A;  2Y7E A;  2DT0 A;  4QJ3 B;  2P88 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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